本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 841 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing identifies a unique ZEB2-Regulated Clec4d+ macrophage state contributing to early inflammatory injury in cardiac hypertrophy
2025-Sep-05, European journal of pharmacology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177867
PMID:40543740
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定ZEB2调控的Clec4d+巨噬细胞状态在心脏肥大早期炎症损伤中的作用 | 首次在心脏肥大模型中鉴定出Clec4d+巨噬细胞的特异状态,并揭示转录因子ZEB2通过调控Unc93b1促进巨噬细胞炎症激活的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究巨噬细胞在心脏肥大早期炎症反应中的调控机制 | 横向主动脉缩窄(TAC)诱导的心脏肥大小鼠模型心脏组织中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, ChIP-seq, 差异表达分析, 调控网络分析, 轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 25,328个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 842 | 2025-10-06 |
Tissue-origin transcriptomic interactions as indicators of inflammatory aging and aging gene discovery
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110534
PMID:40527241
|
研究论文 | 本研究开发了一种将单细胞RNA测序数据转换为图像表示的方法,用于构建组织特异性炎症衰老时钟 | 首次提出将scRNA-seq数据转换为语义上有意义的图像表示(genomap),通过空间编码转录组相互作用来揭示衰老相关的相互作用模式变化 | 未在文中明确说明具体的研究局限性 | 识别精确的免疫遗传衰老标志物并构建组织特异性炎症衰老时钟 | 衰老过程中的基因-基因相互作用模式和转录组相互作用 | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 图像表示学习模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 843 | 2025-10-06 |
Integrative multi-omics and machine-learning approaches uncover a novel metabolic-related signature associated with cancer-associated fibroblasts in gastric cancer development
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110653
PMID:40543274
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞的代谢相关特征及其预后价值 | 首次发现CAF_6成纤维细胞亚群与胃癌患者不良预后显著相关,并构建了具有强预后相关性的代谢相关特征 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索胃癌中癌症相关成纤维细胞的分子和功能异质性,开发预后预测模型 | 胃癌患者样本数据 | 机器学习 | 胃癌 | 微阵列、bulk RNA-seq、单细胞RNA测序 | 机器学习组合策略 | 基因表达数据 | GSE15459、GSE26253、GSE183904和TCGA-STAD数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 844 | 2025-10-06 |
Single-cell multi-omics analysis reveals the plasticity of isthmus stem cells in gastric carcinogenesis
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110662
PMID:40580616
|
研究论文 | 通过单细胞多组学测序揭示胃峡部干细胞在胃癌发生中的可塑性 | 首次通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,识别出胃峡部干细胞在胃癌背景下的三种不同状态,并重建了胃癌细胞的谱系轨迹 | NA | 探究胃癌发生过程中细胞组成和发育轨迹 | 胃癌患者的配对肿瘤和癌旁组织样本 | 单细胞多组学 | 胃癌 | 单细胞多组学测序,单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学测序,单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 845 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals the expansion and diversity of T cell subsets in the bone marrow microenvironment of chronic myeloid leukemia
2025-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2025.101626
PMID:40612663
|
研究论文 | 通过单细胞测序揭示慢性髓系白血病骨髓微环境中T细胞亚群的扩增和多样性变化 | 首次在单细胞水平系统解析CML患者骨髓T细胞图谱,发现CD8终末效应T细胞的独特特征及其与微环境细胞的相互作用 | 样本量有限,未涉及治疗前后动态变化分析 | 解析慢性髓系白血病骨髓免疫微环境中T细胞的改变特征 | 慢性髓系白血病患者的骨髓T细胞 | 单细胞组学 | 慢性髓系白血病 | 单细胞测序,T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据,T细胞受体序列数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 846 | 2025-10-06 |
Single-cell landscape of immunological responses in patients with juvenile idiopathic arthritis
2025-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2025.101577
PMID:40605976
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示幼年特发性关节炎患者免疫细胞的异质性和功能变化 | 首次在JIA患者中系统绘制免疫细胞单细胞图谱,发现sJIA患者特有的干扰素反应异常和MIF-CXCR7/CD44配体-受体对 | 样本量有限(14例患者和4例健康对照),未包含所有JIA亚型 | 解析幼年特发性关节炎患者免疫细胞的转录组特征和功能变化 | 幼年特发性关节炎患者和健康个体的外周血免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 幼年特发性关节炎 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析,细胞通讯分析 | 单细胞转录组数据 | 14例JIA患者和4例健康个体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 847 | 2025-10-06 |
Blood and urine-based biomarkers in prostate cancer: Current advances, clinical applications, and future directions
2025-Sep, The journal of liquid biopsy
DOI:10.1016/j.jlb.2025.100305
PMID:40606769
|
综述 | 全面概述前列腺癌诊断、预后和预测生物标志物的最新进展、临床应用及未来发展方向 | 整合了液体活检、单细胞组学、人工智能模型等新兴技术在前列腺癌生物标志物研究中的应用 | NA | 总结前列腺癌生物标志物的研究现状并展望未来发展方向 | 前列腺癌患者 | 自然语言处理 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、液体活检、机器学习 | 人工智能驱动模型 | 血液样本、尿液样本、分子数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、液体活检 | NA | NA |
| 848 | 2025-10-06 |
Progress and applications of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome technology in acute kidney injury research
2025-Sep-09, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2025.102583
PMID:40568028
|
综述 | 概述单细胞RNA测序和空间转录组技术在急性肾损伤研究中的进展与应用 | 整合单细胞转录组与空间组学数据,从多维度分析视角揭示急性肾损伤中细胞异质性和细胞间相互作用的动态过程 | 讨论了单细胞RNA测序与空间组学在急性肾损伤研究中当前存在的技术限制 | 探讨单细胞测序和空间转录组技术在急性肾损伤研究中的应用前景 | 急性肾损伤相关的细胞异质性和组织微环境 | 数字病理 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | 转录组数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 849 | 2025-06-17 |
Data-informed insights into sex differences in peripheral blood mononuclear cells from single-cell transcriptomics
2025-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2025.101525
PMID:40520998
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 850 | 2025-06-17 |
Integrating spatial transcriptomics and single-cell RNA-sequencing reveals epithelial cell alterations in benign prostatic hyperplasia following finasteride treatment
2025-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2025.101526
PMID:40520997
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 851 | 2025-10-06 |
Loss of Plxdc2 exacerbates microglia-mediated neuroinflammation and ischemic brain injury
2025-Sep, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115302
PMID:40345569
|
研究论文 | 本研究揭示了Plxdc2蛋白在调节小胶质细胞稳态和减轻缺血性脑损伤中的关键作用 | 首次发现Plxdc2在小胶质细胞中高表达并在脑卒中后显著下调,阐明了其通过PPARγ通路调控NF-κB信号和脂质代谢的新机制 | 研究主要聚焦于小胶质细胞,Plxdc2在其他神经细胞中的作用尚未完全阐明 | 探究Plxdc2在缺血性脑卒中中小胶质细胞功能调节中的作用机制 | 小胶质细胞和缺血性脑损伤模型 | 神经科学 | 缺血性脑卒中 | scRNA-seq, 转录组分析, 腺相关病毒(AAV)过表达, 慢病毒干扰 | NA | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 852 | 2025-10-06 |
3D-printed advanced scaffold armed with exosomes derived from human skeletal stem cell identified by single-cell RNA sequencing enhances osteochondral regeneration
2025-Sep, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.04.028
PMID:40487240
|
研究论文 | 本研究开发了一种装载人骨骼干细胞外泌体的3D打印水凝胶支架,用于增强骨软骨再生 | 利用单细胞RNA测序鉴定具有高分化潜能的骨骼干细胞,并首次将其外泌体与3D打印技术结合构建新型生物支架 | 研究仅在动物模型中进行验证,尚未进行临床试验 | 开发有效的骨软骨缺损修复策略 | 大鼠骨软骨缺损模型、人骨骼干细胞、骨髓间充质干细胞 | 组织工程 | 骨软骨缺损 | 单细胞RNA测序, 3D打印, 流式细胞术, 高通量测序 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 853 | 2025-10-06 |
Comprehensive study of the murine MASH models' applicability by comparing human liver transcriptomes
2025-Sep-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123723
PMID:40404118
|
研究论文 | 通过比较人类肝脏转录组,全面评估多种小鼠MASH模型的适用性 | 首次系统整合多种小鼠MASH模型的转录组数据并与人类MASH数据集进行对比分析 | 仅评估了部分常用小鼠模型,未涵盖所有可能的MASH建模方法 | 建立详细的转录组参考以指导MASH研究中的模型选择和实验设计 | 小鼠MASH模型和人类MASH肝脏组织 | 转录组学 | 代谢相关脂肪性肝炎 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三种小鼠MASH模型(HFD、MCD、CDA-HFD)及CCl₄诱导模型和人类MASH数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 854 | 2025-10-06 |
The battle within: Discovering new insights into phytopathogen interactions and effector dynamics
2025-Sep, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2025.128220
PMID:40398012
|
综述 | 本文全面综述了植物病原体相互作用中效应蛋白动态及其对植物免疫系统的调控机制 | 整合了元种群动态、快速适应和环境变化对病原体效应蛋白进化的影响,并强调了单细胞转录组学等新技术在效应靶标鉴定中的应用 | 作为综述文章,未提供原始实验数据和新发现,主要基于现有文献进行整合分析 | 深入理解植物病原体相互作用中效应蛋白的功能机制和进化动态 | 植物病原体效应蛋白(细菌、真菌、卵菌和线虫)及其与植物免疫系统的相互作用 | 植物病理学 | 植物病害 | 生物信息学,单细胞转录组学,蛋白质结构研究,蛋白质建模 | NA | 文献数据,蛋白质结构数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 855 | 2025-10-06 |
The analysis of X chromosome activity of porcine embryonic stem Cells: Study based on parthenogenetic embryonic stem cells with LCDM medium
2025-Sep-15, Theriogenology
IF:2.4Q1
|
研究论文 | 本研究通过建立猪孤雌生殖胚胎干细胞系并分析X染色体活性,探讨其与多能性状态的关系 | 首次在LCDM培养基中建立猪孤雌生殖胚胎干细胞系,并发现传代过程中出现X染色体侵蚀样状态与正常X染色体失活状态的异质性 | 猪 naïve ESCs尚未成功建立,缺乏标准化表征评估标准 | 建立猪胚胎干细胞系并分析X染色体活性特征 | 猪孤雌生殖胚胎干细胞(ppLCDM) | 干细胞生物学 | NA | XIST RNA-FISH, 免疫荧光染色, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 猪囊胚期胚胎来源的干细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 856 | 2025-10-06 |
IGFBP7: A novel biomarker involved in a positive feedback loop with TGF-β1 in idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Sep, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111867
PMID:40381971
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析,鉴定出IGFBP7作为特发性肺纤维化的新型生物标志物,并揭示其与TGF-β1形成正反馈循环的机制 | 首次发现IGFBP7与TGF-β1在IPF中形成正反馈循环,为理解疾病机制提供了新视角 | 研究主要基于公共数据集和体外模型,需要更多临床样本验证 | 探索特发性肺纤维化的诊断生物标志物和治疗靶点 | 特发性肺纤维化患者样本和体外细胞模型 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 双免疫荧光染色, 基因集富集分析 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 公共数据集中的IPF样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 857 | 2025-10-06 |
Overcoming immunotherapy resistance in colorectal cancer through nano-selenium probiotic complexes and IL-32 modulation
2025-Sep, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本研究开发了一种新型纳米硒益生菌复合物,通过调节IL-32增强CD8+ T细胞免疫应答,克服结直肠癌免疫治疗耐药性 | 首次将硒纳米颗粒负载的细胞外囊泡与工程化益生菌及IL-32结合,创建了新型纳米生物材料复合物 | 研究主要基于人源化异种移植小鼠模型,尚未进行人体临床试验 | 开发克服结直肠癌免疫治疗耐药性的新策略 | 结直肠癌患者样本和人源化小鼠模型 | 癌症免疫治疗 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,电子显微镜,动态光散射 | 人源化异种移植小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据,转录组数据,图像数据 | 免疫治疗耐药结直肠癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |