本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2025-10-06 |
Deciphering the prognostic value and immunotherapeutic strategy of aggrephagy in melanoma: Integrating single-cell sequencing and machine learning
2025-Oct, Seminars in oncology
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152371
PMID:40695191
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序和机器学习技术,探索聚集性自噬在皮肤黑色素瘤中的预后价值和免疫治疗策略 | 首次构建聚集性自噬相关特征(ARS),结合单细胞测序和机器学习算法,在多个数据集中验证其预后预测能力,并通过体内实验验证关键基因TPX2的功能 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多独立队列验证;体内实验仅针对TPX2基因,其他ARS基因功能有待进一步研究 | 研究聚集性自噬在皮肤黑色素瘤中的作用,探索其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 皮肤黑色素瘤患者转录组数据和小鼠模型 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 单细胞测序,机器学习算法,流式细胞术 | 预后预测模型 | 转录组数据 | TCGA数据库和3个独立GEO数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 602 | 2025-10-06 |
Predictive model for proliferative diabetic retinopathy using single-cell transcriptomics
2025-Oct, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110536
PMID:40701535
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组数据开发了增殖性糖尿病视网膜病变的预测模型 | 首次整合PDR患者纤维血管膜和健康供体视网膜的单细胞转录组数据,并开发了基于机器学习的预测模型 | 样本量相对较小,仅包含9个PDR患者的纤维血管膜样本 | 探索增殖性糖尿病视网膜病变的细胞和分子机制,并开发预测工具 | PDR患者的纤维血管膜和健康供体的视网膜组织 | 生物信息学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序,差异基因表达分析,GO和KEGG富集分析 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据 | 9个PDR患者的纤维血管膜样本和健康供体视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 603 | 2025-10-06 |
CXCR4+ monocytes promote neovascularization in wet age-related macular degeneration
2025-Oct, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110550
PMID:40713972
|
研究论文 | 本研究通过整合分析方法揭示了湿性年龄相关性黄斑变性中CXCR4+单核细胞通过CXCL12-CXCR4信号轴促进病理性血管生成的新机制 | 首次发现MMP2+内皮细胞具有血管生成和干细胞样双重特性,并鉴定CXCR4+单核细胞为病理性血管生成的关键介质,确立RUNX3为促血管生成单核细胞分化的主要调控因子 | 未明确说明样本量大小和研究人群特征,机制研究主要依赖实验模型 | 阐明湿性年龄相关性黄斑变性中趋化因子信号在血管生成中的作用并鉴定关键单核细胞亚群 | 湿性年龄相关性黄斑变性相关的血管生成和炎症过程 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | bulk RNA测序, 单细胞转录组学, 多重免疫组织化学, 体内模型 | NA | 转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 604 | 2025-10-06 |
Multimodal profiling of oral squamous cell carcinoma identifies genomic alterations and expression programs associated with betel quid chewing
2025-Oct, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2025.101218
PMID:40784158
|
研究论文 | 通过多组学方法研究槟榔咀嚼与口腔鳞状细胞癌的基因组改变和表达程序关联 | 首次通过整合外显子组测序、单细胞转录组和空间转录组学系统揭示槟榔相关口腔癌的独特基因组特征和肿瘤微环境变化 | 研究样本仅包含男性患者,缺乏女性患者数据;样本量相对有限 | 阐明槟榔咀嚼导致口腔鳞状细胞癌的详细分子机制 | 261例男性口腔鳞状细胞癌患者(129例习惯性槟榔咀嚼者,132例非槟榔使用者) | 癌症基因组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 外显子组测序, 单细胞转录组学, 空间转录组学, 多组学整合分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 空间表达数据 | 261例肿瘤-正常组织配对样本 | NA | 外显子组测序, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 605 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals that RNA pseudouridylation-related gene NHP2 promotes the progression of uveal melanoma and validated in vivo and in vitro
2025-Oct, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110578
PMID:40812391
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序发现RNA假尿苷化相关基因NHP2促进葡萄膜黑色素瘤进展,并在体内外实验中验证其功能 | 首次揭示RNA假尿苷化相关基因NHP2在葡萄膜黑色素瘤中的关键作用及其分子机制 | NA | 探究RNA假尿苷化相关基因在葡萄膜黑色素瘤进展中的作用机制 | 葡萄膜黑色素瘤组织和细胞系 | 单细胞测序 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,免疫组化,Western blotting,基因敲低,基因过表达,CCK-8,集落形成,Edu,划痕愈合,Transwell,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 606 | 2025-10-06 |
Antioxidant functionalized double-net/TA dynamic hydrogel promotes cartilage regeneration through stabilization of chondrocyte phenotype
2025-Oct, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102203
PMID:40893359
|
研究论文 | 本研究开发了一种具有抗氧化功能的双网络/单宁酸动态水凝胶,通过稳定软骨细胞表型促进软骨再生 | 首次揭示软骨细胞在扩增过程中代谢模式从糖酵解向氧化磷酸化的转变,并基于此设计具有抗氧化功能的DN-TA水凝胶系统 | 研究主要基于小鼠皮下植入模型,临床转化效果需要进一步验证 | 探索代谢调控对软骨细胞表型稳定性的影响,开发促进软骨再生的组织工程策略 | 软骨细胞 | 组织工程 | 软骨缺损 | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | 基因表达数据 | P3代软骨细胞 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 607 | 2025-10-06 |
Decoding meningioma prognosis with multi-omics: macrophage diversity, immune-CNV interplay, and novel SPP1-targeted strategies
2025-Oct, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-025-05116-8
PMID:40522564
|
研究论文 | 通过整合多组学数据对脑膜瘤进行预后分层,揭示巨噬细胞功能异质性和CNV驱动的免疫微环境差异 | 首次在脑膜瘤中整合DNA甲基化和单细胞转录组数据,识别SPP1作为巨噬细胞功能的关键调节因子 | 样本量相对有限,需要进一步验证SPP1靶向治疗的有效性 | 开发脑膜瘤预后分层系统并探索治疗靶点 | 302对配对脑膜瘤样本 | 数字病理 | 脑膜瘤 | DNA甲基化测序, bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | SCISSOR, scRank | 基因组数据, 转录组数据 | 302对配对脑膜瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 608 | 2025-10-06 |
A prognostic gene signature and subtype-specific drug sensitivity in TNBC revealed by single-cell and bulk RNA sequencing: Insights into stemness and tumor heterogeneity
2025-Oct, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2025.06.007
PMID:40541706
|
研究论文 | 通过单细胞和bulk RNA测序揭示TNBC的预后基因特征和亚型特异性药物敏感性,深入了解干性和肿瘤异质性 | 整合多组学方法识别出具有高度可塑性的癌症上皮亚群,建立了四基因预后特征,并发现与染色质重塑相关的独特分子亚型 | 研究依赖于现有数据库数据,需要进一步实验验证 | 研究三阴性乳腺癌的细胞异质性和耐药机制 | 三阴性乳腺癌患者样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk转录组学,表观基因组学,突变分析 | 无监督聚类 | 基因表达数据 | GSE176078数据集和TCGA-BRCA数据 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 609 | 2025-09-03 |
Corrigendum to "Identification and validation of synergistic drug strategies targeting macrophage polarization in triple-negative breast cancer via single-cell transcriptomics and deep learning" [Translational Oncology 2025 Jun 26;59:102457]
2025-Oct, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102474
PMID:40818872
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 610 | 2025-10-06 |
Deciphering the regulatory networks of human male germline development from embryo to adulthood
2025-10, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167918
PMID:40409516
|
研究论文 | 构建了从胚胎到成年的人类男性生殖细胞发育图谱,揭示了调控网络重配置和关键信号通路 | 首次整合从6周胚胎到老年男性的92,488个睾丸细胞,构建了全面的人类男性生殖细胞发育图谱 | 研究主要基于单细胞转录组数据,需要进一步功能验证 | 解析人类男性生殖细胞从胚胎到成年的发育调控网络 | 人类睾丸细胞,包括从胚胎期到老年期的生殖细胞 | 单细胞生物学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 92,488个睾丸细胞,涵盖从6周胚胎到老年男性 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 611 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq reveals the immune profile changes in patients with diarrhoeal-irritable bowel syndrome
2025-10, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167945
PMID:40456298
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示腹泻型肠易激综合征患者免疫特征变化及潜在治疗靶点 | 首次在IBS-D中绘制T淋巴细胞单细胞图谱,发现FOS信号通路作为新治疗靶点,并鉴定PLK3和NFKBIZ异常表达 | 样本量较小(4例患者+4例对照),动物模型与人类疾病存在差异 | 解析T淋巴细胞在腹泻型肠易激综合征发病机制中的作用 | IBS-D患者血液样本、健康对照血液样本、IBS-D大鼠模型血清和结肠组织 | 单细胞组学 | 肠易激综合征 | 单细胞RNA测序,ELISA,三参数荧光分析 | 轨迹分析,单细胞调控网络推断聚类分析 | 单细胞转录组数据,蛋白质浓度数据,荧光信号数据 | 8例人类血液样本(4患者+4对照),IBS-D大鼠模型组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 612 | 2025-10-06 |
Pan-cancer analysis of acetylcholinesterase (AChE) expression by a data-driven approach: future directions of AChE in cancer neuroscience
2025-Oct-08, Chemico-biological interactions
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.cbi.2025.111647
PMID:40651751
|
研究论文 | 通过数据驱动方法对乙酰胆碱酯酶(AChE)进行泛癌分析,揭示其在癌症神经科学中的潜在作用 | 首次从泛癌角度系统分析AChE表达特征,并利用单细胞RNA测序数据预测其在胶质母细胞瘤进展中的功能 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探索AChE表达与癌症发展和预后的相关性 | 多种癌症类型及其配对正常组织 | 生物信息学 | 泛癌分析(包括胰腺癌、胶质母细胞瘤、黑色素瘤等) | 生物信息学分析,单细胞RNA测序 | 生存分析模型 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GTEx数据库的泛癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 613 | 2025-10-06 |
The m5C reader Alyref regulates cardiac remodeling post-myocardial infarction by modulating extracellular matrix protein synthesis in cardiac fibroblasts
2025-Oct, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research
DOI:10.1016/j.bbamcr.2025.120011
PMID:40562236
|
研究论文 | 本研究揭示了m5C阅读器Alyref通过调控心脏成纤维细胞外基质蛋白合成影响心肌梗死后心脏重塑的机制 | 首次发现m5C阅读器Alyref在心肌梗死后心脏重塑中的关键作用,并阐明其通过Fbln1/Loxl1通路调控细胞外基质蛋白合成的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和原代细胞实验,尚未在人类临床样本中验证 | 探究m5C修饰在心肌梗死后心脏重塑中的作用机制 | 心肌梗死小鼠模型和缺氧诱导的原代新生小鼠心脏成纤维细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 生物信息学分析、免疫荧光、组织病理学、Western blot、腺相关病毒感染、RNA免疫沉淀测序、单细胞测序 | NA | 测序数据、图像数据、蛋白质印迹数据 | 小鼠心肌梗死模型和原代心脏成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA测序,RNA免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 614 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomics Unveils Regional Heterogeneity and Subclonal Dynamics in the Lung Adenocarcinoma Microenvironment
2025-Oct, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108929
PMID:40617150
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了肺腺癌微环境中的区域异质性和亚克隆动态 | 首次结合单细胞转录组学和空间转录组学,系统解析肺腺癌的空间功能异质性及肿瘤侵袭方向 | 仅分析了单个空间转录组学样本,样本量有限 | 探索肺腺癌微环境的空间异质性和肿瘤进展机制 | 肺腺癌组织样本 | 空间转录组学 | 肺腺癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 细胞反卷积, 伪时间分析, 降维聚类 | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | 125,203个单细胞和3,990个空间位点 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 10x Visium | 空间转录组学技术结合单细胞转录组数据分析 |
| 615 | 2025-10-06 |
PD-1 regulates tumor-infiltrating CD8+ T cells in both a cell-intrinsic and a cell-extrinsic fashion
2025-Oct-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20230542
PMID:40705010
|
研究论文 | 本研究通过诱导性PD-1敲除模型揭示了PD-1在肿瘤微环境中对CD8+ T细胞的双重调控机制 | 首次证明PD-1缺失不仅对敲除细胞自身产生细胞自主效应,还能通过非细胞自主机制增强表达PD-1的CD8+ T细胞功能 | 研究仅使用MC38肿瘤模型,未验证其他肿瘤类型 | 探究PD-1缺失如何影响肿瘤微环境中CD8+ T细胞的功能 | CD8+ T细胞和MC38肿瘤模型 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, TCR测序 | 诱导性基因敲除模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 616 | 2025-10-06 |
Pollutant distribution in vertebrates across scales: Organs, cells, and organelles
2025-Oct-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2025.126680
PMID:40532810
|
综述 | 系统评述脊椎动物中环境污染物在器官、细胞和亚细胞水平的多尺度分布研究进展 | 首次系统整合污染物在器官-细胞-细胞器多尺度分布的研究框架,特别强调纳米材料与传统污染物的分布差异 | 细胞群体和亚细胞水平的污染物分布研究有限,现有研究主要集中在血液、肠道、肝脏和鳃/肺等少数器官 | 建立污染物多尺度分布与毒性机制之间的联系,推进环境健康风险评估和靶向干预 | 脊椎动物(包括人类) | 环境毒理学 | NA | 单细胞测序、跨尺度成像技术、计算预测模型 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 617 | 2025-10-06 |
CRABP2 promotes peritoneal metastasis in CRC through TGF-β/Smad-mediated EMT signaling and invadopodia formation
2025-Oct, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111927
PMID:40505846
|
研究论文 | 本研究探讨CRABP2通过TGF-β/Smad介导的上皮间质转化信号和侵袭伪足形成促进结直肠癌腹膜转移的机制 | 首次揭示CRABP2作为腹膜转移相关基因通过调控侵袭伪足形成和EMT信号通路促进结直肠癌转移的新机制 | CRABP2在腹膜转移中的具体调控网络仍需进一步验证 | 阐明CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的作用机制 | 结直肠癌细胞和患者样本 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 体外实验, 体内实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 618 | 2025-10-06 |
Identification of lactylation-related hub genes as novel therapeutic and diagnostic targets for thoracic aortic dissection
2025-Oct, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111944
PMID:40527360
|
研究论文 | 本研究通过鉴定乳酸化相关枢纽基因,探索其在胸主动脉夹层中的治疗和诊断价值 | 首次系统研究乳酸化修饰在胸主动脉夹层中的作用,发现12个乳酸化相关枢纽基因并验证LDHA抑制剂的有效性 | 研究主要基于数据库分析和动物模型,需要进一步临床验证 | 探索乳酸化修饰在胸主动脉夹层发病机制中的作用并寻找新的治疗靶点 | 胸主动脉夹层患者组织样本和BAPN诱导的小鼠模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, ROC分析, WGCNA | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 人类主动脉组织和BAPN诱导的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 619 | 2025-10-06 |
Rab27a+CAF exosomal miR-9-5p promotes osteosarcoma progression via CREBRF/MAPK signaling pathway
2025-Oct, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111964
PMID:40581265
|
研究论文 | 本研究揭示了Rab27a+癌相关成纤维细胞通过外泌体miR-9-5p抑制CREBRF并激活MAPK信号通路促进骨肉瘤进展的新机制 | 首次发现Rab27a+CAF来源的外泌体miR-9-5p通过CREBRF/MAPK信号轴调控骨肉瘤恶性进展和化疗耐药 | 研究主要聚焦于miR-9-5p/CREBRF/MAPK轴,可能存在其他未被探索的调控机制 | 探究癌相关成纤维细胞外泌体miRNA在骨肉瘤进展中的作用机制 | 骨肉瘤患者血清和组织样本、骨肉瘤细胞系、小鼠皮下移植瘤模型 | 肿瘤生物学 | 骨肉瘤 | 小RNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR、双荧光素酶报告基因检测、CCK8、Edu染色、细胞周期分析、细胞凋亡检测 | NA | RNA测序数据、基因表达数据、功能实验数据 | 骨肉瘤患者血清和组织样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序,小RNA测序 | NA | NA |
| 620 | 2025-10-06 |
Amorphous calcium zinc phosphate promotes macrophage-driven alveolar bone regeneration via modulation of energy metabolism and mitochondrial homeostasis
2025-Oct, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.06.053
PMID:40677756
|
研究论文 | 本研究开发了无定形钙锌磷酸盐纳米颗粒并通过调节巨噬细胞能量代谢促进牙槽骨再生 | 首次发现ACZP材料通过抑制IP3R/MCU通路、调节内质网-线粒体耦联和能量代谢方式(糖酵解向氧化磷酸化转换)来增强巨噬细胞的抗炎表型极化 | 研究仅在新西兰白兔模型中进行验证,尚未进行人体临床试验 | 探索钙磷酸盐材料促进骨形成的免疫调节机制并开发新型骨再生材料 | 巨噬细胞和新西兰白兔的牙槽骨缺损模型 | 组织工程与再生医学 | 牙槽骨缺损 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 新西兰白兔牙槽骨缺损模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |