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当前共找到 1001 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-12-10 |
Four Decades of Inquiry Into the Genetic Bases of Specific Reading Disability
2025-Nov-11, Journal of speech, language, and hearing research : JSLHR
DOI:10.1044/2025_JSLHR-25-00050
PMID:41091061
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研究论文 | 本研究通过系统梳理过去四十年与特定阅读障碍相关的候选基因，并分析其进化保守性、发育表达模式和功能网络，以探究阅读障碍的遗传基础 | 挑战了存在阅读特异性基因的观念，提出特定阅读障碍反映了在人类特有大脑结构中运作的古老进化神经机制被破坏，并识别了发育表达转换和功能网络 | 研究基于文献综述和生物信息学分析，缺乏直接的实验验证，且候选基因列表可能不完全 | 探究特定阅读障碍的遗传基础，填补对阅读能力遗传结构理解的知识空白 | 175个与特定阅读障碍及阅读相关过程相关的候选基因 | 自然语言处理 | 特定阅读障碍 | 文献综述、生物信息学分析、发育转录组分析、单细胞转录组分析、功能通路分析 | NA | 基因序列数据、转录组数据、单细胞转录组数据 | NA | Allen Institute for Brain Science | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | Allen Brain Atlas | Allen Brain Atlas 发育和单细胞转录组数据集 |
| 262 | 2025-12-10 |
GPC3-based circular RNA vaccine suppresses hepatocellular carcinoma progression by activating adaptive immune responses
2025-Nov-07, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001605
PMID:41201153
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研究论文 | 本研究开发了一种基于环状RNA（circRNA）的靶向GPC3的肝癌疫苗，并通过结合TLR4激动剂佐剂，在小鼠模型中验证了其抑制肿瘤进展、激活适应性免疫应答的疗效和机制 | 首次开发了靶向GPC3的circRNA癌症疫苗，克服了传统mRNA疫苗的不稳定性和递送效率问题，并通过结合TLR4佐剂增强了抗肿瘤免疫应答 | 研究主要基于小鼠模型，其疗效和安全性在人体中尚未验证；机制研究虽深入，但临床转化路径仍需探索 | 开发一种更稳定、高效的circRNA癌症疫苗，用于治疗肝细胞癌（HCC） | 肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境（TME） | 免疫治疗，癌症疫苗 | 肝细胞癌 | 环状RNA疫苗设计，TLR4激动剂佐剂，多重免疫荧光，单细胞测序，空间转录组学，质谱流式细胞术 | NA | 测序数据，成像数据，流式细胞数据 | 小鼠模型（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 263 | 2025-12-10 |
Atomistic TCR-ligand interactions instruct memory T-cell differentiation
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686789
PMID:41279151
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组测序、TCR-pMHC相互作用的生物物理测量和结构分析，揭示了T细胞受体（TCR）与配体之间的原子水平相互作用如何指导记忆T细胞的分化命运 | 首次在分子水平上系统地将TCR的机械转导特性（如力依赖性结合）与记忆T细胞亚群（TCM与TEM）的分化联系起来，并提出了“双极性”克隆型的概念 | 研究基于小鼠模型和单一的流感病毒表位（NP），其在人类其他病原体或癌症抗原中的普适性仍需验证 | 阐明初始CD8 T细胞在抗原刺激后分化为不同记忆T细胞亚群（中央记忆TCM与效应记忆TEM）的分子机制 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型，这些克隆特异性识别由H-2D呈递的流感A病毒（IAV）免疫显性表位NP | 免疫学 | 传染病（流感病毒感染） | 单细胞转录组测序、TCR测序、生物物理测量（力依赖性相互作用）、结构分析 | NA | 转录组数据、序列数据、生物物理测量数据、结构数据 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 264 | 2025-12-10 |
scFPC-DE: Robust Differential Expression Analysis Along Single Cell Trajectories via Functional Principal Component Analysis
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.686374
PMID:41279951
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研究论文 | 本文提出了一种基于功能数据分析的单细胞轨迹差异表达分析方法scFPC-DE，用于识别沿伪时间轨迹的时间差异表达基因 | 通过功能主成分分析建模基因表达作为伪时间函数，有效捕捉共享的基因表达变异和伪时间结构，同时缓解零膨胀问题 | 未明确说明方法在复杂轨迹或多分支轨迹中的适用性，以及计算效率方面的潜在限制 | 开发一种稳健的单细胞轨迹差异表达分析方法，以更准确地识别时间差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达沿伪时间轨迹的变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 功能主成分分析 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 265 | 2025-12-10 |
Atacformer: A transformer-based foundation model for analysis and interpretation of ATAC-seq data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.685753
PMID:41279458
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研究论文 | 本文介绍了Atacformer，一种基于Transformer的基础模型，用于分析和解释ATAC-seq数据 | Atacformer是首个为scATAC-seq数据设计的基于Transformer的基础模型，能够生成单个顺式调控元件的嵌入表示，并支持跨模态对齐和RNA数据推算 | 模型在scATAC-seq数据上的迁移学习潜力尚未充分探索，且现有工具在处理大规模复杂数据集时存在限制 | 开发一个基础模型以解决scATAC-seq数据统一分析和下游任务（如聚类、细胞类型注释和参考映射）的挑战 | scATAC-seq实验数据，包括公共存储库中的近10,000个实验 | 机器学习 | NA | ATAC-seq, scATAC-seq, RNA-seq | Transformer | 基因组数据（原始片段文件、BED文件） | 近10,000个scATAC-seq实验 | NA | single-cell ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 266 | 2025-12-10 |
CeDNe: A multi-scale computational framework for modeling structure-function relationships in the C. elegans nervous system
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683805
PMID:41279576
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CeDNe的开源计算框架，用于整合秀丽隐杆线虫神经系统的多尺度数据并建模其结构-功能关系 | 开发了首个统一的开源计算框架，能够将解剖学、分子和成像数据集整合到基于图的表示中，并在单一计算环境中实现跨组学层的多模态数据分析 | 框架目前主要针对秀丽隐杆线虫开发，在其他生物神经网络中的通用性需要进一步验证 | 建立神经回路结构与功能之间的联系，实现多尺度神经回路分析 | 秀丽隐杆线虫的神经系统 | 计算神经科学 | NA | 计算建模、网络分析、神经动力学模拟 | 图神经网络、动力学网络模型 | 连接组数据、单细胞转录组数据、神经肽-受体分布数据、全脑神经活动成像数据、行为数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 267 | 2025-12-10 |
The evolving nosology of myeloid neoplasms: the semi-centennial of the 1976 French-American-British classification
2025-Nov, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02746-9
PMID:40858808
|
综述 | 本文回顾了髓系肿瘤分类系统自1976年FAB分类以来的50年演变历程，重点探讨了二代测序技术对分类的影响以及未来单细胞测序和多组学技术的整合前景 | 从历史视角系统分析髓系肿瘤分类学的演变，并首次提出基于克隆造血不确定潜能（CHIP）的细胞水平达尔文主义概念框架 | 作为历史回顾性分析，缺乏原始实验数据支持；未涉及具体临床验证研究 | 追溯髓系肿瘤分类系统的发展历史，探讨新技术对疾病定义和治疗策略的影响 | 髓系肿瘤分类系统（特别是FAB分类及其后续演进） | 血液病理学 | 髓系肿瘤 | 二代测序技术，单细胞测序，多组学技术 | NA | 文献与分类标准文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 268 | 2025-12-10 |
Decoding heart failure subtypes with neural networks via differential explanation analysis
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf581
PMID:41222558
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于神经网络和可解释AI的新方法，用于识别心力衰竭亚型特异性基因，以解码心力衰竭亚型 | 提出了一种基于自定义神经网络重要性评分的新方法，用于识别差异解释基因，优于传统方法，能更有效地揭示心力衰竭亚型特异性通路 | 方法可能依赖于神经网络模型的特定架构和参数，且在实际应用中需验证其泛化能力 | 解码心力衰竭亚型，通过识别差异基因签名来理解分子机制 | 单细胞转录组数据中的细胞，特别是与心力衰竭相关的细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq | 深度神经网络 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 269 | 2025-12-09 |
Adaptive resampling for improved machine learning in imbalanced single-cell datasets
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.04.686583
PMID:41279118
|
研究论文 | 本文提出了一种自适应的重采样方法，用于改善不平衡单细胞数据集中的机器学习性能 | 提出了一种通用的自适应重采样方法，能够基于学习到的潜在结构在线、自适应地重采样数据，以增强单细胞表示学习 | 未明确提及具体限制，可能包括方法在特定数据集或任务中的泛化能力需要进一步验证 | 旨在提高单细胞转录组学数据中机器学习模型的表示学习和预测性能 | 单细胞转录组学数据，特别是基因表达重建、细胞类型分类和扰动响应预测任务 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 270 | 2025-12-09 |
Pan-cancer multi-omics profiling of MS4A2 unveils its functional landscape in lung adenocarcinoma
2025-Nov-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002903
PMID:40607924
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了MS4A2在肺腺癌中的功能景观及其预后价值 | 首次在四种生存指标（OS、DSS、PFI、DFI）上系统评估MS4A2在肺腺癌中的预后分层，并发现其通过双向趋化因子调控塑造免疫抑制微环境 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证和前瞻性临床队列 | 阐明MS4A2在肺腺癌中的表达模式、预后意义及功能机制 | 肺腺癌患者及多种癌症类型的肿瘤样本 | 生物信息学 | 肺腺癌 | RNA-seq, 单细胞转录组学, 甲基化分析, 药物敏感性分析 | Cox回归模型, Kaplan-Meier模型 | 基因表达数据, 生存数据, 甲基化数据, 药物反应数据 | TCGA/GTEx数据库中的33种癌症类型及NSCLC单细胞队列 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 271 | 2025-12-09 |
Multi-omic profiling reveals age-specific blood biomarkers and aging-driven B cell remodeling in osteoarthritis
2025-Nov-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003076
PMID:40696927
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析，揭示了骨关节炎中年龄特异性的血液生物标志物以及衰老驱动的B细胞重塑 | 首次整合了四种OA受累关节组织的转录组分析，并利用机器学习识别出五个外周血生物标志物，同时通过单细胞RNA测序揭示了老年OA患者中B细胞分化轨迹和功能状态的年龄特异性改变 | 研究样本量相对有限，且主要关注膝关节OA，其他关节类型的OA可能具有不同的特征 | 开发骨关节炎的非侵入性诊断工具并阐明其与年龄相关的免疫失调机制 | 骨关节炎患者（包括年轻和老年患者）的关节组织（软骨、滑膜等）和外周血样本 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 转录组分析，单细胞RNA测序，流式细胞术 | 机器学习 | 基因表达数据，单细胞数据 | 217,983个关节细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 272 | 2025-12-09 |
Unraveling molecular characteristics and functional exploration of panoptosis for prognosis stratification in lung adenocarcinoma: a tumor marker prognostic study
2025-Nov-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002968
PMID:40844260
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，开发了一个基于PANoptosis的预后评分模型（PAN Score），用于预测肺腺癌患者的预后和治疗反应，并探索了YWHAG基因在其中的关键作用 | 首次将PANoptosis这一新型细胞死亡模式与肺腺癌预后关联，结合10种机器学习方法构建了101种算法组合的预后模型，并发现了YWHAG-血管加压素-PANoptosis轴作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于回顾性队列数据，需要前瞻性临床验证；体外和体内实验仅验证了YWHAG基因的部分机制 | 探索PANoptosis在肺腺癌中的分子特征和预后价值，开发预后分层模型 | 肺腺癌患者活检样本（超过1500例）及其他癌症样本 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、机器学习算法 | 多种机器学习算法组合（10种方法形成101种组合） | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 超过1500例肺腺癌活检样本及其他癌症样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 273 | 2025-12-09 |
ResNet50 and Single-Cell Multi-Omics analysis identify key cellular and molecular features in pediatric acute lymphoblastic leukemia
2025-Nov, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06675-6
PMID:41125957
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研究论文 | 本研究通过整合基于深度学习的图像分析与单细胞转录组学和T细胞受体测序，揭示了儿童急性淋巴细胞白血病的细胞和分子特征 | 首次将ResNet50深度学习模型用于白血病单细胞图像分类，并与单细胞多组学数据整合，以阐明疾病机制并发现潜在的复发生物标志物 | 未明确说明样本的具体数量或来源，可能限制了结果的普遍适用性 | 解决儿童急性淋巴细胞白血病早期诊断、复发预测和个体化治疗的挑战 | 儿童急性淋巴细胞白血病（ALL） | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞转录组测序, T细胞受体测序 | ResNet50, Grad-CAM | 图像, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 274 | 2025-12-08 |
Identification of marginal zone B cells in head and neck cancer with immunomodulatory characteristics
2025-Nov-29, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.070
PMID:41325834
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序技术，在头颈癌患者中鉴定出具有免疫调节特性的边缘区B细胞，并探讨了其在肿瘤发生和预后中的作用 | 首次将边缘区B细胞与头颈癌肿瘤发展和预后关联，揭示了MZB-2亚群在早期肿瘤中的有益调节作用及MZB-Tfh-GCB轴的存在 | 研究未明确MZBs在晚期头颈癌中失去预后关联的具体机制，且免疫抑制基因特征并非MZBs独有 | 验证头颈癌中边缘区B细胞的存在，并研究其在肿瘤发生和预后中的潜在作用 | 头颈鳞状细胞癌患者和健康捐赠者的肿瘤组织、血液样本及B淋巴细胞 | 单细胞组学 | 头颈癌 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据, 空间转录组数据 | 118名头颈癌患者和6名健康捐赠者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 275 | 2025-12-08 |
Identification of plasma cell infiltration-related gene signatures as a novel prognostic model for clear cell renal cell carcinoma
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01907-5
PMID:41217528
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研究论文 | 本研究旨在识别调控肾透明细胞癌中浆细胞浸润的关键基因，并构建一个新型预后模型来预测肾透明细胞癌 | 首次基于浆细胞浸润相关基因构建了肾透明细胞癌的预后评分模型，并整合年龄和分期提高了预测价值 | 研究依赖于公开数据库数据，需在独立队列中进一步验证模型的普适性 | 识别肾透明细胞癌中浆细胞浸润相关的关键基因，并构建预后预测模型 | 肾透明细胞癌患者 | 机器学习 | 肾透明细胞癌 | 单细胞测序 | 预后评分模型 | 基因表达数据 | TCGA和ArrayExpress数据库数据，以及外部验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 276 | 2025-12-08 |
Platelet CKB as a potential contributor to serum creatine kinase abnormalities and metastasis in cancer patients
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01912-8
PMID:41217562
|
研究论文 | 本研究通过整合回顾性癌症队列、血清CK同工酶电泳及qRT-PCR分析，探讨了癌症患者血清CK-MB活性异常升高的分子机制及其与肿瘤生物学的关系 | 首次揭示了血小板CKB作为血清CK异常和癌症转移的潜在贡献者，并开发了整合CK-BB和线粒体CK亚型的复合指数CK-Sub，用于评估肿瘤进展 | 研究主要基于回顾性队列和公共数据集，需要前瞻性研究验证；样本量虽大但集中于结直肠癌和肺癌，其他癌症类型代表性有限 | 探究癌症患者血清CK-MB活性异常升高的分子起源及其与肿瘤生物学特性的关联 | 癌症患者（特别是结直肠癌和肺癌患者）的血清、血小板样本及公共RNA测序数据集 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | qRT-PCR, RNA测序, 单细胞RNA测序, 血清CK同工酶电泳 | NA | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据, 电泳数据, qRT-PCR数据 | 回顾性癌症队列1,651例患者，配对血清和血小板样本 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 277 | 2025-12-08 |
Single-cell multi-omics of ribosome biogenesis-related genes reveals immune microenvironment in psoriasis and constructs a diagnostic model
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01916-4
PMID:41217566
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研究论文 | 本研究通过整合批量测序和单细胞测序数据，系统分析了核糖体生物发生相关基因在银屑病中的作用，构建了一个高精度的诊断模型，并揭示了其与免疫微环境的相互作用 | 首次系统整合批量测序和单细胞测序转录组数据来表征银屑病中核糖体生物发生相关基因的分子网络，构建了具有临床转化潜力的诊断模型，并阐明了Tregs失衡和STAT1介导的炎症极化的机制基础 | 未在文中明确说明，但可能包括样本量、数据集的异质性或模型的外部验证需求 | 阐明核糖体生物发生相关基因在银屑病中的分子网络，构建诊断模型，并研究其与免疫微环境的相互作用 | 银屑病患者的多中心转录组数据集 | 生物信息学 | 银屑病 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 多中心数据集（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 278 | 2025-12-08 |
Identification and external validation of a prognostic signature based on MAPK-related genes to evaluate survival prognosis and treatment efficacy in lung adenocarcinoma
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01925-3
PMID:41217578
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据，构建了一个基于MAPK相关基因的预后特征，用于评估肺腺癌的生存预后和治疗效果 | 首次结合孟德尔随机化分析和随机生存森林算法，从多组学角度构建并验证了MAPK相关基因的预后模型，为肺腺癌提供了新的风险分层和治疗指导工具 | 模型主要基于回顾性数据，需要前瞻性临床研究进一步验证其在实际临床应用中的效果 | 构建一个稳健的MAPK相关基因特征，以增强肺腺癌的风险分层和治疗指导 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 转录组测序、孟德尔随机化分析、随机生存森林算法、RT-qPCR、单细胞RNA测序 | 随机生存森林 | 基因表达数据 | TCGA-LUAD队列及三个独立的GEO队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 279 | 2025-12-08 |
Tertiary lymphoid organ-associated transcriptomic features predict rejection and outcome in kidney transplantation: integrative analysis and experimental validation
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01899-2
PMID:41217598
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据，揭示了肾移植中三级淋巴器官（TLO）相关的转录组特征，并建立了与排斥反应和移植结局相关的预测模型 | 首次构建了将TLO特征与临床结局关联的综合性多组学框架，并识别出具有诊断和预后效用的TLO相关基因生物标志物 | 研究主要基于回顾性队列数据，需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证 | 表征肾移植中TLO相关的免疫景观，并研究其与移植物排斥反应和临床结局的关联 | 肾移植患者的移植物活检样本和移植排斥大鼠模型 | 生物信息学 | 肾移植排斥 | 多组学分析，包括bulk转录组测序和单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解（NMF），多种机器学习算法集成模型 | 转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 多个肾移植队列的bulk转录组数据集和大鼠模型 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 280 | 2025-12-08 |
Exploring the prognostic value of T cell exhaustion and mitochondrial dysfunction related genes in breast cancer through bioinformatics analysis and RT-qPCR validation
2025-Nov-06, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01888-5
PMID:41193924
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和RT-qPCR验证，探索了与T细胞耗竭和线粒体功能障碍相关的基因在乳腺癌中的预后价值 | 首次整合T细胞耗竭和线粒体功能障碍相关基因构建乳腺癌预后模型，并结合单细胞转录组学分析免疫微环境 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床验证 | 识别乳腺癌中与T细胞耗竭和线粒体功能障碍相关的预后基因，并构建预后模型 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RT-qPCR, 单细胞转录组学, 生物信息学分析 | 回归分析, Cox回归, 风险模型 | 转录组数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |