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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-11-20 |
PFKFB3 Promotes Myofibroblast Differentiation and Cardiac Fibrosis Through its Intra- and Extra- Cellular Roles
2025-Oct, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-025-10688-x
PMID:41166052
|
研究论文 | 本研究揭示了PFKFB3通过细胞内糖酵解调控和细胞外信号传导双重机制驱动心肌纤维化的新机制 | 首次发现PFKFB3通过细胞内糖酵解调控和细胞外信号传导双重作用促进心肌纤维化 | NA | 探究PFKFB3在心肌纤维化发病机制中的作用 | 心肌成纤维细胞、心肌病患者、小鼠模型 | 单细胞测序 | 心肌病 | 单细胞RNA测序, Western blot, ELISA | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 心肌病患者和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 142 | 2025-11-20 |
Nephrobase Cell+: Multimodal Single-Cell Foundation Model for Decoding Kidney Biology
2025-Oct-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.30.679471
PMID:41256511
|
研究论文 | 开发了首个肾脏特异性多模态单细胞基础模型Nephrobase Cell+,用于解码肾脏生物学 | 首个专注于肾脏的大型基础模型,采用器官规模的多模态预训练和专门的transformer架构 | NA | 开发肾脏特异性单细胞基础模型以改进肾脏生物学解码 | 人类、小鼠、大鼠和猪的肾脏单细胞数据 | 单细胞分析 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,单核ATAC测序,空间转录组学 | transformer编码器-解码器架构,混合专家模块 | 单细胞和单核转录组数据,表观基因组数据,空间转录组数据 | 约39.5百万个单细胞和单核图谱,来自4,319个样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq,单核ATAC-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 143 | 2025-11-19 |
Comprehensive Spatial Profiling of Species-agnostic Transcriptomes via Stereo-seq
2025-Oct-31, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68619
PMID:41248068
|
研究论文 | 介绍了一种兼容FFPE组织的空间物种不可知转录组分析方法Stereo-seq | 采用随机引物空间条形码技术,可同时检测宿主和非宿主RNA,实现亚细胞分辨率 | 需要特别考虑环境和处理污染物对检测结果的影响 | 开发空间物种不可知转录组分析方法 | FFPE组织中的宿主和非宿主RNA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,随机引物探针方法 | NA | 空间RNA数据 | NA | NA | 空间转录组学 | Stereo-seq | 0.22 µm随机捕获珠阵列,每0.5 µm重复,亚细胞分辨率 |
| 144 | 2025-11-19 |
Microglia-neuron crosstalk through Hex-GM2-MGL2 maintains brain homeostasis
2025-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09477-y
PMID:40769205
|
研究论文 | 本研究揭示了小胶质细胞通过Hex-GM2-MGL2通路与神经元进行双向通讯的新机制 | 发现了小胶质细胞向神经元传递β-己糖胺酶以降解GM2神经节苷脂的未知相互作用模式 | NA | 探究小胶质细胞与神经元之间维持大脑稳态的分子机制 | 小鼠模型和神经退行性Sandhoff病患者 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 无偏脂质组学、高分辨率空间脂质成像、深度单细胞转录组分析 | 细胞类型特异性突变体 | 脂质组数据、转录组数据、空间成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 145 | 2025-11-19 |
CREBBP Mutation as a Culprit for Negative SSTR2 PET in Neuroendocrine Tumors
2025-Oct, Molecular imaging and biology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s11307-025-02040-1
PMID:40779286
|
研究论文 | 本研究通过整合全外显子组测序和单细胞RNA测序,揭示了神经内分泌肿瘤中68Ga-DOTATATE PET成像阴性结果与CREBBP基因突变的关联 | 首次发现CREBBP突变与SSTR2表达降低相关,并证明其在神经内分泌肿瘤PET成像阴性中的关键作用 | 回顾性研究设计,样本量较小(18例患者),需要更大规模研究验证 | 阐明神经内分泌肿瘤中68Ga-DOTATATE PET成像阴性结果的分子遗传机制 | 肺、回肠或胰腺神经内分泌肿瘤患者 | 数字病理 | 神经内分泌肿瘤 | 全外显子组测序, 单细胞RNA测序, PET/CT成像 | NA | 基因组测序数据, 基因表达数据, 医学影像数据 | 18例神经内分泌肿瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 146 | 2025-11-19 |
Inferring the burst dynamics of coupled self-feedback gene expression circuits based on single-cell data
2025-Oct, Physical review. E
DOI:10.1103/4nt8-xgs6
PMID:41250383
|
研究论文 | 基于单细胞数据推断耦合自反馈基因表达回路的爆发动态 | 首次在单细胞测序数据中研究自反馈爆发动态,提出耦合正负反馈基因表达回路的随机爆发模型 | 仅使用小鼠成纤维细胞数据,尚未在其他细胞类型或物种中验证 | 研究基因表达中自反馈调控对爆发动态的影响 | 小鼠成纤维细胞 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机爆发模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 147 | 2025-11-18 |
Single-Cell and Machine Learning Analysis Reveal Novel Inflammatory Macrophage Subtypes and Biomarkers in Periodontitis
2025-Oct-30, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2025.103983
PMID:41172679
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和机器学习分析牙周炎中新型炎症巨噬细胞亚型及其生物标志物 | 首次识别牙周炎相关巨噬细胞新型亚群并构建具有诊断价值的基因特征 | 研究样本量有限,主要基于体外实验验证 | 探索牙周炎中巨噬细胞异质性及其诊断价值 | 牙周炎患者和健康对照者的牙龈组织 | 机器学习 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 牙周炎患者和健康对照的牙龈组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-11-18 |
Single-cell transcriptomic and genomic changes in the ageing human brain
2025-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09435-8
PMID:40903571
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了人类前额叶皮层从婴儿期到百岁老人整个生命周期中的基因表达和基因组变化 | 首次结合单核RNA测序、单细胞全基因组测序和空间转录组学技术,系统揭示人类大脑衰老过程中的转录组和基因组动态变化 | 研究主要聚焦前额叶皮层,未涵盖其他脑区;样本年龄跨度大但具体样本数量未明确说明 | 探索人类大脑发育和衰老过程中的关键分子机制 | 人类前额叶皮层细胞 | 单细胞组学 | 老年疾病 | 单核RNA测序, 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 基因组数据, 空间表达数据 | 从婴儿到百岁老人的年龄跨度样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 149 | 2025-11-18 |
Disease-associated microglia in neurodegenerative diseases: Friend or foe?
2025-Oct, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003426
PMID:41118343
|
综述 | 本文探讨神经退行性疾病中疾病相关小胶质细胞(DAM)的动态特征、起源及其治疗潜力 | 首次系统讨论DAM是否在所有神经退行性疾病中发挥通用传感器作用 | DAM在阿尔茨海默病模型外的普适性尚未明确验证 | 阐明疾病相关小胶质细胞在神经退行性疾病中的功能角色 | 疾病相关小胶质细胞(DAM) | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2025-11-17 |
Six1-Eya1 Axis Governs Myofiber Remodeling and Fibrosis in Extraocular Myopathy: Insights from Single-Cell RNA Sequencing and Mesenchymal Stem Cell Therapy in Thyroid Eye Disease
2025-Oct-31, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14211708
PMID:41227354
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和间充质干细胞治疗,揭示了Six1-Eya1轴在甲状腺眼病眼外肌肌纤维重塑和纤维化中的调控作用 | 首次发现Six1和Eya1作为肌纤维分化和纤维化抑制的核心调控因子,并验证其在甲状腺眼病中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,需要进一步临床验证 | 探究甲状腺眼病中眼外肌肌病的分子机制和治疗策略 | 甲状腺眼病小鼠模型、正常人和TED患者的成肌细胞 | 单细胞测序分析 | 甲状腺眼病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 对照个体和TED患者的成肌细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 151 | 2025-11-17 |
Comparative Oncology: Cross-Sectional Single-Cell Transcriptomic Profiling of the Tumor Microenvironment Across Seven Human Cancers
2025-Oct-31, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17213527
PMID:41228323
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序对七种人类癌症的肿瘤微环境进行比较分析 | 首次使用单细胞RNA测序技术对七种不同癌症类型的肿瘤微环境进行跨癌种比较分析 | 基于公开数据集的分析,BC和GC癌症需要进行亚型特异性分析 | 阐明不同癌症类型中肿瘤成分的差异转录和细胞间信号特征 | 七种人类癌症:胰腺导管腺癌、肝细胞癌、食管鳞状细胞癌、乳腺癌、甲状腺癌、胃癌和结直肠癌 | 单细胞转录组学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自七种癌症类型的公开scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 152 | 2025-11-17 |
Deciphering the potential pathogeny of rare tracheal adenoid cystic carcinoma by single-cell RNA-sequencing
2025-Oct-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-2025-832
PMID:41234575
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术对罕见气管腺样囊性癌的潜在致病机制进行深入解析 | 首次在单细胞水平揭示TACC可能起源于纤毛上皮细胞,并发现间皮细胞通过MIF-CD74信号通路与巨噬细胞相互作用的新机制 | 研究样本量有限(单细胞RNA-seq仅1例患者,mIHC验证4例患者) | 阐明气管腺样囊性癌的分子特征和致病机制 | 气管腺样囊性癌患者的肿瘤组织、癌旁组织和外周血 | 数字病理学 | 气管腺样囊性癌 | 单细胞RNA测序,荧光多重免疫组化 | 生物信息学分析,伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据,免疫组化图像数据 | 1例患者进行单细胞RNA-seq,4例患者进行mIHC验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 153 | 2025-11-17 |
Single-cell RNA profiling reveals an immunosuppressive microenvironment in EGFR double-mutant non-small cell lung cancer
2025-Oct-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-2025-708
PMID:41234595
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示EGFR双突变非小细胞肺癌中的免疫抑制微环境特征 | 首次使用scFocuSCOPE平台在单细胞水平精确识别罕见突变癌细胞,并系统描述EGFR双突变NSCLC的免疫抑制特征 | 样本量相对较小,双突变病例罕见限制了大规模验证 | 阐明双突变非小细胞肺癌的免疫微环境特征及其治疗意义 | EGFR突变非小细胞肺癌患者样本和EGFR突变细胞系 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光分析 | NA | 单细胞转录组数据,免疫荧光图像 | 25例EGFR突变NSCLC样本,2例双突变患者进行时间序列分析 | NA | 单细胞RNA测序 | scFocuSCOPE | 用于单细胞水平精确识别和表征罕见突变癌细胞的测序平台 |
| 154 | 2025-11-17 |
Integrated multi-omic analysis unravels the characteristics of the metabolism-related intratumoral microbes and establishes a novel signature for predicting prognosis and therapeutic response in lung adenocarcinoma
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-357
PMID:41234824
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析揭示了肺腺癌中代谢相关瘤内微生物的特征,并建立了一个预测预后和治疗反应的新型标志物 | 首次系统识别了肺腺癌中与代谢相关的瘤内微生物,建立了基于微生物丰度的预后预测标志物,并揭示了这些微生物与肿瘤微环境的关联 | 基于公开数据集的分析,需要实验验证;样本量有限;机制研究不够深入 | 探究代谢相关瘤内微生物在肺腺癌中的特征、预后意义及其与肿瘤微环境的关系 | 肺腺癌患者样本和相关的微生物组、转录组数据 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 多组学整合分析、微生物组分析、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、Spearman相关分析、无监督聚类、Scissor算法 | 无监督聚类、预后预测模型 | 微生物组数据、转录组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微生物组分析 | NA | NA |
| 155 | 2025-11-17 |
The role of liquid-liquid phase separation in hepatocellular carcinoma: single-cell analysis and identification of prognostic biomarkers
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-726
PMID:41234822
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析构建了液-液相分离相关特征(LLPSRS)模型,用于预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应 | 首次在单细胞水平系统研究液-液相分离在肝细胞癌中的作用,并构建了9基因预后特征模型 | NA | 评估液-液相分离相关特征在肝细胞癌中的预测价值和免疫治疗反应 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,LASSO Cox回归 | 风险预测评分模型,列线图 | 单细胞RNA测序数据,转录组数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 156 | 2025-11-17 |
Bulk and single-cell transcriptomics of stomach adenocarcinoma provide prognostic insights via the application of a novel gene signature associated with manganese metabolism
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1826
PMID:41234821
|
研究论文 | 本研究通过整合TCGA数据库的RNA测序数据和临床信息,开发了一个基于锰代谢相关基因的胃腺癌预后特征模型 | 首次将锰代谢相关基因应用于胃腺癌的预后预测,并通过单细胞RNA测序验证了关键基因在特定细胞亚型中的表达模式 | 研究主要基于TCGA数据库的回顾性分析,需要进一步的前瞻性研究验证 | 探索锰代谢相关基因在胃腺癌预后评估中的作用 | 胃腺癌患者及其肿瘤组织样本 | 生物信息学 | 胃癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | 预后评分模型, 聚类分析 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA数据库中的胃腺癌样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 157 | 2025-11-17 |
Prognostic significance of key immune cell functional alterations in clear cell renal cell carcinoma
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-971
PMID:41234823
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据,识别透明细胞肾细胞癌中的关键免疫细胞并构建预后模型 | 首次系统揭示CD8+ T细胞和NK细胞在ccRCC中的功能极化状态,并建立基于10个免疫相关基因的预后特征 | 研究主要基于回顾性数据分析,需要前瞻性临床研究进一步验证 | 阐明关键免疫细胞功能状态及其在透明细胞肾细胞癌预后中的作用 | 透明细胞肾细胞癌患者和肿瘤浸润免疫细胞 | 生物信息学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习算法 | 支持向量机, LASSO, 随机森林, Cox回归 | 基因表达数据 | 训练集511例(TCGA-KIRC), 验证集101例(E-MTAB-1980) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 158 | 2025-11-17 |
Single-cell analysis revealed a diagnostic model of hepatocellular carcinoma based on cancer stem cell-related gene
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-606
PMID:41234843
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析构建了基于癌症干细胞相关基因的肝细胞癌诊断模型 | 整合单细胞RNA测序数据与DDRTree算法识别肝细胞癌中的癌症干细胞,并构建4基因预后特征模型 | 模型验证仅限于两个独立数据集,需要更大样本量的外部验证 | 建立可靠的基于癌症干细胞的肝细胞癌预后特征模型 | 肝细胞癌患者和癌症干细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 拷贝数变异分析, 多变量Cox回归 | 预后预测模型 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA-LIHC队列训练集和两个独立验证数据集(GSE14520-GPL571, GSE14520-GPL3921) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 159 | 2025-11-17 |
Bioinformatics analysis identifies ULK3 as a novel prognostic and immune-related biomarker in esophageal cancer
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-989
PMID:41234868
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析发现ULK3是食管癌的新型预后和免疫相关生物标志物 | 首次系统研究ULK3在食管癌中的表达模式、预后价值和免疫调节功能 | 主要基于生物信息学分析,需要实验验证 | 探讨ULK3在食管癌预后和肿瘤免疫中的作用 | 食管癌患者组织和相关基因表达数据 | 生物信息学 | 食管癌 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,孟德尔随机化分析 | Cox回归模型,孟德尔随机化模型 | 基因表达数据,临床数据,单细胞测序数据 | 多个GEO数据集和TCGA队列(包括96例ESCC,88例EAC等) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 160 | 2025-11-17 |
A novel manganese metabolism- and immune-related prognostic risk model for acute myeloid leukemia
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-933
PMID:41234859
|
研究论文 | 本研究构建了一个基于锰代谢和免疫相关基因的急性髓系白血病预后风险模型 | 首次结合锰代谢相关基因和免疫相关基因构建AML预后模型,并验证了其预测效能 | NA | 建立急性髓系白血病的预后风险预测模型 | 急性髓系白血病患者 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序,Cox回归分析,KEGG/GO富集分析 | Cox回归风险模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |