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当前共找到 923 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-24 |
Disruption of E-cadherin in the airway led to dysplastic stressed cells and asthma-like phenotypes
2025-Nov-17, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.030
PMID:40683251
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研究论文 | 本文研究了小鼠气道上皮中E-钙黏蛋白失活对细胞命运和哮喘样表型的影响 | 首次证明E-钙黏蛋白失活可导致气道重塑和哮喘样表型，并揭示了上皮内在机制和上皮-免疫串扰的作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证；机制细节可能不完全适用于人类哮喘 | 探讨E-钙黏蛋白在气道细胞命运控制中的作用及其与哮喘样表型的关系 | 小鼠气道上皮祖细胞（club细胞）和终末分化纤毛细胞 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-09-24 |
Metastasis-Initiating Osteosarcoma Subpopulations Establish Paracrine Interactions with Lung and Tumor Cells to Create a Metastatic Niche
2025-11-14, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3360
PMID:40882022
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研究论文 | 该研究通过体外器官型转移模型、单细胞RNA测序、人源异种移植模型和鼠源免疫 competent 骨肉瘤模型，揭示了骨肉瘤中低增殖亚群通过响应肺上皮细胞来源的IL1α，持续产生IL6和CXCL8等促转移细胞因子，从而启动肺转移的机制 | 发现了具有低增殖特征的骨肉瘤转移起始细胞亚群，并揭示了其通过IL1α-IL1信号轴与肺上皮细胞和肿瘤细胞建立旁分泌互作以构建转移微环境的新机制 | 摘要中未明确提及研究的具体局限性 | 识别骨肉瘤循环肿瘤细胞向肺部转移定植的细胞和分子机制，以开发针对转移的生物学靶向治疗 | 骨肉瘤细胞、肺上皮细胞、人源异种移植模型和鼠源免疫 competent 骨肉瘤模型 | 单细胞组学、肿瘤生物学 | 骨肉瘤、肺癌转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、体内外模型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-09-24 |
Retrospective transcriptomic analysis indicates temporal dysregulation of mitochondrial genes and metabolic pathways after volumetric muscle loss injury
2025-11, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70612
PMID:41178047
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研究论文 | 该研究通过回顾性分析公开的大鼠和小鼠RNA-seq数据集，探究体积性肌肉损失（VML）损伤后线粒体和代谢转录组的时间性变化 | 利用MitoCarta3.0数据库系统性地分析VML损伤后线粒体相关基因和代谢通路的时间动态变化，揭示了多种细胞类型中代谢转录景观从上调到下调的转换现象 | 该研究为回顾性分析，依赖公开数据集，可能受原始实验条件差异的限制，且仅涵盖至42天的转录组数据 | 利用现有RNA-seq数据集研究VML损伤后线粒体和代谢转录组的变化 | 大鼠（Rattus norvegicus）骨骼肌和小鼠（Mus musculus）骨骼肌 | 机器学习 | 肌肉损伤 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-09-21 |
Epithelial pyroptosis-induced TREM1+ macrophages activate Th17 cells to accelerate oral mucosal inflammation
2025-Nov-29, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02853-7
PMID:41318555
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组、大队列随访的bulk RNA测序、细胞学实验和多重免疫组化，揭示了上皮细胞焦亡诱导的TREM1+巨噬细胞通过IL-1β激活Th17细胞，从而加速口腔黏膜炎症的机制 | 首次发现上皮细胞焦亡诱导的TREM1+巨噬细胞通过IL-1β激活致病性Th17细胞促进口腔黏膜上皮炎症发展，并构建了口腔-肠道轴黏膜免疫图谱在线数据库ORGUAMIA | 未明确提及 | 探究口腔慢性炎症（口腔扁平苔藓）的发病机制 | 口腔黏膜慢性炎症患者样本、口腔扁平苔藓临床队列 | 数字病理学、机器学习 | 口腔扁平苔藓、口腔慢性炎症、慢性消化道疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组、bulk RNA测序、多重免疫组化、细胞学实验 | NA | 图像、文本 | 大型临床随访队列（具体样本量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组、bulk RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-09-21 |
ARCADIA Reveals Spatially Dependent Transcriptional Programs through Integration of scRNA-seq and Spatial Proteomics
2025-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.20.689521
PMID:41332705
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研究论文 | 提出ARCADIA框架，通过基于原型锚点的双变分自编码器整合scRNA-seq和空间蛋白质组学数据，无需细胞条形码配对即可重建组织架构并揭示空间依赖性转录程序 | 1. 提出无需细胞条形码配对和特征对应关系的跨模态整合生成框架；2. 利用模态特异性原型（极端表型状态的凸组合）作为锚点，通过最小化细胞类型组成谱差异实现跨模态对齐；3. 对齐后的原型定义共享坐标系，锚定一对带跨模态几何正则化的双变分自编码器，实现双向翻译并保留原型结构和空间邻域信息 | 摘要中未明确提及 | 开发一种无需细胞条形码配对和直接特征对应关系即可整合单细胞转录组与空间蛋白质组数据的计算框架，以揭示空间微环境如何塑造转录程序 | 半合成基准数据（配对CITE-seq和合成空间网格）、独立的人类扁桃体scRNA-seq数据和CODEX空间蛋白质组数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, CODEX空间蛋白质组学 | 变分自编码器 | 文本（基因表达矩阵）、图像（空间蛋白质组图像） | 半合成基准数据规模和人类扁桃体样本量未在摘要中具体说明 | NA | single-cell RNA-seq, spatial proteomics | NA | NA |
| 6 | 2026-09-21 |
Characterizing hypoxia-orchestrated post-stroke changes in oligodendrocyte precursor cells for optimized cell therapy
2025-11-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102687
PMID:41173004
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研究论文 | 该研究通过整合小鼠单细胞RNA测序数据集构建tMCAO图谱，结合离体OPC培养和体内细胞移植实验，揭示了缺血性卒中后缺氧调控少突胶质前体细胞（OPC）动态适应的机制 | 首次构建了tMCAO单细胞图谱，揭示了亚急性期"血管生成型"OPC和慢性期"少突生成型"OPC的出现，发现严重缺氧诱导血管生成型OPC、轻度缺氧促进少突生成型OPC，提出"氧张力"是OPC动态适应的关键调节因子，并通过严重缺氧预处理OPC的静脉移植增强了血管生成和功能恢复 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证；OPC亚群的具体分子机制和信号通路尚未完全阐明；长期移植效果和安全性有待进一步评估 | 探究缺血性卒中后OPC如何调整其功能角色并促进恢复，以及缺氧如何调控OPC的动态适应，为优化卒中细胞治疗提供策略 | 小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）、tMCAO小鼠模型 | 单细胞组学、神经科学 | 缺血性卒中 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、离体OPC培养、体内细胞移植 | tMCAO小鼠模型 | 单细胞转录组数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-09-21 |
Four Decades of Inquiry Into the Genetic Bases of Specific Reading Disability
2025-11-11, Journal of speech, language, and hearing research : JSLHR
DOI:10.1044/2025_JSLHR-25-00050
PMID:41091061
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研究论文 | 本研究通过系统梳理过去四十年间报道的特定阅读障碍（SRD）候选基因，并对其进化保守性、发育表达模式和功能网络进行分析，以探讨阅读障碍的遗传基础 | 系统 catalog 了175个SRD候选基因，发现SRD基因在进化上高度保守并富集于古老分类群；通过发育转录组分析揭示了两个在受孕后约24周出现表达分化的基因簇；挑战了存在阅读特异性基因的观点，提出SRD反映的是古老进化神经机制在人类特异性脑架构中的紊乱 | 研究基于文献综述鉴定的候选基因，可能存在发表偏倚；生物信息学分析依赖于已有数据库（如Allen Brain Atlas），未进行实验验证；未涉及全基因组关联研究或大规模人群验证 | 系统分析特定阅读障碍的遗传基础，包括候选基因的进化保守性、发育表达模式和功能网络，以填补对阅读（障碍）能力遗传架构理解的知识空白 | 175个已报道的SRD及阅读相关过程候选基因（SRD基因） | 机器学习 | NA | 生物信息学分析、文献综述、单细胞转录组分析、发育转录组分析、功能通路分析 | NA | 文本、基因表达数据、单细胞转录组数据 | 175个候选基因 | NA | 单细胞转录组、发育转录组 | NA | 使用了Allen Brain Atlas的发育和单细胞转录组数据集 |
| 8 | 2026-09-21 |
Delineating transcriptomic signatures of in vitro human skeletal muscle models in comparison to in vivo references
2025-11-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102684
PMID:41135530
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研究论文 | 通过大规模转录组数据分析，比较体外人类骨骼肌模型与体内参考组织的转录组特征，揭示体外模型在肌源性因子、表观遗传记忆、脂质代谢及FGF配体等方面的差异 | 首次大规模整合39项研究、超过400个样本的转录组数据，系统比较2D和3D骨骼肌体外模型与体内对应组织的差异，揭示了体外模型肌源性因子上调失败、表观遗传记忆保留、脂质代谢差异及FGF配体耗竭等特征，并发现肌源性祖细胞的模型依赖性变异 | 仅基于转录组数据的比较分析，未涉及蛋白质组或功能验证实验；研究结果可能受各原始研究实验条件和平台差异的影响 | delineate体外人类骨骼肌模型与体内参考组织之间的转录组差异，评估体外模型对体内组织的还原度，并识别可改善模型的目标过程 | 人类骨骼肌体外模型（2D和3D）及其体内对应组织 | 机器学习, 数字病理学 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | 文本 | 超过400个样本，来自39项研究 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-09-21 |
"Oxygen tone" drives stage-specific OPC phenotypes for cell-based stroke therapy
2025-11-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102709
PMID:41223837
|
研究论文 | 本研究探讨缺氧如何塑造缺血性卒中后少突胶质前体细胞（OPC）的特征，结合单细胞转录组学与体内外模型，揭示氧依赖性OPC表型促进血管新生和髓鞘再生 | 揭示了氧张力驱动阶段特异性OPC表型的新机制，强调了OPC在血管新生和髓鞘再生中的功能可塑性，为卒中细胞治疗提供了新思路 | 摘要中未提及具体研究限制 | 探索缺氧对缺血性卒中后OPC特征的影响，并评估其用于卒中细胞治疗的潜力 | 缺血性卒中后的少突胶质前体细胞（OPCs） | 单细胞转录组学、神经科学 | 卒中 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-09-21 |
MUSE: A Multi-slice Joint Analysis Method for Spatial Transcriptomics Experiments
2025-Nov, Proceedings of the ... ACM International Conference on Information & Knowledge Management. ACM International Conference on Information and Knowledge Management
DOI:10.1145/3746252.3761240
PMID:41527556
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研究论文 | 该文章提出了MUSE，一个用于多切片空间转录组学数据的计算框架，实现多切片联合嵌入、空间域识别和基因表达填补 | MUSE采用双模块架构，通过图模型和最优传输对齐跨切片细胞，并引入对齐损失使低质量数据利用高质量切片的结构信息，同时生成虚拟邻居以丰富上下文信息和缓解数据稀疏性 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解决多切片空间转录组学数据分析中跨切片不一致性和数据质量变异性的挑战，实现稳健的多切片联合分析 | 空间转录组学实验数据，包括12个真实数据集和48个模拟数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络、最优传输 | 空间转录组数据 | 12个真实数据集和48个模拟数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2026-09-20 |
Phylogenomic Analysis of Deep-Branching Telonemid
2025-11-28, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaf202
PMID:41157959
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序和系统发育基因组学分析，研究了一种深海分支的Telonemia新物种（TEL2亚群）对真核生物超群之间进化关系的影响 | 首次从太平洋深海分离并测序了TEL2亚群的Telonemia单细胞，增加了Telonemia的稀疏采样，并评估了其对Telonemia与Hemimastigophora、Provora、Haptista及SAR超群关系的冲击 | 贝叶斯分析未能收敛到稳定拓扑结构；不同采样、基因、修剪和位点去除方案下，部分类群的位置仍不稳定 | 探究新发现的TEL2亚群Telonemia对Telonemia与Stramenopila-Alveolata-Rhizaria超群及其他采样稀疏或历史不稳定超群（Hemimastigophora、Provora、Haptista）之间系统发育关系的影响 | 从太平洋远洋分离的一株Telonemia单细胞（属于TEL2亚群） | 系统发育基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | 最大似然法、贝叶斯分析 | 转录组序列数据 | 1个单细胞 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 12 | 2026-09-20 |
Molecular signatures and lineage diversification of neurogenic and gliogenic radial glia in the gyrencephalic ferret cortex
2025-Nov-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8062841/v1
PMID:41356342
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研究论文 | 本研究利用脑回化雪貂模型，通过单细胞RNA测序、BrdU标记和免疫组化等手段，系统解析了皮层放射状胶质细胞的分子特征和谱系动态，揭示了ERK、PKA、YAP/TAZ和SHH信号通路在神经发生、胶质发生及皮层进化扩张中的协同调控机制。 | 首次在脑回化雪貂模型中系统比较了雪貂与人类皮层放射状胶质细胞的分子特征，揭示了oRG中ERK和PKA信号的增强及其相互促进自我更新和神经发生的机制；发现了皮层胶质化RG的区域特化现象，即YAP/TAZ驱动内侧皮层tRG向室管膜胶质命运分化，而SHH信号指导外侧皮层tRG产生三潜能中间祖细胞。 | 摘要中未明确提及研究的具体局限性 | 系统表征脑回化雪貂皮层放射状胶质细胞的分子谱和谱系动态，揭示哺乳动物皮层神经发生、胶质发生和进化扩张的调控机制 | 雪貂和人类大脑皮层中的放射状胶质细胞（RGs），包括外层放射状胶质细胞（oRGs）、截短型放射状胶质细胞（tRGs）及中间祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, BrdU标记, 免疫组化 | NA | 图像, 文本 | 雪貂和人类皮层组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-09-20 |
LARIS enables accurate and efficient ligand and receptor interaction analysis in spatial transcriptomics
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690796
PMID:41394607
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研究论文 | 本文提出了LARIS方法，用于在空间转录组数据中准确高效地识别细胞类型特异性和空间限制性的配体-受体相互作用 | LARIS能够兼容所有空间转录组技术，在单细胞或微珠分辨率下识别配体-受体相互作用，量化特异性、推断发送者-接收者方向性，并检测差异相互作用如何在时间和空间上变化 | 未明确提及 | 开发一种准确且可扩展的方法，将空间信息稳健且计算高效地整合到细胞间通讯推断中 | 人类扁桃体和小鼠发育中大脑皮层的空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 14 | 2026-09-20 |
A novel zinc finger protein gene signature for prognostic prediction, tumor microenvironment characterization, and therapeutic response in uterine corpus endometrial carcinoma
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-28415-6
PMID:41309884
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研究论文 | 本研究基于TCGA和GEO数据库中子宫内膜癌的转录组与临床数据，利用差异表达的锌指蛋白基因对患者进行无监督聚类分型，并通过COX回归和LASSO回归构建了由8个预后ZNF基因组成的风险评分模型，评估其在预后预测、肿瘤微环境、免疫治疗反应等方面的价值 | 首次系统性地利用锌指蛋白基因构建UCEC预后风险评分模型，并结合转录组、单细胞测序、免疫组化和DIA定量蛋白质组学多维度验证ZNF基因在UCEC中的表达模式和临床意义 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床试验验证；风险评分模型的预测效能仍需在更大规模的多中心独立队列中进一步验证 | 系统研究锌指蛋白家族基因在子宫体子宫内膜癌中的表达模式及其在预后预测、肿瘤微环境特征刻画和治疗反应评估中的作用 | 子宫体子宫内膜癌（UCEC）患者及其转录组数据和临床信息 | 机器学习 | 子宫内膜癌 | 转录组测序、单细胞RNA测序、免疫组化、数据非依赖性采集定量蛋白质组学分析 | LASSO回归、单因素COX回归、多因素COX回归、无监督聚类 | 转录组数据、临床数据、单细胞RNA测序数据、图像（免疫组化）、蛋白质组数据 | 来自TCGA和GEO数据库的子宫内膜癌转录组和临床数据样本，具体数量未在摘要中说明；另使用了单细胞RNA测序数据、HPA数据库数据及DIA蛋白质组学样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2026-09-20 |
Lactylation-related gene signatures define immune heterogeneity and provide diagnostic biomarkers for periodontitis
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-30213-z
PMID:41310117
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研究论文 | 该研究通过整合批量转录组和单细胞RNA测序数据，系统分析了牙周炎中乳酸化相关基因的表达特征、免疫浸润模式及诊断价值 | 首次系统性地将乳酸化相关基因与牙周炎的免疫异质性和诊断生物标志物联系起来，并通过多水平整合分析（批量转录组、单细胞测序、机器学习、免疫组化）揭示了代谢-表观遗传-免疫轴在牙周炎中的作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，样本量有限，缺乏前瞻性队列验证和功能实验验证乳酸化修饰的直接调控机制 | 探索乳酸化相关基因在牙周炎免疫失调中的作用，筛选诊断生物标志物并揭示免疫异质性 | 牙周炎患者的牙龈组织和外周血单核细胞，以及健康对照 | 数字病理学 | 牙周炎 | 微阵列、单细胞RNA测序、免疫组化 | LASSO回归、随机森林、极端梯度提升 | 基因表达数据、图像 | 来自GSE10334和GSE16134数据集的批量转录组样本，以及牙周炎患者和健康对照的外周血单核细胞单细胞RNA测序数据，具体样本数量未在摘要中明确 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-09-20 |
Airway Delivery of Encapsulated Cytokine-Secreting Cells for Local Immunomodulation in Inflammatory Lung Diseases
2025-Nov-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8051602/v1
PMID:41356371
|
研究论文 | 该论文开发了一种模块化细胞微胶囊平台，可通过气道递送分泌免疫调节蛋白的细胞，用于炎性肺病的局部免疫调节治疗 | 开发了一种可通过气道给药的模块化细胞微胶囊平台，实现免疫调节蛋白的局部、持久和可调递送，避免全身给药的脱靶效应，并在ARDS和肺纤维化模型中验证疗效，同时通过单细胞RNA测序揭示IL-10分泌胶囊重编程肺部免疫景观的机制 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 开发一种可通过气道递送的细胞微胶囊平台，实现免疫调节蛋白的局部递送，用于治疗炎性肺病如ARDS和肺纤维化 | 脂多糖诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）啮齿动物模型、博来霉素诱导的肺纤维化模型以及大型动物模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2026-09-20 |
Spatial Transcriptomics Reveals CXCL12 + Fibroblasts as Central Immune Organizers through CXCR4 Signaling in Abdominal Aortic Aneurysm
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690328
PMID:41357983
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研究论文 | 该研究利用Xenium空间转录组学技术，构建了人类腹主动脉瘤（AAA）的高分辨率空间转录组图谱，揭示了CXCL12+成纤维细胞通过CXCR4信号作为中枢免疫组织者，驱动免疫-基质相互作用。 | 首次在人类腹主动脉瘤组织中应用Xenium空间转录组学，构建了包含581,664个细胞的高分辨率空间图谱，并发现CXCL12+成纤维细胞通过CXCR4信号与T细胞和B细胞相互作用，作为适应性免疫聚集的基质枢纽。 | 研究为观察性横断面设计，样本量有限（11例AAA患者和12例对照），无法确定因果关系；仅分析了FFPE组织，可能受限于RNA质量；未进行功能验证实验。 | 阐明人类腹主动脉瘤中免疫-基质相互作用的分子机制和空间组织，以寻找有效的药物治疗靶点。 | 腹主动脉瘤患者和对照者的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）主动脉组织。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 图像 | 11例AAA患者和12例对照者的FFPE组织，共分析581,664个细胞。 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | Xenium空间转录组学平台，用于FFPE组织分析 |
| 18 | 2026-09-20 |
Amaranth: Enhanced Single-Cell Transcript Assembly via Discriminative Modeling of UMI Reads and Internal Reads
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690228
PMID:41357981
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研究论文 | 本文提出了一种名为Amaranth的新型单细胞转录组组装器，通过对UMI reads和internal reads进行判别性建模，显著提高了单细胞全长转录本的组装准确性 | 首次发现UMI reads和internal reads在链方向性、5'/3'覆盖偏好和局部性分布上具有显著不同的生物学和统计学特性，并基于这一发现开发了专门针对两类reads不同偏差的启发式算法，实现了internal reads链方向的准确分配、剪接图的可靠精炼以及转录起始和终止位点的精确确定 | 仅在Smart-seq3数据集上进行了基准测试，未在其他单细胞全长测序平台（如Smart-seq2或其他新兴协议）上验证；未提及对低表达基因或稀有异构体的组装效果 | 解决单细胞RNA测序中全长转录本精确重建的核心挑战，实现单细胞水平的异构体级别表达分析 | 人类和小鼠的Smart-seq3单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、Smart-seq3 | 判别性建模、启发式算法 | 测序reads | NA | Illumina | 单细胞RNA测序 | Smart-seq3 | Smart-seq3协议产生的UMI-linked reads和internal reads |
| 19 | 2026-09-20 |
MIMYR: Generative modeling of missing tissue in spatial transcriptomics
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690239
PMID:41394599
|
研究论文 | 本文提出了MIMYR，一个用于重建空间转录组学中未测量组织区域的生成框架，通过引导扩散预测细胞位置、监督分类分配细胞类型以及基于空间和细胞上下文的Transformer生成基因表达谱 | MIMYR是首个专门针对空间转录组学缺失组织重建的生成框架，创新性地结合了引导扩散、监督分类和Transformer三种技术，能够从有限训练数据中高保真地插补未测量区域，并泛化到不同实验条件（如基因面板和切片方向变化），还能在阿尔茨海默病数据上微调后捕获疾病相关转录变化 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解决空间转录组学中因组织切片损伤或中间切片分配其他检测而导致的数据缺失问题，实现未测量组织区域的高保真空间插补 | 空间转录组学数据中的未测量组织区域，包括小鼠大脑数据和阿尔茨海默病数据 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 扩散模型, Transformer | 图像, 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2026-09-20 |
TissueNarrator: Generative Modeling of Spatial Transcriptomics with Large Language Models
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690325
PMID:41394628
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研究论文 | 该文章提出了TissueNarrator框架，将空间转录组学分析重新定义为语言建模问题，利用预训练大语言模型生成空间条件基因表达模式，并预测细胞间相互作用 | 首次将空间组学分析重新表述为语言建模问题，将组织切片表示为空间句子（基于排序的基因列表加上空间坐标和元数据），利用预训练大语言模型学习空间条件基因表达模式，并引入对话式推理模式实现自然语言查询组织组织架构 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 解决现有计算方法主要关注基于嵌入的任务、生成能力有限且未整合生物学知识的问题，实现对组织系统的建模、模拟和推理 | 空间转录组学数据，包括MERFISH、Perturb-FISH和CosMx SMI等多种空间转录组技术产生的组织切片数据 | 空间转录组学, 计算生物学, 自然语言处理 | NA | 空间转录组学, MERFISH, Perturb-FISH, CosMx SMI | 大语言模型 (LLM) | 基因表达数据, 空间坐标数据, 文本 | NA | NanoString (CosMx SMI), Vizgen (MERFISH) | 空间转录组学 | CosMx SMI, MERFISH | MERFISH, Perturb-FISH, CosMx SMI 空间转录组技术 |