单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 592 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-12-04 |
Decoding the human PBMC isonome: Isoform-level resolution with single-cell long-read transcriptomics
2025-Oct-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.16.682832
PMID:41279381
|
研究论文 | 本研究利用单细胞长读长转录组学技术，解码了人类外周血单个核细胞的异构体组，实现了异构体水平的分辨率 | 通过改进的PIPseq工作流程和计算管道，生成了迄今为止最大的人类PBMC长读长单细胞数据集，并发现了128个新异构体，其中一些具有细胞类型特异性模式 | NA | 理解人类健康和疾病在异构体水平上的细胞多样性和疾病机制 | 人类外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞长读长RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | Oxford Nanopore | 单细胞RNA-seq | NA | Oxford Nanopore长读长测序 |
| 182 | 2025-09-18 |
Author Correction: Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain
2025-Oct, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02077-z
PMID:40958041
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 183 | 2025-12-03 |
Neuroprotective role of DNTαβ Cell transplantation on modulating immune microenvironment in spinal cord injured mice
2025-Oct, Neurotherapeutics : the journal of the American Society for Experimental NeuroTherapeutics
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.neurot.2025.e00743
PMID:40987706
|
研究论文 | 本研究探讨了DNTαβ细胞移植在脊髓损伤小鼠中通过调节免疫微环境发挥神经保护作用的机制 | 首次利用单细胞测序揭示DNT细胞的异质性，并验证DNTαβ细胞移植通过Gzmb和IFN通路调节免疫反应，促进脊髓损伤后的早期修复和神经保护 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证，且具体分子机制需进一步深入探索 | 探究DNTαβ细胞移植对脊髓损伤后免疫微环境的调节作用及其神经保护效果 | 脊髓损伤小鼠模型 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 流式细胞术、单细胞测序、转录组测序、免疫组织化学 | NA | 单细胞测序数据、转录组数据、流式细胞术数据、免疫组织化学图像 | 未明确指定样本数量，但使用小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 184 | 2025-12-02 |
Interregional human assembloids recapitulate fetal brain morphologies and enhance neuronal complexity
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684445
PMID:41278870
|
研究论文 | 本研究利用3D共聚焦成像和手动重建技术，分析了人类前脑、丘脑器官样体及组装体，揭示了其神经元形态与胎儿大脑的相似性及组装体增强的形态复杂性 | 首次系统描述人类神经器官样体和组装体中神经元形态的多样性，并发现组装体比单个器官样体具有更高的形态复杂性，包括更广泛的树突分支、更长投射和多样化的胞体形状 | 研究仅基于735个神经元的样本量，可能无法完全代表整体多样性；手动重建方法可能引入主观偏差 | 验证人类神经模型并建模形态功能性疾病 | 人类前脑（背侧和腹侧）和丘脑（背侧和腹侧）器官样体，以及前脑、丘脑和皮质丘脑组装体 | 数字病理学 | NA | 3D共聚焦成像和手动重建 | NA | 图像 | 735个神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 185 | 2025-12-02 |
Multi-site Assessment of Methods for Cell Preservation Upstream of Single Cell RNA Sequencing
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684427
PMID:41279168
|
研究论文 | 本研究评估了三种单细胞RNA测序上游细胞保存方法（10x Genomics FLEX、Parse Bioscience Evercode WT v2和Honeycomb Bio HIVE）在多平台、多站点下的性能和可重复性 | 通过跨平台、多站点研究，系统比较了固定和冷冻保存方法在单细胞RNA测序中的表现，并展示了这些方法在细胞类型注释和相对丰度方面的一致性 | 研究仅基于单一健康个体的白细胞样本，可能无法完全代表其他细胞类型或疾病状态下的保存效果 | 评估单细胞RNA测序上游细胞保存方法的性能和可重复性，以优化样本收集和处理流程 | 从单一健康个体分离的总白细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、21色流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 单一健康个体的白细胞样本 | 10x Genomics, Parse Biosciences, Honeycomb Bio | 单细胞RNA-seq | 10x Genomics FLEX, Parse Bioscience Evercode WT v2, Honeycomb Bio HIVE | 10x Genomics FLEX（固定或冷冻保存方法）、Parse Bioscience Evercode WT v2（固定或冷冻保存方法）、Honeycomb Bio HIVE（固定或冷冻保存方法） |
| 186 | 2025-12-02 |
Supervised machine learning identifies impaired mitochondrial quality control in β cells with development of type 2 diabetes
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.683335
PMID:41278904
|
研究论文 | 本研究开发了一个可解释的监督机器学习框架，用于识别2型糖尿病β细胞中线粒体质量控制的受损机制 | 结合了稀疏规则分类、通路约束建模和线粒体适应性分层，在单细胞水平上预测T2D并揭示疾病机制 | 研究样本量相对较小（52名人类供体），且主要基于单细胞RNA测序数据，可能未涵盖所有相关生物学层面 | 识别2型糖尿病中β细胞衰竭的分子通路，特别是线粒体质量控制的作用 | 人类β细胞，来自52名供体的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | SnakeClassifier, BlackSwanClassifier, Kolmogorov-Arnold Neural Networks (KANN) | 单细胞RNA测序数据 | 52名人类供体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 187 | 2025-12-02 |
Rapid canalization of chromosome conformation-transcription fingerprints during embryogenesis revealed by fully-automated cell identity decoding with CeSCALE
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.684035
PMID:41279329
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为CeSCALE的新型算法，结合单细胞基因组学，揭示了胚胎发育过程中局部染色体构象-转录'指纹'与细胞谱系的关系及其遗传模式 | 开发了基于最优传输理论的CeSCALE算法，首次实现了对广泛发育窗口中谱系解析的单个细胞表型的全自动量化，并揭示了局部构象-转录'指纹'沿细胞谱系的稳定遗传现象 | 研究主要基于胚胎发育模型，结论在其他生物系统或疾病状态中的普适性有待验证 | 探究胚胎发育过程中染色体高级构象与转录活性之间的关系及其沿细胞谱系的遗传机制 | 胚胎发育过程中的细胞谱系 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞基因组学，单分子染色体追踪，单细胞转录组学 | CeSCALE（基于Sinkhorn的细胞对齐算法） | 单细胞基因组数据，单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞基因组学，单细胞转录组学 | NA | NA |
| 188 | 2025-12-02 |
Epithelial-Mesenchymal Transition is Associated with Altered Immune Composition and Cytotoxic Function in Triple-Negative Breast Cancer
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.683714
PMID:41280107
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了三阴性乳腺癌中上皮-间质转化（EMT）谱系与肿瘤免疫微环境组成及功能变化之间的关联 | 首次系统揭示了EMT中间状态（非完全上皮或完全间质状态）与免疫细胞组成及功能的梯度变化关系，阐明了EMT谱系上肿瘤细胞MHC分子表达下调、细胞毒性T细胞和NK细胞功能抑制以及B细胞亚群转变的渐进模式 | 研究基于小鼠4T1肿瘤细胞系衍生的克隆模型，其结论在人类乳腺癌中的普适性需要进一步验证；单细胞RNA测序数据主要反映转录组水平变化，蛋白质水平和功能验证有待补充 | 探究三阴性乳腺癌中上皮-间质转化（EMT）不同状态对肿瘤免疫微环境组成和功能的影响 | 从4T1小鼠三阴性乳腺癌细胞系建立的五个具有不同EMT表型的单细胞克隆群体及其形成的肿瘤 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 五个单细胞克隆群体及其衍生的肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 189 | 2025-12-02 |
Innovations in spinal cord cell type heterogeneity across vertebrate evolution
2025-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.09.680955
PMID:41279330
|
研究论文 | 本研究通过比较鱼类、蛙类、小鼠和人类的脊髓细胞类型，揭示了脊椎动物进化过程中脊髓细胞类型异质性的保守与分化模式 | 首次跨物种比较脊椎动物脊髓细胞类型图谱，发现发育阶段细胞类型高度保守，而成年阶段兴奋性神经元亚群出现物种特异性分化，并定位到哺乳动物特有的背侧脊髓感觉整合中枢 | 研究主要基于转录组数据，缺乏功能验证；物种覆盖范围有限（仅四种代表性物种）；空间转录组分辨率仍有提升空间 | 探究脊椎动物脊髓细胞类型在进化过程中的保守性与多样性，解析运动控制回路的进化起源 | 鱼类、蛙类、小鼠和人类的脊髓组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 跨四个物种（鱼类、蛙类、小鼠、人类）的脊髓样本，涵盖约4.5亿年进化历程 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 190 | 2025-12-02 |
Comprehensive benchmarking of somatic mutation detection by the SMaHT Network
2025-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.09.678885
PMID:41279200
|
研究论文 | SMaHT网络通过四项大规模基准实验，评估了检测体细胞突变的测序技术、实验方法和计算策略 | 整合短读长和长读长测序、使用供体特异性组装和人类泛基因组，并比较了六种双链测序技术，展示了单细胞测序在解析细胞类型特异性突变模式方面的优势 | 未明确提及具体的技术限制或样本多样性不足等问题 | 评估和优化体细胞突变检测的技术与方法，以实现准确、全基因组的体细胞突变发现和分析 | 体细胞突变检测的测序技术、实验方法和计算策略 | 基因组学 | NA | 短读长测序、长读长测序、双链测序、单细胞测序 | NA | 基因组测序数据 | 九个分析样本 | NA | 单细胞测序、双链测序、短读长测序、长读长测序 | NA | NA |
| 191 | 2025-12-02 |
Ex Vivo Expanded Regulatory T Cells Inhibit AAA Progression by Limiting CD4+ and CD8+ T Cell Accumulation in Aortic Tissue
2025-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681290
PMID:41279653
|
研究论文 | 本研究探讨了调节性T细胞（Tregs）在腹主动脉瘤（AAA）进展中的作用，通过小鼠模型验证Treg疗法能通过限制CD4+和CD8+ T细胞在主动脉组织中的积累来抑制AAA发展 | 利用单细胞RNA测序数据识别T细胞在AAA中的关键作用，并通过同种移植Tregs到AAA诱导小鼠中，揭示Tregs通过定位于引流淋巴结而非主动脉微环境来减少促炎细胞浸润，从而抑制AAA进展 | 研究主要基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类；Tregs在主动脉微环境中未被检测到，其具体作用机制需进一步探索；临床转化潜力尚未在人体试验中验证 | 研究Tregs在AAA进展中的具体机制，探索Treg疗法作为早期AAA治疗策略的潜力 | 人类和小鼠AAA单细胞RNA测序数据、AAA诱导的野生型C57BL/6J小鼠、Thy1.1等位基因供体小鼠的Tregs | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、qRT-PCR、Verhoeff-van Gieson染色、苏木精-伊红染色、免疫组织化学 | NA | RNA测序数据、图像数据、流式细胞数据 | 使用小鼠模型，具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 192 | 2025-12-02 |
Epicardial contributions to fibro-inflammatory signaling in a Pkp2-deficient arrhythmogenic cardiomyopathy model
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.680826
PMID:41279609
|
研究论文 | 本研究通过构建Pkp2缺陷小鼠模型，探究了心外膜来源细胞在致心律失常性心肌病中纤维炎症信号传导的作用 | 首次在单细胞水平揭示了Pkp2缺陷导致心外膜来源成纤维细胞获得衰老相关分泌表型，并阐明了B细胞在疾病早期炎症和纤维化反应中的作用 | 研究基于小鼠模型，结果向人类疾病的转化需谨慎；B细胞耗竭仅延迟早期反应，未显著改变终末期心脏生理 | 探究Pkp2缺陷在心外膜来源细胞中对致心律失常性心肌病纤维炎症信号传导和发病机制的贡献 | 转基因小鼠（Pkp2-cKO和Pkp2-ceKO模型）及其心脏组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，流式细胞术，qRT-PCR，超声心动图 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据，定量PCR数据，生理测量数据 | 转基因小鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 193 | 2025-12-02 |
Optimal Gene Panel Selection for Targeted Spatial Transcriptomics Experiments
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681071
PMID:41279853
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ReconST的新方法，用于自动设计空间转录组学分析中的最优基因面板 | ReconST利用现有scRNA-seq数据，通过门控自编码器识别最优基因子集，在重建准确性和空间模式保留方面优于现有方法 | NA | 优化基因面板选择以最大化空间转录组学分析的效用 | 基因面板设计 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析，scRNA-seq | 门控自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 194 | 2025-12-02 |
Accelerating scRNA-seq Analysis: Automated cell type annotation using representation learning and vector search
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.06.680787
PMID:41279915
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于表示学习和向量搜索的自动化细胞类型注释服务，用于加速单细胞RNA测序分析 | 采用反向搜索方法，避免依赖预定义标记基因或组织特异性参考，提供细粒度和粗粒度注释 | NA | 自动化单细胞RNA测序中的细胞类型注释，以提高分析速度和准确性 | 10x Genomics单细胞基因表达样本中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 表示学习 | 基因表达谱数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | NA |
| 195 | 2025-12-02 |
SpaDiff: Denoising for Sequence-based Spatial Transcriptomics via Diffusion Process
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.07.681011
PMID:41280001
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaDiff的去噪方法，用于处理基于序列的空间转录组学数据中的spot-swapping噪声 | 将spot-swapping噪声建模为扩散过程，并模拟RNA分子的位移以逆转噪声，从而恢复原始空间分布 | NA | 提高空间转录组学数据的空间特异性和数据完整性 | 空间转录组学数据中的RNA分子 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 扩散过程模型 | 序列数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 196 | 2025-12-02 |
Multi-omics analysis identifies S100a10/Anxa2 complex within proximal tubule aggravates acute kidney injury through p-Stat3/Spp1 signaling
2025-Oct, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1016/j.trsl.2025.11.003
PMID:41265636
|
研究论文 | 通过多组学分析发现S100a10/Anxa2复合物在近端小管内通过p-Stat3/Spp1信号通路加剧急性肾损伤 | 首次结合bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学技术，系统性地识别了S100a10/Anxa2复合物在AKI中的作用，并通过实验验证了其通过p-Stat3/Spp1信号通路调控AKI的机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中进行验证，且具体信号通路的上下游调控细节有待进一步探索 | 探究急性肾损伤（AKI）的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 小鼠肾脏组织，特别是近端小管上皮细胞 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, ChIP-seq | NA | RNA-seq数据, 空间转录组数据, ChIP-seq数据 | 未明确指定样本数量，但涉及对照组和AKI模型组 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 197 | 2025-12-01 |
Investigating the Effects of Long-Term Fine Particulate Matter Exposure on Autism Spectrum Disorder Severity: Evidence from Multiple Analytical Approaches
2025-Oct-28, Toxics
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxics13110922
PMID:41304474
|
研究论文 | 本研究通过多种分析方法探讨长期细颗粒物暴露与自闭症谱系障碍严重程度之间的关联及其潜在机制 | 采用全球疾病负担数据与孟德尔随机化相结合的分析方法，结合网络毒理学、单细胞转录组学和动物实验，首次系统揭示PM暴露通过神经炎症激活加剧ASD症状的分子机制 | 存在多种潜在混杂因素如其他污染物共同暴露和社会经济变量未完全控制，需要在更大更多样化的群体中进一步验证 | 探索长期PM暴露与ASD症状恶化的关联及其作用机制 | 自闭症谱系障碍患者和动物模型 | 环境健康与神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 孟德尔随机化, 网络毒理学, 单细胞转录组学, 动物实验 | NA | 流行病学数据, 环境监测数据, 基因表达数据, 行为学数据 | 基于全球疾病负担数据和中国高分辨率空气污染数据库的队列研究 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 198 | 2025-12-01 |
StomachDB: An Integrated Multi-Omics Database for Gastric Diseases
2025-Oct-24, Biology
DOI:10.3390/biology14111484
PMID:41300276
|
研究论文 | 开发了首个专注于胃部疾病的综合多组学数据库StomachDB | 首个专注于胃部疾病的综合多组学数据库，整合了6种生物数据类型 | NA | 增强胃部疾病的诊断和治疗理解 | 44种胃部相关病理，包括胃癌、胃溃疡和胃炎 | 生物信息学 | 胃部疾病 | 多组学整合分析 | NA | 基因组学、转录组学、单细胞转录组学、空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | 约250万个标准化数据文件和268,394个疾病-基因关联 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学整合 | NA | NA |
| 199 | 2025-12-01 |
Attention-Guided Probabilistic Diffusion Model for Generating Cell-Type-Specific Gene Regulatory Networks from Gene Expression Profiles
2025-Oct-24, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16111255
PMID:41300707
|
研究论文 | 提出一种基于扩散模型的深度学习框架Planet，用于从单细胞RNA测序数据生成细胞类型特异性基因调控网络 | 采用三重混合注意力Transformer捕获长程调控依赖关系，并引入快速采样策略加速推理过程 | 与DigNet方法相比在可比条件下仅实现轻微性能提升 | 构建具有全局一致性的细胞特异性基因调控网络 | 小鼠肺Cd8Gzmk T细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 扩散模型, Transformer | 基因表达谱 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 200 | 2025-12-01 |
An ApiAP2 Family Transcriptional Factor PfAP2-06B Regulates Erythrocyte Invasion Indirectly in Plasmodium falciparum
2025-Oct-22, Pathogens (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/pathogens14111076
PMID:41305314
|
研究论文 | 本研究揭示了疟原虫ApiAP2家族转录因子PfAP2-06B通过调控入侵相关基因间接调节红细胞入侵过程 | 首次发现PfAP2-06B转录因子通过调节入侵相关基因表达间接影响疟原虫红细胞入侵，并揭示了其在细胞间基因表达随机变异中的作用 | 未明确PfAP2-06B具体调控的下游靶基因网络及其直接作用机制 | 探究PfAP2-06B转录因子在疟原虫红细胞内发育周期中对红细胞入侵过程的调控作用 | 恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)及其红细胞入侵过程 | 分子生物学 | 疟疾 | 条件性基因敲低, bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |