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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2025-10-05 |
Integrated single-cell RNA-seq analysis reveals that EZH2 regulates the MIF-CD74 axis to modulate T cell activation and exhaustion in hepatocellular carcinoma
2025-Oct-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07071-4
PMID:41034982
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq分析揭示了EZH2通过调控MIF-CD74轴影响肝细胞癌中T细胞活化与耗竭的机制 | 构建了包含16个基因的整合模型,首次发现EZH2通过MIF-CD74信号通路调控CD8+ T细胞的活化与耗竭状态 | 研究结果仍需在更大样本中验证,机制研究主要依赖小鼠模型 | 开发肝细胞癌预后和免疫检查点抑制剂反应预测模型,并探索相关基因在肿瘤免疫微环境中的作用 | 肝细胞癌患者样本和免疫活性小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 整合基因模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 442 | 2025-10-05 |
TEAD3 + high-risk melanoma cells crosstalk with GAS6 + macrophages via the GAS6-TYRO3 ligand-receptor axis to modulate propionate metabolism and drive melanoma progression
2025-Oct-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03542-0
PMID:41034991
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了TEAD3驱动的高风险黑色素瘤亚型通过GAS6-TYRO3配体-受体轴与巨噬细胞相互作用,重编程丙酸代谢促进肿瘤进展的机制 | 首次发现TEAD3+高风险黑色素瘤细胞通过GAS6-TYRO3轴与巨噬细胞互作,调控丙酸代谢和甲基丙二酸积累驱动肿瘤进展 | 研究主要基于TCGA数据库和单细胞测序数据,需要更多临床样本验证 | 阐明短链脂肪酸代谢失调驱动的黑色素瘤亚型及其侵袭性机制 | 468例TCGA黑色素瘤样本和单细胞RNA-seq数据 | 肿瘤生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, CRISPR/Cas9, siRNA敲低, 免疫组化, 代谢分析, Seahorse分析 | 非负矩阵分解(NMF)聚类分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 468例TCGA黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 443 | 2025-10-05 |
Targeting tumor microenvironment with biomimetic nanovesicles for non-small cell lung cancer gene therapy
2025-Oct-01, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03684-5
PMID:41035023
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研究论文 | 本研究开发了一种仿生纳米囊泡用于非小细胞肺癌的基因治疗 | 首次构建了CAF膜包被的siRNA递送系统,靶向ACTN1基因治疗NSCLC | CAF-癌细胞相互作用的精确机制仍需进一步阐明 | 开发靶向肿瘤微环境的基因治疗策略 | 非小细胞肺癌肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞 | 生物医学工程 | 肺癌 | 单细胞测序, siRNA基因沉默 | NA | 基因表达数据, 细胞功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 444 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics of organoids reveals transcriptional control of germline stem cell fate by an E2F1-TFAP2C-SOX17 positive-feedback loop in Turner syndrome
2025-Oct-01, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01464-0
PMID:41035077
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析特纳综合征类器官,揭示了E2F1-TFAP2C-SOX17正反馈环路调控生殖系干细胞命运的分子机制 | 首次在特纳综合征模型中建立类器官系统生成人类生殖系干细胞及其体细胞生态位,并发现E2F1作为关键命运调控因子通过正反馈环路控制生殖系干细胞命运 | 研究仅限于特纳综合征45,XO模型,尚未验证在其他类型生殖障碍中的普适性 | 探究特纳综合征患者生殖系干细胞发育的分子调控机制 | 特纳综合征患者来源的iPSCs、生殖系干细胞及其体细胞生态位 | 单细胞生物学 | 特纳综合征 | 单细胞转录组测序 | 类器官模型 | 单细胞RNA测序数据 | 特纳综合征45,XO类器官模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 445 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing technology in renal cancer: insights into tumor biology and clinical application
2025-Oct-01, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00811-0
PMID:41035074
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综述 | 本文综述单细胞测序技术在肾癌研究中的应用,揭示肿瘤异质性并探讨临床转化前景 | 系统阐述单细胞测序技术如何揭示肾癌细胞图谱、肿瘤微环境复杂性及与空间组学技术的整合应用 | 未涉及具体实验数据,主要基于现有文献综述,缺乏原始研究验证 | 探讨单细胞测序技术对肾癌生物学机制和临床应用的贡献 | 肾癌(特别是透明细胞肾细胞癌)的肿瘤异质性和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间组学 | NA | NA |
| 446 | 2025-10-05 |
Functional diversity of disorder-specific macrophages involved in various diseases
2025-Oct-01, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-025-00390-5
PMID:41035106
|
综述 | 本文综述了疾病特异性巨噬细胞的功能多样性及其在各种疾病中的作用机制 | 超越传统的M1/M2极化模型,基于单细胞RNA测序技术揭示了疾病特异性巨噬细胞的连续转录状态和功能多样性 | NA | 探讨疾病特异性巨噬细胞的起源、转录调控和空间异质性,及其在疾病进展中的独特作用 | 疾病特异性巨噬细胞亚群 | 免疫学 | 多种疾病(包括结核病、肥胖、神经退行性疾病、非酒精性脂肪性肝炎等) | 单细胞RNA测序,多组学整合分析 | NA | 转录组数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 447 | 2025-10-05 |
Single-cell analysis reveals an important role of CD137L+ macrophages in the host response to uropathogenic Escherichia coli infection in the bladder
2025-Oct, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013543
PMID:41042739
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示CD137L+巨噬细胞在膀胱宿主应对尿路致病性大肠杆菌感染中的关键保护作用 | 首次发现CD137L+巨噬细胞通过调节Tregs在UPEC感染中发挥关键免疫调节作用 | 研究局限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究宿主对尿路致病性大肠杆菌感染的免疫反应机制 | 小鼠膀胱免疫细胞 | 单细胞生物学 | 泌尿系统感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠膀胱组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 448 | 2025-10-05 |
scRNA-seq deciphers molecular mechanisms of endocrine disruptor 4-nonylphenol impairing spermatogenesis in mice
2025-Oct-03, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-025-10095-7
PMID:41042295
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示环境内分泌干扰物4-壬基酚损害小鼠精子发生的分子机制 | 首次报道了青春期小鼠暴露于NP后睾丸单细胞的转录组特征,并发现NECTIN3-NECTIN2等受体-配体相互作用在生殖细胞间的通讯改变 | 研究仅使用小鼠模型,样本量有限,未涉及人类样本验证 | 阐明NP暴露对睾丸细胞的毒性作用机制 | 青春期小鼠睾丸细胞 | 单细胞生物学 | 男性生殖功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 空白对照组和NP暴露组(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 449 | 2025-10-05 |
Microfluidic Device Type Improves Heart mRNA Delivery In Vivo
2025-Oct-02, Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acs.langmuir.5c02612
PMID:41037471
|
研究论文 | 本研究通过改变脂质纳米颗粒的制备工艺,显著提高了心脏mRNA递送效率 | 发现使用鲱鱼骨混合器制备的LNP比传统分叉混合器制备的LNP心脏递送效率提高2倍,且无需改变LNP化学组成或添加靶向配体 | 研究仅在小鼠动脉粥样硬化模型中验证,尚未在更大动物模型或人类中测试 | 提高脂质纳米颗粒对非肝脏组织的mRNA递送效率 | 脂质纳米颗粒(LNP)和心脏组织 | 生物医学工程 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠动脉粥样硬化模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 450 | 2025-10-05 |
Platelet activation plays a pro-inflammatory role in myasthenia gravis
2025-Oct-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63750-2
PMID:41038808
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研究论文 | 本研究通过分析重症肌无力患者的血小板转录组特征,揭示了血小板活化在疾病中的促炎作用 | 首次在AChR+免疫治疗初治重症肌无力患者中,结合bulk和单细胞RNA测序技术系统分析血小板转录组特征及其与免疫系统的相互作用 | 样本量相对有限,主要关注AChR+亚型患者 | 探讨血小板活化在重症肌无力发病机制中的作用 | AChR+免疫治疗初治重症肌无力患者 | 免疫学 | 重症肌无力 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未明确样本数量(nMG患者) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 451 | 2025-10-05 |
Crotonate enhances intestinal regeneration after injury via HBO1-mediated H3K14 crotonylation
2025-Oct-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63869-2
PMID:41038843
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研究论文 | 本研究揭示了克罗托酸通过HBO1介导的H3K14克罗托酰化促进肠道损伤后再生修复的机制 | 首次发现克罗托酸和H3K14cr在再生隐窝中增加,并证明HBO1介导的H3K14cr在肠道再生中的关键作用 | 未明确说明样本量大小和研究局限性 | 探究组蛋白克罗托酰化特别是H3K14cr在肠道再生中的作用机制 | 肠道上皮细胞、Lgr5肠道干细胞、再生隐窝 | 分子生物学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序、染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 452 | 2025-10-05 |
Benchmarking scRNA-seq copy number variation callers
2025-Oct-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62359-9
PMID:41038850
|
研究论文 | 本研究对六种单细胞RNA测序拷贝数变异检测工具进行了系统性评估 | 首次对单细胞RNA测序CNV检测方法进行独立基准测试,并开发了用于新数据集方法选择的基准测试流程 | 性能受数据集特定因素影响,包括数据集大小、CNV数量和类型以及参考数据集选择 | 评估单细胞RNA测序CNV检测方法的准确性和性能 | 六种流行的单细胞RNA测序CNV检测计算方法 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 21个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基于液滴的单细胞RNA测序数据集 |
| 453 | 2025-10-05 |
Identification and expression analysis of papain-like cysteine proteases gene family and response to B. cinerea stress in F. vesca
2025-Oct-02, BMC plant biology
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12870-025-07291-2
PMID:41039302
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研究论文 | 本研究通过系统分析森林草莓中木瓜样半胱氨酸蛋白酶基因家族,揭示了其在灰葡萄孢菌胁迫响应中的功能 | 首次在森林草莓中系统鉴定PLCP基因家族,结合单细胞转录组和双转录组分析揭示了该基因家族在病原菌胁迫下的细胞类型特异性表达模式 | 研究主要基于生物信息学分析和表达验证,缺乏直接的基因功能验证实验 | 探究森林草莓PLCP基因家族在生物胁迫响应中的功能 | 森林草莓(Fragaria vesca)的PLCP基因家族 | 植物分子生物学 | 植物真菌病害 | 系统发育分析,染色体定位,Ka/Ks分析,顺式元件分析,单细胞转录组测序,双转录组测序,RT-qPCR,瞬时表达实验 | NA | 基因组数据,转录组数据,基因表达数据 | 44个FvPLCP基因 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |
| 454 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing and mass spectrometry imaging reveal the multicellular compartmentalization map of plant triterpenes: A ginsenoside in Panax ginseng example
2025-Oct, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70198
PMID:40626415
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和质谱成像技术揭示了人参中三萜类化合物人参皂苷的多细胞区室化分布图谱 | 首次报道植物三萜类化合物的生物合成多细胞定位图谱,构建了人参皂苷的多细胞区室化分布图 | 仅以人参皂苷为例研究植物三萜类化合物,未涵盖其他三萜类化合物 | 揭示植物三萜类化合物的多细胞区室化分布规律 | 人参(Panax ginseng)组织中的三萜类化合物人参皂苷 | 植物代谢组学 | NA | 单细胞测序,质谱成像 | 伪时间分析 | 单细胞基因表达数据,空间代谢物分布图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间代谢组学 | NA | NA |
| 455 | 2025-10-05 |
Single-Cell Transcription Reveals the Fibroblast Heterogeneity and Neural Cells' Significance in Desmoid Fibromatosis
2025-Oct, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70160
PMID:40706632
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示硬纤维瘤中成纤维细胞的异质性及神经细胞在肿瘤微环境中的重要作用 | 首次揭示硬纤维瘤中成纤维细胞的异质性,鉴定出特异性标志物ADAM12和转录因子CREB3L1,发现神经细胞在维持促纤维化微环境中的关键作用 | NA | 揭示硬纤维瘤的细胞特征和肿瘤微环境组成 | 硬纤维瘤组织,并与瘢痕疙瘩成纤维细胞和正常成纤维细胞进行对比 | 单细胞测序 | 硬纤维瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 使用公共数据集GSE163973,包含硬纤维瘤、瘢痕疙瘩成纤维细胞和正常成纤维细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 456 | 2025-10-05 |
Pan-Cancer Analyses Refine the Single-Cell Portrait of Tumor-Infiltrating Dendritic Cells
2025-Oct-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3595
PMID:40742316
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研究论文 | 通过整合33种癌症类型的单细胞RNA测序数据,建立了人类树突状细胞的全面蓝图 | 发现了肿瘤浸润的罕见树突状细胞亚群,揭示了LAMP3+ DCs的多重细胞起源与功能潜力 | NA | 探索肿瘤微环境中树突状细胞的异质性,为基于DC的免疫疗法开发提供见解 | 肿瘤浸润树突状细胞 | 生物信息学 | 泛癌分析 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | 2500多个样本,涵盖33种癌症类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 457 | 2025-10-05 |
Epigenetic drift score captures directional methylation variability and links aging to transcriptional, metabolic, and genetic alterations
2025-Oct-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280155.124
PMID:40750330
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研究论文 | 本研究通过大规模表观基因组分析开发了表观遗传漂变评分,揭示了DNA甲基化变异性与衰老过程的关联 | 首次在大型中国人群中开展全面的表观基因组漂变研究,开发了量化个体漂变负担的表观遗传漂变评分,并揭示了漂变与转录变异性、代谢特征和遗传决定因素的关联 | 研究主要基于850K EPIC芯片数据,可能未覆盖全基因组所有CpG位点,且不同人群队列的样本量存在差异 | 探究表观遗传漂变在人类衰老过程中的规模、生物学意义和人群特异性 | 中国人群(n=3538)和欧洲人群(n=956)的DNA甲基化数据 | 表观遗传学 | 衰老相关疾病 | DNA甲基化芯片分析,单细胞RNA-seq,全基因组关联分析(GWAS) | 统计检验(White's test),表观遗传漂变评分模型 | DNA甲基化数据,转录组数据,脂质组数据,临床数据 | 总样本量5961人(中国人群5005人,欧洲人群956人) | Illumina | DNA甲基化芯片,单细胞RNA-seq | 850K EPIC array | Illumina EPIC 850K甲基化芯片 |
| 458 | 2025-10-05 |
Intergenic accumulation of RNA polymerase II maintains the potential for swift transcriptional restart upon release from quiescence
2025-Oct-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279874.124
PMID:40796281
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研究论文 | 本研究通过追踪芽殖酵母静息细胞中转录活性的全局变化,揭示了RNA聚合酶II在基因间区域的积累对快速重启转录的关键作用 | 发现静息细胞中RNA聚合酶II在三分之一基因启动子处的特异性积累,这种分布模式确保细胞在重返生长时能快速启动转录反应 | 研究仅限于芽殖酵母模型,在高等真核生物中的普适性仍需验证 | 探究静息细胞如何维持快速重启转录的分子机制 | 芽殖酵母的静息细胞群体 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序,细胞分选 | NA | 转录组数据 | 分选的静息细胞群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 459 | 2025-10-05 |
Deciphering context-specific gene programs from single-cell and spatial transcriptomics data with DeCEP
2025-Oct-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279689.124
PMID:40841173
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研究论文 | 提出DeCEP计算框架,用于从单细胞和空间转录组数据中识别特定背景的基因程序 | 利用功能基因列表和有向图构建功能网络,基于网络拓扑识别背景依赖的枢纽基因,实现更精细的基因程序表征 | NA | 开发计算框架以解析特定细胞或空间背景下的基因程序 | 单细胞RNA测序和空间转录组数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病, 癌症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 功能网络分析 | 基因表达数据 | 模拟和真实生物数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 460 | 2025-10-05 |
Infiltrating macrophages replace Kupffer cells and play diverse roles in severe alcohol-associated hepatitis
2025-Oct, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-025-01343-1
PMID:40962953
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了严重酒精相关性肝炎中浸润巨噬细胞替代库普弗细胞并发挥多种功能 | 发现sAH肝脏中独特的C1Q巨噬细胞群,可能通过清除凋亡中性粒细胞发挥补偿作用 | 研究主要基于人类肝脏移植样本和实验动物模型,需要进一步验证这些发现 | 探究严重酒精相关性肝炎中巨噬细胞的多样性和功能 | 酒精性肝硬化患者和严重酒精相关性肝炎患者的肝脏样本,以及酒精诱导肝损伤实验模型 | 单细胞生物学 | 酒精性肝病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 人类肝脏移植样本(sAH和AC患者)和实验小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |