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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-10-05 |
Urine proteomic signatures of kidney function decline after hospitalization
2025-Sep-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.195577
PMID:40794429
|
研究论文 | 通过尿液蛋白质组学分析识别与住院后肾功能下降相关的蛋白质标志物 | 首次在多个独立队列中系统鉴定与肾功能下降相关的尿液蛋白质标志物,并结合单细胞和空间转录组学确定其在肾脏细胞中的表达定位 | 样本量相对有限(174例患者),随访时间中位数为5.1年 | 探索尿液蛋白质组学在预测住院后肾功能下降中的机制和应用价值 | 急性肾损伤患者和非急性肾损伤患者 | 生物医学信息学 | 肾脏疾病 | 尿液蛋白质组学分析,单细胞转录组学,空间转录组学 | 加权相关网络分析 | 蛋白质组数据,转录组数据,临床数据 | 174例患者(来自ASSESS-AKI队列),4个独立验证队列包括肾脏精准医学项目 | Olink | 蛋白质组学,单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | Olink蛋白质组分析平台,检测2783种尿液蛋白质 |
| 102 | 2025-10-05 |
Th17 cells with regulatory phenotype are the main IL-17F and IL-26 producers in palmoplantar pustulosis
2025-Sep-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.193038
PMID:40985896
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间分析揭示掌跖脓疱病中具有调节表型的Th17细胞是IL-17F和IL-26的主要生产者 | 首次在PPP中发现共表达调节标记(FOXP3, CTLA4, TIGIT)和IL17F/IL26的混合型regTh17细胞群,并揭示其与IL-36G+角质形成细胞的相互作用机制 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;机制研究主要基于转录组数据,需要功能实验进一步证实 | 解析掌跖脓疱病的细胞和空间结构特征,深入了解IL-17通路在该疾病中的作用机制 | 掌跖脓疱病患者和健康人的肢端皮肤组织(包括病变、非病变和健康皮肤) | 单细胞生物学 | 皮肤炎症性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),空间转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据,空间定位数据 | 未明确具体样本数量,包括病变、非病变和健康肢端皮肤 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 103 | 2025-10-06 |
A cross model spatial and single-cell atlas reveals the conserved involvement of osteopontin in polycystic kidney disease
2025-Sep-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.17.676846
PMID:41000888
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研究论文 | 通过构建跨模型空间和单细胞图谱,揭示骨桥蛋白在多囊肾病中的保守作用机制 | 首次整合多个PKD小鼠模型的单细胞和空间转录组数据,系统揭示SPP1信号通路在疾病进展中的保守作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 阐明多囊肾病进展的细胞和分子机制 | 多囊肾病小鼠模型 | 数字病理学 | 多囊肾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 多个PKD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 104 | 2025-10-05 |
Lipoxin B4 Mitigates TRPV4-Activated Müller Cell Gliosis During Ocular Hypertension
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.17.673801
PMID:41000836
|
研究论文 | 本研究探讨了脂氧素B4在眼高压条件下通过调节TRPV4通道减轻Müller细胞胶质增生的作用机制 | 首次发现Müller细胞是视网膜中脂氧素B4的重要来源,并揭示了TRPV4激活同时触发胶质增生和保护性脂质信号的双重作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,需要进一步验证在人类青光眼患者中的适用性 | 研究脂氧素B4是否调节TRPV4驱动的Müller胶质细胞激活和炎症反应 | 小鼠Müller胶质细胞、原代和永生化Müller细胞 | 神经科学 | 青光眼 | 流式细胞术、免疫染色、qPCR、western blotting、LC-MS/MS脂质组学、单细胞RNA-seq、免疫组织化学 | 小鼠硅油模型诱导的眼高压模型 | 转录组数据、蛋白质表达数据、脂质代谢物数据 | 小鼠模型和体外培养的Müller细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 105 | 2025-10-05 |
Clonal dynamics shaped by diverse drug-tolerant persister states in melanoma resistance
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.16.676608
PMID:41000875
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研究论文 | 开发MeRLin平台追踪黑色素瘤靶向治疗期间克隆和转录动态,揭示药物耐受持续细胞状态导致耐药性的机制 | 整合细胞条形码、单细胞转录组学、RNA-FISH和计算分析的高分辨率谱系追踪平台,首次系统揭示黑色素瘤中四种保守的持续细胞状态 | 基于患者来源的黑色素瘤模型研究,尚未在临床患者中直接验证 | 解析黑色素瘤靶向治疗耐药机制 | 患者来源的黑色素瘤模型 | 单细胞分析 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组测序, RNA荧光原位杂交, 空间转录组学 | 计算分析模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 患者来源黑色素瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, RNA-FISH | NA | MeRLin平台整合细胞条形码、单细胞转录组学和RNA-FISH技术 |
| 106 | 2025-10-05 |
Integrative Spatial Omics for Systems-Level Mapping of Pathological Niches
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.12.675904
PMID:41000710
|
研究论文 | 开发了一种整合空间组学的多模态分析流程,用于系统级绘制病理微环境 | 首次整合MALDI成像质谱脂质组学、空间转录组学、多重免疫荧光显微镜和组织病理学染色,实现跨分子类别的空间分子分析 | NA | 开发空间组学整合方法以揭示疾病微环境中的空间分子特征 | 阿尔茨海默病的人脑组织和2型糖尿病的人胰腺组织 | 空间组学 | 阿尔茨海默病, 2型糖尿病 | MALDI成像质谱, 空间转录组学, 多重免疫荧光显微镜, 组织病理学染色 | NA | 质谱数据, 转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 成像质谱, 多重免疫荧光 | NA | NA |
| 107 | 2025-10-06 |
Reference-Informed Spatial Domain Detection Using Weak Supervision for Spatial Transcriptomics
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.11.675689
PMID:41000972
|
研究论文 | 提出一种参考信息引导的弱监督对比学习模型GraphScrDom,用于空间转录组数据的组织区域分割 | 首次将专家标注的空间网格/组织学图像涂鸦与参考单细胞RNA-seq数据中的细胞类型特异性基因表达谱相结合进行组织分割 | 仅使用有限的涂鸦标注,可能在某些复杂组织结构中存在分割精度限制 | 开发空间转录组数据的组织区域检测方法 | 空间转录组数据中的组织区域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 对比学习模型 | 空间基因表达数据,组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 108 | 2025-10-05 |
Exhausted-like effector CD8 T cells mediate immune-stromal interactions at mucosal Chronic Graft-versus-Host Disease onset
2025-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.11.675642
PMID:41000699
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了耗竭样效应CD8 T细胞在口腔黏膜慢性移植物抗宿主病发病机制中的关键作用 | 首次在口腔黏膜cGVHD发病时鉴定出两个具有耗竭样表型的CD8 T细胞亚群,并揭示了它们从炎症前耗竭状态向终末耗竭状态的转变轨迹 | 样本量有限,Treg功能受损的确切机制尚未完全阐明 | 探究慢性移植物抗宿主病的免疫发病机制 | 口腔黏膜活检组织中的免疫细胞和基质细胞 | 免疫学 | 慢性移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序,伪时间分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 在cGVHD发病时和移植后6个月收集的口腔黏膜活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2025-10-06 |
Astrocytic glutamate regulation is shaped by adversity and glucocorticoid signalling
2025-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.24.600362
PMID:41000899
|
研究论文 | 本研究通过单细胞核和空间转录组学揭示了人类皮质星形胶质细胞的多样性及其在精神疾病和逆境暴露中的分子变化 | 首次在人类中系统揭示星形胶质细胞分子多样性及其在精神疾病中谷氨酸相关突触功能的特异性改变,并证实糖皮质激素信号直接调控谷氨酸信号 | 样本数量有限,未完全阐明性别差异的机制 | 探究逆境暴露和糖皮质激素信号如何通过星形胶质细胞影响精神疾病风险 | 人类皮质星形胶质细胞、精神疾病患者、人 pluripotent stem cell 来源的星形胶质细胞模型 | 空间转录组学 | 精神疾病 | 单细胞核转录组学, 空间转录组学, 组织学定量 | 2D和3D细胞模型 | 转录组数据, 空间定位数据 | 约145,000个星形胶质细胞, 超过20,000个组织学定量星形胶质细胞 | NA | 单细胞核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 110 | 2025-10-05 |
p53 maintains lineage fidelity during lung capillary injury-repair in neonatal hyperoxia
2025-Sep-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182880
PMID:40763040
|
研究论文 | 本研究揭示了p53在新生儿高氧损伤后肺毛细血管修复过程中维持内皮细胞谱系保真性的关键作用 | 首次发现p53通过调控内皮细胞亚群动态平衡在肺毛细血管损伤修复中的关键作用,并识别出与人类BPD相关的过渡性内皮细胞状态 | 研究主要聚焦于内皮细胞,其他细胞类型在BPD中的作用可能未被充分探索 | 探究p53在新生儿高氧诱导肺损伤修复过程中的分子机制 | 新生儿高氧损伤模型中的肺毛细血管内皮细胞 | 生物医学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2025-10-05 |
Intestinal epithelial Ceacam1 deficiency prevents steroid-refractory acute gut graft-versus-host disease
2025-Sep-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.186984
PMID:40923321
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现肠道上皮细胞CEACAM1缺失可预防类固醇难治性急性肠道移植物抗宿主病 | 首次揭示肠道上皮细胞CEACAM1在SR-Gut-aGVHD中的关键作用机制,并证明其缺失可通过调节T细胞亚群、肠道菌群和单核吞噬细胞来预防疾病 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究肠道上皮细胞CEACAM1在类固醇难治性急性肠道移植物抗宿主病发病机制中的作用 | 小鼠模型和人类样本中的肠道上皮细胞、免疫细胞及肠道菌群 | 免疫学 | 移植物抗宿主病 | 成像质谱流式细胞术,单细胞RNA测序,ATAC测序,高维流式细胞术 | NA | 图像,单细胞转录组数据,表观基因组数据,流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,多组学分析 | NA | NA |
| 112 | 2025-10-05 |
Single-Cell Profiling of Pediatric High-Grade Gliomas Reveals OPC-Like Subpopulations Driving Tumorigenic Lineage Transitions
2025-Sep, Pediatric discovery
DOI:10.1002/pdi3.70027
PMID:41036308
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析儿童高级别胶质瘤,揭示少突胶质前体细胞样亚群在肿瘤发生和谱系转化中的关键作用 | 首次在弥漫性中线胶质瘤中发现表达EGFR的OPC样细胞作为潜在肿瘤起源,并鉴定PDGFRA作为DMG特异性分子标志物 | 研究排除了婴儿型半球胶质瘤,样本来源和数量可能存在限制 | 探究儿童高级别胶质瘤的肿瘤微环境特征和肿瘤细胞谱系转化机制 | 儿童高级别胶质瘤肿瘤细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 下一代测序, 多重免疫荧光 | Monocle2, CytoTRACE2, SCENT, scMetabolism | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 113 | 2025-10-05 |
Delving Into the Dialogue between Epigenetic Modifications and Immunometabolism in Cancer
2025-Sep, Advanced genetics (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/ggn2.202500034
PMID:41036475
|
综述 | 探讨肿瘤免疫代谢与表观遗传修饰之间的相互作用及其在肿瘤微环境中的调控机制 | 系统阐述代谢产物作为表观遗传调节因子调控免疫细胞功能的新机制 | 肿瘤微环境的细胞复杂性、动态相互作用和时空异质性对研究构成重大挑战 | 解析肿瘤免疫代谢与表观遗传修饰的对话机制,探索新兴技术在该领域的应用前景 | 肿瘤微环境中的免疫细胞及其表观遗传调控 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞测序,空间组学,人工智能 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞测序,空间组学 | NA | NA |
| 114 | 2025-10-05 |
Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals a Distinct Monocyte MIF/ANXA1 Signature Associated With Poor Responsiveness to ICS
2025-Sep, Allergy, asthma & immunology research
DOI:10.4168/aair.2025.17.5.658
PMID:41044838
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了与哮喘患者吸入糖皮质激素治疗反应不良相关的单核细胞MIF/ANXA1特征 | 首次在单细胞水平识别出ICS治疗反应不良哮喘患者的特异性单核细胞分子特征,发现MIF-ANXA1信号通路失调是关键免疫特征 | 样本量较小(仅16例),需要更大规模研究验证 | 探究哮喘患者对吸入糖皮质激素治疗反应差异的细胞和分子机制 | 哮喘患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 16例样本(6例健康对照,6例ICS反应者,4例ICS反应不良者) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2025-10-05 |
Comparative single-cell genomics of two uncultivated Naegleria species harboring Legionella cobionts
2025-Sep-30, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00352-25
PMID:40862623
|
研究论文 | 本研究通过单细胞基因组测序技术,对两种携带军团菌共生体的未培养耐格里属阿米巴进行基因组比较分析 | 首次从单细胞水平直接关联细胞内病原体与其宿主,发现编码抗血凝素样结构域的基因家族,并鉴定出类似植物病原菌TAL效应蛋白的新型军团菌效应蛋白 | 研究对象仅限于从英国利姆河分离的两种未培养耐格里属物种,样本来源有限 | 理解原生生物-细菌相互作用的进化及其在环境中维持细菌病原体的作用 | 两种未培养耐格里属阿米巴及其携带的军团菌共生体 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞基因组测序 | NA | 基因组数据 | 两个耐格里属物种的单细胞样本 | NA | 单细胞基因组测序 | NA | NA |
| 116 | 2025-10-05 |
Lactylation-related gene signatures for prognosis and treatment response prediction in radiation-resistant non-small cell lung cancer
2025-Sep-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03597-7
PMID:41026305
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研究论文 | 本研究通过分析乳酸化相关基因特征,预测辐射抵抗性非小细胞肺癌的预后和治疗反应 | 首次系统探讨乳酸化修饰与NSCLC辐射抵抗的关系,建立了基于乳酸化相关辐射抵抗基因的预后模型 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探索乳酸化与NSCLC辐射抵抗的关系,为个体化放疗提供新靶点 | 非小细胞肺癌患者和肿瘤组织 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,差异表达分析,Cox回归分析 | 基因特征模型,风险评分模型 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA数据库和GSE197236数据集的NSCLC样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 117 | 2025-10-05 |
Integrative multi-omics analysis identifies AEBP1 and EFEMP2 as key regulators of immune heterogeneity and therapeutic response in glioblastoma
2025-Sep-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03500-4
PMID:41026376
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研究论文 | 通过整合多组学分析识别胶质母细胞瘤中AEBP1和EFEMP2作为免疫异质性和治疗反应的关键调控因子 | 首次系统鉴定胶质母细胞瘤免疫亚型并揭示AEBP1/EFEMP2作为新型预后标志物,通过单细胞分析发现关键转录调控因子 | 未明确说明样本来源和队列规模,缺乏独立验证队列 | 表征胶质母细胞瘤免疫浸润模式并识别预后生物标志物 | 胶质母细胞瘤患者样本 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,转录网络分析,分子对接 | Cox回归,LASSO回归 | 基因表达数据,单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2025-10-05 |
Molecular cartography of the human down syndrome and trisomic mouse brain
2025-Sep-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63752-0
PMID:41027953
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学揭示了唐氏综合征大脑发育异常的分子机制 | 首次结合单核测序、空间转录组学和蛋白质组学系统描绘人类唐氏综合征及三体小鼠大脑的分子图谱 | 研究主要聚焦于妊娠中期发育阶段,未涵盖整个神经发育过程 | 解析唐氏综合征神经发育异常的分子机制 | 人类唐氏综合征胎儿大脑皮层和Ts65Dn三体小鼠模型 | 空间转录组学 | 唐氏综合征 | 单核测序, 空间转录组学, 蛋白质组学, RNA原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据 | 小鼠大脑中超过240,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 119 | 2025-10-05 |
Integrated single-cell and bulk transcriptome analysis revealed high plasticity subpopulation and promising diagnosis model for clear cell renal cell carcinoma
2025-Sep-30, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-025-00563-9
PMID:41029360
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析揭示肾透明细胞癌的高可塑性亚群并构建诊断模型 | 首次在配对样本中通过整合多数据库单细胞分析识别具有肿瘤干细胞样特性的高可塑性恶性细胞亚群,并构建13基因诊断模型 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 开发肾透明细胞癌可靠的生物标志物和诊断模型 | 肾透明细胞癌患者配对肿瘤组织和癌旁正常组织 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学 | 机器学习算法 | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, 空间转录组数据 | 多个公共数据库中的配对ccRCC样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 120 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals the adverse role of cDC3s in the response of ulcerative colitis patients to anti-TNF-α therapy
2025-Sep-30, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06909-1
PMID:41029683
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示cDC3s在溃疡性结肠炎患者对抗TNF-α治疗反应中的负面作用 | 首次通过单细胞测序技术系统分析UC患者抗TNF-α治疗前后免疫细胞的动态变化,发现cDC3s数量减少与治疗反应相关 | 样本量有限,未明确cDC3s功能改变的具体机制 | 探究溃疡性结肠炎患者对抗TNF-α治疗反应差异的免疫学机制 | 溃疡性结肠炎患者的肠道黏膜组织 | 单细胞组学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | 细胞轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |