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当前共找到 801 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-04-29 |
Protocol for predicting single- and multiple-dose-dependent gene expression using deep generative learning
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103932
PMID:40650899
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协议 | 提出了一种使用深度生成学习预测单剂量和多剂量依赖性基因表达的协议 | 利用变分自编码器建模单细胞RNA测序数据中的剂量依赖性化学扰动效应，实现基因表达预测 | NA | 开发并验证一种预测化学扰动后基因表达的计算协议 | 单细胞基因表达数据及剂量响应 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE） | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 82 | 2026-04-27 |
NNMT inhibition in cancer-associated fibroblasts restores antitumour immunity
2025-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09303-5
PMID:40702186
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研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞RNA测序，揭示癌症相关成纤维细胞中NNMT抑制可恢复抗肿瘤免疫 | 首次发现并验证NNMT在CAF中通过H3K27me3低甲基化驱动补体分泌，进而招募免疫抑制性MDSC，并开发出特异性NNMT抑制剂 | 未提及 | 研究NNMT在高级别浆液性卵巢癌CAF中的免疫抑制机制及靶向治疗潜力 | 癌症相关成纤维细胞中的NNMT | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序， 空间转录组学， 高通量筛选 | NA | 基因表达数据， 空间转录组数据 | 多个小鼠癌症模型（卵巢、乳腺、结肠） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序， 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序和10x Visium空间转录组学 |
| 83 | 2026-04-25 |
Insights into tissue- and cell type-specific effects of Grb10 on pig skeletal muscle growth by multi-omics analysis
2025-09, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2910-7
PMID:40545505
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研究论文 | 通过多组学分析揭示GRB10在猪骨骼肌生长中的组织和细胞类型特异性影响 | 首次结合基因组学、转录组学、表观组学和单细胞转录组学，定位肥胖型和瘦肉型猪中GRB10在肌肉组织和细胞中的特异性，并发现其肌肉特异性启动子及转录因子KLF15的结合 | 尚未详细说明该机制的完整调控网络及其在人类中的直接验证 | 探究猪肌肉组织发育的关键基因和调控机制，特别关注GRB10的组织和细胞类型特异性作用 | 肥胖型和瘦肉型猪的肌肉组织和细胞 | 机器学习 | NA | 基因组学、转录组学、表观组学、单核RNA测序、双荧光素酶和染色质免疫沉淀(ChIP)实验 | NA | 多组学数据（基因组、转录组、表观组、单细胞转录组） | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 84 | 2026-04-20 |
Integrative genomics elucidates the evolutionary, temporal, and developmental origins of a hydrocephalus risk gene
2025-Sep-02, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.09.01.25334358
PMID:40950474
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研究论文 | 本研究通过整合基因组学方法，阐明了脑积水风险基因MAEL的进化起源、时间表达模式及在新生儿大脑发育过程中的细胞谱系特异性表达 | 首次系统描绘了MAEL基因在人类大脑发育过程中的时空表达谱，并直接验证了其在人类脑积水组织中的表达下调，为理解该基因在疾病中的作用机制提供了进化与发育背景 | 研究主要基于观察性数据，MAEL表达下调与脑积水之间的直接因果关系仍需进一步的体外和体内功能实验验证 | 阐明MAEL基因的进化起源及其在人类大脑发育和脑积水中的表达模式 | MAEL基因、人类大脑组织（包括正常发育大脑和脑积水手术获取的皮质组织） | 基因组学 | 脑积水 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、系统进化分析、基因表达定量 | NA | 基因序列数据、单细胞转录组数据 | 来自艾伦研究所发育中人类大脑图谱的49个脑区scRNA-seq数据，以及手术获取的原代脑积水皮质组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2026-04-17 |
Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq identifies transcriptional and epigenetic blueprint guiding osteoclastogenic trajectory
2025-Sep-28, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf084
PMID:40577680
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq、ATAC-seq、批量RNA-seq和ChIP-seq技术，揭示了破骨细胞生成过程中转录和表观遗传调控的蓝图 | 首次在单细胞分辨率下结合多组学分析，系统描绘了破骨细胞生成的分化轨迹，并鉴定出IRF8作为破骨细胞生成的关键负调控因子 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证和临床转化仍需进一步探索 | 阐明破骨细胞生成过程中的转录和表观遗传调控机制 | 野生型和IRF8条件性敲除小鼠的造血干细胞、祖细胞、单核细胞及破骨细胞前体 | 单细胞多组学 | 骨溶解性疾病 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 批量RNA-seq, ChIP-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据, 批量转录组数据, 染色质免疫沉淀数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 批量RNA-seq, 染色质免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 86 | 2026-04-17 |
Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis
2025-Sep-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825
PMID:40436260
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，比较了局部消融免疫疗法和免疫检查点抑制剂对肿瘤浸润自然杀伤细胞的调控作用及其临床意义 | 首次整合单细胞测序和TCGA数据库，系统比较了LAIT和ICI对NK细胞的转录调控，并构建了基于NK细胞基因特征的预后模型 | 研究基于小鼠乳腺癌模型，临床转化需进一步验证；单细胞测序样本量有限 | 阐明局部消融免疫疗法和免疫检查点抑制剂对肿瘤微环境中NK细胞的调控机制 | 肿瘤浸润自然杀伤细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 预后模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠乳腺癌模型，具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2026-04-12 |
Lung NR3C1+ and CXCR6high T cells distinguish immunopathogenesis of human emphysema
2025-Sep-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08698-1
PMID:40993192
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了肺气肿中T细胞的免疫病理机制，特别是NR3C1+和CXCR6high CD4 T细胞亚群的作用 | 首次通过单细胞RNA测序结合临床数据，识别出肺气肿中特定的T细胞亚群（NR3C1+和CXCR6high CD4 T细胞），并揭示了它们与肺功能保留的关联，为肺气肿的免疫治疗提供了新靶点 | 研究基于两个独立的单细胞RNA测序数据集，样本量可能有限，且机制验证需要进一步的实验研究 | 探究T细胞在吸烟者慢性阻塞性肺疾病（COPD）肺气肿中的免疫病理作用 | 人类肺组织样本，包括肺气肿性COPD、非肺气肿性COPD和对照组的免疫细胞 | 数字病理学 | 肺气肿 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两个独立的人类肺组织单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2026-04-12 |
Post-Liver Transplantation Management and Specimen Collection in Daurian Ground Squirrels for Single-Cell RNA Sequencing
2025-09-16, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68443
PMID:41052099
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研究论文 | 本文详细介绍了针对达乌尔黄鼠肝移植后的动物护理、生理监测以及用于单细胞RNA测序的高质量肝移植物样本制备标准化流程 | 利用冷适应性达乌尔黄鼠作为新型肝移植模型，以研究低温诱导的移植物损伤机制，填补了传统啮齿动物模型的局限 | 协议主要针对达乌尔黄鼠这一特殊物种，可能在其他生物中的普适性有限，且未涉及大规模临床验证 | 开发并标准化肝移植后管理及样本收集方法，以促进对移植功能恢复和免疫兼容性机制的研究 | 达乌尔黄鼠的肝移植物样本 | 数字病理学 | 肝移植相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组分析、组织病理学检查 | NA | RNA序列数据、组织样本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 89 | 2026-04-12 |
Mining Spatial Transcriptomics Datasets using DeepSpaceDB
2025-09-05, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68892
PMID:40982393
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研究论文 | 本文介绍了DeepSpaceDB数据库，一个用于空间转录组学数据探索的综合动态数据库，并通过示例展示了其工作流程和应用 | 开发了DeepSpaceDB数据库，提供高级工具和交互功能，促进空间转录组学数据的访问和深入分析 | 空间转录组学仍是一种高度专业化的实验技术，存在显著的技术和财务限制 | 促进空间转录组学数据的访问和分析，以探索组织结构和疾病生物学 | 小鼠脑样本和鼠肝中的结直肠癌转移区域与健康组织区域 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 90 | 2026-04-10 |
Autophagy Upregulation in Mutant Isocitrate Dehydrogenase 1 (IDH1) Glioma Uncovers a Novel Therapeutic Target
2025-Sep-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7483444/v1
PMID:40964044
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研究论文 | 本研究揭示了突变型异柠檬酸脱氢酶1（mIDH1）胶质瘤中自噬上调作为关键生存途径，并探索了通过自噬抑制增强放射敏感性的新治疗策略 | 首次发现mIDH1胶质瘤中自噬上调作为能量来源，并利用合成蛋白纳米颗粒递送siRNA靶向Atg7抑制自噬，从而增强放射敏感性并诱导肿瘤消退 | 研究主要基于人类和小鼠细胞模型及小鼠模型，临床转化效果需进一步验证 | 探索mIDH1胶质瘤的生存机制并开发新的治疗靶点 | 人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及小鼠模型 | 癌症生物学 | 胶质瘤 | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 91 | 2026-04-09 |
Gene context drift identifies drug targets to mitigate cancer treatment resistance
2025-Sep-08, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.005
PMID:40578362
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RECODR的计算流程，通过结合单细胞RNA测序谱的共表达图网络和图嵌入方法，测量癌症治疗期间基因共表达上下文的变化，以识别耐药机制并设计有效联合治疗方案 | RECODR首次将基因共表达上下文变化（而非仅表达水平）作为核心指标，结合图网络和图嵌入技术，揭示了传统计算方法无法检测的耐药机制 | 方法主要基于单细胞RNA测序数据，可能未涵盖其他分子层面的耐药机制，且临床验证仍需进一步扩展 | 开发计算工具以预测和缓解癌症治疗耐药性，通过分析基因共表达上下文变化来设计有效联合治疗方案 | 癌症治疗耐药机制，聚焦于脉络丛癌、髓母细胞瘤和三阴性乳腺癌的肿瘤样本 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 图网络和图嵌入方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2026-04-04 |
Identifying spatially variable genes by projecting to morphologically relevant curves
2025-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.21.624653
PMID:39605709
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研究论文 | 本文提出了一种基于谱图理论的方法，用于在空间转录组学数据中识别空间可变基因，通过将二维空间坐标投影到一维曲线上来反映组织形态 | 引入谱图理论来近似样本空间坐标的一维曲线，并开发广义加性模型直接建模基因计数，无需标准化或正态假设，同时能准确估计基因表达模式和空间位点 | NA | 识别空间转录组学数据中的空间可变基因 | 空间转录组学数据，包括小鼠黏膜和多样本数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 广义加性模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | Slide-seq, MERFISH | NA |
| 93 | 2026-04-02 |
Robust and adaptive non-parametric tests for detecting general distributional shifts in gene expression
2025-Sep-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101147
PMID:40902592
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研究论文 | 本文提出了一种名为QRscore的非参数框架，用于检测基因表达中的分布变化，包括均值偏移和方差偏移 | QRscore通过从负二项分布和零膨胀负二项分布中推导模型信息权重，扩展了Mann-Whitney检验，能同时检测均值和方差偏移，具有高统计功效和错误发现率控制 | NA | 开发一种强大的非参数测试方法，用于检测基因表达中的一般分布偏移 | 基因表达数据，包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 非参数框架（QRscore） | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2026-04-01 |
Single-cell transcriptomic profiling of C. elegans Q neuroblast lineage during migration and differentiation
2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675151
PMID:40964368
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对秀丽隐杆线虫Q神经母细胞谱系在迁移和分化过程中的转录组进行解析，揭示了其发育的分子机制 | 首次构建了Q神经母细胞谱系的高分辨率转录组分化图谱，发现了新的基因表达模式，并揭示了Wnt信号通路在左右不对称迁移中的作用 | 研究主要基于转录组数据，功能验证相对有限，且样本来自特定发育阶段，可能未覆盖所有动态变化 | 探究神经母细胞迁移和分化的分子机制，以理解神经系统发育 | 秀丽隐杆线虫的Q神经母细胞谱系细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，FACS | NA | 单细胞转录组数据 | 不同发育阶段的Q谱系细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2026-04-01 |
SWIFT-seq enables comprehensive single-cell transcriptomic profiling of circulating tumor cells in multiple myeloma and its precursors
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-01006-0
PMID:40781193
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SWIFT-seq的单细胞测序工作流程，用于对多发性骨髓瘤及其前体疾病中的循环肿瘤细胞进行全面的单细胞转录组分析 | 开发了SWIFT-seq工作流程，首次实现了对多发性骨髓瘤中循环肿瘤细胞的全面单细胞转录组和B细胞受体测序分析，并建立了基于测序的CTC计数策略和分类器 | 未明确说明样本处理或数据分析的具体技术限制 | 开发非侵入性血液检测方法，以改善多发性骨髓瘤的诊断、监测和预后评估 | 多发性骨髓瘤患者及其前体疾病患者的循环肿瘤细胞和骨髓细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, B细胞受体测序 | 分类器 | 单细胞转录组数据 | 101名患者和健康捐赠者的配对骨髓和循环肿瘤细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2026-03-28 |
RNA Sequencing at Single Vesicle Resolution via 3D Printed Embedded Droplet Arrays
2025-Sep-24, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.5c09959
PMID:40938793
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研究论文 | 本文开发了一种基于3D打印嵌入液滴阵列的平台，用于在单囊泡分辨率下进行RNA测序，以研究细胞外囊泡的RNA异质性 | 利用3D打印技术创建可控、均匀的皮升液滴阵列，首次实现了在单囊泡水平上对细胞外囊泡的poly(A) RNA进行测序 | 方法主要针对poly(A) RNA，可能无法全面覆盖所有RNA类型；平台操作复杂，需要优化打印条件 | 开发一种高分辨率平台，以研究细胞外囊泡中RNA cargo的异质性，为生物标志物发现和临床应用提供新工具 | 单个细胞外囊泡（EVs），特别是CD9、CD63和CD81阳性的EVs，以及THP-1细胞来源的免疫纯化EVs | 单细胞测序技术 | NA | RNA测序，PCR，cDNA合成 | NA | RNA序列数据 | 3689个独特条形码对应的单个EVs，每个EV至少有两个poly(A) RNA reads | NA | 单囊泡RNA测序 | 3D打印嵌入液滴阵列平台 | 基于3D打印技术，使用碳氢化合物支持材料和打印水溶液，生成可控、均匀的皮升液滴，用于单EVs的cDNA制备和测序 |
| 97 | 2026-03-25 |
Biomarkers of immune dysregulation and posttreatment inflammation in spinal muscular atrophy
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2506976122
PMID:40986347
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研究论文 | 本研究整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了脊髓性肌萎缩症（SMA）中的免疫失调特征及其与基因治疗反应的关系 | 首次整合bulk和单细胞RNA测序全面描绘SMA的免疫失调特征，识别出疾病进展的转录组生物标志物，并发现基因治疗后NF-κB相关炎症基因表达显著升高 | 样本量较小（SMA婴儿n=7用于bulk RNA-seq，n=4用于scRNA-seq），且研究对象年龄范围有限（<25个月） | 阐明脊髓性肌萎缩症（SMA）中的免疫失调特征及其对疾病进展和治疗反应的影响 | SMA婴儿（n=7用于bulk RNA-seq；n=4用于scRNA-seq）和年龄匹配的健康对照（n=4用于bulk RNA-seq；n=6用于scRNA-seq）的外周血样本 | 生物信息学 | 脊髓性肌萎缩症 | bulk RNA测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | SMA婴儿：bulk RNA-seq n=7，scRNA-seq n=4；健康对照：bulk RNA-seq n=4，scRNA-seq n=6 | NA | bulk RNA-seq，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 98 | 2026-03-25 |
Human single-cell atlas analysis reveals heterogeneous endothelial signaling
2025-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.15.670370
PMID:40894541
|
研究论文 | 本研究通过整合15个人体组织的超过300万个单细胞RNA测序数据，系统分析了内皮细胞在组织与血管类型中的异质性，并开发了计算流程探究微环境调控机制 | 首次在血管类型与组织微环境双重背景下系统研究内皮细胞异质性，开发了基于主题建模的细胞间通讯模式分析方法，揭示了代谢物与蛋白质介导的异质性调控机制 | 研究基于已发表的单细胞数据集，可能受原始实验设计差异影响；未通过功能实验验证所有计算预测的调控机制 | 系统探究人体内皮细胞在不同组织与血管类型中的异质性及其微环境调控机制 | 人体15种组织中的内皮细胞及其他组织驻留细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 主题建模 | 单细胞转录组数据 | 超过300万个单细胞（来自15个人体组织） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2026-03-25 |
DAESC+: High-performance, integrated software for single-cell allele-specific expression data
2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.03.674100
PMID:40964337
|
研究论文 | 本文介绍了DAESC+，一个用于单细胞等位基因特异性表达数据处理和分析的高性能集成软件包 | DAESC+结合了用户友好的预处理模块DAESC-P和基于GPU加速的可扩展分析模块DAESC-GPU，在准确性和速度上均优于现有方法 | 未明确提及具体局限性，但可能依赖于特定硬件（GPU）和数据类型 | 开发用于单细胞等位基因特异性表达分析的计算工具，以增强基因调控机制的研究 | 单细胞等位基因特异性表达数据，特别是来自OneK1K队列的CD4+ T细胞和B细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 超过一百万细胞（可扩展），具体应用涉及OneK1K队列的子集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 100 | 2026-03-25 |
Mapping T cell dynamics to molecular profiles through behavior-guided transcriptomics
2025-09, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01126-4
PMID:39930061
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研究论文 | 本文介绍了一种名为行为引导转录组学（BGT）的扩展协议，用于整合T细胞活体成像数据与单细胞转录组学，以分析动态T细胞行为相关的基因程序 | BGT协议通过结合BEHAV3D活体成像平台和scRNA-seq，首次实现了T细胞动态行为与分子谱的时空关联分析，揭示了高效和无效T细胞的新生物标志物 | 该协议需要用户具备基本的细胞培养、成像和编程技能，且实验周期长达一个月，可能限制了其广泛适用性 | 旨在开发一种整合T细胞活体成像与单细胞转录组学的方法，以研究T细胞在肿瘤靶向过程中的行为与分子驱动因素 | 患者来源的肿瘤类器官（PDO）与工程化T细胞的共培养体系中的T细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），荧光激活细胞分选（FACS），活体成像 | NA | 图像，转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |