单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202511-202511] [清除筛选条件]
当前共找到 1001 篇文献,本页显示第 221 - 240 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
221 2025-12-15
A spatially informed matrix normal model for gene co-expression analysis in spatial transcriptomics studies
2025-Nov-26, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文提出了一种名为spMOCA的统计框架,用于在空间转录组学研究中推断基因共表达网络,同时显式建模空间依赖性 引入矩阵正态模型,联合考虑基因-基因和空间协方差,将内在共表达关系与空间诱导效应分离,相比现有方法能更准确、无偏地估计基因间相关性 未明确提及具体局限性,但可能依赖于模拟和现有数据集的验证,未涉及所有潜在空间转录组学技术或组织类型 开发一种统计方法以改进空间转录组学数据中的基因共表达分析,捕捉基因相互作用和空间依赖性的联合影响 基因共表达网络、空间转录组学数据 空间转录组学 肿瘤、神经退行性疾病 空间转录组学技术 矩阵正态模型 空间转录组学数据 九个空间转录组学数据集,涵盖不同技术、组织和物种 NA 空间转录组学 NA NA
222 2025-12-15
Single-Cell Sequencing Reveals Novel Tumor Populations and Their Interplay with the Immune Microenvironment in a Pleomorphic Rhabdomyosarcoma
2025-Nov-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究利用单细胞转录组学揭示了多形性横纹肌肉瘤中肿瘤细胞群的异质性及其与免疫微环境的相互作用 首次通过单细胞测序识别出pRMS中肌源性和非肌源性肿瘤细胞群,并发现非肌源性群与免疫细胞有更多通讯联系,揭示了MIF-CD74等关键免疫抑制通路 研究为单病例分析,缺乏多患者队列验证,且需蛋白质水平验证和体内外实验确认临床可行性 探究多形性横纹肌肉瘤的肿瘤异质性和免疫微环境特征 多形性横纹肌肉瘤肿瘤组织 数字病理学 横纹肌肉瘤 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序数据 单病例样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
223 2025-12-15
De Novo Detection of Clonal Structure and Evolution in Single-Cell and Spatial Transcriptomes
2025-Nov-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本文介绍了一种名为scClone的计算工具包,用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中检测克隆结构和进化 开发了scClone工具包,整合变异检测和基因型推断,解决了scRNA-seq数据中的表达丢失和等位基因不平衡问题,并支持空间转录组数据的克隆结构分析 未明确提及具体局限性,但可能受限于单细胞测序的成本和数据质量 揭示肿瘤的克隆结构和动态进化,建立基因型与表型的关联 肿瘤细胞,包括骨髓瘤、肝细胞癌、胰腺癌、卵巢癌和皮肤鳞状细胞癌 数字病理学 多种癌症 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 多个数据集,涉及多种癌症类型 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
224 2025-12-15
A Comprehensive Analysis of Novel Variations Associated with Bile Duct Cancer: Insights into Expression, Methylation, and 3D Protein Structure
2025-Nov-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究通过整合基因组、转录组、单细胞、甲基化和分子动力学数据,全面分析胆管癌中的新变异,揭示其表达、甲基化和3D蛋白质结构变化 首次将多组学数据(包括单细胞RNA-seq、甲基化阵列和分子动力学模拟)与公共数据集结合,系统识别胆管癌的致病性变异及其功能影响 研究主要依赖公共数据集,样本量有限(如23个肿瘤样本),且未进行实验验证 识别胆管癌的致病性变异,为诊断和治疗策略提供新见解 胆管癌(胆道上皮癌) 生物信息学 胆管癌 基因组学、转录组学、单细胞RNA-seq、甲基化分析、分子动力学模拟 DESeq2、limma、DMRcate、AlphaFold3、GROMACS、FoldX5 基因组变异数据、RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据、甲基化阵列数据、蛋白质结构数据 23个肿瘤样本(TCGA)、52个肿瘤和12个正常肝脏样本(甲基化数据)、23,782个细胞(单细胞RNA-seq) Illumina 单细胞RNA-seq、甲基化分析 Illumina 450 K甲基化阵列 Illumina 450 K甲基化阵列用于分析52个肿瘤和12个正常肝脏样本的甲基化模式
225 2025-12-15
Bioinformatics frameworks for single-cell long-read sequencing: unlocking isoform-level resolution
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
综述 本文综述了单细胞长读长测序技术及其生物信息学框架在解锁异构体水平分辨率方面的应用 探讨了单细胞长读长测序技术如何结合单细胞分辨率与第三代测序技术,以解决传统短读长测序在重构全长转录本异构体方面的限制 NA 探索单细胞长读长测序技术在理解异构体调控和异常剪接在人类疾病中的作用,并揭示其诊断和治疗潜力 单细胞长读长测序数据及其生物信息学分析工具 生物信息学 癌症 单细胞长读长RNA测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 长读长RNA-seq NA NA
226 2025-12-14
Single-cell and spatial transcriptome landscapes reveal the spatial immune defense pattern shared by primary and brain metastatic lung adenocarcinoma
2025-Nov-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学,揭示了原发性与脑转移性肺腺癌共有的空间免疫防御模式 首次通过整合单细胞和空间转录组数据,识别出原发性与脑转移性肺腺癌共有的、具有空间富集特征的肿瘤免疫防御模式(TIDP),并发现其与髓系相关的免疫抑制特征及不良预后显著相关 研究主要基于转录组数据,功能验证和临床转化潜力仍需进一步实验和临床试验证实 阐明原发性与脑转移性肺腺癌共有的免疫防御机制,识别导致免疫逃逸和治疗抵抗的空间组织化程序及分子相互作用 肺腺癌(LUAD)的原发性肿瘤和脑转移性肿瘤 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序,空间转录组学 非负矩阵分解(NMF) 单细胞转录组数据,空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
227 2025-12-14
Identification of the key gene for hepatocellular carcinoma based on bioinformatics and machine learning and experimental verification
2025-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究结合生物信息学与机器学习方法,筛选并验证了肝细胞癌的关键基因FAM83D 整合多个GEO数据集,应用SVM-RFE和LASSO机器学习算法筛选诊断基因,并通过单细胞和空间转录组学分析验证FAM83D在恶性细胞中的上调及其与免疫治疗反应的关联 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,实验验证部分可能受样本量限制,且未深入探讨FAM83D的具体分子机制 识别肝细胞癌的关键驱动基因,以辅助早期诊断和预后评估 肝细胞癌患者与非癌肝组织 机器学习 肝细胞癌 生物信息学分析、机器学习算法(SVM-RFE、LASSO)、免疫组化、单细胞转录组学、空间转录组学 SVM-RFE、LASSO 基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据 三个GEO数据集(GSE78737、GSE98383、GSE121248),具体样本数未明确说明 NA 单细胞RNA-seq、空间转录组学 NA NA
228 2025-12-14
MCRS1 is associated with immunosuppressive microenvironments in pan-cancer and promotes hepatocellular carcinoma malignant phenotypes
2025-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究通过泛癌分析揭示了微球蛋白1(MCRS1)在肿瘤免疫抑制微环境中的关键作用,并重点阐明了其在肝细胞癌(HCC)恶性表型中的表观遗传驱动机制 首次报道了MCRS1在泛癌水平上的免疫学意义和治疗潜力,并发现其启动子低甲基化驱动的过表达与M2巨噬细胞极化的免疫抵抗微环境相关 研究主要基于公共数据库和体外功能验证,缺乏体内动物模型的深入机制验证 阐明MCRS1在泛癌中的免疫学意义和治疗潜力,并揭示其在肝细胞癌进展中的表观遗传驱动机制 多种癌症类型(泛癌分析),重点关注肝细胞癌(HCC) 生物信息学,癌症免疫学 肝细胞癌,泛癌 批量转录组学,单细胞RNA测序(scRNA-seq),表观遗传分析,功能验证 NA 转录组数据,单细胞RNA测序数据,表观遗传数据,蛋白质表达数据 来自TCGA、GTEx、HPA等公共数据库的大量样本(具体数量未明确说明),包括24种恶性肿瘤 NA 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA NA
229 2025-12-14
NK cells undergo transcriptional and functional reprogramming following Streptococcus pneumoniae infection
2025-Nov-28, Mucosal immunology IF:7.9Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了自然杀伤细胞在肺炎链球菌感染后经历转录和功能重编程,并形成具有增强活性的记忆亚群 首次在细菌感染背景下系统揭示NK细胞的转录重编程和记忆形成机制,为先天免疫记忆在细菌感染中的作用提供了新见解 研究主要基于小鼠模型,人类NK细胞的类似机制仍需验证;单细胞测序数据的功能验证有待进一步深入 探究NK细胞在肺炎链球菌感染中的应答机制和记忆形成过程 自然杀伤细胞 单细胞组学 细菌感染 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确说明样本数量 NA 单细胞RNA-seq NA NA
230 2025-12-14
Alterations in Resident Immune Cells in Prenatal Trisomy 21 Lungs
2025-Nov-26, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和空间表型分析,揭示了唐氏综合征胎儿肺部免疫细胞的变化,特别是B细胞减少,这可能解释其呼吸道感染易感性增加 首次在产前唐氏综合征肺部中系统表征免疫细胞变化,结合单细胞测序与空间技术揭示B细胞减少的分子机制 样本量较小(T21组5例,非T21组4例),且仅关注产前阶段,未追踪出生后免疫发育变化 探究唐氏综合征胎儿肺部免疫细胞异常,以解释其呼吸道感染易感性增加的潜在原因 产前唐氏综合征(T21)和非唐氏综合征(非T21)胎儿肺部组织 单细胞组学 唐氏综合征 单细胞RNA测序,荧光原位杂交,免疫荧光染色,qRT-PCR NA 单细胞RNA测序数据,空间组织切片图像,基因表达数据 T21组5例,非T21组4例产前肺部样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
231 2025-12-14
Functional Division of Insect Blood Cells by Single-Cell RNA-Sequencing and Cell-Type-Specific FISH Markers
2025-Nov-22, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和细胞类型特异性FISH标记,揭示了昆虫血细胞的功能分化与动态变化 首次在鳞翅目昆虫中应用单细胞RNA测序技术解析血细胞功能分化,发现了24个功能簇和7个功能组,并开发了特异性FISH标记识别新细胞群 研究仅针对一种鳞翅目昆虫幼虫,结果可能不适用于其他昆虫种类或发育阶段 探究昆虫血细胞的功能分化类型及其在免疫应答中的动态变化 鳞翅目昆虫(烟草天蛾)幼虫的血细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),荧光原位杂交(FISH) NA 单细胞转录组数据,图像数据 未明确样本数量,使用烟草天蛾幼虫血细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
232 2025-12-14
Inferring the regulation dynamics of oscillatory networks from scRNA-seq data
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种通过整合细胞周期位置信息来改进单细胞RNA测序数据中基因调控网络推断的方法 将振荡过程(如细胞周期)的周期性约束纳入基因调控网络推断,相比传统基于基因相关性或时间进程的方法,能更准确地解析细胞周期调控动力学 仅在小鼠视网膜祖细胞单细胞基因表达数据集上进行了验证,尚未在其他细胞类型或生物系统中广泛测试 提高从单细胞RNA测序数据中推断振荡网络(如细胞周期)调控动力学的准确性 小鼠视网膜祖细胞的单细胞基因表达数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 基因调控网络推断方法(包括Tricycle等八种代表性方法) 单细胞基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
233 2025-12-14
Img2ST-Net: efficient high-resolution spatial omics prediction from whole-slide histology images via fully convolutional image-to-image learning
2025-Nov, Journal of medical imaging (Bellingham, Wash.)
研究论文 本研究提出了一种名为Img2ST-Net的高效框架,用于从全切片组织学图像中并行预测高分辨率空间转录组数据 提出了首个用于高分辨率空间转录组预测的全卷积图像到图像学习框架,将任务重构为具有数百或数千个输出通道的超内容图像生成问题,并引入了针对高分辨率ST分析的基于结构相似性的评估指标SSIM-ST 论文未明确说明模型在更广泛的组织类型或疾病中的应用局限性,也未讨论模型对极低表达基因的预测能力 开发一种高效、可扩展的框架,以降低高分辨率空间转录组数据获取的成本和时间,直接从常规组织学图像预测基因表达 乳腺癌和结直肠癌的组织样本 数字病理学 乳腺癌, 结直肠癌 空间转录组学 全卷积神经网络 图像, 基因表达数据 两个公共Visium HD数据集(乳腺癌和结直肠癌) 10x Genomics 空间转录组学 Visium HD Visium HD平台,分辨率为8 μm和16 μm
234 2025-12-14
STIFT: spatiotemporal transcriptomics integration through spatially informed multi-timepoint bridging
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本文提出了一种名为STIFT的时空转录组学整合框架,用于整合发育或再生过程中跨时间点的空间转录组学数据 STIFT框架结合了发育时空最优传输、时空图构建以及基于时间三元学习的图注意力自编码器,专门为整合时空转录组学数据而设计 NA 整合时空转录组学数据,以去除批次效应、识别空间域、推断轨迹并探索发育动态 蝾螈脑再生、小鼠胚胎发育和3D涡虫再生数据集 空间转录组学 NA 空间转录组学 图注意力自编码器 空间转录组学数据(2D或3D) 数十万个spots NA 空间转录组学 NA NA
235 2025-12-13
Integration of genetic, proteomic, and transcriptomic data identifies therapeutic targets and prognostic biomarkers in bladder cancer
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究通过整合遗传、蛋白质组和转录组数据,识别了膀胱癌的潜在治疗靶点和预后生物标志物 整合跨组学定量性状位点、OLINK蛋白质组学和转录组学数据,结合前瞻性队列研究和多组学分析,识别新的治疗靶点和生物标志物 研究依赖于现有数据库和队列数据,可能受限于样本代表性和数据完整性,需要进一步实验验证 识别膀胱癌的分子靶点和候选药物,以改善早期诊断和精准治疗 膀胱癌患者及相关遗传、蛋白质和转录组数据 生物信息学 膀胱癌 xQTLs, OLINK蛋白质组学, 转录组学, GWAS, 单细胞RNA测序, 甲基化分析 Cox回归, 随机生存森林模型 遗传数据, 蛋白质数据, 转录组数据, 甲基化数据 来自UK Biobank Pharma Proteomics Project, deCODE Genetics和Atherosclerosis Risk in Communities study的数据,具体样本数量未明确说明 OLINK, NA 蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 甲基化测序 OLINK平台, NA OLINK高通量血浆蛋白测量平台,具体配置未详细说明
236 2025-12-13
Migrasome-related long non-coding RNAs orchestrate immune microenvironment and serve as a novel prognostic model in clear cell renal cell carcinoma
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究通过整合转录组数据和临床参数,识别了与透明细胞肾细胞癌预后相关的迁移体相关长链非编码RNA,并构建了一个包含五个MRLs的预后模型,用于风险分层和指导治疗策略 首次系统性地识别了迁移体相关长链非编码RNA在透明细胞肾细胞癌中的预后价值,并构建了一个基于五个MRLs的稳健预后模型,同时结合单细胞RNA测序揭示了肿瘤细胞内在VEGF信号通路在调节迁移体相关分子程序中的作用 研究主要基于TCGA数据库的回顾性数据,需要进一步的前瞻性临床验证,且单细胞RNA测序数据的样本量可能有限 系统识别与透明细胞肾细胞癌预后相关的迁移体相关长链非编码RNA,并构建一个稳健的预后模型以改善风险分层和指导潜在治疗策略 透明细胞肾细胞癌患者 生物信息学 肾细胞癌 转录组分析、LASSO回归、单细胞RNA测序、RT-qPCR LASSO回归模型 转录组数据、临床数据、单细胞RNA测序数据 TCGA数据库中的透明细胞肾细胞癌患者样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
237 2025-12-13
MSI2 exerts antitumor effects by regulating T-cell function in kidney renal clear cell carcinoma
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究探讨了Musashi 2 (MSI2)在肾透明细胞癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系,发现MSI2通过调节T细胞功能发挥抗肿瘤作用 首次在肾透明细胞癌中发现MSI2下调并具有抗肿瘤功能,揭示了其在T细胞分化中的动态表达模式 研究主要基于数据库分析和体外实验,缺乏体内实验验证,且MSI2的具体调控机制仍需进一步探索 探索MSI2在肾透明细胞癌中的表达、功能及其与肿瘤微环境的相互作用 肾透明细胞癌患者样本、肾细胞系、T细胞 生物信息学 肾癌 单细胞RNA测序、伪时序分析、Kaplan-Meier分析、富集分析 NA mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据 基于公共数据库(TIMER2.0、UALCAN)的肾透明细胞癌患者样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
238 2025-12-13
Multi-omics characterization of metabolic and immune interactions in prostate cancer
2025-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3
研究论文 本研究通过多组学方法揭示了前列腺癌中代谢重编程与免疫微环境之间的相互作用,并识别了具有预后意义的关键代谢生物标志物ENO1和CKB 整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,首次系统性地揭示了ENO1和CKB在前列腺癌代谢-免疫串扰中的关键作用,并构建了整合这些标志物与临床参数的预后列线图 研究主要基于公开数据集,缺乏独立的实验验证队列;单细胞数据来源未明确说明具体平台细节 阐明前列腺癌中代谢重编程与免疫微环境相互作用的调控机制,并识别关键的预后代谢生物标志物 前列腺癌组织 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 生物信息学分析 多组学分析框架, Seurat, Signac, CIBERSORT, GSVA, GSEA, Cox回归模型 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据, 临床数据 TCGA-PRAD队列(具体样本数未明确说明)及公开可用的单细胞数据集 NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
239 2025-12-13
Monocyte/macrophage-derived NLRP3 Promotes the Onset and Progression of Ankylosing Spondylitis Via the NOD-like Receptor Pathway
2025-Nov-26, Journal of clinical immunology IF:7.2Q1
研究论文 本研究揭示了单核/巨噬细胞通过NOD样受体信号通路(主要由NLRP3介导)在强直性脊柱炎发病机制中的关键作用,并识别了调控NLRP3的因子及潜在治疗药物 首次在AS中识别出经典的单核细胞-巨噬细胞-炎症性巨噬细胞分化轨迹,并明确了单核/巨噬细胞来源的NLRP3通过NOD样受体通路驱动疾病进展,同时发现了多个调控NLRP3表达的因子及潜在靶向治疗化合物 研究结论主要基于生物信息学分析和单细胞测序数据验证,仍需进一步的体内外功能实验和临床前模型验证 阐明强直性脊柱炎的致病通路并探索潜在治疗策略 强直性脊柱炎患者及非AS患者的血液样本、GEO转录组数据集、AS患者和骨折对照患者的骨髓样本 生物信息学与免疫学 强直性脊柱炎 单细胞RNA测序、转录组分析、GSEA通路分析、生物信息学分析 NA 血液检测数据、转录组数据、单细胞测序数据 未明确具体样本数量,涉及AS患者、非AS患者及骨折对照患者的血液和骨髓样本,并利用了GEO公共数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
240 2025-12-13
An etiology-stratified single-cell atlas identifies FABP4 as a prognostic marker for MASLD-related HCC
2025-Nov-06, Journal of hepatology IF:26.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了HBV感染和代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)对肝细胞癌(HCC)肿瘤微环境的影响,并鉴定出FABP4作为MASLD相关HCC的潜在预后生物标志物 首次基于病因分层(HBV和MASLD状态)比较HCC的肿瘤微环境,并发现FABP4在MASLD相关HCC中通过促进血管正常化和增强CD8+ T细胞浸润来改善免疫治疗预后 样本量相对较小(12例患者进行单细胞测序),且主要基于回顾性队列分析,需要更大规模的前瞻性研究验证 比较不同病因(HBV和MASLD)HCC的肿瘤微环境差异,并寻找病因特异性的预后生物标志物 肝细胞癌(HCC)患者样本,包括肿瘤和癌旁组织 数字病理学 肝细胞癌 单细胞RNA测序,批量RNA测序,免疫组织化学,多重免疫组织化学,体外和体内实验 NA 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据,组织图像数据 12例HCC患者的配对肿瘤和癌旁组织进行单细胞测序,224个样本进行免疫组化验证,并分析TCGA-LIHC和两个免疫治疗HCC队列的批量数据 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
回到顶部