单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1001 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-12-19 |
Brain-wide Genome Editing via STEP-RNPs for Treatment of Angelman Syndrome
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.684643
PMID:41292800
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STEP的非病毒、非纳米颗粒、基于化学修饰的脑部全基因组编辑方法，用于治疗Angelman综合征 | 开发了STEP-RNPs平台，实现高效、无痕的脑部全基因组编辑，无需病毒或纳米颗粒载体 | 研究基于小鼠模型和体外人类神经元，尚未进行人体临床试验 | 开发一种治疗神经遗传疾病的新型基因组编辑方法 | Angelman综合征小鼠模型、人类神经元和源自患者iPSCs的皮质脑类器官 | 基因编辑与神经科学 | Angelman综合征 | 基因组编辑、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、行为数据 | Angelman综合征小鼠模型和人类神经元/脑类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 182 | 2025-12-19 |
FADVI: disentangled representation learning for robust integration of single-cell and spatial omics data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683998
PMID:41278629
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研究论文 | 本文提出了一种名为FADVI的变分自编码器框架，用于解决单细胞和空间组学数据整合中的批次效应问题 | FADVI通过将潜在空间划分为批次特定、标签相关和残差子空间，结合监督分类、对抗训练和交叉协方差惩罚，实现了技术变异与真实生物信号的解耦 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种能够稳健整合单细胞和空间组学数据的方法，以克服跨实验和平台的批次效应 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和高分辨率空间转录组学数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学 | 变分自编码器 | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 183 | 2025-12-19 |
MERFISH+, a large-scale, multi-omics spatial technology resolves the molecular holograms of the 3D human developing heart
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.02.686137
PMID:41279640
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研究论文 | 本文介绍了一种增强型空间转录组学技术MERFISH+，用于解析人类发育心脏的三维分子全息图 | MERFISH+通过整合化学探针锚定、保护性水凝胶、高通量微流体和显微镜技术，实现了大规模、多组学的空间分析，支持在厘米级组织样本上进行稳健的重复杂交循环 | NA | 开发一种高分辨率、大规模的空间多组学技术，以解析复杂组织（如人类发育心脏）的三维细胞和亚细胞组织 | 人类发育心脏组织 | 空间转录组学 | NA | MERFISH+（增强型多重误差稳健荧光原位杂交） | Spateo-VI（生成式整合框架） | 空间转录组数据、染色质数据 | 310万个细胞，涵盖34个不同细胞群体 | NA | 空间转录组学、空间多组学 | MERFISH+ | 整合化学探针锚定在保护性水凝胶中，结合高通量微流体和显微镜技术 |
| 184 | 2025-12-19 |
Benchmarking large language models for cell typing in single-cell RNA-Seq
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf677
PMID:41396814
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研究论文 | 本文系统性地评估了七种领先的大型语言模型和三种传统生物信息学工具在34个不同的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集上的细胞类型注释性能 | 首次为LLMs在scRNA-seq细胞类型注释中的应用提供了系统性框架和全面的性能比较，并开发了集成策略和开源工具DeepCellSeek | NA | 评估和比较大型语言模型在单细胞RNA测序数据细胞类型注释中的性能 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据集 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大型语言模型 | 基因表达数据 | 34个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 185 | 2025-12-19 |
Ursolic acid ameliorates ocular surface dysfunction in dry eye via targeting EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1 pathway
2025-Nov, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2025.101294
PMID:41399414
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研究论文 | 本研究评估了熊果酸（UA）对干眼症（DE）相关眼表功能障碍的治疗效果及其机制，通过细胞和动物模型验证了UA滴眼液通过调节EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1信号通路改善症状 | 首次将熊果酸应用于干眼症治疗，并通过网络药理学、单细胞测序和分子对接技术系统揭示了其通过EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1通路发挥作用的分子机制 | 研究主要基于体外细胞模型和动物模型，尚未进行临床试验验证UA滴眼液在人体中的安全性和有效性 | 探究熊果酸对干眼症眼表功能障碍的治疗效果及作用机制 | 人角膜上皮细胞（HCEs）和干眼症小鼠模型 | 数字病理学 | 干眼症 | 单细胞测序、RNA测序、分子对接、网络药理学分析 | NA | 单细胞测序数据、RNA测序数据、分子对接模拟数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 186 | 2025-12-19 |
Charting the cardiac landscape: Advances in spatial transcriptomics for heart biology
2025 Nov-Dec, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2025.103648
PMID:40882280
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在心脏生物学中的应用进展，包括技术范围、技术考虑以及从早期空间映射到现代高分辨率多模态方法的演变 | 强调了空间转录组学如何通过提供完整组织内基因表达的高分辨率图谱，革命性地改变了对心脏生物学的理解，并展示了多模态方法在揭示细胞类型特异性反应和分子机制方面的扩展应用 | NA | 探讨空间转录组学在心脏发育、疾病和再生研究中的应用，并讨论其在心血管生物学和治疗中的未来方向 | 心脏组织，包括发育中的人类心脏和成年后心肌梗死后的心脏 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 187 | 2025-12-19 |
How to get the most out of your cancer spatial transcriptomics data
2025 Nov-Dec, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2025.103657
PMID:41108891
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综述 | 本文为癌症研究人员提供了空间转录组学数据分析的路径指南，涵盖主要分析方法、常用工具、新兴技术以及实验设计考量 | 系统梳理了癌症空间转录组学数据分析的完整流程与策略，整合了从基础可视化到前沿机器学习方法的分析技术全景，并前瞻性地讨论了实验设计与团队协作等实践问题 | 作为综述文章，未提出新的分析方法或工具，主要侧重于现有技术的梳理与指南性建议 | 为癌症研究人员提供空间转录组学数据分析的实用指南与策略 | 空间转录组学数据分析方法、工具及其在癌症研究中的应用 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | 机器学习 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 188 | 2025-12-18 |
Protocol for quantifying hepatitis B virus transcript abundance and genomic segment distribution from single-cell RNA-seq
2025-Nov-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104230
PMID:41313688
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研究论文 | 本文介绍了一种从HBV感染的肝组织中单细胞RNA测序的协议，用于量化每个细胞的HBV转录本丰度和基因组片段分布 | 开发了一种单细胞RNA测序协议，能够同时定量分析HBV转录本丰度和全基因组范围内的读取分布，为病毒表达模式和HBV-宿主相互作用提供单细胞分辨率分析 | NA | 量化HBV转录本丰度和基因组片段分布，以分析病毒表达模式和HBV-宿主相互作用 | HBV感染的肝组织 | 数字病理学 | 肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 189 | 2025-12-18 |
Protocol to track single-cell-derived clones using DNA barcoding combined with single-cell RNA sequencing
2025-Nov-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104229
PMID:41317321
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合DNA条形码与单细胞RNA测序技术来追踪单细胞来源克隆的协议 | 通过构建和验证慢病毒DNA条形码文库，结合单细胞RNA测序，实现了对克隆生长活动与转录组谱的永久性标记和动态追踪 | 协议依赖于慢病毒转导效率，可能受模型系统限制，且未详细讨论技术成本或大规模应用的可行性 | 开发一种追踪肿瘤克隆动态和转录组特征的方法，以研究疾病进展和治疗抵抗的分子机制 | 肿瘤细胞克隆，特别是用于研究克隆适应性和可塑性的模型系统 | 数字病理学 | 肺癌 | DNA条形码，单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 190 | 2025-12-16 |
Uncovering senescent fibroblast heterogeneity connects DNA damage response to idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690792
PMID:41394576
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研究论文 | 本研究揭示了特发性肺纤维化（IPF）中衰老成纤维细胞的异质性，并连接DNA损伤反应与疾病机制 | 首次在人类原代肺成纤维细胞中展示了DNA损伤后衰老的微妙异质性，并开发了新的衰老相关基因集以识别疾病相关细胞 | 研究主要基于体外细胞模型，可能未完全反映体内复杂环境；样本量有限，需进一步验证 | 探索特发性肺纤维化中衰老成纤维细胞的异质性及其与DNA损伤反应的联系 | 健康供体和特发性肺纤维化患者的原代人类肺成纤维细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 基因表达数据 | 健康供体和IPF患者的原代肺成纤维细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 191 | 2025-12-16 |
Characterizing Stage-Specific Cellular Dynamics and Microenvironmental Remodeling in Lung Adenocarcinoma by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Nov-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202510847
PMID:41313751
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，系统分析了肺腺癌不同阶段的细胞组成和转录状态，揭示了肿瘤微环境从早期免疫激活到晚期免疫抑制的动态重塑过程 | 识别了晚期肺腺癌中一个独特的缺氧适应上皮肿瘤细胞亚群（C5），并揭示了其与转移、侵袭和不良预后的关联；同时，系统描绘了免疫细胞（如LGMN⁺巨噬细胞、STAT1驱动的耗竭CD8⁺ T细胞）和基质细胞（如POSTN⁺ CAFs）在肿瘤进展中的阶段特异性变化 | 研究整合了公开数据集，可能存在批次效应；样本量可能有限，且未涵盖所有LUAD亚型或治疗背景 | 阐明肺腺癌进展过程中肿瘤微环境的阶段特异性细胞动力学和重塑机制，以发现精准免疫治疗靶点 | 肺腺癌患者标本（包括早期和晚期阶段）及其肿瘤微环境中的免疫细胞、基质细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 整合了早期患者标本和公开的晚期疾病数据集，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 192 | 2025-12-16 |
High-resolution MRI Guided Whole Mouse Brain Cell Type Atlas using Deep Learning
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690475
PMID:41394590
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研究论文 | 本研究提出了一种深度学习框架，整合高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜数据，生成了小鼠全脑细胞类型图谱 | 首次将高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜结合，利用深度学习直接预测细胞类型，实现了10微米各向同性分辨率的全脑细胞图谱 | 研究依赖于特定成像技术的配准精度，且方法在其它物种或成像模式中的普适性尚未验证 | 开发高效高分辨率的脑细胞图谱生成方法，探索先进成像技术揭示大脑细胞机制的潜力 | 小鼠全脑 | 计算机视觉 | NA | 扩散MRI、三维光片显微镜、空间转录组学 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 193 | 2025-12-16 |
Evaluation of single-cell RNA profiling technologies using FFPE, fresh, and frozen ccRCC tumor specimens
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690485
PMID:41394662
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研究论文 | 本研究评估了三种10x单细胞RNA分析技术（新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex）在ccRCC活检样本中的应用，比较了它们在细胞类型识别和转录谱一致性方面的表现 | 首次在ccRCC肿瘤样本中系统比较了基于不同保存方式（FFPE、新鲜、冷冻）的单细胞RNA分析技术，特别是评估了新型FFPE兼容平台10x Genomics Flex的实用性 | 研究仅针对ccRCC一种肿瘤类型，且样本来源有限，可能无法完全代表其他肿瘤或组织类型 | 评估和比较不同单细胞RNA分析技术在人类肿瘤活检样本中的性能，为转化研究提供技术选择指导 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）活检样本，包括FFPE、新鲜和冷冻保存的标本 | 单细胞转录组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | ccRCC活检样本（具体数量未明确说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单核Multiome, 单核Flex | 10x Chromium（推测）, 10x Flex | 10x单细胞RNA分析技术包括新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex（snFlex） |
| 194 | 2025-11-29 |
Unveiling the temporal and spatial trajectories of early resistance formation during Hylocereus undatus senescence through single-cell transcriptomics
2025-Nov-27, Plant molecular biology
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s11103-025-01663-w
PMID:41310123
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 195 | 2025-12-16 |
Mapping spatial gradients in spatial transcriptomics data with score matching
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690257
PMID:41394758
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SLOPER的生成模型，用于从空间转录组学数据中学习空间梯度，以增强基因表达测量的空间一致性和特异性 | SLOPER采用基于分数的匹配方法，通过泊松模型建模mRNA转录本的空间分布，并利用新颖的扩散采样方法提升基因表达的空间连贯性 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种方法以准确学习空间转录组学数据中的空间梯度，并改进基因表达的空间模式分析 | 空间转录组学数据中的基因表达空间梯度 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 生成模型（SLOPER） | 空间转录组学数据（二维组织切片中的基因表达） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 196 | 2025-12-16 |
Gene regulatory network determinants of rapid recall in human memory CD4+ T cells
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.06.646912
PMID:41394561
|
研究论文 | 本文利用单核多组学测序技术，研究了人类记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控网络决定因素 | 通过整合单核RNA-seq和ATAC-seq数据，首次预测并验证了记忆相关转录因子（如MAF、PRDM1、RUNX2、SMAD3、KLF6）在调控快速回忆中的作用，并结合GWAS数据关联免疫介导疾病风险 | 研究主要基于体外实验和计算预测，体内功能验证有限，且样本来源和疾病关联性需进一步探索 | 揭示记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控机制及其在免疫介导疾病中的潜在作用 | 人类CD4+ T细胞亚群，特别是记忆T细胞 | 生物信息学 | 免疫介导疾病 | 单核多组学测序（snRNA-seq和snATAC-seq）、ChIP-seq、scRNA-seq、GWAS | 基因调控网络重建 | 单细胞多组学数据、基因组数据 | NA | NA | 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 197 | 2025-12-16 |
Deconvolution of Sparse-count RNA Sequencing Data for Tumor Cells Using Embedded Negative Binomial Distributions
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689822
PMID:41394660
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研究论文 | 本文开发了一种名为DeMixNB的半参考解卷积模型，用于从稀疏计数RNA测序数据中估计肿瘤细胞特异性转录本比例 | DeMixNB模型首次假设负二项分布之和来处理稀疏计数数据，如miRNA-seq和空间转录组学数据，解决了现有方法在准确性上的不足 | NA | 提高从混合批量样本中估计肿瘤特异性转录本比例的准确性，以揭示新的生物学机制 | 乳腺癌患者的miRNA-seq数据和肺癌的空间转录组学数据 | 生物信息学 | 乳腺癌, 肺癌 | miRNA-seq, 空间转录组学 | 半参考解卷积模型 | RNA测序数据 | 856名乳腺癌患者和3,755个肺癌空间点 | NA | miRNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 198 | 2025-12-16 |
CONCERT predicts niche-aware perturbation responses in spatial transcriptomics
2025-Nov-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.08.686890
PMID:41292874
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研究论文 | 本文提出了CONCERT模型，一种能够预测空间转录组学中扰动响应的生成模型 | 提出了首个能够同时考虑细胞内在状态和微环境传播效应的空间扰动预测模型，并形式化了三种预测任务 | 模型仅在Perturb-map肺部数据集和两种疾病模型上进行验证，需要更多组织类型验证 | 开发能够预测空间转录组学中遗传或化学扰动效应的计算方法 | 空间转录组学数据，特别是Perturb-map肺部数据集、结肠炎模型和缺血性中风模型 | 空间转录组学 | 肺部疾病、结肠炎、缺血性中风 | 空间转录组学 | 高斯过程变分自编码器 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 199 | 2025-12-16 |
Single-cell RNA sequencing of cerebrospinal fluid immune cells in relapsing-remitting multiple sclerosis: insights into cellular composition and immune dynamics
2025-Nov-19, Journal of neurology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00415-025-13505-2
PMID:41261231
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了复发缓解型多发性硬化症患者脑脊液中的免疫细胞，揭示了其细胞组成和免疫动态 | 首次在复发缓解型多发性硬化症中，通过单细胞RNA测序高分辨率解析脑脊液免疫细胞的转录组异质性、功能状态及细胞间相互作用网络 | 样本量相对较小，仅为探索性研究，需要更大队列的验证研究来确认结果 | 阐明复发缓解型多发性硬化症中脑脊液免疫细胞的异质性、转录调控及细胞间相互作用，以揭示疾病病理机制 | 复发缓解型多发性硬化症患者和匹配健康对照的脑脊液免疫细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 23,247个脑脊液细胞（初始捕获），经质控后9,528个高质量细胞（12,200个健康对照细胞，11,047个RRMS细胞） | Singleron | 单细胞RNA-seq | GEXSCOPE™ kit | GEXSCOPE™单细胞RNA测序试剂盒 |
| 200 | 2025-12-16 |
Constructing a novel MPT-driven necrosis-associated gene set for predicting prognosis and immune status in skin cutaneous melanoma
2025-Nov-18, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-025-06370-z
PMID:41254408
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研究论文 | 本研究构建了一个基于线粒体通透性转换驱动的坏死相关基因集，用于预测皮肤黑色素瘤的预后和免疫状态 | 首次将线粒体通透性转换驱动的坏死相关基因与皮肤黑色素瘤的预后和免疫状态预测相结合，并识别出BIRC3作为T细胞功能障碍的潜在调节因子 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证，且样本量可能有限 | 开发一个可靠的预后模型，以预测皮肤黑色素瘤患者的生存结局和免疫状态 | 皮肤黑色素瘤患者及其相关基因表达数据 | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Cox回归分析、LASSO分析 | 基因特征模型（MPTDNRGS） | 基因表达数据 | TCGA-SKCM和GTEx数据集，以及GEO队列（GSE19234、GSE65904） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |