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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-10-05 |
High Treg and PMN-MDSC densities are a hallmark of tertiary lymphoid structures in fatal cases of cervical cancer
2025-Sep-25, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012613
PMID:40998518
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研究论文 | 本研究通过分析三级淋巴结构在宫颈癌和头颈鳞癌中的密度、组成及预后影响,揭示其在HPV相关癌症中的免疫调节作用差异 | 首次发现宫颈癌中三级淋巴结构的高Treg和PMN-MDSC浸润与患者不良预后相关,不同于头颈鳞癌中三级淋巴结构密度与良好预后的正相关 | 样本来源限于HPV相关癌症,未涵盖其他癌症类型;空间转录组学分析范围有限 | 探究三级淋巴结构在HPV诱导的宫颈癌和头颈鳞癌中对抗肿瘤免疫的塑造作用及预后影响 | 宫颈癌和头颈鳞癌患者组织样本 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 多重免疫荧光、免疫组织化学、空间转录组学、流式细胞术 | NA | 组织切片图像、空间转录组数据、流式细胞数据 | 宫颈癌和头颈鳞癌患者组织样本(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 162 | 2025-10-05 |
Myasthenia thymus reprograms class-switched B cells into BAFF-dependent survivors
2025-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.19.677075
PMID:41000735
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示重症肌无力胸腺中B细胞通过转向BAFF依赖的生存机制逃避正常免疫耐受检查点 | 首次发现重症肌无力胸腺中发生免疫耐受检查点转换,B细胞从T细胞依赖性激活转向BAFF驱动的生存机制 | 研究样本仅限于人类胸腺组织,未验证BAFF-BCMA轴在其他自身免疫疾病中的普适性 | 解析重症肌无力中自身反应性B细胞逃避免疫耐受的分子机制 | 人类胸腺组织中的B细胞和滤泡辅助T细胞 | 单细胞组学 | 重症肌无力 | 单细胞RNA测序,V(D)J repertoire分析,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,B细胞受体序列数据 | 237,661个细胞,来自人类胸腺样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 163 | 2025-10-05 |
Decoding the Tumor Microenvironment: Insights and New Targets from Single-Cell Sequencing and Spatial Transcriptomics
2025-Sep-09, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47090730
PMID:41020852
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综述 | 本文探讨单细胞测序和空间转录组学技术在解析肿瘤微环境中的应用与进展 | 整合单细胞测序与空间转录组学技术,在单细胞分辨率下揭示肿瘤微环境的异质性和空间动态 | NA | 探索肿瘤微环境的分子机制并发现新的治疗靶点 | 肿瘤微环境中的细胞组成和空间结构 | 数字病理 | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 164 | 2025-10-05 |
Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization
2025-Sep, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510
PMID:40701251
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研究论文 | 本研究评估RNA-seq反卷积方法在复杂体外模型表征中的应用 | 利用公开单细胞RNA-seq数据集通过反卷积方法从批量RNA-seq数据预测细胞比例,改进了复杂体外模型的表征能力 | 反卷积方法的准确性在不同分析中存在显著差异 | 开发复杂体外模型的表征方法以用于毒理学和药物开发 | 基于干细胞的人类肠道类器官CIVM和新生啮齿动物睾丸CIVM | 生物信息学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | 反卷积模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 165 | 2025-10-05 |
The urokinase receptor/uPAR is a major effector of p53 gain-of-function mutations in gemcitabine-treated pancreatic ductal adenocarcinoma
2025-Sep, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110561
PMID:40759369
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研究论文 | 本研究揭示了p53功能获得性突变通过上调尿激酶受体(uPAR)表达促进胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移的机制 | 首次发现p53功能获得性突变通过上调PLAUR/uPAR表达介导吉西他滨治疗后胰腺癌细胞的侵袭转移能力增强 | 研究主要基于细胞系模型,需要更多体内实验验证;EGFR在uPAR信号通路中的具体作用机制尚未完全阐明 | 探究p53功能获得性突变在胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移中的作用机制 | 胰腺导管腺癌细胞系(PANC1、MIA PaCa-2)和人类PDAC组织样本 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、基因沉默、细胞迁移侵袭实验、信号通路分析 | 细胞系模型 | 基因表达数据、临床生存数据、单细胞测序数据 | 两个胰腺癌细胞系和TCGA数据库中的PDAC患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 166 | 2025-10-05 |
After the bite: cellular responses to mosquito blood feeding
2025-Sep, Trends in parasitology
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.pt.2025.07.018
PMID:40803965
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和代谢组学分析埃及伊蚊吸血后中肠和脂肪体组织的细胞反应 | 首次在单细胞水平系统表征蚊子吸血后不同组织的转录组和代谢组响应,揭示了新型细胞类型和昆虫特异性病毒感染动态 | NA | 研究蚊子吸血后的细胞响应机制 | 埃及伊蚊的中肠和脂肪体组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学, 代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据, 代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 167 | 2025-10-05 |
SMAD1/5-mediated recruitment of the histone demethylase KDM1A controls cell fate programs in embryonic stem cells
2025-Sep, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110591
PMID:40812426
|
研究论文 | 本研究揭示了SMAD1/5通过招募组蛋白去甲基化酶KDM1A调控小鼠胚胎干细胞命运程序的分子机制 | 首次发现SMAD1/5通过招募KDM1A介导H3K4me1/2去甲基化,从而抑制特定基因表达的转录抑制新机制 | 研究主要集中于小鼠胚胎干细胞,在人类细胞或其他细胞类型中的普适性需要进一步验证 | 探究SMAD1/5在小鼠胚胎干细胞中调控细胞命运程序的分子机制 | 小鼠胚胎干细胞(mESCs) | 表观遗传学 | NA | 单细胞RNA测序,染色质免疫沉淀测序 | 基因敲除模型 | 基因组学数据,转录组数据 | Smad1/5双敲除和野生型小鼠胚胎干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,ChIP-seq | NA | NA |
| 168 | 2025-10-05 |
Plant metabolism: Zoom in to the single-cell level
2025-Sep-01, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiaf375
PMID:40889291
|
综述 | 本文综述了单细胞技术在植物代谢研究中的应用进展 | 整合单细胞转录组学与多组学技术揭示植物代谢产物的细胞类型特异性积累模式 | NA | 探索植物代谢产物在细胞水平上的积累规律及其调控机制 | 模式植物和药用植物 | 植物代谢组学 | NA | 质谱成像, 单细胞转录组学, 多组学 | NA | 代谢组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学分析 | NA | NA |
| 169 | 2025-10-05 |
Thymic Stromal Lymphopoietin Promotes Ozone-induced Inflammation in the Airway
2025-Sep-30, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2025-0281OC
PMID:41025995
|
研究论文 | 本研究探讨了胸腺基质淋巴细胞生成素在臭氧诱导的气道炎症中的作用机制 | 首次揭示了cDC1来源的XCR1通过TSLP通路介导臭氧诱导的中性粒细胞气道炎症 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需验证;部分基因表达机制仍需进一步阐明 | 阐明TSLP在臭氧诱导的气道炎症中的分子机制 | BALB/c小鼠、TSLP受体缺陷小鼠、C57BL/6J小鼠 | 免疫学 | 气道炎症 | 单细胞RNA测序, 细胞因子分析 | NA | 基因表达数据, 细胞计数数据 | 多种基因型小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 170 | 2025-10-05 |
Mechanisms of immune escape and extramedullary tropism in leukemia cutis
2025-Sep-30, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025029121
PMID:41026928
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了白血病皮肤浸润的免疫逃逸机制和髓外趋向性特征 | 首次系统比较了髓外急性髓系白血病与骨髓复发白血病的免疫微环境差异,发现T细胞耗竭特征和HLA II类分子下调等免疫逃逸机制 | 样本量较小(10例患者,23份活检),仅针对皮肤和皮下组织的髓外疾病 | 探究急性髓系白血病髓外趋向性的机制和免疫微环境特征 | 10例孤立性髓外疾病患者的23份皮肤和皮下组织活检样本 | 数字病理学 | 白血病 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | 转录组数据 | 10例患者的23份活检样本,另包括7例骨髓复发对照 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 171 | 2025-10-05 |
The loss of microRNA-26b promotes aortic calcification through the regulation of cell-specific target genes
2025-Sep-29, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf117
PMID:40737220
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研究论文 | 本研究首次揭示microRNA-26b缺失通过调控细胞特异性靶基因促进主动脉钙化的机制 | 首次发现miR-26b在主动脉钙化中的关键作用,结合单细胞转录组学和网络分析揭示细胞特异性靶点 | NA | 探索miR-26b在血管钙化中的潜在作用机制 | miR-26b基因敲除小鼠和主动脉瘤或瓣膜相关主动脉病变患者的主动脉组织 | 分子生物学 | 心血管疾病 | micro-PET/CT成像, 18F-氟化钠标记, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 网络分析 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | miR-26bKO小鼠和人类主动脉组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 172 | 2025-10-05 |
PD-L1(+) tumor-associated macrophages induce CD8(+) T Cell exhaustion in hepatocellular carcinoma
2025-Sep-29, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2025.101234
PMID:41027276
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、空间分析和功能实验,揭示了PD-L1阳性肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌中诱导CD8阳性T细胞耗竭的关键作用 | 首次系统阐明PD-L1阳性肿瘤相关巨噬细胞通过GM-CSF诱导途径促进CD8阳性T细胞耗竭的具体机制,并证明抗GM-CSF与抗PD-L1联合治疗的协同效应 | 研究样本量相对有限,主要基于手术标本,缺乏更大规模的前瞻性验证 | 阐明PD-L1阳性肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌免疫抑制微环境中的具体功能和机制 | 肝细胞癌患者肿瘤样本、体外培养的巨噬细胞和CD8阳性T细胞、小鼠原位肝癌模型 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光染色、体外功能实验、体内治疗模型 | 小鼠原位肝癌模型 | 单细胞转录组数据、空间分布数据、免疫荧光图像 | 113例肝细胞癌患者手术标本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 173 | 2025-10-05 |
Human single-cell atlas analysis reveals heterogeneous endothelial signaling
2025-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.15.670370
PMID:40894541
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研究论文 | 通过整合15个人体组织的300多万个单细胞数据,系统研究内皮细胞异质性及其在不同组织微环境中的调控机制 | 首次在血管类型和组织微环境的双重背景下系统研究内皮细胞异质性,并开发计算流程分析代谢物和蛋白质介导的细胞通讯 | 研究基于现有单细胞数据集,可能受数据质量和覆盖范围的限制 | 探索内皮细胞在不同组织和血管类型中的异质性及其调控机制 | 人体内皮细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 主题模型 | 单细胞转录组数据 | 超过300万个单细胞,涵盖15个人体组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 174 | 2025-10-05 |
SPP1-mediated crosstalk between macrophage and fibroblasts promotes benign airway stenosis
2025-Sep-26, Archives of biochemistry and biophysics
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.abb.2025.110627
PMID:41015147
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研究论文 | 本研究通过大鼠模型和体外共培养系统揭示了M2巨噬细胞通过SPP1介导的信号通路促进良性气道狭窄的纤维化机制 | 首次系统阐明M2巨噬细胞通过SPP1-PI3K/AKT/mTOR信号轴驱动成纤维细胞活化在良性气道狭窄中的作用机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,需要进一步临床验证 | 阐明M2巨噬细胞在良性气道狭窄发病机制中的作用 | SD大鼠模型、人肉芽组织来源的成纤维细胞、正常气道组织成纤维细胞 | 病理生物学 | 良性气道狭窄 | 单细胞RNA测序、生物信息学分析、体外共培养 | 动物疾病模型、细胞共培养系统 | 基因表达数据、组织病理数据 | SD大鼠分为5个实验组(正常对照和建模后第1、4、7、14天) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 175 | 2025-10-05 |
Comprehensive Immune Subtyping and Multi-Omics Profiling of the Tumor Microenvironment in Colorectal Cancer: Implications for Prognosis and Personalized Immunotherapy
2025-Sep-26, Current cancer drug targets
IF:2.3Q3
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研究论文 | 通过多组学分析对结直肠癌肿瘤微环境进行免疫分型,并开发预后模型和探索微生物多样性作用 | 首次整合TME免疫分型、风险建模、单细胞分析和微生物组分析,揭示微生物多样性对免疫治疗反应的影响 | 需要外部数据集验证,样本量有限 | 识别结直肠癌免疫亚型,开发预后模型,探索微生物多样性在肿瘤进展中的作用 | 结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,微生物组分析,免疫组织化学,qPCR | 非负矩阵分解,Cox回归,LASSO回归 | 多组学数据,单细胞RNA测序数据,微生物组数据 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,微生物组分析 | NA | NA |
| 176 | 2025-10-05 |
Exploring therapeutic targets for hepatocellular carcinoma through druggable genes
2025-Sep-26, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000044627
PMID:41029168
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化方法探索肝细胞癌的潜在治疗靶点 | 整合多种分析方法(包括贝叶斯共定位、蛋白质相互作用网络和单细胞RNA测序)系统评估基因与肝细胞癌风险的因果关系 | 未在文中明确说明研究局限性 | 识别肝细胞癌的潜在治疗靶点 | 肝细胞癌相关基因 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 贝叶斯共定位, 蛋白质相互作用网络分析 | 两样本孟德尔随机化, 基于汇总数据的孟德尔随机化 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 177 | 2025-10-05 |
A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes
2025-Sep-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63543-7
PMID:40998762
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研究论文 | 本研究揭示了淋巴结中淋巴内皮细胞通过特定基因表达程序实现抗原长期存档的机制 | 首次定义了淋巴内皮细胞抗原存档的特异性转录程序,并证明该程序能跨物种预测抗原存档能力 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证仍需进一步扩展 | 探究淋巴内皮细胞实现持久抗原存档的分子机制及其调控特性 | 小鼠和人类淋巴结中的淋巴内皮细胞及树突状细胞 | 空间转录组学 | 病毒感染 | 单细胞测序, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 多个时间点的免疫后淋巴结组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 178 | 2025-10-05 |
Integrated spatial transcriptomic profiling to dissect the cellular characteristics of tumor-associated tertiary lymphoid structures
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116250
PMID:40934085
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研究论文 | 通过整合23种癌症的空间转录组数据构建泛癌TA-TLS图谱,解析肿瘤相关三级淋巴结构的细胞特征 | 首次构建泛癌TA-TLS图谱,发现成熟TLS中IgG+浆细胞优先富集,鉴定CCL19+血管周细胞作为淋巴组织组织细胞,揭示动脉内皮细胞通过Notch信号抑制获得高内皮静脉样表型 | 研究主要基于空间转录组数据分析,需要进一步实验验证机制 | 解析肿瘤相关三级淋巴结构的细胞特征和形成机制 | 23种癌症的肿瘤相关三级淋巴结构 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 23种癌症 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 179 | 2025-10-05 |
Lymphatic dysfunction is linked to disease pathogenesis in Duchenne muscular dystrophy animal models
2025-Sep-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2505656122
PMID:40966282
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研究论文 | 本研究通过动物模型揭示了淋巴功能障碍与杜氏肌营养不良症发病机制之间的关联 | 首次在DMD动物模型中系统性地证明淋巴系统功能失调与疾病发病机制的直接联系 | 研究主要基于动物模型,尚未在人类患者中验证 | 探究淋巴系统在杜氏肌营养不良症发病机制中的作用 | 小鼠、金毛犬肌营养不良模型及淋巴肌细胞 | 病理生理学 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞RNA测序, 显微淋巴管造影, 磁共振淋巴管成像, 免疫荧光分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 影像数据 | 多种DMD动物模型(小鼠和大模型) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 180 | 2025-10-05 |
SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection
2025-Sep-23, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf936
PMID:40985765
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研究论文 | 提出SPACE框架,通过调整细胞类型混杂效应来基于空间模式对空间可变基因进行聚类,以改进空间域检测 | 无需基因簇数量、空间模式或细胞类型信息的先验知识,通过分组SVG并获取每组低维嵌入来保留特定模式、减少信号混合 | 未在摘要中明确说明 | 改进空间转录组分析中的空间域检测 | 空间可变基因(SVGs) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |