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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
181 2026-05-08
Cardiomyocyte-specific plakophilin-2 loss is sufficient to induce aging and senescence of nonmyocytes. Relevance to arrhythmogenic cardiomyopathy
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 心肌细胞特异性PKP2缺失足以诱导非心肌细胞的衰老和早衰,与致心律失常性心肌病相关 首次证明心肌细胞特异性PKP2缺失足以诱导非心肌细胞中的促炎性衰老和整体心脏早衰,揭示了细胞衰老与桥粒致心律失常性心肌病的关联 研究基于小鼠模型,结果需在人类中验证;未在心肌细胞中发现典型衰老标志物,但观察到早衰相关结构特征 探讨心肌细胞特异性PKP2缺失是否足以诱导心脏非心肌细胞(驻留细胞)的过早衰老和促炎性衰老 心肌细胞特异性、他莫昔芬激活的PKP2缺失小鼠(PKP2cKO模型) 数字病理学 致心律失常性右心室心肌病 空间转录组学、多重成像、细胞因子阵列、表观遗传时钟、扩展显微镜、结构照明显微镜 NA 图像、转录组、蛋白质组 PKP2cKO小鼠模型,具体数量未在摘要中说明 NA 空间转录组学 NA NA
182 2026-05-08
Deciphering context-specific gene programs from single-cell and spatial transcriptomics data with DeCEP
2025-10-01, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 提出名为DeCEP的计算框架,利用单细胞RNA测序和空间转录组学数据解码特定上下文基因程序 DeCEP通过整合功能基因列表和有向图,构建特定细胞或空间上下文下的功能网络,并基于网络拓扑识别依赖上下文的枢纽基因,实现对基因程序的细粒度表征,尤其擅长处理转录异质性显著的数据 文中未明确指出局限性,但可能依赖于功能基因列表的完整性和准确性,以及对有向图构建的要求 开发一种能够利用单细胞和空间转录组学数据表征上下文特异性基因程序的计算方法 模拟生物数据集以及真实生物数据集,包括正常肝组织、阿尔茨海默病和癌症样本 计算生物学 阿尔茨海默病,癌症 单细胞RNA测序,空间转录组学 基于网络拓扑的计算框架 单细胞转录组数据,空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
183 2026-05-08
Multicondition and multimodal temporal profile inference during mouse embryonic development
2025-10-01, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 提出Sunbear框架,整合小鼠胚胎发育过程中多条件、多模态单细胞时间序列数据 首次提出能同时处理多条件(如性别、批次、疾病)和多模态(scRNA-seq、scATAC-seq)单细胞时间序列数据的联合建模框架Sunbear 未明确提及局限性,但可能受限于单细胞数据本身的破坏性测量和跨时间点匹配的困难 开发整合多条件多模态单细胞时间序列数据的联合建模框架 小鼠胚胎发育过程中的单细胞 机器学习 NA scRNA-seq, scATAC-seq Sunbear联合建模框架 单细胞时间序列数据 小鼠胚胎发育过程中的单细胞样本 NA 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 NA NA
184 2026-05-06
Nonhuman Primate Model of Super-selective Intra-arterial Ophthalmic Arterial Interventional Thrombolysis for Treatment of Ophthalmic Arterial Embolism Resulting From Hyaluronic Acid Filler Cosmetic Injection
2025-10-16, Aesthetic surgery journal IF:3.0Q1
研究论文 建立非人灵长类动物模型,评估超选择性眼动脉介入溶栓治疗透明质酸填充剂注射所致眼动脉栓塞的疗效 首次在非人灵长类动物模型中模拟临床眼动脉缺血再灌注,并验证超选择性眼动脉介入溶栓治疗在一定时间窗内能有效改善视觉功能 模型中仍观察到部分视觉功能损伤,且单细胞测序显示栓塞时间长会导致视紫红质细胞因子表达下降 证明超选择性眼动脉介入溶栓治疗在特定时间窗内能有效改善透明质酸栓塞导致的视觉功能损伤,并提出一个临床相关的视网膜缺血再灌注模型 猕猴(恒河猴) 数字病理学 心血管疾病 介入溶栓,单细胞RNA测序,数字减影血管造影,眼底荧光血管造影,视网膜电图,苏木精-伊红染色,透射电子显微镜 NA 图像,文本,基因表达数据 猕猴样本(具体数量未在摘要中说明) 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序用于检测视网膜细胞变化
185 2026-05-06
Decoding the association between mucosal-associated invariant T cells and prostate cancer via multi-omics analysis
2025-Oct-03, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 通过多组学分析揭示黏膜相关恒定T细胞与前列腺癌的关联 结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,首次揭示MAIT细胞在前列腺癌中的潜在因果作用并发现关键调控基因ZFP36L2 NA 探究MAIT细胞与前列腺癌易感性的关联并识别潜在调控基因 前列腺癌样本和癌旁正常样本 NA 前列腺癌 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 实时定量PCR, 蛋白质印迹, 免疫组织化学 NA 基因表达数据 4个前列腺癌样本和4个癌旁正常样本,共计13139个细胞 NA 单细胞RNA测序 NA 基于液滴的单细胞RNA测序
186 2026-05-06
TMEM258 modulates immune infiltration networks underlying co-susceptibility to Crohn disease and acute pancreatitis
2025-Oct-03, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 通过孟德尔随机化和多组学分析,发现TMEM258是克罗恩病和急性胰腺炎的共同易感基因,并调节免疫浸润网络 首次利用孟德尔随机化结合多组学数据(eQTL、bulk和单细胞RNA测序)揭示TMEM258作为CD和AP共病的共享遗传因子,并阐明其通过调控T细胞浸润影响疾病风险的机制 样本量较小(23例共病患者),且基于小鼠模型验证,需进一步在更大队列和功能实验中验证 探究克罗恩病与急性胰腺炎共病的遗传机制和免疫调节网络 克罗恩病和急性胰腺炎患者,以及DSS诱导的急性结肠炎小鼠模型 machine learning 克罗恩病, 急性胰腺炎 孟德尔随机化, 表达数量性状位点分析, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, RT-PCR NA 基因表达数据, 临床数据, 免疫细胞数据 23名CD患者,31864名个体的血液样本(来自37个队列的5421个顺式eQTL基因) NA 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 NA NA
187 2026-05-01
Single-cell and bulk transcriptome analysis identifies B-cell subpopulations and associated cancer subtypes with distinct clinical and molecular characteristics
2025-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
研究论文 通过整合单细胞和批量转录组分析,识别B细胞亚群及相关癌症亚型,揭示其不同的临床和分子特征 首次在泛癌层面系统识别八个B细胞亚群,并基于特异性基因签名构建预测癌症预后和免疫治疗反应的模型 NA 识别B细胞亚群特异性标志物在泛癌中的临床相关性,并构建预测癌症预后和免疫治疗反应的模型 B细胞亚群、癌症患者样本(15种癌症类型) 机器学习 癌症 单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学 无监督聚类模型 单细胞转录组数据、批量转录组数据、空间转录组数据 424名患者,102,504个细胞,涵盖15种癌症类型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
188 2026-05-01
Fibroblast-derived PI16 enhances tumor immune-suppressive microenvironment via inducing Tregs differentiation
2025-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
研究论文 研究了成纤维细胞来源的PI16通过诱导Treg分化增强食管鳞癌肿瘤免疫抑制微环境的作用机制 首次揭示PI16+成纤维细胞通过DOCK2依赖性机制促进Treg分化,并提出PI16+成纤维细胞作为克服肿瘤免疫抑制的新型治疗靶点 未明确提及研究局限性 探讨成纤维细胞来源的PI16在食管鳞癌肿瘤微环境中对免疫抑制的调控作用 食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境中的成纤维细胞和调节性T细胞 机器学习和单细胞测序分析 食管癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫共沉淀、质谱分析、多重荧光免疫组化 NA scRNA-seq数据(GSE203115) 公共scRNA-seq数据集及体外/体内实验样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
189 2026-05-01
A multi-omics approach reveals dysregulated TNF-related signaling pathways in circulating NK and T cell subsets of young children with autism
2025-10, Genes and immunity IF:5.0Q2
研究论文 采用多组学方法揭示幼儿自闭症谱系障碍循环NK和T细胞亚群中TNF相关信号通路失调 首次结合转录组、蛋白质组和单细胞RNA-seq多模态方法,在2-4岁阿拉伯自闭症儿童队列中系统分析免疫失调机制,发现JAK3、CUL2和CARD11基因与症状严重度负相关,并揭示TRAIL、RANKL和TWEAK信号通路在特定免疫细胞亚群中的失调 样本量有限且仅针对阿拉伯儿童,未包含其他族群;单细胞RNA-seq分析未深入探讨细胞亚群功能状态;缺乏纵向数据评估免疫变化的动态过程 探究幼儿自闭症谱系障碍中外周免疫失调的分子机制 2-4岁阿拉伯自闭症儿童及其匹配对照人群 数字病理学 自闭症谱系障碍 NGS, 蛋白质组学, 单细胞RNA-seq, 靶向转录组分析 NA 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 单细胞转录组数据 卡塔尔2-4岁阿拉伯自闭症儿童队列及匹配对照(具体数量未在摘要中说明) Illumina 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 蛋白质组学 Illumina NovaSeq, 10x Chromium NA
190 2026-05-01
Molecular stratification of prostate cancer through sensory perception-related multi-omics analysis reveals chemoresistant mechanisms
2025-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
研究论文 通过感官知觉相关多组学分析揭示前列腺癌分子分型及化疗耐药机制 首次将感官知觉相关mRNA和lncRNA整合进行多组学分析,识别出三个与化疗耐药和免疫微环境重塑相关的前列腺癌分子亚型,并发现TNF-CCL20轴是免疫抑制信号和耐药性的核心介质 未提及具体局限性 探究感官知觉通路在前列腺癌进展中的作用,揭示化疗耐药机制 前列腺癌患者组织样本和血清样本 机器学习 前列腺癌 多组学分析、scRNA-seq、TIDE、ESTIMATE、NicheNet 共识聚类、单细胞轨迹分析 基因表达数据(mRNA和lncRNA)、单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
191 2026-05-01
Integrating multi-modal transcriptomics identifies cellular subtypes with distinct roles in PDAC progression
2025-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
研究论文 通过整合多种转录组学技术,识别了胰腺导管腺癌进展中具有不同作用的细胞亚型 首次结合单细胞RNA测序、Visium空间转录组学、批量RNA测序和高分辨率Xenium空间转录组学,构建了PDAC肿瘤微环境的综合转录组图谱,并揭示了两种对立细胞程序的空间组织 仅对两个样本进行了高分辨率Xenium空间转录组学验证,样本量有限 阐明胰腺导管腺癌肿瘤微环境中细胞成分的空间和功能组织 胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的细胞亚型(POSTN⁺成纤维细胞、SPP1⁺巨噬细胞、CCL4⁺ CD8⁺效应T细胞、IGHG1⁺浆细胞) 数字病理学 胰腺癌 scRNA-seq, Visium空间转录组学, 批量RNA-seq, Xenium空间转录组学 NA 转录组数据 单细胞RNA测序88个样本(187,520个细胞),Visium空间转录组学20个样本(67,933个点),批量RNA测序1,383个样本,Xenium空间转录组学2个样本(307,679个细胞) 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium, 10x Xenium 10x Chromium单细胞3'测序,10x Visium空间转录组学,10x Xenium高分辨率空间转录组学
192 2026-04-30
Single-Cell Transcriptomics Reveals Depletion and Dysregulation of Mycobacterium tuberculosis-Specific Th1 and Th17 Cells Early After Acquisition of Human Immunodeficiency Virus
2025-Oct-15, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1
研究论文 通过单细胞转录组学揭示HIV感染早期后结核分枝杆菌特异性Th1和Th17细胞的耗竭与失调 首次纵向研究HIV感染前后Mtb特异性CD4 T细胞的单细胞RNA测序,揭示早期感染后Th1/Th17细胞优先耗竭及转录调控异常 未提及具体局限性 评估HIV感染对Mtb特异性CD4 T细胞频率和功能的影响 HIV阳性与阴性个体中的Mtb特异性CD4 T细胞 单细胞转录组学 结核病、HIV感染 流式细胞术、单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 部分个体在HIV感染前后进行纵向单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序 NA NA
193 2026-04-25
Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers
2025-Oct-07, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 使用Transformer模型实现小鼠大脑空间转录组学数据的细粒度区域发现 提出一种自监督框架CellTransformer,可扩展到百万细胞级MERFISH和Slide-seqV2数据集,并实现跨组织切片的细胞整合 未讨论模型在非脑组织或低分辨率空间数据中的泛化能力 建立自监督空间域检测流程,用于发现小鼠大脑中的精细组织区域 小鼠大脑组织 数字病理学 神经科学 MERFISH, Slide-seqV2 Transformer (编码器-解码器架构) 空间转录组数据 4只小鼠的900万个细胞,超过200个组织切片 Vizgen, 10x Genomics 空间转录组学 MERFISH, Slide-seqV2 MERFISH全脑成像系统,Slide-seqV2空间转录组学平台
194 2026-04-25
The Landscape of SPP1 + Macrophages Across Tissues and Diseases: A Comprehensive Review
2025-10, Immunology IF:4.9Q2
综述 系统总结了分泌型磷蛋白1阳性巨噬细胞在不同组织和疾病中的功能与适应性 通过跨疾病比较揭示了SPP1+巨噬细胞的共享特征和组织特异性差异,为其治疗靶向提供新视角 基于现有单细胞测序研究进行综述,可能受限于各研究的方法学差异和样本异质性 综合解析SPP1+巨噬细胞在肿瘤与非肿瘤疾病中的作用及其微环境适应性 SPP1+巨噬细胞 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
195 2026-04-25
Microglia-neuron crosstalk through Hex-GM2-MGL2 maintains brain homeostasis
2025-10, Nature IF:50.5Q1
研究论文 通过脂质组学、空间脂质成像、单细胞转录组学和细胞特异性突变体,发现小胶质细胞通过Hex-GM2-MGL2通路与神经元交互,维持脑稳态 首次揭示小胶质细胞通过溶酶体酶β-己糖胺酶将GM2神经节苷脂降解物传递给神经元的新型交互模式,并阐明该通路失调导致神经退行性病变的机制 主要基于小鼠模型,人类患者数据有限;具体机制细节尚需进一步验证 探究小胶质细胞与神经元在维持脑稳态中的相互作用机制 小胶质细胞与神经元之间的通讯 机器学习 神经退行性疾病(桑德霍夫病) 脂质组学、空间脂质成像、单细胞转录组学 NA 图像、文本 小鼠模型和人类患者样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序
196 2026-04-24
Antibiotic treatment limits survival of peripheral and bone marrow B-cell populations
2025-Oct-14, Blood advances IF:7.4Q1
研究论文 本研究评估了抗生素暴露小鼠模型中的骨髓造血区室,发现抗生素处理导致骨髓B细胞在所有发育阶段显著耗竭 首次通过单细胞RNA测序揭示抗生素处理导致骨髓B细胞在所有发育阶段显著耗竭,并发现该耗竭与MYC生存信号下调相关,而非依赖于干扰素信号 粪便菌群移植未能有效恢复外周或骨髓B细胞群体,提示抗生素的细胞毒性效应和菌群耗竭共同作用 探究抗生素处理对骨髓造血区室和B细胞发育的影响及其机制 抗生素处理小鼠模型中的骨髓B细胞和外周B细胞群体 机器学习 NA 单细胞RNA测序, 流式细胞术 NA 单细胞基因表达数据 抗生素处理小鼠模型,具体样本数量未在摘要中说明 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序
197 2026-04-20
RUNX1T1-HDAC Reprogramming of the HOX Code Signaling Drives a Targetable Pan-Cancer Lineage Plasticity
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过分析多组学数据,发现RUNX1T1-HDAC复合物通过重编程HOX代码信号驱动泛癌谱系可塑性,并揭示了其作为可药物靶点的潜力 首次将RUNX1T1鉴定为泛癌谱系可塑性的新型生物标志物,揭示了RUNX1T1-HDAC复合物调控HOX代码的机制,并证明HDAC抑制可选择性靶向可塑性细胞 研究主要基于生物信息学分析和体外验证,需要更多体内实验和临床试验进一步证实其治疗潜力 探索癌症谱系可塑性的分子机制并寻找可靶向的生物标志物 前列腺癌、肺癌和急性髓系白血病(AML)的癌细胞 生物信息学 前列腺癌, 肺癌, 急性髓系白血病 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 多组学分析, AI建模 AI-based modeling 转录组数据 超过80,000个RNA-seq样本,涵盖114种癌症类型,包括大量临床前和临床队列 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
198 2026-04-19
ST2HE: A Cross-Platform Framework for Virtual Histology and Annotation of High-Resolution Spatial Transcriptomics Data
2025-Oct-13, ArXiv
PMID:41281202
研究论文 本文提出了一个跨平台生成框架ST2HE,用于从高分辨率空间转录组数据合成虚拟H&E图像,以支持组织学注释 ST2HE采用一步扩散模型整合细胞核形态和空间转录坐标,实现了跨组织类型和平台的高保真虚拟组织学图像生成,并支持条件性和组织无关的变体 未明确提及具体的数据集规模限制或模型泛化能力的详细评估 开发一个标准化框架,用于高分辨率空间转录组数据的虚拟组织学注释和表型分类 乳腺癌、非小细胞肺癌和卡波西肉瘤的组织样本 计算病理学 乳腺癌, 非小细胞肺癌, 卡波西肉瘤 空间转录组学 扩散模型 空间转录组数据 NA NA 高分辨率空间转录组学 NA NA
199 2026-04-18
Peripartum dapagliflozin improves late-life maternal cardiovascular outcomes in a murine model of superimposed preeclampsia
2025-Oct, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1
研究论文 本研究在BPH/2J小鼠模型中证实了达格列净在围产期给药可改善叠加子痫前期的母体心血管结局 首次在叠加子痫前期模型中测试了SGLT2抑制剂(达格列净)在妊娠期和产后早期的短期和长期心血管效应,并揭示了其抗纤维化和改善代谢的分子作用机制 研究基于小鼠模型,结果向人类临床转化的有效性尚需进一步验证 评估SGLT2抑制剂达格列净在叠加子痫前期模型中作为心血管风险降低干预措施的潜力 BPH/2J小鼠模型(模拟慢性高血压叠加子痫前期) 数字病理学 心血管疾病 空间转录组学,Masson三色染色,超声心动图,遥测技术 NA 图像,文本(转录组数据),生理参数 BPH/2J怀孕小鼠(具体数量未明确说明) NA 空间转录组学 NA NA
200 2026-04-18
Single-cell transcriptomic and genomic changes in the ageing human brain
2025-10, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本研究利用单细胞转录组测序、单细胞全基因组测序和空间转录组学技术,揭示了人类前额叶皮层从婴儿期到百岁老人期的基因表达和基因组变化 首次结合单细胞转录组、单细胞全基因组和空间转录组学技术,全面解析人类大脑衰老过程中的细胞特异性变化和突变特征 研究主要聚焦于前额叶皮层,可能无法代表整个大脑的衰老模式;样本年龄范围虽广,但具体样本数量未明确说明 探究人类大脑衰老过程中的转录组和基因组动态变化 人类前额叶皮层细胞 数字病理学 老年疾病 单细胞RNA测序, 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 NA 单细胞转录组数据, 单细胞基因组数据, 空间转录组数据 从婴儿到百岁老人的多个年龄段人类前额叶皮层样本 NA 单细胞RNA测序, 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 NA NA
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