本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-12-06 |
Microvascular Endothelial Cells License APS Vasculopathy Through YAP1- and CCN2-Mediated Signaling
2025-Nov-04, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和实验模型揭示了抗磷脂综合征(APS)微血管内皮细胞通过YAP1和CCN2介导的信号通路促进血管病变的机制 | 首次在APS患者皮肤微血管中鉴定出YAP1信号激活,并证明CCN2在介导内皮细胞与平滑肌细胞间促增殖通讯中的关键作用 | 研究主要基于皮肤活检和小鼠模型,在其他器官APS血管病变中的普遍性需进一步验证 | 探究APS血管病变的细胞和分子机制,寻找潜在治疗靶点 | APS患者的皮肤微血管内皮细胞、血管平滑肌细胞、小鼠模型 | 数字病理学 | 抗磷脂综合征 | 单细胞RNA测序、免疫荧光显微镜、ELISA、定量PCR、免疫印迹 | NA | RNA测序数据、显微镜图像、蛋白质浓度数据 | APS患者的皮肤活检样本、血浆样本、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 302 | 2025-12-06 |
Single-Cell Analysis Reveals a Critical Role for Macrophage Epsins in Regulating the Origin of Foam Cells in Atherosclerosis
2025-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323288
PMID:40931837
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了巨噬细胞epsin蛋白在动脉粥样硬化泡沫细胞形成中的关键作用 | 首次发现巨噬细胞特异性表达的epsin蛋白通过调节血管平滑肌细胞向巨噬细胞转化,加速动脉粥样硬化进程 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证 | 探究巨噬细胞epsin蛋白在动脉粥样硬化泡沫细胞形成中的分子机制 | WT/Apoe-/-和LysM-DKO/Apoe-/-小鼠模型 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,免疫染色,共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据 | WT/Apoe-/-和LysM-DKO/Apoe-/-小鼠,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 303 | 2025-12-06 |
Single-cell transcriptional landscape of liver transplant rejection reveals tissue persistence of clonally expanded, treatment-resistant T cells
2025-Nov, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2025.08.004
PMID:40812614
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫组库分析,揭示了肝移植排斥中克隆扩增、治疗抵抗性T细胞的转录组景观及其在组织中的持久性 | 首次在儿科肝移植排斥中,结合单细胞转录组和免疫组库技术,系统描绘了CD8 T细胞的克隆扩增、表型、定位及与库普弗细胞的互作网络 | 样本量相对较小(30例),且仅针对儿科患者,可能限制了结果的普适性 | 探究肝移植后T细胞介导的排斥反应中CD8 T细胞的克隆扩增、持久性及分子机制 | 儿科肝移植患者的冷冻肝活检组织 | 数字病理学 | 肝移植排斥 | 单细胞RNA测序, 免疫组库分析 | NA | 单细胞转录组数据, 免疫组库数据 | 30例冷冻肝活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 304 | 2025-12-06 |
Integrating bulk and single-cell transcriptome to identify novel gene markers for germinal center B cells (GCB) subtype of diffuse large B-cell lymphoma
2025-Nov, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06517-5
PMID:41120675
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞转录组数据,开发了一个基于19个基因对的定性特征(19-GPS),用于区分弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的生发中心B细胞(GCB)亚型与非GCB亚型 | 利用基因的相对表达顺序(REO)模式,开发了高度稳定、抗批次效应和样本质量变化的定性特征,提高了DLBCL亚型分类的临床适用性和预后分层性能 | 未明确提及样本来源的多样性或外部验证的广泛性,可能影响模型的泛化能力 | 开发一个稳定的定性特征,以区分DLBCL的GCB亚型与非GCB亚型,并评估其预后和治疗指导价值 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者样本,包括GCB和非GCB亚型 | 生物信息学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | bulk转录组测序,单细胞转录组测序 | 基于基因对相对表达顺序(REO)的定性特征模型 | 基因表达数据 | 四个独立数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 305 | 2025-12-05 |
The PIK3C3/MAPK14 axis drives M1 polarization via autophagy Inhibition to exacerbate Sepsis-Induced acute lung injury
2025-Nov-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27088-5
PMID:41318541
|
研究论文 | 本研究揭示了PIK3C3/MAPK14信号轴通过抑制自噬驱动巨噬细胞M1极化,从而加剧脓毒症诱导的急性肺损伤的机制 | 首次通过机器学习转录组分析和多组学整合,鉴定出MAPK14是ALI的核心基因,并揭示了PIK3C3与MAPK14之间的高亲和力相互作用及其通过调控自噬影响巨噬细胞极化的新机制 | 研究主要基于体外实验和计算模拟,缺乏体内动物模型的直接验证,且临床样本量有限 | 阐明脓毒症诱导的急性肺损伤中巨噬细胞自噬失调的分子机制 | 巨噬细胞、急性肺损伤组织 | 机器学习 | 急性肺损伤 | 机器学习转录组分析、单细胞测序、多组学整合、分子对接、动力学模拟、Western Blot、RT-qPCR、流式细胞术、ELISA、RNA pull-down | 机器学习模型(具体类型未指定) | 转录组数据、单细胞测序数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 306 | 2025-12-05 |
Intraductal Papillary Mucinous Neoplasm Cellular Plasticity is Linked with Repeat Element Dysregulation
2025-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.632658
PMID:41332753
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,结合定制重复元件探针,探讨了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)的组织学亚型、重复元件失调与不同细胞群分子谱之间的关系 | 首次在IPMN中应用单细胞空间分子成像技术,揭示了从胃型向肠型和胰胆型分支的细胞状态可塑性连续体,并发现重复元件表达与高级别异型增生相关 | 样本量相对较小(18例患者),且仅针对手术切除的IPMN病变进行分析,可能无法完全代表所有临床情况 | 探究IPMN组织学亚型、重复元件失调与分子特征之间的关联,以理解其进展机制 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)的52个病变样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,单细胞空间分子成像,重复元件表达分析 | NA | 空间转录组数据,单细胞成像数据 | 52个病变样本来自18例患者 | NA | 空间转录组学,单细胞空间分子成像 | GeoMx, CosMx | GeoMx用于全转录组空间分析,CosMx用于单细胞空间分子成像,均使用LINE1、HSATII、HERVK和HERVH重复元件探针 |
| 307 | 2025-12-05 |
Genetic dissection of microglia cannibalism reveals an IL10 signaling axis controls microglia lifespan
2025-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689277
PMID:41332758
|
研究论文 | 本研究通过大规模CRISPR筛选揭示了IL10信号轴如何通过调控溶酶体酸化来控制小胶质细胞的寿命和同类相食行为 | 首次在小胶质细胞中鉴定出IL10信号通路通过溶酶体酸化调控细胞寿命的机制,并提出了坏死性凋亡-同类相食过程作为小胶质细胞更新的质量控制机制 | 研究主要基于斑马鱼模型,虽然在小鼠中进行了验证,但人类小胶质细胞中的机制仍需进一步探索 | 探究小胶质细胞在清除细胞碎片后命运调控的遗传机制 | 斑马鱼和小鼠的小胶质细胞 | 神经免疫学 | NA | CRISPR筛选、单细胞RNA测序、机器人共聚焦显微镜 | NA | 基因表达数据、显微镜图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 308 | 2025-12-05 |
CDH3 as a Novel Therapeutic Target in Basal-like Double-Negative Prostate Cancer
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.18.689150
PMID:41332717
|
研究论文 | 本研究探讨了CDH3在基底样前列腺癌中的作用,并评估了针对CDH3的抗体药物偶联物和CAR T细胞治疗策略 | 首次将CDH3识别为基底样前列腺癌的关键标志物和功能驱动因子,并开发了针对CDH3的ADC和CAR T细胞疗法,展示了在临床前模型中的显著疗效 | 研究主要基于小鼠模型和临床前实验,尚未在人类临床试验中验证,且样本量有限 | 阐明CDH3在基底样前列腺癌中的作用,并评估CDH3靶向治疗策略的潜力 | 基底样(双阴性)前列腺癌 | 癌症研究 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、抗体药物偶联物和CAR T细胞技术 | 基因工程小鼠模型、异种移植模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 小鼠前列腺癌模型和人类前列腺癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 309 | 2025-12-05 |
Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508358
PMID:40948400
|
研究论文 | 本文提出了一种多尺度细胞-细胞交互空间转录组学分析方法,用于整合基因表达谱与空间位置信息 | 首次在空间转录组学分析中系统性地整合了多尺度细胞-细胞相互作用,并结合了多尺度拓扑表示与前沿空间深度学习技术 | NA | 开发一种能够捕捉多尺度细胞-细胞相互作用的空间转录组学分析方法 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 空间深度学习技术 | 空间转录组学数据 | 37个基准空间转录组学数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 310 | 2025-12-05 |
Decipherment of disulfidptosis-related mutation profile, chemosensitivity, and prognosis in diffuse large B-cell lymphoma
2025-Nov, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-025-02571-8
PMID:40824493
|
研究论文 | 本研究通过分析弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)及其他多种肿瘤的转录组、体细胞突变和单细胞RNA测序数据,探索了二硫键死亡相关基因(DRGs)的表达谱、突变特征及其与预后和化疗敏感性的关联,并构建了一个新的DRGs风险评分模型 | 首次在DLBCL中系统研究了二硫键死亡相关基因(DRGs)的表达、突变及其临床意义,并构建了一个新的DRGs风险评分模型,该模型在DLBCL及泛癌分析中显示出良好的预后预测和化疗敏感性评估价值 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床研究进一步验证DRGs评分模型的临床应用价值 | 探索二硫键死亡相关基因(DRGs)在弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的表达、突变特征及其与患者预后、化疗敏感性的关系 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者及其他30种肿瘤类型的转录组、体细胞突变和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 转录组测序,单细胞RNA测序(scRNA-seq),体细胞突变分析,分子对接分析 | 风险评分模型 | 转录组数据,突变数据,单细胞RNA测序数据 | 涉及DLBCL患者及30种肿瘤类型的转录组和突变数据,具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 311 | 2025-12-05 |
Adenylate Uridylate- (AU-) Rich Element Gene-Based Prognostic Signature and Molecular Subtypes of Prostate Adenocarcinoma: Implications for Prognosis and Immune Microenvironment
2025-Nov, Archivos espanoles de urologia
IF:0.6Q4
|
研究论文 | 本研究基于腺苷酸尿苷酸富集元件基因构建了一个前列腺腺癌的预后特征和分子亚型,用于预测预后和反映免疫微环境特征 | 首次利用AREGs基因(ACSM3、ACTG2、DES)构建前列腺腺癌的预后模型,并关联免疫微环境分析 | 研究主要基于公共数据集和生物信息学分析,实验验证仅限于qRT-PCR,缺乏更深入的体内外功能验证 | 开发前列腺腺癌的预后预测模型并探索其与免疫微环境的关系 | 前列腺腺癌患者 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 加权基因共表达网络分析、Cox回归、LASSO正则化、CIBERSORT免疫浸润分析、单细胞转录组学、qRT-PCR | 预后风险模型 | 基因表达数据 | 基于公共PRAD数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 312 | 2025-12-04 |
Single-cell multiomics reveals macrophage-derived IL-23 and CXCL9/10 drive pathogenic IFNG+IL17+ T cells in immunotherapy-related colitis
2025-Nov-29, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011959
PMID:41320225
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了巨噬细胞来源的IL-23和CXCL9/10驱动IFNG+IL17+ T细胞在免疫治疗相关结肠炎中的致病作用 | 首次在免疫治疗相关结肠炎中鉴定出具有双重Th1/Th17特征的致病性IFNG+IL17+CD4+ T细胞亚群,并阐明其由组织驻留记忆T细胞分化而来,同时揭示了巨噬细胞通过IL-23和CXCL9/10信号通路驱动该过程的机制 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,需要更大规模的人类队列验证;机制研究虽深入但部分信号通路的具体调控细节仍需进一步探索 | 阐明免疫检查点阻断治疗相关结肠炎的免疫病理机制,并寻找不影响抗肿瘤疗效的治疗靶点 | 免疫治疗相关结肠炎患者和小鼠模型中的免疫细胞,特别是IFNG+IL17+CD4+ T细胞和肠道巨噬细胞 | 数字病理学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 空间转录组学, 流式细胞术, qPCR, 体内中和抗体阻断, 巨噬细胞耗竭 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, T细胞受体序列数据, 流式细胞术数据, qPCR数据 | 人类irColitis病变样本和小鼠模型样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 313 | 2025-12-04 |
Neutrophil extracellular traps-STC1 positive feedback loop promotes immune evasion and metastasis in bladder cancer
2025-Nov-28, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012736
PMID:41314976
|
研究论文 | 本研究揭示了膀胱癌中中性粒细胞胞外陷阱(NETs)与抗吞噬检查点STC1之间的正反馈环路在促进免疫逃逸和转移中的关键作用 | 首次发现NETs通过TLR2-MAPK-FosL1轴上调STC1,形成NETs-STC1自增强反馈环路,并阐明STC1通过隔离钙网蛋白抑制抗原呈递及分泌形式增强NET形成的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床验证仍需进一步开展;反馈环路在其他癌症类型中的普适性未明确 | 探究膀胱癌免疫治疗耐药机制及NETs在其中的作用 | 膀胱癌患者临床队列、小鼠肺转移模型、肿瘤细胞与中性粒细胞共培养体系 | 肿瘤免疫学 | 膀胱癌 | 免疫荧光染色、扫描电镜、蛋白质组学、单细胞转录组学 | 小鼠肺转移模型 | 临床队列数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据、影像数据 | 多个接受免疫检查点抑制剂治疗的临床队列(具体样本量未明确) | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 314 | 2025-12-04 |
Cellular dynamics in cerebrospinal fluid unveils the key regulators of intracranial response to immune checkpoint inhibitors in NSCLC brain metastases
2025-Nov-28, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012071
PMID:41314983
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了非小细胞肺癌脑转移患者在接受免疫检查点抑制剂治疗期间,脑脊液和脑转移瘤中的细胞动态变化,并识别出CD4+PDCD1+CXCR6+ T细胞作为颅内治疗反应的关键预测因子 | 首次在脑脊液中利用单细胞RNA测序构建了高分辨率的细胞动态图谱,并鉴定出CD4+PDCD1+CXCR6+ T细胞这一新型免疫细胞亚群作为免疫检查点抑制剂颅内疗效的阳性预测标志物 | 样本量相对较小(脑脊液样本n=20),且依赖于外部数据库数据进行整合分析,可能需要更大规模的前瞻性队列验证 | 探索非小细胞肺癌脑转移患者对免疫检查点抑制剂治疗的颅内反应机制,并寻找预测性生物标志物 | 非小细胞肺癌伴脑转移的患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 蛋白质组学分析, 多重免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 蛋白质组数据, 免疫组织化学图像 | 脑脊液样本20例, 外部数据库样本20例, 流式细胞验证队列8例, 蛋白质组学验证队列31例, 多重免疫组化验证队列25例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 315 | 2025-12-04 |
Blocking PCSK9 suppresses hepatocellular carcinoma immune escape by decreasing FLI1-mediated SPP1 and PD-L1 expression
2025-Nov-28, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012586
PMID:41314977
|
研究论文 | 本研究揭示了PCSK9通过NOTCH3/FLI1信号通路上调SPP1和PD-L1表达,从而促进肝细胞癌免疫逃逸的机制,并探索了基于CRISPR碱基编辑和小分子抑制剂的干预策略 | 首次发现PCSK9通过NOTCH3/FLI1通路调控SPP1和PD-L1表达,介导肝细胞癌免疫逃逸,并开发了新型ABE碱基编辑器和小分子抑制剂parecoxib作为治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系,尚未在人体临床试验中验证,且PCSK9抑制剂parecoxib的具体作用机制和长期安全性需进一步研究 | 揭示PCSK9促进肝细胞癌免疫逃逸的分子机制,并探索靶向PCSK9的治疗策略 | 肝细胞癌细胞系(Hepa1-6、H22、HepG2)、小鼠肝细胞癌模型、CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、CRISPR腺嘌呤碱基编辑、共培养实验 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据 | 多种肝细胞癌细胞系及小鼠模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 316 | 2025-12-04 |
Selective modification of glycoprotein substrates by GnT-V in mouse kidney
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113894
PMID:41323266
|
研究论文 | 本研究探讨了小鼠肾脏中N-乙酰葡糖胺转移酶-V(GnT-V)对蛋白质底物选择性的机制 | 通过凝集素辅助蛋白质组学鉴定出ANPEP和MEP1A为GnT-V的主要底物,并揭示了修饰位点的结构特征和极化亚细胞运输在选择性修饰中的作用 | 研究仅基于小鼠肾脏模型,未在其他组织或物种中验证,且机制细节仍需进一步探索 | 探究GnT-V在蛋白质选择性糖基化中的机制 | 小鼠肾脏中的糖蛋白底物,特别是ANPEP和MEP1A | 糖生物学 | NA | 凝集素辅助蛋白质组学、单细胞转录组学 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 317 | 2025-12-04 |
Niclosamide suppresses gastric cancer progression through YTHDF2 inhibition-affected lactate metabolic reprogramming
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113868
PMID:41323282
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了胃癌的代谢重编程特征,并发现药物氯硝柳胺通过抑制m6A甲基化调控蛋白YTHDF2来影响代谢基因,从而抑制胃癌进展 | 首次将氯硝柳胺的抗癌作用与m6A甲基化调控蛋白YTHDF2联系起来,并系统阐明了其在调节乳酸代谢重编程和肿瘤微环境乳酸穿梭中的作用机制 | NA | 探究胃癌代谢重编程的分子机制,并评估氯硝柳胺通过靶向YTHDF2抑制胃癌进展的治疗潜力 | 胃癌患者样本、胃癌细胞系 | 肿瘤代谢 | 胃癌 | 非靶向代谢组学、转录组学、单细胞RNA-seq | NA | 代谢组数据、转录组数据、单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 318 | 2025-12-04 |
stTransfer enables transfer of single-cell annotations to spatial transcriptomics with single-cell resolution
2025-Nov-17, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101205
PMID:41101315
|
研究论文 | 本文提出了一种名为stTransfer的方法,通过整合单细胞RNA测序数据和空间转录组数据,利用图自编码器和迁移学习实现单细胞级别的细胞类型注释 | stTransfer方法通过图自编码器和迁移学习最小化scRNA-seq与ST数据集间的信息传递损失,在准确性和鲁棒性上优于现有方法 | 未在摘要中明确说明 | 解决空间转录组技术中因检测灵敏度和基因覆盖度限制导致的单细胞级别细胞类型注释难题 | 斑胸草雀视顶盖的高精度Stereo-seq数据集中的神经元群体 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 图自编码器, 迁移学习 | 基因表达数据 | 未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Stereo-seq | 高精度Stereo-seq |
| 319 | 2025-12-04 |
GPR15 and CD38 define a subset of peripheral blood pathogenic effector Th2 cells associated with active eosinophilic esophagitis
2025-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.16.688265
PMID:41332632
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术,识别了外周血中GPR15+ CD38+致病性效应Th2细胞亚群与活动性嗜酸性食管炎的关联 | 首次将外周血GPR15+致病性效应Th2细胞与食管组织中的对应细胞直接关联,并发现CD38表达上调可作为活动性疾病的标志,为非侵入性诊断提供了新靶点 | 样本量相对有限(外周血74例,活检17例;单细胞测序外周血27例,活检10例),且机制研究如环境暴露的具体因素需进一步探索 | 评估GPR15+致病性效应Th2细胞在嗜酸性食管炎发病机制中的作用及其作为疾病状态生物标志物的潜力 | 嗜酸性食管炎患者及对照者的外周血和食管活检样本 | 数字病理学 | 嗜酸性食管炎 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | 流式细胞术:74例外周血样本和17例活检样本;单细胞RNA测序:27例外周血样本和10例活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 320 | 2025-12-04 |
Integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome data reveals age-related immune cell alterations in primary glioblastoma associated with prognosis
2025-Nov-12, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04206-w
PMID:41222641
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据分析,揭示了原发性胶质母细胞瘤中与年龄相关的免疫细胞变化及其与预后的关联 | 首次系统比较了原发性与复发性胶质母细胞瘤中年龄相关的免疫细胞差异,并发现小胶质细胞在老年原发性患者中经历显著的细胞状态变化,其中HSPB1高表达与不良预后相关 | 研究样本量相对有限,单细胞数据仅来自25名患者,且主要依赖公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探究衰老如何影响胶质母细胞瘤进展,特别是年龄相关的免疫细胞变化在原发性与复发性肿瘤中的差异 | 胶质母细胞瘤患者(包括原发性和复发性)以及年轻和老年小鼠的异种移植模型 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析,细胞间通讯分析,轨迹分析 | NA | 转录组数据,临床数据,基因组变异数据 | 13名原发性胶质母细胞瘤患者和12名复发性患者,共计88,908个细胞的单细胞数据;TCGA和CGGA数据库的批量数据;年轻和老年小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |