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当前共找到 1001 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2025-12-02 |
scITDG: a tool for identifying time-dependent genes in single-cell transcriptome sequencing data
2025-Nov, Marine life science & technology
IF:5.8Q1
DOI:10.1007/s42995-025-00311-y
PMID:41322266
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研究论文 | 本研究介绍了一种用于分析单细胞转录组测序数据中时间依赖性基因表达的工具scITDG | scITDG能够以单细胞分辨率识别多个时间点的动态基因表达模式，填补了当前分析资源的空白 | NA | 开发用于识别单细胞转录组测序数据中时间依赖性基因的分析工具 | 小鼠衰老和蝾螈肢体再生过程中的基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | 自然三次样条回归与自助重采样整合模型 | 单细胞转录组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 362 | 2025-12-01 |
Deep Transfer Learning Links Benign Glands to Prostate Cancer Progression via Transcriptomics
2025-Nov-29, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf119
PMID:41317378
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研究论文 | 本研究利用深度迁移学习分析前列腺癌空间转录组数据，揭示形态学良性腺体与癌症进展的关联 | 首次将DEGAS深度迁移学习框架应用于前列腺癌空间转录组学，发现形态学良性腺体中MSMB表达降低与癌症进展的关联 | 研究样本量有限，需要更大规模验证；空间转录组技术分辨率限制可能影响细胞类型精确识别 | 探索前列腺癌进展中的场效应现象，识别与癌症进展相关的分子特征 | 前列腺癌患者的空间转录组数据、单细胞转录组数据和免疫组织化学样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学, 单细胞转录组学, 深度迁移学习, 免疫组织化学 | 深度迁移学习, 深度学习图像分析 | 转录组数据, 图像数据, 蛋白质表达数据 | 包含有和无5年远处转移患者的前列腺组织样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 363 | 2025-12-01 |
Inferring Gene Regulatory Networks From Single-Cell RNA Sequencing Data by Dual-Role Graph Contrastive Learning
2025-Nov-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202518277
PMID:41317402
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研究论文 | 提出一种名为RegGAIN的双角色图对比学习模型，用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 采用自监督对比学习最大化基因嵌入在扰动图视图间的一致性，并利用双编码器同时学习基因的调控者和靶标双重角色表征 | 未明确说明模型对特定生物环境或数据类型的适用性限制 | 从单细胞转录组数据准确重建细胞类型特异性基因调控网络 | 基因调控网络和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图对比学习, 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 364 | 2025-12-01 |
T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 3-mediated immunomodulation in myeloid cells and keratinocytes in the development of severe acne
2025-Nov-27, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-025-00367-3
PMID:41307843
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现TIM3在重度痤疮发展中作为免疫检查点的潜在作用 | 首次通过单细胞RNA测序结合孟德尔随机化分析揭示TIM3在重度痤疮中的免疫调节功能 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证 | 探究TIM3在重度痤疮发病机制中的免疫调节作用 | 重度痤疮患者皮肤样本、人永生化角质形成细胞(HaCaT)、痤疮丙酸杆菌诱导的小鼠模型 | 单细胞组学 | 痤疮 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 孟德尔随机化分析, 多重免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 免疫组织化学图像 | 重度痤疮、普通痤疮和正常皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 365 | 2025-12-01 |
Spatial gene expression profiling reveals the distinct microenvironment of tuberous sclerosis complex-associated angiomyolipoma
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26541-9
PMID:41309810
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤的独特微环境特征 | 首次使用空间转录组技术比较TSC-AML、散发性AML和肾细胞癌的转录景观，识别出TSC特异性分子特征 | 研究仅基于单例样本设计，样本量有限 | 表征结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤的转录特征并识别TSC特异性分子标志物 | 结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤、散发性肾血管平滑肌脂肪瘤和肾细胞癌组织样本 | 空间转录组学 | 结节性硬化症相关肾肿瘤 | 空间转录组测序 | 无监督聚类分析 | 空间基因表达数据 | 3例样本（TSC-AML、散发性AML和RCC各1例） | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | CytAssist Visium平台，使用福尔马林固定石蜡包埋组织切片 |
| 366 | 2025-12-01 |
Cathepsin B as a potential serum biomarker for early diagnosis and progression of diabetic foot ulcer complicated with peripheral vascular disease
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26599-5
PMID:41309848
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现组织蛋白酶B可作为糖尿病足溃疡合并外周血管疾病的潜在血清诊断标志物 | 首次通过单细胞转录组分析鉴定CTSB在DFU合并PVD血管内皮细胞中的富集，并验证其血清检测价值 | 样本量有限，需要更大规模临床研究验证CTSB的诊断效能 | 探索糖尿病足溃疡合并外周血管疾病的潜在血清生物标志物 | 糖尿病足溃疡合并外周血管疾病患者 | 生物医学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞转录组分析,免疫组化,ELISA,临床相关性分析,血管生成实验,CCK8实验,划痕实验 | NA | 基因表达数据,血清样本,组织样本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 367 | 2025-12-01 |
Multi-omics and experimental validation identify methylation-related genes and METTL16 as key regulators in diabetic foot ulcer pathogenesis
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26306-4
PMID:41310324
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证，系统研究了甲基化相关基因在糖尿病足溃疡发病机制中的作用，并确定METTL16作为关键调控因子 | 首次系统鉴定糖尿病足溃疡中的甲基化相关基因，发现METTL16在成纤维细胞功能和细胞间通讯中的动态作用，并验证其保护性功能 | 研究主要基于公共数据集和体外细胞实验，需要进一步体内验证和临床样本验证 | 研究甲基化相关基因在糖尿病足溃疡发病机制中的作用及其诊断和治疗潜力 | 糖尿病足溃疡组织样本和高糖处理的人皮肤成纤维细胞 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | 多组学分析,RNA测序,单细胞RNA测序,微阵列,机器学习算法 | LASSO,GBM,SVM-RFE,随机森林 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 多个公共数据集中的糖尿病足溃疡组织和细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 368 | 2025-12-01 |
Integrative multi-omics and single-cell transcriptomics reveal ARHGEF12 driving chemoresistance in bladder cancer
2025-Nov-27, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-025-00606-1
PMID:41310897
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和单细胞转录组学，揭示了ARHGEF12基因在膀胱癌顺铂耐药中的关键作用机制 | 首次将孟德尔随机化与单细胞转录组学相结合探索膀胱癌顺铂耐药的遗传基础，发现ARHGEF12通过RhoA/ROCK依赖的PI3K/AKT轴驱动化疗耐药的新机制 | NA | 阐明膀胱癌顺铂耐药的遗传驱动因素和肿瘤进展机制 | 膀胱癌顺铂耐药细胞和UM-UC-3/DDP耐药模型 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 全基因组关联研究,表达数量性状位点分析,孟德尔随机化,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | 基因组数据,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 19,942个基因的eQTL数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 369 | 2025-12-01 |
Mechanistic insights into nitric oxide signaling in shaping root architecture under challenging environments
2025-Nov-27, Plant science : an international journal of experimental plant biology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.plantsci.2025.112903
PMID:41317792
|
综述 | 本文综述了一氧化氮在逆境条件下调控植物根系构型的作用机制及其与活性氧和植物激素的互作关系 | 系统阐述了一氧化氮作为气体信号分子通过翻译后修饰调控根系发育的新机制，并强调单细胞转录组等新兴技术在解析NO-ROS互作中的创新应用 | NO介导的根系构型调控的生化与分子机制仍复杂且尚未完全阐明 | 探究一氧化氮信号在植物应对环境胁迫时调控根系构型形成的作用机制 | 植物根系系统 | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组学、氧化还原敏感生物传感器、高分辨率活细胞成像 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 370 | 2025-12-01 |
Spatial transcriptomics reveals TGF-β-driven endothelial-mesenchymal transition in vascular remodeling of moyamoya disease
2025-Nov-26, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism
IF:4.9Q1
DOI:10.1177/0271678X251388370
PMID:41305891
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学揭示了TGF-β信号通路驱动的内皮-间质转化在烟雾病血管重塑中的关键作用 | 首次在烟雾病中应用空间转录组学技术识别出双阳性平滑肌-内皮细胞簇，并证实TGF-β/Snail信号轴驱动的EndMT机制 | 需要在临床前模型中进一步验证 | 阐明TGF-β信号在烟雾病血管重塑中的作用机制 | 烟雾病患者血管标本 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 空间转录组学, HE染色, 免疫组织化学, 免疫荧光 | 伪时间轨迹分析, 细胞-细胞通讯模型 | 空间转录组数据, 组织图像 | 11例烟雾病标本进行空间转录组分析，总计51例烟雾病和11例对照血管标本进行组织学分析 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 371 | 2025-12-01 |
Mitochondrial iron transport via MFRN1 is required for erythroid cell cycle progression
2025-Nov-25, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024014887
PMID:40601908
|
研究论文 | 本研究揭示了线粒体铁转运蛋白MFRN1通过调控红细胞周期进程对红细胞生成的重要作用 | 首次在体内证明MFRN1介导的线粒体铁转运对红细胞周期G2/M期进展的关键需求 | 研究主要聚焦于胚胎发育阶段，成年生物中的功能尚未验证 | 探究铁代谢如何调控红细胞生成过程 | 斑马鱼胚胎红细胞及其前体细胞 | 发育生物学 | 贫血 | 单细胞RNA测序,流式细胞分选 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 斑马鱼胚胎(1.5-3天受精后) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 372 | 2025-12-01 |
Exploring putative links between gut microbiota and allergic rhinitis: insights from Mendelian randomization and multi-transcriptome integration
2025-Nov-25, AMB Express
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s13568-025-01987-2
PMID:41288916
|
研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和多转录组整合分析探索肠道微生物群与过敏性鼻炎之间的因果关系及分子机制 | 首次结合孟德尔随机化、批量RNA测序和单细胞RNA测序多维度分析肠道微生物群与过敏性鼻炎的因果关系 | 数据来源于公共数据库，缺乏实验验证 | 探索肠道微生物群与过敏性鼻炎之间的因果关系及分子机制 | 过敏性鼻炎患者和肠道微生物群 | 生物信息学 | 过敏性鼻炎 | 孟德尔随机化, RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 373 | 2025-12-01 |
Gene-metabolite interactions in aortic dissection: Insights from metabolic and single-cell analyses
2025-Nov-21, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000045846
PMID:41305697
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、代谢组学、机器学习和孟德尔随机化方法，探索主动脉夹层中基因-代谢物相互作用网络 | 首次建立主动脉夹层中APOE和PLTP基因通过调控胆固醇酯和甘油三酯影响平滑肌细胞功能的基因-代谢物相互作用网络 | 代谢组学样本量较小（9个样本：6个AD患者和3个对照） | 探索主动脉夹层的发病机制和基因-代谢物相互作用 | 主动脉夹层患者样本和平滑肌细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,代谢组学,机器学习,孟德尔随机化 | 机器学习模型 | 基因表达数据,代谢物数据 | 9个代谢组学样本（6个AD患者，3个对照），另分析GSE213740和GSE155468数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 374 | 2025-12-01 |
Pan-cancer NK cell-related immunotherapy signatures for predicting PD-1 treatment response
2025-Nov-21, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000045753
PMID:41305714
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了泛癌自然杀伤细胞免疫治疗预测模型(NKCIPM)，用于预测PD-1治疗反应 | 首次建立泛癌NK细胞免疫治疗预测模型，识别了7个关键枢纽基因，其中APOE被确定为最具影响力的基因 | 研究样本量相对有限，仅包含6种癌症类型的164个样本 | 开发预测免疫检查点抑制剂治疗反应的生物标志物模型 | 多种癌症类型的肿瘤样本和自然杀伤细胞 | 机器学习 | 泛癌研究 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习算法 | NKCIPM预测模型 | RNA测序数据 | 164个样本，涵盖6种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 375 | 2025-12-01 |
S100A12 as a key biomarker in a neutrophil-associated gene prediction model for sepsis diagnosis
2025-Nov-21, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000046140
PMID:41305822
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据和机器学习框架开发了脓毒症诊断模型，并鉴定出S100A12作为关键生物标志物 | 首次结合113种机器学习框架和SHAP分析，从单细胞水平识别脓毒症中性粒细胞相关基因，并构建了基于4个基因的随机森林诊断模型 | 研究依赖于公共数据库数据，缺乏独立验证队列和前瞻性临床验证 | 开发脓毒症诊断模型并识别关键驱动生物标志物 | 脓毒症患者和健康对照的外周血样本 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 376 | 2025-12-01 |
3D imaging and single-cell analysis reveal cellular heterogeneity of lymphatic valve endothelial cell types
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113841
PMID:41312387
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研究论文 | 通过3D成像和单细胞分析揭示皮肤淋巴管内皮细胞的空间组织和细胞异质性 | 首次结合3D成像和单细胞转录组学揭示皮肤淋巴管网络的层次结构及淋巴瓣内皮细胞的异质性 | 仅关注成年皮肤微环境，未涉及其他组织或发育阶段 | 解析皮肤淋巴管系统的空间结构和细胞异质性 | 成年皮肤中的淋巴管内皮细胞 | 单细胞分析 | NA | 3D成像, 单细胞转录组学 | NA | 图像数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 377 | 2025-12-01 |
All-Trans Retinoic Acid Impacts Early Palatal Shelves Development via the Wnt and TGF-β Signaling Pathways
2025-Nov-20, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13112836
PMID:41301924
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示全反式维甲酸通过调控Wnt和TGF-β信号通路影响小鼠腭板早期发育的分子机制 | 首次在E12.5胚胎期利用单细胞测序技术系统分析atRA对腭板发育的影响，并发现Ppp1r14b基因在信号通路中的关键介导作用 | 研究仅聚焦于E12.5特定发育阶段，未涵盖腭板发育全过程 | 阐明全反式维甲酸诱导腭裂形成的分子机制 | C57BL/6小鼠胚胎腭板组织 | 发育生物学 | 腭裂 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, Western blot | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据, 蛋白表达数据 | C57BL/6小鼠对照组和atRA暴露组胚胎腭板组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x单细胞测序分析 |
| 378 | 2025-12-01 |
Harnessing Single-Cell RNA-Seq for Computational Drug Repurposing in Cancer Immunotherapy
2025-Nov-20, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18111769
PMID:41305010
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序数据进行计算药物重定位在癌症免疫治疗中的应用 | 强调利用单细胞RNA测序技术精确靶向癌症驱动细胞成分，并展示scDrug和scDrugPrio两种工具在食管鳞癌中的应用 | 当前主要基于单细胞转录组数据，尚未整合多组学和空间转录组数据 | 通过计算药物重定位方法寻找能够增强免疫检查点抑制剂治疗效果的联合用药候选药物 | 食管鳞状细胞癌数据集和肿瘤微环境中的不同细胞类型 | 计算生物学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | scDrug, scDrugPrio | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 379 | 2025-12-01 |
A Multi-Omics Dataset of Prostate Cancer Response to Oncolytic Virus OH2 Treatment
2025-Nov-19, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-06133-y
PMID:41261087
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨溶瘤病毒OH2对前列腺癌肿瘤微环境的影响 | 首次整合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序系统分析OH2溶瘤病毒对前列腺癌肿瘤微环境的调控机制 | 研究主要基于体外细胞模型和小鼠移植瘤模型，尚未在人体临床试验中验证 | 阐明溶瘤病毒OH2对前列腺癌肿瘤微环境的调控机制 | 前列腺癌细胞模型和RM-1小鼠皮下移植瘤模型 | 多组学整合分析 | 前列腺癌 | 转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达谱、代谢谱、单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 380 | 2025-12-01 |
Integrated Pan-Cancer Analysis and Experimental Verification of the Roles of Retinoid-Binding Proteins in Breast Cancer
2025-Nov-19, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17223706
PMID:41301068
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研究论文 | 通过整合性泛癌分析和实验验证探讨视黄醇结合蛋白在乳腺癌中的作用 | 首次系统分析视黄醇结合蛋白在多种癌症中的表达特征，并结合单细胞RNA测序技术研究RBP4和RBP7在肿瘤微环境中的具体作用 | 研究主要基于TCGA数据库的回顾性分析，需要更多实验验证功能机制 | 阐明视黄醇结合蛋白在人类癌症中的表达特征和预后价值 | 多种癌症类型（重点关注乳腺癌）中的视黄醇结合蛋白 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 生物信息学分析, 单细胞RNA测序, Kaplan-Meier生存分析, Cox回归分析 | 统计模型 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA数据库中的多种癌症样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |