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当前共找到 627 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-09-19 |
Supervised machine learning identifies impaired mitochondrial quality control in β cells with development of type 2 diabetes
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.683335
PMID:41278904
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研究论文 | 该研究开发了一个可解释的监督机器学习框架，整合稀疏规则分类、通路约束建模和线粒体适应度分层，应用于52个人类供体的单细胞RNA测序数据，识别出2型糖尿病中β细胞线粒体质量控制受损。 | 开发了可解释的监督机器学习框架，结合SnakeClassifier、BlackSwanClassifier和Kolmogorov-Arnold神经网络，实现了单细胞分辨率下2型糖尿病的准确预测，并揭示了线粒体自噬在β细胞代谢适应度中的核心作用。 | 摘要未提及具体限制。 | 解析2型糖尿病中驱动β细胞失败的分子通路，并建立可解释的预测模型。 | 52个人类供体的单细胞RNA测序数据中的β细胞。 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | SnakeClassifier, BlackSwanClassifier, Kolmogorov-Arnold神经网络 | 文本 | 52个人类供体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2026-09-19 |
Rapid canalization of chromosome conformation-transcription fingerprints during embryogenesis revealed by fully-automated cell identity decoding with CeSCALE
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.684035
PMID:41279329
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研究论文 | 该研究开发了一种名为CeSCALE的全自动细胞谱系识别算法，结合单细胞基因组学，揭示了胚胎发育过程中染色体构象与转录活性之间的局部"指纹"特征沿细胞谱系遗传的规律。 | 开发了基于最优传输理论的Sinkhorn-based Cell ALignmEnt (CeSCALE)算法，实现了全自动、谱系分辨的单细胞表型量化；首次将CeSCALE与单分子染色体示踪及单细胞转录组学结合，揭示了局部构象-转录空间关系（"指纹"）沿细胞谱系稳健遗传，而高阶染色体间区块关联与谱系身份无关。 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究胚胎发育过程中染色体高阶构象与转录活性之间的关系如何沿细胞谱系通过细胞分裂遗传，以及局部构象-转录"指纹"在发育过程中的建立和固化机制。 | 胚胎发育过程中的细胞谱系及单细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单分子染色体示踪, 单细胞转录组学 | Sinkhorn-based Cell ALignmEnt (CeSCALE) | 染色体构象数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 23 | 2026-09-19 |
Epithelial-Mesenchymal Transition is Associated with Altered Immune Composition and Cytotoxic Function in Triple-Negative Breast Cancer
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.683714
PMID:41280107
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研究论文 | 该研究通过建立五个具有不同EMT表型的单细胞克隆群体，利用单细胞RNA测序分析三阴性乳腺癌肿瘤的免疫微环境变化 | 揭示了部分或中间EMT状态下的免疫景观，发现EMT进展与肿瘤免疫原性、免疫细胞组成和功能的渐进性改变相关 | 研究基于小鼠4T1细胞系模型，可能无法完全反映人类三阴性乳腺癌的复杂性 | 探究不同EMT状态（特别是中间或部分EMT状态）与三阴性乳腺癌肿瘤免疫微环境之间的关系 | 三阴性4T1小鼠乳腺肿瘤细胞系来源的五种单细胞克隆群体及其衍生的肿瘤 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 五种单细胞克隆群体及其衍生的肿瘤 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2026-09-19 |
Tumor-intrinsic MHC-II activation in pancreatic ductal adenocarcinoma enhances immune response and treatment efficacy
2025-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.21.683745
PMID:41278823
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk RNA测序、多重免疫组化及体内外实验，揭示胰腺导管腺癌恶性细胞内在MHC-II表达可增强抗原呈递、促进抗肿瘤免疫微环境并提升免疫检查点治疗疗效 | 首次系统揭示PDAC恶性细胞内在MHC-II表达的预后价值及其在塑造抗原激活免疫微环境中的作用，并通过cobimetinib药物诱导MHC-II表达增强ICB治疗响应，提出MHC-II作为PDAC预后标志物和治疗靶点 | 研究主要基于KPC小鼠模型和体外实验，需进一步在更大规模人类临床队列中验证MHC-II表达的预后价值及cobimetinib联合ICB的临床转化潜力 | 探究PDAC恶性细胞中MHC-II表达的预后相关性及其在免疫微环境调控和治疗响应中的作用 | 人类PDAC样本和KPC小鼠PDAC模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，bulk RNA测序，多重免疫组化 | NA | 图像，文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学，bulk RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2026-09-19 |
Transcriptomic Profiling of Bronchial Epithelium Reveals Dysregulated Interferon and Inflammatory Responses to Rhinovirus in Exacerbation-Prone Pediatric Asthma
2025-Oct-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.19.683298
PMID:41279354
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研究论文 | 该研究利用儿童支气管上皮培养物，通过转录组学分析了鼻病毒感染的宿主反应，揭示了易加重哮喘儿童的干扰素和炎症反应失调 | 首次使用器官型支气管上皮培养结合单细胞转录组学，揭示非纤毛细胞在鼻病毒诱导哮喘加重中的细胞类型特异性贡献，并证明基线干扰素水平低是宿主易感性的可修改决定因素，预防性IFN-β治疗可逆转异常反应 | 摘要中未提及具体局限性 | 探讨鼻病毒诱导儿童哮喘加重的宿主易感性因素，并评估干扰素治疗潜力 | 易加重哮喘儿童和健康儿童的支气管上皮细胞 | 转录组学 | 哮喘 | 批量转录组学、单细胞转录组学、靶向蛋白分析 | NA | 转录组数据、蛋白质数据 | NA | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2026-09-19 |
Gsx2 Regulates Oligodendrocyte Precursor Formation in the Zebrafish Spinal Cord
2025-Oct-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.18.683250
PMID:41279990
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和单核ATAC测序数据，结合CRISPR/Cas9基因编辑技术，揭示了Gsx2在斑马鱼脊髓少突胶质前体细胞形成中的调控作用 | 识别了前少突胶质前体细胞亚群，发现Gsx2调控少突胶质前体细胞形成，并构建了以Gsx2为中心的基因调控网络 | 研究主要基于斑马鱼模型，结论是否适用于哺乳动物尚需进一步验证 | 探究Gsx2在斑马鱼少突胶质前体细胞特化中的功能 | 斑马鱼脊髓神经祖细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，单核ATAC测序，CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，单核ATAC测序 | NA | NA |
| 27 | 2026-09-19 |
Clinical Interventions and Inflammatory Signaling Shape the Transcriptional and Cellular Architecture of the Early Postnatal Lung
2025-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.683116
PMID:41278997
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研究论文 | 该研究构建了0至2岁早期出生后人类肺部的单核RNA测序细胞图谱，并结合空间转录组学、临床数据和类器官实验，揭示了肺泡2型细胞的两种转录状态及其与炎症信号和临床干预的关系 | 首次构建了早期出生后人类肺部的全面细胞图谱，发现了肺泡2型细胞两种此前未知且互斥的转录状态，揭示了炎症信号和抗炎临床干预与肺泡上皮转录状态转变之间的联系，并将炎症信号与AT2转录表型关联以理解新生儿肺疾病 | 样本量相对有限（23个个体），仅涵盖0至2岁年龄段，且主要基于组织学正常标本，可能无法完全代表疾病状态下的肺部变化 | 构建早期出生后人类肺部的细胞图谱，阐明肺泡2型细胞的转录异质性及其与炎症信号和临床干预的关系，并以此为框架理解新生儿肺疾病 | 23个个体0至2岁早期出生后人类肺部组织学正常标本，以及支气管肺发育不良和肺间质糖原沉积症两种新生儿肺疾病 | 数字病理学 | 肺癌 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 23个个体的肺部标本 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3'（单核RNA测序）, 10x Visium（空间转录组学） |
| 28 | 2026-09-19 |
Decoding the human PBMC isonome: Isoform-level resolution with single-cell long-read transcriptomics
2025-Oct-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.16.682832
PMID:41279381
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研究论文 | 该研究利用长读长单细胞RNA测序技术，对人类外周血单核细胞（PBMC）进行了异构体水平的分辨率分析，构建了迄今为止最大的长读长单细胞数据集，并发现了新的异构体及其细胞类型特异性表达模式 | 首次使用改良的无微流控PIPseq工作流和适用于Oxford Nanopore长读长测序的计算流程，生成了最大的长读长单细胞PBMC数据集；鉴定了128个新异构体，并发现了非经典蛋白编码变体及新转录本 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 在异构体水平上理解人类健康和疾病，研究细胞多样性和疾病机制，并定义细胞类型 | 人类外周血单核细胞（PBMC） | 单细胞转录组学 | NA | 长读长单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | Oxford Nanopore | 单细胞RNA-seq | PIPseq | 改良的无微流控PIPseq工作流，适配Oxford Nanopore长读长测序 |
| 29 | 2026-09-19 |
Sepsis Induces Age- and Sex-Specific Chromatin Remodeling in Myeloid-Derived Suppressor Cells
2025-Oct-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.26.656229
PMID:41279791
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研究论文 | 该研究使用MAPit-FENGC单分子技术同时分析脓毒症后小鼠脾脏髓源性抑制细胞的DNA甲基化和染色质可及性，结合单细胞RNA测序，揭示了年龄和性别特异性的表观遗传重编程 | 首次应用MAPit-FENGC单分子技术同时分析MDSCs的DNA甲基化和染色质可及性，识别了九种启动子染色质动态类别，并揭示了脓毒症诱导的年龄和性别特异性表观遗传重编程 | 研究基于小鼠模型，结论需要在人类中验证；样本量相对有限；仅关注脾脏MDSCs，其他组织未涉及 | 探究脓毒症后髓源性抑制细胞中导致持续性免疫抑制的表观遗传机制，特别是年龄和性别的影响 | 年轻和老年雄性及雌性小鼠的脾脏髓源性抑制细胞（MDSCs） | 表观遗传学, 免疫学 | 脓毒症 | MAPit-FENGC, 单细胞RNA测序 | NA | 表观遗传数据, 转录组数据 | 未明确，涉及年轻和老年雄性及雌性小鼠的脾脏MDSCs | NA | 单细胞RNA-seq, 单分子表观遗传分析 | NA | NA |
| 30 | 2026-09-19 |
Psychological stress and social support are associated with opposing single-cell pro-inflammatory gene regulatory mechanisms in adults
2025-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.14.682318
PMID:41278935
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，研究了心理压力和社会支持与成人外周血单核细胞中促炎基因调控机制的关联 | 首次在单细胞水平揭示心理压力和社会支持通过相反的基因调控机制影响免疫细胞中的促炎通路，特别是干扰素信号通路 | 样本仅限于自我报告的非裔美国成年人，年龄范围50-89岁，可能限制了结果的普遍性 | 探究心理压力和社会支持影响慢性炎症的分子机制 | 165名自我报告的非裔美国成年人（年龄50-89岁）的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 慢性炎症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞基因表达数据, 单细胞染色质可及性数据 | 165名成年人的外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 31 | 2026-09-19 |
Computer Vision Methods for Spatial Transcriptomics: A Survey
2025-Oct-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.13.682148
PMID:41280008
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综述 | 本文系统综述了用于空间转录组学分析的计算机视觉AI模型，按架构、学习范式、任务和数据集对方法进行分类，并探讨了技术演进、关键挑战与未来方向 | 首次对空间转录组学中的计算机视觉AI模型进行系统性综述，按多种维度分类方法，并提出从组织学图像预测空间转录组数据的虚拟测序及3D组织重建等新视角 | 未涉及具体实验验证，主要基于现有文献的归纳总结，可能受限于已发表研究的覆盖范围与数据偏差 | 系统梳理计算机视觉AI方法在空间转录组学分析中的应用，提供全景视角并指出未来方向 | 空间转录组学数据与组织学图像 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 32 | 2026-09-19 |
Comprehensive profiling of transcription factors for reprogramming human astrocytes to neuronal cells through endogenous CRISPR-based gene activation
2025-Oct-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.11.681828
PMID:41278743
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研究论文 | 该研究建立了基于CRISPRa的高通量筛选平台，系统筛选所有人类转录因子，以鉴定能够将人星形胶质细胞直接重编程为神经元的新型高效重编程因子 | 首次对所有人类转录因子进行高通量CRISPRa筛选以发现星形胶质细胞向神经元重编程因子，并通过单细胞RNA测序揭示了单个转录因子可将星形胶质细胞重编程为多种神经元亚型，同时通过配对CRISPRa筛选鉴定了增强重编程效率的辅因子及其基因组互作机制 | 摘要中未明确说明筛选验证的转录因子数量和体内功能验证的详细程度，重编程得到的神经元功能成熟度和长期稳定性有待进一步评估 | 通过内源性CRISPRa基因激活系统全面筛选和鉴定能够将人星形胶质细胞重编程为神经元细胞的转录因子，并阐明其重编程机制 | 原代人星形胶质细胞，以及人类和小鼠不同细胞类型 | 机器学习, 数字病理学 | 神经退行性疾病, 脑损伤 | CRISPRa筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 文本, 图像 | NA | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 33 | 2026-09-19 |
Innovations in spinal cord cell type heterogeneity across vertebrate evolution
2025-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.09.680955
PMID:41279330
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研究论文 | 该文章比较了鱼类、蛙类、小鼠和人类跨越约4.5亿年进化的脊髓细胞类型，揭示了发育期高度保守的细胞类型特化程序以及成年期兴奋性神经元亚群的选择性分化 | 首次提供非哺乳动物脊髓的高分辨率细胞图谱，跨越约4.5亿年进化进行比较，发现成年期物种分化定位于背侧浅层脊髓，并提出了哺乳动物新脊髓（neospinal cord）的概念 | 摘要中未明确说明研究的具体局限性 | 探究脊髓运动控制回路的进化起源，比较不同脊椎动物物种间脊髓细胞类型的保守性与差异性 | 鱼类、蛙类、小鼠和人类的脊髓细胞 | 空间转录组学、比较基因组学、进化生物学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据、图像 | 涉及鱼类、蛙类、小鼠和人类四个物种的脊髓样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 34 | 2026-09-19 |
Comprehensive benchmarking of somatic mutation detection by the SMaHT Network
2025-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.09.678885
PMID:41279200
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研究论文 | SMaHT Network通过四项大规模基准测试实验，系统评估了测序技术、实验方法和计算方法在检测多种体细胞突变中的表现 | 定义了整合批量短读长和长读长测序进行突变检测的最优策略，证明使用供体特异性组装和人类泛基因组可改善变异检出并扩展突变目录至困难基因组区域，并对六种双链测序技术进行了基准测试 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 对检测多样体细胞突变的测序技术、实验方法和计算方法进行综合基准评估，为准确的全基因组体细胞突变发现和分析提供路线图 | 九个分析样本的体细胞突变检测 | 基因组学 | NA | 批量短读长测序、批量长读长测序、双链测序、单细胞测序 | NA | 序列数据 | 九个分析样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | 短读长测序累积覆盖度超过1000×，长读长测序覆盖度为100-400× |
| 35 | 2026-09-19 |
Ex Vivo Expanded Regulatory T Cells Inhibit AAA Progression by Limiting CD4+ and CD8+ T Cell Accumulation in Aortic Tissue
2025-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681290
PMID:41279653
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据识别T细胞在腹主动脉瘤中的关键作用，并通过过继转移调节性T细胞至小鼠腹主动脉瘤模型，发现Treg治疗通过限制CD4+和CD8+ T细胞在主动脉组织中的积累来抑制AAA进展 | 首次通过过继转移Thy1.1同源供体小鼠Tregs至AAA诱导的野生型小鼠，揭示Tregs通过定植引流淋巴结而非直接进入主动脉微环境来抑制T细胞招募，从而减缓AAA进展 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证；Tregs的具体分子机制未完全阐明；未评估长期治疗效果和安全性 | 探究Treg细胞治疗腹主动脉瘤的具体机制，评估其作为早期AAA治疗方案的潜力 | 小鼠AAA模型（弹性蛋白酶诱导的野生型C57BL/6J小鼠）及人类AAA单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, qRT-PCR, 免疫组织化学, 超声成像 | NA | 图像, 文本 | 小鼠AAA模型（具体数量未明确），人类和小鼠AAA单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2026-09-19 |
Integrated single-cell whole genome sequencing and spatial transcriptomics reveal latent intra-tumoral heterogeneity in ovarian cancer
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.676897
PMID:41279090
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研究论文 | 该研究结合单细胞全基因组测序和空间转录组学，揭示了卵巢癌中隐匿的瘤内异质性 | 首次整合单细胞全基因组测序和空间转录组学来刻画卵巢癌的瘤内异质性，发现了与恶性细胞群体匹配的假二倍体细胞，并揭示了包括驱动突变自发回复在内的复杂进化历史 | 样本量较小，仅5例上皮性卵巢癌，可能限制发现的普遍性 | 描述卵巢癌中由单细胞全基因组测序和空间转录组学揭示的异质性程度 | 5例上皮性卵巢癌组织 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 图像数据 | 5例上皮性卵巢癌样本 | NA | 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 37 | 2026-09-19 |
Single-Cell Profiling of HDAC Inhibitor-Induced EBV Lytic Heterogeneity Defines Abortive and Refractory States in B Lymphoblasts
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.09.681362
PMID:41279324
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序技术，分析了HDAC抑制剂处理EBV阳性B淋巴母细胞后EBV裂解再激活的异质性，并定义了流产型和难治型裂解状态 | 首次在单细胞水平上揭示HDAC抑制剂诱导EBV裂解再激活的异质性，发现了流产型裂解细胞中NF-κB下游基因和免疫信号基因（如CD137/CD137L信号轴）的上调，为EBV相关恶性肿瘤的溶瘤治疗提供了新的机制见解 | 研究仅对P3HR1-ZHT细胞系进行了单细胞RNA测序，未在其他EBV阳性细胞系中验证；单细胞分析仅聚焦于早期裂解基因表达，未全面覆盖裂解周期的所有阶段 | 表征pan-HDAC抑制剂panobinostat和I类HDAC抑制剂nanatinostat对EBV阳性细胞系生长、存活和裂解再激活的影响，并通过单细胞方法阐明宿主因素在阻止成功裂解再激活中的潜在作用 | 四种EBV阳性细胞系：P3HR1-ZHT Burkitt淋巴瘤、Jijoye Burkitt淋巴瘤、IBL-1免疫母细胞淋巴瘤和感染来源的淋巴母细胞样细胞系（LCL） | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 四种EBV阳性细胞系，其中P3HR1-ZHT Burkitt淋巴瘤细胞系经panobinostat处理后进行单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2026-09-19 |
Targeting tumor-intrinsic TAK1 triggers anti-tumor immunity and sensitizes pancreatic cancer to checkpoint blockade
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681226
PMID:41280086
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研究论文 | 该研究揭示了TAK1在胰腺导管腺癌中维持基因组完整性和促进免疫抑制微环境的关键作用，并证明靶向TAK1可触发抗肿瘤免疫并使胰腺癌对免疫检查点阻断敏感 | 首次发现TAK1是胰腺导管腺癌中异常激活的激酶，与T细胞功能障碍相关；揭示了TAK1通过磷酸化EphA2和RAD51维持基因组完整性的新机制；证明了TAK1抑制可激活cGAS-STING通路引发炎症反应，从而将免疫冷肿瘤转化为热肿瘤并增强免疫检查点阻断疗效 | 摘要中未提及具体的研究局限性 | 探索靶向TGF-β信号通路逆转胰腺导管腺癌免疫冷肿瘤微环境的新型治疗策略 | 人胰腺导管腺癌组织样本和小鼠胰腺导管腺癌模型 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 多重免疫组织化学、单细胞RNA测序、流式细胞术、蛋白质组学、体外实验 | 基因工程小鼠模型 | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2026-09-19 |
A Single-Cell Atlas of Transcriptional and Immunoglobulin Repertoire Evolution in Early B Cell Development
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681095
PMID:41278878
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研究论文 | 本研究对来自六名健康供体的65,110个B细胞进行单细胞RNA测序，分析了早期B细胞发育过程中转录组和免疫球蛋白库的演变 | 首次在早期B细胞发育中深入分析每个亚群的转录组和免疫球蛋白库，发现了重组事件后的增殖爆发，以及重链CDR3缩短和V、D、J基因使用变化等库重塑特征 | 样本仅来自六名健康供体，可能无法完全代表人群多样性；研究聚焦于骨髓早期B细胞发育，未涉及外周成熟B细胞或病理状态 | 探究早期B细胞发育过程中转录组和免疫球蛋白库的演变，理解早期选择过程对库塑造的影响 | 六名健康供体的骨髓B细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 65,110个B细胞来自六名健康供体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2026-09-19 |
Optimal Gene Panel Selection for Targeted Spatial Transcriptomics Experiments
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681071
PMID:41279853
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研究论文 | 本文提出了一种名为ReconST的新方法，利用门控自编码器从现有scRNA-seq数据中自动筛选最优基因组合，用于靶向空间转录组实验的基因面板设计 | 首次提出自动设计空间转录组基因面板的方法ReconST，利用门控自编码器从scRNA-seq数据中识别最优基因子集，在重建精度和空间模式保留方面均优于现有方法 | 仅使用小鼠大脑MERFISH数据集作为基准进行验证，未在多种组织类型或其他空间转录组技术平台上进行广泛验证 | 解决靶向空间转录组技术中基因面板选择困难的问题，实现最优基因面板的自动设计以最大化空间转录组分析的效用 | 空间转录组基因面板设计方法，以小鼠大脑MERFISH数据集为参考基准 | 空间转录组学 | NA | scRNA-seq, MERFISH | 门控自编码器 | 基因表达数据, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |