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当前共找到 592 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-03-10 |
Nephrobase Cell+: Multimodal Single-Cell Foundation Model for Decoding Kidney Biology
2025-Oct-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.30.679471
PMID:41256511
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研究论文 | 本研究开发了首个专注于肾脏的大型基础模型Nephrobase Cell+，用于解码肾脏生物学 | 首次构建了肾脏特异性的大型基础模型，通过器官规模的多模态预训练和专门的Transformer架构，实现了跨物种、跨模态的高保真表示学习 | 模型主要针对四种哺乳动物物种，可能无法完全覆盖所有肾脏细胞类型或疾病状态 | 开发一个统一的、高保真的肾脏生物学表示模型，以提升单细胞分析能力 | 人类、小鼠、大鼠和猪的肾脏单细胞和单核转录组及空间转录组数据 | 机器学习 | 肾脏疾病 | scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq, 空间转录组学 | Transformer-based encoder-decoder with gene-token cross-attention and mixture-of-experts | 单细胞和单核转录组、表观基因组及空间转录组数据 | 约39.5百万个单细胞和单核图谱，来自4,319个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 22 | 2026-03-08 |
Advances in Epigenomic Sequencing and Their Applications in Cancer Diagnostics
2025-Oct-27, Precision chemistry
DOI:10.1021/prechem.5c00014
PMID:41170156
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综述 | 本文综述了表观基因组测序技术的进展及其在癌症诊断中的应用 | 强调了表观基因组测序技术与多组学技术的整合，以及其在癌症诊断中的临床应用潜力 | 讨论了表观基因组测序技术在临床常规诊断中面临的挑战和限制 | 推动表观基因组测序技术在精准医学中的进展 | 癌症的表观基因组特征，包括DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质可及性 | NA | 癌症 | 表观基因组测序，包括bulk测序、单细胞测序和空间工具 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学技术 | NA | NA |
| 23 | 2026-03-06 |
High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer
2025-Oct-16, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx3800
PMID:40705858
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研究论文 | 本文介绍了一种基于prime editing的进化谱系追踪技术PEtracer，用于高分辨率空间映射细胞状态和谱系动态 | 开发了PEtracer技术，结合单细胞测序和多模态成像，能在组织中高分辨率同时分析细胞状态和谱系 | NA | 研究发育和疾病中细胞命运决定的时空动态 | 小鼠肿瘤转移模型中的细胞 | 数字病理学 | 肿瘤转移 | prime editing, MERFISH空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据, 成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 24 | 2026-03-06 |
Endothelial type I interferon signaling modulates the vascular response to ischemic brain injury
2025-Oct-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675258
PMID:41000728
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞I型干扰素信号在调节缺血性脑损伤后血管正常化中的关键作用 | 首次在人和小鼠缺血性卒中组织中鉴定出独特的脑内皮细胞I型干扰素特征，并证明内皮IFN1信号通过调节VEGF信号促进血管正常化 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且具体分子机制细节有待进一步阐明 | 探究免疫和发育信号通路如何协调缺血性卒中后的血管正常化过程 | 人类和小鼠的缺血性脑卒中组织、脑内皮细胞 | 数字病理 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、BBB功能测定 | NA | 转录组数据、功能实验数据 | 未明确指定具体样本数量，涉及人类和小鼠缺血性卒中组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2026-03-06 |
Spatial Transcriptomics Reveals Injured Cells, Signature Genes, and Communication Patterns in the Cyst Microenvironment of Polycystic Kidney Disease
2025-Oct-10, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000894
PMID:41071604
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了多囊肾病囊肿微环境中受损细胞、特征基因和细胞通讯模式 | 首次应用10x Genomics Visium空间基因表达技术于多囊肾病研究，结合单细胞测序数据进行点解卷积，增强了空间分辨率并识别了囊肿相关的基因特征和细胞通讯 | 研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类多囊肾病；空间转录组学技术本身存在分辨率限制 | 探究多囊肾病囊肿微环境的细胞组成、基因表达模式和细胞间通讯，以理解疾病进展机制 | 野生型和Pkd1缺陷型小鼠肾脏组织 | 数字病理学 | 多囊肾病 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 空间基因表达数据，单细胞测序数据 | 野生型和Pkd1缺陷型小鼠肾脏组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Genomics Visium空间基因表达平台 |
| 26 | 2026-03-06 |
Hmx2 and Dmrt2 Coordinate the Differentiation of Intercalated Cell Subtypes in Kidney
2025-Oct-06, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000885
PMID:41051882
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研究论文 | 本研究揭示了Hmx2和Dmrt2在肾脏集合管闰细胞亚型分化中的关键作用及其相互排斥的表达模式 | 首次发现Hmx2和Dmrt2作为相互排斥的转录因子协调闰细胞亚型分化，并揭示了Hmx3在缺失情况下的补偿机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步深入；未完全阐明Foxp1与Dmrt2/Hmx2通路的相互作用机制 | 探究肾脏集合管闰细胞亚型分化的转录调控机制 | 小鼠肾脏闰细胞及其前体细胞 | 单细胞转录组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类肾脏单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2026-03-06 |
Human airway epithelial B-cell activating factor is reduced in early life but is virally induced via JAK/STAT
2025-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.04.034
PMID:40409377
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研究论文 | 本研究探讨了人类气道B细胞在生命早期的发育动态，以及气道上皮细胞（AECs）产生的B细胞活化因子（BAFF）在病毒感染下的诱导机制 | 首次揭示了人类婴儿气道上皮细胞中BAFF的产生受I型和III型干扰素通过JAK/STAT信号通路诱导，并阐明了该机制在病毒感染时对气道B细胞早期成熟的关键作用 | 研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据分析，体内验证样本可能有限，且未详细探讨不同病毒类型对BAFF诱导的差异性影响 | 探究人类气道B细胞在生命早期的发育动态及其与气道上皮细胞的相互作用，特别是病毒感染如何影响B细胞生存和成熟因子的产生 | 人类气道B细胞和气道上皮细胞（AECs），重点关注婴儿（<12个月）和较大儿童 | 单细胞组学 | 呼吸道病毒感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），PCR，体外病毒刺激实验 | NA | 单细胞转录组数据，体外细胞培养数据，临床样本数据 | 涉及多个儿科年龄组的气道样本，具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2026-03-06 |
Single-Cell Transcriptome Patterns of Transposable Elements in Alzheimer's Disease
2025-Oct, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-05140-9
PMID:40537665
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研究论文 | 本研究通过分析阿尔茨海默病患者前额叶皮质的单核RNA测序数据，揭示了不同脑细胞类型中转座子转录本的特异性表达模式及其与疾病病理的关联 | 首次在单细胞/单核分辨率下系统描述了阿尔茨海默病大脑中不同细胞类型的转座子转录本动态变化，并发现反转录转座子转录本在兴奋性神经元中随病理进展增加最显著 | 研究主要基于前额叶皮质样本，未涵盖其他脑区；单核RNA测序可能无法完全捕获细胞质中的转座子转录本 | 探究阿尔茨海默病大脑中不同细胞类型转座子转录本的特异性表达模式及其与疾病病理的关联 | 阿尔茨海默病患者前额叶皮质的单核RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序，bulk RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 143,951个细胞 | NA | 单核RNA测序，bulk RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2026-03-05 |
Spatial analysis reveals the cellular microenvironments and mechanisms of inflammation and kidney injury in acute interstitial nephritis
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.29.684811
PMID:41278888
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研究论文 | 本研究利用高分辨率成像质谱流式细胞术和单细胞空间转录组学分析急性间质性肾炎（AIN）患者肾活检组织，揭示了其独特的免疫微环境和分子机制 | 首次通过空间多组学技术系统解析AIN的细胞微环境，发现CXCL9-CXCR3轴是AIN的特异性免疫特征，并鉴定出烟酰胺磷酸核糖转移酶（NAMPT）在协调代谢-炎症微环境中的关键作用 | 样本量相对有限，且为横断面研究，未能验证潜在治疗靶点的临床疗效 | 阐明急性间质性肾炎的发病机制并识别潜在治疗靶点 | 人类肾活检组织（包括AIN、非免疫性急性肾小管损伤及对照组织） | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 成像质谱流式细胞术，单细胞空间转录组学 | 空间分析模型 | 空间多组学数据（蛋白质+转录组） | 人类肾活检组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 30 | 2026-03-05 |
Integration of elemental imaging and spatial transcriptomic profiling for proof-of-concept metals-based pathway analysis of colon tumor microenvironment
2025-Oct-14, Metallomics : integrated biometal science
IF:2.9Q3
DOI:10.1093/mtomcs/mfaf034
PMID:41042257
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研究论文 | 本研究通过整合元素成像和空间转录组学技术，探索结肠肿瘤微环境中金属元素与基因表达的相互作用 | 首次将元素成像与空间转录组学结合，实现组织范围内金属-基因相互作用的全面分析，突破了传统孤立研究金属或基因的限制 | 本研究为概念验证性质，仅基于单个结肠癌肿瘤样本，样本量有限，结果需在更大患者队列中验证 | 探索肿瘤微环境中金属依赖的信号通路，识别与金属相关的基因表达模式 | 结肠癌肿瘤微环境中的金属元素分布、基因表达、细胞组成和组织病理学特征 | 空间转录组学 | 结肠癌 | 元素成像，空间转录组学 | NA | 图像，基因表达数据 | 单个结肠癌肿瘤样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 31 | 2026-03-04 |
Single-cell analysis identifies PI3+S100A7+keratinocytes in early cervical squamous cell carcinoma with HPV infection
2025-Oct-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003795
PMID:40947786
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，在早期宫颈鳞状细胞癌中鉴定出与HPV感染相关的PI3+S100A7+角质形成细胞，并揭示了其与肿瘤微环境中巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞的相互作用 | 首次在早期HPV阳性宫颈鳞状细胞癌中鉴定出PI3+S100A7+角质形成细胞亚群，并系统揭示了该细胞亚群与巨噬细胞之间的空间邻近性和信号通路互作，以及不同HPV亚型（如HPV16与HPV66）驱动的独特肿瘤促进机制 | 样本量较小（仅4例患者），且研究聚焦于早期肿瘤，未涵盖晚期或转移性病例 | 探究HPV感染在早期宫颈鳞状细胞癌发生发展中的作用机制，特别是肿瘤微环境中细胞异质性和细胞间互作 | 早期宫颈鳞状细胞癌患者的肿瘤组织及配对癌旁组织 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序，病毒序列比对，轨迹分析，免疫荧光染色，CIBERSORTx分析 | NA | 单细胞转录组数据，临床预后数据，免疫荧光图像数据 | 4例早期宫颈鳞状细胞癌患者的肿瘤及配对癌旁组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics平台（具体配置未在摘要中说明，推断为10x Chromium单细胞3'基因表达解决方案） |
| 32 | 2026-03-04 |
KIAA0319 Plays a Critical Role in Cortical Neuronal Maturation and Synaptic Development Through a Dyslexia-Associated Gene Network
2025-Oct-18, Biological psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1016/j.biopsych.2025.10.014
PMID:41115623
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研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9技术敲除KIAA0319基因，利用人类皮质类器官模型探究其在神经发育中的作用，揭示了该基因通过调控阅读障碍相关基因网络影响皮质神经元成熟和突触发育 | 首次在人类皮质类器官模型中系统研究KIAA0319基因敲除对神经发育的影响，并发现其通过调控一个包含多个阅读障碍相关基因的广泛网络发挥作用 | 研究基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内大脑发育的复杂性；样本规模相对有限 | 探究KIAA0319基因在神经发育中的分子功能及其与阅读障碍的关联机制 | KIAA0319敲除的人类胚胎干细胞及其分化的人类皮质类器官 | 神经科学 | 阅读障碍 | CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、钙成像、免疫染色、EdU检测 | 人类皮质类器官模型 | 单细胞转录组数据、图像数据、功能成像数据 | 未明确说明具体样本数量，使用基因敲除和对照类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 33 | 2026-03-04 |
Single-cell nanodroplet processing proteomics pipeline for analysis of human-derived microglia
2025-Oct-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.02.680067
PMID:41256374
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研究论文 | 本文介绍了一种用于分析人源性小胶质细胞的单细胞纳米液滴处理蛋白质组学流程 | 开发了一种基于FACS辅助分离、冷冻保存和纳米液滴处理的单细胞质谱蛋白质组学工作流程，首次实现了对死后人脑皮层来源小胶质细胞的单细胞蛋白质组分析，平均每个细胞可鉴定1039种蛋白质 | 作为原理验证性研究，数据规模有限，仅部分重现了先前已知的小胶质细胞亚型 | 探索脑小胶质细胞在细胞水平的异质性，为阿尔茨海默病等神经系统疾病寻找功能和分析相关的蛋白质靶点 | 人脑皮层来源的小胶质细胞 | 蛋白质组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞质谱蛋白质组学、FACS、纳米液滴处理 | NA | 蛋白质组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞蛋白质组学 | NA | 基于纳米液滴处理的单细胞质谱蛋白质组学平台 |
| 34 | 2026-03-02 |
Disrupted developmental signaling induces novel transcriptional states
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2418351122
PMID:41118206
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研究论文 | 本研究提出了一种名为DAISEE的新算法，用于在复杂实验设计下分析单细胞数据中的信号扰动响应，并应用于斑马鱼胚胎的psMEK激活ERK信号通路研究 | 开发了DAISEE算法，能更有效地从单细胞数据中分离扰动响应与混杂变异，并首次在斑马鱼胚胎中应用psMEK技术揭示ERK信号过激活诱导新型转录状态 | 研究主要基于斑马鱼胚胎模型，结果可能不直接适用于其他生物系统；算法性能依赖于实验设计，可能受数据质量影响 | 开发新算法以分析单细胞数据中的信号扰动响应，并探索发育信号通路异常对胚胎细胞状态的影响 | 斑马鱼胚胎的单细胞转录组数据，特别是表达优化光开关MEK（psMEK）的5小时龄胚胎 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解框架 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2026-03-02 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Depletion and Dysregulation of Mycobacterium tuberculosis-Specific Th1 and Th17 Cells Early After Acquisition of Human Immunodeficiency Virus
2025-Oct-15, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiaf354
PMID:40605619
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了HIV感染早期对结核分枝杆菌特异性Th1和Th17细胞的耗竭与功能失调 | 首次在HIV感染前后对结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞进行纵向单细胞RNA测序分析，揭示了早期耗竭模式及转录调控通路的改变 | 样本量有限，且为观察性研究，无法确定因果关系 | 探究HIV感染如何影响结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞的频率与功能 | HIV感染者和未感染者的结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞 | 单细胞组学 | 结核病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | HIV感染前后个体的结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞亚群 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2026-03-02 |
Profibrotic monocyte-derived alveolar macrophages as a biomarker and therapeutic target in systemic sclerosis-associated interstitial lung disease
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.07.669006
PMID:40832362
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研究论文 | 本文探讨了系统性硬化症相关间质性肺病中促纤维化单核来源肺泡巨噬细胞作为生物标志物和治疗靶点的作用 | 首次在SSc-ILD患者中通过流式细胞术和单细胞RNA测序分析BAL液中的MoAM和间质巨噬细胞，并发现其丰度与肺纤维化严重程度相关 | 样本量较小（仅9名SSc-ILD患者和13名健康对照），且为前瞻性研究，需更大规模验证 | 评估MoAM在SSc-ILD中的生物标志物潜力和治疗靶点价值 | SSc-ILD患者和健康对照的BAL液样本及肺移植组织 | 数字病理学 | 间质性肺病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 细胞计数数据, 转录组数据, 空间转录组数据 | 9名SSc-ILD患者和13名健康对照的BAL液样本，以及SSc-ILD肺移植组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 37 | 2026-03-02 |
Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers
2025-Oct-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64259-4
PMID:41057352
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Transformer的自监督工作流程CellTransformer，用于在小鼠脑部空间转录组数据中发现细粒度区域 | 提出了一种可扩展至数百万细胞数据集的自我监督空间域检测工作流程，使用编码器-解码器架构CellTransformer分层学习组织特征，并耦合GPU加速聚类算法 | NA | 解决器官尺度空间转录组数据分析中的关键瓶颈，实现细粒度组织域检测 | 小鼠脑部 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | Transformer, 编码器-解码器架构 | 空间转录组数据 | 四只小鼠，超过200个组织切片，九百万个细胞 | NA | 空间转录组学 | MERFISH, Slide-seqV2 | 多百万细胞MERFISH数据集，全脑Slide-seqV2数据集 |
| 38 | 2026-02-27 |
GreenCells: A comprehensive resource for single-cell analysis of plant lncRNAs
2025-10, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110678
PMID:40912654
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研究论文 | 本文介绍了GreenCells数据库，一个专门用于在单细胞水平探索植物长非编码RNA的综合资源 | 开发了首个专注于植物lncRNA的单细胞分析数据库，整合了多物种数据并识别了lncRNA标记基因及共表达网络 | NA | 研究植物lncRNA在单细胞分辨率下的表达和功能 | 八种植物物种的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2026-02-20 |
Targeting tumor microenvironment with biomimetic nanovesicles for non-small cell lung cancer gene therapy
2025-Oct-01, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03684-5
PMID:41035023
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研究论文 | 本文开发了一种仿生纳米囊泡，通过靶向肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）进行非小细胞肺癌（NSCLC）的基因治疗 | 首次构建了CAF膜包被的siRNA系统，靶向CAFs中高表达的ACTN1基因，用于NSCLC治疗 | CAFs与癌细胞相互作用的精确机制仍不明确，且研究主要基于体外和体内实验，临床转化潜力待验证 | 开发一种靶向肿瘤微环境的新型基因治疗策略，以改善非小细胞肺癌的治疗效果 | 非小细胞肺癌（NSCLC）及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs） | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2026-02-13 |
Exploring the regulatory mechanisms of paraptosis-related prognostic genes in gastric cancer using single-cell sequencing and transcriptome analysis
2025-Oct-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-20037-2
PMID:41094022
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探索了胃癌中类凋亡相关基因的调控机制及其预后价值 | 首次将单细胞RNA测序与TCGA转录组数据结合，系统性地鉴定了胃癌中8个与类凋亡相关的预后基因，并构建了有效的风险预测模型 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床队列验证，且未进行深入的体外或体内功能实验验证 | 探究类凋亡相关基因在胃癌中的功能、预后意义及对肿瘤微环境的影响，为临床预后评估和治疗策略提供新见解 | 胃癌患者 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序，转录组分析 | 回归分析模型，风险预测模型，列线图 | 单细胞RNA测序数据，转录组数据 | 未明确具体样本数量，数据来源于公共数据库（TCGA等） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |