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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-11-25 |
Single-cell nanodroplet processing proteomics pipeline for analysis of human-derived microglia
2025-Oct-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.02.680067
PMID:41256374
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研究论文 | 开发了一种用于人源小胶质细胞单细胞蛋白质组学分析的纳米液滴处理流程 | 首次建立了基于FACS分离、冷冻保存和纳米液滴处理的单细胞质谱蛋白质组学工作流程,能够从单个小胶质细胞中平均鉴定1039种蛋白质 | 初步研究数据仅部分重现了先前已知的小胶质细胞亚型,需要进一步验证 | 探索脑小胶质细胞在细胞水平的异质性 | 人脑皮层来源的小胶质细胞 | 蛋白质组学 | 阿尔茨海默病和其他神经系统疾病 | 单细胞质谱蛋白质组学,FACS,纳米液滴处理 | NA | 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞蛋白质组学 | NA | 纳米液滴处理平台 |
| 162 | 2025-11-25 |
Persistent interferon signaling and clonal expansion mark early events in DNA methylation damage-induced liver cancer
2025-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.01.679856
PMID:41256671
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了NDMA诱导肝细胞癌的早期分子事件,包括持续性干扰素信号和克隆扩增 | 首次系统描绘了DNA甲基化损伤诱导肝癌的早期分子级联事件,发现持续性干扰素信号是主导激活通路 | 研究基于小鼠模型,需要在人类样本中进一步验证 | 阐明NDMA诱导肝癌进展的分子机制 | 野生型和MGMT缺陷型小鼠 | 多组学分析 | 肝癌 | 磷酸化蛋白质组学,转录组学,空间转录组学 | NA | 分子表型数据,转录组数据,磷酸化蛋白质组数据 | 小鼠模型队列 | NA | 空间转录组学,转录组分析,磷酸化蛋白质组分析 | NA | NA |
| 163 | 2025-11-25 |
A conserved logic for the development of cortical layering in tetrapods
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.01.679862
PMID:41256365
|
研究论文 | 本研究通过识别蝾螈大脑皮层中的分层神经元,揭示了四足动物皮层发育的保守机制 | 首次在蝾螈大脑皮层中发现分层神经元结构,并揭示哺乳动物皮层发育的进化起源 | 研究主要基于蝾螈模型,需要在更多物种中验证保守性 | 探索大脑皮层分层结构的进化起源和发育机制 | 蝾螈大脑皮层神经元 | 神经科学 | NA | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,发育时序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 164 | 2025-11-25 |
scGPD: single-cell informed gene panel design for targeted spatial transcriptomics
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.02.680117
PMID:41256660
|
研究论文 | 提出一种基于深度学习的基因面板设计框架scGPD,利用单细胞RNA-seq数据为靶向空间转录组学选择紧凑且非冗余的基因集 | 采用基因-基因相关性感知的门控机制,从数据中提取信息特征,促进所选基因的多样性并消除冗余 | NA | 为靶向空间转录组学技术设计信息丰富的基因面板 | 单细胞RNA-seq数据和空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 165 | 2025-11-25 |
A Phase I Trial of Evorpacept, Lenalidomide, and Rituximab for Patients with B-Cell Non-Hodgkin Lymphoma
2025-Oct-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-1826
PMID:40729376
|
研究论文 | 评估Evorpacept联合来那度胺和利妥昔单抗治疗B细胞非霍奇金淋巴瘤患者的安全性及抗肿瘤活性 | 首次将CD47阻断剂Evorpacept与来那度胺和利妥昔单抗联合用于治疗B细胞非霍奇金淋巴瘤,并证明其可逆转SIRPα+巨噬细胞介导的耐药机制 | 单臂I期研究,样本量较小(20例患者),缺乏对照组 | 评估Evorpacept联合来那度胺和利妥昔单抗在B细胞非霍奇金淋巴瘤患者中的安全性和初步疗效 | 接受过至少两种系统治疗的B细胞非霍奇金淋巴瘤成年患者 | 肿瘤免疫治疗 | B细胞非霍奇金淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、单细胞RNA测序数据 | 20例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 166 | 2025-11-25 |
Multiscale Hyperbolic Embedding for Cell Hierarchies in Large-Scale Bioinformatics Data
2025-Oct-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.29.679407
PMID:41256490
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研究论文 | 提出一种名为MuH-MDS的多尺度双曲嵌入算法,用于处理大规模生物信息学数据中的细胞层次结构 | 使用物理学中的'绝热'近似方法优化局部位置同时保持聚类中心固定,计算速度比现有方法提高10倍,能够处理超过80,000个样本的大规模数据集 | 论文未明确说明算法的具体局限性 | 开发可扩展且有效的分析方法,用于大规模数据集的细胞层次结构可视化与解释 | 大规模生物信息学数据集,包括包含80,000多个样本的胚胎发生单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双曲多维标度(MuH-MDS) | 单细胞RNA测序数据 | 超过80,000个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 167 | 2025-11-25 |
BTK Inhibitor Synergizes With CD19-Targeted Chimeric Antigen Receptor-T Cells in Patients With Relapsed or Refractory B-Cell Lymphoma: An Open-Label Pragmatic Clinical Trial
2025-Oct, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71321
PMID:41123227
|
研究论文 | 本研究评估BTK抑制剂联合CD19靶向CAR-T细胞治疗复发或难治性B细胞淋巴瘤的安全性和疗效 | 首次在临床试验中证实BTK抑制剂能够增强CAR-T细胞疗法的抗肿瘤效果,并发现BTKi治疗组T细胞更倾向于早期分化且衰竭程度更低 | 非随机化试验设计,样本量较小(n=37),组间分配基于患者自主选择 | 评估BTK抑制剂联合CD19-CAR-T细胞治疗B细胞淋巴瘤的安全性和临床疗效 | 37例复发或难治性B细胞淋巴瘤患者 | 临床医学 | B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据,单细胞转录组数据 | 37例患者(CAR-T单药组24例,联合治疗组13例) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 168 | 2025-11-24 |
Single-cell profiles delineate immune cell remodeling and enhanced tumor-fibroblast interaction of hepatoblastoma after chemotherapy
2025-Oct-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102401
PMID:41038160
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了化疗后肝母细胞瘤免疫细胞重塑及肿瘤-成纤维细胞相互作用增强的机制 | 首次在肝母细胞瘤中整合单细胞RNA测序、空间转录组学、批量转录组学、多重免疫荧光和患者来源异种移植模型,全面解析化疗后肿瘤微环境变化 | 样本量相对有限(32个肿瘤),且为观察性研究,需要进一步功能验证 | 阐明化疗对肝母细胞瘤肿瘤微环境的影响及化疗耐药机制 | 肝母细胞瘤患者肿瘤组织(化疗前后) | 单细胞生物学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量转录组学,多重免疫荧光,患者来源异种移植 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,批量转录组数据,免疫荧光图像 | 32个肝母细胞瘤肿瘤(化疗前后配对样本) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 169 | 2025-11-24 |
A Systematic Review on the Role of the Stria Vascularis in Menière's Disease Pathogenesis
2025-Oct, Journal of the Association for Research in Otolaryngology : JARO
DOI:10.1007/s10162-025-01006-y
PMID:40987969
|
系统综述 | 本文系统综述了血管纹在梅尼埃病发病机制中的作用,重点分析了血管纹细胞类型中表达的基因及其与疾病病理生理学的联系 | 首次系统性地整合了血管纹三种细胞类型(边缘细胞、中间细胞、基底细胞)中表达的基因,并揭示了它们在梅尼埃病免疫反应中的潜在作用机制 | 纳入研究数量有限(130项),其中人类研究仅26项,主要依赖动物模型数据,可能限制结果对人类疾病的直接适用性 | 评估血管纹基因表达与梅尼埃病病理生理学的关联 | 血管纹细胞类型(边缘细胞、中间细胞、基底细胞)和间隙连接蛋白 | 系统综述 | 梅尼埃病 | 单细胞RNA测序, 基因集富集分析, 国际小鼠表型联盟数据 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 130项研究(26项人类研究,101项动物研究,3项人-动物研究) | NA | 单细胞RNA测序, 多组学研究 | NA | NA |
| 170 | 2025-11-23 |
Latent plasticity of the human pancreas across development, health, and disease
2025-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.01.679230
PMID:41256699
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研究论文 | 构建了人类胰腺的单细胞多组学图谱,涵盖发育、健康和疾病状态 | 首次在成人中发现具有胎儿样特征的转录可塑性中心腺泡样细胞(pCACs),并揭示了HNF1A定义的β细胞表观遗传状态 | 样本数量有限(57名供体),疾病状态仅关注2型糖尿病 | 解析人类胰腺的细胞多样性和可塑性 | 人类胰腺细胞 | 单细胞多组学 | 2型糖尿病 | 单细胞/单核RNA测序, 单核ATAC测序, VASA-seq, 空间转录组学, 多重蛋白质组学 | NA | 单细胞多组学数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据 | 57名供体的超过400万个细胞和细胞核 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | 10x Chromium, 10x Xenium | 10x Xenium空间转录组平台, CODEX多重蛋白质组分析技术 |
| 171 | 2025-11-23 |
Integrative analysis of spatiotemporal transcriptomics delineates dynamic cell states in squamous tumorigenesis
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.30.679409
PMID:41256392
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研究论文 | 通过整合分析时空转录组数据揭示鳞状肿瘤发生过程中的动态细胞状态 | 首次在鳞状上皮癌变连续过程中整合单细胞和空间转录组数据,揭示发育不良特异性伤口愈合和免疫重塑程序的上调 | 研究样本数量有限,机制验证需要进一步实验 | 探索鳞状细胞癌治疗耐药性的内在机制 | 小鼠和人类口腔鳞状上皮组织,涵盖从最早癌前阶段到浸润性癌的整个过程 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 小鼠和人类口腔鳞状上皮组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 172 | 2025-11-23 |
Photolabile oligonucleotides combined with topologically imposed light gradients enable spatially resolved single-cell transcriptomics and epigenomics
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.01.679703
PMID:41256573
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研究论文 | 开发了一种名为scSTAMP-seq的空间分辨单细胞转录组和表观基因组分析技术 | 利用胆固-醇标记的光不稳定寡核苷酸和空间光梯度实现活细胞的高分辨率空间定位 | NA | 开发能够同时保留空间信息的单细胞转录组和表观基因组分析方法 | 组织中的单个细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学测序 | NA | 转录组数据,表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | NA | 平板法和液滴法单细胞测序 |
| 173 | 2025-11-22 |
ITGB5-mediated biomechanical regulation in pancreatic ductal adenocarcinoma stroma impacts tumor progression and prognosis
2025-Oct-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07119-5
PMID:41121153
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据与生物力学分析,揭示ITGB5在胰腺导管腺癌基质中的生物力学调控作用及其对肿瘤进展的影响 | 首次整合磁共振弹性成像、原子力显微镜和单细胞RNA测序技术系统研究PDAC的生物力学特性,并发现ITGB5作为CAFs中调控基质硬度的关键基因 | 对临床预后的影响仍需临床研究证实,目前仅为单中心前瞻性研究 | 探索胰腺导管腺癌基质硬化机制并寻找新的治疗靶点 | 胰腺导管腺癌组织样本、癌症相关成纤维细胞、动物模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 磁共振弹性成像, 原子力显微镜, 加权基因共表达网络分析 | WGCNA, 预后预测模型 | 转录组数据, 生物力学数据, 单细胞测序数据 | 来自TCGA的PDAC样本数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 174 | 2025-11-22 |
Keratin 15 Regulates Cell Proliferation in Outer Enamel Epithelium
2025-Oct-16, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251368346
PMID:41103018
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了角蛋白15在牙釉质外上皮细胞增殖调控中的关键作用 | 首次发现角蛋白15是牙釉质外上皮的特异性标记基因,并阐明其通过抑制p38 MAPK通路调控牙上皮细胞增殖的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系,在人类牙齿发育中的直接适用性需要进一步验证 | 探究牙釉质外上皮在牙齿发育中的功能角色和分子机制 | 小鼠牙胚(出生后7天切牙和胚胎14天第一磨牙)及牙上皮细胞系CLDE | 发育生物学 | 牙齿发育异常 | 单细胞RNA测序,体外器官培养,基因敲低 | NA | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | 小鼠牙胚样本和牙上皮细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 175 | 2025-11-22 |
Molecular signals associated with intraperitoneal chemotherapy resistance in gastric cancer with peritoneal metastasis through PIPS GC trial integrated translational research
2025-Oct-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-19515-4
PMID:41083688
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研究论文 | 通过PIPS-GC临床试验的整合转化研究,识别胃癌腹膜转移患者对腹腔内紫杉醇联合系统化疗反应的生物标志物 | 首次通过整合全外显子组测序、转录组测序和空间转录组学分析,发现THSD4作为预测胃癌腹膜转移化疗反应的潜在生物标志物 | 样本量较小(仅9例患者),需要进一步研究验证THSD4的临床实用性 | 识别能够预测胃癌腹膜转移患者对腹腔内紫杉醇联合系统化疗反应的生物标志物 | 胃癌腹膜转移患者 | 数字病理学 | 胃癌 | 全外显子组测序,转录组测序,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因组数据,转录组数据,空间转录组数据 | 9例胃癌患者(6例反应组,3例无反应组) | NA | 全外显子组测序,转录组测序,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 176 | 2025-11-22 |
Single-Cell RNA-Seq Dissects Specific Marker in Glioblastoma Based on Gene Regulatory Networks
2025-Oct, Iranian journal of biotechnology
IF:1.6Q4
DOI:10.30498/ijb.2025.528387.4159
PMID:41255833
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据构建基因调控网络,解析胶质母细胞瘤的分子亚型特异性标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和基因调控网络分析胶质母细胞瘤亚型特异性调控机制,发现GATA3作为新型预后标志物 | 样本量有限,需要更大规模验证;分析方法依赖于计算推断的拷贝数变异和转录因子结合基序 | 识别胶质母细胞瘤的关键调控因子和亚型特异性标志物,改善患者分层和治疗效果 | 胶质母细胞瘤恶性细胞及其分子亚型(前神经型、经典型、间充质型) | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,基因调控网络分析,差异基因表达分析,配体-受体相互作用分析 | 共识聚类,基因调控网络模型 | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 177 | 2025-11-21 |
Single-cell and spatial omics reveal progressive loss of xylem developmental complexity across seed plants
2025-Oct-31, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaf253
PMID:41109686
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间组学技术揭示了裸子植物木质部发育的复杂性,并提出了种子植物维管发育的简化进化轨迹 | 首次在裸子植物中重建木质部分化轨迹,发现裸子植物特有的木质部细胞群体,提出轴向发育程序从裸子植物到被子植物逐渐简化的新理论 | 研究主要集中于针叶树类裸子植物,可能无法完全代表所有裸子植物的多样性 | 探究种子植物木质部发育的进化轨迹和复杂性变化 | 裸子植物(杉木)和被子植物的木质部细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学,空间转录组学,空间蛋白质组学,空间代谢组学 | Seurat, scVI | 单细胞RNA测序数据,空间多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,空间蛋白质组学,空间代谢组学 | NA | NA |
| 178 | 2025-11-21 |
Molecular subtypes and prognostic signature rooted in disulfidptosis highlight tumor microenvironment in lung adenocarcinoma
2025-Oct-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
|
研究论文 | 本研究基于二硫死亡相关基因识别肺腺癌分子亚型并构建预后特征模型 | 首次将新型细胞死亡方式二硫死亡应用于肺腺癌分子分型及预后模型构建 | 研究样本量有限,需进一步多中心验证 | 探索二硫死亡相关基因在肺腺癌肿瘤微环境及预后中的作用 | 肺腺癌患者组织样本和细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, Western blotting, 免疫组化, RT-qPCR | 多变量Cox回归模型, 风险评分模型, 列线图 | 基因表达数据, 临床数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 179 | 2025-11-21 |
[Traditional Chinese medicine for regulating glycolysis to remodel the tumor immune microenvironment: research progress and future prospects]
2025-Oct-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University
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综述 | 本文综述了中医药通过调控糖酵解重塑肿瘤免疫微环境的研究进展与未来展望 | 系统阐述了中医药通过多靶点调控糖酵解关键酶、代谢信号通路和非编码RNA来改善肿瘤免疫微环境的协同作用机制 | 中医药调控糖酵解与肿瘤微环境相互作用的动态机制尚未完全阐明 | 探讨中医药通过调控糖酵解重塑肿瘤免疫微环境的机制及未来研究方向 | 肿瘤细胞、免疫细胞、肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 肿瘤 | 单细胞测序、纳米递送系统 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 180 | 2025-11-21 |
MSR1 + macrophages passivate antitumor immunity by inducing ITM2A + CD4T exhaustion differentiation
2025-Oct-17, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001578
PMID:41104544
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研究论文 | 本研究揭示了MSR1+巨噬细胞通过调控ITM2A-ZAP70轴诱导CD4T细胞耗竭分化的机制,并开发了靶向CD4T的抗体药物偶联物 | 首次发现MSR1+巨噬细胞通过ITM2A-ZAP70轴调控CD4T细胞耗竭,并成功开发靶向该通路的新型ADC药物 | 研究主要聚焦于肝细胞癌模型,在其他肿瘤类型中的普适性需要进一步验证 | 探索膜蛋白在抗肿瘤免疫中的作用并挖掘可靶向的膜蛋白 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的免疫细胞,特别是MSR1+巨噬细胞和ITM2A+CD4T细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,TimiGP分析,分子动力学模拟,生物化学实验,生物工程技术 | 基因敲除小鼠模型,原位移植模型,质粒衍生自发肝癌模型 | 基因表达数据,单细胞转录组数据,蛋白质相互作用数据 | 基于TCGA和ICGC数据库的临床样本,基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |