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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-11-01 |
Kell and Kx blood group systems: an update
2025-Sep-01, Immunohematology
|
综述 | 更新自2015年以来Kell和Kx血型系统的最新研究进展,包括新发现的抗原、等位基因及其与红细胞膜稳定性的关系 | 首次报道婴儿McLeod综合征诊断,发现大量新抗原和等位基因(截至2025年Kell系统已有38种抗原),强调分子诊断在解决血清学模糊性和神经退行性疾病诊断中的作用 | NA | 总结Kell和Kx血型系统的最新研究进展和临床应用 | Kell和Kx血型系统的抗原、等位基因及其与红细胞膜稳定性和疾病的关系 | NA | 血液系统疾病 | 单细胞测序、多组学分析、基因编辑、细胞治疗 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 162 | 2025-10-31 |
Identification of shared pathogenetic mechanisms between endometriosis and RSA based on comprehensive bioinformatics analysis
2025-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03596-1
PMID:40705269
|
研究论文 | 通过生物信息学分析识别子宫内膜异位症和复发性自然流产之间的共享分子机制和关键基因 | 首次发现FXYD1作为连接子宫内膜异位症和复发性自然流产的关键枢纽基因,并通过单细胞RNA测序验证其在基质细胞和蜕膜细胞中的表达 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证功能机制 | 探索子宫内膜异位症和复发性自然流产之间的共享分子机制 | 子宫内膜异位症和复发性自然流产患者样本 | 生物信息学 | 妇科疾病 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,WGCNA,功能富集分析 | 差异表达基因分析,共表达网络分析 | 基因表达数据 | GSE7305和GSE165004数据集 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 163 | 2025-10-31 |
Identification of m5C-related genes and subclusters in recurrent pregnancy loss
2025-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03580-9
PMID:40751792
|
研究论文 | 通过生物信息学方法鉴定复发性流产中m5C相关基因及其亚群 | 首次将复发性流产患者分为两个不同亚群,并分析其免疫微环境差异 | 样本量较小(48例子宫内膜组织样本) | 阐明m5C相关基因与复发性流产发病机制的关系 | 复发性流产患者的子宫内膜组织 | 生物信息学 | 复发性流产 | 机器学习,单细胞RNA测序,基因集富集分析 | 机器学习模型,列线图 | 基因表达数据 | 48例子宫内膜组织样本(24例RPL样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 164 | 2025-10-30 |
Identifying senescent cells as prognostic biomarkers and therapeutic targets of nasopharyngeal carcinoma by integrated analysis of single-cell and bulk-RNA sequencing data
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-659
PMID:41158214
|
研究论文 | 通过整合分析单细胞和bulk-RNA测序数据,识别鼻咽癌中的衰老细胞作为预后生物标志物和治疗靶点 | 首次在单细胞水平表征鼻咽癌中的衰老细胞,发现衰老上皮C3细胞和SPP1+巨噬细胞与肿瘤进展相关 | 样本量较小(15例初治患者和1例慢性鼻咽炎患者) | 阐明鼻咽癌中衰老细胞的表型特征及其在肿瘤发生中的作用 | 鼻咽癌患者组织样本 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,bulk RNA测序数据 | 16例患者(15例初治鼻咽癌,1例慢性鼻咽炎) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 165 | 2025-10-30 |
APOA2 mediates immune therapy tolerance in hepatocellular carcinoma by inhibiting the antigen-presenting function of dendritic cells through the PPAR signaling pathway
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-321
PMID:41158225
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据,揭示了APOA2通过PPAR信号通路抑制树突状细胞抗原呈递功能,从而介导肝细胞癌免疫治疗耐受的机制 | 首次发现APOA2通过PPAR信号通路抑制树突状细胞抗原呈递功能,阐明了肝细胞癌免疫治疗耐受的新机制 | 研究样本量有限,机制验证主要依赖生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探究肝细胞癌对联合靶向治疗和免疫治疗产生耐受的分子机制 | 接受卡博替尼-纳武利尤单抗治疗的肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | RCTD算法, hdWGCNA, ISCHIA算法, Misty框架, CellChat | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 166 | 2025-10-30 |
Integration analysis of single-cell transcriptome reveals SPP1+ and TFF3+ macrophage subsets contributing to the brain metastasis from lung cancer
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2024-2489
PMID:41158243
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了SPP1+和TFF3+巨噬细胞亚群在肺癌脑转移中的作用机制 | 首次发现SPP1+和TFF3+巨噬细胞亚群在肺癌脑转移组织中显著上调,并揭示了其促进肿瘤进展的潜在分子机制 | 研究基于公共数据库数据,缺乏实验验证;样本来源和数量未明确说明 | 探究肺癌脑转移中肿瘤相关巨噬细胞亚群的异质性及其作用机制 | 肺癌脑转移组织中的巨噬细胞亚群 | 单细胞转录组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 167 | 2025-10-30 |
Demystifying programmed cell death in lung adenocarcinoma: combined prognostic model construction
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-309
PMID:41158258
|
研究论文 | 本研究构建了基于程序性细胞死亡基因的肺腺癌联合预后模型 | 首次结合坏死性凋亡和焦亡基因构建联合预后模型,并识别PKP2和AHSA1作为关键预后生物标志物 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 开发肺腺癌预后模型以改善风险分层和识别治疗靶点 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | LASSO回归,多变量Cox回归,机器学习,单细胞RNA测序 | LASSO回归模型,联合预后模型,机器学习模型 | 基因表达数据 | TCGA和8个GEO数据集 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 168 | 2025-10-30 |
Development and validation of a lipid metabolism-related prognostic model for gastric adenocarcinoma
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1540
PMID:41158277
|
研究论文 | 开发并验证了一个基于脂质代谢的胃腺癌预后模型 | 首次构建了胃腺癌脂质代谢相关预后特征模型,揭示了其与肿瘤微环境和免疫治疗反应的关系 | 需要整合单细胞测序和多中心临床数据来提升模型适用性 | 构建胃腺癌脂质代谢相关预后模型并评估其临床相关性 | 胃腺癌患者 | 生物信息学 | 胃腺癌 | LASSO回归分析,Cox回归分析,功能富集分析,肿瘤突变负荷分析 | 预后特征模型 | 基因表达数据,临床数据 | 来自TCGA数据库的胃腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 169 | 2025-10-30 |
Integrative analysis of programmed cell death pathways reveals prognostic biomarkers and immune infiltration signatures in coronary artery disease
2025-Sep-30, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-2024-2283
PMID:41158406
|
研究论文 | 通过整合基因表达数据和机器学习方法,系统分析程序性细胞死亡通路在冠状动脉疾病中的作用并识别预后生物标志物 | 首次将多种程序性细胞死亡通路整合分析,开发了PCDscore预后评分系统,并结合单细胞RNA测序数据提供新见解 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 阐明程序性细胞死亡通路在冠状动脉疾病中的预后价值并识别关键生物标志物 | 冠状动脉疾病患者基因表达数据和免疫细胞浸润特征 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 基因表达分析,单样本基因集富集分析,单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的冠状动脉疾病样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 170 | 2025-10-29 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Granzyme K+ CD8+ T Cells as a Target for Mitigating Plaque Instability Following Radiation
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.040632
PMID:40913272
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了颗粒酶K+ CD8+ T细胞在放疗后斑块不稳定性中的关键作用 | 首次发现颗粒酶K+ CD8+ T细胞亚群在放疗诱导的动脉粥样硬化病变进展中的致病功能,并确定GZMB作为放射性心血管损伤的介质 | 研究基于动物模型(兔和小鼠),结果需要在人体中进一步验证 | 探究放疗诱导斑块不稳定性的机制及影像学特征变化 | 兔颈动脉斑块模型和ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化病变 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,光学相干断层扫描-血管内超声双模成像,生物信息学分析,病理染色,流式细胞术,基因敲除,抗体清除 | NA | 单细胞转录组数据,影像数据 | 兔模型和小鼠模型(ApoE-/-小鼠在未照射、早期照射和晚期照射三个阶段) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 171 | 2025-10-29 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Dynamic Cell Populations and Immune Infiltration in Moyamoya Disease
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.041168
PMID:40913267
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了烟雾病病理动脉中的细胞组成和免疫浸润动态 | 首次构建烟雾病浅表颞动脉的单细胞转录组图谱,发现自然杀伤T细胞在促进血管细胞增殖和迁移中的关键作用 | 样本量较小(2例患者和3例对照),仅使用浅表颞动脉样本 | 全面绘制烟雾病病理动脉的细胞组成和分子改变 | 烟雾病患者和健康对照者的浅表颞动脉样本 | 单细胞生物学 | 烟雾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5个样本(2例患者,3例对照),共26,371个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 172 | 2025-10-29 |
Single-Cell Transcriptomics of Human Pericarotid Lymph Nodes Indicating Stability of Carotid Atherosclerotic Plaques
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.039777
PMID:40932121
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析探索颈动脉周围淋巴结与动脉粥样硬化斑块稳定性之间的关系 | 首次在单细胞水平揭示颈动脉周围淋巴结与动脉粥样硬化斑块稳定性的关联,并发现淋巴结肿大可作为斑块不稳定的潜在生物标志物 | 样本仅来自严重颈动脉狭窄患者,结果可能不适用于早期或轻度病例 | 研究淋巴结功能与动脉粥样硬化的关系,特别关注斑块稳定性 | 106例接受颈动脉内膜切除术的严重颈内动脉狭窄患者及其颈动脉周围淋巴结 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序,T/B细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 106例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 173 | 2025-10-28 |
EpiFoundation: A Foundation Model for Single-Cell ATAC-seq via Peak-to-Gene Alignment
2025-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636688
PMID:39975086
|
研究论文 | 本文提出了首个专门针对单细胞ATAC-seq数据的预训练基础模型EpiFoundation,通过峰值到基因对齐解决数据稀疏性问题 | 开发了创新的跨模态预训练方法,专门处理非零峰值集以提高信息密度,并利用基因表达信息监督预训练过程 | NA | 开发专门针对单细胞ATAC-seq数据的基础模型,解决高维稀疏数据的表示学习问题 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞表示学习 | 机器学习 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | 基础模型 | 表观基因组数据, 基因表达数据 | 超过100,000个单细胞,包含配对的scRNA-seq和scATAC-seq数据 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 174 | 2025-10-28 |
Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals unique transcription patterns, immune responses and early morphological alterations
2025-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.29.635571
PMID:39975088
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研究论文 | 通过人源化小鼠模型研究HIV和结核分枝杆菌共感染的早期空间转录组特征 | 首次在HIV和结核分枝杆菌共感染模型中应用空间转录组技术揭示早期免疫细胞浸润模式和转录特征 | 研究仅观察感染后三周的早期变化,未涵盖疾病全程发展 | 理解HIV和结核分枝杆菌共感染早期免疫细胞浸润的表型和功能变化 | 人源化小鼠模型的肺组织 | 空间转录组学 | HIV和结核分枝杆菌共感染 | 空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | 人源化小鼠感染模型(单感染和共感染组) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 175 | 2025-10-28 |
STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging
2025-Sep-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027
PMID:40532697
|
研究论文 | 开发了一种名为STAMP的新型单细胞分析方法,通过成像平台实现转录组和蛋白质组的多模态分析 | 通过成像而非测序进行单细胞分析,消除了测序成本,支持RNA、蛋白质和H&E的多模态分析,同时保留细胞结构和形态 | NA | 克服单细胞RNA测序在可扩展性、高成本和细胞破坏方面的限制 | 外周血单核细胞、细胞系和干细胞 | 数字病理学 | NA | 转录组成像、蛋白质组成像、多模态分析 | NA | 图像、转录组数据、蛋白质组数据 | 10,962,092个高质量细胞/细胞核和6,030,429,954个转录本 | NA | 单细胞RNA-seq、蛋白质组学、空间转录组学 | NA | 成像平台,支持多模态(RNA、蛋白质和H&E)分析 |
| 176 | 2025-10-26 |
PPARγ accelerates OSCC progression via Th17 polarization and CEBPA/IL-17C signaling
2025-Sep-16, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-025-06296-6
PMID:40954243
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研究论文 | 本研究揭示了PPARγ通过调控Th17细胞分化和CEBPA/IL-17C信号通路促进口腔鳞状细胞癌进展的新机制 | 首次发现PPARγ/CEBPA/IL-17C/IL-17A信号轴在促进Th17分化及OSCC肿瘤相关炎症中的作用 | 研究主要基于4NQO诱导的OSCC模型,临床样本验证尚不充分 | 探索PPARγ在调节肿瘤微环境及影响OSCC进展中的作用 | 口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞、CD4+T细胞、小鼠肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 口腔鳞状细胞癌 | 免疫组织化学、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、细胞共培养、动物模型 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 177 | 2025-10-24 |
Spatial dissimilarity analysis in single-cell transcriptomics
2025-Sep-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101141
PMID:40840441
|
研究论文 | 开发空间差异分析方法用于揭示单细胞和空间转录组数据中的复杂双变量关系 | 提出空间差异分析方法,能够检测选择性剪接和等位基因特异性表达,在神经元和肿瘤细胞分析中表现出优于现有工具的准确性和灵敏度 | NA | 开发新方法以更好地理解单细胞和空间转录组数据中的细胞异质性和基因表达动态 | 神经元、肿瘤细胞、正常人类细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞转录组测序、空间转录组学、全外显子组测序 | 空间差异分析方法 | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 178 | 2025-10-22 |
CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116184
PMID:40886314
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了结核病中CD8+ T细胞的不同谱系,并发现CD226在效应T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键共刺激作用 | 首次发现CD226是区分结核病中效应性和耗竭性CD8+ T细胞谱系的最显著差异表达基因,并证明CD226对CD8+ T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞具有关键共刺激功能 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠模型,未在人类样本中验证 | 研究慢性结核分枝杆菌感染如何影响肺实质CD8+ T细胞的多样性及其识别感染巨噬细胞的机制 | C57BL/6J小鼠的肺实质CD8+ T细胞和结核分枝杆菌感染的巨噬细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 感染6周和41周的C57BL/6J小鼠细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 179 | 2025-10-22 |
OmicsTweezer: A distribution-independent cell deconvolution model for multi-omics Data
2025-Sep-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100950
PMID:40675159
|
研究论文 | 开发了一种分布无关的细胞反卷积模型OmicsTweezer,用于多组学数据分析 | 通过整合最优传输与深度学习技术,在共享潜在空间中对齐模拟和真实数据,有效缓解数据偏移和组学间分布差异 | NA | 开发能够克服批次效应和数据分布差异的细胞反卷积方法 | 批量组学数据中的细胞类型比例估计 | 机器学习 | 前列腺癌, 结肠癌 | 最优传输, 深度学习 | 深度学习模型 | 批量RNA-seq, 批量蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 180 | 2025-10-11 |
CRISPR for cystic fibrosis: Advances and insights from a systematic review
2025-Sep-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.06.021
PMID:40534129
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系统综述 | 本文系统综述了基于CRISPR的基因编辑技术在囊性纤维化治疗中的应用进展 | 通过跨研究比较分析27篇研究文章,系统评估了不同CRISPR技术对CFTR基因突变的编辑效率和功能恢复效果 | 缺乏编辑效率和功能恢复的标准化报告,需要更多单细胞RNA测序和体内研究来获得临床相关结论 | 为基于CRISPR的基因编辑方法在囊性纤维化治疗中的进一步探索提供技术见解 | 囊性纤维化致病突变和CFTR基因 | 基因编辑 | 囊性纤维化 | CRISPR基因编辑技术,包括同源定向修复、碱基编辑和引物编辑 | NA | 文献数据 | 27篇研究文章,涉及超过15种CF致病突变 | NA | NA | NA | NA |