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当前共找到 925 篇文献,本页显示第 261 - 280 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
261 2025-12-27
Mapping embryonic mouse lung development using enhanced spatial transcriptomics
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过优化DBiT-seq工作流程,对小鼠胚胎早期肺组织切片进行高灵敏度空间转录组学分析,揭示了肺发育过程中上皮细胞和间充质细胞的空间分布动态 优化了基于确定性条形码测序(DBiT-seq)的工作流程,实现了对早期胚胎肺组织的高灵敏度空间图谱绘制,并发现了一个先前未被识别的、表达高水平细胞外基质蛋白并促进肺神经支配的间充质细胞群 研究聚焦于小鼠胚胎早期肺发育,结果向其他物种或发育后期的外推性尚不明确 探究哺乳动物肺发育过程中细胞空间分布模式的建立机制 胚胎小鼠肺组织 空间转录组学 NA 空间转录组学,测序 NA 空间转录组数据,组织切片图像 胚胎小鼠肺组织切片 NA 空间转录组学 DBiT-seq 基于微流控和确定性条形码测序(DBiT-seq)优化的空间转录组学工作流程
262 2025-12-27
A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate
2025-Nov, Neoplasia (New York, N.Y.)
研究论文 本研究通过时空分析,揭示了小鼠前列腺在去势诱导的雄激素剥夺后细胞组成和基因表达的动态变化,重点关注非上皮成分 整合空间转录组学和单细胞RNA测序,首次发现并描述了一种新的成纤维细胞亚型——ORX诱导的成纤维细胞(OIF),并绘制了高分辨率的时空图谱 研究基于小鼠模型,可能无法完全模拟人类前列腺癌的ADT反应;未涉及长期耐药机制 解析雄激素剥夺疗法(ADT)在小鼠前列腺中引起的细胞和转录组动态变化,为前列腺癌临床前模型提供基础资源 小鼠前列腺(包括背侧、腹侧、外侧和前叶)在去势后的非上皮细胞成分 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 基因表达数据,空间定位数据 小鼠前列腺多个叶的样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
263 2025-12-26
Vascular dementia increases levels of methylenetetrahydrofolate reductase and cystathionine β-synthase in female patients and changes gene expression of acetylcholine and glutamate clathrin-sculpted transport vesicles
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过分析血管性痴呆患者尸检皮层组织,探究一碳代谢相关酶和受体的变化,并结合空间转录组学揭示谷氨酸和乙酰胆碱转运囊泡基因表达的改变 首次在血管性痴呆患者中结合蛋白质水平检测与空间转录组学分析,揭示性别差异对一碳代谢酶的影响以及神经递质转运系统的转录变化 样本量较小(空间转录组学仅4个样本),仅使用尸检组织无法反映疾病动态过程,未进行机制验证实验 阐明血管性痴呆中一碳代谢的分子特征及其与神经递质系统的关联 血管性痴呆患者和对照者的尸检皮层组织 神经科学 血管性痴呆 免疫组织化学,空间转录组学 NA 组织切片图像,空间转录组数据 未明确总样本数,空间转录组学分析4个样本 NA 空间转录组学 NA NA
264 2025-12-26
Metabolic reprogramming and mitochondrial dysfunction underlie β gonia arrest and niche cell dysfunction in sterile triploid oysters
2025-Nov-23, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本研究通过整合高分辨率空间转录组学和单核RNA测序技术,构建了不育三倍体牡蛎性腺的空间分子图谱,揭示了β性原细胞停滞和生态位细胞功能障碍的分子机制 首次结合Stereo-seq和snRNA-seq技术,在不具有明显结构边界的牡蛎性腺中实现了细胞类型的精确鉴定和空间定位,揭示了SOHLH2沉默驱动的线粒体功能障碍以及NOTCH-Hes1a-CCNA2信号通路导致的生态位细胞G期停滞 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平和功能验证实验;牡蛎性腺的弥散性结构可能仍对某些细胞类型的完全解析构成挑战 探究三倍体太平洋牡蛎不育的分子基础,特别是β性原细胞分化障碍和生态位细胞功能失调的机制 雌性三倍体太平洋牡蛎的性腺组织 空间转录组学 NA 空间转录组学, 单核RNA测序 NA 空间转录组数据, 单核RNA测序数据 未明确说明具体样本数量,但涉及三倍体牡蛎性腺组织 NA 空间转录组学, 单核RNA测序 Stereo-seq Stereo-seq高分辨率空间转录组技术
265 2025-12-25
Injury-induced connexin 43 expression regulates endothelial wound healing
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
研究论文 本研究揭示了机械损伤诱导连接蛋白43(Cx43)上调,并通过间隙连接介导的细胞间通讯促进内皮细胞迁移和增殖,从而加速血管损伤后的伤口愈合 首次证明大动脉内皮机械损伤可诱导间隙连接蛋白Cx43表达,并阐明其磷酸化依赖的调控机制在内皮愈合中的关键作用 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类血管组织中得到验证;单细胞测序样本量相对有限(10,829个细胞) 探究Cx43在血管内皮损伤修复中的分子机制 小鼠颈动脉内皮细胞 分子生物学 血管疾病 RNA-seq,单细胞RNA-seq 基因敲除小鼠模型,点突变小鼠模型 基因表达数据 10,829个细胞(来自野生型和Cx43敲除小鼠的损伤颈动脉) NA 单细胞RNA-seq NA NA
266 2025-12-25
How to drug a leukemic stem cell: deciphering heterogeneity for better specificity
2025-Nov, Blood neoplasia
综述 本文综述了白血病干细胞(LSCs)的独特生物学特性,探讨了其异质性对药物靶点发现的影响以及单细胞测序等技术如何帮助解决这一问题 通过整合全球和亚型特异性特征,系统总结了LSCs的生物学特性,并强调了单细胞测序等技术在解析异质性、推动LSC特异性治疗方面的创新应用 作为一篇综述,本文未涉及原始实验数据,主要基于现有文献进行总结,可能无法涵盖所有最新研究进展 探讨如何针对白血病干细胞(LSCs)开发特异性治疗方法,以预防或治疗急性髓系白血病(AML)的复发 白血病干细胞(LSCs),特别是其在急性髓系白血病(AML)复发中的作用 NA 白血病 单细胞测序 NA NA NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
267 2025-12-24
Molecular signatures and lineage diversification of neurogenic and gliogenic radial glia in the gyrencephalic ferret cortex
2025-Nov-28, Research square
研究论文 本研究利用具有脑回结构的雪貂模型,系统表征了皮质放射状胶质细胞的分子特征和谱系动态,揭示了ERK、PKA、YAP/TAZ和SHH信号通路在调控哺乳动物皮质神经发生、胶质发生和进化扩张中的整合网络机制 首次在雪貂模型中系统揭示了皮质放射状胶质细胞的分子特征和谱系动态,并发现ERK与PKA信号通过相互增强机制促进外层放射状胶质细胞自我更新和神经发生,同时抑制胶质发生和延长神经发生期 研究主要基于雪貂模型,虽然与人类皮质具有相似性,但直接推论至人类仍需进一步验证 探究哺乳动物皮质神经发生和胶质发生的分子调控机制及进化适应性 雪貂和人类皮质的放射状胶质细胞 发育神经生物学 NA 单细胞RNA测序, BrdU标记, 免疫组织化学 NA 单细胞转录组数据, 标记数据, 图像数据 雪貂和人类皮质组织样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
268 2025-12-24
Airway Delivery of Encapsulated Cytokine-Secreting Cells for Local Immunomodulation in Inflammatory Lung Diseases
2025-Nov-27, Research square
研究论文 本研究开发了一种基于细胞的模块化微胶囊平台,可通过气道给药,在肺部实现局部、持久且可调控的免疫调节蛋白递送,用于治疗炎症性肺病 开发了一种新型的、可经气道给药的细胞微胶囊平台,实现了肺部局部、持久且可调控的免疫调节蛋白递送,避免了全身给药带来的脱靶效应 研究主要在动物模型中进行,其临床转化效果和长期安全性仍需进一步验证 开发一种局部免疫调节疗法,以治疗由免疫失调驱动的炎症性肺病,如急性呼吸窘迫综合征和肺纤维化 炎症性肺病(特别是急性呼吸窘迫综合征和肺纤维化)的动物模型 生物医学工程/细胞治疗 炎症性肺病(急性呼吸窘迫综合征,肺纤维化) 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
269 2025-12-24
Deciphering HTLV-1-associated Lung Pathology through Integrated in vitro and Multi-cohort Multi-omics Analysis: Inflammation, Monocyte Recruitment and Differentiation Triggered by HTLV-1-exposed Alveolar Epithelial Cells
2025-Nov-24, Research square
研究论文 本研究通过整合体外共培养模型和多队列多组学分析,揭示了HTLV-1感染如何通过肺泡上皮细胞触发炎症、单核细胞募集和分化,从而解析HTLV-1相关肺部病理机制 开发了一种体外共培养模型,模拟HTLV-1触发的肺部炎症,并结合多队列多组学分析(包括单细胞转录组学、病毒互作组学和多祖先GWAS)验证了模型的体内相关性 研究主要基于体外细胞模型,虽然通过多组学数据进行了验证,但体内复杂微环境的完全模拟仍存在局限 解析HTLV-1感染如何导致肺部炎症和并发症(如支气管扩张)的分子机制 A549肺泡上皮细胞、HTLV-1感染的MT-2细胞、THP-1细胞、原代单核细胞以及多队列人类样本数据 多组学分析 HTLV-1相关肺部疾病 RNA-seq、RT-qPCR、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞转录组学、病毒互作组学、多祖先GWAS 体外共培养模型、系统生物学分析 转录组数据、单细胞数据、基因组数据 涉及多队列人类样本,具体数量未在摘要中明确 NA 单细胞转录组学、bulk RNA-seq NA NA
270 2025-12-24
Lymphotoxin-driven cancer cell eradication by tumoricidal CD8+ TIL
2025-Nov-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过患者来源的TIL-黑色素瘤共培养模型,鉴定并表征了一种新型CD8 TIL亚群,能够独立于I类HLA介导癌细胞裂解,并揭示了淋巴毒素β受体和干扰素感应通路在TIL介导的癌细胞杀伤中的关键作用 发现了一种新型CD8 TIL亚群,具有I类HLA非依赖性的癌细胞裂解能力,并通过全基因组CRISPR筛选确定了LTβR和IFN感应通路为关键决定因素 研究主要基于患者来源的共培养模型和临床数据关联分析,缺乏体内验证实验,且样本量可能有限 探究肿瘤浸润淋巴细胞疗法中关键TIL亚群及其介导癌细胞杀伤的分子机制 患者来源的TIL-黑色素瘤共培养模型、CD8 TIL亚群、淋巴毒素β受体和干扰素感应通路 免疫肿瘤学 黑色素瘤 全基因组CRISPR筛选、单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 NA 单细胞测序数据、CRISPR筛选数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq NA NA
271 2025-12-24
Infusible Extracellular Matrix Biomaterial Enhances Cell-Specific Pro-Repair Responses Following Acute Myocardial Infarction
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究开发了一种可注射的细胞外基质生物材料(iECM),用于增强急性心肌梗死后的细胞特异性修复反应 首次利用单核RNA测序(snRNAseq)和空间转录组学技术,揭示了iECM通过促进巨噬细胞激活、成纤维细胞重塑、血管发育、淋巴管生成、心脏保护和神经发生等多种细胞类型的修复机制 研究仅关注了急性时间点(1、3和7天),未评估长期效果;且依赖于单核测序,可能无法完全反映所有细胞类型的动态变化 探究可注射细胞外基质生物材料(iECM)在急性心肌梗死后的细胞和分子修复机制 心肌梗死模型中的各种心脏细胞类型 数字病理学 心血管疾病 单核RNA测序(snRNAseq)、空间转录组学 NA RNA测序数据、空间转录组数据 NA NA 单核RNA测序, 空间转录组学 NA NA
272 2025-12-24
Advances in artificial intelligence for spatial transcriptomics in cancer: Special focus on Yin Yang 1 (YY1) and Raf kinase inhibitor protein (RKIP)
2025-Nov, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
综述 本文综述了人工智能在癌症空间转录组学中的应用,特别聚焦于YY1和RKIP蛋白,探讨了机器学习、人工智能和统计方法在解析空间转录组数据、推动癌症分类、临床结果预测及个性化医疗方面的作用 通过整合机器学习、人工智能和统计方法,为空间转录组数据提供新的解析视角,特别以YY1和RKIP为例,展示了这些技术在揭示癌基因驱动因子、癌症异质性和个性化治疗途径中的创新应用 作为一篇综述文章,主要基于现有研究进行总结和讨论,未涉及原始数据或实验验证,可能无法覆盖所有最新技术进展 探讨人工智能和机器学习方法在癌症空间转录组学研究中的应用,以提升对癌症微环境、基因表达及个性化治疗的理解 空间转录组学数据,特别关注YY1和RKIP蛋白在癌症中的表达和作用 空间转录组学 癌症 空间转录组学技术 支持向量机(SVM), 随机森林(RF), 聚类, 降维方法(PCA, t-SNE, UMAP) 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
273 2025-12-23
Spatial Transcriptomics Reveals CXCL12 + Fibroblasts as Central Immune Organizers through CXCR4 Signaling in Abdominal Aortic Aneurysm
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用空间转录组学技术,揭示了腹主动脉瘤中CXCL12+成纤维细胞通过CXCR4信号通路作为免疫组织中心的关键作用 首次构建了人类腹主动脉瘤的高分辨率空间转录组图谱,识别了CXCL12+成纤维细胞作为免疫微环境核心组织者的新角色 研究为观察性横断面设计,样本量相对较小(11例患者和12例对照),且仅基于福尔马林固定石蜡包埋组织 探究腹主动脉瘤中免疫-基质相互作用的分子机制和空间组织 腹主动脉瘤患者和对照的主动脉组织 空间转录组学 心血管疾病 空间转录组学 NA 空间转录组数据 11例腹主动脉瘤患者和12例对照的福尔马林固定石蜡包埋组织 10x Genomics 空间转录组学 Xenium Xenium空间转录组学平台
274 2025-12-23
Amaranth: Enhanced Single-Cell Transcript Assembly via Discriminative Modeling of UMI Reads and Internal Reads
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为Amaranth的新型单细胞转录本组装工具,通过区分性建模UMI reads和internal reads,显著提高了单细胞RNA测序中全长转录本重建的准确性 首次识别并系统描述了UMI reads和internal reads在链特异性、5'/3'覆盖偏好性和局部分布上的显著差异,并基于此开发了专门针对这两种reads不同偏好的新启发式算法 主要针对Smart-seq3协议数据进行了验证,在其他单细胞测序协议上的性能尚未全面评估 提高单细胞RNA测序中全长转录本重建的准确性,以支持异构体水平的表达分析 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 区分性建模 测序reads NA NA 单细胞RNA-seq Smart-seq3 Smart-seq3协议,结合UMI-linked reads和internal reads
275 2025-12-23
ARCADIA Reveals Spatially Dependent Transcriptional Programs through Integration of scRNA-seq and Spatial Proteomics
2025-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为ARCADIA的生成式框架,用于整合单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据,以揭示空间依赖的转录程序 ARCADIA框架无需细胞条形码配对,也不假设特征间的直接对应关系,通过识别模态特异性原型并跨模态对齐这些原型锚点,构建了一个共享坐标系,实现了模态间的双向转换 NA 开发一种无需细胞条形码配对和特征直接对应关系的跨模态整合方法,以阐明空间生态位如何塑造转录程序 人类扁桃体组织 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 变分自编码器 单细胞转录组数据, 空间蛋白质表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学 NA NA
276 2025-12-23
A Multimodal Atlas Reveals the Anatomical Distribution of Medium Spiny Neuron Subtypes and a Novel RGS6+ Population in the Primate Striatum
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究结合单核多组学测序和高通量空间转录组学,构建了猕猴纹状体中型多棘神经元(MSN)的综合图谱,揭示了新的神经元亚型和疾病风险关联 首次结合单核多组学测序与空间转录组学技术,在灵长类纹状体中识别出两个新的腹侧纹状体MSN亚型(D1-VS-RGS6和D2-VS-RGS6),并揭示了细胞类型特异性与多种神经精神疾病的多基因风险关联 研究主要基于猕猴模型,结果向人类直接推广需谨慎;空间转录组学数据虽覆盖广泛,但分辨率可能不足以捕捉所有细胞亚型的细微差异 构建灵长类纹状体中型多棘神经元(MSN)的全面细胞图谱,以解析其细胞多样性、空间分布及与神经精神疾病的关联 猕猴纹状体中的中型多棘神经元(MSN) 单细胞组学 帕金森病、物质使用障碍、精神分裂症、双相情感障碍 单核多组学测序、高通量空间转录组学、ATAC-seq NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据、表观基因组数据 约540万个空间解析细胞,覆盖纹状体全范围 NA 单核多组学测序、空间转录组学 NA NA
277 2025-12-23
CBKMR: A Copula-based Bayesian Kernel Machine Regression Framework for Optimal Marker Detection in Omics Data
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种基于Copula的贝叶斯核机器回归框架CBKMR,用于从组学数据中检测最优生物标志物 提出了CBKMR模型,通过Copula方法处理离散结果变量,解决了传统BKMR在离散结果上的推断偏差问题,并引入了基于最近邻高斯过程的NNCBKMR变体以提高计算效率 未在摘要中明确说明 开发一个能够从高通量组学数据中识别紧凑、可解释的生物标志物集的统计框架 组学数据中的基因表达特征 机器学习 NA scRNA-seq 贝叶斯核机器回归,Copula模型,高斯过程 组学数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
278 2025-12-23
sc4D: spatio-temporal single-cell transcriptomics analysis through embedded optimal transport identifies joint glial response to Alzheimer's disease pathology
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究提出了一个名为sc4D的生物可解释时空分析框架,用于整合单细胞转录组数据,以研究阿尔茨海默病中的胶质细胞反应 开发了首个结合自编码器嵌入与最优传输的时空(4D)分析框架,能够联合建模疾病过程中的复杂动态并推断细胞轨迹 当前计算方法在联合建模复杂动态或从扰动实验中推断细胞轨迹方面的能力有限 阐明疾病机制并预测能够改善细胞反应的候选干预措施 阿尔茨海默病小鼠模型中的胶质细胞(小胶质细胞和星形胶质细胞) 数字病理学 阿尔茨海默病 单细胞转录组学,空间转录组学 自编码器,最优传输 单细胞转录组数据,空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
279 2025-12-22
Determining gene specificity from multivariate single-cell RNA sequencing data
2025-Nov-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种基于熵度量的基因特异性测量方法ember,用于分析单细胞RNA测序数据,并应用于小鼠和人类数据集 基于公理化方法定义了基因特异性测量的四个关键属性,并开发了唯一满足这些属性的ember方法 未明确讨论方法在复杂生物系统或大规模数据集中的计算效率或可扩展性限制 识别单细胞基因组学数据中基因对生物类别或实验条件的特异性 小鼠八个组织的基因表达数据及人类PBMC样本 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 八个小鼠组织及255名个体的人类PBMC样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
280 2025-12-22
Orchestrating Spatial Transcriptomics Analysis with Bioconductor
2025-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一个基于Bioconductor在R中用于空间转录组学数据分析的开源在线书籍,包含可复现的代码示例、数据集和工作流讨论 提供了一个自由访问、开源、持续更新和测试的在线资源,整合了空间组学数据分析的多步骤工作流,并支持与Python的互操作性 NA 简化和标准化空间转录组学数据的分析流程,促进可复现性研究 空间转录组学数据及其分析工作流 生物信息学 NA 空间转录组学技术 NA 基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
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