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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-03-29
Consensus Molecular Subtypes (CMS) Classification: a progress towards Subtype-Driven treatments in colorectal cancer
2025-Nov-24, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1
综述 本文综述了结直肠癌共识分子分型(CMS)的分类、预后预测作用、识别方法及其在指导个体化治疗中的应用与挑战 系统总结了基于基因表达谱、免疫组化(IHC)和基于深度学习的图像分类器(imCMS)等多种CMS识别方法,并探讨了利用单细胞RNA测序解决肿瘤内异质性(ITH)等新兴策略 肿瘤内异质性(ITH)和技术障碍阻碍了CMS分类在临床中的广泛采用 回顾CMS分类在结直肠癌中的预后和预测作用,评估其指导个体化治疗的潜力,并探讨临床应用的障碍与解决方案 结直肠癌(CRC)及其共识分子亚型(CMS1-4) 数字病理学 结直肠癌 基因表达谱分析,免疫组化(IHC),单细胞RNA测序,基于计算模型的图像分类(如深度学习) 深度学习 基因表达数据,组织图像 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2 2026-03-29
Lessons learned from spatial transcriptomic analyses in clear-cell renal cell carcinoma
2025-11, Nature reviews. Urology
综述 本文总结了空间转录组学在透明细胞肾细胞癌研究中的应用和发现 首次系统回顾了空间转录组学在透明细胞肾细胞癌中的研究,揭示了肿瘤微环境的空间异性和相互作用 目前仅针对透明细胞肾细胞癌这一亚型,且技术应用尚处于早期阶段 探讨空间转录组学在肾细胞癌研究中的潜力和应用价值 透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境 数字病理学 肾细胞癌 空间转录组学 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
3 2026-03-28
Integrative Single-Cell and Machine Learning Analysis Develops a Glutamine Metabolism-Based Prognostic Model and Identifies MSMO1 as a Therapeutic Target in Osteosarcoma
2025-11-28, Biomolecules IF:4.8Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量队列数据,开发了一个基于谷氨酰胺代谢的骨肉瘤预后模型,并鉴定出MSMO1作为潜在治疗靶点 首次在骨肉瘤中建立了基于谷氨酰胺代谢的患者分层框架,通过单细胞数据揭示了肿瘤内异质性,并采用多算法整合和机器学习方法构建了可外部验证的预后模型 模型在独立队列中的区分能力仅为中等水平,需要进一步的机制研究和体内实验验证 开发骨肉瘤的预后模型并识别治疗靶点 骨肉瘤患者样本和U2OS细胞系 数字病理学 骨肉瘤 单细胞RNA测序,机器学习 Step-Cox [forward] + Ridge回归 基因表达数据 未明确具体样本数量,但包含多个独立队列 NA 单细胞RNA-seq NA NA
4 2026-03-28
Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues
2025-Nov-20, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文系统性地对三种商业成像空间转录组学平台在FFPE组织中的性能进行了基准测试 首次在包含多种肿瘤和正常组织类型的TMA样本上,对10X Xenium、Vizgen MERSCOPE和Nanostring CosMx三种iST平台进行了全面的技术和生物学性能比较 研究仅基于TMA样本,可能无法完全代表完整组织切片的情况;未涵盖所有可用的iST平台 评估和比较不同成像空间转录组学平台在FFPE组织中的性能,为研究者选择合适方法提供指导 包含17种肿瘤和16种正常组织类型的组织微阵列(TMA)连续切片 空间转录组学 多种肿瘤 成像空间转录组学 NA 空间转录组数据 33种组织类型(17种肿瘤和16种正常组织)的TMA样本 10x Genomics, Vizgen, Nanostring 成像空间转录组学 10X Xenium, Vizgen MERSCOPE, Nanostring CosMx 三种商业成像空间转录组学平台应用于FFPE组织
5 2026-03-28
Rewriting the Fate of Cancer: Epigenetic and Epitranscriptomic Regulators in the Metastatic Cascade
2025-11-10, Biomolecules IF:4.8Q1
综述 本文综述了表观遗传和表观转录组调控因子在癌症转移级联中的作用,重点关注甲基化修饰 整合了DNA甲基化、RNA修饰和非编码RNA在转移中的相互作用,提出了控制转移的连贯框架 NA 阐明表观遗传和表观转录组机制如何调控癌症转移过程 癌症转移过程中的恶性细胞 NA 癌症 多组学方法、空间转录组学 NA NA NA NA 空间转录组学 NA NA
6 2026-03-25
Gene regulatory network determinants of rapid recall in human memory CD4+ T cells
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用单核多组学测序技术,探索了人类记忆CD4+ T细胞中快速回忆反应的基因调控网络机制 首次结合单核多组学测序(snRNA-seq和snATAC-seq)与ChIP-seq验证,识别了记忆相关转录因子(如MAF、PRDM1、RUNX2、SMAD3、KLF6)在调控快速回忆反应中的核心作用,并将这些机制与免疫介导疾病的遗传风险关联 研究主要聚焦于CD4+ T细胞亚群,可能未涵盖其他免疫细胞类型;单核测序技术可能无法完全反映细胞在体状态 揭示记忆CD4+ T细胞快速回忆反应的基因调控网络机制,并探索其与免疫疾病遗传风险的关联 人类记忆CD4+ T细胞及其亚群 单细胞组学 免疫介导疾病 单核多组学测序(snRNA-seq和snATAC-seq)、ChIP-seq、GWAS 基因调控网络重建 单细胞RNA-seq数据、单细胞ATAC-seq数据、ChIP-seq数据、GWAS数据 未明确指定样本数量,但涉及人类CD4+ T细胞亚群 NA 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
7 2026-03-25
Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Neutrophil Clusters Associated with Autoimmune Neuroinflammation
2025-Nov-19, Research square
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了与自身免疫性神经炎症相关的嗜中性粒细胞簇,并识别了Saa3/SAA1作为潜在的生物标志物和治疗靶点 利用单细胞RNA测序技术首次在EAE模型中系统性地揭示了嗜中性粒细胞在自身免疫性神经炎症中的异质性,并发现了与疾病严重程度相关的特定嗜中性粒细胞簇(Neu2和Neu4),同时将小鼠Saa3与人类SAA1关联起来,提出了新的生物标志物和治疗靶点 研究主要基于小鼠EAE模型,人类样本仅涉及血浆SAA1水平分析,未在人类MS患者中直接验证嗜中性粒细胞簇的异质性;单细胞测序数据可能受样本处理和测序深度影响 探究嗜中性粒细胞在自身免疫性神经炎症(特别是多发性硬化症)中的具体作用和异质性,并识别潜在的生物标志物和治疗靶点 小鼠实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型中的嗜中性粒细胞,以及多发性硬化症(MS)患者的血浆样本 单细胞组学 多发性硬化症 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) NA 单细胞转录组数据 未明确指定具体样本数量,但涉及小鼠EAE模型和MS患者血浆 NA 单细胞RNA-seq NA NA
8 2026-03-25
Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq
2025-11, Nature protocols IF:13.1Q1
研究论文 本文介绍了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组学协议,用于高效分析单个细菌的基因表达谱 该方法整合了索引分选、随机引物和rRNA去除,实现了高达95%的细胞保留率,显著优于现有协议 NA 开发一种适用于细菌单细胞转录组学的高效、可靠方法,以研究细菌群体内的细胞间变异 单个细菌,如鼠伤寒沙门氏菌等模型生物 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA 基于MATQ-seq的细菌scRNA-seq协议,包括荧光激活细胞分选和机器人液体处理
9 2026-03-25
Long-read RNA sequencing of transposable elements from single cells using CELLO-seq
2025-11, Nature protocols IF:13.1Q1
研究论文 本文介绍了一种名为CELLO-seq的单细胞长读长RNA测序协议,用于将转座元件(TE)表达数据精确映射到独特的基因组位点 通过整合长50核苷酸独特分子标识符和高PCR重复数,实现了对长读长的错误校正,从而能够高保真地映射到序列高度相似的年轻TE以及基因和TE亚型 协议需要用户具备分子生物学和转录组分析经验,且从细胞分离到定量完成需一周时间 开发一种单细胞长读长RNA测序方法,以解决短读长测序在转座元件表达分析中的模糊映射问题 哺乳动物细胞中的转座元件(TE) 单细胞测序技术 NA 长读长RNA测序,单细胞测序 NA RNA序列数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
10 2026-03-24
Integrated bulk and single-cell RNA profiling implicates MFAP5+ CAFs in potential role in peritoneal metastasis of gastric cancer
2025-11-28, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3
研究论文 本研究通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序技术,揭示了表达MFAP5的癌症相关成纤维细胞在胃癌腹膜转移中的关键作用 首次在单细胞水平上系统描绘了胃癌腹膜转移的基质微环境,并鉴定出MFAP5+ CAFs这一特异性富集于腹膜转移组织、具有促转移表型的终末亚群 研究主要基于转录组数据,功能验证多在体外进行,缺乏体内动物模型验证MFAP5+ CAFs的具体作用机制 探究胃癌腹膜转移的基质微环境特征及其驱动机制 配对的胃癌原发灶和腹膜转移组织样本 数字病理学 胃癌 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 多重免疫组化, 常规免疫组化 NA RNA测序数据, 免疫组化图像 配对的胃癌原发灶和腹膜转移组织样本队列 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
11 2026-03-24
Dexamethasone-induced immunosuppression in Pneumocystis pneumonia reprograms neutrophil metabolism and impairs antimicrobial function
2025-11-28, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序等方法,揭示了地塞米松在肺孢子菌肺炎中通过重编程中性粒细胞代谢,特别是抑制脂肪酸氧化,从而损害其抗菌功能的免疫抑制机制 首次在单细胞水平上揭示了地塞米松诱导的免疫抑制如何通过代谢重编程(特别是脂肪酸氧化抑制)特异性损害中性粒细胞功能 研究主要基于小鼠模型,人体内的直接相关性尚需进一步验证 探究地塞米松在肺孢子菌肺炎中改变肺部免疫的免疫学和代谢机制 肺孢子菌肺炎模型小鼠的肺组织细胞,特别是中性粒细胞 单细胞组学 肺孢子菌肺炎 单细胞RNA测序,流式细胞术,RT-qPCR,bulk RNA-seq,代谢组学 NA 单细胞转录组数据,bulk RNA-seq数据,代谢组数据 对照和地塞米松诱导的免疫缺陷小鼠肺组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
12 2026-03-24
Differential expression of viral entry protein neuropilin 1 (NRP1) and neuropilin 2 (NRP2) in fatal COVID-19
2025-11-25, Journal of virology IF:4.0Q2
研究论文 本研究通过免疫组化、空间多重免疫荧光和单细胞RNA测序技术,分析了致命性COVID-19病例中心脏、肺和血液淋巴器官中神经纤毛蛋白NRP1和NRP2的表达差异及其与SARS-CoV-2刺突蛋白片段的结合特性 首次详细揭示了NRP1和NRP2在致命性COVID-19组织中的表达模式及其与SARS-CoV-2刺突蛋白片段的差异结合特性,为理解病毒系统性传播机制提供了新见解 样本量较小(n=20),且主要基于尸检组织,可能无法完全反映疾病早期或轻症病例的情况 探究神经纤毛蛋白NRP1和NRP2作为SARS-CoV-2共受体在COVID-19病理机制中的作用 致命性COVID-19患者的尸检组织(心脏、肺、血液淋巴器官)及公共单细胞RNA测序数据 数字病理学 COVID-19 免疫组化、空间多重免疫荧光(CODEX)、单细胞RNA测序、免疫荧光显微镜 NA 图像、单细胞RNA测序数据 20例尸检组织样本 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
13 2026-03-24
Loss of Actrt1 in non-hematopoietic stroma suppresses pathological angiogenesis and tumor progression
2025-11-19, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3
研究论文 本研究揭示了Actrt1在非造血基质细胞中通过促进肿瘤血管生成和成熟来驱动肿瘤进展的新机制 首次发现Actrt1在肿瘤微环境非造血细胞(尤其是内皮细胞)中调控病理性血管生成的作用,并证明其不影响发育性血管生成 研究主要使用小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证;具体分子机制有待深入阐明 探究Actrt1在肿瘤微环境中对血管生成和肿瘤进展的调控作用 B16F1和MC38肿瘤小鼠模型、骨髓嵌合体、主动脉环、后肢缺血模型 肿瘤生物学 肿瘤 单细胞RNA测序、免疫荧光、骨髓移植、组织学分析 基因敲除小鼠模型 基因表达数据、组织图像数据 Actrt1敲除小鼠及对照小鼠 NA 单细胞RNA-seq NA NA
14 2026-03-24
A novel information-theoretic approach reveals loss of effective biomolecular communication in aging muscle cells
2025-11-06, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences
研究论文 本研究利用信息论方法分析骨骼肌单细胞RNA-seq数据,量化了衰老过程中转录因子与靶基因之间生物分子通信效率的下降 首次将信息论中的互信息概念应用于衰老研究,从通信效率角度量化生物分子网络的退化 研究仅基于单细胞RNA-seq数据,未考虑蛋白质水平或其他调控层面的通信变化 探究衰老过程中生物分子通信效率的变化规律 年轻、中年和老年动物的骨骼肌细胞 生物信息学 老年疾病 单细胞RNA-seq 信息论模型(互信息分析) 单细胞转录组数据 多年龄段动物骨骼肌单细胞数据(具体数量未说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
15 2026-03-24
Piezo1-Mediated Calcium Flux Transfers Mechanosignal to Yes-Associated Protein to Stimulate Matrix Production in Keloid
2025-Nov, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1
研究论文 本研究揭示了Piezo1介导的钙流通过Yes相关蛋白(YAP)刺激瘢痕疙瘩基质产生的机制,并验证了Piezo1和YAP作为治疗靶点的潜力 首次在瘢痕疙瘩成纤维细胞中发现Piezo1与YAP的关联,并证实Piezo1/钙流/YAP信号轴在机械力诱导的促粘连信号通路中的关键作用 研究主要基于体外细胞实验和动物模型,缺乏直接的人体临床试验验证 探究机械力在瘢痕疙瘩形成中的作用机制,并寻找潜在的治疗靶点 人类瘢痕疙瘩成纤维细胞、正常皮肤成纤维细胞及患者来源的瘢痕疙瘩异种移植模型 细胞生物学与生物力学 瘢痕疙瘩 单细胞转录组分析、原子力显微镜、钙离子荧光指示剂、免疫荧光染色、转录组学 NA 转录组数据、生物力学数据、荧光成像数据 人类瘢痕疙瘩与正常皮肤成纤维细胞样本及异种移植模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
16 2026-03-23
Single-cell RNA sequencing highlights the role of epithelial-immune dual features of proximal tubule cells in BK polyomavirus nephropathy
2025-11-25, Journal of virology IF:4.0Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了BK多瘤病毒肾病微环境中近端小管细胞的一个具有上皮-免疫双重特征的新亚群(IGKC+ PT),该亚群可能通过T细胞耗竭促进疾病进展,并可作为非侵入性诊断标志物 首次在BK多瘤病毒肾病中鉴定出具有上皮-免疫双重特征的近端小管细胞新亚群(IGKC+ PT),并阐明其通过诱导T细胞耗竭促进疾病进展的潜在机制 研究样本量有限,且主要基于观察性数据,需要进一步的功能性实验验证IGKC+ PT亚群的具体作用机制 探究BK多瘤病毒肾病的微环境特征,寻找新的治疗靶点和诊断标志物 BK多瘤病毒肾病患者的肾移植样本和尿液样本 单细胞组学 肾脏疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 BK多瘤病毒肾病样本和稳定移植肾样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
17 2026-03-23
Multi-omics Mendelian randomization and single-cell analysis identify novel therapeutic targets for osteosarcopenia
2025-11-06, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences
研究论文 本研究通过多组学孟德尔随机化和单细胞分析,识别了骨肌减少症的潜在治疗靶点 整合了转录组、蛋白质组孟德尔随机化、SMR和共定位分析,结合单细胞RNA测序数据,首次系统性地识别了骨肌减少症的因果相关基因和蛋白质靶点 需要进一步在特定组织和细胞环境中验证这些靶点的功能和作用机制 识别骨肌减少症的潜在治疗靶点 骨肌减少症(骨质疏松和肌肉减少症共存) 生物信息学 老年疾病 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序 孟德尔随机化模型 基因组关联研究数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 大规模GWAS数据集(包括eQTLgen, deCODE, Fenland) NA 单细胞RNA-seq NA NA
18 2026-03-21
Genome doubling as a dynamic driver of ovarian cancer evolution: insights from single-cell sequencing
2025-Nov-19, Journal of ovarian research IF:3.8Q1
综述 本文综述了全基因组加倍(WGD)作为卵巢癌进化动态驱动因子的最新见解,特别是通过单细胞测序技术揭示其在高级别浆液性卵巢癌中的作用 重新定义了WGD的角色,从基因组不稳定的结果转变为肿瘤进化的核心动态驱动因子,并解决了WGD驱动的染色体不稳定性与免疫抑制表型相关的生物学悖论 NA 探讨全基因组加倍在卵巢癌,特别是高级别浆液性卵巢癌进化中的动态驱动作用及其临床意义 高级别浆液性卵巢癌(HGSOC) 基因组学 卵巢癌 单细胞测序 NA 基因组数据 NA NA 单细胞测序 NA NA
19 2026-03-21
Bile acids engage the SIPR-STAT3 signaling axis to modulate regulatory T cell responses in fibrosing cholangiopathies
2025-Nov, Journal of hepatology IF:26.8Q1
研究论文 本研究探讨了胆汁酸通过S1PR-STAT3信号轴调节调节性T细胞(Treg)在纤维化胆管病中的应答,揭示了其抑制Treg功能并促进Th17样表型的机制 首次在单细胞水平上揭示了胆汁酸通过S1PR-STAT3信号轴抑制Treg功能并促进其向Th17样表型极化的机制,并提出了通过IBAT抑制剂恢复Treg功能的新治疗策略 研究主要基于小鼠模型,虽然验证了部分人类样本,但临床转化仍需进一步临床试验验证 阐明胆汁酸在纤维化胆管病中如何调节调节性T细胞(Treg)的应答机制 小鼠模型(包括硬化性胆管炎模型和Abcb4-/-模型)以及130例胆道闭锁婴儿的肝组织样本 单细胞组学 纤维化胆管病(包括胆道闭锁和原发性硬化性胆管炎) 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq),功能验证实验 NA 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据,临床肝组织样本数据 多个小鼠模型及130例胆道闭锁婴儿肝组织样本 NA 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq NA NA
20 2026-03-21
Single-cell transcriptional landscape of liver transplant rejection reveals tissue persistence of clonally expanded, treatment-resistant T cells
2025-Nov, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和免疫组库分析,揭示了肝移植排斥中克隆扩增、治疗抵抗性T细胞的转录景观及其在组织中的持久性 首次在儿科肝移植排斥中,利用单细胞技术全面描绘了CD8 T细胞的克隆扩增、基因表达、空间定位及其在组织中的持久性,并揭示了库普弗细胞与CD8 T细胞间的差异互作机制 样本量相对较小(30例冷冻肝活检),且仅针对儿科患者,可能限制了结果的普遍性 探究肝移植后T细胞介导的排斥反应中CD8 T细胞的克隆扩增、持久性及分子机制 儿科肝移植患者的冷冻肝活检样本(包括排斥和非排斥状态) 数字病理学 肝移植排斥 单细胞RNA测序,免疫组库分析 MultiNicheNet分析 单细胞转录组数据,免疫组库数据 30例冷冻肝活检样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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