单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-05	Single-cell transcriptomic profiling of the whole colony of Botrylloides diegensis: insights into tissue specialization and blastogenesis 2025-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204265 PMID:40406997	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对Botrylloides diegensis整个群体进行了转录组分析，揭示了细胞异质性并鉴定了细胞和组织标记物	首次对Botrylloides diegensis整个群体进行单细胞转录组测序，鉴定了29个主要细胞簇，并揭示了组织特化和发育轨迹	研究仅基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	理解Botrylloides diegensis的发育、组织功能和再生机制	Botrylloides diegensis群体的所有细胞（包括个体、芽体和血管被膜）	发育生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	一个完整的Botrylloides diegensis群体（包含多种细胞类型）
2	2025-06-23	KHDC3 affects the lineage differentiation of early embryo by regulating the differential distribution of YAP signal 2025-Oct-01, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2025.117527 PMID:40493978	research paper	研究揭示了KHDC3通过调节YAP信号通路在早期胚胎细胞谱系分化中的作用	首次发现KHDC3通过影响YAP信号通路和皮层肌动蛋白帽的形成来调控早期胚胎细胞的内外分布和谱系分化	KHDC3如何通过肌动蛋白细胞骨架影响YAP信号通路的具体机制尚未完全阐明	探究KHDC3在早期胚胎发育中的作用机制	早期胚胎细胞	发育生物学	妊娠滋养细胞疾病	单细胞转录组分析、基因敲除	NA	基因表达数据	早期胚胎细胞（从2细胞期到囊胚期）
3	2025-06-21	A dual-targeting strategy to inhibit colorectal cancer liver metastasis via tumor cell ferroptosis and cancer-associated fibroblast reprogramming 2025-Oct, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.05.025 PMID:40530415	研究论文	本文提出了一种双靶向策略，通过诱导肿瘤细胞铁死亡和重编程癌症相关成纤维细胞来抑制结直肠癌肝转移	利用单细胞转录组学鉴定关键驱动因素，并设计了一种双靶向纳米系统，同时诱导肿瘤细胞铁死亡和重编程CAFs	NA	克服结直肠癌肝转移的治疗挑战	结直肠癌细胞和癌症相关成纤维细胞	肿瘤学	结直肠癌	单细胞转录组学	NA	NA	临床结直肠癌样本和患者来源的肿瘤异种移植人源化免疫小鼠模型
4	2025-06-10	Genetically supported causality between gut microbiota, prefrontal cortex and depression: insights from multiple Mendelian randomization, multi-omics analysis, and network pharmacology 2025-Oct-01, Journal of affective disorders IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.jad.2025.119458 PMID:40419156	研究论文	通过多组学分析和网络药理学方法，研究肠道菌群与前额叶皮层及抑郁症之间的遗传支持因果关系	首次通过多变量孟德尔随机化分析揭示了肠道菌群通过前额叶皮层结构介导对抑郁症的影响，并鉴定了潜在的治疗靶点和药物	研究结果主要基于遗传数据，需要进一步实验验证	探究肠道菌群与前额叶皮层及抑郁症之间的因果关系及其生物学机制	肠道菌群、前额叶皮层、抑郁症患者	多组学分析	抑郁症	GWAS、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序、分子对接	孟德尔随机化模型	基因组数据、转录组数据、影像数据	肠道菌群(n=5959)、抑郁症(43,280病例/329,192对照)、脑影像表型(n=33,224)
5	2025-06-06	SGTB: A graph representation learning model combining transformer and BERT for optimizing gene expression analysis in spatial transcriptomics data 2025-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108482 PMID:40306096	研究论文	提出了一种结合Transformer和BERT的图表示学习模型SGTB，用于优化空间转录组学数据中的基因表达分析	整合了图卷积网络（GCN）、Transformer和BERT语言模型，以优化空间转录组学数据的表示能力，捕捉复杂的空间依赖性和全局特征	未提及具体的数据集或实验结果的局限性	优化空间转录组学数据的表示能力，提高细胞类型分类和基因调控网络构建等任务的准确性	空间转录组学数据	机器学习	NA	空间转录组学（ST）	GCN, Transformer, BERT	基因表达矩阵	NA
6	2025-06-06	Identification and validation of biomarkers in Alzheimer's disease based on machine learning algorithms and single-cell sequencing analysis 2025-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108475 PMID:40315768	research paper	通过机器学习和单细胞测序分析，识别并验证了阿尔茨海默病的潜在生物标志物	结合多种机器学习算法和单细胞RNA测序数据，系统性识别并验证了SCG3作为阿尔茨海默病早期诊断标志物的潜力	样本量相对较小（295例），且仅基于公开数据集分析，未涉及大规模临床验证	识别阿尔茨海默病的诊断标志物以阐明其发病机制并促进早期诊断	阿尔茨海默病患者和正常对照的基因表达数据	digital pathology	geriatric disease	single-cell RNA-seq, immunofluorescence assay	LASSO, SVM-RFE, Random forest	gene expression data	295个样本（153例AD患者和142例正常对照）
7	2025-06-06	scDGG: Dynamic gene graphs for enhancing clustering analysis of single-cell RNA sequencing data via spatiotemporal representations 2025-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108483 PMID:40328048	research paper	本文提出了一种名为scDGG的多视图图学习架构，用于从不同信号通路中压缩动态基因图，以增强单细胞RNA测序数据的聚类分析	提出动态基因图（dynamic gene graphs）以更全面地观察调控机制，相比静态基因图能更好地捕捉动态调控机制	未明确提及具体局限性，但暗示静态基因图在传达动态调控机制方面信息有限	提高单细胞RNA测序数据的聚类分析准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多视图图学习架构（multi-view graph learning architecture）	基因表达数据	基准scRNA-seq数据集（未明确提及具体数量）
8	2025-02-17	Inhibiting ceramide synthase 5 expression in microglia decreases neuroinflammation after spinal cord injury 2025-Oct-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-01933 PMID:39610106	研究论文	本文研究了抑制小胶质细胞中神经酰胺合成酶5（ceramide synthase 5）表达对脊髓损伤后神经炎症的影响	首次揭示了神经酰胺合成酶5在脊髓损伤后小胶质细胞焦亡和神经炎症中的关键作用，并发现其通过NLRP3信号通路介导这一过程	研究主要基于小鼠模型和细胞共培养系统，尚未在人类中进行验证	探讨小胶质细胞在脊髓损伤后调控神经炎症反应的分子机制	小胶质细胞、脊髓损伤小鼠模型、PC12-BV2细胞共培养系统	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、siRNA注射、分子抑制剂注射	小鼠脊髓损伤模型、PC12-BV2细胞共培养系统	RNA测序数据、细胞实验数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型和细胞实验