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当前共找到 591 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 41 | 2025-12-06 |
Transcriptional landscape of aniridia-associated keratopathy through single-cell RNA sequencing
2025-Oct, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2025.05.008
PMID:40473205
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了先天性无虹膜相关角膜病变的转录组景观，识别了角膜上皮细胞的基因表达特征 | 首次在单细胞水平上表征了AAK的转录组特征，识别了角膜样细胞中KLF4表达和调节子活性的上调，以及角膜身份维持的潜在转录因子 | 研究仅基于单个病例，样本量有限，可能影响结果的普遍性 | 阐明先天性无虹膜相关角膜病变的分子机制和转录组特征 | 一位48岁女性先天性无虹膜患者的角膜上皮组织，包括透明中央角膜区域和角膜缘 | 数字病理学 | 角膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 1例患者（透明中央角膜和角膜缘组织）及健康对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2025-12-05 |
Video - Visual Integration of Drosophila Enhancer Organization: A tool for integrating and visualizing chromatin accessibility, in vivo transcription factor binding and motif occurrence in tissue-specific differentially expressed genes
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.27.684897
PMID:41279708
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研究论文 | 本文介绍了一个名为VIDEO的基于网络的分析工具，用于整合和可视化果蝇增强子组织中染色质可及性、转录因子结合及基序出现情况 | 开发了一个交互式工具，允许研究人员在组织特异性背景下探索转录因子结合基序如何与转录活性和染色质可及性相交 | NA | 开发一个工具以促进对组织特异性差异表达基因调控机制的理解 | 果蝇增强子组织、组织特异性差异表达基因 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, 原位杂交, 微阵列, scRNA-seq | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq | NA | NA |
| 43 | 2025-12-05 |
BASIN: Bayesian mAtrix variate normal model with Spatial and sparsIty priors in Non-negative deconvolution
2025-Oct-24, ArXiv
PMID:41281239
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研究论文 | 本文提出了一种名为BASIN的贝叶斯矩阵变量正态模型，用于空间转录组学中的细胞类型反卷积，通过结合空间和稀疏性先验来提高反卷积的准确性和效率 | BASIN首次将矩阵变量贝叶斯非负矩阵分解方法应用于细胞类型反卷积，通过保持变量矩阵形式推导更高效的矩阵正态后验，并提供不确定性量化 | 未明确说明模型在复杂组织或高噪声数据中的泛化能力，以及计算效率在大规模数据集上的具体表现 | 开发一种新的细胞类型反卷积方法，以从空间转录组学数据中推断细胞组成 | 空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 贝叶斯非负矩阵分解（NMF） | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 44 | 2025-12-05 |
Sepsis Induces Age- and Sex-Specific Chromatin Remodeling in Myeloid-Derived Suppressor Cells
2025-Oct-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.26.656229
PMID:41279791
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研究论文 | 本研究利用单分子表观遗传学技术揭示了脓毒症后骨髓源性抑制细胞（MDSCs）中与年龄和性别相关的染色质重塑机制 | 首次使用MAPit-FENGC单分子技术同时分析DNA甲基化和染色质可及性，构建了脓毒症后MDSCs的高分辨率表观遗传图谱，并揭示了年龄和性别特异性的染色质动态变化 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证；样本量相对有限 | 阐明脓毒症幸存者长期免疫功能障碍的表观遗传机制 | 骨髓源性抑制细胞（MDSCs） | 表观遗传学 | 脓毒症 | MAPit-FENGC（单分子DNA甲基化和染色质可及性分析），单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 表观遗传数据，转录组数据 | 年轻和年老成年雄性和雌性小鼠的脾脏MDSCs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2025-12-05 |
A lifespan transcriptomic atlas of the human prefrontal cortex at single-cell resolution
2025-Oct-06, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.11.06.24316592
PMID:41282859
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研究论文 | 本研究构建了人类背外侧前额叶皮层（DLPFC）的首个跨生命周期的单细胞核转录组图谱，揭示了其细胞和分子程序随年龄变化的动态规律 | 首次构建了覆盖人类完整生命周期（0-97岁）的DLPFC单细胞核转录组图谱，识别了三个不同的转录组阶段和十种年龄相关轨迹，并发现了成年晚期神经元核心生物钟节律丧失与胶质细胞应激适应性节律出现的新现象 | 研究基于死后样本，可能无法完全反映活体组织的动态过程；样本量虽大但个体差异可能影响部分结论的普适性 | 绘制人类前额叶皮层跨生命周期的细胞和分子图谱，以理解大脑发育、衰老及疾病易感性的基础 | 人类背外侧前额叶皮层（DLPFC） | 数字病理学 | 老年性疾病 | 单细胞核RNA测序，空间转录组学 | 非线性建模，伪时间分析 | 转录组数据，空间基因表达数据 | 284例死后样本，超过130万个细胞核 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 46 | 2025-12-05 |
Acellular Tissue Engineered Vessels as Coronary Artery Bypass Grafts
2025-Oct, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2025.101379
PMID:40939573
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研究论文 | 本研究评估了一种小直径脱细胞组织工程血管作为冠状动脉旁路移植术替代移植物的可行性和耐久性 | 首次在灵长类动物模型中评估小直径脱细胞组织工程血管作为冠状动脉旁路移植术替代移植物的长期性能，并利用空间转录组学揭示了宿主细胞浸润对血管重塑的调控机制 | 研究样本量较小（n=5），仅评估了6个月的短期效果，未与传统自体血管进行直接比较 | 开发冠状动脉旁路移植术的替代血管移植物 | 成年狒狒的冠状动脉系统 | 组织工程 | 心血管疾病 | 空间转录组学，计算机断层扫描血管造影 | NA | 影像数据，基因表达数据，组织学数据 | 5只成年狒狒 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2025-12-04 |
Role of Mitophagy in Ischemia-Reperfusion Renal Injury: New Insights from Bioinformatics Analysis
2025-Oct-30, Nephron
IF:2.3Q2
DOI:10.1159/000548962
PMID:41166509
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析结合单细胞测序，探讨了线粒体自噬在缺血再灌注肾损伤中的作用，并识别了关键基因SLC3A2作为潜在治疗靶点 | 结合转录组测序、单细胞测序和机器学习算法，筛选出与线粒体自噬相关的差异表达基因SLC3A2和TXN，并通过多层面实验验证了SLC3A2在缺血再灌注肾损伤中的关键作用 | 研究中TXN在细胞实验中的结果与先前分析相反，表明可能存在未考虑的调控机制或实验条件差异 | 阐明线粒体自噬在急性肾损伤（AKI）发病机制中的分子相互作用，以开发新的治疗策略 | 缺血再灌注损伤（IRI）相关的急性肾损伤（AKI） | 生物信息学 | 急性肾损伤 | 转录组测序，单细胞测序，生物信息学分析，机器学习算法 | 机器学习算法（未指定具体类型） | 转录组数据，单细胞数据 | 未明确指定样本数量，但涉及体外实验、体内大鼠实验和临床AKI病例 | NA | 单细胞测序，转录组测序 | NA | NA |
| 48 | 2025-12-04 |
Coxiella burnetii Strains Elicit Distinct Inflammatory Responses in Human Macrophages
2025-Oct-29, Pathogens (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/pathogens14111101
PMID:41305339
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了不同毒力的贝氏柯克斯体菌株在人巨噬细胞中引发差异化的炎症反应和极化状态 | 首次系统比较了不同毒力贝氏柯克斯体菌株在人肺泡巨噬细胞和THP-1细胞中引发的宿主转录组反应异质性，并揭示了菌株特异性和细胞特异性因素在塑造宿主免疫中的重要性 | 研究主要基于体外细胞模型，未在动物模型或临床样本中验证；单细胞RNA测序仅针对NMII菌株感染的THP-1细胞 | 阐明贝氏柯克斯体不同菌株与宿主巨噬细胞相互作用的分子机制，为Q热的靶向治疗提供依据 | 人肺泡巨噬细胞(hAMs)和THP-1巨噬细胞系 | 感染免疫学 | Q热 | RNA测序(RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 细胞因子检测 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量，使用人肺泡巨噬细胞和THP-1细胞系进行感染实验 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2025-12-04 |
Discovery of disease-associated cellular states using ResidPCA in single-cell RNA and ATAC sequencing data
2025-Oct-27, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100538
PMID:41157948
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ResidPCA的鲁棒方法，用于在单细胞RNA和ATAC测序数据中发现疾病相关的细胞状态 | ResidPCA通过显式建模细胞类型异质性，在检测跨多种细胞类型表达的状态时，比传统PCA和NMF方法具有更高的准确性 | NA | 推进对单细胞测序数据中疾病相关细胞异质性的理解 | 小鼠视觉皮层细胞和阿尔茨海默病队列的单细胞数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | PCA | 单细胞RNA和ATAC测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 50 | 2025-12-04 |
Decoding the human PBMC isonome: Isoform-level resolution with single-cell long-read transcriptomics
2025-Oct-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.16.682832
PMID:41279381
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研究论文 | 本研究利用单细胞长读长转录组学技术，解码了人类外周血单个核细胞的异构体组，实现了异构体水平的分辨率 | 通过改进的PIPseq工作流程和计算管道，生成了迄今为止最大的人类PBMC长读长单细胞数据集，并发现了128个新异构体，其中一些具有细胞类型特异性模式 | NA | 理解人类健康和疾病在异构体水平上的细胞多样性和疾病机制 | 人类外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞长读长RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | Oxford Nanopore | 单细胞RNA-seq | NA | Oxford Nanopore长读长测序 |
| 51 | 2025-12-04 |
Induction of menstruation in mice reveals the regulation of menstrual shedding
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681007
PMID:41332577
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研究论文 | 本研究通过转基因小鼠模型模拟人类月经过程，揭示了子宫内膜周期性脱落与再生的空间调控机制 | 首次建立能重现人类月经关键特征的转基因小鼠模型，并利用单细胞空间转录组学定义了驱动子宫内膜分层和脱落的空间调控成纤维细胞分化新范式 | 转基因小鼠模型与人类自然月经过程仍存在生理差异，且研究主要关注成纤维细胞分化机制，其他细胞类型的作用有待进一步探索 | 研究月经过程中子宫内膜选择性脱落的调控机制 | 转基因小鼠子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 妇科生理 | 单细胞空间转录组学、化学遗传学激活 | 转基因小鼠模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 52 | 2025-09-18 |
Author Correction: Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain
2025-Oct, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02077-z
PMID:40958041
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2025-12-03 |
Neuroprotective role of DNTαβ Cell transplantation on modulating immune microenvironment in spinal cord injured mice
2025-Oct, Neurotherapeutics : the journal of the American Society for Experimental NeuroTherapeutics
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.neurot.2025.e00743
PMID:40987706
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研究论文 | 本研究探讨了DNTαβ细胞移植在脊髓损伤小鼠中通过调节免疫微环境发挥神经保护作用的机制 | 首次利用单细胞测序揭示DNT细胞的异质性，并验证DNTαβ细胞移植通过Gzmb和IFN通路调节免疫反应，促进脊髓损伤后的早期修复和神经保护 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证，且具体分子机制需进一步深入探索 | 探究DNTαβ细胞移植对脊髓损伤后免疫微环境的调节作用及其神经保护效果 | 脊髓损伤小鼠模型 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 流式细胞术、单细胞测序、转录组测序、免疫组织化学 | NA | 单细胞测序数据、转录组数据、流式细胞术数据、免疫组织化学图像 | 未明确指定样本数量，但使用小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2025-12-02 |
Divergent role of CD8 T cells with distinct metabolic phenotypes during curative radio-immunotherapy in hot versus cold tumors
2025-Oct-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684274
PMID:41279819
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研究论文 | 本研究探讨了在热肿瘤与冷肿瘤模型中，具有不同代谢表型的CD8 T细胞在治愈性放射免疫疗法中的不同作用 | 开发了一种可治愈大型免疫热和免疫冷小鼠肿瘤的放射免疫疗法方案，并利用表达mCherry的CD8 T细胞免疫活性小鼠模型进行免疫细胞追踪 | 研究基于小鼠模型，结果向人类癌症的转化需进一步验证 | 探究CD8 T细胞在放射免疫疗法中对热肿瘤与冷肿瘤的不同作用机制 | 小鼠结肠癌（热肿瘤）模型和小鼠黑色素瘤（冷肿瘤）模型 | 肿瘤免疫学 | 结肠癌, 黑色素瘤 | 流式细胞术, 多光子成像, 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2025-12-02 |
Interregional human assembloids recapitulate fetal brain morphologies and enhance neuronal complexity
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684445
PMID:41278870
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研究论文 | 本研究利用3D共聚焦成像和手动重建技术，分析了人类前脑、丘脑器官样体及组装体，揭示了其神经元形态与胎儿大脑的相似性及组装体增强的形态复杂性 | 首次系统描述人类神经器官样体和组装体中神经元形态的多样性，并发现组装体比单个器官样体具有更高的形态复杂性，包括更广泛的树突分支、更长投射和多样化的胞体形状 | 研究仅基于735个神经元的样本量，可能无法完全代表整体多样性；手动重建方法可能引入主观偏差 | 验证人类神经模型并建模形态功能性疾病 | 人类前脑（背侧和腹侧）和丘脑（背侧和腹侧）器官样体，以及前脑、丘脑和皮质丘脑组装体 | 数字病理学 | NA | 3D共聚焦成像和手动重建 | NA | 图像 | 735个神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2025-12-02 |
Multi-site Assessment of Methods for Cell Preservation Upstream of Single Cell RNA Sequencing
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684427
PMID:41279168
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研究论文 | 本研究评估了三种单细胞RNA测序上游细胞保存方法（10x Genomics FLEX、Parse Bioscience Evercode WT v2和Honeycomb Bio HIVE）在多平台、多站点下的性能和可重复性 | 通过跨平台、多站点研究，系统比较了固定和冷冻保存方法在单细胞RNA测序中的表现，并展示了这些方法在细胞类型注释和相对丰度方面的一致性 | 研究仅基于单一健康个体的白细胞样本，可能无法完全代表其他细胞类型或疾病状态下的保存效果 | 评估单细胞RNA测序上游细胞保存方法的性能和可重复性，以优化样本收集和处理流程 | 从单一健康个体分离的总白细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、21色流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 单一健康个体的白细胞样本 | 10x Genomics, Parse Biosciences, Honeycomb Bio | 单细胞RNA-seq | 10x Genomics FLEX, Parse Bioscience Evercode WT v2, Honeycomb Bio HIVE | 10x Genomics FLEX（固定或冷冻保存方法）、Parse Bioscience Evercode WT v2（固定或冷冻保存方法）、Honeycomb Bio HIVE（固定或冷冻保存方法） |
| 57 | 2025-12-02 |
Semi-parametric Empirical Bayes Method for Multiplet Detection in snATAC-seq with Probabilistic Multi-omic Integration
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.23.684138
PMID:41279855
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研究论文 | 本文提出了一种名为SEBULA的半参数经验贝叶斯方法，用于在单细胞核ATAC-seq数据中检测多重捕获事件，并通过概率多组学整合提高检测准确性 | SEBULA是首个针对snATAC-seq数据设计的半参数经验贝叶斯模型，能够提供校准良好的后验概率，实现原则性的错误发现率控制，并支持与scRNA-seq等多模态数据的概率整合 | 方法主要针对snATAC-seq数据的稀疏性和过度分散特性设计，在其他单细胞技术中的适用性可能需要进一步验证 | 开发一种能够准确检测单细胞核ATAC-seq数据中多重捕获事件的计算方法 | 单细胞核ATAC-seq数据中的多重捕获事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 多组学整合 | 半参数经验贝叶斯模型 | 染色质可及性测量数据, 基因表达数据 | 七个注释的三模态DOGMA-seq数据集 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 58 | 2025-12-02 |
Supervised machine learning identifies impaired mitochondrial quality control in β cells with development of type 2 diabetes
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.683335
PMID:41278904
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研究论文 | 本研究开发了一个可解释的监督机器学习框架，用于识别2型糖尿病β细胞中线粒体质量控制的受损机制 | 结合了稀疏规则分类、通路约束建模和线粒体适应性分层，在单细胞水平上预测T2D并揭示疾病机制 | 研究样本量相对较小（52名人类供体），且主要基于单细胞RNA测序数据，可能未涵盖所有相关生物学层面 | 识别2型糖尿病中β细胞衰竭的分子通路，特别是线粒体质量控制的作用 | 人类β细胞，来自52名供体的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | SnakeClassifier, BlackSwanClassifier, Kolmogorov-Arnold Neural Networks (KANN) | 单细胞RNA测序数据 | 52名人类供体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 59 | 2025-12-02 |
Rapid canalization of chromosome conformation-transcription fingerprints during embryogenesis revealed by fully-automated cell identity decoding with CeSCALE
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.684035
PMID:41279329
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研究论文 | 本研究开发了一种名为CeSCALE的新型算法，结合单细胞基因组学，揭示了胚胎发育过程中局部染色体构象-转录'指纹'与细胞谱系的关系及其遗传模式 | 开发了基于最优传输理论的CeSCALE算法，首次实现了对广泛发育窗口中谱系解析的单个细胞表型的全自动量化，并揭示了局部构象-转录'指纹'沿细胞谱系的稳定遗传现象 | 研究主要基于胚胎发育模型，结论在其他生物系统或疾病状态中的普适性有待验证 | 探究胚胎发育过程中染色体高级构象与转录活性之间的关系及其沿细胞谱系的遗传机制 | 胚胎发育过程中的细胞谱系 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞基因组学，单分子染色体追踪，单细胞转录组学 | CeSCALE（基于Sinkhorn的细胞对齐算法） | 单细胞基因组数据，单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞基因组学，单细胞转录组学 | NA | NA |
| 60 | 2025-12-02 |
Epithelial-Mesenchymal Transition is Associated with Altered Immune Composition and Cytotoxic Function in Triple-Negative Breast Cancer
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.683714
PMID:41280107
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了三阴性乳腺癌中上皮-间质转化（EMT）谱系与肿瘤免疫微环境组成及功能变化之间的关联 | 首次系统揭示了EMT中间状态（非完全上皮或完全间质状态）与免疫细胞组成及功能的梯度变化关系，阐明了EMT谱系上肿瘤细胞MHC分子表达下调、细胞毒性T细胞和NK细胞功能抑制以及B细胞亚群转变的渐进模式 | 研究基于小鼠4T1肿瘤细胞系衍生的克隆模型，其结论在人类乳腺癌中的普适性需要进一步验证；单细胞RNA测序数据主要反映转录组水平变化，蛋白质水平和功能验证有待补充 | 探究三阴性乳腺癌中上皮-间质转化（EMT）不同状态对肿瘤免疫微环境组成和功能的影响 | 从4T1小鼠三阴性乳腺癌细胞系建立的五个具有不同EMT表型的单细胞克隆群体及其形成的肿瘤 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 五个单细胞克隆群体及其衍生的肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |