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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
181 2025-12-30
Periostin promotes sarcoma growth by promoting tumor-associated macrophage migration and differentiation
2025-Nov-20, Cancer research communications IF:2.0Q3
研究论文 本文探讨了细胞外基质蛋白Periostin在软组织肉瘤生长中的作用,特别是通过促进肿瘤相关巨噬细胞的迁移和分化来调节肿瘤免疫微环境 首次在软组织肉瘤中识别Periostin作为肿瘤进展和免疫微环境的关键调节因子,揭示了其通过非细胞自主机制影响肿瘤生长 POSTN治疗性中和作为单一疗法不足以减少肿瘤负担,表明可能需要联合治疗策略 研究特定细胞外基质成分在软组织肉瘤进展和肿瘤免疫微环境中的功能贡献 人类软组织肉瘤数据集、小鼠肉瘤遗传模型、肿瘤相关巨噬细胞 肿瘤免疫学 软组织肉瘤 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
182 2025-12-30
Enrichment of a CD4-CD8- NK-like cytotoxic Vδ1/3 T cell subset in tuberculosis disease
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了结核病(TB)患者与健康个体中CD4-CD8- γδ T细胞的高分辨率特征,揭示了TB疾病中NK样细胞毒性Vδ1/3 T细胞亚群的富集及其持久性变化 首次通过单细胞RNA测序在TB疾病中识别并富集了NK样细胞毒性Vδ1和Vδ3 T细胞亚群,特别是强调了先前未被充分重视的Vδ3细胞在TB免疫反应中的潜在重要性 研究主要基于外周血样本,可能未全面反映肺部或其他组织中的γδ T细胞动态;样本队列规模未明确说明,可能限制统计效力;长期变化仅追踪至诊断后一年,更长期影响未知 探究结核病(TB)中γδ T细胞的定量和定性差异,以阐明其在TB免疫反应中的作用 健康未致敏个体、健康致敏个体以及TB疾病治疗前/后的外周血CD4-CD8- γδ T细胞 单细胞组学 结核病 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
183 2025-12-30
CELLetter: leveraging large language model and dual-stream network to identify context-specific ligand-receptor interactions for cell-cell communication analysis
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本文提出了一种名为CELLetter的深度学习框架,用于识别细胞间通讯中的配体-受体相互作用并解码细胞信号传导 利用蛋白质大语言模型ProstT5进行特征嵌入,采用双流架构进行特征提取和降维,结合动态权重调整的门机制进行特征融合,并整合下游转录因子活性来量化通讯强度 未明确说明模型在处理大规模数据集时的计算效率或对特定细胞类型的泛化能力限制 开发一个深度学习框架以识别细胞间通讯中的潜在配体-受体相互作用并解码细胞信号传导 人类心脏、远端肺上皮组织以及头颈部鳞状细胞癌的细胞 机器学习 头颈部鳞状细胞癌 单细胞RNA测序,空间转录组学 双流网络,结合大语言模型 单细胞RNA测序数据,空间转录组学数据 未明确指定具体样本数量,但涉及人类心脏、远端肺上皮组织和头颈部鳞状细胞癌的数据 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
184 2025-12-29
Comparing great apes reveals human-specific ZEB2 roles in neural development
2025-Nov-28, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1
研究论文 本研究通过比较人类、黑猩猩和猩猩的ZEB2转录因子调控差异,揭示了人类特异性在神经发育中的独特作用 首次在可控细胞系统中检测并验证了ZEB2在人类与其他大猿之间的调控差异,特别是在神经发育相关基因中的特异性作用 研究主要基于B淋巴母细胞系作为模型系统,可能无法完全反映体内神经发育的复杂性 探究ZEB2转录因子在人类与其他大猿之间的调控差异,以理解人类特异性神经发育的进化机制 人类、黑猩猩和猩猩的B淋巴母细胞系及脑类器官数据 基因组学 NA RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA 转录组数据 三种大猿物种的B淋巴母细胞系生物重复样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
185 2025-12-29
MIMYR: Generative modeling of missing tissue in spatial transcriptomics
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出了一种名为MIMYR的生成框架,用于重建空间转录组学数据中未测量组织区域的缺失组织 通过结合引导扩散预测细胞位置、监督分类分配细胞类型以及基于空间和细胞上下文的Transformer生成基因表达谱,首次实现了对空间转录组学数据中缺失组织的高保真重建 需要有限训练数据进行微调,且可能受实验条件如基因面板和切片方向变化的影响 解决空间转录组学中因组织损伤或切片分配导致的缺失数据问题,以扩展下游分析能力 小鼠大脑数据和阿尔茨海默病相关的大脑组织 空间转录组学 阿尔茨海默病 空间转录组学 生成模型、引导扩散模型、Transformer 空间转录组学数据 涉及小鼠大脑数据和有限阿尔茨海默病数据,具体样本数量未明确说明 NA 空间转录组学 NA NA
186 2025-12-29
Identification of Distinct Topological Structures From High-Dimensional Data
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为ID的新方法,用于从单细胞RNA测序数据中识别控制不同生物过程的基因集,以解卷积共存的生物过程 ID方法通过构建高维系统的替代低维参数化、施加有限扰动并寻找响应相似的基因,能够识别数据中其他方法可能遗漏的拓扑结构 NA 解卷积单细胞RNA测序数据中共存的生物过程,如分化或细胞周期 单细胞RNA测序数据中的基因集 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
187 2025-12-29
A Reference Atlas of the Human Dorsal Root Ganglion
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究构建了人类背根神经节(DRG)的参考细胞图谱,通过单细胞转录组测序揭示了其细胞和分子组成 首次构建了大规模、跨区域的人类DRG单细胞转录组参考图谱,识别了22种神经元亚型和10种非神经元细胞类型,并通过跨物种整合、空间转录组学和微神经图技术进行了功能比较 研究主要基于转录组数据,蛋白质水平和功能验证有待进一步深入;样本来自已故捐赠者,可能无法完全反映活体状态 解析人类背根神经节的细胞和分子组成,为理解感觉感知、慢性疼痛和外周神经系统疾病提供基础 人类背根神经节(DRG)细胞 单细胞组学 慢性疼痛 单细胞RNA测序,空间转录组学,微神经图技术 NA 单细胞转录组数据,空间转录组数据 来自126名捐赠者的颈、胸、腰段背根神经节样本 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
188 2025-12-27
Tumor microenvironment-mediated immune evasion and resistance in prostate cancer: mechanisms, cross-talk, and therapeutic opportunities
2025-Nov-26, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2
综述 本文全面分析了前列腺癌中免疫抑制性肿瘤微环境(TME)的组成、功能及其在免疫逃逸和治疗抵抗中的作用,并探讨了基于TME重塑的精准治疗策略 利用单细胞RNA测序、空间多组学和高维成像技术等前沿方法,重新定义了对肿瘤-免疫-基质相互作用的理解,并提出了整合多组学技术与生物标志物驱动临床试验设计的个体化精准干预新方向 NA 探讨前列腺癌中免疫抑制性肿瘤微环境介导的免疫逃逸和耐药机制,并寻找相应的治疗机会 前列腺癌及其肿瘤微环境中的细胞、基质和分子成分 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间多组学、高维成像技术 NA NA NA NA 单细胞RNA-seq, 空间多组学 NA NA
189 2025-12-27
Developmental and transcriptional programs that define the initiation of the forelimb
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过高通量测序方法定义了小鼠胚胎前肢起始的时间点,并识别了体侧板中胚层中区分新生前肢的转录特征基因 首次系统性地定义了前肢起始的四个阶段,并识别出富含TBX5结合位点的早期转录靶基因,为TBX5驱动的肢体起始机制提供了新模型 研究主要基于小鼠模型,结果在人类或其他脊椎动物中的普适性有待验证,且功能验证实验可能不足 阐明脊椎动物前肢起始的分子机制,特别是TBX5依赖的转录程序 小鼠胚胎的体侧板中胚层及前肢起始区域 发育生物学 NA RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, Ribo-ITP NA 转录组数据、单细胞转录组数据、染色质免疫沉淀数据 未明确指定样本数量,但基于小鼠胚胎阶段 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 染色质免疫沉淀测序 NA NA
190 2025-12-27
Mapping embryonic mouse lung development using enhanced spatial transcriptomics
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过优化DBiT-seq工作流程,对小鼠胚胎早期肺组织切片进行高灵敏度空间转录组学分析,揭示了肺发育过程中上皮细胞和间充质细胞的空间分布动态 优化了基于确定性条形码测序(DBiT-seq)的工作流程,实现了对早期胚胎肺组织的高灵敏度空间图谱绘制,并发现了一个先前未被识别的、表达高水平细胞外基质蛋白并促进肺神经支配的间充质细胞群 研究聚焦于小鼠胚胎早期肺发育,结果向其他物种或发育后期的外推性尚不明确 探究哺乳动物肺发育过程中细胞空间分布模式的建立机制 胚胎小鼠肺组织 空间转录组学 NA 空间转录组学,测序 NA 空间转录组数据,组织切片图像 胚胎小鼠肺组织切片 NA 空间转录组学 DBiT-seq 基于微流控和确定性条形码测序(DBiT-seq)优化的空间转录组学工作流程
191 2025-12-27
A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate
2025-Nov, Neoplasia (New York, N.Y.)
研究论文 本研究通过时空分析,揭示了小鼠前列腺在去势诱导的雄激素剥夺后细胞组成和基因表达的动态变化,重点关注非上皮成分 整合空间转录组学和单细胞RNA测序,首次发现并描述了一种新的成纤维细胞亚型——ORX诱导的成纤维细胞(OIF),并绘制了高分辨率的时空图谱 研究基于小鼠模型,可能无法完全模拟人类前列腺癌的ADT反应;未涉及长期耐药机制 解析雄激素剥夺疗法(ADT)在小鼠前列腺中引起的细胞和转录组动态变化,为前列腺癌临床前模型提供基础资源 小鼠前列腺(包括背侧、腹侧、外侧和前叶)在去势后的非上皮细胞成分 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 基因表达数据,空间定位数据 小鼠前列腺多个叶的样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
192 2025-12-26
Vascular dementia increases levels of methylenetetrahydrofolate reductase and cystathionine β-synthase in female patients and changes gene expression of acetylcholine and glutamate clathrin-sculpted transport vesicles
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过分析血管性痴呆患者尸检皮层组织,探究一碳代谢相关酶和受体的变化,并结合空间转录组学揭示谷氨酸和乙酰胆碱转运囊泡基因表达的改变 首次在血管性痴呆患者中结合蛋白质水平检测与空间转录组学分析,揭示性别差异对一碳代谢酶的影响以及神经递质转运系统的转录变化 样本量较小(空间转录组学仅4个样本),仅使用尸检组织无法反映疾病动态过程,未进行机制验证实验 阐明血管性痴呆中一碳代谢的分子特征及其与神经递质系统的关联 血管性痴呆患者和对照者的尸检皮层组织 神经科学 血管性痴呆 免疫组织化学,空间转录组学 NA 组织切片图像,空间转录组数据 未明确总样本数,空间转录组学分析4个样本 NA 空间转录组学 NA NA
193 2025-12-26
Metabolic reprogramming and mitochondrial dysfunction underlie β gonia arrest and niche cell dysfunction in sterile triploid oysters
2025-Nov-23, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本研究通过整合高分辨率空间转录组学和单核RNA测序技术,构建了不育三倍体牡蛎性腺的空间分子图谱,揭示了β性原细胞停滞和生态位细胞功能障碍的分子机制 首次结合Stereo-seq和snRNA-seq技术,在不具有明显结构边界的牡蛎性腺中实现了细胞类型的精确鉴定和空间定位,揭示了SOHLH2沉默驱动的线粒体功能障碍以及NOTCH-Hes1a-CCNA2信号通路导致的生态位细胞G期停滞 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平和功能验证实验;牡蛎性腺的弥散性结构可能仍对某些细胞类型的完全解析构成挑战 探究三倍体太平洋牡蛎不育的分子基础,特别是β性原细胞分化障碍和生态位细胞功能失调的机制 雌性三倍体太平洋牡蛎的性腺组织 空间转录组学 NA 空间转录组学, 单核RNA测序 NA 空间转录组数据, 单核RNA测序数据 未明确说明具体样本数量,但涉及三倍体牡蛎性腺组织 NA 空间转录组学, 单核RNA测序 Stereo-seq Stereo-seq高分辨率空间转录组技术
194 2025-12-25
Phylogenomic Analysis of Deep-Branching Telonemid
2025-Nov-28, Genome biology and evolution IF:3.2Q2
研究论文 本文通过单细胞转录组测序和系统基因组分析,探讨了Telonemia门中TEL2亚群新物种对真核生物超群演化关系的影响 首次从太平洋远洋中分离出Telonemia门TEL2亚群的单细胞,并利用单细胞转录组测序数据填补了该门系统基因组数据的空白 贝叶斯分析未能收敛于特定拓扑结构,且不同数据子集分析结果存在不一致性,表明演化关系仍不稳定 研究Telonemia门与SAR超群及其他稀疏采样真核生物超群(如Hemimastigophora、Provora、Haptista)的演化关系 Telonemia门中的TEL2亚群单细胞样本 系统基因组学 NA 单细胞转录组测序、系统基因组分析、最大似然法、贝叶斯分析 NA 转录组序列数据 1个从太平洋远洋分离的Telonemia门TEL2亚群单细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
195 2025-12-25
Injury-induced connexin 43 expression regulates endothelial wound healing
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
研究论文 本研究揭示了机械损伤诱导连接蛋白43(Cx43)上调,并通过间隙连接介导的细胞间通讯促进内皮细胞迁移和增殖,从而加速血管损伤后的伤口愈合 首次证明大动脉内皮机械损伤可诱导间隙连接蛋白Cx43表达,并阐明其磷酸化依赖的调控机制在内皮愈合中的关键作用 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类血管组织中得到验证;单细胞测序样本量相对有限(10,829个细胞) 探究Cx43在血管内皮损伤修复中的分子机制 小鼠颈动脉内皮细胞 分子生物学 血管疾病 RNA-seq,单细胞RNA-seq 基因敲除小鼠模型,点突变小鼠模型 基因表达数据 10,829个细胞(来自野生型和Cx43敲除小鼠的损伤颈动脉) NA 单细胞RNA-seq NA NA
196 2025-12-25
How to drug a leukemic stem cell: deciphering heterogeneity for better specificity
2025-Nov, Blood neoplasia
综述 本文综述了白血病干细胞(LSCs)的独特生物学特性,探讨了其异质性对药物靶点发现的影响以及单细胞测序等技术如何帮助解决这一问题 通过整合全球和亚型特异性特征,系统总结了LSCs的生物学特性,并强调了单细胞测序等技术在解析异质性、推动LSC特异性治疗方面的创新应用 作为一篇综述,本文未涉及原始实验数据,主要基于现有文献进行总结,可能无法涵盖所有最新研究进展 探讨如何针对白血病干细胞(LSCs)开发特异性治疗方法,以预防或治疗急性髓系白血病(AML)的复发 白血病干细胞(LSCs),特别是其在急性髓系白血病(AML)复发中的作用 NA 白血病 单细胞测序 NA NA NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
197 2025-12-24
Molecular signatures and lineage diversification of neurogenic and gliogenic radial glia in the gyrencephalic ferret cortex
2025-Nov-28, Research square
研究论文 本研究利用具有脑回结构的雪貂模型,系统表征了皮质放射状胶质细胞的分子特征和谱系动态,揭示了ERK、PKA、YAP/TAZ和SHH信号通路在调控哺乳动物皮质神经发生、胶质发生和进化扩张中的整合网络机制 首次在雪貂模型中系统揭示了皮质放射状胶质细胞的分子特征和谱系动态,并发现ERK与PKA信号通过相互增强机制促进外层放射状胶质细胞自我更新和神经发生,同时抑制胶质发生和延长神经发生期 研究主要基于雪貂模型,虽然与人类皮质具有相似性,但直接推论至人类仍需进一步验证 探究哺乳动物皮质神经发生和胶质发生的分子调控机制及进化适应性 雪貂和人类皮质的放射状胶质细胞 发育神经生物学 NA 单细胞RNA测序, BrdU标记, 免疫组织化学 NA 单细胞转录组数据, 标记数据, 图像数据 雪貂和人类皮质组织样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
198 2025-12-24
Airway Delivery of Encapsulated Cytokine-Secreting Cells for Local Immunomodulation in Inflammatory Lung Diseases
2025-Nov-27, Research square
研究论文 本研究开发了一种基于细胞的模块化微胶囊平台,可通过气道给药,在肺部实现局部、持久且可调控的免疫调节蛋白递送,用于治疗炎症性肺病 开发了一种新型的、可经气道给药的细胞微胶囊平台,实现了肺部局部、持久且可调控的免疫调节蛋白递送,避免了全身给药带来的脱靶效应 研究主要在动物模型中进行,其临床转化效果和长期安全性仍需进一步验证 开发一种局部免疫调节疗法,以治疗由免疫失调驱动的炎症性肺病,如急性呼吸窘迫综合征和肺纤维化 炎症性肺病(特别是急性呼吸窘迫综合征和肺纤维化)的动物模型 生物医学工程/细胞治疗 炎症性肺病(急性呼吸窘迫综合征,肺纤维化) 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
199 2025-12-24
High-resolution single-cell analyses reveal evolutionary constraints and evolvability of sexual circuits in Drosophila
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究利用高分辨率单细胞转录组学分析果蝇性行为神经回路,揭示了其进化保守性和可进化性 首次在果蝇性行为神经回路中应用高分辨率单细胞转录组学,识别出84种分子上不同的细胞类型,并揭示了神经肽信号通路的细胞类型特异性进化更替 研究仅针对果蝇属的四个物种,可能无法完全代表其他物种或更广泛的进化背景 探究神经回路如何进化以编码物种特异性行为,特别是果蝇雄性性行为的多样性 果蝇(Drosophila)物种的性行为神经回路,特别是由性别决定基因标记的神经元 神经科学 NA 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA-seq数据 四个果蝇物种的性行为神经回路细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
200 2025-12-24
Deciphering HTLV-1-associated Lung Pathology through Integrated in vitro and Multi-cohort Multi-omics Analysis: Inflammation, Monocyte Recruitment and Differentiation Triggered by HTLV-1-exposed Alveolar Epithelial Cells
2025-Nov-24, Research square
研究论文 本研究通过整合体外共培养模型和多队列多组学分析,揭示了HTLV-1感染如何通过肺泡上皮细胞触发炎症、单核细胞募集和分化,从而解析HTLV-1相关肺部病理机制 开发了一种体外共培养模型,模拟HTLV-1触发的肺部炎症,并结合多队列多组学分析(包括单细胞转录组学、病毒互作组学和多祖先GWAS)验证了模型的体内相关性 研究主要基于体外细胞模型,虽然通过多组学数据进行了验证,但体内复杂微环境的完全模拟仍存在局限 解析HTLV-1感染如何导致肺部炎症和并发症(如支气管扩张)的分子机制 A549肺泡上皮细胞、HTLV-1感染的MT-2细胞、THP-1细胞、原代单核细胞以及多队列人类样本数据 多组学分析 HTLV-1相关肺部疾病 RNA-seq、RT-qPCR、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞转录组学、病毒互作组学、多祖先GWAS 体外共培养模型、系统生物学分析 转录组数据、单细胞数据、基因组数据 涉及多队列人类样本,具体数量未在摘要中明确 NA 单细胞转录组学、bulk RNA-seq NA NA
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