单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1144 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-17 |
Transformer and graph variational autoencoder to identify microenvironments: A deep learning protocol for spatial transcriptomics
2025-Nov-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104206
PMID:41313684
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为TG-ME的计算框架，该框架结合了Transformer和图变分自编码器，用于通过空间转录组学和形态学图像解析空间微环境 | 创新点在于首次将Transformer与图变分自编码器集成，以深度学习方式识别组织微环境，适用于健康、肿瘤和感染组织 | 未在摘要中明确提及具体限制，但可能涉及数据标准化和特征提取的复杂性 | 研究目标是开发一个深度学习协议，用于识别和分析组织中的空间微环境 | 研究对象包括空间转录组学数据和形态学图像，应用于健康、肿瘤和感染组织 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | Transformer, 图变分自编码器 | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2 | 2025-12-17 |
Protocol for quantifying hepatitis B virus transcript abundance and genomic segment distribution from single-cell RNA-seq
2025-Nov-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104230
PMID:41313688
|
研究论文 | 本文介绍了一种从HBV感染的肝组织中测序单细胞的协议，用于量化每个细胞的HBV转录本丰度和基因组范围的读段分布图 | 开发了一种新的单细胞RNA测序协议，专门用于分析HBV感染肝组织中的病毒转录本丰度和基因组分布，实现了单细胞分辨率下的病毒表达模式和HBV-宿主相互作用的详细分析 | NA | 量化HBV转录本丰度和基因组片段分布，以分析病毒表达模式和HBV-宿主相互作用 | HBV感染的肝组织 | 数字病理学 | 肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-12-17 |
Protocol to track single-cell-derived clones using DNA barcoding combined with single-cell RNA sequencing
2025-Nov-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104229
PMID:41317321
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合DNA条形码与单细胞RNA测序来追踪单细胞来源克隆的协议 | 通过结合DNA条形码和单细胞RNA测序，实现永久性细胞标记，以追踪克隆动态并关联克隆生长活性与转录组谱 | NA | 开发一种协议来追踪肿瘤异质性中克隆的适应性和可塑性，以研究疾病进展和治疗抵抗的分子过程 | 单细胞来源的克隆 | 单细胞测序 | 肿瘤 | DNA条形码，单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-12-17 |
Benchmarking large language models for cell typing in single-cell RNA-Seq
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf677
PMID:41396814
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研究论文 | 本研究系统性地评估了七种大型语言模型和三种传统生物信息学工具在单细胞RNA测序数据细胞类型注释中的性能 | 首次为LLMs在scRNA-seq细胞分型中的应用建立了系统性评估框架，提出了基于统计显著性和log₂倍数变化筛选标记基因的优化策略，并开发了集成顶级模型的精英集成方法 | 研究仅基于34个人类和鼠类数据集，可能未覆盖所有细胞类型或组织；评估主要关注注释准确性，对计算效率、可解释性等方面的考量可能不足 | 评估和比较大型语言模型与传统方法在单细胞RNA测序数据细胞类型注释中的性能，并开发优化的应用框架 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大型语言模型 | 基因表达数据 | 34个不同的人类和鼠类数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-12-17 |
Ursolic acid ameliorates ocular surface dysfunction in dry eye via targeting EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1 pathway
2025-Nov, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2025.101294
PMID:41399414
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研究论文 | 本研究评估了熊果酸（UA）通过靶向EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1通路改善干眼症（DE）相关眼表功能障碍的治疗效果及机制 | 首次结合网络药理学、单细胞测序和分子对接模拟，系统揭示了UA通过调控EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1信号通路缓解干眼症眼表损伤的分子机制 | 研究主要基于细胞和动物模型，尚未在人类临床试验中验证UA眼药水的疗效和安全性 | 探究熊果酸对干眼症眼表功能障碍的治疗作用及其分子机制 | 人角膜上皮细胞（HCEs）和干眼症小鼠模型 | 数字病理学 | 干眼症 | 单细胞RNA测序，RNA测序，分子对接模拟 | NA | 单细胞测序数据，RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-12-16 |
Uncovering senescent fibroblast heterogeneity connects DNA damage response to idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690792
PMID:41394576
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研究论文 | 本研究揭示了特发性肺纤维化（IPF）中衰老成纤维细胞的异质性，并连接DNA损伤反应与疾病机制 | 首次在人类原代肺成纤维细胞中展示了DNA损伤后衰老的微妙异质性，并开发了新的衰老相关基因集以识别疾病相关细胞 | 研究主要基于体外细胞模型，可能未完全反映体内复杂环境；样本量有限，需进一步验证 | 探索特发性肺纤维化中衰老成纤维细胞的异质性及其与DNA损伤反应的联系 | 健康供体和特发性肺纤维化患者的原代人类肺成纤维细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 基因表达数据 | 健康供体和IPF患者的原代肺成纤维细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-12-16 |
Characterizing Stage-Specific Cellular Dynamics and Microenvironmental Remodeling in Lung Adenocarcinoma by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Nov-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202510847
PMID:41313751
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，系统分析了肺腺癌不同阶段的细胞组成和转录状态，揭示了肿瘤微环境从早期免疫激活到晚期免疫抑制的动态重塑过程 | 识别了晚期肺腺癌中一个独特的缺氧适应上皮肿瘤细胞亚群（C5），并揭示了其与转移、侵袭和不良预后的关联；同时，系统描绘了免疫细胞（如LGMN⁺巨噬细胞、STAT1驱动的耗竭CD8⁺ T细胞）和基质细胞（如POSTN⁺ CAFs）在肿瘤进展中的阶段特异性变化 | 研究整合了公开数据集，可能存在批次效应；样本量可能有限，且未涵盖所有LUAD亚型或治疗背景 | 阐明肺腺癌进展过程中肿瘤微环境的阶段特异性细胞动力学和重塑机制，以发现精准免疫治疗靶点 | 肺腺癌患者标本（包括早期和晚期阶段）及其肿瘤微环境中的免疫细胞、基质细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 整合了早期患者标本和公开的晚期疾病数据集，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-12-16 |
High-resolution MRI Guided Whole Mouse Brain Cell Type Atlas using Deep Learning
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690475
PMID:41394590
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研究论文 | 本研究提出了一种深度学习框架，整合高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜数据，生成了小鼠全脑细胞类型图谱 | 首次将高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜结合，利用深度学习直接预测细胞类型，实现了10微米各向同性分辨率的全脑细胞图谱 | 研究依赖于特定成像技术的配准精度，且方法在其它物种或成像模式中的普适性尚未验证 | 开发高效高分辨率的脑细胞图谱生成方法，探索先进成像技术揭示大脑细胞机制的潜力 | 小鼠全脑 | 计算机视觉 | NA | 扩散MRI、三维光片显微镜、空间转录组学 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2025-12-16 |
LARIS enables accurate and efficient ligand and receptor interaction analysis in spatial transcriptomics
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690796
PMID:41394607
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为LARIS的新方法，用于在空间转录组学中准确高效地分析配体与受体相互作用 | LARIS首次整合空间信息进行细胞间通信推断，兼容所有空间转录组技术，并能量化特异性、推断发送-接收方向性以及检测跨时空的差异相互作用 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种能够准确、可扩展地识别细胞类型特异性和空间限制性配体-受体相互作用的方法 | 人类扁桃体和发育中小鼠皮层的空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 数十万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2025-12-16 |
Evaluation of single-cell RNA profiling technologies using FFPE, fresh, and frozen ccRCC tumor specimens
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690485
PMID:41394662
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研究论文 | 本研究评估了三种10x单细胞RNA分析技术（新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex）在ccRCC活检样本中的应用，比较了它们在细胞类型识别和转录谱一致性方面的表现 | 首次在ccRCC肿瘤样本中系统比较了基于不同保存方式（FFPE、新鲜、冷冻）的单细胞RNA分析技术，特别是评估了新型FFPE兼容平台10x Genomics Flex的实用性 | 研究仅针对ccRCC一种肿瘤类型，且样本来源有限，可能无法完全代表其他肿瘤或组织类型 | 评估和比较不同单细胞RNA分析技术在人类肿瘤活检样本中的性能，为转化研究提供技术选择指导 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）活检样本，包括FFPE、新鲜和冷冻保存的标本 | 单细胞转录组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | ccRCC活检样本（具体数量未明确说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单核Multiome, 单核Flex | 10x Chromium（推测）, 10x Flex | 10x单细胞RNA分析技术包括新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex（snFlex） |
| 11 | 2025-11-29 |
Unveiling the temporal and spatial trajectories of early resistance formation during Hylocereus undatus senescence through single-cell transcriptomics
2025-Nov-27, Plant molecular biology
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s11103-025-01663-w
PMID:41310123
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2025-12-16 |
MIMYR: Generative modeling of missing tissue in spatial transcriptomics
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690239
PMID:41394599
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研究论文 | 提出了一种名为MIMYR的生成式框架，用于重建空间转录组学数据中未测量组织区域的真实数据 | 通过三个耦合组件（引导扩散预测细胞位置、监督分类分配细胞类型、基于空间和细胞上下文的Transformer生成基因表达谱）解决组织缺失问题，并展示了在阿尔茨海默病数据上的泛化能力 | 未明确说明模型在高度异质组织或更大规模数据集上的性能限制 | 解决空间转录组学中因组织切片损伤或分配导致的区域数据缺失问题，以扩展下游分析 | 小鼠脑组织数据及阿尔茨海默病脑组织数据 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 生成式模型（引导扩散模型、监督分类器、Transformer） | 空间基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠脑数据和阿尔茨海默病数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2025-12-16 |
TissueNarrator: Generative Modeling of Spatial Transcriptomics with Large Language Models
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690325
PMID:41394628
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研究论文 | 本文介绍了TissueNarrator框架，该框架将空间转录组学分析重新定义为语言建模问题，利用预训练大语言模型生成空间条件基因表达模式 | 首次将空间转录组学分析重新定义为语言建模问题，利用预训练大语言模型整合生物知识，实现生成式建模和自然语言查询 | 未明确说明模型在处理大规模数据时的计算效率或可扩展性限制 | 开发一个生成式建模框架，用于模拟细胞行为、预测细胞间相互作用并进行扰动分析 | 空间转录组学数据，包括组织切片中的基因表达和空间信息 | 自然语言处理 | NA | 空间转录组学 | 大语言模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | MERFISH, Perturb-FISH, CosMx SMI | NA |
| 14 | 2025-12-16 |
Mapping spatial gradients in spatial transcriptomics data with score matching
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690257
PMID:41394758
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SLOPER的生成模型，用于从空间转录组学数据中学习空间梯度，以增强基因表达测量的空间一致性和特异性 | SLOPER采用基于分数的匹配方法，通过泊松模型建模mRNA转录本的空间分布，并利用新颖的扩散采样方法提升基因表达的空间连贯性 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种方法以准确学习空间转录组学数据中的空间梯度，并改进基因表达的空间模式分析 | 空间转录组学数据中的基因表达空间梯度 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 生成模型（SLOPER） | 空间转录组学数据（二维组织切片中的基因表达） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2025-12-16 |
Vascular dementia increases levels of methylenetetrahydrofolate reductase and cystathionine β-synthase in female patients and changes gene expression of acetylcholine and glutamate clathrin-sculpted transport vesicles
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689865
PMID:41394563
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研究论文 | 本研究通过分析血管性痴呆患者尸检皮层组织，探究一碳代谢相关酶和受体的变化，并结合空间转录组学揭示谷氨酸和乙酰胆碱囊泡运输相关基因的表达改变 | 首次在人类血管性痴呆患者中系统研究一碳代谢酶和受体的性别特异性变化，并结合空间转录组学技术揭示神经递质运输囊泡的基因表达改变 | 样本量较小（空间转录组学仅4个样本），研究基于尸检组织无法反映疾病动态过程，缺乏机制验证实验 | 阐明血管性痴呆中一碳代谢的分子特征及其与神经递质系统的关联 | 血管性痴呆患者和对照的尸检皮层组织 | 空间转录组学 | 血管性痴呆 | 空间转录组学，免疫组织化学 | NA | 组织切片，基因表达数据 | 未明确总样本数，空间转录组学分析4个样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 16 | 2025-12-16 |
Developmental and transcriptional programs that define the initiation of the forelimb
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.23.689776
PMID:41394637
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研究论文 | 本研究通过高通量测序方法定义了小鼠胚胎前肢起始的时间点，并识别了早期转录靶点 | 首次系统性地定义了前肢起始的四个阶段，并识别了体细胞侧板中胚层中区分新生前肢的签名基因，这些基因富含TBX5结合位点 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类或其他脊椎动物中的普适性需进一步验证 | 探究脊椎动物前肢起始的发育和转录程序 | 小鼠胚胎的体细胞侧板中胚层和前肢起始区域 | 发育生物学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, Ribo-ITP | NA | 转录组数据、单细胞RNA-seq数据、染色质免疫沉淀数据 | 未明确指定样本数量，但涉及小鼠胚胎的多阶段分析 | NA | 单细胞RNA-seq, 高通量测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-12-16 |
Mapping embryonic mouse lung development using enhanced spatial transcriptomics
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.22.688293
PMID:41394655
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研究论文 | 本研究通过优化DBiT-seq工作流程，实现了早期胚胎小鼠肺组织切片的高灵敏度空间转录组学分析，揭示了肺发育过程中的空间细胞模式 | 优化了DBiT-seq工作流程以提高灵敏度，首次在早期胚胎小鼠肺中识别出表达高水平细胞外基质蛋白的间充质细胞群，并发现其促进肺神经支配 | 研究仅针对小鼠胚胎模型，未涉及人类或其他物种；空间转录组学技术可能受限于分辨率和灵敏度 | 探究哺乳动物肺发育过程中空间细胞模式的建立机制 | 早期胚胎小鼠肺组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 未明确指定样本数量，但涉及早期胚胎小鼠肺组织切片 | NA | 空间转录组学 | DBiT-seq | 微流控技术支持的确定性条形码测序工作流程 |
| 18 | 2025-12-16 |
A Multi-omic Atlas of Human Choroid Plexus in Alzheimer's Disease
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.23.690014
PMID:41394664
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研究论文 | 本研究通过整合单核RNA测序、空间转录组学、单核ATAC测序和蛋白质组学数据，构建了阿尔茨海默病患者脉络丛的多组学图谱 | 首次在阿尔茨海默病背景下对脉络丛进行全面的多组学分析，揭示了疾病相关的三种主要表型轴（炎症、屏障和重塑），并识别出一个多细胞信号枢纽 | 样本主要来自ROSMAP队列，可能无法完全代表所有阿尔茨海默病亚型或人群 | 阐明脉络丛在阿尔茨海默病病理生理学中的作用 | 人类脉络丛组织及脑脊液样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 单核ATAC测序, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 蛋白质数据, 空间数据 | 69名ROSMAP参与者的脉络丛样本 | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学, 单核ATAC-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-12-16 |
JADE: Joint Alignment and Deep Embedding for Multi-Slice Spatial Transcriptomics
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689823
PMID:41394739
|
研究论文 | 本文提出了一种名为JADE的统一计算框架，用于联合对齐和深度嵌入多切片空间转录组数据 | JADE是首个在共享潜在空间中联合优化对齐和表示学习的方法，采用往返式框架，通过注意力机制动态评估和加权不同嵌入维度的重要性 | 未在摘要中明确说明 | 解决多切片空间转录组数据的联合分析挑战，以重建组织结构并识别一致的空间基因表达模式 | 多切片空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习，注意力机制 | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium 人类背外侧前额叶皮层数据集 |
| 20 | 2025-12-16 |
Gene regulatory network determinants of rapid recall in human memory CD4+ T cells
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.06.646912
PMID:41394561
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研究论文 | 本文利用单核多组学测序技术，研究了人类记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控网络决定因素 | 通过整合单核RNA-seq和ATAC-seq数据，首次预测并验证了记忆相关转录因子（如MAF、PRDM1、RUNX2、SMAD3、KLF6）在调控快速回忆中的作用，并结合GWAS数据关联免疫介导疾病风险 | 研究主要基于体外实验和计算预测，体内功能验证有限，且样本来源和疾病关联性需进一步探索 | 揭示记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控机制及其在免疫介导疾病中的潜在作用 | 人类CD4+ T细胞亚群，特别是记忆T细胞 | 生物信息学 | 免疫介导疾病 | 单核多组学测序（snRNA-seq和snATAC-seq）、ChIP-seq、scRNA-seq、GWAS | 基因调控网络重建 | 单细胞多组学数据、基因组数据 | NA | NA | 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |