单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-06	SGLT2 inhibitors and cardiac fibrosis: A comprehensive review 2025-Oct, Current problems in cardiology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.cpcardiol.2025.103149 PMID:40769233	综述	本文全面综述了SGLT2抑制剂在心脏纤维化中的作用机制和临床证据	系统整合了SGLT2抑制剂在糖尿病和非糖尿病背景下通过多途径（氧化应激、线粒体功能等）抗纤维化的新机制证据	主要心血管结局试验中缺乏纤维化特异性终点，且缺乏人体组织学验证	探讨SGLT2抑制剂作为心脏纤维化调节剂在不同心血管疾病状态中的作用	心脏纤维化病理机制及SGLT2抑制剂的干预效果	心血管医学	心血管疾病	心脏磁共振评估、血清胶原生物标志物检测、人工智能驱动的纤维化量化	NA	临床数据、实验模型数据、影像数据	NA（综述文章未涉及具体样本量）
42	2025-09-06	Antioxidant functionalized double-net/TA dynamic hydrogel promotes cartilage regeneration through stabilization of chondrocyte phenotype 2025-Oct, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102203 PMID:40893359	研究论文	本研究开发了一种抗氧化功能化双网络/TA动态水凝胶，通过稳定软骨细胞表型促进软骨再生	首次发现软骨细胞在扩增过程中代谢模式从糖酵解向氧化磷酸化转变，并设计了一种新型抗氧化DN-TA水凝胶系统通过调节代谢稳定软骨细胞表型	研究主要在裸鼠皮下植入模型中进行，尚未在更复杂的关节环境中验证	探究软骨细胞扩增过程中的代谢重编程机制，并通过代谢调控优化软骨组织工程策略	软骨细胞	组织工程	软骨缺损	单细胞RNA测序，转录组分析	NA	基因表达数据	P3代软骨细胞在裸鼠皮下植入8/12周
43	2025-09-06	RNA-seq dataset of the estrogen-dependent regulation of the transcriptome in mouse mammary gland organoids 2025-Oct, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2025.111984 PMID:40896136	研究论文	本研究通过RNA测序分析雌激素处理的小鼠乳腺类器官转录组，揭示雌激素信号通路对乳腺上皮基因的调控作用	首次利用乳腺类器官模型结合bulk mRNA-seq技术系统研究雌激素依赖性转录组调控，为单细胞水平研究提供基础数据	仅使用bulk RNA-seq技术，未能解析细胞异质性；研究局限于小鼠模型，需进一步验证人体相关性	探究雌激素信号通路对乳腺上皮细胞转录组的特异性调控机制	小鼠乳腺上皮类器官	转录组学	乳腺癌	RNA-seq, next-generation sequencing	DESeq2	RNA测序数据	雌激素处理的成熟小鼠乳腺类器官（11天处理周期）
44	2025-09-05	The Landscape of SPP1 + Macrophages Across Tissues and Diseases: A Comprehensive Review 2025-Oct, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13952 PMID:40395129	综述	本文全面综述了SPP1+巨噬细胞在不同组织和疾病中的分布、功能异质性及其在肿瘤和非癌性疾病中的作用	系统整合单细胞RNA测序技术的最新发现，首次全面比较SPP1+巨噬细胞在不同病理环境中的保守特性和组织特异性差异	NA	探讨SPP1+巨噬细胞在疾病微环境中的适应性及其对疾病进展的影响，为治疗靶点开发提供新视角	SPP1+巨噬细胞及其在肿瘤和非癌性疾病（如纤维化）中的功能表现	免疫学	多疾病范畴（包含癌症及非癌性疾病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA（基于多项研究的综合回顾）
45	2025-09-05	From tissue architecture to clinical insights: Spatial transcriptomics in solid tumor studies 2025-Oct, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152389 PMID:40664120	综述	本文深入探讨空间转录组学技术在实体肿瘤研究中的进展与应用	整合空间转录组学与单细胞多组学及先进计算算法，揭示肿瘤微环境三维分子景观	存在技术分辨率、数据处理、样本制备和临床标准化方面的挑战	推动空间转录组学作为精准肿瘤学关键工具的发展	实体肿瘤及其微环境	数字病理	实体肿瘤	空间转录组学（成像与测序平台）	深度学习	空间基因表达数据	NA
46	2025-09-05	Microarray and Single-Cell RNA Sequencing Reveals G-Protein Gene Expression Signatures of Spermatogonia Stem Cell 2025-Oct, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-025-10942-4 PMID:40694278	研究论文	通过微阵列和单细胞RNA测序揭示精原干细胞中G蛋白基因的表达特征	首次在人类睾丸单细胞水平系统分析G蛋白基因在精原干细胞发育中的表达谱，并鉴定出多个上调和下调的关键基因	样本量较小（仅6个人类睾丸），且主要依赖转录组数据，缺乏功能验证实验	探究人类精原干细胞发育的分子机制，特别是G蛋白相关基因的表达调控	人类睾丸组织中的精原干细胞	单细胞组学	男性不育	微阵列分析，单细胞RNA测序，生物信息学分析，免疫荧光标记	NA	单细胞转录组数据	6个人类睾丸样本
47	2025-09-05	Deciphering the prognostic value and immunotherapeutic strategy of aggrephagy in melanoma: Integrating single-cell sequencing and machine learning 2025-Oct, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152371 PMID:40695191	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习技术，探究了聚集性自噬（aggrephagy）在皮肤黑色素瘤中的预后价值及免疫治疗策略	首次构建了聚集性自噬相关特征（ARS），并在多个独立数据集中验证其预后预测能力，同时通过体内实验验证关键癌基因TPX2的功能	研究主要基于回顾性数据分析，需要更多前瞻性研究验证临床适用性	探究聚集性自噬在皮肤黑色素瘤中的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	皮肤黑色素瘤患者转录组数据和小鼠模型	生物信息学	黑色素瘤	单细胞测序、机器学习算法、shRNA敲低、流式细胞术	预后预测模型	转录组测序数据	TCGA数据库黑色素瘤数据+GEO数据库中3个独立数据集+小鼠体内实验
48	2025-09-05	Predictive model for proliferative diabetic retinopathy using single-cell transcriptomics 2025-Oct, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110536 PMID:40701535	研究论文	本研究利用单细胞转录组学数据构建了预测增殖性糖尿病视网膜病变的机器学习模型	首次整合PDR患者纤维血管膜和健康供体视网膜的单细胞测序数据，并开发了基于机器学习的预测工具	样本量相对有限（9个FVMs样本），需要更大规模验证	探索增殖性糖尿病视网膜病变的分子机制并开发预测模型	糖尿病视网膜病变患者的纤维血管膜组织和健康供体的视网膜组织	数字病理学	糖尿病视网膜病变	scRNA-seq, 基因表达差异分析, GO和KEGG富集分析	机器学习模型	单细胞转录组数据	9例PDR患者的FVMs样本和健康供体视网膜样本
49	2025-09-05	CXCR4+ monocytes promote neovascularization in wet age-related macular degeneration 2025-Oct, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110550 PMID:40713972	研究论文	本研究通过整合多组学技术揭示了CXCR4+单核细胞在湿性年龄相关性黄斑变性中促进病理性血管生成的关键作用及RUNX3的调控机制	首次鉴定MMP2+内皮细胞具有双重血管生成和干细胞特性，发现CXCR4+单核细胞通过CXCL12-CXCR4轴介导血管生成，并确立RUNX3作为主导调控因子	NA	阐明湿性AMD中血管生成与炎症交互作用的细胞介质和分子机制	湿性年龄相关性黄斑变性（wAMD）相关的血管生成过程和单核细胞亚群	病理机制研究	年龄相关性黄斑变性	bulk RNA测序、单细胞转录组学、多重免疫组化（mIHC）、体内模型	NA	转录组数据、组织切片图像、实验模型数据	NA
50	2025-09-05	Multimodal profiling of oral squamous cell carcinoma identifies genomic alterations and expression programs associated with betel quid chewing 2025-Oct, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2025.101218 PMID:40784158	研究论文	通过多组学方法研究槟榔咀嚼与口腔鳞状细胞癌的基因组改变和肿瘤微环境特征	首次整合外显子组测序、单细胞转录组和空间转录组学，系统揭示槟榔相关OSCC的独特基因组改变和肿瘤微环境重塑机制	研究仅纳入男性患者样本，且样本量有限（261例）	阐明槟榔咀嚼导致口腔鳞状细胞癌的基因组损伤机制和肿瘤微环境特征	261例男性口腔鳞状细胞癌患者（129例槟榔咀嚼者，132例非咀嚼者）的肿瘤-正常组织配对样本	多组学整合分析	口腔鳞状细胞癌	外显子组测序、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据、空间表达数据	261例男性OSCC患者（129例槟榔咀嚼者，132例非咀嚼者）的肿瘤-正常组织配对样本
51	2025-09-05	Single-cell transcriptomics reveals that RNA pseudouridylation-related gene NHP2 promotes the progression of uveal melanoma and validated in vivo and in vitro 2025-Oct, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110578 PMID:40812391	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析发现RNA假尿苷化相关基因NHP2促进葡萄膜黑色素瘤进展，并在体内外实验中验证其功能	首次揭示RNA假尿苷化修饰基因NHP2在葡萄膜黑色素瘤中的关键作用，并建立基于NHP2的预后预测模型	NA	探究RNA修饰相关基因在葡萄膜黑色素瘤进展中的作用机制	葡萄膜黑色素瘤组织、细胞系及患者临床样本	生物医学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序、免疫组化、Western blot、基因敲降/过表达实验、CCK-8、集落形成、Edu、划痕愈合、Transwell、流式细胞术	Cox回归、Lasso回归、无监督聚类	基因表达数据、临床数据	NA
52	2025-09-03	Decoding meningioma prognosis with multi-omics: macrophage diversity, immune-CNV interplay, and novel SPP1-targeted strategies 2025-Oct, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-025-05116-8 PMID:40522564	研究论文	通过整合多组学数据解析脑膜瘤预后，重点关注巨噬细胞多样性、免疫-CNV相互作用及SPP1靶向治疗策略	首次结合DNA甲基化和单细胞转录组数据对脑膜瘤进行分子分型，揭示SPP1在巨噬细胞功能调控中的关键作用及治疗潜力	研究基于302对样本，仍需更大规模验证；SPP1靶向治疗的临床转化需进一步实验	建立脑膜瘤的预后分层模型并探索免疫微环境调控机制	302对脑膜瘤样本及其多组学数据	生物信息学	脑膜瘤	DNA甲基化测序、bulk RNA-seq、scRNA-seq、SCISSOR、scRank	多组学整合聚类	基因组学数据、转录组数据	302对脑膜瘤样本
53	2025-09-03	A prognostic gene signature and subtype-specific drug sensitivity in TNBC revealed by single-cell and bulk RNA sequencing: Insights into stemness and tumor heterogeneity 2025-Oct, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2025.06.007 PMID:40541706	研究论文	通过单细胞和bulk RNA测序揭示TNBC的预后基因特征、亚型特异性药物敏感性及肿瘤异质性	整合多组学方法识别出与化疗耐药相关的可塑性上皮亚群和220个共有差异表达基因，并构建四基因预后特征	NA	研究TNBC的细胞异质性、耐药机制及预后生物标志物	三阴性乳腺癌（TNBC）患者样本	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 表观基因组分析, 突变分析	无监督聚类	RNA测序数据	来自GSE176078和TCGA-BRCA数据集的样本
54	2025-09-02	Spatiotemporal R-loop accumulation orchestrates microenvironmental remodeling after spinal cord injury 2025-Oct-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.107055 PMID:40789519	研究论文	本研究首次报道脊髓损伤后R-loop积累通过神经炎症驱动神经退行性变，并揭示其与微环境重塑的关联	首次发现R-loop在神经损伤背景下的积累现象及其通过神经炎症介导神经退行性变的机制	研究基于动物模型（夹挫伤模型），结果向人类临床应用的转化需进一步验证	探究脊髓损伤后R-loop积累的时空动态及其对微环境重塑的影响	脊髓损伤模型中的新鲜脊髓组织（包括灰质和白质）	神经科学	脊髓损伤	空间转录组学、免疫荧光染色、单细胞分析、HE/LFB染色、细胞反卷积计算	NA	基因表达数据、空间转录组数据、单细胞数据、组织图像数据	损伤腔组织（50-100mg），在损伤后0、1、3、7、14天多个时间点采集
55	2025-08-11	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Oct, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70057 PMID:40631762	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和基因敲除实验，探讨了Yap和Taz在嗅觉鞘细胞（OECs）和雪旺细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OECs和雪旺细胞发育中的不同作用，并发现尽管这些细胞发育受到影响，GnRH-1神经元的迁移仍不受影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究Yap和Taz在嗅觉鞘细胞和雪旺细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻部组织中的嗅觉鞘细胞、雪旺细胞和GnRH-1神经元	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除	Sox10-Cre小鼠模型	RNA测序数据、基因表达数据	小鼠胚胎鼻部组织
56	2025-08-11	Diverse Subpopulations of Reactive Astrocytes Following Chronic Toxoplasma Infection 2025-Oct, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70053 PMID:40635167	research paper	该研究探讨了慢性弓形虫感染后反应性星形胶质细胞的多样亚群及其功能特征	揭示了慢性神经炎症期间反应性星形胶质细胞亚群的动态变化及其功能特征，特别是表达转甲状腺素蛋白（Ttr）的星形胶质细胞在免疫调节中的新作用	研究主要基于小鼠模型，人类慢性神经炎症中的星形胶质细胞亚群可能有所不同	研究慢性神经炎症中反应性星形胶质细胞的多样性和功能演变	慢性弓形虫感染小鼠模型中的反应性星形胶质细胞	神经科学	神经感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Lcn2CreERT2报告小鼠模型	基因表达数据	NA
57	2025-08-10	Pan-cancer analysis of acetylcholinesterase (AChE) expression by a data-driven approach: future directions of AChE in cancer neuroscience 2025-Oct-08, Chemico-biological interactions IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.cbi.2025.111647 PMID:40651751	研究论文	通过数据驱动的方法对乙酰胆碱酯酶（AChE）在泛癌中的表达特征进行了全面的生物信息学分析	首次从泛癌角度揭示了AChE表达与癌症发展和预后的相关性，并预测了AChE在GBM进展中的潜在作用	研究结果基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究AChE表达与癌症发展和预后的关系	泛癌数据集和GBM患者的单细胞RNA测序数据	癌症神经科学	多种癌症（包括胰腺癌、胶质母细胞瘤等）	生物信息学分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自TCGA和GTEx数据库的泛癌数据集以及GBM患者的单细胞RNA测序数据
58	2025-08-10	The m5C reader Alyref regulates cardiac remodeling post-myocardial infarction by modulating extracellular matrix protein synthesis in cardiac fibroblasts 2025-Oct, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2025.120011 PMID:40562236	研究论文	本研究探讨了m5C阅读器Alyref在心肌梗死后心脏重塑中的作用，特别是通过调节心脏成纤维细胞中细胞外基质蛋白的合成	首次揭示了Alyref通过调节Fbln1/Loxl1通路影响心脏成纤维细胞的增殖和转分化，进而调控心脏重塑的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探究m5C修饰与心肌梗死后心脏重塑的关系	心肌梗死小鼠模型和缺氧诱导的原代新生心脏成纤维细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	生物信息学分析、免疫荧光、组织病理学、Western blot、AAV感染	小鼠心肌梗死模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量
59	2025-08-06	Spatial Transcriptomics Unveils Regional Heterogeneity and Subclonal Dynamics in the Lung Adenocarcinoma Microenvironment 2025-Oct, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108929 PMID:40617150	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，深入分析了肺腺癌及其微环境的空间功能异质性	通过空间转录组学揭示了肺腺癌微环境中的区域异质性和亚克隆动态，弥补了单细胞转录组学缺乏空间信息的不足	研究仅基于一个空间转录组学样本，样本量较小	探索肺腺癌微环境的空间功能异质性和肿瘤动态	肺腺癌组织及其微环境	数字病理学	肺腺癌	空间转录组学，单细胞转录组学	NA	转录组数据	125,203个单细胞和3,990个空间转录组学spots
60	2025-08-04	Deciphering the regulatory networks of human male germline development from embryo to adulthood 2025-Oct, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167918 PMID:40409516	研究论文	通过整合从六周胚胎到老年男性的92,488个人类睾丸细胞，构建了全面的人类男性生殖细胞图谱，揭示了调控男性生殖细胞发育的因子	首次构建了从胚胎到老年的人类男性生殖细胞发育图谱，并揭示了WNT6-FZD3/LRP6-JUN/MYC信号轴和ANGPTL信号在生殖细胞发育中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏功能验证实验	解析人类男性生殖细胞从胚胎到成年的发育调控网络	人类睾丸细胞	生殖生物学	男性不育症	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	92,488个睾丸细胞，覆盖从六周胚胎到老年男性的多个发育阶段