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当前共找到 627 篇文献,本页显示第 41 - 60 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
41 2026-09-19
Accelerating scRNA-seq Analysis: Automated cell type annotation using representation learning and vector search
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文章介绍了一种基于表征学习和向量搜索的自动化细胞类型注释服务,可快速准确地对10x Genomics单细胞基因表达样本中的细胞进行分类。 该服务采用逆向搜索方法,将每个细胞的基因表达谱与CZ CELLxGENE Census中已注释的scRNA-seq数据集进行比较,通过总结相似细胞的标签来获得细胞类型注释,不依赖预定义的标记基因或组织特异性参考。 初始注释可能需要研究者根据具体研究需求进一步优化,且未提及对非10x Genomics平台数据的适用性。 开发一种自动化细胞类型注释服务,以加速scRNA-seq数据分析,帮助研究人员快速准确地对样本中的细胞进行分类。 10x Genomics单细胞基因表达样本中的细胞 机器学习 NA 单细胞RNA测序 表征学习,向量搜索 基因表达谱 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 NA NA
42 2026-09-19
SpaDiff: Denoising for Sequence-based Spatial Transcriptomics via Diffusion Process
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出SpaDiff,一种将点交换视为扩散过程的去噪方法,用于基于序列的空间转录组学 将点交换建模为扩散过程,通过模拟RNA分子位移并逆转以恢复原始空间分布,同时保持分子计数 未明确提及 解决空间转录组学中的点交换问题,提高空间特异性并改善下游分析 空间转录组学数据 空间转录组学 NA 基于序列的空间转录组学 扩散过程 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
43 2026-09-19
Age- and Sex- Driven Transcriptional and Metabolic Diversity in Myeloid-Derived Suppressor Cells After Mouse Sepsis
2025-Oct-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序分析了不同年龄和性别小鼠脓毒症后脾脏白细胞中髓源性抑制细胞的转录和代谢异质性 首次系统揭示了年龄和性别对脓毒症后髓源性抑制细胞转录组、代谢状态、RNA速度及细胞间通讯的影响,并通过drug2cell分析鉴定了队列特异性药物靶点谱 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;样本年龄分组较为粗略;未进行功能性实验验证所发现的药物靶点 探究年龄和性别对小鼠脓毒症后髓源性抑制细胞转录和代谢状态的影响 年轻(3-4个月)和老年(18-24个月)成年雄性和雌性小鼠脓毒症模型中的脾脏白细胞及髓源性抑制细胞 机器学习 脓毒症 单细胞RNA测序 NA 文本 年轻(3-4个月)和老年(18-24个月)成年雄性和雌性小鼠的脾脏白细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
44 2026-09-19
Islet-intrinsic sex differences in inflammatory signaling contribute to autoimmune diabetes susceptibility
2025-Oct-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过转录组学和蛋白质组学分析人类胰岛及NOD小鼠模型,揭示了胰岛固有的性别差异在炎症信号传导中的作用及其对自身免疫性糖尿病易感性的影响 首次揭示男性胰岛对促炎细胞因子表现出更强烈的反应,表现为干扰素信号诱导增强和发育信号抑制,并证明17β-雌二醇(E2)通过重编程β细胞减少其免疫原性并促进局部免疫耐受 摘要中未明确提及研究的具体局限性 探究胰岛对炎症的性别特异性反应是否导致青春期后男性T1D发病率更高的性别差异现象 人类胰岛(来自男性和女性供体)、小鼠β细胞、非肥胖糖尿病(NOD)小鼠、T细胞共培养体系 单细胞转录组学, 免疫学, 内分泌学 1型糖尿病 转录组学, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序 NA 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据 人类男性和女性供体胰岛样本(具体数量未提及)、NOD小鼠 NA 单细胞RNA测序, 转录组学, 蛋白质组学 NA NA
45 2026-09-19
IFN-I-Mediated Transcriptional Reprogramming Drives Myeloid-skewed Hematopoiesis in Sickle Cell Anemia
2025-Oct-07, Research square
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序和功能实验,揭示了镰状细胞贫血中IFN-I信号介导的转录重编程驱动髓系偏向性造血及炎症的机制 首次揭示IFN-I信号异常激活驱动镰状细胞贫血中造血干祖细胞向髓系分化的转录重编程,并发现SCA祖细胞通过上调CSF3R对G-CSF产生异常应答导致单核细胞谱系偏移 摘要中未明确说明研究局限性 探究镰状细胞贫血中病理性髓系生成和慢性炎症的内在驱动机制 镰状细胞贫血患者的造血干祖细胞、中性粒细胞和单核细胞 机器学习 镰状细胞贫血 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
46 2026-09-19
VISTA Uncovers Missing Gene Expression and Spatial-induced Information for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Oct-07, Research square
研究论文 提出VISTA方法,通过联合建模scRNA-seq和SST数据预测未观测基因的表达水平,并应用于多种下游分析 首次针对亚细胞空间转录组数据专门设计未观测基因表达预测方法,结合变分推断和几何深度学习,并引入不确定性量化 未明确提及局限性 预测亚细胞空间转录组数据中未观测基因的表达水平,以弥补SST技术可同时检测基因数量有限的不足 亚细胞空间转录组数据及单细胞RNA-seq数据 空间转录组学 NA 单细胞RNA-seq, 亚细胞空间转录组学 变分推断, 几何深度学习 基因表达数据, 空间数据 4个SST数据集 NA single-cell RNA-seq, 亚细胞空间转录组学 NA NA
47 2026-09-19
SpaGene: A Deep Adversarial Framework for Spatial Gene Imputation
2025-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为SpaGene的深度对抗框架,通过整合单细胞RNA测序数据与空间转录组数据来插补空间转录组中缺失的基因表达 提出了由两个编码器-解码器对、两个翻译器和两个判别器组成的深度对抗框架SpaGene,能够有效整合scRNA-seq和空间转录组数据,实现空间基因表达的插补,并在多个数据集上显著优于现有最先进方法 摘要中未明确提及该研究的局限性 解决空间转录组技术转录组覆盖度有限的问题,通过整合scRNA-seq和空间转录组数据来插补空间转录组中缺失的基因表达,从而提供全面的转录组学图谱 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据,以及肺肿瘤组织 空间转录组学, 机器学习 肺癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学 深度学习对抗框架, 编码器-解码器, GAN 基因表达数据, 空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
48 2026-09-19
Single-cell RNA-seq using UltraMarathonRT expands the known transcriptome
2025-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文首次将II型内含子逆转录酶UltraMarathonRT (uMRT)应用于单细胞RNA测序,揭示了传统逆转录酶遗漏的额外基因和基因组特征,并结合代谢RNA标记探索单细胞水平的转录组动态 首次将II型内含子逆转录酶UltraMarathonRT (uMRT)引入单细胞RNA测序,该酶具有高持续合成能力和解折叠复杂RNA结构的能力,能够捕获传统鼠白血病病毒逆转录酶遗漏的基因和基因组特征 摘要中未提及该研究的局限性 扩展已知转录组图谱,探索单细胞水平全基因组转录组动态 单个细胞中的mRNA分子及转录组 机器学习 NA 单细胞RNA测序, 代谢RNA标记, 核苷转换 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
49 2026-09-19
Matrix stiffness induces endothelial network senescence
2025-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究开发了一种三维人类模型,将机械应力与炎症或生化因素解耦,发现基质硬化通过Notch-JNK-FOS信号轴诱导内皮细胞衰老,并在合成乳房植入物患者的纤维囊组织中验证了该机制 开发了一种三维人类模型,能够将机械应力与炎症或生化输入解耦,首次证明基质硬化足以在无炎症信号的情况下诱导内皮细胞衰老,并揭示了Notch-JNK-FOS信号轴作为机械力诱导衰老的关键通路 摘要中未明确提及研究局限性 研究细胞外基质硬化引起的机械应力如何驱动内皮细胞衰老,并探索其分子机制和转化相关性 内皮细胞、合成乳房植入物患者的纤维囊组织 NA NA 单细胞RNA测序 NA 文本、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
50 2026-09-19
A lifespan transcriptomic atlas of the human prefrontal cortex at single-cell resolution
2025-Oct-06, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 本研究构建了首个覆盖全生命周期的人类背外侧前额叶皮层单核转录组图谱,揭示了三个不同的转录组阶段和十种年龄相关轨迹。 首个覆盖全生命周期的单核转录组图谱,涵盖0-97岁284个样本,揭示三个转录组阶段、十种年龄轨迹及昼夜节律重编程。 摘要中未提及 构建人类背外侧前额叶皮层的全生命周期单细胞分辨率转录组图谱,理解大脑发育、衰老和疾病易感性。 人类背外侧前额叶皮层 数字病理学 神经退行性疾病 单核RNA测序、空间转录组学 NA 图像、文本 284个死后样本,超过130万个细胞核,年龄范围0-97岁 10x Genomics single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics 10x Chromium, 10x Visium NA
51 2026-09-19
Tertiary lymphoid structures support the development of allergen-specific progenitor CD4+ T cells
2025-Oct-05, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过转录分析和流式细胞术,揭示了屋尘螨暴露后肺部过敏原特异性CD4+ T细胞的异质性,发现促炎Th2细胞和TCF1+祖细胞两个亚群分别定位于气道和三级淋巴结构,并证明三级淋巴结构支持祖细胞向Th2细胞的分化 首次揭示了过敏原特异性CD4+ T细胞在肺部存在两个功能不同的亚群,并利用空间转录组学证明三级淋巴结构是组织祖细胞的生态位,阐明了从祖细胞到Th2细胞沿TLS-气道轴的转录进展,同时确定PD1通路是定位于TLS核心的关键信号 摘要中未明确提及研究的具体局限性 探究肺部过敏原特异性CD4+ T细胞的异质性及其空间分布,以及三级淋巴结构在CD4+ T细胞分化中的作用 屋尘螨暴露后小鼠肺部的过敏原特异性CD4+ T细胞 免疫学 过敏性疾病 转录分析、流式细胞术、共聚焦显微镜、空间转录组学 NA 图像、文本 NA NA 空间转录组学 NA NA
52 2026-09-19
Comparative transcriptomics reveals shifts in cortical architecture at the metatherian/eutherian transition
2025-Oct-05, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单核RNA测序和空间转录组学比较了后兽类(负鼠)和真兽类(小鼠)初级视觉皮层的基因表达、细胞类型和层状结构,揭示了两者在皮层柱组织上的差异 首次在单细胞和空间水平上系统比较了后兽类和真兽类初级视觉皮层的细胞类型组成和层状结构,揭示了皮层柱在进化过程中的重塑 仅比较了一个后兽类物种和一个真兽类物种,样本量有限;仅关注了初级视觉皮层,未涉及其他皮层区域;未进行功能验证实验 探究在后兽类/真兽类分化时,皮层柱的细胞类型特异性组织是否发生了改变 后兽类(负鼠)和真兽类(小鼠)的初级视觉皮层 空间转录组学 NA 单核RNA测序, 空间转录组学 NA 基因表达数据, 空间转录组数据 未明确说明 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium NA
53 2026-09-19
Single-cell nanodroplet processing proteomics pipeline for analysis of human-derived microglia
2025-Oct-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文章提出了一种基于FACS分离、冷冻保存和纳升液滴处理的单细胞质谱蛋白质组学工作流程,用于分析死后人脑皮层来源的小胶质细胞 首次将纳升液滴处理与单细胞质谱蛋白质组学结合应用于人脑小胶质细胞分析,平均每个细胞可鉴定1039种蛋白质,并揭示了线粒体蛋白驱动小胶质细胞异质性 摘要中未明确提及研究局限性 开发单细胞蛋白质组学流程以探索脑小胶质细胞在细胞水平上的异质性 死后人脑皮层来源的小胶质细胞 数字病理学 阿尔茨海默病 单细胞质谱蛋白质组学 NA 蛋白质组数据 NA NA 单细胞蛋白质组学 NA 纳升液滴处理平台
54 2026-09-19
Persistent interferon signaling and clonal expansion mark early events in DNA methylation damage-induced liver cancer
2025-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过对野生型和MGMT缺陷小鼠进行纵向表型组学、转录组学和磷酸化蛋白质组学分析,揭示了NDMA诱导的DNA甲基化损伤引发肝癌的早期分子事件级联。 首次通过纵向多组学分析(表型组、转录组、磷酸化蛋白质组、空间转录组)系统描绘了NDMA暴露后从DNA损伤应答到干扰素信号持续激活再到克隆扩增的完整分子事件级联,并揭示了持续性干扰素信号与克隆扩增之间的相关性作为肿瘤发生的早期标志。 研究基于小鼠模型,结果向人类肝癌的转化适用性仍需进一步验证;未明确阐明持续性干扰素信号与克隆扩增之间的因果关系。 阐明NDMA诱导肝癌进展的分子机制,识别早期预测性生物标志物和疾病缓解策略。 野生型小鼠和MGMT缺陷小鼠 空间转录组学,多组学 肝癌 转录组测序,磷酸化蛋白质组学,空间转录组学 NA 转录组数据,蛋白质组数据,空间转录组数据,表型数据 NA NA bulk RNA-seq,空间转录组学,磷酸化蛋白质组学 NA NA
55 2026-09-19
Latent plasticity of the human pancreas across development, health, and disease
2025-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究构建了覆盖胎儿发育、成人稳态和2型糖尿病的人类胰腺单细胞多组学图谱,整合了超过400万个细胞和细胞核的多组学数据 首次整合sc/snRNA-seq、snATAC-seq、VASA-seq、空间转录组学(Xenium)和多重蛋白组学(CODEX)构建人类胰腺多组学图谱,鉴定了具有胎儿样特征的转录可塑性腺泡中心样细胞(pCACs),并发现了HNF1A定义的β细胞表观遗传状态 摘要中未提及 构建人类胰腺单细胞多组学图谱,解析胰腺细胞多样性、可塑性及其在发育、健康和疾病中的作用 57个供体的人类胰腺组织,涵盖胎儿发育、成人稳态和2型糖尿病 单细胞多组学 2型糖尿病 scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq, VASA-seq, 空间转录组学, 多重蛋白组学 NA 基因表达数据, 染色质可及性数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据 来自57个供体的超过400万个细胞和细胞核 10x Genomics, Illumina single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, single-cell multi-omics, spatial transcriptomics, 多重蛋白组学 10x Chromium, Xenium, CODEX 10x Chromium Single Cell 3', 10x Chromium Single Cell ATAC, Xenium空间转录组平台, CODEX多重蛋白组学平台
56 2026-09-19
A conserved logic for the development of cortical layering in tetrapods
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序,发现蝾螈大脑皮层存在深层和浅层神经元分层,这些分层由多能放射状胶质细胞和中间祖细胞顺序发育而来,揭示了四足动物皮层发育的保守逻辑 首次在蝾螈(两栖动物)大脑皮层中鉴定出深层和浅层神经元,挑战了传统认为两栖动物大脑皮层无分层的观点;揭示了皮层发育的保守原则,包括放射状胶质细胞的时间模式以及神经元出生日期、分子身份和投射类型的关联;提出哺乳动物皮层通过皮层发生梯度反转(从外向-内向到内向-外向)和神经元分化程序多样化从祖先发育模板演化而来 研究主要基于蝾螈模型,可能无法完全代表所有两栖动物;单细胞RNA测序数据可能受限于细胞数量和测序深度;进化结论基于比较分析,需要更多物种验证 探究四足动物大脑皮层分层的进化起源和发育机制 蝾螈(两栖动物)的大脑皮层 神经科学,发育生物学,进化生物学 NA 谱系追踪,单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据,谱系追踪数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
57 2026-09-19
Integrative analysis of spatiotemporal transcriptomics delineates dynamic cell states in squamous tumorigenesis
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过整合小鼠和人类口腔鳞状上皮从癌前病变到浸润性癌的单细胞和空间转录组数据,揭示了鳞状肿瘤发生过程中的动态细胞状态 首次构建了跨越癌前病变最早阶段至浸润性癌的小鼠和人类口腔鳞状上皮数据集,并通过空间信息引导的细胞间相互作用分析,发现了重度不典型增生和浸润性癌中伤口愈合和免疫重塑程序的早期上调 研究主要聚焦于口腔鳞状上皮,可能无法完全代表其他部位鳞状细胞癌的肿瘤发生机制;人类样本数量有限 阐明鳞状细胞癌固有治疗耐药性的机制,特别是癌前或不典型增生阶段发生的早期事件 小鼠和人类口腔鳞状上皮组织,涵盖从最早癌前阶段到浸润性癌的连续过程 数字病理学 头颈癌 单细胞转录组测序, 空间转录组测序 NA 图像, 文本 人类口腔不典型增生样本(具体数量未在摘要中说明) NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
58 2026-09-19
Photolabile oligonucleotides combined with topologically imposed light gradients enable spatially resolved single-cell transcriptomics and epigenomics
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为scSTAMP-seq的新方法,利用胆固醇标记的光不稳定寡核苷酸结合空间光梯度,在单细胞测序前对细胞位置进行标记,实现空间分辨的单细胞转录组和表观基因组分析 利用胆固醇标记的光不稳定寡核苷酸嵌入细胞膜,通过空间光梯度在组织解离前对活细胞位置进行标记,实现单细胞级别的空间分辨率;方法具有模块化设计,可兼容多种下游单细胞测序平台;可在同一细胞中联合分析表观基因组和转录组并保留位置信息;可对活细胞进行操作,mRNA捕获效率高于标准scRNA-seq 摘要中未明确提及该方法的局限性 克服现有空间转录组学方法在单细胞空间分辨率、组织覆盖范围、活细胞分析和多组学联合分析方面的不足,开发一种高灵敏度、高通量的空间分辨单细胞转录组和表观基因组图谱技术 活细胞、组织中的单个细胞 空间转录组学、单细胞多组学 NA 单细胞RNA测序、单细胞表观基因组测序、光标记空间条形码技术 NA 图像、文本 NA NA single-cell RNA-seq, single-cell multi-omics NA 基于孔板和液滴法的scRNA-seq平台,以及联合表观基因组和转录组测序平台
59 2026-09-19
scGPD: single-cell informed gene panel design for targeted spatial transcriptomics
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了scGPD,一个基于深度学习的基因panel设计框架,利用单细胞RNA-seq数据识别紧凑、非冗余的基因集用于空间转录组分析 使用基因-基因相关性感知的门控机制提取信息特征,鼓励所选基因之间的多样性并消除冗余,克服了现有方法忽略基因间相关性导致覆盖不足的局限 摘要中未明确提及研究的局限性 设计高效的基因panel用于靶向空间转录组学,以捕捉组织内细胞和空间异质性的复杂性 单细胞RNA-seq数据和空间转录组数据 空间转录组学 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 深度学习,门控机制 基因表达数据 多种单细胞数据集(具体数量未提及) NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
60 2026-09-19
Polyamine acetylation mediates crosstalk between cancer cells and myeloid cells to promote mesenchymal/plurimetabolic states in glioblastoma
2025-Oct-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1
研究论文 本研究揭示了多胺乙酰化通过SAT1及其产物N1-乙酰精胺介导胶质母细胞瘤细胞与髓系细胞之间的代谢串扰,促进间充质/多代谢状态及治疗抵抗 首次发现SAT1及其产物N1-乙酰精胺在连接肿瘤细胞与肿瘤相关巨噬细胞/髓系细胞代谢活动中发挥关键作用,通过N1-乙酰精胺的释放与摄取促进髓系细胞多胺通量、细胞呼吸和迁移,进而推动胶质母细胞瘤间充质/多代谢状态和治疗抵抗 摘要未明确提及研究局限性 探究多胺代谢重编程如何参与胶质母细胞瘤亚型分类相关的恶性细胞内在和微环境依赖的生物学过程 人类和小鼠胶质母细胞瘤肿瘤及细胞系 机器学习 胶质母细胞瘤 液相色谱-串联质谱、单细胞RNA测序、代谢谱分析 NA 图像、文本 人类和小鼠胶质母细胞瘤肿瘤及细胞系(具体数量未提供) NA 单细胞RNA测序 NA NA
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