单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 594 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
101	2026-03-23	A novel ZIKV-targeted scRNA-seq method for precise quantification of ZIKV RNA 2025-10-23, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01114-25 PMID:40990513	研究论文	本研究开发了一种新型的寨卡病毒靶向单细胞RNA测序方法，用于在单个细胞中精确定量寨卡病毒RNA	开发了一种针对缺乏poly(A)尾的寨卡病毒RNA的新型靶向scRNA-seq方法，克服了现有技术难以检测此类病毒的局限，并在检测外源性细胞方面显示出更高效率	研究仅在免疫健全的乳鼠脑部感染模型中进行，样本采集时间点单一（感染后10天），未涵盖其他组织或更广泛的感染时间动态	开发一种能够精确定量单个细胞内寨卡病毒RNA的测序方法，并鉴定寨卡病毒感染的关键易感细胞类型	寨卡病毒感染的免疫健全乳鼠脑组织细胞	数字病理学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	寨卡病毒感染及对照的乳鼠脑组织样本（具体数量未明确说明）	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Genomics scRNA-seq（具体配置未详述，作为对比方法使用）
102	2026-03-21	Integrated spatial and single-cell transcriptomics reveal PAK kinase as a therapeutic target in fibroblastic foci and dense fibrosis of idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Oct, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00022-2025 PMID:40675771	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了特发性肺纤维化中PAK激酶作为治疗靶点，特别是在成纤维细胞灶和致密纤维化区域	首次结合单细胞RNA测序与空间转录组学，识别出在成纤维细胞灶和致密纤维化区域富集的新型肌成纤维细胞群，并发现PAK2激酶在这些区域的激活，为IPF提供了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的验证可能有限，且PAK抑制剂在人体中的长期疗效和安全性需进一步评估	探究特发性肺纤维化中成纤维细胞灶和致密纤维化的细胞异质性及分子机制，以识别治疗靶点	特发性肺纤维化患者的肺组织样本、IPF来源的成纤维细胞以及博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确指定样本数量，但涉及人类IPF肺组织样本和小鼠模型	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
103	2026-03-18	Circulating tumor cells as predictive biomarkers in the risk stratification of DCIS: Evidence of early dissemination 2025-Oct-31, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adz0187 PMID:41160699	研究论文	本研究探讨循环肿瘤细胞（CTCs）作为导管原位癌（DCIS）患者风险分层生物标志物的潜力，通过单细胞RNA测序分析CTCs与匹配组织，提供早期扩散证据	首次将CTCs作为DCIS风险分层生物标志物，结合微流控技术和单细胞RNA测序揭示早期扩散和克隆进化模型	样本量较小（34例患者），需更大规模验证；种族差异仅为初步观察	改善DCIS患者风险分层，减少过度治疗	DCIS患者和健康对照的循环肿瘤细胞及匹配组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	34例DCIS患者及健康对照	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
104	2026-03-18	Integrated Transcriptomics and Single-Cell RNA Sequencing Analyses Reveal the Potential Role of Obesity-Related Genes in Polycystic Ovary Syndrome 2025-10, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-025-01968-7 PMID:40880058	研究论文	本研究通过整合转录组学和单细胞RNA测序分析，揭示了肥胖相关基因在多囊卵巢综合征中的潜在作用，并鉴定了五个潜在的诊断生物标志物	首次通过整合公共数据库的差异表达基因、关键模块基因和肥胖相关基因，结合机器学习筛选，鉴定出CPT1A等五个PCOS诊断生物标志物，并利用单细胞分析明确了GSTP1和上皮细胞在PCOS早期发展中的关键作用	研究基于公共数据库数据，缺乏独立队列验证；单细胞分析的具体样本来源和实验细节未明确说明	阐明肥胖相关基因在多囊卵巢综合征发病机制中的作用，并寻找可靠的诊断生物标志物	多囊卵巢综合征患者与对照组的基因表达数据	生物信息学	多囊卵巢综合征	转录组学分析，单细胞RNA测序，机器学习	机器学习（具体模型未指定），列线图	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
105	2026-03-17	Single-cell and bulk transcriptomic analyses reveal ITGA5-driven epithelial-mesenchymal transition and metabolic adaptation in thyroid cancer 2025-10-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152678 PMID:40992268	研究论文	本文通过单细胞和批量转录组分析揭示了ITGA5驱动的上皮-间质转化和代谢适应在甲状腺癌中的作用	首次结合单细胞RNA测序和批量转录组数据，系统性地研究了ITGA5在甲状腺癌中的功能，并揭示了其通过激活上皮-间质转化和肿瘤微环境重塑促进肿瘤侵袭性的新机制	研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏体内动物模型验证，且临床样本来源有限，可能无法完全反映肿瘤异质性	探究ITGA5在甲状腺癌进展中的分子机制及其与患者预后的关联	甲状腺癌组织样本、BCPAP和8505C甲状腺癌细胞系	数字病理学	甲状腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, GO分析, 通路分析	NA	转录组数据, 单细胞数据	TCGA数据库中的甲状腺癌样本及体外培养的细胞系	NA	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	NA
106	2026-03-17	Single-cell mapping of TMZ-resistant glioma reveals CXCL2/3-CXCR2-associated neutrophil communication 2025-10-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152706 PMID:41016335	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了替莫唑胺耐药胶质瘤中CXCL2/3-CXCR2信号轴介导的肿瘤细胞与中性粒细胞通讯机制	首次在单细胞水平上绘制了TMZ耐药胶质瘤的微环境图谱，并发现了一个独特的CXCL2/3-CXCR2趋化轴介导的肿瘤-中性粒细胞通讯回路	研究主要基于转录组数据分析，功能验证实验相对有限，且未在体内模型中充分验证CXCR2抑制的治疗效果	探究胶质母细胞瘤中替莫唑胺耐药的微环境机制	胶质瘤细胞（包括TMZ耐药和对照细胞）及肿瘤微环境中的免疫细胞（特别是中性粒细胞）	单细胞转录组学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	基于已发表的大规模单细胞RNA-seq数据集进行分析	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
107	2026-03-17	Mechanistic insights into iguratimod action in asthma-COPD overlap through multi-omics and in-silico modelling 2025-10-10, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152673 PMID:40976228	研究论文	本研究通过整合生物信息学方法，分析哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠（ACO）的基因表达数据，结合分子对接和动力学模拟，探讨了艾拉莫德（IGU）在ACO中的作用机制	首次将多组学（批量与单细胞RNA测序）与计算机模拟（分子对接和动力学模拟）相结合，系统研究了艾拉莫德在ACO中的潜在治疗靶点和作用机制	研究主要基于公共数据库的基因表达数据，缺乏实验验证，且分子动力学模拟时间较短（200纳秒），可能无法完全反映长期动态行为	探究艾拉莫德在哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠（ACO）中的分子作用机制，识别关键靶点基因	哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠（ACO）相关的基因表达数据，以及艾拉莫德（IGU）小分子药物	生物信息学	哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠（ACO）	批量RNA测序，单细胞RNA测序，分子对接，分子动力学模拟	NA	基因表达数据	NA	NA	批量RNA-seq，单细胞RNA-seq	NA	NA
108	2026-03-16	Psychological stress and social support are associated with opposing single-cell pro-inflammatory gene regulatory mechanisms in adults 2025-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.10.14.682318 PMID:41278935	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和染色质可及性分析，探讨了心理压力和社会支持对成年人外周血单个核细胞中促炎基因调控机制的影响	首次在单细胞水平上揭示了心理压力和社会支持如何通过不同的转录因子调控机制影响免疫基因表达，特别是干扰素信号通路	研究样本仅限于165名非裔美国成年人，年龄范围较窄（50-89岁），可能限制了结果的普适性	探究心理压力和社会支持如何通过分子机制调节免疫系统的炎症反应	165名自我报告的非裔美国成年人（年龄50-89岁）的外周血单个核细胞	单细胞组学	炎症相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据，单细胞表观基因组数据	165名成年人	NA	单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq	NA	NA
109	2026-03-14	Integrative scATAC-seq and mtDNA mutation analysis reveals disease-driven regulatory aberrations in AML 2025-10-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.07.009 PMID:40781032	研究论文	本文通过整合scATAC-seq和线粒体DNA突变分析，揭示了急性髓系白血病（AML）中疾病驱动的调控异常	开发并应用了线粒体单细胞ATAC-seq（mtscATAC-seq）技术，结合单细胞RNA-seq，构建了单细胞造血参考图谱，并利用内部算法cisGRN分析了顺式调控元件动态，发现了WT1锌指结构域突变与染色质可及性降低及靶基因下调的关联，以及早期出现的CRE突变通过引入CEBPB结合基序促进AML增殖的新机制	NA	研究急性髓系白血病（AML）的进展机制并识别预后生物标志物，以改善治疗结果	急性髓系白血病（AML）细胞	数字病理学	急性髓系白血病	线粒体单细胞ATAC-seq（mtscATAC-seq），单细胞RNA-seq，线粒体DNA追踪，机器学习建模	机器学习模型	单细胞染色质可及性数据，单细胞转录组数据，线粒体DNA突变数据	NA	NA	单细胞ATAC-seq，单细胞RNA-seq	NA	NA
110	2026-03-10	Machine learning predictions from unpredictable chaos 2025-Oct, Journal of the Royal Society, Interface DOI:10.1098/rsif.2025.0441 PMID:41027482	研究论文	本文提出了一种名为混沌学习的新型多尺度拓扑范式，首次实现了从混沌系统中进行准确预测	首次引入混沌学习，通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入交互式混沌动力系统，并调制其动态行为以实现准确预测	NA	探索混沌系统的可预测性，并开发一种能够从混沌中提取物理属性的新学习范式	28个数据集，包括脑波、蛋白质基准数据、单细胞RNA测序数据和图像数据，以及Lorenz和Rossler吸引子两种混沌动力系统	机器学习	NA	单细胞RNA测序	混沌学习范式	脑波数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	28个数据集	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
111	2026-03-10	Nephrobase Cell+: Multimodal Single-Cell Foundation Model for Decoding Kidney Biology 2025-Oct-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.30.679471 PMID:41256511	研究论文	本研究开发了首个专注于肾脏的大型基础模型Nephrobase Cell+，用于解码肾脏生物学	首次构建了肾脏特异性的大型基础模型，通过器官规模的多模态预训练和专门的Transformer架构，实现了跨物种、跨模态的高保真表示学习	模型主要针对四种哺乳动物物种，可能无法完全覆盖所有肾脏细胞类型或疾病状态	开发一个统一的、高保真的肾脏生物学表示模型，以提升单细胞分析能力	人类、小鼠、大鼠和猪的肾脏单细胞和单核转录组及空间转录组数据	机器学习	肾脏疾病	scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq, 空间转录组学	Transformer-based encoder-decoder with gene-token cross-attention and mixture-of-experts	单细胞和单核转录组、表观基因组及空间转录组数据	约39.5百万个单细胞和单核图谱，来自4,319个样本	NA	单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学	NA	NA
112	2026-03-08	Advances in Epigenomic Sequencing and Their Applications in Cancer Diagnostics 2025-Oct-27, Precision chemistry DOI:10.1021/prechem.5c00014 PMID:41170156	综述	本文综述了表观基因组测序技术的进展及其在癌症诊断中的应用	强调了表观基因组测序技术与多组学技术的整合，以及其在癌症诊断中的临床应用潜力	讨论了表观基因组测序技术在临床常规诊断中面临的挑战和限制	推动表观基因组测序技术在精准医学中的进展	癌症的表观基因组特征，包括DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质可及性	NA	癌症	表观基因组测序，包括bulk测序、单细胞测序和空间工具	NA	NA	NA	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学技术	NA	NA
113	2026-03-06	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Oct-16, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx3800 PMID:40705858	研究论文	本文介绍了一种基于prime editing的进化谱系追踪技术PEtracer，用于高分辨率空间映射细胞状态和谱系动态	开发了PEtracer技术，结合单细胞测序和多模态成像，能在组织中高分辨率同时分析细胞状态和谱系	NA	研究发育和疾病中细胞命运决定的时空动态	小鼠肿瘤转移模型中的细胞	数字病理学	肿瘤转移	prime editing, MERFISH空间转录组分析	NA	空间转录组数据, 成像数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
114	2026-03-06	Endothelial type I interferon signaling modulates the vascular response to ischemic brain injury 2025-Oct-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.09.675258 PMID:41000728	研究论文	本研究揭示了内皮细胞I型干扰素信号在调节缺血性脑损伤后血管正常化中的关键作用	首次在人和小鼠缺血性卒中组织中鉴定出独特的脑内皮细胞I型干扰素特征，并证明内皮IFN1信号通过调节VEGF信号促进血管正常化	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且具体分子机制细节有待进一步阐明	探究免疫和发育信号通路如何协调缺血性卒中后的血管正常化过程	人类和小鼠的缺血性脑卒中组织、脑内皮细胞	数字病理	心血管疾病	单细胞转录组学、BBB功能测定	NA	转录组数据、功能实验数据	未明确指定具体样本数量，涉及人类和小鼠缺血性卒中组织	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
115	2026-03-06	Human airway epithelial B-cell activating factor is reduced in early life but is virally induced via JAK/STAT 2025-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.04.034 PMID:40409377	研究论文	本研究探讨了人类气道B细胞在生命早期的发育动态，以及气道上皮细胞（AECs）产生的B细胞活化因子（BAFF）在病毒感染下的诱导机制	首次揭示了人类婴儿气道上皮细胞中BAFF的产生受I型和III型干扰素通过JAK/STAT信号通路诱导，并阐明了该机制在病毒感染时对气道B细胞早期成熟的关键作用	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据分析，体内验证样本可能有限，且未详细探讨不同病毒类型对BAFF诱导的差异性影响	探究人类气道B细胞在生命早期的发育动态及其与气道上皮细胞的相互作用，特别是病毒感染如何影响B细胞生存和成熟因子的产生	人类气道B细胞和气道上皮细胞（AECs），重点关注婴儿（<12个月）和较大儿童	单细胞组学	呼吸道病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq），PCR，体外病毒刺激实验	NA	单细胞转录组数据，体外细胞培养数据，临床样本数据	涉及多个儿科年龄组的气道样本，具体数量未在摘要中明确	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
116	2026-03-06	Single-Cell Transcriptome Patterns of Transposable Elements in Alzheimer's Disease 2025-Oct, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05140-9 PMID:40537665	研究论文	本研究通过分析阿尔茨海默病患者前额叶皮质的单核RNA测序数据，揭示了不同脑细胞类型中转座子转录本的特异性表达模式及其与疾病病理的关联	首次在单细胞/单核分辨率下系统描述了阿尔茨海默病大脑中不同细胞类型的转座子转录本动态变化，并发现反转录转座子转录本在兴奋性神经元中随病理进展增加最显著	研究主要基于前额叶皮质样本，未涵盖其他脑区；单核RNA测序可能无法完全捕获细胞质中的转座子转录本	探究阿尔茨海默病大脑中不同细胞类型转座子转录本的特异性表达模式及其与疾病病理的关联	阿尔茨海默病患者前额叶皮质的单核RNA测序数据	单细胞转录组学	阿尔茨海默病	单核RNA测序，bulk RNA测序	NA	RNA测序数据	143,951个细胞	NA	单核RNA测序，bulk RNA测序	NA	NA
117	2026-03-05	Spatial analysis reveals the cellular microenvironments and mechanisms of inflammation and kidney injury in acute interstitial nephritis 2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.10.29.684811 PMID:41278888	研究论文	本研究利用高分辨率成像质谱流式细胞术和单细胞空间转录组学分析急性间质性肾炎（AIN）患者肾活检组织，揭示了其独特的免疫微环境和分子机制	首次通过空间多组学技术系统解析AIN的细胞微环境，发现CXCL9-CXCR3轴是AIN的特异性免疫特征，并鉴定出烟酰胺磷酸核糖转移酶（NAMPT）在协调代谢-炎症微环境中的关键作用	样本量相对有限，且为横断面研究，未能验证潜在治疗靶点的临床疗效	阐明急性间质性肾炎的发病机制并识别潜在治疗靶点	人类肾活检组织（包括AIN、非免疫性急性肾小管损伤及对照组织）	数字病理学	肾脏疾病	成像质谱流式细胞术，单细胞空间转录组学	空间分析模型	空间多组学数据（蛋白质+转录组）	人类肾活检组织样本（具体数量未明确说明）	NA	单细胞空间转录组学	NA	NA
118	2026-03-04	Single-cell analysis identifies PI3+S100A7+keratinocytes in early cervical squamous cell carcinoma with HPV infection 2025-Oct-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003795 PMID:40947786	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在早期宫颈鳞状细胞癌中鉴定出与HPV感染相关的PI3+S100A7+角质形成细胞，并揭示了其与肿瘤微环境中巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞的相互作用	首次在早期HPV阳性宫颈鳞状细胞癌中鉴定出PI3+S100A7+角质形成细胞亚群，并系统揭示了该细胞亚群与巨噬细胞之间的空间邻近性和信号通路互作，以及不同HPV亚型（如HPV16与HPV66）驱动的独特肿瘤促进机制	样本量较小（仅4例患者），且研究聚焦于早期肿瘤，未涵盖晚期或转移性病例	探究HPV感染在早期宫颈鳞状细胞癌发生发展中的作用机制，特别是肿瘤微环境中细胞异质性和细胞间互作	早期宫颈鳞状细胞癌患者的肿瘤组织及配对癌旁组织	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序，病毒序列比对，轨迹分析，免疫荧光染色，CIBERSORTx分析	NA	单细胞转录组数据，临床预后数据，免疫荧光图像数据	4例早期宫颈鳞状细胞癌患者的肿瘤及配对癌旁组织	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Genomics平台（具体配置未在摘要中说明，推断为10x Chromium单细胞3'基因表达解决方案）
119	2026-03-02	Profibrotic monocyte-derived alveolar macrophages as a biomarker and therapeutic target in systemic sclerosis-associated interstitial lung disease 2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.07.669006 PMID:40832362	研究论文	本文探讨了系统性硬化症相关间质性肺病中促纤维化单核来源肺泡巨噬细胞作为生物标志物和治疗靶点的作用	首次在SSc-ILD患者中通过流式细胞术和单细胞RNA测序分析BAL液中的MoAM和间质巨噬细胞，并发现其丰度与肺纤维化严重程度相关	样本量较小（仅9名SSc-ILD患者和13名健康对照），且为前瞻性研究，需更大规模验证	评估MoAM在SSc-ILD中的生物标志物潜力和治疗靶点价值	SSc-ILD患者和健康对照的BAL液样本及肺移植组织	数字病理学	间质性肺病	流式细胞术, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	细胞计数数据, 转录组数据, 空间转录组数据	9名SSc-ILD患者和13名健康对照的BAL液样本，以及SSc-ILD肺移植组织	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
120	2026-02-27	GreenCells: A comprehensive resource for single-cell analysis of plant lncRNAs 2025-10, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110678 PMID:40912654	研究论文	本文介绍了GreenCells数据库，一个专门用于在单细胞水平探索植物长非编码RNA的综合资源	开发了首个专注于植物lncRNA的单细胞分析数据库，整合了多物种数据并识别了lncRNA标记基因及共表达网络	NA	研究植物lncRNA在单细胞分辨率下的表达和功能	八种植物物种的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA