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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2025-12-07 |
HTRA1-AS1, an ARMS2-region long non-coding RNA, is downregulated in retinas of age-related macular degeneration patients
2025-Nov-06, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.10.29.25338834
PMID:41282784
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研究论文 | 本研究在年龄相关性黄斑变性(AMD)的主要遗传风险位点10q26区域内,鉴定并验证了一个长链非编码RNA HTRA1-AS1,发现其在AMD患者视网膜中表达下调,并在氧化应激条件下表达显著上调 | 首次在AMD关键遗传风险区域ARMS2-HTRA1内鉴定出长链非编码RNA HTRA1-AS1,并揭示了其在AMD患者视网膜中的表达异常及在氧化应激反应中的动态变化 | 研究样本量相对有限(43例AMD vs 44例对照),且功能机制研究尚不深入,主要基于表达相关性分析 | 探索10q26基因座在年龄相关性黄斑变性发病机制中的非编码RNA调控作用 | 人类死后视网膜组织、人诱导多能干细胞(iPSC)分化的视网膜色素上皮(RPE)细胞 | 基因组学 | 年龄相关性黄斑变性 | RNA-seq、RT-PCR、Sanger测序、单细胞RNA-seq数据分析 | NA | RNA序列数据、基因表达数据 | 87例人类视网膜捐赠者(43例AMD患者,44例对照) | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 322 | 2025-12-07 |
Single Cell Analysis of pBMCs of Psoriasis patients reveals distinct CD4+ T cell phenotypes associated with response to IL-23 blockade
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.04.686122
PMID:41279198
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析银屑病患者外周血单个核细胞,揭示了与IL-23阻断治疗反应相关的CD4+ T细胞表型 | 首次利用单细胞RNA测序技术,在银屑病患者外周血中识别出与IL-23抑制剂治疗反应相关的特定CD4+ T细胞群体,特别是Th1样细胞,并发现其转录组特征与皮损区T细胞相似 | 样本量相对较小(27名患者),且仅基于外周血分析,未直接评估皮损组织;研究结果需在更大队列中验证 | 旨在识别与IL-23阻断治疗反应相关的免疫细胞特征,以预测银屑病患者的临床疗效 | 银屑病或银屑病关节炎患者的外周血单个核细胞(pBMCs) | 单细胞组学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 27名银屑病或银屑病关节炎患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 323 | 2025-12-07 |
scRNA-seq of Penaeus japonicus hemocytes under environmentally-induced restriction of sand-diving behavior
2025-Nov, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111125
PMID:41038398
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了日本对虾在沙潜行为受限下的血细胞分子响应,揭示了关键细胞亚群和差异表达基因 | 首次在日本对虾中应用单细胞转录组技术研究沙潜行为受限的分子机制,并识别出与行为调控相关的关键候选基因 | 候选基因的具体功能需要进一步验证,且研究仅关注了血细胞,未涉及其他组织或长期效应 | 探究日本对虾在沙潜行为受限下的分子应激响应及行为调控机制 | 日本对虾的血细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, RNA原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据 | 三个养殖系统组(沙底组、无沙组、无沙应激组)的日本对虾血细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 324 | 2025-12-07 |
ScASplicer: An interactive shiny/R application for alternative splicing analysis of single-cell sequencing
2025-Nov, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111116
PMID:41038402
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研究论文 | 本文介绍了ScASplicer,一个基于Shiny/R的交互式应用,用于单细胞测序的替代剪接分析 | 开发了Python包简化输入文件生成,并创建了Shiny/R包ScASplicer,支持多细胞群体的交互式、无代码分析,提升了MARVEL工具的可用性和功能 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 改进单细胞RNA测序中替代剪接分析的可用性和功能性 | 单细胞RNA测序数据中的替代剪接事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 325 | 2025-12-07 |
SerpinB2 promotes the proliferation of glioma cells by regulating the cell cycle through the Wnt/β-catenin signaling pathway
2025-Nov, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111148
PMID:41176096
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研究论文 | 本研究结合转录组测序和单细胞转录组分析,揭示了SerpinB2通过Wnt/β-catenin信号通路调控细胞周期,从而促进胶质瘤细胞增殖的分子机制 | 首次将转录组测序与单细胞转录组分析相结合,系统阐明了SerpinB2在胶质瘤中通过Wnt/β-catenin通路调控细胞周期的具体机制 | 研究主要基于体外细胞实验和动物模型,缺乏临床患者样本的直接验证,且信号通路的具体调控细节仍需进一步探索 | 阐明SerpinB2在胶质瘤细胞增殖中的分子调控机制 | 胶质瘤细胞系、胶质瘤组织样本、荷瘤小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 转录组测序, 单细胞转录组分析, CCK-8, 伤口愈合实验, 流式细胞术, q-PCR, Western blotting | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 细胞功能数据 | 未明确具体样本数量,但使用了CGGA和TISCH数据库的胶质瘤组织数据、细胞系实验及荷瘤小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 326 | 2025-12-07 |
A bioinformatics pipeline for identifying homoplasmic and heteroplasmic mitochondrial DNA SNVs in single-cell RNA-Seq datasets
2025-Nov, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111122
PMID:41061772
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研究论文 | 开发了一种用于从单细胞RNA测序数据中识别同质和异质线粒体DNA单核苷酸变异的生物信息学流程 | 提出了一种新型生物信息学流程,包括质量控制和可定制的覆盖度依赖阈值,以可靠检测scRNA-seq数据中的mtDNA SNVs,并过滤测序错误 | NA | 开发一个生物信息学流程,用于从单细胞RNA测序数据中识别线粒体DNA单核苷酸变异 | 单细胞RNA测序数据集中的线粒体DNA单核苷酸变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 327 | 2025-12-07 |
ST-GCP: a graph convolutional network model with contrastive consistency and permutation for spatial transcriptomics
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf643
PMID:41348600
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研究论文 | 本文提出了一种名为ST-GCP的自监督图表示学习框架,用于空间转录组数据,通过结合结构-特征扰动机制来提升聚类效果 | ST-GCP引入了特征级随机置换和空间邻接网络中的随机边丢弃,创建两个互补的增强图视图,并利用对比一致性目标对齐视图特定表示,从而在低维空间中耦合图拓扑与转录组谱 | NA | 开发一种自监督图表示学习框架,以更好地利用空间转录组数据中的空间信息,提升聚类和模式发现能力 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 图卷积网络 | 基因表达矩阵和空间邻接网络 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 328 | 2025-12-06 |
BMP4 cocktail promotes utricular progenitor reprogramming and vestibular functional recovery in adult mice
2025-Nov-29, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.065
PMID:41325835
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研究论文 | 本研究探讨了BMP4在小鼠前庭毛细胞再生中的作用,通过激活c-Fos促进非毛细胞重编程,并联合Notch抑制和Wnt激活恢复前庭功能 | 首次揭示BMP4通过c-Fos激活增强前庭非毛细胞重编程,并联合靶向Notch和Wnt通路的小分子组合促进成年小鼠前庭功能恢复 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化潜力需进一步验证;长期安全性和疗效评估不足 | 探究BMP4在耳毒性损伤后前庭毛细胞再生中的作用机制 | 成年C57BL/6J背景小鼠(包括多种转基因品系)的前庭毛细胞和非毛细胞 | 分子生物学与再生医学 | 前庭功能障碍 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、CUT&Tag测序、免疫荧光染色、Western blot分析 | NA | 转录组数据、表观基因组数据、图像数据 | P30成年小鼠及P2小鼠球体/外植体组织 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, CUT&Tag | NA | NA |
| 329 | 2025-12-06 |
UGP2 is a potential target for breast cancer, based on bioinformatics analysis and in vitro experiments
2025-Nov-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27055-0
PMID:41298748
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和体外实验,系统探讨了UGP2在乳腺癌进展中的临床相关性及功能机制 | 首次系统性地将UGP2表达与乳腺癌(尤其是TNBC亚型)的临床病理特征、预后及肿瘤微环境中的空间分布联系起来,并通过功能实验验证了其促癌作用 | 研究主要基于公共数据库分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证和更大规模的临床队列验证 | 探究UGP2在乳腺癌发生发展中的临床意义和生物学功能 | 乳腺癌患者样本(来自TCGA等数据库及118例临床标本)及乳腺癌细胞系 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 生物信息学多组学分析、免疫组化、单细胞RNA测序、siRNA敲低实验 | NA | 基因表达数据、临床病理数据、单细胞RNA测序数据、体外细胞功能数据 | TCGA等公共数据库样本及118例临床乳腺癌标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 330 | 2025-12-06 |
SPINK1-driven cellular heterogeneity and interaction networks in intrahepatic cholangiocarcinoma revealed by integrated multi-omics analysis
2025-Nov-17, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.011
PMID:41238039
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析揭示了SPINK1驱动的细胞异质性及相互作用网络在肝内胆管癌中的作用 | 发现了SPINK1-CCL20-LAMs轴,该轴协调免疫细胞招募和代谢重编程,揭示了SPINK1通过LAMs建立富含谷氨酰胺的微环境促进肿瘤生长的新机制 | NA | 剖析肝内胆管癌的细胞异质性和细胞间相互作用,特别关注SPINK1过表达的上皮亚群 | 人类肝内胆管癌肿瘤及邻近正常组织 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序, 整合蛋白质组学分析, Transwell实验, 共培养系统, 功能扰动实验 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 331 | 2025-12-06 |
Association of neuronal autoantibodies with overall survival in gastric cancer patients
2025-Nov-13, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0495
PMID:41230722
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研究论文 | 本研究探讨了胃癌患者中神经元自身抗体的存在及其与总体生存期的关联 | 首次在无副肿瘤性神经系统综合征的胃癌患者中检测神经元自身抗体,并揭示其与生存期缩短和肿瘤微环境免疫抑制特征的关联 | 单中心队列研究,样本量有限,需要进一步机制研究验证 | 评估胃癌患者神经元自身抗体的临床预后意义 | 胃癌患者血清样本和肿瘤组织 | NA | 胃癌 | 免疫荧光、细胞基础检测、单细胞测序 | NA | 血清样本、肿瘤组织、单细胞测序数据 | 323例胃癌患者(144例TBA阳性,179例TBA阴性) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 332 | 2025-12-06 |
Clinical and translational study of ivosidenib plus nivolumab in advanced solid tumors harboring IDH1 mutations
2025-Nov-11, The oncologist
DOI:10.1093/oncolo/oyaf362
PMID:41138165
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研究论文 | 本研究评估了ivosidenib联合nivolumab在携带IDH1突变的晚期实体瘤患者中的初步活性和安全性 | 首次在临床试验中探索IDH1抑制剂与抗PD1抗体联合治疗IDH1突变实体瘤的疗效,并结合空间转录组学等先进技术进行转化分析 | 样本量较小(仅15例患者),临床获益有限,需要更大规模研究验证 | 评估ivosidenib联合nivolumab在IDH1突变晚期实体瘤中的治疗效果和免疫调节作用 | 携带IDH1突变的晚期或难治性实体瘤患者 | 数字病理学 | 实体瘤 | 空间转录组学,蛋白质组学,药效动力学分析 | NA | 临床数据,蛋白质组数据,空间转录组数据 | 15例患者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 333 | 2025-12-06 |
Base editing and nanoparticle transfection of airway cell types essential for treatment of cystic fibrosis
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.06.687048
PMID:41279346
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研究论文 | 本研究利用碱基编辑技术和聚合物纳米颗粒转染,纠正了囊性纤维化(CF)患者气道细胞中的致病性剪接位点变异,并实现了CFTR功能的临床意义水平恢复 | 首次将碱基编辑器RNA与聚合物纳米颗粒(PNPs)非病毒递送平台结合,在CF原代气道细胞中纠正常见致病剪接变异,并通过单细胞RNA测序揭示了编辑后细胞类型特异性转录变化 | 研究未详细探讨PNPs在体内递送的长期安全性和效率,且对基底细胞亚型编辑后比例下降的机制解释有限 | 开发一种可扩展的非病毒治疗平台,用于纠正囊性纤维化及其他呼吸系统疾病中呼吸上皮细胞的功能障碍 | 囊性纤维化患者的气道上皮细胞,包括离子细胞、分泌性杯状细胞和基底祖细胞亚型 | 基因编辑与细胞治疗 | 囊性纤维化 | 碱基编辑,单细胞RNA测序(scRNA-seq),聚合物纳米颗粒(PNPs)转染 | NA | 单细胞RNA测序数据,功能测定数据 | 原代CF气道细胞和永生化气道细胞,具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 334 | 2025-12-06 |
Microvascular Endothelial Cells License APS Vasculopathy Through YAP1- and CCN2-Mediated Signaling
2025-Nov-04, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和实验模型揭示了抗磷脂综合征(APS)微血管内皮细胞通过YAP1和CCN2介导的信号通路促进血管病变的机制 | 首次在APS患者皮肤微血管中鉴定出YAP1信号激活,并证明CCN2在介导内皮细胞与平滑肌细胞间促增殖通讯中的关键作用 | 研究主要基于皮肤活检和小鼠模型,在其他器官APS血管病变中的普遍性需进一步验证 | 探究APS血管病变的细胞和分子机制,寻找潜在治疗靶点 | APS患者的皮肤微血管内皮细胞、血管平滑肌细胞、小鼠模型 | 数字病理学 | 抗磷脂综合征 | 单细胞RNA测序、免疫荧光显微镜、ELISA、定量PCR、免疫印迹 | NA | RNA测序数据、显微镜图像、蛋白质浓度数据 | APS患者的皮肤活检样本、血浆样本、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 335 | 2025-12-06 |
Single-Cell Analysis Reveals a Critical Role for Macrophage Epsins in Regulating the Origin of Foam Cells in Atherosclerosis
2025-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323288
PMID:40931837
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了巨噬细胞epsin蛋白在动脉粥样硬化泡沫细胞形成中的关键作用 | 首次发现巨噬细胞特异性表达的epsin蛋白通过调节血管平滑肌细胞向巨噬细胞转化,加速动脉粥样硬化进程 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证 | 探究巨噬细胞epsin蛋白在动脉粥样硬化泡沫细胞形成中的分子机制 | WT/Apoe-/-和LysM-DKO/Apoe-/-小鼠模型 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,免疫染色,共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据 | WT/Apoe-/-和LysM-DKO/Apoe-/-小鼠,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 336 | 2025-12-06 |
Integrating bulk and single-cell transcriptome to identify novel gene markers for germinal center B cells (GCB) subtype of diffuse large B-cell lymphoma
2025-Nov, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06517-5
PMID:41120675
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞转录组数据,开发了一个基于19个基因对的定性特征(19-GPS),用于区分弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的生发中心B细胞(GCB)亚型与非GCB亚型 | 利用基因的相对表达顺序(REO)模式,开发了高度稳定、抗批次效应和样本质量变化的定性特征,提高了DLBCL亚型分类的临床适用性和预后分层性能 | 未明确提及样本来源的多样性或外部验证的广泛性,可能影响模型的泛化能力 | 开发一个稳定的定性特征,以区分DLBCL的GCB亚型与非GCB亚型,并评估其预后和治疗指导价值 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者样本,包括GCB和非GCB亚型 | 生物信息学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | bulk转录组测序,单细胞转录组测序 | 基于基因对相对表达顺序(REO)的定性特征模型 | 基因表达数据 | 四个独立数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 337 | 2025-12-05 |
The PIK3C3/MAPK14 axis drives M1 polarization via autophagy Inhibition to exacerbate Sepsis-Induced acute lung injury
2025-Nov-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27088-5
PMID:41318541
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研究论文 | 本研究揭示了PIK3C3/MAPK14信号轴通过抑制自噬驱动巨噬细胞M1极化,从而加剧脓毒症诱导的急性肺损伤的机制 | 首次通过机器学习转录组分析和多组学整合,鉴定出MAPK14是ALI的核心基因,并揭示了PIK3C3与MAPK14之间的高亲和力相互作用及其通过调控自噬影响巨噬细胞极化的新机制 | 研究主要基于体外实验和计算模拟,缺乏体内动物模型的直接验证,且临床样本量有限 | 阐明脓毒症诱导的急性肺损伤中巨噬细胞自噬失调的分子机制 | 巨噬细胞、急性肺损伤组织 | 机器学习 | 急性肺损伤 | 机器学习转录组分析、单细胞测序、多组学整合、分子对接、动力学模拟、Western Blot、RT-qPCR、流式细胞术、ELISA、RNA pull-down | 机器学习模型(具体类型未指定) | 转录组数据、单细胞测序数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 338 | 2025-12-05 |
Intraductal Papillary Mucinous Neoplasm Cellular Plasticity is Linked with Repeat Element Dysregulation
2025-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.632658
PMID:41332753
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,结合定制重复元件探针,探讨了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)的组织学亚型、重复元件失调与不同细胞群分子谱之间的关系 | 首次在IPMN中应用单细胞空间分子成像技术,揭示了从胃型向肠型和胰胆型分支的细胞状态可塑性连续体,并发现重复元件表达与高级别异型增生相关 | 样本量相对较小(18例患者),且仅针对手术切除的IPMN病变进行分析,可能无法完全代表所有临床情况 | 探究IPMN组织学亚型、重复元件失调与分子特征之间的关联,以理解其进展机制 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)的52个病变样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,单细胞空间分子成像,重复元件表达分析 | NA | 空间转录组数据,单细胞成像数据 | 52个病变样本来自18例患者 | NA | 空间转录组学,单细胞空间分子成像 | GeoMx, CosMx | GeoMx用于全转录组空间分析,CosMx用于单细胞空间分子成像,均使用LINE1、HSATII、HERVK和HERVH重复元件探针 |
| 339 | 2025-12-05 |
Genetic dissection of microglia cannibalism reveals an IL10 signaling axis controls microglia lifespan
2025-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689277
PMID:41332758
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研究论文 | 本研究通过大规模CRISPR筛选揭示了IL10信号轴如何通过调控溶酶体酸化来控制小胶质细胞的寿命和同类相食行为 | 首次在小胶质细胞中鉴定出IL10信号通路通过溶酶体酸化调控细胞寿命的机制,并提出了坏死性凋亡-同类相食过程作为小胶质细胞更新的质量控制机制 | 研究主要基于斑马鱼模型,虽然在小鼠中进行了验证,但人类小胶质细胞中的机制仍需进一步探索 | 探究小胶质细胞在清除细胞碎片后命运调控的遗传机制 | 斑马鱼和小鼠的小胶质细胞 | 神经免疫学 | NA | CRISPR筛选、单细胞RNA测序、机器人共聚焦显微镜 | NA | 基因表达数据、显微镜图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 340 | 2025-12-05 |
CDH3 as a Novel Therapeutic Target in Basal-like Double-Negative Prostate Cancer
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.18.689150
PMID:41332717
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研究论文 | 本研究探讨了CDH3在基底样前列腺癌中的作用,并评估了针对CDH3的抗体药物偶联物和CAR T细胞治疗策略 | 首次将CDH3识别为基底样前列腺癌的关键标志物和功能驱动因子,并开发了针对CDH3的ADC和CAR T细胞疗法,展示了在临床前模型中的显著疗效 | 研究主要基于小鼠模型和临床前实验,尚未在人类临床试验中验证,且样本量有限 | 阐明CDH3在基底样前列腺癌中的作用,并评估CDH3靶向治疗策略的潜力 | 基底样(双阴性)前列腺癌 | 癌症研究 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、抗体药物偶联物和CAR T细胞技术 | 基因工程小鼠模型、异种移植模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 小鼠前列腺癌模型和人类前列腺癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |