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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-12-30 |
SpaGene: A Deep Adversarial Framework for Spatial Gene Imputation
2025-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.03.680242
PMID:41278680
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaGene的深度学习框架,旨在整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据以填补空间转录组数据中的基因表达缺失 | SpaGene采用两个编码器-解码器对、两个翻译器和两个判别器的深度对抗框架,有效整合scRNA-seq和空间转录组数据,实现基因表达的精准填补 | 未在摘要中明确说明 | 通过整合单细胞和空间转录组数据,提升空间基因表达数据的完整性和分辨率,以促进对组织生物学、细胞互作和疾病进展的理解 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据 | 计算生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 深度学习对抗框架 | 基因表达数据 | 未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 62 | 2025-12-27 |
Resolving ScRNA-Seq Signatures of Antigen-Specific CD4+ T Cells in Tolerance across Semi-Allogeneic Transplantation and Pregnancy
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.06.663404
PMID:40672265
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序解析了抗原特异性CD4+ T细胞在半同种异体移植和妊娠耐受中的转录特征 | 首次在移植和妊娠模型中比较抗原特异性CD4+ T细胞的单细胞转录组,揭示了耐受与排斥的独特细胞簇特征 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据仅作为验证,样本量相对有限 | 探究抗原特异性CD4+ T细胞在移植耐受和妊娠免疫耐受中的转录状态差异 | 内源性抗原特异性CD4+ T细胞,包括调节性T细胞(Tregs)和常规T细胞(Tconvs) | 单细胞转录组学 | 移植免疫与生殖免疫 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型中的抗原特异性CD4+ T细胞,包括心脏移植和妊娠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2025-12-27 |
Identification of a distinctive gene signature associated with disease activity in granulomatous myositis
2025-Oct-22, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keaf543
PMID:41132132
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了肉芽肿性肌炎的独特基因特征,并识别出与疾病活动相关的关键基因CHIT1 | 首次系统性地定义了肉芽肿性肌炎的转录组特征,识别出包含1293个上调基因和256个下调基因的独特基因签名,并发现CHIT1作为最显著上调基因与疾病严重程度相关 | 研究样本量相对有限(仅38例GM患者),且主要基于肌肉活检的转录组数据,可能无法完全反映疾病的全貌 | 阐明肉芽肿性肌炎的病理生理机制,通过定义其特异性转录组特征来理解疾病活动 | 肌肉活检样本,包括肉芽肿性肌炎患者、其他肌病患者和健康对照者 | 数字病理学 | 肉芽肿性肌炎 | RNA测序,空间转录组学,免疫组织化学 | 支持向量机 | RNA测序数据,空间转录组数据,免疫组织化学图像 | 722例肌肉活检样本(包括38例GM患者) | NA | bulk RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 64 | 2025-12-27 |
Charting the single-cell and spatial landscape of IDH-wild-type glioblastoma with GBmap
2025-Oct-14, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf113
PMID:40312969
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和空间转录组学,构建了IDH野生型胶质母细胞瘤的综合图谱GBmap,揭示了肿瘤的细胞异质性和空间结构,并开发了肿瘤结构评分以量化肿瘤组织并与患者预后相关 | 构建了首个针对IDH野生型胶质母细胞瘤的全面单细胞和空间图谱GBmap,识别了罕见细胞群如肿瘤相关中性粒细胞和稳态小胶质细胞,并开发了肿瘤结构评分来量化肿瘤组织 | 研究基于现有数据集整合,可能受数据异质性和样本选择偏差影响,且空间分析仅限于特定技术平台 | 创建胶质母细胞瘤的综合单细胞和空间图谱,以解析其细胞异质性、空间结构和临床相关性 | IDH野生型胶质母细胞瘤患者样本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 转移学习 | 单细胞RNA测序数据,空间转录组学数据 | 超过110万个细胞,来自240名患者 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 65 | 2025-12-25 |
CMV-specific clonal expansion of Th1, GZMK+ CD8+, and TEMRA T cells revealed by human PBMC single cell profiling
2025-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661167
PMID:40666903
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序等技术系统揭示了人类巨细胞病毒(CMV)感染引起的免疫细胞克隆性扩增特征 | 首次发现GZMK+ CD8+ T细胞和Th1细胞是CMV特异性克隆扩增的新组分,并开发了CMVerify预测模型 | 研究主要基于外周血样本,未直接检测组织驻留免疫细胞;队列样本量相对有限 | 系统解析CMV感染引起的免疫系统重塑特征 | 人类外周血单个核细胞(PBMC) | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序,流式细胞术 | 预测模型(CMVerify) | 单细胞转录组数据,TCR序列数据,蛋白质表达数据 | 六个独立人类队列(包含两个新建队列) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2025-12-24 |
Single-cell sequencing uncovers sensory neuron-mediated CGRP signaling as a driver of sarcoma progression
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2500161122
PMID:41118222
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示感觉神经元介导的CGRP信号在肉瘤进展中的驱动作用 | 首次发现肿瘤相关感觉神经元在骨癌中除痛觉外还具有调节功能,并验证了通过抑制神经支配或CGRP信号可显著减缓肉瘤生长 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本分析虽支持结论但需进一步验证 | 探索感觉神经元在骨肉瘤进展中的调控机制及潜在治疗靶点 | 小鼠骨肉瘤模型及人类骨肉瘤样本 | 单细胞测序 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学、多模态多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据、多组学数据 | 小鼠模型及人类骨肉瘤样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2025-12-23 |
Transcriptomic Profiling of Bronchial Epithelium Reveals Dysregulated Interferon and Inflammatory Responses to Rhinovirus in Exacerbation-Prone Pediatric Asthma
2025-Oct-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.19.683298
PMID:41279354
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研究论文 | 本研究通过转录组学分析揭示了易发作性儿童哮喘患者支气管上皮细胞对鼻病毒感染表现出失调的干扰素和炎症反应 | 首次在易发作性儿童哮喘患者中,结合器官型支气管上皮培养、批量与单细胞转录组学及靶向蛋白分析,系统揭示了低基线干扰素水平是宿主对鼻病毒不良反应易感性的可调节因果决定因素 | 研究样本量有限,且主要基于体外培养模型,可能无法完全反映体内复杂环境 | 探究宿主因素对鼻病毒诱导哮喘发作易感性的影响 | 来自哮喘儿童和健康儿童的器官型支气管上皮培养物 | 数字病理学 | 哮喘 | 批量转录组学, 单细胞转录组学, 靶向蛋白分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据 | 来自哮喘儿童和健康儿童的支气管上皮培养物样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 68 | 2025-12-23 |
Induction of menstruation in mice reveals the regulation of menstrual shedding
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681007
PMID:41332577
|
研究论文 | 本研究通过建立转基因小鼠模型,模拟人类月经的关键特征,并利用单细胞空间转录组学揭示了月经前子宫内膜分层和脱落的空间调控新机制 | 首次建立了能够重现人类月经关键特征的转基因小鼠模型,并提出了子宫内膜成纤维细胞空间分化驱动组织分层和脱落的新范式 | 小鼠模型与人类月经生理仍存在差异,研究结果需要进一步在人类样本中验证 | 研究月经过程中子宫内膜选择性脱落的调控机制 | 转基因小鼠的子宫内膜组织 | 单细胞空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞空间转录组学,靶向化学遗传学激活 | 转基因小鼠模型 | 空间转录组数据 | 转基因小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 69 | 2025-12-21 |
Temporal dynamics of uterine immune microenvironment remodeling in a murine model of adenomyosis
2025-Oct-02, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaaf057
PMID:41298316
|
研究论文 | 本研究利用他莫昔芬诱导的小鼠子宫腺肌症模型,探究了受孕前子宫免疫微环境的动态演变 | 首次在小鼠模型中系统描绘了子宫腺肌症发展过程中免疫微环境的时间动态变化,揭示了早期先天性与适应性免疫间的动态交互作用 | 研究依赖单一动物模型、仅分析两个时间点、缺乏对调节性T细胞的功能评估 | 阐明子宫腺肌症在受孕前免疫微环境的演变机制 | 他莫昔芬诱导的子宫腺肌症小鼠模型 | NA | 子宫腺肌症 | 免疫荧光、流式细胞术、定量聚合酶链反应 | NA | 组织样本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2025-12-21 |
Lactate metabolism orchestrates immune dysregulation in renal cancer: A multi-omics and causal inference study
2025 Oct-Dec, Science progress
IF:2.6Q2
DOI:10.1177/00368504251408094
PMID:41406083
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和因果推断方法,探讨了乳酸代谢基因在肾细胞癌中的调控作用及其与免疫失调的关联 | 整合单细胞RNA测序、空间转录组学和孟德尔随机化分析,识别出与肾癌风险相关的关键乳酸代谢基因,并通过组织芯片免疫荧光实验验证了基因表达 | 研究主要基于公共数据库数据,样本来源可能有限,且实验验证仅针对部分基因,需要进一步的功能性研究来确认机制 | 探究乳酸代谢基因在肾细胞癌进展中的作用,识别潜在的治疗靶点 | 肾细胞癌患者样本及相关基因表达数据 | 生物信息学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学, 孟德尔随机化, 组织芯片免疫荧光 | CIBERSORT, GSEA, ssGSEA, RCTD, CellChat | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 基于GEO数据库的多项数据集(GSE242299, GSE102101, GSE175540),具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-12-19 |
Nanobody Immunolabelling and three-dimensional imaging reveals spatially restricted LYVE1 expression by kidney lymphatic vessels in mice
2025-Oct-13, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03759-3
PMID:41084009
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研究论文 | 本研究利用纳米抗体免疫标记和三维成像技术,揭示了小鼠肾脏淋巴管中LYVE1表达的空间限制性特征 | 开发了针对LYVE1的纳米抗体,实现了对完整器官内淋巴管网络的更快速、更深层标记,克服了传统抗体渗透性不足的局限 | 研究主要聚焦于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证;纳米抗体的应用范围可能受限于特定标记物 | 开发新型淋巴管标记工具并研究肾脏淋巴管的特异性表达模式 | 小鼠肾脏、皮肤、心脏和肺部的淋巴管 | 数字病理学 | NA | 纳米抗体免疫标记、三维成像、单细胞RNA测序 | NA | 图像、转录组数据 | 小鼠器官样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2025-12-17 |
Bi-specific T cell-engaging antibody triggers protective immune memory and glioma microenvironment remodeling in immune-competent preclinical models
2025-Oct-28, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011714
PMID:41151835
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研究论文 | 本研究在免疫健全的临床前模型中评估了双特异性T细胞衔接抗体(BTE)对胶质母细胞瘤的治疗机制,揭示了其通过激活宿主免疫系统、诱导免疫记忆和重塑肿瘤微环境来延长生存期的机制 | 首次在免疫健全的动物模型中系统研究BTE的作用机制,揭示了其在胶质母细胞瘤治疗中诱导免疫记忆和重塑肿瘤微环境的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,结果向人类临床转化的有效性仍需进一步验证 | 探究双特异性T细胞衔接抗体在胶质母细胞瘤治疗中的作用机制 | 表达IL13RA2的胶质母细胞瘤细胞和免疫健全的小鼠模型 | NA | 胶质母细胞瘤 | 多色流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫荧光、多参数MRI | NA | 流式细胞数据、单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像、MRI图像 | 多个临床前胶质母细胞瘤模型中的小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2025-12-16 |
Defects in the DNA Damage Response of Patient-derived Endometriosis Stromal Cells
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.29.685406
PMID:41278719
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研究论文 | 本研究探讨了子宫内膜异位症患者来源的基质细胞在DNA损伤反应中的缺陷 | 首次在患者来源的月经流出物基质细胞中揭示了子宫内膜异位症相关的DNA损伤反应缺陷,并发现其与MRN复合物下调相关 | 研究基于体外细胞系模型,可能无法完全反映体内情况;样本量未明确说明 | 研究子宫内膜异位症患者基质细胞的DNA损伤反应机制 | 患者来源的月经流出物基质细胞(来自健康捐赠者和子宫内膜异位症患者) | 分子生物学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2025-12-15 |
A Multi-omics Exploration Revealing SLIT2 as a Prime Therapeutic Target for Peripheral Facial Paralysis: Integrating Single-Cell Transcriptomics and Plasma Proteome Data
2025-Oct-16, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-025-01607-4
PMID:41099890
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研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化分析和单细胞转录组测序,探索了外周性面瘫的潜在治疗靶点,并首次在面神经损伤后检测到SLIT2的改变 | 首次将孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序相结合,系统地从宏观遗传关联到微观细胞功能研究外周性面瘫,并首次在面神经损伤后检测到SLIT2的改变 | 研究主要基于动物模型,且动物与人类在面运动核方面存在显著差异 | 识别外周性面瘫的治疗靶点并理解其分子和细胞机制 | 外周性面瘫患者(通过公开血浆蛋白数据)及SD大鼠面神经损伤模型 | 单细胞组学 | 神经系统疾病(外周性面瘫) | 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 免疫荧光分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 图像数据 | 1925个公开可用的血浆蛋白顺式遗传力工具;SD大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-12-14 |
Principles of protein abundance regulation across single cells in a mammalian tissue
2025-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.17.676955
PMID:41000751
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研究论文 | 本文通过单细胞蛋白质合成与清除的系统量化,结合单细胞转录组学,揭示了哺乳动物组织中蛋白质丰度调控的组织原则 | 首次在复杂组织单细胞水平上定量分析蛋白质合成与清除的调控作用,发现翻译和蛋白质清除与细胞生长速率呈线性依赖关系 | 研究仅基于单一原代组织样本,样本多样性有限,且技术方法可能未覆盖所有蛋白质调控机制 | 探究哺乳动物组织中单细胞水平蛋白质丰度调控的分子机制与组织原则 | 来自原代组织的超过4,200个单细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学、蛋白质合成与清除量化 | NA | 单细胞蛋白质与RNA数据 | 超过4,200个原代组织单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 76 | 2025-12-14 |
Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche
2025-Oct-08, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025029513
PMID:41060335
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术相结合的方法,验证了骨髓中中央骨髓区和骨内膜区两个空间区室的划分,并揭示了炎症如何通过重塑特定骨髓微环境区室来扰动造血功能 | 首次系统验证了骨髓微环境的空间区室划分方法,并发现炎症会特异性地影响不同细胞区室,特别是I型干扰素反应导致表达瘦素受体的间充质基质细胞功能转变,产生过量趋化因子调控局部单核细胞动态 | 研究主要关注急性炎症模型,慢性炎症或其他复杂病理条件下的骨髓微环境变化仍需进一步探索 | 探究骨髓微环境空间区室化在炎症等复杂条件下对造血调控的重要性 | 造血干细胞和祖细胞(HSPC)及骨髓基质细胞 | 单细胞组学 | 炎症相关疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2025-12-14 |
From genetic causality to druggable targets: A multiomics framework identifies ZSCAN16 in gout pathogenesis
2025 Oct-Dec, Science progress
IF:2.6Q2
DOI:10.1177/00368504251407179
PMID:41369912
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研究论文 | 本研究通过多组学框架,结合孟德尔随机化、共定位分析、表型全基因组关联研究和单细胞RNA测序,系统性地识别并优先排序了痛风的新型可成药靶点,最终确定ZSCAN16为高潜力的治疗靶点 | 采用多层遗传和功能基因组学方法,首次系统性地从遗传因果性角度识别并验证痛风的潜在可成药靶点,特别是通过单细胞分析揭示了ZSCAN16在细胞毒性T/NK细胞中的特异性上调 | 研究主要基于遗传关联和计算分析,缺乏直接的体内或体外功能验证实验来证实靶点的生物学机制 | 系统性识别和优先排序痛风的新型、可成药靶点,以克服当前疗法效果不佳和药物开发中缺乏遗传验证靶点的问题 | 痛风患者(基于GWAS队列数据)及相关的候选基因 | 生物信息学与计算生物学 | 痛风 | 孟德尔随机化,共定位分析,表型全基因组关联研究,单细胞RNA测序,分子对接 | NA | 遗传关联数据,基因表达数据,单细胞转录组数据 | 基于两个独立的痛风GWAS队列(openGWAS和FinnGen) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-12-13 |
A spatial transcriptomics dataset of the endometrium from repeated implantation failure patients
2025-Oct-29, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05995-6
PMID:41162434
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,首次构建了正常个体与反复种植失败患者子宫内膜组织的空间转录组图谱 | 首次构建了正常与反复种植失败条件下的子宫内膜空间转录组图谱,并识别出7个具有特定特征的细胞生态位 | 样本量较小(仅8个组织样本),且仅研究了黄体中期阶段 | 增强和深化对反复种植失败患者子宫内膜组织背景的理解 | 来自4名正常个体和4名反复种植失败患者的子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据 | 8个子宫内膜组织样本(4名正常个体,4名RIF患者) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium平台 |
| 79 | 2025-12-13 |
Benchmarking large-scale single-cell RNA-seq analysis
2025-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.28.681564
PMID:41279840
|
研究论文 | 本文对五种广泛使用的单细胞RNA测序分析框架进行了基准测试,评估了它们在可扩展性、效率和准确性方面的表现 | 首次系统性地比较了不同算法和基础设施选择对大规模单细胞RNA测序分析性能的影响,并提供了GPU加速和优化配置的实用指南 | 研究主要关注PCA步骤和聚类准确性,可能未全面覆盖所有分析步骤或更复杂的生物场景 | 评估大规模单细胞RNA测序数据分析的计算挑战和性能优化策略 | 五种单细胞RNA测序分析框架(Seurat、OSCA、scrapper、Scanpy和rapids_singlecell)及其算法实现 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA、SVD算法(exact、ARPACK、IRLBA、randomized、Jacobi、incremental PCA) | 单细胞RNA测序数据 | 包括一个130万小鼠脑细胞数据集和三个较小数据集(BE1、scMixology和cord blood CITE-seq) | NA | 单细胞RNA-seq, CITE-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-12-13 |
Adipocytes are dispensable in shaping the ovarian cancer tumor microenvironment in the omentum
2025-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.28.685098
PMID:41279871
|
研究论文 | 本研究通过构建缺乏成熟脂肪细胞的小鼠模型,挑战了传统观点,揭示了网膜血管内皮细胞而非脂肪细胞在卵巢癌腹膜转移微环境中的关键作用 | 首次通过特异性敲除腹膜成熟脂肪细胞的模型,证明脂肪细胞对卵巢癌生长并非必需,并发现血管内皮细胞高表达FABP4是支持肿瘤代谢生长的关键因素 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限;肿瘤微环境中其他细胞类型的相互作用尚未完全阐明 | 重新评估脂肪细胞在卵巢癌腹膜转移微环境中的作用机制 | 卵巢癌细胞(ID8p53Brca2、BPPNM、KPCA细胞系)、小鼠模型、人类单细胞RNA测序数据 | 肿瘤微环境研究 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序、基因敲除小鼠模型 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、动物实验数据 | 多种卵巢癌细胞系及基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |