单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1001 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-12-13 |
Durable B-Cell Impairment While Sparing IgA B Cells After Ocrelizumab Therapy in Multiple Sclerosis
2025-Nov, Annals of clinical and translational neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/acn3.70135
PMID:40781066
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研究论文 | 本研究评估了多发性硬化症患者在使用奥瑞珠单抗治疗前、治疗期间及停药后的早期B细胞谱变化 | 首次通过光谱流式细胞术和单细胞RNA测序分析奥瑞珠单抗治疗对B细胞亚群（特别是IgA B细胞）的长期影响及停药后的重建过程 | 样本量较小（18名患者和3名停药患者），且为观察性研究，需更大规模验证 | 探究奥瑞珠单抗在多发性硬化症中的作用机制及疾病病理生理学 | 早期未治疗的多发性硬化症患者和健康志愿者 | NA | 多发性硬化症 | 光谱流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞表型数据，基因表达数据 | 18名患者，10名健康志愿者，3名停药患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 242 | 2025-12-12 |
Clonal expansion of alveolar fibroblast progeny drives pulmonary fibrosis in mouse models
2025-Nov-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI191826
PMID:40875468
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，揭示了肺泡成纤维细胞后代的克隆扩增是驱动小鼠肺纤维化的关键机制 | 首次系统性地证明了成纤维细胞增殖在肺纤维化中的关键驱动作用，并提出了靶向成纤维细胞增殖作为纤维化疾病治疗新策略 | 主要基于小鼠模型，人类样本验证仅限于离体肺切片，需要更多临床研究验证 | 探究成纤维细胞增殖在肺纤维化发病机制中的功能重要性 | 小鼠肺泡成纤维细胞及其后代、人类纤维化肺组织 | 单细胞组学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、谱系追踪、EdU标记 | NA | 单细胞转录组数据、谱系追踪数据 | 2种独立的小鼠肺纤维化模型、人类纤维化与非病变肺切片 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 243 | 2025-12-12 |
SMURF: soft-segmentation for single-cell reconstruction and topological analysis of spatial transcriptomic data
2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656357
PMID:40502153
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SMURF的新型软分割算法，用于高分辨率空间转录组学数据中mRNA到单个细胞的准确分配及组织结构的拓扑分析 | 开发了跨平台的软分割算法SMURF，能够将捕获点中的mRNA映射到附近细胞核，并通过投影到笛卡尔坐标“展开”复杂组织结构，实现细胞类型组织和基因表达梯度的分析 | NA | 开发一种新计算方法，用于准确分配空间转录组学数据中的转录本到单个细胞，并分析细胞在原生组织环境中的基因表达 | 空间转录组学数据中的mRNA和细胞核 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 软分割算法 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 244 | 2025-12-12 |
scSPAF: Cell Similarity Purified Adaptive Fusion Network for Single-Cell Multi-Omics Clustering
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3608251
PMID:40928916
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研究论文 | 本文提出了一种名为scSPAF的单细胞多组学聚类网络，通过多层次融合方法探索组学数据的一致性和互补性 | 设计了细胞相似性纯化模块以整合细胞间的邻域信息，并采用自适应融合机制整合组学特异性表示和跨组学一致表示 | NA | 提升单细胞多组学聚类分析的性能 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 自适应融合网络 | 单细胞多组学数据 | 六个真实世界数据集 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 245 | 2025-12-12 |
scGCRC: Graph and Contrastive-Based Representation Learning for Single-Cell RNA-Seq Data Clustering
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3629161
PMID:41191468
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研究论文 | 提出了一种基于局部自注意力网络和对比学习的单细胞RNA测序数据聚类新方法 | 通过局部自注意力网络自动聚合细胞关系图中的潜在信息，并采用双对比学习模块同时在细胞层面和聚类层面优化细胞表征，无需预训练自编码器-解码器模块 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的聚类分析，以更准确地识别细胞类型 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 局部自注意力网络，对比学习，Leiden社区发现算法 | 基因表达数据 | 160个子样本数据集（含不同细胞类型数量）、3个不同协议数据集、9个真实公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 246 | 2025-12-12 |
Single-cell transcriptomics of the myeloid milieu reveals an angiogenic niche in triple-negative breast cancer
2025-Nov, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01571-5
PMID:41203997
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序数据，揭示了三阴性乳腺癌中髓系细胞的异质性，特别是VEGFA中性粒细胞和SPP1巨噬细胞亚型在血管生成微环境中的作用 | 首次通过整合单细胞转录组学数据，系统描绘了三阴性乳腺癌髓系微环境，并发现VEGFA中性粒细胞和SPP1巨噬细胞亚型在缺氧区域共定位形成血管生成微环境，揭示了它们与患者不良预后的关联 | 研究主要基于转录组数据，功能验证和机制探索仍需进一步实验支持 | 阐明三阴性乳腺癌中髓系细胞的异质性、发育轨迹及其在肿瘤微环境中的作用 | 三阴性乳腺癌患者和多个小鼠模型的髓系细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 整合了内部和公共单细胞RNA测序数据，涉及多个小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 247 | 2025-12-12 |
Single-cell transcriptomic profiling reveals liver fibrosis in colorectal cancer liver metastasis
2025-Nov, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01573-3
PMID:41258075
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了结直肠癌肝转移中肿瘤纤维化的临床意义及其分子特征 | 首次构建了肝转移肿瘤纤维化的单细胞图谱，揭示了VCAN_eCAF在纤维化重塑中的关键作用，并识别出FGF23/FGF3-FGFR1等潜在靶向互作 | 研究样本量有限，且为观察性研究，需进一步功能实验验证机制 | 探究结直肠癌肝转移中肿瘤纤维化的临床重要性、分子特征及其对肿瘤微环境的影响 | 结直肠癌肝转移患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，多重免疫组化/免疫荧光，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据，免疫组化图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 248 | 2025-12-12 |
scDVAE:Single-Cell Data Clustering Based on Variational Autoencoder With Disentangled Latent Representations
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3599194
PMID:40811173
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研究论文 | 本文提出了一种基于解耦潜在表示变分自编码器的新型深度生成模型scDVAE，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 提出了一种将潜在表示解耦为聚类特征和生成特征的新方法，并采用学生t混合模型作为聚类特征的先验分布以增强对dropout事件的鲁棒性，同时引入混合数据增强策略以提高数据集多样性并减少噪声 | NA | 提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | 10个真实世界数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 249 | 2025-12-12 |
DIC: Deep Imputing and Clustering Single Cell RNA Sequencing Data
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3548094
PMID:40811249
|
研究论文 | 本文提出了一种名为DIC的深度神经网络，用于协同处理单细胞RNA测序数据中的缺失值插补和细胞聚类 | DIC采用Y型结构，通过自编码器与额外分支结合，实现缺失值插补和细胞聚类的协同优化，充分利用生物学有意义的聚类结构 | 未在摘要中明确提及 | 解决单细胞RNA测序数据中缺失值对细胞聚类分析的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络，自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 250 | 2025-12-12 |
Inference of Tumor Progression Patterns in Colon Cancer Using Optimal Cell Order Analysis in Single Cell Resolution
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3592571
PMID:40811186
|
研究论文 | 本研究提出了一种基于单细胞RNA-Seq数据的计算方法，用于推断结肠癌细胞群体的进化或分化模式 | 开发了一种基于序列化的方法，利用最优重排序层次结构推断细胞进展模式，并提供了基于主曲线的三维可视化工具和新的评估指标 | NA | 推断结肠癌细胞群体的动态进展模式，如分化、信号传导或肿瘤进化轨迹 | 人类结肠癌样本的单细胞转录组数据 | 计算生物学 | 结肠癌 | 单细胞RNA-Seq | 序列化方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 251 | 2025-12-12 |
ZiPo: A Deep Neural Network to De-Noise Single-Cell RNA Sequencing Data
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3572783
PMID:40811273
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ZiPo的深度神经网络，用于去噪单细胞RNA测序数据，通过估计率和预测文库大小来减少测量丢失问题 | ZiPo引入了可调整的零膨胀分布来捕获丢失事件，并采用尺度不变损失项使权重稀疏，提高了模型的生物可解释性 | NA | 开发一种深度神经网络方法，以改善单细胞RNA测序数据的分析，减少测量丢失的影响 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度自编码器神经网络 | 基因表达数据 | 三个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 252 | 2025-12-12 |
Integrating Graph Convolutional Networks for Missing Gene Expression Imputation
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3605719
PMID:40892650
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研究论文 | 本文提出了一种名为GCNgene的新方法，通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据，预测未检测RNA转录本的空间分布 | 利用图卷积网络嵌入空间转录组学数据，并结合参考单细胞数据与计算出的细胞类型比例来重建基因表达，实现基因表达水平的准确预测 | NA | 预测基因的空间分布，以解决空间转录组技术中基因通量不足的问题 | 空间转录组学和单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 图卷积网络 | 基因表达数据，空间信息数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 253 | 2025-12-12 |
Knowledge-Guided Gene Panel Selection for Label-Free Single-Cell RNA-Seq Data: A Reinforcement Learning Perspective
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3609721
PMID:40953430
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研究论文 | 本文提出了一种结合集成知识与强化学习的基因面板选择方法，用于无标记单细胞RNA测序数据 | 通过集成现有基因选择算法建立先验知识引导初始搜索空间，并引入基于专家行为的强化学习奖励函数进行动态优化，减少了传统方法的偏差 | 未明确说明方法在特定疾病类型或大规模数据集上的泛化能力 | 提高无标记单细胞RNA测序数据中基因面板选择的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达特征 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 强化学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 254 | 2025-12-12 |
scTECTA: Asymmetric Deep Transfer Learning for Cross-Patient Tumor Microenvironment Single-Cell Annotation
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3618727
PMID:41056164
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研究论文 | 本文提出了一种名为scTECTA的基于图神经网络的方法，用于跨患者肿瘤微环境单细胞注释，通过迁移学习解决数据稀疏性和批次效应问题 | scTECTA采用非对称神经网络架构和领域对抗学习框架，结合图卷积网络进行分布偏移校正，显著提升了细胞类型分类的精度和鲁棒性 | NA | 开发一种高效的跨患者肿瘤微环境单细胞注释方法，以克服现有方法在数据稀疏性、生物异质性和批次效应方面的限制 | 肿瘤微环境中的单细胞RNA测序数据，涉及六种癌症类型和34名患者 | 机器学习 | 肺癌, 前列腺癌, 心血管疾病, 老年病 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络, 图卷积网络 | 单细胞RNA测序数据 | 34名患者的多个数据集，涵盖六种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 255 | 2025-12-12 |
scMID: A Deep Multi-Omics Integration Framework for Comprehensive Single-Cell Data Analysis
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3624040
PMID:41124064
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研究论文 | 本文提出了一种基于单细胞多组学数据整合和dropout模式的深度多组学集成框架（scMID），用于全面的单细胞数据分析 | 利用组学独立的深度自编码器进行多组学数据对齐，采用GCN算法进行数据整合，并结合二值化dropout模式获得的基因相似性计算基因重要性，提出双策略特征基因筛选方法 | 未在摘要中明确说明 | 提高单细胞聚类分析的准确性，突破传统特征选择方法的限制，为解码复杂生物信息提供更优的分析框架 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞多组学测序 | 深度自编码器, GCN | 多组学数据（转录组学、表观基因组学、蛋白质组学） | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 256 | 2025-12-11 |
Protocol to analyze changes in hippocampal neural stem cell quiescence from single-cell RNA sequencing data
2025-Nov-24, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104226
PMID:41289073
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研究论文 | 本文提出了一种从单细胞RNA测序数据中分析小鼠海马神经干细胞静息状态变化的计算协议 | 通过计算协议克服了区分静息神经干细胞与星形胶质细胞以及增殖神经干细胞与祖细胞的挑战 | NA | 分析扰动如何影响神经干细胞静息深度 | 小鼠海马神经干细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 257 | 2025-12-11 |
Sex-biased immune rewiring may underlie reduced risk for cardiac allograft vasculopathy in females following heart transplantation
2025-Nov-24, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
DOI:10.1016/j.healun.2025.11.022
PMID:41297731
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研究论文 | 本研究探讨了心脏移植后性别差异对免疫结果的影响，特别是女性在心脏同种异体移植物血管病变风险降低的潜在机制 | 首次结合大规模临床数据和单细胞RNA测序技术，揭示了心脏移植后性别特异性免疫重编程的分子机制，并发现男性在移植后表现出独特的炎症通路激活 | 研究样本量有限，单细胞RNA测序数据仅来自公开数据集和40例移植受者，需要更多研究验证这些发现 | 揭示心脏移植后性别差异对免疫结果的影响机制，为风险分层和精准免疫抑制策略提供依据 | 833名成人和儿童心脏移植受者，以及健康个体的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 833名心脏移植受者（694名成人，139名儿童）和981名健康个体的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 258 | 2025-12-11 |
Periductal Fibroblast Density Defines Lymphocyte Exclusion via a CD44-Dependent Stromal Checkpoint in Pancreatic Cancer
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.23.593868
PMID:38853982
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研究论文 | 本研究揭示了胰腺导管腺癌中，导管周围成纤维细胞密度通过CD44依赖性基质检查点调控淋巴细胞排斥的机制 | 首次将癌症相关成纤维细胞分层的导管空间结构确立为PDAC中免疫排斥的基本决定因素，并识别出可靶向的“基质检查点” | 研究主要基于治疗初治患者样本，未涉及治疗后或晚期疾病阶段的动态变化 | 探究胰腺导管腺癌中纤维化对基质-导管结构和免疫细胞定位的影响 | 胰腺导管腺癌患者样本，包括恶性PDAC上皮导管区域 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 成像质谱流式技术、多重免疫组化、单细胞RNA测序 | NA | 图像、测序数据 | 来自三个独立队列的治疗初治患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 259 | 2025-12-11 |
Circulating Cathepsin D Exacerbates Injury-Induced Brain Damage by Promoting Neutrophil Infiltration Into the Brain
2025-Nov-04, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.125.043416
PMID:41147378
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研究论文 | 本研究探讨了循环中的组织蛋白酶D（CTSD）如何通过上调脑内皮VCAM-1表达促进中性粒细胞浸润，从而加剧创伤性和缺血性脑损伤 | 首次揭示了循环中的非酶原型CTSD（pro-CTSD）通过激活脑内皮细胞上调VCAM-1表达，促进中性粒细胞向脑部迁移的新机制 | 研究主要基于转基因小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证；单细胞RNA测序样本量有限，可能未完全捕捉所有细胞类型的变化 | 探究循环CTSD对脑损伤后炎症反应的影响及其分子机制 | 转基因hCTSDhi小鼠（高循环CTSD水平）、CTSDMono敲除小鼠（低血浆CTSD水平）、创伤性和缺血性脑损伤模型 | 神经科学 | 脑损伤（创伤性脑损伤、缺血性脑损伤） | 单细胞RNA测序、转基因动物模型、行为学测试 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据、行为学数据 | 两组转基因小鼠群体，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 260 | 2025-11-16 |
Spatial Transcriptomics and Proteomics of Mycosis Fungoides Biopsies from Skin of Color Patients Reveal Biomarkers and Potential Treatment Targets
2025-Nov-17, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.10.608
PMID:41237899
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |