单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 589 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-11-03 |
Qingre huazhuo tang regulates IgA nephropathy through immune checkpoints and ferroptosis
2025-Oct, Journal of traditional and complementary medicine
IF:3.3Q1
DOI:10.1016/j.jtcme.2024.11.005
PMID:41169938
|
研究论文 | 本研究通过网络药理学、单细胞测序和实验验证探讨清热化浊汤通过免疫检查点和铁死亡调节IgA肾病的机制 | 首次结合网络药理学、单细胞测序和实验验证系统阐明清热化浊汤治疗IgA肾病的作用机制 | 机制研究仍需进一步深入验证 | 验证清热化浊汤通过免疫检查点和铁死亡调节IgA肾病的机制 | IgA肾病患者的足细胞 | 生物医学 | IgA肾病 | 单细胞测序, 网络药理学, 实验验证 | NA | 单细胞测序数据, 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 302 | 2025-11-02 |
Systematic production of human kidney organoids for transplantation in porcine kidneys during ex vivo machine perfusion
2025-Oct-31, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-025-01542-1
PMID:41174010
|
研究论文 | 开发可规模化生产的人源肾脏类器官并将其移植到离体猪肾中的方法 | 建立了可扩展、可重复且经济高效的人多能干细胞肾脏类器官分化体系，并首次实现在离体机器灌注的猪肾中进行人源类器官移植 | 未明确说明类器官长期存活率和功能整合效果，临床试验可行性仍需进一步验证 | 开发用于移植治疗的人类肾脏类器官规模化生产技术 | 人多能干细胞衍生的肾脏类器官和离体猪肾 | 组织工程 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因编辑, 免疫组化, 流式细胞术, 共聚焦显微镜 | 类器官模型 | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 303 | 2025-10-31 |
SpateCV: cross-modality alignment regularization of cell types improves spatial gene imputation for spatial transcriptomics
2025-Oct-29, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07245-0
PMID:41162996
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 304 | 2025-11-02 |
Mitochondrial-activity-driven hematopoietic stem cell fate and lineage choice is first established in the aorta-gonad-mesonephros
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116296
PMID:40966086
|
研究论文 | 本研究揭示了小鼠胚胎主动脉-性腺-中肾区域中线粒体活性动态变化驱动造血干细胞和祖细胞功能异质性的机制 | 首次证明胚胎发育早期线粒体活性差异决定造血干细胞谱系选择倾向，并阐明了Wnt和PI3K信号通路在此过程中的作用机制 | 研究主要基于小鼠胚胎模型，在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究线粒体代谢在胚胎造血干细胞发育过程中的作用机制 | 小鼠胚胎主动脉-性腺-中肾区域的造血干细胞和祖细胞 | 发育生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞转录组测序, 药理学干预, 遗传学方法, 体外功能实验, 体内功能实验 | NA | 基因表达数据, 功能实验数据 | 小鼠胚胎造血干细胞和祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 305 | 2025-11-02 |
Single-cell analysis uncovers preserved prostate cancer lineages and universally altered pathways in Matrigel-free patient-derived organoids
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116352
PMID:41037396
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析无基质胶的前列腺癌患者来源类器官，揭示了其细胞异质性和保留的患者特异性癌细胞谱系 | 发现无基质胶培养条件能更好地保留前列腺癌患者特异性细胞谱系，建立了前列腺类器官单细胞图谱(PPScA)，重新定义了细胞类型标志物 | 研究主要关注短期培养，对长期培养效果和临床转化价值需要进一步验证 | 改进前列腺癌患者来源类器官的培养方法并研究其细胞生物学特性 | 前列腺癌患者来源类器官 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 306 | 2025-11-02 |
scRNA-seq reveals persistent aberrant differentiation of nasal epithelium driven by TNFα and TGFβ in post-COVID syndrome
2025-Oct-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64778-0
PMID:41152229
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示TNFα和TGFβ驱动的新冠后综合征患者鼻上皮持续异常分化的分子机制 | 首次发现新冠后综合征的持续症状并非由持续病毒载量驱动，而是由免疫细胞活性和慢性细胞因子产生导致，并确定了TNFα-TGFβ轴的关键作用 | 样本量相对有限（25例患者），仅针对鼻上皮组织进行研究 | 探究新冠后综合征的分子机制和潜在治疗策略 | 25名中度或重度新冠后综合征患者的鼻活检组织 | 单细胞转录组学 | 新冠后综合征 | 单细胞RNA测序，气液界面培养 | NA | 单细胞转录组数据 | 25例新冠后综合征患者鼻活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 307 | 2025-11-02 |
Mapping NK cell diversity in response to COVID-19 and mRNA vaccination
2025-Oct-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11575-w
PMID:41152298
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了NK细胞在COVID-19重症患者和mRNA疫苗接种者中的多样性形成机制 | 发现外周NK细胞发育存在分叉路径，适应性NK细胞在COVID-19恢复期通过克隆扩增和线粒体氧化磷酸化增强形成 | 样本来源仅限于血液NK细胞，未涉及组织驻留NK细胞的研究 | 探索NK细胞功能异质性的形成机制及其在免疫应答中的作用 | COVID-19重症患者、BNT162b2疫苗接种者和健康捐赠者的血液NK细胞 | 免疫学 | COVID-19 | scRNA-seq | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | COVID-19重症患者（急性期和ICU后）、mRNA疫苗接种者、健康捐赠者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 308 | 2025-11-02 |
Deletion of cardiac fibroblast growth factor-23 beneficially impacts myocardial energy metabolism in left ventricular hypertrophy
2025-Oct-28, npj metabolic health and disease
DOI:10.1038/s44324-025-00087-w
PMID:41152461
|
研究论文 | 本研究通过特异性敲除心肌细胞中的Fgf23基因，探讨心脏FGF23在左心室肥厚中的作用及其对心肌能量代谢的影响 | 首次揭示心脏特异性FGF23缺失通过调节葡萄糖转运和脂肪酸氧化改善心肌能量代谢 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明心脏FGF23在左心室肥厚发展中的具体作用机制 | 心肌细胞特异性Fgf23敲除小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 空间代谢组学, 空间转录组学, 基因敲除技术 | 小鼠疾病模型 | 分子生物学数据, 代谢组学数据, 转录组学数据 | 实验小鼠模型 | NA | 空间代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 309 | 2025-11-02 |
Evidence from spatial transcriptomics for the mosaic hypothesis and pure cell types in the cortex
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116363
PMID:41045459
|
研究论文 | 通过空间转录组学数据验证大脑皮层中神经元类型的镶嵌假说和纯细胞类型 | 开发了针对空间转录组数据的统计点过程分析框架，首次在大脑皮层中系统验证了神经元空间回避现象 | 仅在大脑皮层中进行了验证，未涉及其他脑区；空间回避原则的普适性仍需进一步研究 | 验证大脑皮层神经元是否存在类似视网膜的镶嵌分布模式 | 大脑皮层兴奋性和抑制性神经元 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 统计点过程分析框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 310 | 2025-11-02 |
Stomach encyclopedia: Combined single-cell and spatial transcriptomics reveal cell diversity and homeostatic regulation of human stomach
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116503
PMID:41100257
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 311 | 2025-11-02 |
Molecular and cellular characterization of planarian stem cell microenvironments
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116401
PMID:41101313
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术对涡虫干细胞微环境进行分子和细胞特征分析 | 首次发现并命名了与涡虫干细胞相关的分泌细胞'hecatonoblasts'，揭示了肠道细胞对干细胞位置和功能的远程调控作用 | 研究局限于淡水涡虫模型，机制在其他再生生物中的普适性有待验证 | 探究高再生能力生物中支持干细胞功能的调控机制 | 淡水涡虫Schmidtea mediterranea的干细胞及其微环境 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，电子显微镜 | NA | 空间基因表达数据，显微图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 312 | 2025-11-02 |
Medullary stromal cells define small intestinal lymph node identity in humans and mice
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116441
PMID:41105512
|
研究论文 | 本研究揭示了小肠引流淋巴结髓质中基质细胞群在定义肠道淋巴结区域特性中的关键作用 | 发现淋巴结髓质中特定的基质细胞网络是驱动小肠淋巴结结构形成的关键因素，并鉴定维生素A是这一过程的核心驱动因子 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探究肠道不同区域淋巴结免疫特性差异的形成机制 | 人类和小鼠的肠道引流淋巴结 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序，成像技术 | NA | 基因表达数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 313 | 2025-11-02 |
CCR2-driven monocyte recruitment is protective against radiotherapy-induced intestinal toxicity
2025-Oct-24, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2025.10.008
PMID:41171691
|
研究论文 | 本研究揭示了CCR2驱动的单核细胞募集通过IL-17通路减轻放疗诱导的肠道毒性的保护机制 | 首次发现CCR2介导的单核细胞募集在限制放疗肠道损伤中的关键作用，并阐明其通过调节ILC3细胞产生IL-17维持肠道屏障完整性的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证 | 探究放疗诱导肠道毒性的免疫调节机制 | 小鼠肠道组织及免疫细胞 | 免疫学 | 肠道放射损伤 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 314 | 2025-11-02 |
StarCDP: Dynamic Programming Algorithms for Fast and Accurate Cell Lineage Tree Reconstruction from CRISPR-Based Lineage Tracing Data
2025-Oct-23, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1177/15578666251386082
PMID:41173524
|
研究论文 | 提出Star-CDP动态规划算法，用于从CRISPR谱系追踪数据中快速准确地重建细胞谱系树 | 开发了基于动态规划的算法，能在约束搜索空间内寻找、计数、采样和构建共识树，相比现有方法具有更高可扩展性和准确性 | 研究显示标准数据处理流程可能影响迁移/再播种的相对性能评估 | 解决细胞谱系树重建中系统发育信号不一致的技术限制 | CRISPR诱导突变的细胞谱系数据 | 生物信息学 | 肺腺癌 | CRISPR谱系追踪，单细胞RNA测序 | 动态规划算法 | 基因突变数据 | 小鼠模型数据 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 315 | 2025-11-02 |
Comprehensive noise reduction in single-cell data with the RECODE platform
2025-Oct-20, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101178
PMID:40967209
|
研究论文 | 本研究升级了RECODE平台，通过新增iRECODE功能和技术扩展，为单细胞数据提供全面的噪声降低解决方案 | 开发了iRECODE功能可同时降低技术和批次噪声，并将RECODE适用范围扩展到单细胞Hi-C和空间转录组学等多种单细胞模态 | NA | 解决单细胞测序数据中的技术噪声和批次效应问题 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞Hi-C, 空间转录组学 | 基于高维统计的算法 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞Hi-C, 空间转录组学 | RECODE平台 | RECODE技术噪声降低平台，包含iRECODE批次噪声降低功能 |
| 316 | 2025-11-02 |
Identification of Regulatory RNA-Binding Genes in Spermatogonial Stem Cell Reprogramming to ES-like Cells Using Machine Learning-Integrated Transcriptomic and Network Analysis
2025-Oct-20, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14201632
PMID:41148847
|
研究论文 | 本研究通过机器学习整合转录组和网络分析，识别精原干细胞重编程为ES样细胞过程中的关键RNA结合调控基因 | 首次整合机器学习、转录组学和网络分析系统揭示精原干细胞重编程的分子机制，识别出Ctdsp1、Rest和Stra8等关键RNA结合调控基因 | 研究仅使用小鼠模型，人类精原干细胞的重编程机制仍需验证 | 探索精原干细胞重编程为多能干细胞的分子机制及其在再生医学和生育力保护中的应用潜力 | Oct4-GFP C57BL/6转基因小鼠的精原干细胞及其重编程产生的ES样细胞 | 机器学习 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫细胞化学, 畸胎瘤实验 | 机器学习整合分析 | 转录组数据, 基因表达数据 | 使用GEO数据库多个数据集(GSE43850, GSE38776, GSE149512)的小鼠精原干细胞和胚胎干细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 317 | 2025-11-02 |
PPAR-γ Inhibits Chronic Apical Periodontitis by Facilitating Macrophage Efferocytosis
2025-Oct-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262010157
PMID:41155449
|
研究论文 | 本研究阐明PPAR-γ通过促进巨噬细胞胞葬作用抑制慢性根尖周炎的机制 | 首次揭示PPAR-γ在慢性根尖周炎病程中调控巨噬细胞胞葬功能的作用机制 | NA | 探究PPAR-γ在慢性根尖周炎发病过程中对巨噬细胞胞葬作用的调控功能 | 临床标本、大鼠根尖周病变模型、体外CAP炎症环境模型 | NA | 慢性根尖周炎 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据,组织染色图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 318 | 2025-11-02 |
The Interplay Between lncRNAs-microRNAs Network Dysregulation and Cellular Hallmarks of Thyroid Cancer
2025-Oct-18, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17203373
PMID:41154428
|
综述 | 本文综述了长链非编码RNA与microRNA网络失调在甲状腺癌发生发展中的作用机制 | 系统总结了lncRNAs通过ceRNA机制、信号通路调控和表观遗传修饰参与甲状腺癌特征性表现的分子机制 | NA | 探讨lncRNAs-microRNAs网络失调与甲状腺癌细胞特征之间的相互作用关系 | 甲状腺癌（特别是乳头状甲状腺癌和间变性甲状腺癌） | NA | 甲状腺癌 | RNA干扰、反义寡核苷酸、CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 319 | 2025-11-02 |
OmniCellX: A Versatile and Comprehensive Browser-Based Tool for Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2025-Oct-17, Biology
DOI:10.3390/biology14101437
PMID:41154840
|
研究论文 | 介绍了一个基于浏览器的单细胞RNA测序分析工具OmniCellX | 开发了首个基于浏览器、支持双模式操作（分析与可视化）且能处理百万级细胞数据的单细胞RNA测序分析工具 | 未提及具体性能基准测试或与其他工具的详细比较 | 简化单细胞RNA测序数据分析流程，解决可访问性、可扩展性和可用性挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 百万级细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | OmniCellX | 基于浏览器的单细胞RNA测序分析工具，支持Docker部署和双模式操作 |
| 320 | 2025-11-02 |
Integrative Single-Cell and Bulk Transcriptomic Analysis Identifies Macrophage-Related Gene Signatures Predictive of Hepatocellular Carcinoma in Cirrhosis
2025-Oct-15, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16101213
PMID:41153430
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组数据识别巨噬细胞相关基因特征，构建肝硬化和肝细胞癌的预测模型 | 首次整合单细胞和批量转录组数据系统分析肝硬化向肝癌进展过程中巨噬细胞相关转录组变化 | 研究样本量有限，需要在更大队列中验证模型的普适性 | 开发肝硬化患者肝癌风险的早期预测模型 | 肝硬化患者和肝细胞癌患者的肝组织样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Lasso回归, 随机森林, XGBoost | 基因表达数据 | 肝硬化患者和肝细胞癌患者的肝组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |