单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 857 篇文献，本页显示第 801 - 820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 801 | 2025-10-06 |
Spatial pattern enhanced cellular and tissue recognition for spatial transcriptomics
2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf106
PMID:40746376
|
研究论文 | 开发了一种名为SPECTRUM的空间转录组数据分析方法，用于细胞类型识别和空间社区检测 | 结合了先验已知的细胞类型特异性标记和空间加权方法，增强了细胞和组织识别的空间模式分析能力 | NA | 开发空间转录组数据分析工具以揭示组织空间组织的关键因素和机制 | 空间转录组数据中的细胞类型和空间社区 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | SPECTRUM | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 802 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomic Analysis Reveals HDAC Inhibition Modulates Microglial Dynamics to Protect Against Ischemic Stroke in Mice
2025-Sep, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70035
PMID:40415727
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示HDAC抑制剂通过调节小胶质细胞动态发挥抗缺血性脑卒中保护作用 | 首次结合空间转录组学和3D形态重建技术，阐明HDAC抑制剂对小胶质细胞表型和空间分布的调控机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探究HDAC抑制剂调控小胶质细胞在缺血性脑卒中中的保护机制 | 小鼠缺血性脑卒中模型中的小胶质细胞 | 空间转录组学 | 缺血性脑卒中 | 空间转录组学，3D形态重建 | NA | 空间转录组数据，形态学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 803 | 2025-10-06 |
Spatial heterogeneity in glioblastoma: Decoding the role of perfusion
2025-Sep, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189383
PMID:40614878
|
综述 | 本文综述了胶质母细胞瘤中灌注驱动的空间异质性及其对免疫调节和治疗抵抗的影响 | 聚焦于灌注作为胶质母细胞瘤空间异质性的关键决定因素，系统阐述了其对肿瘤微环境和治疗抵抗的影响机制 | 作为综述文章，主要基于现有文献分析，缺乏原始实验数据验证 | 探讨灌注驱动的差异如何影响胶质母细胞瘤的瘤内异质性，特别关注免疫调节和治疗抵抗方面 | 胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境，包括癌细胞、免疫细胞和其他基质细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 第三代基因组学、高分辨率代谢组学、单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 804 | 2025-10-06 |
Endothelial Tgfbr2 Deficiency Ameliorate Liver Fibrosis Through Regulating Angiocrine Signalling and Macrophage Accumulation
2025-Sep, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70227
PMID:40747899
|
研究论文 | 本研究探讨了肝窦内皮细胞中TGF-β信号通过调节血管分泌信号和巨噬细胞积累在肝纤维化中的作用 | 首次揭示内皮细胞特异性Tgfbr2缺失通过调节血管分泌信号和巨噬细胞趋化改善肝纤维化的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床转化价值需进一步验证 | 研究肝窦内皮细胞中TGF-β信号在肝纤维化进程中的具体作用机制 | 肝窦内皮细胞、巨噬细胞、肝纤维化小鼠模型 | 单细胞基因组学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序, RNA测序, qPCR, western blotting, 流式细胞术 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学图像, 流式细胞数据 | 健康个体和肝硬化患者的单细胞RNA测序数据集, 内皮细胞特异性Tgfbr2敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 805 | 2025-10-06 |
Novel insights in the regulation of intercalated cell differentiation
2025-Sep-01, Current opinion in nephrology and hypertension
IF:2.2Q2
DOI:10.1097/MNH.0000000000001095
PMID:40466010
|
综述 | 本文综述了肾脏闰细胞分化的分子调控机制及其在维持酸碱平衡中的关键作用 | 新发现Foxp1及其下游转录因子Dmrt2和Hmx2在闰细胞分化中的关键作用，并结合单细胞测序技术揭示了过渡细胞的存在 | NA | 阐明闰细胞分化的分子调控机制及其在酸碱平衡调节中的功能 | 肾脏闰细胞及其分化过程 | NA | 代谢性酸中毒/碱中毒 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 806 | 2025-10-06 |
Enhancing ovarian cancer prognosis with an artificial intelligence-derived model: Multi-omics integration and therapeutic implications
2025-Sep, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102439
PMID:40580871
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于人工智能的卵巢癌预后指数模型，整合多组学数据并探索其治疗意义 | 首次构建了人工智能衍生的预后指数模型，整合了单细胞和批量RNA测序数据，并发现MFAP4基因作为潜在治疗靶点 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步的前瞻性临床验证 | 开发精准的卵巢癌预后预测模型并探索其治疗应用 | 卵巢癌患者及其相关分子数据 | 机器学习 | 卵巢癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, DNA甲基化分析 | Cox回归, 机器学习集成算法 | 转录组数据, 临床数据 | 来自TCGA、ICGC和GEO数据库的多数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 807 | 2025-10-06 |
Identification and validation of synergistic drug strategies targeting macrophage polarization in triple-negative breast cancer via single-cell transcriptomics and deep learning
2025-Sep, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102457
PMID:40580873
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和深度学习识别并验证针对三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化的协同药物策略 | 开发了基于巨噬细胞分化的分类器MMDCSS，并通过计算药理学发现非那雄胺可作为ZBTB20调节剂逆转肿瘤诱导的M2巨噬细胞极化 | 研究样本量相对有限（24例TNBC患者），需要进一步临床验证 | 开发针对三阴性乳腺癌免疫抑制肿瘤微环境的治疗策略 | 三阴性乳腺癌患者和巨噬细胞极化过程 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，深度学习，计算药理学 | 深度学习 | 单细胞转录组数据 | 24例三阴性乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 808 | 2025-10-06 |
Machine learning-guided single-cell multiomics uncovers GDF15-driven immunosuppressive niches in NSCLC: A translational framework for overcoming anti-PD-1 resistance
2025-Sep, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102459
PMID:40582068
|
研究论文 | 通过机器学习引导的单细胞多组学分析揭示GDF15驱动的免疫抑制微环境在非小细胞肺癌中的作用，并建立克服抗PD-1耐药性的转化框架 | 开发了加速斜向随机生存森林模型，在预测准确性上优于传统Cox回归和深度学习方法；首次通过单细胞多组学分析发现GDF15是调控免疫抑制肿瘤微环境的关键枢纽 | 功能研究显示GDF15敲低对肿瘤细胞固有增殖无显著影响，样本量相对有限（n=156） | 系统识别免疫检查点阻断疗效的决定因素，建立预测ICB耐药性的生物标志物 | 非小细胞肺癌患者队列（n=156）和黑色素瘤队列（GSE91061），Lewis肺癌细胞系 | 机器学习, 单细胞多组学 | 非小细胞肺癌, 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 机器学习算法比较, 功能验证实验 | 加速斜向随机生存森林, Cox回归, 深度学习 | 单细胞RNA测序数据, 临床生存数据 | 4个NSCLC队列共156例患者，外部验证使用黑色素瘤队列GSE91061 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 809 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals the role of heat shock protein 90AA1 in Müller cell proliferation via the Necroptosis/MAPK pathway in diabetic retinopathy
2025-Sep, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110508
PMID:40617280
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了热休克蛋白90AA1通过坏死性凋亡/MAPK通路调控糖尿病视网膜病变中Müller细胞增殖的作用机制 | 首次在糖尿病视网膜病变中鉴定HSP90AA1作为关键枢纽基因，并阐明其通过坏死性凋亡和MAPK信号通路调控Müller细胞增殖的新机制 | 样本量较小（4例糖尿病患者和2例非糖尿病患者），需要更大规模研究验证 | 探究HSP90AA1在糖尿病视网膜病变中Müller细胞增殖的作用机制 | 糖尿病患者视网膜样本、体内外糖尿病视网膜病变模型 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 4例糖尿病患者和2例非糖尿病患者的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 810 | 2025-10-06 |
In-depth patient-specific analysis of tumor heterogeneity in melanoma brain metastasis: Insights from spatial transcriptomics and multi-region bulk sequencing
2025-Sep, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102468
PMID:40669378
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学和多区域批量测序，对黑色素瘤脑转移瘤的肿瘤异质性进行深入分析 | 首次将空间转录组学与多区域批量外显子组、蛋白质组和转录组分析相结合，在患者个体水平上解析黑色素瘤脑转移的肿瘤异质性 | 样本量较小（仅4例患者样本），需要更大规模研究验证发现 | 深入分析黑色素瘤脑转移瘤的肿瘤异质性及其分子特征 | 黑色素瘤脑转移患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学, 批量外显子组测序, 蛋白质组分析, 转录组分析 | NA | 空间转录组数据, 外显子组数据, 蛋白质组数据, 转录组数据 | 4例黑色素瘤脑转移患者样本 | NA | 空间转录组学, 批量外显子组测序, 蛋白质组分析, 转录组分析 | NA | NA |
| 811 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals altered immune and stromal landscape in primary and liver metastasis of gastric cancer
2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102163
PMID:40727437
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析胃癌原发灶和肝转移灶中免疫和基质细胞的异质性 | 首次在单细胞水平系统比较胃癌原发灶与肝转移灶的肿瘤微环境差异 | 样本量有限（7例GC，2例NT，5例LM，3例HL），数据来源于公共数据库 | 识别与胃癌肝转移相关的基质细胞 | 胃癌组织、癌旁正常组织、肝转移灶和健康肝组织 | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序，RNA-Seq | NA | 单细胞RNA测序数据，RNA-Seq数据，临床数据 | 107,875个细胞（来自7例GC，2例NT，5例LM，3例HL样本），448个RNA-Seq文件 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 812 | 2025-10-06 |
Potential regulatory mechanism of overexpression of phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U on the glycolytic pathway in hepatocellular carcinoma
2025-Sep-05, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149603
PMID:40473062
|
研究论文 | 本研究探讨PIGU在肝细胞癌糖酵解通路中的潜在分子调控机制 | 首次综合运用多组学数据和CRISPR筛选技术揭示PIGU通过调控糖酵解关键步骤促进肝癌发展的新机制 | 研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证 | 探索PIGU在肝细胞癌糖酵解通路中的分子调控机制 | 肝细胞癌组织样本和SMMC-7721、Huh7细胞系 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | CRISPR基因编辑, 免疫组化, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 细胞功能实验 | NA | RNA测序数据, 蛋白质组数据, 单细胞测序数据, 实验数据 | 3773例HCC样本(RNA), 234例HCC样本(IHC和蛋白质组), 22861个HCC细胞(单细胞测序) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 微阵列, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 813 | 2025-10-06 |
Identification of inflammation-related biomarkers and therapeutic targets for neurogenic bladder fibrosis via multi-omics analysis
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110721
PMID:40618693
|
研究论文 | 通过多组学分析识别神经源性膀胱纤维化的炎症相关生物标志物和治疗靶点 | 首次通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，结合机器学习方法鉴定出HIF-1α等四个诊断标志物，并发现MEK抑制剂PD-0325901的治疗潜力 | 研究样本量有限，主要基于动物模型，临床验证需要进一步扩大 | 识别神经源性膀胱纤维化的诊断生物标志物并探索潜在治疗药物 | 神经源性膀胱纤维化大鼠模型和患者膀胱组织 | 生物信息学 | 神经源性膀胱疾病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,机器学习,分子对接 | 机器学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 814 | 2025-10-06 |
Leveraging machine learning and single-cell RNA sequencing strategies to develop a risk prognosis scoring based on liquid-liquid phase separation feature genes in pediatric hepatoblastoma
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110685
PMID:40618698
|
研究论文 | 本研究整合机器学习与单细胞RNA测序技术，基于液-液相分离特征基因开发了儿童肝母细胞瘤风险预后评分系统 | 首次系统分析液-液相分离在肝母细胞瘤中的作用，并建立了首个基于液-液相分离的肝母细胞瘤预后预测模型 | 研究依赖于公共数据库的RNA测序数据，需要进一步实验验证 | 开发基于液-液相分离特征基因的肝母细胞瘤风险预后评分系统 | 儿童肝母细胞瘤患者 | 机器学习 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, RNA-seq, 机器学习算法 | 随机森林, SVM-RFE, Lasso回归 | RNA测序数据 | 多个GEO数据集（GSE133039, GSE75271, GSE81928, GSE132037, GSE186975） | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 815 | 2025-10-06 |
PANoptosis-driven molecular stratification in esophageal squamous cell carcinoma: A multi-omics prognostic model and FGFR-Targeted therapeutic validation
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110688
PMID:40628169
|
研究论文 | 本研究基于PANoptosis构建了食管鳞状细胞癌的多组学预后模型，并验证了FGFR靶向治疗的疗效 | 首次基于PANoptosis构建ESCC预后模型，发现FGFR抑制剂可通过抑制EMT和调控MYC/E2F通路发挥治疗作用 | 模型验证队列有限，需要更多前瞻性研究验证临床适用性 | 阐明PANoptosis在ESCC预后和治疗中的作用机制 | 食管鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 食管癌 | 单变量Cox回归, LASSO Cox回归, 单细胞RNA测序, 基因集富集分析 | 预后风险模型 | 多组学数据, 微阵列数据, RNA-seq数据 | 多个队列的ESCC患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
| 816 | 2025-10-06 |
SpatialCVGAE: Consensus Clustering Improves Spatial Domain Identification of Spatial Transcriptomics Using VGAE
2025-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00676-1
PMID:39680300
|
研究论文 | 提出一种用于空间转录组数据分析的共识聚类框架SpatialCVGAE，通过整合多个变分图自编码器的聚类结果提高空间域识别的稳定性 | 首次将共识聚类方法与变分图自编码器相结合用于空间转录组数据，通过整合多个潜在表示的聚类结果提高模型稳定性 | 未明确说明方法在超大型数据集上的计算效率，也未与其他集成学习方法进行系统比较 | 解决空间转录组数据聚类分析中的不稳定性和噪声问题 | 空间转录组数据中的空间域识别 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | VGAE（变分图自编码器）, 共识聚类 | 空间转录组数据，基因表达矩阵，空间图数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 817 | 2025-10-06 |
Self-Supervised Graph Representation Learning for Single-Cell Classification
2025-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00700-y
PMID:40180773
|
研究论文 | 提出一种名为scSSGC的自监督图表示学习框架用于单细胞分类 | 采用多K-means聚类任务进行自监督预训练，并引入局部增强图神经网络解决细胞图中邻居较少节点的信息聚合问题 | 未明确说明模型在极大规模数据集上的计算效率 | 开发计算生物学方法用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN), 自监督学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 818 | 2025-10-06 |
ScAGCN: Graph Convolutional Network with Adaptive Aggregation Mechanism for scRNA-seq Data Dimensionality Reduction
2025-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00702-w
PMID:40281370
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据降维的自适应聚合图卷积网络方法 | 设计了基于节点分布和相似性箱线图的邻域选择策略，并通过定义邻域节点与中心节点的相似性度量优化了聚合函数 | NA | 解决单细胞RNA测序数据的大规模、高维度、高噪声和高稀疏性带来的分析挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图卷积网络(GCN) | 基因表达数据 | 15个真实单细胞RNA测序数据集，包括10个大规模数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 819 | 2025-10-06 |
POSTN is exclusively activated in cancer-associated fibroblasts and leads to unfavorable prognosis of patients with gastric cancer
2025-Sep, Molecular and clinical oncology
IF:1.4Q4
DOI:10.3892/mco.2025.2877
PMID:40692747
|
研究论文 | 本研究通过分析胃癌肿瘤微环境，发现POSTN在癌症相关成纤维细胞中特异性激活并与不良预后相关 | 首次揭示POSTN在胃癌CAFs中特异性高表达，并受YAP1/TEAD1共转录因子直接调控 | 研究主要基于公共数据库和免疫组化数据，需要进一步实验验证机制 | 探索胃癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的分子标志物及其在耐药性中的作用 | 胃癌患者肿瘤样本和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据,组织染色图像 | 内部队列胃癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 820 | 2025-10-06 |
Identification and validation of the pivotal role of MANF gene in pancreatic β-cell aging using bioinformatics
2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102106
PMID:40688493
|
研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定并验证MANF基因在胰腺β细胞衰老中的关键作用 | 首次确立MANF作为β细胞衰老过程中蛋白质稳态的守护者，为糖尿病治疗提供新靶点 | 研究主要基于动物模型和细胞实验，尚未进行人体临床试验 | 探索胰腺β细胞衰老的关键调控因子及其在糖尿病发病中的作用 | 食蟹猴、小鼠胰腺β细胞、MIN6细胞系 | 生物信息学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、微阵列分析、生物信息学整合分析 | NA | 基因表达数据 | 年轻和年老食蟹猴单细胞RNA-seq数据、年轻和年老小鼠胰腺β细胞微阵列数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |