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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-07-29 |
New perspectives in the treatment of liver cirrhosis: targeting macrophage regulatory mechanisms
2025-10-31, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07239-y
PMID:41174741
|
综述 | 本文综述了巨噬细胞极化调控在肝硬化治疗中的核心作用与干预策略 | 首次系统阐述了巨噬细胞M1/M2极化平衡在肝纤维化逆转中的关键调控网络,并整合了从免疫调节、小分子靶向到基因工程巨噬细胞等三类前沿干预策略,提出基于单细胞测序技术的精准免疫调控新方向 | 策略临床转化仍面临极化状态动态变化和靶点特异性不足等挑战 | 探讨巨噬细胞靶向调控机制在肝硬化治疗中的应用前景,推动治疗模式从传统对症治疗向精准免疫调控转变 | 巨噬细胞极化调控机制及肝硬化治疗策略 | 机器学习和数字病理学 | 肝硬化 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 142 | 2026-07-29 |
Genome-wide association, single-cell, and spatial transcriptomics analyses reveal the role of the STK24-expressing positive cells in LUAD progression and the tumor microenvironment, identifying STK24 as a potential therapeutic target
2025-10-30, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07111-z
PMID:41168822
|
研究论文 | 通过全基因组关联研究、单细胞与空间转录组学分析揭示STK24阳性细胞在肺腺癌进展和肿瘤微环境中的作用,并确定STK24为潜在治疗靶点 | 首次整合GWAS、单细胞转录组和空间转录组数据,发现凋亡相关基因STK24及其阳性上皮细胞在肺腺癌进展中的关键作用,并构建了基于STK24的预后模型 | STK24作为潜在治疗靶点的功能验证主要在体外细胞实验中进行,缺乏体内动物模型验证以及大规模临床队列的外部验证 | 探究肺腺癌的遗传变异和分子机制,寻找新的治疗靶点 | 肺腺癌患者的基因组数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据以及LUAD细胞系 | 机器学习 | 肺癌 | 全基因组关联研究、单细胞RNA测序、空间转录组学 | CNN, LSTM, GAN, SCENIC, Monocle, CellCall, RCTD, stlearn, CellChat, Commot, Misty, STK24SuperPC | 基因型数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据、RNA-seq数据 | GWAS数据来自FinnGen、IEU OpenGWAS和GWAS Catalog数据库,单细胞和空间转录组数据来自GEO数据库,预后模型评估基于TCGA-LUAD队列 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 143 | 2026-07-29 |
Targeting lncRNA MALAT1 attenuates lenalidomide resistance via CD38 epigenetic modulation, oxidative stress-mediated cell death, and remodeling of the pro-tumor microenvironment in multiple myeloma
2025-10-30, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07252-1
PMID:41168832
|
研究论文 | 探讨长链非编码RNA MALAT1在多发性骨髓瘤来那度胺耐药中的作用及其机制 | 首次揭示MALAT1通过表观遗传调控CD38、氧化应激介导的细胞死亡及重塑促肿瘤微环境来促进来那度胺耐药 | 主要基于体外细胞实验和有限的患者样本,缺乏体内动物模型验证 | 阐明MALAT1在多发性骨髓瘤发病和来那度胺耐药中的功能及分子机制 | 多发性骨髓瘤细胞系、患者来源样本(骨髓单个核细胞) | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | RNA测序、单细胞RNA测序、反义寡核苷酸敲低、荧光显微镜、比色法和发光法检测、MILLIPLEX多重分析 | NA | 基因表达数据、测序数据、细胞成像数据、细胞代谢数据 | 多发性骨髓瘤细胞系及患者骨髓单个核细胞样本 | Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序和批量RNA测序用于转录组分析 |
| 144 | 2026-07-29 |
SpateCV: cross-modality alignment regularization of cell types improves spatial gene imputation for spatial transcriptomics
2025-10-29, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07245-0
PMID:41162996
|
研究论文 | SpateCV通过条件变分自编码器正则化单细胞RNA测序与空间转录组数据的细胞类型对齐,提升空间基因插补性能 | 提出SpateCV模型,利用聚类损失显式正则化两种数据中相似细胞的嵌入对齐,从而在共享潜在空间中实现跨模态对齐 | NA | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据,改善空间基因表达插补,揭示组织结构和细胞异质性 | 来自十二个数据集的细胞类型及组织切片中的空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 包含十二个数据集的样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 145 | 2026-07-29 |
Panmim: a resource of pan-cancer metastasis immune microenvironment
2025-10-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06484-5
PMID:41152997
|
研究论文 | 开发了一个名为Panmim的泛癌转移免疫微环境综合资源数据库 | 首次整合来自不同起源的转移性癌症单细胞RNA-seq数据集,覆盖14个转移部位和36种原发癌症类型,提供细胞水平比较分析 | 未明确说明局限性,但可能受限于已有公开数据集的质量和覆盖范围 | 研究转移性肿瘤的免疫微环境,促进对癌症转移分子机制和细胞异质性的理解 | 转移性癌症及其微环境中的免疫细胞 | 数字病理学 | 泛癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 90个单细胞RNA-seq数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 146 | 2026-07-29 |
Which dominates recurrence: tumor or microenvironment?
2025-10-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07193-9
PMID:41152880
|
研究论文 | 本研究结合机器学习方法分析肺鳞状细胞癌复发中肿瘤内在因素和肿瘤微环境的作用 | 利用单细胞RNA测序和机器学习整合分析,识别出高MKI67 Tregs等免疫细胞亚型作为复发关键驱动因素,并首次将病理缓解率(PRR)和Treg_MKI67表达作为预后预测标志物 | 样本量有限(119例患者),且数据来源单一,可能限制结论的泛化性 | 探究肺鳞状细胞癌复发中肿瘤内在因素与肿瘤微环境的主导作用 | 119例肺鳞状细胞癌患者的生存元数据和51种免疫细胞亚型比例数据 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 数值型数据(免疫细胞比例和生存数据) | 119例肺鳞状细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 147 | 2026-07-26 |
Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific molecular and genetic associations with primary open-angle glaucoma
2025-10-10, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02438-x
PMID:41068080
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 148 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing analysis of mouse cochlea identifies a novel proinflammatory CD74+CD14+ macrophage subset in mice with age-related and noise-induced hearing loss
2025-10, Hearing research
IF:2.5Q1
DOI:10.1016/j.heares.2025.109376
PMID:40743638
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠耳蜗免疫细胞,发现与年龄相关和噪声性听力损失相关的促炎性CD74+CD14+巨噬细胞亚群 | 首次在年龄相关和噪声性听力损失中鉴定出CD74+CD14+巨噬细胞亚群,并揭示其与螺旋神经节神经元的增强细胞通讯 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究年龄相关和噪声性听力损失中耳蜗免疫微环境的变化 | 小鼠耳蜗免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 149 | 2026-07-23 |
Mapping Macrophage Diversity in Coats' Disease: A Lipid-Associated Subset in the Pathogenesis of Exudative Retinopathy
2025-10-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.13.19
PMID:41065482
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序首次描绘Coats病视网膜微环境的细胞图谱,揭示脂质相关巨噬细胞在渗出性视网膜病变发病机制中的关键作用 | 首次构建Coats病视网膜微环境单细胞图谱,鉴定出脂质相关巨噬细胞亚群及其由吞噬向炎症和胞外基质重塑的功能转变,并发现ABCA1为核心的调控模块 | 样本量有限,仅来自一名Coats病患者,且未涉及正常对照视网膜组织 | 探究Coats病渗出性视网膜病变的细胞和分子机制 | Coats病患者及增殖性玻璃体视网膜病变对照患者的视网膜前膜和玻璃体样本中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1例Coats病患者和4例增殖性玻璃体视网膜病变对照患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2026-07-13 |
Early developmental neuronal activity inhibits oligodendrocyte differentiation through AMPA receptor activation
2025-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.683139
PMID:41279286
|
研究论文 | 本研究探讨早期神经元活动通过AMPA受体激活抑制少突胶质细胞分化 | 首次发现发育早期神经元活动抑制而非促进少突胶质细胞分化,并揭示AMPAR信号是关键调节因子 | 研究仅限于小鼠模型,且主要关注感觉诱发和化学遗传调控的神经元活动 | 探究发育早期神经元活动如何影响少突胶质细胞成熟 | 小鼠嗅球、体感皮层和胼胝体中的少突胶质细胞及神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠组织样本,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 151 | 2026-07-13 |
Rethinking large-scale phylogenomics with EukPhylo v.1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages
2025-10-08, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01770-25
PMID:40862604
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研究论文 | 介绍EukPhylo v.1.0,一个模块化、用户友好的管道,用于通过系统发育信息进行数据筛选和分析多种真核生物谱系 | EukPhylo v.1.0 提供基于系统发育信息的污染去除、同源基因家族估计和多序列比对及基因树生成的模块化管道,并包含约15000个古代基因家族的Hook数据库,易于替换,提升了系统发育基因组分析的可重复性和灵活性 | 主要依赖单细胞测序数据,对于不可培养微生物谱系,污染问题仍然存在;最终树挑战了某些文献假说(如CRuMs、Obazoa、Diaphoretickes),需要更多数据验证 | 改进微生物真核生物的系统发育基因组分析,特别是不可培养谱系的数据筛选和污染去除 | 1000种多样真核生物、细菌和古菌中的500个保守基因家族 | 机器学习 | NA | 系统发育基因组分析、单细胞测序 | NA | 序列数据 | 1000种物种(包括真核生物、细菌和古菌)的500个保守基因家族 | NA | NA | NA | NA |
| 152 | 2026-07-05 |
PFKFB3 Promotes Myofibroblast Differentiation and Cardiac Fibrosis Through its Intra- and Extra- Cellular Roles
2025-10, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-025-10688-x
PMID:41166052
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研究论文 | 本研究揭示了PFKFB3通过细胞内糖酵解调控和细胞外信号双重作用促进心脏纤维化的机制 | 首次发现PFKFB3通过细胞内糖酵解调控和细胞外信号双重驱动心脏纤维化,并揭示其作为治疗靶点的转化潜力 | NA | 阐明PFKFB3在心脏纤维化发病机制中的角色及其潜在治疗价值 | 小鼠模型(异丙肾上腺素和冠状动脉结扎诱导)和心肌病患者 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、Western blot、ELISA | NA | 转录组数据、蛋白质表达数据 | 小鼠模型(异丙肾上腺素和冠状动脉结扎诱导)以及心肌病患者血浆样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统用于分析心肌病中激活的心脏肌成纤维细胞 |
| 153 | 2026-07-04 |
Single-cell transcriptomics of cervical lymph node tuberculosis reveals cellular heterogeneity and enhanced cellular communication
2025-10-21, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-025-00763-y
PMID:41120826
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研究论文 | 利用单细胞转录组学分析宫颈淋巴结结核,揭示免疫细胞异质性和增强的细胞间通讯 | 首次对活动性结核感染淋巴结进行配对单细胞RNA测序,揭示细胞类型特异性转录重编程和细胞间相互作用网络 | 样本量较小(5例患者),缺乏功能验证实验,未探讨治疗干预效果 | 解析结核分枝杆菌感染宫颈淋巴结的局部免疫微环境及细胞间通讯机制 | 5例宫颈淋巴结结核患者的结核阳性肿大淋巴结和邻近正常淋巴结 | 单细胞转录组学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | CellChat | 基因表达数据 | 5例患者的配对淋巴结样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 154 | 2026-06-30 |
eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis
2025-10, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC
PMID:40126452
|
研究论文 | 本研究探讨eNAMPT作为人类和小鼠肺纤维化新型DAMP及治疗靶点的作用 | 首次证明eNAMPT中和抗体ALT-100在人类和小鼠肺纤维化中的治疗潜力,并揭示其逆转肺泡II型上皮细胞扩增及内皮/上皮-间质转化的机制 | 仅基于体外和小鼠模型,缺乏大规模临床试验验证;未明确eNAMPT/TLR4信号通路在其他纤维化疾病中的通用性 | 评估eNAMPT作为特发性肺纤维化治疗靶点的可行性 | 人类IPF患者血液、PBMC和肺组织;博来霉素诱导的C57Bl6小鼠肺纤维化模型 | 机器学习 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 未见明确模型类型 | 基因表达数据、组织学图像 | 人类IPF患者样本(具体数量未说明);小鼠模型(C57Bl6小鼠) | 未见明确 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 未见明确 | NA |
| 155 | 2026-06-30 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies a Unique Macrophage Population in a Mouse Model of Ozone-induced Asthma Exacerbation
2025-10, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0358OC
PMID:40106801
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序鉴定小鼠臭氧诱导哮喘加重模型中独特的巨噬细胞群体 | 首次通过单细胞RNA测序无偏分析臭氧暴露后过敏性肺部炎症中的免疫细胞群,发现与臭氧诱导气道高反应性相关的独特巨噬细胞和单核细胞亚群 | NA | 探究臭氧吸入触发哮喘气道高反应性的免疫细胞机制 | 小鼠肺部免疫细胞,特别是肺泡巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞测序 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 156 | 2026-06-29 |
Molecular mechanisms underlying the co-pathogenesis of abdominal aortic aneurysm and rheumatoid arthritis: evidence based on bioinformatics analysis and clinical data
2025-Oct-09, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02236-y
PMID:41068798
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研究论文 | 通过生物信息学和临床数据综合分析腹主动脉瘤与类风湿关节炎的共同发病机制 | 首次利用单细胞RNA测序数据和临床样本验证ITK和单核细胞在两种疾病共病中的关键作用 | 未提供具体研究限制信息,但可推断基于公共数据库和临床样本的验证可能缺乏功能实验验证 | 分析腹主动脉瘤和类风湿关节炎的共同发病机制 | 腹主动脉瘤和类风湿关节炎的转录组数据及临床患者血液样本 | 生物信息学 | 心血管疾病,自身免疫病 | 微阵列芯片,单细胞RNA测序,免疫细胞浸润分析 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 629例临床患者外周血样本 | NA | 微阵列芯片,单细胞RNA测序 | NA | GEO数据库获取的微阵列和单细胞RNA测序数据集 |
| 157 | 2026-06-26 |
The involvement of microglia and the CXCL16-CXCR6 axis in the recruitment of CD8+ T cells to an amyloidogenic mouse brain
2025-Oct-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-22137-5
PMID:41174156
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研究论文 | 研究了小胶质细胞和CXCL16-CXCR6轴在招募CD8+ T细胞到淀粉样变性小鼠大脑中的作用 | 揭示了CXCL16-CXCR6轴在AD病理下招募CD8+ T细胞中的潜在作用,并发现PLX5622敏感的小胶质细胞在招募过程中并非必需 | PLX5622处理后,耐药性小胶质细胞或其他脑驻留髓系细胞补偿性表达Cxcl16,可能掩盖了关键机制;未来需体内分析进一步解析机制 | 探究小胶质细胞和CXCL16-CXCR6轴在CD8+ T细胞招募到AD模型小鼠大脑中的作用 | APP/PS1小鼠和野生型小鼠的脑组织,以及体外培养的永生化和原代小鼠细胞 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 公开单细胞RNA测序数据集;APP/PS1小鼠和野生型小鼠;体外永生化和原代细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 158 | 2026-06-20 |
Macrophage EHD1 promotes inflammation and stabilizes sortilin to accelerate atherosclerosis
2025-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.27.684958
PMID:41279772
|
研究论文 | 该研究揭示了巨噬细胞中EHD1蛋白通过促进炎症反应和稳定分拣蛋白(sortilin)加速动脉粥样硬化的作用机制 | 首次发现EHD1在巨噬细胞中通过调控TNFR2内吞循环和稳定retromer的逆向运输货物sortilin来促进炎症反应,从而加速动脉粥样硬化进展 | 未提及 | 探索EHD1在巨噬细胞免疫反应中的作用及其对动脉粥样硬化进展的贡献 | 小鼠和人类动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞 | 机器学习 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类斑块样本(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 159 | 2026-06-20 |
Single-cell sequencing reveals distinct peripheral immune responses in anti-MDA5 antibody positive dermatomyositis with rapidly progressive interstitial lung disease
2025-10-08, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-025-03639-z
PMID:41063280
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序揭示抗MDA5抗体阳性皮肌炎伴快速进展间质性肺病的外周免疫反应特征 | 首次通过单细胞RNA测序揭示MDA5+ DM伴RPILD患者外周血单个核细胞的免疫景观,发现抗病毒反应增强和MHC-II信号通路在CD4+幼稚T细胞中缺失 | 样本量较小(每组3-4例),且仅为外周血样本分析,未涉及组织或纵向时间点研究 | 探索MDA5+ DM伴RPILD的外周免疫机制,寻找潜在治疗靶点 | 抗MDA5抗体阳性皮肌炎伴快速进展间质性肺病患者 | 单细胞组学 | 自身免疫性疾病(皮肌炎伴间质性肺病) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10例(4例RPILD,3例非RPILD,3例健康对照) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 160 | 2026-06-18 |
IL-6+ fibroblasts contribute to shaping the pro-inflammatory microenvironment in severe periodontitis after non-surgical periodontal therapy
2025-Oct-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07132-8
PMID:41094591
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研究论文 | 揭示非手术牙周治疗后重度牙周炎残余深袋中IL-6+成纤维细胞促进促炎微环境形成的作用 | 首次发现非手术牙周治疗后重度牙周炎残余深袋中IL-6+成纤维细胞富集,并揭示其与FCN1+巨噬细胞的相互作用通过缺氧微环境驱动持续性炎症和骨吸收,为靶向治疗提供新见解 | 未明确提及 | 探索非手术牙周治疗后重度牙周炎残余深袋的细胞组成和分子环境,为靶向治疗提供关键见解 | 重度牙周炎患者(非手术牙周治疗后)和健康捐赠者的牙周组织 | 机器学习 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 多重免疫组化免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |