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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-10-05 | Predictors of response to CD19 chimeric antigen receptor T-cell therapy in large B-cell lymphoma: a consolidated review 
          2025-Sep-04, Current opinion in oncology
          
          IF:2.8Q2
          
         
          DOI:10.1097/CCO.0000000000001188
          PMID:41029962
         | 综述 | 本文系统回顾了CD19 CAR-T细胞疗法在弥漫大B细胞淋巴瘤中的疗效预测因素 | 整合了患者特异性、肿瘤内在性和治疗相关因素对CAR-T疗效影响的综合视角,并引入免疫分析、影像组学和单细胞转录组学等新型预测工具 | 基于现有文献的回顾性分析,缺乏前瞻性验证数据 | 探讨CD19 CAR-T疗法在弥漫大B细胞淋巴瘤中的疗效预测因素 | 弥漫大B细胞淋巴瘤患者 | 医学研究 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 免疫分析、影像组学、单细胞转录组学 | NA | 临床数据、基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 162 | 2025-10-05 | Identification of ATG4B and NLRP1 as M1 Macrophage-Activating-Related Plasma Proteins in Systemic Lupus Erythematosus via Multi-Omics Approaches 
          2025-Sep-02, International archives of allergy and immunology
          
          IF:2.5Q3
          
         
          DOI:10.1159/000548167
          PMID:40892678
         | 研究论文 | 通过多组学方法鉴定系统性红斑狼疮中与M1巨噬细胞活化相关的血浆蛋白ATG4B和NLRP1 | 整合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、贝叶斯共定位分析和体外M1巨噬细胞实验,首次系统鉴定与SLE相关的M1巨噬细胞活化血浆蛋白 | 研究样本来源有限,主要基于现有数据库和体外实验,需要进一步临床验证 | 鉴定系统性红斑狼疮相关的血浆蛋白,特别是与M1巨噬细胞活化相关的蛋白质 | 系统性红斑狼疮患者、原代人外周血单核细胞、THP-1细胞系 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 孟德尔随机化分析,单细胞RNA测序,贝叶斯共定位分析,分子动力学模拟,分子对接 | NA | 基因组数据,蛋白质组数据,单细胞转录组数据 | 基于GWAS数据库和FinnGen数据库的SLE患者数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 163 | 2025-10-05 | Identification of conserved gene expression changes across common glomerular diseases by spatial transcriptomics 
          2025-Sep, Journal of nephrology
          
          IF:2.7Q2
          
         
          DOI:10.1007/s40620-025-02233-5
          PMID:40067649
         | 研究论文 | 通过空间转录组学分析多种肾小球疾病中保守的基因表达变化 | 首次使用空间转录组技术系统分析多种肾小球疾病共有的基因表达变化模式 | 样本量有限,仅分析了五种肾小球疾病类型 | 探索不同肾小球疾病共同的分子机制 | 肾小球疾病患者和健康捐赠者的肾脏活检样本 | 空间转录组学 | 肾小球疾病 | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据 | 肾小球疾病患者和健康捐赠者各约50岁年龄组 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | GeoMx Digital Spatial Profiler空间转录组平台,使用寡核苷酸条形码技术 | 
| 164 | 2025-10-05 | NAT10 regulates tumor progression and immune microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma via the N4-acetylated LAMB3-mediated FAK/ERK pathway 
          2025-Sep, Cancer communications (London, England)
          
         
          DOI:10.1002/cac2.70045
          PMID:40540648
         | 研究论文 | 本研究揭示了NAT10通过N4-乙酰化修饰LAMB3增强其mRNA稳定性,进而激活FAK/ERK通路促进胰腺导管腺癌进展和免疫抑制微环境的机制 | 首次发现NAT10在PDAC中通过乙酰化修饰LAMB3调控FAK/ERK通路和免疫微环境的新机制 | 研究主要基于细胞系和动物模型,临床样本验证有限 | 阐明NAT10在PDAC肿瘤恶性进展和肿瘤微环境中的作用机制 | 胰腺导管腺癌组织和细胞系,小鼠皮下肿瘤模型 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | 生物信息学分析,乙酰化RNA免疫沉淀,定量PCR,RNA免疫沉淀,Western blotting,单细胞RNA测序,多重免疫荧光,流式细胞术 | 动物肿瘤模型 | 基因表达数据,蛋白质数据,单细胞测序数据 | PDAC组织和细胞系,小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 165 | 2025-10-05 | Single-dose cathepsin L CRISPR nanotherapy mitigates PASC-like lung damage in hamsters 
          2025-Sep, Nano research
          
          IF:9.5Q1
          
         
          DOI:10.26599/NR.2025.94907695
          PMID:41019839
         | 研究论文 | 开发针对组织蛋白酶L的单剂量CRISPR纳米疗法,可减轻仓鼠COVID-19急性后遗症相关的肺损伤 | 首次利用CRISPR-CasRx纳米疗法靶向宿主酶组织蛋白酶L,兼具抗病毒和促进肺泡修复的双重机制 | 研究仅在叙利亚仓鼠模型中进行,尚未进行人体临床试验 | 开发针对COVID-19急性后遗症肺损伤的新型治疗方法 | 叙利亚仓鼠 | 基因治疗 | COVID-19后遗症 | CRISPR-CasRx基因编辑,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 166 | 2025-10-06 | [Single-cell transcriptomic analysis reveals immune dysregula-tion and macrophage reprogramming in diabetic foot ulcers] 
          2025-Sep-30, Zhejiang da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Zhejiang University. Medical sciences
          
         
          DOI:10.3724/zdxbyxb-2025-0464
          PMID:41025297
         | 研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示糖尿病足溃疡中免疫失调和巨噬细胞重编程机制 | 首次建立糖尿病足溃疡的单细胞图谱,揭示巨噬细胞通过COMPLEMENT和SPP1通路重塑炎症微环境的新机制 | 样本量有限,仅比较了糖尿病足溃疡与非溃疡组织,缺乏时间序列动态分析 | 阐明糖尿病足溃疡中巨噬细胞介导的炎症和组织损伤机制 | 糖尿病足溃疡患者和非溃疡糖尿病足患者的皮肤组织样本 | 单细胞组学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 79,272个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 167 | 2025-10-06 | Transcriptome Analysis Identified SPP1-Positive Monocytes as a Key in Extracellular Matrix Formation in Thrombi 
          2025-Sep-30, Journal of the American Heart Association
          
          IF:5.0Q1
          
         
          DOI:10.1161/JAHA.125.044299
          PMID:41025474
         | 研究论文 | 本研究通过转录组分析发现SPP1阳性单核细胞在血栓细胞外基质形成中起关键作用 | 首次识别SPP1高表达单核细胞/巨噬细胞亚群在血栓成熟过程中的核心作用,并揭示其与成纤维细胞的密切通讯 | 样本量较小(3例血栓用于RNA分析),仅针对脑血管血栓进行研究 | 探究血栓成熟的分子机制 | 人类血栓样本(脑血管和肺动脉来源) | 转录组学 | 血栓性疾病 | 单细胞RNA测序, RNA表达分析, 免疫组织化学, 通路富集分析, 蛋白质-蛋白质相互作用分析 | NA | RNA测序数据, 免疫组织化学图像 | 3例脑血管血栓用于RNA分析,66例脑栓塞患者血栓用于验证 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 168 | 2025-10-06 | YBX1&YBX3 as novel targets to potentiate immune checkpoint blockade response in gliomas 
          2025-Sep-30, Neuro-oncology
          
          IF:16.4Q1
          
         
          DOI:10.1093/neuonc/noaf227
          PMID:41025501
         | 研究论文 | 本研究揭示了CHK2-YBX1&YBX3调控枢纽在胶质瘤免疫逃避中的关键作用,并提出靶向该枢纽可增强免疫检查点阻断疗法的疗效 | 首次发现CHK2-YBX1&YBX3形成相互正调控枢纽,并证明靶向该枢纽可解除胶质瘤的免疫抑制状态 | 研究主要基于临床前模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探究胶质瘤内在的免疫逃避机制并开发新的免疫治疗策略 | 人和小鼠胶质瘤细胞系及临床胶质瘤样本 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 免疫沉淀-质谱联用, 磷酸化蛋白质组学, 批量RNA测序, ChIP-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 基因敲除模型 | 蛋白质组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, ChIP-seq | NA | NA | 
| 169 | 2025-10-06 | Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish 
          2025-Sep-29, PLoS genetics
          
          IF:4.0Q1
          
         
          DOI:10.1371/journal.pgen.1011875
          PMID:41021609
         | 研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究三刺棘鱼减数分裂过程中性染色体基因表达模式 | 首次在三刺棘鱼中发现缺乏减数分裂性染色体失活现象,挑战了该过程在硬骨鱼类中的保守性假设 | 研究仅针对单一物种,需要更多硬骨鱼类研究验证结论的普适性 | 探究三刺棘鱼减数分裂过程中性染色体失活现象的存在与否 | 三刺棘鱼(Gasterosteus aculeatus)的性染色体(X和Y染色体) | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,免疫荧光 | NA | 基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 170 | 2025-10-06 | Scproca: A Cross-Attention-Enhanced Deep Generative Model for Single-Cell Transcriptomics and Proteomics Integration and Imputation 
          2025-Sep-29, IEEE journal of biomedical and health informatics
          
          IF:6.7Q1
          
         
          DOI:10.1109/JBHI.2025.3615771
          PMID:41021958
         | 研究论文 | 提出一种用于单细胞转录组学和蛋白质组学数据整合与插补的深度生成模型 | 通过交叉注意力机制整合细胞间关系,处理异质性输入数据,在高蛋白质稀疏性下保持鲁棒性 | NA | 开发能够整合单细胞转录组学和蛋白质组学数据的深度学习方法 | 单细胞RNA测序数据和蛋白质组学共分析数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学共分析 | 深度生成模型, 交叉注意力机制 | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学共分析 | NA | NA | 
| 171 | 2025-10-06 | Hypothesis-generating evaluation of multi-armoured oncolytic HSV-1 (VG161) in intrahepatic cholangiocarcinoma: pooled insights from multicentre studies 
          2025-Sep-29, Gut
          
          IF:23.0Q1
          
         
          DOI:10.1136/gutjnl-2025-335904
          PMID:41022576
         | 研究论文 | 评估多效溶瘤病毒VG161在肝内胆管癌中的安全性和疗效,并探索其免疫机制 | 首次报道表达IL-12、IL-15和PD-L1拮抗剂的多效溶瘤HSV-1病毒VG161在ICC中的临床数据,通过多组学分析揭示免疫微环境重塑机制 | 样本量较小(24例患者),需要更大规模试验验证结果 | 探索VG161溶瘤病毒在晚期肝内胆管癌患者中的安全性、疗效和免疫机制 | 晚期肝内胆管癌患者 | 肿瘤免疫治疗 | 肝内胆管癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、多组学分析 | NA | 临床数据、肿瘤活检样本、转录组数据 | 24例晚期ICC患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 172 | 2025-10-06 | Interpretable Multi-task Analysis of Single-Cell RNA-seq Data Through Topological Structure Preservation and Data Denoising 
          2025-Sep-29, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
          
         
          DOI:10.1007/s12539-025-00765-9
          PMID:41023370
         | 研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA-seq数据多任务分析的可解释框架scIMTA,解决拓扑结构保持和dropout事件处理问题 | 实现稀疏高噪声基因表达数据的协作多任务分析,通过生物学基础增强可解释性,在保持数据完整性的同时稳健处理dropout事件 | NA | 开发单细胞转录组数据的多任务分析方法,解决数据稀疏性和噪声问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 多任务分析框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 173 | 2025-10-06 | αCGRP deficiency aggravates pulmonary fibrosis by promoting senescence in alveolar type 2 cells 
          2025-Sep-29, Genes and immunity
          
          IF:5.0Q2
          
         
          DOI:10.1038/s41435-025-00361-3
          PMID:41023452
         | 研究论文 | 本研究探讨αCGRP缺乏通过促进肺泡2型细胞衰老加剧肺纤维化的机制 | 首次揭示αCGRP缺乏通过扰乱AT2细胞脂质代谢和加速炎症衰老促进肺纤维化的新机制 | 样本量较小(n=15),且为回顾性分析 | 研究αCGRP缺乏在肺纤维化发病机制中的作用 | 肺纤维化患者、Calca基因敲除大鼠、D-半乳糖诱导的衰老模型 | 病理学 | 肺纤维化 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序、无标记蛋白质组学 | 基因敲除动物模型 | 临床数据、组织样本、测序数据、蛋白质组数据 | 15例肺纤维化患者+动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 174 | 2025-10-06 | Distinct cell state ecosystems for nodular lymphocyte-predominant Hodgkin lymphoma 
          2025-Sep-26, Nature communications
          
          IF:14.7Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41467-025-63339-9
          PMID:41006203
         | 研究论文 | 本研究开发了NLPHL特异性淋巴细胞优势生态型模型,识别出34种不同细胞状态并建立临床相关生物学分类 | 首次建立NLPHL特异性淋巴细胞优势生态型模型,识别出3种不同的免疫微环境生态型及其临床预后意义 | NLPHL为罕见癌症,样本量相对有限(总171例) | 深入研究结节性淋巴细胞为主型霍奇金淋巴瘤的免疫微环境和罕见淋巴细胞优势细胞 | 171例NLPHL患者样本中的淋巴细胞优势细胞和免疫微环境细胞 | 数字病理学 | 霍奇金淋巴瘤 | 空间转录组学 | LPE生态型模型 | 转录组数据、蛋白质表达数据 | 训练队列109例(65% LPE1/2),验证队列62例(61% LPE1/2),总计171例NLPHL样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 175 | 2025-10-06 | Spatially-restricted inflammation-induced senescent-like glia in multiple sclerosis and patient-derived organoids 
          2025-Sep-26, Nature communications
          
          IF:14.7Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41467-025-63371-9
          PMID:41006208
         | 研究论文 | 本研究探讨多发性硬化症中慢性炎症与细胞衰老的关系,发现病变区域存在衰老样胶质细胞积累 | 首次通过单细胞转录组和空间转录组技术揭示MS病变中衰老样胶质细胞的空间分布特征,并利用患者来源的类器官模型验证小胶质细胞对炎症诱导衰老的特殊敏感性 | 样本数量有限,类器官模型可能无法完全模拟体内复杂环境 | 探究多发性硬化症中慢性炎症与细胞衰老的关联及其对疾病进展的影响 | 多发性硬化症患者脑组织样本和hiPSC来源的神经类器官 | 神经科学 | 多发性硬化症 | 单细胞转录组分析、空间转录组学、hiPSC衍生神经类器官、3T MRI | NA | 转录组数据、影像数据 | 466名患者脑组织样本及hiPSC衍生神经类器官 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA | 
| 176 | 2025-10-06 | Comparison of imaging based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed paraffin-embedded tumor samples 
          2025-Sep-26, Nature communications
          
          IF:14.7Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41467-025-63414-1
          PMID:41006245
         | 研究论文 | 使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本比较三种成像空间转录组学平台的性能 | 首次系统评估商业空间转录组学平台在肿瘤样本中的表现,并揭示探针设计等参数对数据质量的重要性 | 研究仅使用肺癌和胸膜间皮瘤样本,样本类型相对有限 | 评估不同空间转录组学平台在肿瘤生物学研究中的性能差异 | 肺腺癌和胸膜间皮瘤的福尔马林固定石蜡包埋手术切除样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组学(CosMx、MERFISH、Xenium)、批量RNA测序、多重免疫荧光、GeoMx、HE染色 | NA | 空间转录组数据、图像数据 | 使用组织微阵列中的肺腺癌和胸膜间皮瘤样本 | CosMx, MERFISH, Xenium | 空间转录组学,单细胞分辨率成像 | CosMx, MERFISH, Xenium | 单模态和多模态Xenium平台 | 
| 177 | 2025-10-06 | Aging in mice alters regionally enriched striatal astrocytes 
          2025-Sep-26, Nature communications
          
          IF:14.7Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41467-025-63429-8
          PMID:41006292
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠纹状体中星形胶质细胞随年龄增长的分子变化和区域异质性 | 首次在单细胞分辨率下识别了纹状体中分子特征不同的星形胶质细胞亚型,并发现背侧纹状体星形胶质细胞表现出更大的年龄相关分子变化 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类样本;样本数量未明确说明 | 探究衰老对纹状体星形胶质细胞分子特征和区域分布的影响 | 年轻和老年小鼠的纹状体星形胶质细胞 | 神经科学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 178 | 2025-10-06 | Intramuscular enteric glia persist in Hirschsprung disease and undergo neurogenesis in response to GDNF-NCAM1 signaling 
          2025-Sep-26, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-17734-3
          PMID:41006492
         | 研究论文 | 本研究探讨了先天性巨结肠症中肠胶质细胞的分子特征、起源及神经生成潜力 | 发现先天性巨结肠症病变区域存在CAMK2b+肠外神经胶质细胞,并揭示GDNF通过非经典NCAM1依赖通路促进神经生成 | 研究主要基于Ednrb基因敲除小鼠模型和人类组织样本,样本量有限 | 探究先天性巨结肠症中肠胶质细胞的分子特性和神经生成能力 | Ednrb-null小鼠和人类先天性巨结肠症组织的肠胶质细胞 | 分子生物学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、体外细胞培养 | NA | 基因表达数据、图像数据 | Ednrb-null小鼠模型和人类先天性巨结肠症组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 179 | 2025-10-06 | Single-cell RNA-sequencing of BCG naïve and recurrent non-muscle invasive bladder cancer reveals a CD6/ALCAM-mediated immune-suppressive pathway 
          2025-Sep-26, NPJ precision oncology
          
          IF:6.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41698-025-01093-3
          PMID:41006678
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示CD6/ALCAM信号通路在BCG治疗后复发的非肌层浸润性膀胱癌中的免疫抑制作用 | 首次发现CD6/ALCAM介导的T细胞与尿路上皮细胞相互作用在BCG耐药中的关键作用 | 样本量有限,需要在更大队列中验证 | 探索BCG治疗耐药的非肌层浸润性膀胱癌的免疫机制 | 非肌层浸润性膀胱癌患者 | 单细胞测序分析 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序、全外显子测序 | NA | 基因表达数据、临床数据 | 两个独立的BCG治疗NMIBC队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 180 | 2025-10-06 | Mechanism of sepsis regulation by ELANE via macrophage polarization 
          2025-Sep-26, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-18848-4
          PMID:41006720
         | 研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证揭示了ELANE基因通过促进巨噬细胞M1极化加剧脓毒症的机制 | 首次系统性地将ELANE鉴定为脓毒症核心免疫调控基因,并通过单细胞测序和体外实验证实其在巨噬细胞极化中的关键作用 | 样本量较小(20例患者),且主要基于体外实验,需要更大规模的临床验证 | 鉴定脓毒症核心免疫调控基因ELANE并探索其通过巨噬细胞极化调控脓毒症的机制 | 脓毒症患者和健康对照者的外周血样本,以及LPS刺激的巨噬细胞 | 免疫学 | 脓毒症 | RNA测序、生物信息学分析、单细胞测序、流式细胞术、ELISA | NA | RNA测序数据、单细胞测序数据、蛋白质相互作用数据 | 20例脓毒症患者和10例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |