单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202511-202511] [清除筛选条件]
当前共找到 929 篇文献,本页显示第 301 - 320 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
301 2025-12-15
A Comprehensive Analysis of Novel Variations Associated with Bile Duct Cancer: Insights into Expression, Methylation, and 3D Protein Structure
2025-Nov-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究通过整合基因组、转录组、单细胞、甲基化和分子动力学数据,全面分析胆管癌中的新变异,揭示其表达、甲基化和3D蛋白质结构变化 首次将多组学数据(包括单细胞RNA-seq、甲基化阵列和分子动力学模拟)与公共数据集结合,系统识别胆管癌的致病性变异及其功能影响 研究主要依赖公共数据集,样本量有限(如23个肿瘤样本),且未进行实验验证 识别胆管癌的致病性变异,为诊断和治疗策略提供新见解 胆管癌(胆道上皮癌) 生物信息学 胆管癌 基因组学、转录组学、单细胞RNA-seq、甲基化分析、分子动力学模拟 DESeq2、limma、DMRcate、AlphaFold3、GROMACS、FoldX5 基因组变异数据、RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据、甲基化阵列数据、蛋白质结构数据 23个肿瘤样本(TCGA)、52个肿瘤和12个正常肝脏样本(甲基化数据)、23,782个细胞(单细胞RNA-seq) Illumina 单细胞RNA-seq、甲基化分析 Illumina 450 K甲基化阵列 Illumina 450 K甲基化阵列用于分析52个肿瘤和12个正常肝脏样本的甲基化模式
302 2025-12-15
Bioinformatics frameworks for single-cell long-read sequencing: unlocking isoform-level resolution
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
综述 本文综述了单细胞长读长测序技术及其生物信息学框架在解锁异构体水平分辨率方面的应用 探讨了单细胞长读长测序技术如何结合单细胞分辨率与第三代测序技术,以解决传统短读长测序在重构全长转录本异构体方面的限制 NA 探索单细胞长读长测序技术在理解异构体调控和异常剪接在人类疾病中的作用,并揭示其诊断和治疗潜力 单细胞长读长测序数据及其生物信息学分析工具 生物信息学 癌症 单细胞长读长RNA测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 长读长RNA-seq NA NA
303 2025-12-14
Single-cell and spatial transcriptome landscapes reveal the spatial immune defense pattern shared by primary and brain metastatic lung adenocarcinoma
2025-Nov-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学,揭示了原发性与脑转移性肺腺癌共有的空间免疫防御模式 首次通过整合单细胞和空间转录组数据,识别出原发性与脑转移性肺腺癌共有的、具有空间富集特征的肿瘤免疫防御模式(TIDP),并发现其与髓系相关的免疫抑制特征及不良预后显著相关 研究主要基于转录组数据,功能验证和临床转化潜力仍需进一步实验和临床试验证实 阐明原发性与脑转移性肺腺癌共有的免疫防御机制,识别导致免疫逃逸和治疗抵抗的空间组织化程序及分子相互作用 肺腺癌(LUAD)的原发性肿瘤和脑转移性肿瘤 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序,空间转录组学 非负矩阵分解(NMF) 单细胞转录组数据,空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
304 2025-12-14
Identification of the key gene for hepatocellular carcinoma based on bioinformatics and machine learning and experimental verification
2025-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究结合生物信息学与机器学习方法,筛选并验证了肝细胞癌的关键基因FAM83D 整合多个GEO数据集,应用SVM-RFE和LASSO机器学习算法筛选诊断基因,并通过单细胞和空间转录组学分析验证FAM83D在恶性细胞中的上调及其与免疫治疗反应的关联 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,实验验证部分可能受样本量限制,且未深入探讨FAM83D的具体分子机制 识别肝细胞癌的关键驱动基因,以辅助早期诊断和预后评估 肝细胞癌患者与非癌肝组织 机器学习 肝细胞癌 生物信息学分析、机器学习算法(SVM-RFE、LASSO)、免疫组化、单细胞转录组学、空间转录组学 SVM-RFE、LASSO 基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据 三个GEO数据集(GSE78737、GSE98383、GSE121248),具体样本数未明确说明 NA 单细胞RNA-seq、空间转录组学 NA NA
305 2025-12-14
MCRS1 is associated with immunosuppressive microenvironments in pan-cancer and promotes hepatocellular carcinoma malignant phenotypes
2025-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究通过泛癌分析揭示了微球蛋白1(MCRS1)在肿瘤免疫抑制微环境中的关键作用,并重点阐明了其在肝细胞癌(HCC)恶性表型中的表观遗传驱动机制 首次报道了MCRS1在泛癌水平上的免疫学意义和治疗潜力,并发现其启动子低甲基化驱动的过表达与M2巨噬细胞极化的免疫抵抗微环境相关 研究主要基于公共数据库和体外功能验证,缺乏体内动物模型的深入机制验证 阐明MCRS1在泛癌中的免疫学意义和治疗潜力,并揭示其在肝细胞癌进展中的表观遗传驱动机制 多种癌症类型(泛癌分析),重点关注肝细胞癌(HCC) 生物信息学,癌症免疫学 肝细胞癌,泛癌 批量转录组学,单细胞RNA测序(scRNA-seq),表观遗传分析,功能验证 NA 转录组数据,单细胞RNA测序数据,表观遗传数据,蛋白质表达数据 来自TCGA、GTEx、HPA等公共数据库的大量样本(具体数量未明确说明),包括24种恶性肿瘤 NA 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA NA
306 2025-12-14
Functional Division of Insect Blood Cells by Single-Cell RNA-Sequencing and Cell-Type-Specific FISH Markers
2025-Nov-22, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和细胞类型特异性FISH标记,揭示了昆虫血细胞的功能分化与动态变化 首次在鳞翅目昆虫中应用单细胞RNA测序技术解析血细胞功能分化,发现了24个功能簇和7个功能组,并开发了特异性FISH标记识别新细胞群 研究仅针对一种鳞翅目昆虫幼虫,结果可能不适用于其他昆虫种类或发育阶段 探究昆虫血细胞的功能分化类型及其在免疫应答中的动态变化 鳞翅目昆虫(烟草天蛾)幼虫的血细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),荧光原位杂交(FISH) NA 单细胞转录组数据,图像数据 未明确样本数量,使用烟草天蛾幼虫血细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
307 2025-12-14
Inferring the regulation dynamics of oscillatory networks from scRNA-seq data
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种通过整合细胞周期位置信息来改进单细胞RNA测序数据中基因调控网络推断的方法 将振荡过程(如细胞周期)的周期性约束纳入基因调控网络推断,相比传统基于基因相关性或时间进程的方法,能更准确地解析细胞周期调控动力学 仅在小鼠视网膜祖细胞单细胞基因表达数据集上进行了验证,尚未在其他细胞类型或生物系统中广泛测试 提高从单细胞RNA测序数据中推断振荡网络(如细胞周期)调控动力学的准确性 小鼠视网膜祖细胞的单细胞基因表达数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 基因调控网络推断方法(包括Tricycle等八种代表性方法) 单细胞基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
308 2025-12-14
Img2ST-Net: efficient high-resolution spatial omics prediction from whole-slide histology images via fully convolutional image-to-image learning
2025-Nov, Journal of medical imaging (Bellingham, Wash.)
研究论文 本研究提出了一种名为Img2ST-Net的高效框架,用于从全切片组织学图像中并行预测高分辨率空间转录组数据 提出了首个用于高分辨率空间转录组预测的全卷积图像到图像学习框架,将任务重构为具有数百或数千个输出通道的超内容图像生成问题,并引入了针对高分辨率ST分析的基于结构相似性的评估指标SSIM-ST 论文未明确说明模型在更广泛的组织类型或疾病中的应用局限性,也未讨论模型对极低表达基因的预测能力 开发一种高效、可扩展的框架,以降低高分辨率空间转录组数据获取的成本和时间,直接从常规组织学图像预测基因表达 乳腺癌和结直肠癌的组织样本 数字病理学 乳腺癌, 结直肠癌 空间转录组学 全卷积神经网络 图像, 基因表达数据 两个公共Visium HD数据集(乳腺癌和结直肠癌) 10x Genomics 空间转录组学 Visium HD Visium HD平台,分辨率为8 μm和16 μm
309 2025-12-14
STIFT: spatiotemporal transcriptomics integration through spatially informed multi-timepoint bridging
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本文提出了一种名为STIFT的时空转录组学整合框架,用于整合发育或再生过程中跨时间点的空间转录组学数据 STIFT框架结合了发育时空最优传输、时空图构建以及基于时间三元学习的图注意力自编码器,专门为整合时空转录组学数据而设计 NA 整合时空转录组学数据,以去除批次效应、识别空间域、推断轨迹并探索发育动态 蝾螈脑再生、小鼠胚胎发育和3D涡虫再生数据集 空间转录组学 NA 空间转录组学 图注意力自编码器 空间转录组学数据(2D或3D) 数十万个spots NA 空间转录组学 NA NA
310 2025-12-13
Integration of genetic, proteomic, and transcriptomic data identifies therapeutic targets and prognostic biomarkers in bladder cancer
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究通过整合遗传、蛋白质组和转录组数据,识别了膀胱癌的潜在治疗靶点和预后生物标志物 整合跨组学定量性状位点、OLINK蛋白质组学和转录组学数据,结合前瞻性队列研究和多组学分析,识别新的治疗靶点和生物标志物 研究依赖于现有数据库和队列数据,可能受限于样本代表性和数据完整性,需要进一步实验验证 识别膀胱癌的分子靶点和候选药物,以改善早期诊断和精准治疗 膀胱癌患者及相关遗传、蛋白质和转录组数据 生物信息学 膀胱癌 xQTLs, OLINK蛋白质组学, 转录组学, GWAS, 单细胞RNA测序, 甲基化分析 Cox回归, 随机生存森林模型 遗传数据, 蛋白质数据, 转录组数据, 甲基化数据 来自UK Biobank Pharma Proteomics Project, deCODE Genetics和Atherosclerosis Risk in Communities study的数据,具体样本数量未明确说明 OLINK, NA 蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 甲基化测序 OLINK平台, NA OLINK高通量血浆蛋白测量平台,具体配置未详细说明
311 2025-12-13
Migrasome-related long non-coding RNAs orchestrate immune microenvironment and serve as a novel prognostic model in clear cell renal cell carcinoma
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究通过整合转录组数据和临床参数,识别了与透明细胞肾细胞癌预后相关的迁移体相关长链非编码RNA,并构建了一个包含五个MRLs的预后模型,用于风险分层和指导治疗策略 首次系统性地识别了迁移体相关长链非编码RNA在透明细胞肾细胞癌中的预后价值,并构建了一个基于五个MRLs的稳健预后模型,同时结合单细胞RNA测序揭示了肿瘤细胞内在VEGF信号通路在调节迁移体相关分子程序中的作用 研究主要基于TCGA数据库的回顾性数据,需要进一步的前瞻性临床验证,且单细胞RNA测序数据的样本量可能有限 系统识别与透明细胞肾细胞癌预后相关的迁移体相关长链非编码RNA,并构建一个稳健的预后模型以改善风险分层和指导潜在治疗策略 透明细胞肾细胞癌患者 生物信息学 肾细胞癌 转录组分析、LASSO回归、单细胞RNA测序、RT-qPCR LASSO回归模型 转录组数据、临床数据、单细胞RNA测序数据 TCGA数据库中的透明细胞肾细胞癌患者样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
312 2025-12-13
MSI2 exerts antitumor effects by regulating T-cell function in kidney renal clear cell carcinoma
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究探讨了Musashi 2 (MSI2)在肾透明细胞癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系,发现MSI2通过调节T细胞功能发挥抗肿瘤作用 首次在肾透明细胞癌中发现MSI2下调并具有抗肿瘤功能,揭示了其在T细胞分化中的动态表达模式 研究主要基于数据库分析和体外实验,缺乏体内实验验证,且MSI2的具体调控机制仍需进一步探索 探索MSI2在肾透明细胞癌中的表达、功能及其与肿瘤微环境的相互作用 肾透明细胞癌患者样本、肾细胞系、T细胞 生物信息学 肾癌 单细胞RNA测序、伪时序分析、Kaplan-Meier分析、富集分析 NA mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据 基于公共数据库(TIMER2.0、UALCAN)的肾透明细胞癌患者样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
313 2025-12-13
Multi-omics characterization of metabolic and immune interactions in prostate cancer
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究通过多组学方法揭示了前列腺癌中代谢重编程与免疫微环境之间的相互作用,并识别了具有预后意义的关键代谢生物标志物ENO1和CKB 整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,首次系统性地揭示了ENO1和CKB在前列腺癌代谢-免疫串扰中的关键作用,并构建了整合这些标志物与临床参数的预后列线图 研究主要基于公开数据集,缺乏独立的实验验证队列;单细胞数据来源未明确说明具体平台细节 阐明前列腺癌中代谢重编程与免疫微环境相互作用的调控机制,并识别关键的预后代谢生物标志物 前列腺癌组织 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 生物信息学分析 多组学分析框架, Seurat, Signac, CIBERSORT, GSVA, GSEA, Cox回归模型 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据, 临床数据 TCGA-PRAD队列(具体样本数未明确说明)及公开可用的单细胞数据集 NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
314 2025-12-13
Durable B-Cell Impairment While Sparing IgA B Cells After Ocrelizumab Therapy in Multiple Sclerosis
2025-Nov, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1
研究论文 本研究评估了多发性硬化症患者在使用奥瑞珠单抗治疗前、治疗期间及停药后的早期B细胞谱变化 首次通过光谱流式细胞术和单细胞RNA测序分析奥瑞珠单抗治疗对B细胞亚群(特别是IgA B细胞)的长期影响及停药后的重建过程 样本量较小(18名患者和3名停药患者),且为观察性研究,需更大规模验证 探究奥瑞珠单抗在多发性硬化症中的作用机制及疾病病理生理学 早期未治疗的多发性硬化症患者和健康志愿者 NA 多发性硬化症 光谱流式细胞术,单细胞RNA测序 NA 细胞表型数据,基因表达数据 18名患者,10名健康志愿者,3名停药患者 NA 单细胞RNA测序 NA NA
315 2025-12-12
Clonal expansion of alveolar fibroblast progeny drives pulmonary fibrosis in mouse models
2025-Nov-17, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术,揭示了肺泡成纤维细胞后代的克隆扩增是驱动小鼠肺纤维化的关键机制 首次系统性地证明了成纤维细胞增殖在肺纤维化中的关键驱动作用,并提出了靶向成纤维细胞增殖作为纤维化疾病治疗新策略 主要基于小鼠模型,人类样本验证仅限于离体肺切片,需要更多临床研究验证 探究成纤维细胞增殖在肺纤维化发病机制中的功能重要性 小鼠肺泡成纤维细胞及其后代、人类纤维化肺组织 单细胞组学 肺纤维化 单细胞RNA测序、谱系追踪、EdU标记 NA 单细胞转录组数据、谱系追踪数据 2种独立的小鼠肺纤维化模型、人类纤维化与非病变肺切片 NA 单细胞RNA-seq NA NA
316 2025-12-12
SMURF: soft-segmentation for single-cell reconstruction and topological analysis of spatial transcriptomic data
2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为SMURF的新型软分割算法,用于高分辨率空间转录组学数据中mRNA到单个细胞的准确分配及组织结构的拓扑分析 开发了跨平台的软分割算法SMURF,能够将捕获点中的mRNA映射到附近细胞核,并通过投影到笛卡尔坐标“展开”复杂组织结构,实现细胞类型组织和基因表达梯度的分析 NA 开发一种新计算方法,用于准确分配空间转录组学数据中的转录本到单个细胞,并分析细胞在原生组织环境中的基因表达 空间转录组学数据中的mRNA和细胞核 空间转录组学 NA 空间转录组学 软分割算法 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
317 2025-12-12
scSPAF: Cell Similarity Purified Adaptive Fusion Network for Single-Cell Multi-Omics Clustering
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 本文提出了一种名为scSPAF的单细胞多组学聚类网络,通过多层次融合方法探索组学数据的一致性和互补性 设计了细胞相似性纯化模块以整合细胞间的邻域信息,并采用自适应融合机制整合组学特异性表示和跨组学一致表示 NA 提升单细胞多组学聚类分析的性能 单细胞多组学数据 机器学习 NA 单细胞测序 自适应融合网络 单细胞多组学数据 六个真实世界数据集 NA 单细胞多组学 NA NA
318 2025-12-12
scGCRC: Graph and Contrastive-Based Representation Learning for Single-Cell RNA-Seq Data Clustering
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 提出了一种基于局部自注意力网络和对比学习的单细胞RNA测序数据聚类新方法 通过局部自注意力网络自动聚合细胞关系图中的潜在信息,并采用双对比学习模块同时在细胞层面和聚类层面优化细胞表征,无需预训练自编码器-解码器模块 NA 改进单细胞RNA测序数据的聚类分析,以更准确地识别细胞类型 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 局部自注意力网络,对比学习,Leiden社区发现算法 基因表达数据 160个子样本数据集(含不同细胞类型数量)、3个不同协议数据集、9个真实公共数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
319 2025-12-12
Single-cell transcriptomics of the myeloid milieu reveals an angiogenic niche in triple-negative breast cancer
2025-Nov, Experimental & molecular medicine
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序数据,揭示了三阴性乳腺癌中髓系细胞的异质性,特别是VEGFA中性粒细胞和SPP1巨噬细胞亚型在血管生成微环境中的作用 首次通过整合单细胞转录组学数据,系统描绘了三阴性乳腺癌髓系微环境,并发现VEGFA中性粒细胞和SPP1巨噬细胞亚型在缺氧区域共定位形成血管生成微环境,揭示了它们与患者不良预后的关联 研究主要基于转录组数据,功能验证和机制探索仍需进一步实验支持 阐明三阴性乳腺癌中髓系细胞的异质性、发育轨迹及其在肿瘤微环境中的作用 三阴性乳腺癌患者和多个小鼠模型的髓系细胞 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 单细胞转录组数据,空间转录组数据 整合了内部和公共单细胞RNA测序数据,涉及多个小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
320 2025-12-12
Single-cell transcriptomic profiling reveals liver fibrosis in colorectal cancer liver metastasis
2025-Nov, Experimental & molecular medicine
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序揭示了结直肠癌肝转移中肿瘤纤维化的临床意义及其分子特征 首次构建了肝转移肿瘤纤维化的单细胞图谱,揭示了VCAN_eCAF在纤维化重塑中的关键作用,并识别出FGF23/FGF3-FGFR1等潜在靶向互作 研究样本量有限,且为观察性研究,需进一步功能实验验证机制 探究结直肠癌肝转移中肿瘤纤维化的临床重要性、分子特征及其对肿瘤微环境的影响 结直肠癌肝转移患者的肿瘤组织 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序,多重免疫组化/免疫荧光,空间转录组学 NA 单细胞转录组数据,空间转录组数据,免疫组化图像 未明确说明具体样本数量 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
回到顶部