单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 929 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-12-23 |
Spatial Transcriptomics Reveals CXCL12 + Fibroblasts as Central Immune Organizers through CXCR4 Signaling in Abdominal Aortic Aneurysm
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690328
PMID:41357983
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，揭示了腹主动脉瘤中CXCL12+成纤维细胞通过CXCR4信号通路作为免疫组织中心的关键作用 | 首次构建了人类腹主动脉瘤的高分辨率空间转录组图谱，识别了CXCL12+成纤维细胞作为免疫微环境核心组织者的新角色 | 研究为观察性横断面设计，样本量相对较小（11例患者和12例对照），且仅基于福尔马林固定石蜡包埋组织 | 探究腹主动脉瘤中免疫-基质相互作用的分子机制和空间组织 | 腹主动脉瘤患者和对照的主动脉组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 11例腹主动脉瘤患者和12例对照的福尔马林固定石蜡包埋组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组学平台 |
| 242 | 2025-12-23 |
Amaranth: Enhanced Single-Cell Transcript Assembly via Discriminative Modeling of UMI Reads and Internal Reads
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690228
PMID:41357981
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研究论文 | 本文提出了一种名为Amaranth的新型单细胞转录本组装工具，通过区分性建模UMI reads和internal reads，显著提高了单细胞RNA测序中全长转录本重建的准确性 | 首次识别并系统描述了UMI reads和internal reads在链特异性、5'/3'覆盖偏好性和局部分布上的显著差异，并基于此开发了专门针对这两种reads不同偏好的新启发式算法 | 主要针对Smart-seq3协议数据进行了验证，在其他单细胞测序协议上的性能尚未全面评估 | 提高单细胞RNA测序中全长转录本重建的准确性，以支持异构体水平的表达分析 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 区分性建模 | 测序reads | NA | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq3 | Smart-seq3协议，结合UMI-linked reads和internal reads |
| 243 | 2025-12-23 |
ARCADIA Reveals Spatially Dependent Transcriptional Programs through Integration of scRNA-seq and Spatial Proteomics
2025-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.20.689521
PMID:41332705
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研究论文 | 本文提出了一种名为ARCADIA的生成式框架，用于整合单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据，以揭示空间依赖的转录程序 | ARCADIA框架无需细胞条形码配对，也不假设特征间的直接对应关系，通过识别模态特异性原型并跨模态对齐这些原型锚点，构建了一个共享坐标系，实现了模态间的双向转换 | NA | 开发一种无需细胞条形码配对和特征直接对应关系的跨模态整合方法，以阐明空间生态位如何塑造转录程序 | 人类扁桃体组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | 变分自编码器 | 单细胞转录组数据, 空间蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 244 | 2025-12-23 |
A Multimodal Atlas Reveals the Anatomical Distribution of Medium Spiny Neuron Subtypes and a Novel RGS6+ Population in the Primate Striatum
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.16.688724
PMID:41332519
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研究论文 | 本研究结合单核多组学测序和高通量空间转录组学，构建了猕猴纹状体中型多棘神经元（MSN）的综合图谱，揭示了新的神经元亚型和疾病风险关联 | 首次结合单核多组学测序与空间转录组学技术，在灵长类纹状体中识别出两个新的腹侧纹状体MSN亚型（D1-VS-RGS6和D2-VS-RGS6），并揭示了细胞类型特异性与多种神经精神疾病的多基因风险关联 | 研究主要基于猕猴模型，结果向人类直接推广需谨慎；空间转录组学数据虽覆盖广泛，但分辨率可能不足以捕捉所有细胞亚型的细微差异 | 构建灵长类纹状体中型多棘神经元（MSN）的全面细胞图谱，以解析其细胞多样性、空间分布及与神经精神疾病的关联 | 猕猴纹状体中的中型多棘神经元（MSN） | 单细胞组学 | 帕金森病、物质使用障碍、精神分裂症、双相情感障碍 | 单核多组学测序、高通量空间转录组学、ATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、表观基因组数据 | 约540万个空间解析细胞，覆盖纹状体全范围 | NA | 单核多组学测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 245 | 2025-12-23 |
CBKMR: A Copula-based Bayesian Kernel Machine Regression Framework for Optimal Marker Detection in Omics Data
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.18.689140
PMID:41332520
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研究论文 | 本文提出了一种基于Copula的贝叶斯核机器回归框架CBKMR，用于从组学数据中检测最优生物标志物 | 提出了CBKMR模型，通过Copula方法处理离散结果变量，解决了传统BKMR在离散结果上的推断偏差问题，并引入了基于最近邻高斯过程的NNCBKMR变体以提高计算效率 | 未在摘要中明确说明 | 开发一个能够从高通量组学数据中识别紧凑、可解释的生物标志物集的统计框架 | 组学数据中的基因表达特征 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 贝叶斯核机器回归，Copula模型，高斯过程 | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 246 | 2025-12-23 |
sc4D: spatio-temporal single-cell transcriptomics analysis through embedded optimal transport identifies joint glial response to Alzheimer's disease pathology
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.19.689166
PMID:41332677
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研究论文 | 本研究提出了一个名为sc4D的生物可解释时空分析框架，用于整合单细胞转录组数据，以研究阿尔茨海默病中的胶质细胞反应 | 开发了首个结合自编码器嵌入与最优传输的时空（4D）分析框架，能够联合建模疾病过程中的复杂动态并推断细胞轨迹 | 当前计算方法在联合建模复杂动态或从扰动实验中推断细胞轨迹方面的能力有限 | 阐明疾病机制并预测能够改善细胞反应的候选干预措施 | 阿尔茨海默病小鼠模型中的胶质细胞（小胶质细胞和星形胶质细胞） | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学，空间转录组学 | 自编码器，最优传输 | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 247 | 2025-12-22 |
Determining gene specificity from multivariate single-cell RNA sequencing data
2025-Nov-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689845
PMID:41332587
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研究论文 | 本文提出了一种基于熵度量的基因特异性测量方法ember，用于分析单细胞RNA测序数据，并应用于小鼠和人类数据集 | 基于公理化方法定义了基因特异性测量的四个关键属性，并开发了唯一满足这些属性的ember方法 | 未明确讨论方法在复杂生物系统或大规模数据集中的计算效率或可扩展性限制 | 识别单细胞基因组学数据中基因对生物类别或实验条件的特异性 | 小鼠八个组织的基因表达数据及人类PBMC样本 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 八个小鼠组织及255名个体的人类PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 248 | 2025-12-22 |
Orchestrating Spatial Transcriptomics Analysis with Bioconductor
2025-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.20.688607
PMID:41332620
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研究论文 | 本文介绍了一个基于Bioconductor在R中用于空间转录组学数据分析的开源在线书籍，包含可复现的代码示例、数据集和工作流讨论 | 提供了一个自由访问、开源、持续更新和测试的在线资源，整合了空间组学数据分析的多步骤工作流，并支持与Python的互操作性 | NA | 简化和标准化空间转录组学数据的分析流程，促进可复现性研究 | 空间转录组学数据及其分析工作流 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 249 | 2025-12-22 |
Insights into the relevance of targeting fibroblasts to control cancer
2025-Nov-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102395
PMID:41187743
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综述 | 本文总结并讨论了以癌症相关成纤维细胞为靶点控制癌症的新进展，并探讨了其异质性对未来治疗策略的影响 | 探讨了利用单细胞RNA测序等高通量技术结合AI平台解析CAF异质性，并前瞻性地讨论了针对CAF复杂起源的个性化治疗需求 | NA | 探讨靶向肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞以控制癌症的潜力和策略 | 癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，蛋白质组学 | NA | 转录组数据，蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 250 | 2025-12-22 |
Virus envelope glycoprotein targeting bispecific T cell engager protects mice from lethal severe fever with thrombocytopenia virus infection
2025-Nov-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102458
PMID:41260206
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术数据，揭示了T细胞缺陷与功能障碍在严重发热伴血小板减少综合征（SFTS）致死病例中的关键作用，并设计了一种靶向病毒包膜糖蛋白的双特异性T细胞衔接器（BiTE）抗体，在小鼠模型中有效治疗了致命的SFTSV感染 | 首次利用单细胞RNA测序和流式细胞术数据，系统分析了SFTS患者中T细胞（特别是CD4 T细胞）的细胞毒性受损和耗竭状态与致死后果的关联，并创新性地设计了靶向SFTSV包膜糖蛋白Gn的BiTE抗体，成功在小鼠模型中实现了对致命感染的救援 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行临床试验，且BiTE抗体的长期安全性和有效性需进一步评估 | 开发针对SFTSV的有效治疗干预措施，通过增强T细胞介导的免疫反应来消除病毒感染细胞 | SFTS患者和小鼠模型中的T细胞（特别是CD4和CD8 T细胞）以及SFTSV感染的细胞 | 免疫学与传染病学 | 严重发热伴血小板减少综合征（SFTS） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 251 | 2025-12-22 |
CD301b lectin expression in the breast tumor microenvironment augments tumor growth
2025-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.13.584829
PMID:41332518
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研究论文 | 本文研究了CD301b凝集素在乳腺癌微环境中的表达如何通过髓系细胞-肿瘤相互作用促进肿瘤生长 | 首次将肿瘤糖基化（Tn糖抗原）与CD301b凝集素信号传导联系起来，揭示了CD301b在调节乳腺癌免疫微环境中的关键作用，并指出其作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自单细胞RNA测序分析，缺乏直接的功能验证；未探讨CD301b在其他癌症类型中的普适性 | 探究糖基化-凝集素相互作用在乳腺癌进展中的具体机制，并识别潜在的免疫治疗靶点 | 小鼠三阴性乳腺癌模型和人类乳腺癌样本中的免疫细胞（特别是CD301b/CLEC10A表达的髓系细胞） | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，转录组分析，表型分析 | NA | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 252 | 2025-12-22 |
Genetic Convergence Analysis of CRISPR Perturbations Deciphers Gene Functional Similarity
2025-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688060
PMID:41292726
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研究论文 | 本文介绍了一种名为XConTest的两步交叉验证方法，用于评估CRISPR扰动之间的遗传收敛性，以量化基因功能相似性 | 提出了一种统计方法来量化CRISPR扰动之间的相似性，解决了现有方法大多启发式的问题，通过近似标准正态的检验统计量评估扰动对细胞表达谱的正交影响 | 未明确提及具体样本量或实验平台细节，可能依赖于现有数据集 | 开发统计方法以量化CRISPR扰动之间的遗传收敛性，从而解读基因功能相似性 | CRISPR扰动、基因功能相似性、下游基因表达 | 机器学习 | 自闭症、免疫相关疾病 | CRISPR筛选、单细胞RNA测序（Perturb-seq） | 统计检验方法（XConTest） | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 253 | 2025-12-22 |
Heimdall: A Modular Framework for Tokenization in Single-Cell Foundation Models
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.09.687403
PMID:41292913
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研究论文 | 本文介绍了Heimdall，一个用于系统评估单细胞基础模型中标记化策略的模块化框架和开源工具包 | 提出首个全面框架，将单细胞基础模型分解为模块化组件，实现标记化策略的细粒度控制和归因，并系统评估其在跨分布转移场景下的影响 | 未明确说明样本量或具体数据集细节，可能限制了结果的普适性验证 | 系统评估单细胞基础模型中标记化策略对模型性能的影响，特别是在分布转移场景下 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 254 | 2025-12-22 |
D-dimer drives immune dysregulation in COVID-19 via chemokine modulation and inflammatory signaling
2025-Nov, Virus research
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.virusres.2025.199641
PMID:41083108
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研究论文 | 本研究探讨了D-二聚体在COVID-19中通过调节趋化因子和炎症信号通路驱动免疫失调的作用 | 揭示了D-二聚体作为血栓炎症反应的潜在驱动因子，不仅作为临床生物标志物，还通过上调趋化因子（如CXCL5、CXCL6）和富集IL-17、PI3K-Akt等炎症通路来调节免疫微环境 | 体外实验使用THP-1细胞系，可能无法完全模拟体内复杂免疫环境；样本来自上海地区，可能存在地域局限性 | 探究D-二聚体在COVID-19免疫调节中的作用机制 | COVID-19患者（轻症和重症）及SARS-CoV-2阴性对照参与者 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组分析、体外细胞刺激实验 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据 | 356名参与者（包括轻症和重症COVID-19患者及阴性对照） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 255 | 2025-12-22 |
Age-Related Changes in Myeloid Cells and Their Impact on Subcutaneous Melanoma Growth in Mice
2025-Nov, Aging and cancer
DOI:10.1002/aac2.70006
PMID:41409350
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研究论文 | 本研究探讨了衰老如何通过改变Gr-1+髓系细胞的功能来影响小鼠皮下黑色素瘤的生长及免疫治疗反应 | 揭示了衰老背景下Gr-1+髓系细胞功能增强（如CD8+ T细胞抑制、活性氧产生和胞外陷阱形成）与黑色素瘤生长加速及免疫治疗反应差异之间的关联，并首次证明髓过氧化物酶（MPO）在此过程中的关键驱动作用 | 研究主要在YUMM1.7黑色素瘤细胞系和小鼠模型中进行，结论可能不适用于所有黑色素瘤亚型或人类情况；研究聚焦于Gr-1+髓系细胞，其他免疫细胞类型的影响未全面探讨 | 表征衰老如何改变Gr-1+髓系细胞功能及其对黑色素瘤生长和免疫治疗反应的影响 | 2月、6月和12月龄的野生型小鼠及同基因型髓过氧化物酶缺陷小鼠，以及多种YUMM黑色素瘤细胞系（特别是YUMM1.7） | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞功能分析（CD8+ T细胞抑制、活性氧检测、胞外陷阱形成评估） | 小鼠皮下黑色素瘤模型 | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据、肿瘤生长测量数据 | 多个年龄组（2、6、12月龄）的野生型和MPO缺陷型小鼠，使用多种YUMM黑色素瘤细胞系进行肿瘤生长评估 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 256 | 2025-12-21 |
Immune-modulating effects on tumor-draining lymph nodes of neoadjuvant chemoradiotherapy combined with dual immunotherapy in patients with T3-4N0-2 NSCLC
2025-Nov-28, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013237
PMID:41314982
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研究论文 | 本研究探讨了在T3-4N0-2非小细胞肺癌患者中，新辅助放化疗联合双重免疫疗法对肿瘤引流淋巴结的免疫调节作用 | 结合空间转录组学和免疫组织化学分析，首次系统研究了新辅助放化疗联合双重免疫疗法对肿瘤引流淋巴结的免疫调节效应，特别是在不同辐射剂量下的影响 | 研究为观察性队列设计，样本量有限（每组25例），且仅针对特定亚型的非小细胞肺癌患者，结果可能无法推广到其他癌症类型或治疗组合 | 评估新辅助放化疗联合双重免疫疗法对肿瘤引流淋巴结免疫功能的调节作用 | T3-4N0-2非小细胞肺癌患者的肿瘤引流淋巴结 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | 空间转录组数据, 免疫组织化学图像 | 50例患者（INCREASE试验组25例，匹配对照组25例） | NA | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间转录组学分析平台，用于CD8/Ki67+T细胞热点区域的转录组分析 |
| 257 | 2025-12-21 |
Spatially organized cellular communities shape functional tissue architecture in the pancreas
2025-Nov-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adx5791
PMID:41223257
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研究论文 | 本研究结合单细胞和空间转录组学技术，绘制了小鼠胰腺从胚胎发育到成年稳态的细胞群体空间时间图谱 | 首次结合单细胞和空间转录组学解析胰腺细胞类型的空间异质性，并发现上皮-间充质单元作为基本组织微环境 | 研究主要基于小鼠模型，人类模型验证有限 | 揭示胰腺细胞如何通过空间组织形成功能性组织结构 | 小鼠和人类胰腺组织 | 空间转录组学 | 胰腺疾病 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 258 | 2025-12-21 |
scHLens: a web server for hierarchically and interactively exploring single cell RNA-seq data
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf675
PMID:41403052
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scHLens的交互式网络服务器，用于分层探索单细胞RNA测序数据 | 开发了支持用户自定义分析流程和分层探索模式的交互式网络服务器，解决了现有方法在界面友好性、流程灵活性和细胞亚型识别方面的不足 | 未在摘要中明确说明 | 降低单细胞RNA测序数据分析的技术门槛，提高细胞异质性识别的灵活性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 259 | 2025-12-20 |
Enhancing RNA Capture Efficiency in Spatial Transcriptomics: A Review of Innovative Technologies and Strategies
2025-Nov-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262211076
PMID:41303559
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综述 | 本文系统综述了近年来提升空间转录组学中RNA捕获效率的创新技术与策略 | 重点比较了Decoder-seq、Stereo-seq V2、MAGIC-seq和MSN-seq等前沿技术，并强调了针对FFPE临床样本的优化方法以及整合人工智能的计算预测方法 | 作为一篇综述文章，未提出新的实验数据或模型，主要依赖现有文献进行总结分析 | 提升空间转录组学中RNA捕获效率，并促进该技术在基础研究和临床应用中的效用 | 空间转录组学技术及其相关的RNA捕获策略 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 260 | 2025-12-20 |
COL8A1 regulates endothelial phenotype in inflammatory endothelial-to-mesenchymal transition
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00339.2025
PMID:41042748
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研究论文 | 本研究探讨了胶原蛋白VIII α1链（COL8A1）在炎症诱导的内皮-间质转化（EndMT）中对内皮细胞表型的调控作用 | 首次揭示了COL8A1在炎症性EndMT中的双相调控作用，并阐明其通过NF-κB/Snail信号通路影响内皮稳定性的机制 | 研究主要基于体外细胞模型（HAECs），体内功能验证和临床相关性需要进一步研究 | 探究COL8A1在炎症性内皮-间质转化中的作用机制 | 小鼠和人类内皮细胞，特别是人主动脉内皮细胞（HAECs） | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫荧光分析，基因过表达与敲低 | NA | 基因表达数据，图像数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及小鼠和人类内皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |