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当前共找到 1144 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-12-04 |
Tumor microenvironment remodeling across thyroid cancer differentiation states revealed by spatial transcriptomics
2025-Nov-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04210-0
PMID:41182416
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了甲状腺癌去分化过程中肿瘤微环境的动态重塑 | 首次在甲状腺癌不同分化状态中应用空间转录组学技术，系统揭示了去分化与免疫抑制性肿瘤微环境（特别是髓系细胞和CAFs增加）的空间关联，并识别了JAK-STAT和VEGF信号通路的激活 | 样本量较小（仅12例患者），需要更大队列研究验证结果；空间转录组学分辨率有限，可能无法完全解析细胞亚型异质性 | 探究甲状腺癌去分化过程中肿瘤微环境的动态变化及其与临床侵袭性的关系 | 甲状腺癌患者的肿瘤组织样本，包括分化型（PTC、FTC）和去分化型（PDTC、ATC） | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 空间转录组学、免疫组化、生物信息学分析（CellDART、PROGENy、REACTOME） | NA | 空间转录组数据、组织图像数据 | 12例甲状腺癌患者（涵盖PTC、FTC、PDTC、ATC亚型）的FFPE肿瘤组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium CytAssist | Visium CytAssist平台用于FFPE组织的空间转录组分析 |
| 202 | 2025-12-04 |
Partial Reprogramming in Senescent Schwann Cells Enhances Peripheral Nerve Regeneration via Restoration of Stress Granule Homeostasis
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202511019
PMID:40899516
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了衰老过程中雪旺细胞应激颗粒稳态失衡是导致周围神经再生受损的关键机制，并证明部分重编程可通过恢复该稳态来促进神经再生 | 首次发现Runx2雪旺细胞群在神经再生中的病理积累与应激颗粒稳态失衡相关，并证明部分重编程可通过恢复该稳态来逆转衰老相关的神经再生缺陷 | 研究主要基于大鼠模型，尚未在人类样本中得到验证；部分重编程的长期安全性和具体分子调控网络仍需进一步探索 | 探究部分重编程对衰老过程中周围神经再生的影响及其分子机制 | 年轻和衰老大鼠的坐骨神经损伤模型中的雪旺细胞 | 单细胞转录组学 | 周围神经损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和衰老大鼠的坐骨神经样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 203 | 2025-12-04 |
Enhancer Reprogramming Reveals the Tumorigenic Role of PTPRZ1 in Lung Squamous Cell Carcinoma
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509344
PMID:40899632
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析揭示了肺鳞状细胞癌中增强子驱动的转录网络，并识别出PTPRZ1-MDK轴作为关键的可靶向通路 | 首次通过整合ChIP-seq、bulk RNA-seq、单细胞ATAC/RNA-seq和空间转录组学等多组学数据，系统描绘了LUSC中的肿瘤特异性致癌增强子网络，并发现PTPRZ1-MDK轴在肿瘤发生中的关键作用 | 研究样本量相对有限（59对匹配样本），且主要基于体外和体内功能验证，临床转化应用仍需进一步探索 | 识别肺鳞状细胞癌的新型致癌驱动因子并解析其表观遗传调控机制 | 59对匹配的肺鳞状细胞癌肿瘤组织和邻近正常组织 | 数字病理学 | 肺癌 | ChIP-seq, bulk RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因组学数据、表观基因组学数据、转录组学数据、空间转录组数据 | 59对匹配的LUSC肿瘤和邻近正常组织 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, ChIP-seq | NA | NA |
| 204 | 2025-12-04 |
Spatial Transcriptomics Reveals Transcriptomic and Immune Microenvironment Reprogramming during Thyroid Carcinoma Dedifferentiation
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202506925
PMID:40908584
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了甲状腺癌去分化过程中的转录组和免疫微环境重编程机制 | 首次在共存的不同分化程度甲状腺癌区域进行空间转录组测序，揭示了从分化型甲状腺癌向未分化型甲状腺癌逐步重编程的轨迹，并鉴定出PDCD4和TYMP等关键调控因子及其在诱导免疫抑制性肿瘤相关巨噬细胞形成中的作用 | 样本量较小（7例），且为回顾性研究，需要更大样本的前瞻性研究验证 | 阐明甲状腺癌去分化过程的分子机制和免疫微环境变化 | 甲状腺癌组织样本（包含未分化型、低分化型和分化型甲状腺癌共存区域） | 空间转录组学 | 甲状腺癌 | 空间转录组测序、全外显子组测序、inferCNV分析、轨迹分析 | NA | 空间转录组数据、基因组数据 | 7个包含共存区域的样本 | NA | 空间转录组测序 | NA | NA |
| 205 | 2025-12-04 |
Inhibition of Macrophage ARID3A Alleviates Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury After Heart Transplantation by Reducing THBS1/CD47 Signaling-Mediated Neutrophil Extracellular Traps Formation
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509952
PMID:40913516
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研究论文 | 本研究探讨了巨噬细胞ARID3A在心脏移植后心肌缺血再灌注损伤中的作用，发现通过THBS1/CD47信号通路减少中性粒细胞胞外陷阱形成可缓解损伤 | 首次揭示了M1巨噬细胞通过THBS1/CD47轴促进NETs形成，并发现4-OI能特异性抑制巨噬细胞ARID3A，为治疗心肌缺血再灌注损伤提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证，且具体信号通路的详细机制有待深入探索 | 探究心脏移植后心肌缺血再灌注损伤的分子机制，并寻找潜在治疗策略 | 巨噬细胞、中性粒细胞及其相互作用在心肌缺血再灌注损伤中的角色 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、分子对接分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 使用髓系特异性ARID3A敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 206 | 2025-12-04 |
CFTR High Expresser BEST4+ cells are pH-sensing neuropod cells: new implications for intestinal physiology and cystic fibrosis disease
2025-Nov-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00082.2025
PMID:41005986
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质免疫定位，首次将大鼠小肠中的CFTR高表达细胞鉴定为能够感知和响应管腔pH的神经足细胞，并确认BEST4+细胞在近端小肠中即为CHEs，为肠道生理和囊性纤维化疾病提供了新见解 | 首次将大鼠小肠中的CFTR高表达细胞鉴定为神经足细胞，并揭示其在管腔pH调节中的关键作用，同时首次在CF大鼠模型中表征了CHEs中CFTR及相关mRNA和蛋白质的变化 | 研究主要基于大鼠模型，人类数据验证有限；样本量未明确说明；未探讨CHEs在其他肠道疾病中的潜在作用 | 探究肠道中BEST4+细胞的身份、功能及其在囊性纤维化疾病中的作用机制 | 人类和大鼠肠道上皮细胞，特别是BEST4+细胞和CFTR高表达细胞（CHEs） | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq），蛋白质免疫定位 | NA | RNA序列数据，蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 207 | 2025-12-04 |
Intrinsic changes in cell differentiation and identity drive impaired wound healing in aged female murine skin
2025-Nov-01, Biogerontology
IF:4.4Q1
DOI:10.1007/s10522-025-10340-w
PMID:41175301
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了老年雌性小鼠皮肤中细胞内在变化如何导致伤口愈合受损的机制 | 首次在老年雌性小鼠皮肤和伤口中应用单细胞RNA测序，全面解析了细胞内在变化对伤口微环境的影响 | 研究仅针对雌性小鼠，且伤口观察时间点限于损伤后3天，未涵盖其他性别或更长时间窗口 | 探究老年皮肤中细胞内在变化如何影响伤口愈合的早期反应 | 年轻和老年雌性小鼠的完整皮肤及损伤后3天的伤口组织 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 年轻和老年雌性小鼠的皮肤及伤口组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 208 | 2025-12-04 |
SpaBatch: Deep Learning-Based Cross-Slice Integration and 3D Spatial Domain Identification in Spatial Transcriptomics
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509090
PMID:40953305
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研究论文 | 本研究提出了一个名为SpaBatch的深度学习框架，用于整合和分析多切片空间转录组数据，以进行跨切片的3D空间域识别 | SpaBatch是首个能够有效校正批次效应并实现跨切片3D空间域识别的框架，克服了现有方法仅关注单一切片内2D空间域识别且忽略切片间空间相关性的局限 | 论文未明确提及该方法的计算复杂度或对大规模数据集的可扩展性限制 | 开发一个鲁棒可靠的多切片空间转录组数据整合框架，以实现准确的3D空间域识别 | 人类皮层切片、小鼠脑切片、小鼠胚胎切片、人类胚胎心脏切片、HER2+乳腺癌组织和小鼠下丘脑切片 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 深度学习 | 空间转录组数据 | 八个真实空间转录组数据集 | MERFISH | 空间转录组学 | MERFISH平台 | 使用MERFISH平台分析的小鼠下丘脑切片和HER2+乳腺癌组织 |
| 209 | 2025-12-04 |
Spatial Transcriptional Dynamics of CD74⁺ B Cells in Tertiary Lymphoid Structures Drive Immune Evolution in Penile Squamous Cell Carcinoma
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509742
PMID:41111459
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研究论文 | 本研究整合空间转录组学、单细胞测序和免疫组化技术，揭示了阴茎鳞状细胞癌中三级淋巴结构内CD74⁺ B细胞的空间转录动态及其驱动免疫演化的机制 | 首次在PSCC中系统阐明了三级淋巴结构内CD74⁺ B细胞的空间分布动态、与初始T细胞的相互作用机制及其通过HLA-DRA激活NF-κB等转录因子的免疫调控网络 | 研究样本量有限，未在独立队列中验证CD74⁺ B细胞的预后价值，机制研究主要基于转录组数据缺乏功能实验验证 | 解析阴茎鳞状细胞癌三级淋巴结构的免疫架构与功能机制 | 阴茎鳞状细胞癌组织样本及其中的三级淋巴结构、CD74⁺ B细胞、初始T细胞 | 空间转录组学 | 阴茎鳞状细胞癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫组织化学 | NA | 空间转录组数据、单细胞转录组数据、bulk RNA-seq数据、组织图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 210 | 2025-12-03 |
FOXA1 Upregulates HILPDA to Enhance Lipid Droplet Accumulation and Anoikis Resistance in Lung Adenocarcinoma
2025-Nov-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502184RR
PMID:41246996
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研究论文 | 本研究揭示了FOXA1通过转录激活HILPDA促进脂滴积累，从而导致肺腺癌细胞失巢凋亡抵抗和转移的分子机制 | 首次阐明FOXA1/HILPDA轴通过调控脂滴积累影响肺腺癌失巢凋亡抵抗的新机制，并发现HILPDA可作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于A549细胞系和动物模型，缺乏临床样本验证；机制研究尚未涉及其他可能的下游通路 | 探究HILPDA在肺腺癌失巢凋亡抵抗中的作用机制及其上游调控因子 | 肺腺癌细胞系（A549及其失巢凋亡抵抗亚型A549-AR）、裸鼠移植瘤模型 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 生物信息学分析、单细胞测序、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因检测、Western blot、免疫荧光、油红O染色 | 细胞模型、动物模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、影像数据 | 未明确样本数量，使用A549细胞系及建立的A549-AR细胞亚型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 211 | 2025-12-03 |
Multi-region spatial transcriptomics reveals region specific differences in response to amyloid beta (Aβ) plaque induced changes in Alzheimer's disease (AD)
2025-Nov-29, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-025-00875-x
PMID:41318546
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研究论文 | 本研究通过多区域空间转录组学分析，揭示了阿尔茨海默病中不同脑区对Aβ斑块诱导变化的区域特异性差异 | 首次在AD患者中同时进行多区域空间转录组学与Aβ免疫荧光染色匹配分析，揭示了区域特异性细胞类型和分子机制差异 | 样本量较小（仅2名患者），且仅针对Braak III和Thal 4阶段的AD患者，限制了结果的普适性 | 探究AD中不同脑区对Aβ斑块诱导变化的区域特异性差异及其分子机制 | 两名Braak III和Thal 4阶段AD患者的四个脑区组织：内嗅皮层、枕颞皮层、背外侧前额叶皮层和纹状皮层 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学，免疫荧光染色 | NA | 空间转录组数据，免疫荧光图像 | 2名AD患者的4个脑区组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 212 | 2025-12-03 |
Single-cell insights into tumor microenvironment heterogeneity and plasticity: transforming precision therapy in gastrointestinal cancers
2025-Nov-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03567-5
PMID:41316282
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在揭示胃肠道癌症肿瘤微环境异质性和可塑性方面的最新发现，并讨论了其对克服治疗耐药性和改善临床结果的启示 | 利用单细胞测序技术以前所未有的分辨率解析胃肠道癌症肿瘤微环境的细胞多样性和相互作用网络，揭示了驱动治疗耐药和肿瘤复发的未知细胞亚型和复杂通讯网络 | NA | 总结和讨论单细胞测序在胃肠道癌症肿瘤微环境研究中的最新发现，以重塑对肿瘤生物学的理解，并推动精准治疗的发展 | 胃肠道癌症（如胃癌、结直肠癌等）的肿瘤微环境，包括癌细胞、癌症干细胞、癌症相关成纤维细胞、免疫细胞、内皮细胞及细胞外基质 | 数字病理学 | 胃肠道癌症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 213 | 2025-12-03 |
Single cell RNA-seq analysis associates Osm signaling in macrophages with osteogenic differentiation during heterotopic ossification
2025-Nov-28, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-025-06435-2
PMID:41316383
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-seq分析，揭示了巨噬细胞中Osm信号在异位骨化过程中与间充质祖细胞成骨分化的关联 | 发现巨噬细胞来源的Osm与异常软骨祖细胞分化相关，并识别Spi1作为早期巨噬细胞激活和Osm表达的新调控因子 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证，且单细胞测序技术可能受样本处理偏差影响 | 探究创伤诱导异位骨化中局部炎症微环境与间充质祖细胞成骨分化的关系 | 创伤诱导异位骨化小鼠模型中的间充质祖细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 异位骨化 | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 214 | 2025-12-03 |
Exploring the impact of endocrine-disrupting chemicals on erectile dysfunction through network toxicology and machine learning
2025-Nov-28, BMC pharmacology & toxicology
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40360-025-01033-8
PMID:41316467
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研究论文 | 本研究利用网络毒理学和机器学习方法，探索了内分泌干扰物对勃起功能障碍的影响机制 | 首次结合网络毒理学、单细胞测序和机器学习算法，系统性地识别了EDCs诱导ED的核心靶点CTNNB1和HIF1A，并通过分子对接验证了其结合亲和力 | 研究主要基于计算和体外模拟，缺乏临床或动物实验验证，且EDCs的具体暴露剂量和体内效应未充分探讨 | 阐明内分泌干扰物导致勃起功能障碍的分子机制和核心靶点 | 内分泌干扰物与勃起功能障碍相关的潜在靶点和信号通路 | 机器学习 | 勃起功能障碍 | 单细胞测序、网络毒理学、机器学习算法、分子对接 | 未指定具体模型，使用了三种机器学习算法 | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 215 | 2025-12-03 |
Androgen Signaling in ILC2s Drives Sex Differences in Helicobacter-Induced Gastric Inflammation and Atrophy
2025-Nov-28, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101690
PMID:41320155
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研究论文 | 本研究探讨雄激素如何通过调节2型先天淋巴细胞（ILC2s）影响幽门螺杆菌感染引起的胃部炎症，揭示其在性别差异中的作用 | 首次发现雄激素通过调控ILC2s活性来保护免受幽门螺杆菌诱导的胃部炎症，并阐明ILC2s作为性别差异的关键调节因子 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证 | 探究雄激素对幽门螺杆菌感染引起的胃部炎症反应的影响及其在性别差异中的作用 | 雄性和雌性小鼠，以及ILC2s和T细胞缺陷小鼠模型 | NA | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 雄性和雌性小鼠，具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 216 | 2025-12-03 |
A Metastasis-Competent CAF Subpopulation Defined by MFAP5⁷THY1⁷ Co-expression Drives Prostate Cancer Metastasis via EMT Activation
2025-Nov-26, Recent patents on anti-cancer drug discovery
IF:2.5Q3
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别并功能验证了一个由MFAP5⁺THY1⁺共表达定义的、具有转移能力的癌症相关成纤维细胞亚群，该亚群通过激活AKT/EMT通路驱动前列腺癌转移 | 首次通过单细胞RNA测序整合分析，在前列腺癌中鉴定出一个由MFAP5和THY1共表达定义的、具有转移能力的CAF亚群，并揭示了其通过分泌MFAP5激活AKT/EMT通路促进转移的机制 | 需要多中心队列进一步验证其临床独立性 | 识别并功能表征前列腺癌中具有转移能力的CAF亚群，并评估其作为预测转移进展的生物标志物潜力 | 前列腺癌组织样本中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据, 组织图像数据 | 14个前列腺癌标本中的1,214个CAFs, 78个前列腺癌组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 217 | 2025-12-03 |
Disturbed flow induces reprogramming of endothelial cells to immune-like and foam cells under hypercholesterolaemia during atherogenesis
2025-Nov-25, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf233
PMID:41288601
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系示踪技术，验证了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流和高胆固醇血症共同诱导内皮细胞重编程为免疫样细胞和泡沫样细胞的假说 | 提出了“血流诱导的内皮细胞重编程”新概念，并首次通过遗传谱系示踪模型验证了内皮细胞向免疫样细胞和泡沫样细胞的转变 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，虽然分析了人类斑块数据，但直接的人类体内验证有限 | 探究紊乱血流和高胆固醇血症在动脉粥样硬化发生中的协同作用机制 | 小鼠颈动脉内皮细胞、人主动脉内皮细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学染色，谱系示踪 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | 95只小鼠，共98,553个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 218 | 2025-12-03 |
Single-Cell Dissection Reveals Immune Dysregulation After CD5 or CD7-Directed Chimeric Antigen Receptor T-Cell Therapy
2025-Nov-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509259
PMID:41290542
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术，探讨了CD5或CD7导向的CAR-T细胞疗法在T细胞急性淋巴细胞白血病患者中引起的免疫失调 | 首次通过单细胞测序揭示了CD5和CD7 CAR-T疗法对多种免疫细胞类型的广泛影响，包括T细胞耗竭、B细胞功能受损、NK细胞功能增强及单核细胞激活变化，为理解感染风险提供了新机制 | 样本可能有限，且为观察性研究，因果关系需进一步验证 | 探究CD5或CD7导向的CAR-T疗法后的免疫失调机制及其与感染风险的关系 | 接受CD5或CD7 CAR-T治疗的T细胞急性淋巴细胞白血病患者 | 单细胞测序 | T细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 219 | 2025-12-03 |
Single-cell immune transcriptomics reveals an inflammatory-inhibitory set-point spectrum in autoimmune diabetes
2025-Nov-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.199050
PMID:41325163
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了自身免疫性糖尿病中炎症-抑制设定点的谱系，并识别了潜在的治疗靶点 | 首次在单细胞水平上比较了LADA和T1D的免疫转录组，揭示了NF-κB/EGFR-JAK/STAT梯度和HLA-C-KIR轴作为疾病异质性的关键调控机制 | 研究样本仅来自外周血单核细胞，未直接分析胰腺组织；样本量相对有限；未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性 | 探究自身免疫性糖尿病（包括T1D和LADA）中决定不同炎症状态的免疫学机制 | LADA患者、新诊断T1D患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | 自身免疫性糖尿病 | 单细胞RNA测序，配对T和B细胞受体分析 | NA | 单细胞转录组数据，V(D)J序列数据 | 超过400,000个外周血单核细胞，来自LADA、T1D患者和健康对照者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 220 | 2025-12-03 |
scATAnno: Automated Cell Type Annotation for Single-cell ATAC Sequencing Data
2025-Nov-24, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf108
PMID:41284927
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scATAnno的Python软件包，用于自动注释单细胞ATAC测序数据的细胞类型 | 开发了首个专门用于大规模scATAC-seq参考图谱构建和自动细胞类型注释的工作流程，无需依赖scRNA-seq数据，并整合了KNN和加权距离不确定性评分以提高注释准确性 | 未明确说明软件在处理高度异质性或罕见细胞类型时的性能限制，以及计算资源需求 | 开发自动化工具以解决单细胞ATAC测序数据中细胞类型注释的挑战 | 单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌、基底细胞癌 | 单细胞ATAC测序 | KNN、加权距离算法 | 表观基因组数据 | 多个数据集（包括PBMC、TNBC、BCC等） | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |