单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202510-202510] [清除筛选条件]
当前共找到 627 篇文献,本页显示第 81 - 100 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2026-09-04
NFATc1 regulates LAG3+CD8+ T cells in the spleen of mice infected with Plasmodium yoelii NSM
2025-10, PLoS neglected tropical diseases IF:3.4Q1
研究论文 该研究探讨了疟原虫感染小鼠脾脏中LAG3+CD8+ T细胞的功能增强,并发现NFATc1通过结合LAG3启动子正向调控其表达 首次揭示LAG3+CD8+ T细胞在抗疟免疫中发挥增强功能,并阐明NFATc1作为转录因子调控LAG3表达的机制 未提供具体局限性信息,需要查阅全文获取 探究LAG3+CD8+ T细胞在抗疟免疫中的作用及NFATc1对其LAG3表达的调控机制 感染约氏疟原虫NSM的C57BL/6小鼠脾脏CD8+ T细胞 免疫学、单细胞转录组学 疟疾 流式细胞术、单细胞RNA测序、双荧光素酶报告基因、siRNA敲低 NA 单细胞转录组数据、流式数据、报告基因数据 C57BL/6小鼠(具体数量未提供) 10x Genomics, Illumina scRNA-seq 10x Chromium, Illumina NovaSeq 10x Chromium单细胞3'测序,Illumina NovaSeq
82 2026-09-03
Bcl6 expression is associated with a distinct immune landscape and spatial transcriptome in COVID-19
2025-10-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 通过多重成像和空间转录组学分析COVID-19患者的肺引流淋巴结,探讨Bcl6表达与滤泡免疫反应及空间转录组的关系 首次在COVID-19尸检样本中通过空间转录组学揭示Bcl6表达异质性相关的滤泡和生发中心免疫景观,并发现不同Bcl6水平的组织具有不同的基因表达谱 未提供明确局限性说明 研究人类淋巴结中滤泡和生发中心免疫反应在急性病毒感染(如COVID-19)中的调控机制 COVID-19尸检的肺引流淋巴结和膈下淋巴结 空间转录组学 COVID-19 多重成像和空间转录组学 NA 空间转录组数据及多重成像数据 NA(未提供具体数量) NA 空间转录组学, 多重成像 NA NA
83 2026-09-03
Limited nasal IFN production contributes to delayed respiratory virus clearance and suboptimal vaccine responses
2025-10-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 利用小鼠模型和单细胞RNA测序,发现鼻部干扰素产生受限导致呼吸道病毒清除延迟和疫苗反应不佳 首次揭示鼻部干扰素产生受抑导致病毒清除延迟和黏膜疫苗反应不佳的机制 基于小鼠模型和有限的患者样本,可能不完全代表人类自然感染情况 探究鼻部干扰素反应在呼吸道病毒感染和疫苗反应中的作用 人类偏肺病毒(HMPV)感染的小鼠模型及COVID-19患者的上呼吸道样本 机器学习 呼吸道感染 单细胞RNA测序 不适用 基因表达数据 小鼠和COVID-19患者样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 单细胞RNA测序
84 2026-09-03
Conserved interactions with stromal and immune cells coordinate de novo B cell lymphopoiesis in fetal intestines
2025-10-08, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序等技术,揭示小鼠和人类胎儿小肠中B细胞淋巴生成的保守性微环境,挑战传统造血模型 首次鉴定胎儿淋巴组织诱导细胞在肠道B细胞发育中的非淋巴组织生成依赖作用,发现局部淋巴内皮细胞表达IL-7和TSLP支持B细胞分化 主要基于胎儿样本,未涉及出生后长期免疫效果的验证 探究胎儿肠道中B细胞发育的分子和细胞支架,并评估其在物种间的保守性 小鼠和人类胎儿小肠组织及B细胞前体 数字病理学 不适用 单细胞RNA测序、原位免疫荧光、空间转录组学、高维光谱流式细胞术 不适用 基因表达数据、图像 小鼠和人类胎儿肠道样本(具体数量未在摘要中说明) 10x Genomics 单细胞RNA测序、空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞RNA测序,10x Visium空间转录组学
85 2026-09-03
A mixture of attention experts-embedded flow-based generative model to create synthetic cells in single-cell RNA-Seq datasets
2025-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出了一种基于注意力专家混合嵌入的流式生成模型(MOE-FB),用于在单细胞RNA测序数据中生成合成细胞 创新性地将掩膜仿射自回归变换嵌入流式生成模型(MAF-FB),并在此基础上进一步引入注意力机制的专家混合(MOE),提出MOE-FB模型,显著提升了合成数据的生物学相关性和下游分析性能 本研究未在论文标题和摘要中明确说明局限性 开发和评估用于单细胞RNA测序数据合成的生成模型,旨在提高细胞类型识别和下游分析准确性 单细胞RNA测序数据,包括胰腺组织、外周血单核细胞及骨髓细胞数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 流式生成模型,注意力专家混合,变分自编码器,生成对抗网络,高斯混合模型 单细胞转录组数据 包含胰腺组织数据集(四个数据集整合)、PBMC68K和PBMC3K(外周血单核细胞)以及HCA-BM10K(骨髓)数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
86 2026-09-03
OCIAD2 as a novel prognostic and therapeutic biomarker for pancreatic cancer: A study based on transcriptomic signature and bioinformatics analysis
2025-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 基于转录组特征和生物信息学分析,研究发现OCIAD2是胰腺癌潜在的新型预后和治疗生物标志物 首次提出OCIAD2作为胰腺癌预后和治疗靶点,并通过单细胞测序和机制研究揭示其作用 筛选出的22个差异表达基因的功能和机制尚不清楚 探索胰腺癌预后和治疗的潜在生物标志物以改善患者预后 615个胰腺癌肿瘤组织和329个相邻正常组织 生物信息学 胰腺癌 转录组分析、单细胞测序、siRNA敲低实验、药物敏感性分析 NA 转录组数据、单细胞测序数据 615个肿瘤组织和329个相邻组织 NA NA NA NA
87 2026-09-03
Differential equation modeling of cell population dynamics in skeletal muscle regeneration from single-cell transcriptomic data
2025-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 利用单细胞转录组数据构建非线性常微分方程模型,研究骨骼肌再生过程中细胞群体的动态变化 提出了一个由9个变量和17个参数组成的非线性常微分方程模型,并通过将时间序列的scRNA-seq数据转换为每立方毫米组织细胞数进行拟合,且引入了M2巨噬细胞与卫星细胞之间的新型调控相互作用 未提及明显局限性,但可能受限于模型假设和数据校准的准确性 通过单细胞转录组数据建模,增强对骨骼肌再生中细胞间通讯如何调控细胞命运决定和群体动态的理解 骨骼肌再生过程中的肌源性细胞和免疫细胞类型,包括卫星细胞、M2巨噬细胞等 机器学习 骨骼肌再生相关疾病 单细胞RNA测序 非线性常微分方程模型 单细胞转录组数据 未提供具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
88 2026-09-02
Spatial Transcriptomics of Adipose Tissue: Technologies, Applications, and Challenges
2025-Oct-30, Journal of obesity & metabolic syndrome IF:4.7Q1
综述 本文综述了空间转录组学技术在脂肪组织研究中的应用、计算分析策略及面临的挑战,旨在揭示脂肪组织的空间细胞结构和功能 强调空间转录组学作为突破单细胞测序缺乏空间背景限制的新兴技术,能够高分辨率解析脂肪细胞亚群、基质祖细胞、免疫细胞浸润和组织重塑 未明确提及具体局限性,但可能涉及技术分辨率、成本或数据分析复杂性等未详细说明的问题 总结空间转录组学技术在脂肪组织生物学中的当前应用和潜力,并突出其在解决脂肪生成生态位、组织特异性重塑和免疫细胞相互作用等未解问题上的机会 脂肪组织中的细胞类型,包括脂肪细胞亚群、基质祖细胞、免疫细胞及组织结构 空间转录组学 代谢性疾病 空间转录组学 NA 基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
89 2026-09-02
scSTD: A Swin Transformer-Based Diffusion Model for Recovering scRNA-Seq Data
2025-10, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1
研究论文 提出scSTD,一种结合Swin Transformer和潜在扩散模型的框架,用于恢复scRNA-seq数据中的基因表达谱并去除噪声。 首次将Swin Transformer架构与潜在扩散模型结合,用于scRNA-seq数据的插补和去噪,有效克服过平滑问题并保留细胞异质性。 未在摘要中提及具体局限性,可能包括计算复杂度高或对大规模数据集的扩展性挑战。 开发一种新的插补和去噪方法,以准确恢复scRNA-seq基因表达谱,同时保持细胞景观的拓扑完整性。 单细胞RNA测序数据,包括合成和真实的scRNA-seq数据集。 机器学习 不适用 scRNA-seq Swin Transformer, 潜在扩散模型, 自编码器 基因表达数据(scRNA-seq) 不适用(未明确提及细胞或样本数量) 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
90 2026-09-02
Effects of β-catenin deficiency on adipose tissue physiology
2025-Oct, Molecular metabolism IF:7.0Q1
研究论文 本研究探讨了脂肪细胞中β-catenin缺失对白色脂肪组织基因表达和细胞间相互作用的影响,揭示了其对代谢稳态的调节作用。 首次发现脂肪细胞特异性β-catenin敲除小鼠中,雄性而非雌性表现出肥胖和胰岛素抵抗,且通过单细胞RNA测序揭示了多种基质血管细胞群的转录组变化。 未提及具体局限性。 探究脂肪细胞中Wnt/β-catenin信号缺失如何影响基因表达和脂肪组织内不同细胞类型间的相互作用,以及维持稳态的补偿机制。 脂肪细胞特异性β-catenin敲除小鼠(Ctnnb1AdKO)及其白色脂肪组织中的多种细胞类型。 细胞生物学 肥胖 bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 细胞外囊泡分离 小鼠模型(基因敲除) 基因表达数据、细胞表型数据 雄性和小鼠的Ctnnb1AdKO及对照组小鼠 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
91 2026-09-02
Liquid Biopsy-Multiomics Link Adhesion Pathway Dysregulation to Kidney Injury Severity
2025-Oct, Kidney international reports IF:5.7Q1
research paper 该研究通过液体活检多组学分析,将粘附途径失调与肾损伤严重程度联系起来 结合尿液蛋白质组学、血浆蛋白质组学和尿液沉淀单细胞转录组学,利用机器学习预测严重急性肾损伤,并揭示细胞粘附和自噬相关通路在严重AKI中的独特作用 未明确提及局限性 旨在预测严重急性肾损伤结果,并确定驱动肾损伤严重程度的细胞类型特异性机制 COVID相关和非COVID相关急性肾损伤患者的尿液和血浆样本,以及体外肾脏类器官模型 机器学习和蛋白质组学 急性肾损伤 蛋白质组学、单细胞转录组学 随机森林 蛋白质组学数据、单细胞转录组数据 169份尿液蛋白质组、437份血浆蛋白质组和40份尿液沉淀单细胞转录组样本 NA 蛋白质组学、单细胞转录组学 NA NA
92 2026-09-01
Disrupted developmental signaling induces novel transcriptional states
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究提出一种新算法DAISEE,用于整合复杂实验设计下的单细胞数据集,以识别信号扰动引起的转录状态变化,并应用于斑马鱼胚胎中MEK/ERK信号过度激活的研究。 提出了设计感知的单细胞实验整合算法DAISEE,能更有效地分离扰动响应与混杂批次效应,优于现有整合非负矩阵分解框架。 研究中未明确提及局限性。 研究信号通路扰动如何诱导异质性细胞状态产生不同转录反应,并开发计算方法整合复杂实验设计的单细胞数据。 5小时大的斑马鱼胚胎单细胞,表达优化的光转换MEK(psMEK)以全局激活ERK信号。 机器学习 NA 单细胞RNA测序 非负矩阵分解 单细胞转录组数据 多个斑马鱼胚胎样本(具体数量未提及) NA 单细胞RNA-seq NA NA
93 2026-09-01
Single-cell sequencing uncovers sensory neuron-mediated CGRP signaling as a driver of sarcoma progression
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞测序揭示感觉神经元介导的CGRP信号驱动骨肉瘤进展的机制,为治疗提供新策略 首次将单细胞测序与化学遗传学方法结合,揭示感觉神经元在骨肿瘤进展中的非疼痛功能,并利用FDA已批准的药物靶向神经抑制,展示临床转化潜力 主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限,需要进一步临床验证神经靶向治疗的安全性和有效性 探索肿瘤相关感觉神经元在骨肉瘤进展中的调控功能,并评估神经抑制疗法对肿瘤生长的影响 骨肉瘤小鼠模型及人类骨肉瘤样本,包括肿瘤细胞、肿瘤微环境细胞、感觉神经元 单细胞转录组学、肿瘤生物学、神经科学 骨肉瘤 单细胞RNA测序、化学遗传学、基因敲入小鼠、多模态多组学分析 转基因小鼠模型(TrkA敲入)、肿瘤移植模型 单细胞转录组、组织学图像、肿瘤样本多组学数据 小鼠模型若干(未提供具体数量),人类骨肉瘤样本若干(未提供具体数量) NA 单细胞RNA测序 NA NA
94 2026-09-01
An inducible model of human post-implantation development derived from primed and naive stem cells
2025-10-02, Cell stem cell IF:19.8Q1
研究论文 开发了诱导型干细胞胚胎模型(iSCBEMs),通过结合primed和naive人类多能干细胞模拟人植入后早期发育的关键特征。 通过转基因诱导naive hPSCs产生胚外细胞,与primed hPSCs组合,创建了可诱导、可重复的干细胞胚胎模型,能够模拟卡内基阶段5-6的发育特征,并追踪胚外细胞起源。 模型尚不完美,未能完全模拟自然胚胎的所有特征,存在一定的局限性。 开发一种稳健的干细胞胚胎模型,以研究人植入后早期发育过程,克服自然胚胎获取的限制。 人类多能干细胞(primed和naive)及其衍生的胚外细胞。 干细胞生物学 NA 单细胞RNA测序 干细胞胚胎模型 单细胞RNA测序数据 未提供具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
95 2026-09-01
Novel biomarkers related to mitochondrial permeability transition driven-necrosis in hypertrophic cardiomyopathy
2025-10, Journal of cardiology IF:2.5Q2
研究论文 本研究结合转录组学和孟德尔随机化分析,探索线粒体通透性转换驱动坏死相关基因在肥厚型心肌病中的作用 首次结合转录组学和孟德尔随机化分析,识别肥厚型心肌病中与线粒体通透性转换驱动坏死相关的新基因 未明确说明局限性 探讨线粒体通透性转换驱动坏死相关基因与肥厚型心肌病的关联 肥厚型心肌病相关基因及细胞类型 转录组学、单细胞测序 肥厚型心肌病 RNA-seq, scRNA-seq, 孟德尔随机化 NA 转录组数据、单细胞数据 NA NA RNA-seq, scRNA-seq NA NA
96 2026-09-01
The overexpression of HOXC6 in LUSC and pan-squamous cell carcinomas indicates the coexistence of nuclear division regulatory mechanisms
2025-Oct, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序等多种方法探讨HOXC6在肺鳞状细胞癌及其他鳞状细胞癌中的过表达及其与核分裂调控机制的关系 首次利用单细胞RNA测序在多种鳞状细胞癌中系统分析HOXC6表达,并结合功能实验和免疫微环境分析揭示其潜在作用 摘要未提及具体局限性 探讨HOXC6在肺鳞状细胞癌中的表达模式及其功能,并评估其在泛鳞状细胞癌中的潜在作用 肺鳞状细胞癌、宫颈鳞状细胞癌、食管鳞状细胞癌、喉鳞状细胞癌和口腔鳞状细胞癌样本 数字病理学 肺癌、宫颈癌、食管癌、喉癌、口腔癌 单细胞RNA测序、RNA测序、免疫组织化学、CRISPR敲除、基因集富集分析 NA 基因表达数据、图像 摘要未提供具体样本数量 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
97 2026-08-31
Spatial transcriptomics exploration of the primary neuroblastoma microenvironment in archived FFPE samples unveils novel paracrine interactions
2025-10, The Journal of pathology IF:5.6Q1
研究论文 利用空间转录组学分析存档FFPE样本中的原发神经母细胞瘤微环境,发现了新的旁分泌相互作用。 首次在存档FFPE样本中应用空间转录组学分析神经母细胞瘤,识别出空间受限的未分化癌细胞簇与巨噬细胞相互作用,以及肾上腺皮质样基质簇与癌细胞之间的信号交流。 样本量小,仅来自两名患者,且为存档FFPE样本,可能限制结果的普适性。 探索神经母细胞瘤微环境的空间异质性和局部信号动态,发现新的治疗靶点。 两名高危神经母细胞瘤患者的未经治疗和化疗后的存档FFPE肿瘤组织。 空间转录组学 神经母细胞瘤 空间转录组学 NA 空间转录组数据 2例患者,4个FFPE样本(未经治疗和化疗后各2个) NA 空间转录组学 NA NA
98 2026-08-30
Evidence from spatial transcriptomics for the mosaic hypothesis and pure cell types in the cortex
2025-Oct-28, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 本研究利用空间转录组学数据,通过统计点过程分析框架,为大脑皮层中神经元的镶嵌假说和细胞类型纯度提供了证据 开发了一种统计点过程分析框架,用于空间转录组数据,首次在皮层中跨多种兴奋性和抑制性神经元类型展示空间回避现象,并提出一种评估细胞类型纯度的金标准指标 摘要中未提及具体局限性 验证皮层中神经元的镶嵌假说,并评估细胞类型的纯度 大脑皮层中的兴奋性和抑制性神经元类型 空间转录组学 NA 空间转录组学 统计点过程模型 空间转录组数据 未提及具体样本量 NA 空间转录组学 NA NA
99 2026-08-30
Stage-specific regulation by autophagy-related transcription factors drives hematopoietic stem cell formation
2025-Oct, Autophagy IF:14.6Q1
研究论文 本研究结合单细胞RNA测序与metaTF分析,解析小鼠造血干细胞发育六个连续阶段的转录调控,发现自噬相关转录因子在不同阶段特异性调控干细胞形成 首次结合单细胞RNA测序与metaTF分析,从转录因子活性而非仅表达量角度刻画自噬在造血干细胞发育中的动态调控,并构建阶段特异性自噬相关转录因子-靶基因网络 研究仅基于小鼠模型,且未深入验证转录因子与靶基因间的直接调控关系 阐明自噬相关转录因子在造血干细胞发育过程中的阶段特异性调控机制 小鼠造血干细胞发育的六个连续阶段,包括胚胎期AGM区、胎肝及成年骨髓 单细胞转录组学 不适用 单细胞RNA测序 metaTF 单细胞基因表达数据 小鼠造血干细胞发育六个阶段(E10.5 AGM、E12.5/E14.5胎肝、成年骨髓) 不适用 单细胞RNA-seq 不适用 不适用
100 2026-08-30
The NEAT1/miR-124-3p/CCL2 axis in chronic kidney disease progression: integrated bioinformatics analysis and experimental validation
2025-10, Epigenomics IF:3.0Q2
研究论文 本研究通过综合生物信息学分析和实验验证,揭示了NEAT1/miR-124-3p/CCL2轴在慢性肾脏病进展中的作用,并鉴定了潜在的新型诊断生物标志物和治疗靶点。 首次整合GEO数据集分析、PPI网络、ceRNA网络预测、单细胞测序和体外实验,系统验证了NEAT1/miR-124-3p/CCL2轴在慢性肾脏病中的调控机制,并发现血清CCL2、miR-124-3p和NEAT1可作为疾病分期的诊断标志物。 生物信息学和临床队列的样本量适中,可能限制结果的普遍性。 识别慢性肾脏病的新型诊断生物标志物和治疗靶点,并探索其潜在调控机制。 慢性肾脏病患者及健康对照血清样本、TCMK1细胞(TGF-β1处理的EMT模型)、GEO数据集GSE137570。 生物信息学 慢性肾脏病 (未明确,但涉及)基因表达谱分析、单细胞测序、双荧光素酶报告基因实验、体外细胞实验 NA 基因表达数据、单细胞测序数据、临床样本数据、体外实验数据 64例慢性肾脏病患者,20例健康对照;GEO数据集GSE137570;TCMK1细胞 NA 单细胞测序、基因表达芯片(推测GEO数据集可能使用) NA NA
回到顶部