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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 781 | 2025-09-06 | Cuproptosis-Related Gene FDX1 Induces Malignant Progression and Immune Suppression in Triple-Negative Breast Cancer 
          2025-Sep-05, Biochemical genetics
          
          IF:2.1Q3
          
         
          DOI:10.1007/s10528-025-11242-9
          PMID:40911146
         | 研究论文 | 本研究探讨铜死亡相关基因FDX1在三阴性乳腺癌中的促癌作用及免疫抑制机制 | 首次发现FDX1通过调控铜死亡途径促进TNBC恶性进展并抑制CD8 T细胞免疫应答 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,临床样本验证尚不充分 | 阐明FDX1基因在三阴性乳腺癌发生发展中的作用及免疫调控功能 | 三阴性乳腺癌细胞系、CD8 T细胞和小鼠模型 | 癌症生物学 | 三阴性乳腺癌 | scRNA-seq, qPCR, CCK-8, Transwell, CFSE, LDH, ELISA, IHC | NA | 基因表达数据、细胞功能实验数据 | 单细胞RNA测序数据集、体外培养细胞系及小鼠模型 | NA | NA | NA | NA | 
| 782 | 2025-09-06 | Spatial Transcriptomics Reveals Transcriptomic and Immune Microenvironment Reprogramming during Thyroid Carcinoma Dedifferentiation 
          2025-Sep-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
          
         
          DOI:10.1002/advs.202506925
          PMID:40908584
         | 研究论文 | 利用空间转录组学技术揭示甲状腺癌去分化过程中的转录组和免疫微环境重编程机制 | 首次通过空间转录组测序解析甲状腺癌去分化的时空动态过程,发现PDCD4和TYMP作为关键调控因子并揭示TYMP⁺TAMs在免疫抑制微环境形成中的作用 | 样本量较小(7例样本),需进一步扩大验证 | 阐明甲状腺癌从分化型向未分化型转变的分子机制 | 人甲状腺癌组织样本(包含ATC、PDTC和DTC共存区域) | 空间转录组学 | 甲状腺癌 | 空间转录组测序(spRNAseq), 全外显子测序, inferCNV分析 | 轨迹分析 | 空间转录组数据, 基因组数据 | 7例包含多类型癌区域的组织样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 783 | 2025-09-06 | ROS and Drp1-mediated mitochondrial fission contributes to the hyposalivation caused by Sjögren's disease 
          2025-Sep-04, Chinese medical journal
          
          IF:7.5Q1
          
         
          DOI:10.1097/CM9.0000000000003727
          PMID:40908878
         | 研究论文 | 本研究探讨了活性氧(ROS)和Drp1介导的线粒体分裂在干燥综合征(SjD)导致唾液分泌减少中的作用,并评估了靶向线粒体分裂的治疗潜力 | 首次通过单细胞测序揭示SjD下颌下腺氧化应激损伤机制,并证实Drp1及其Ser616位点在介导线粒体功能障碍中的关键作用,以及使用Mdivi-1导管内灌注改善唾液分泌的创新治疗方法 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床适用性尚需验证;治疗方法的长期安全性和有效性有待进一步评估 | 阐明ROS和线粒体动力学在干燥综合征相关唾液分泌减少中的作用,并探索靶向线粒体分裂的治疗效果 | 干燥综合征小鼠模型的下颌下腺组织和腺体上皮细胞 | NA | 干燥综合征 | 单细胞测序,线粒体功能评估,分子抑制剂治疗 | NA | 测序数据,生理指标数据,细胞功能数据 | 干燥综合征小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | NA | NA | NA | 
| 784 | 2025-10-06 | SARC028 Samples Reveal an Interplay between TGF-β, IFN Signaling, and Low HLA Class I Expression as Contributors to Ewing Sarcoma Checkpoint Blockade Resistance 
          2025-Sep-02, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
          
          IF:10.0Q1
          
         
          DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3882
          PMID:40627445
         | 研究论文 | 本研究通过分析SARC028临床试验中尤文肉瘤患者免疫治疗前后的配对活检样本,揭示了TGF-β信号增强、IFN信号减弱和HLA I类低表达共同导致免疫检查点抑制剂耐药的机制 | 首次在尤文肉瘤中通过空间多组学技术识别出与免疫治疗耐药相关的特定细胞邻域特征 | 样本量有限,仅基于SARC028临床试验的活检样本 | 探究尤文肉瘤对PD1抑制剂耐药的免疫微环境特征 | 尤文肉瘤患者治疗前后的配对肿瘤活检样本 | 数字病理 | 尤文肉瘤 | 多重免疫荧光、空间蛋白质组学、空间转录组学 | NA | 图像、蛋白质表达数据、基因表达数据 | SARC028临床试验中尤文肉瘤患者的配对活检样本 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 多重免疫荧光 | NA | NA | 
| 785 | 2025-09-06 | The transcriptional regulation of NUPR1 expression by MYC is implicated in the regulation of ferroptosis in human spermatogonial stem cells 
          2025-Sep-02, Cellular and molecular life sciences : CMLS
          
          IF:6.2Q1
          
         
          DOI:10.1007/s00018-025-05818-2
          PMID:40892246
         | 研究论文 | 本研究探讨NUPR1和MYC在人类精原干细胞铁死亡调控中的作用及其作为非梗阻性无精子症治疗靶点的潜力 | 首次揭示MYC通过直接结合NUPR1启动子调控其表达,从而影响精原干细胞铁死亡过程 | 研究主要基于体外细胞实验和测序数据分析,缺乏体内动物模型验证 | 阐明非梗阻性无精子症中铁死亡的分子调控机制 | 人类精原干细胞和非梗阻性无精子症患者睾丸组织 | 生殖医学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、染色质免疫沉淀(ChIP)、免疫荧光分析、环己酰亚胺追踪实验 | NA | 单细胞转录组数据、微阵列数据、基因表达数据 | 非梗阻性无精子症和梗阻性无精子症患者的睾丸组织样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 786 | 2025-09-06 | Skin Explorer: an interactive single-cell RNA-seq resource for healthy human skin 
          2025-Sep-02, The Journal of investigative dermatology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.jid.2025.08.025
          PMID:40907604
         | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 787 | 2025-10-06 | Multi-omics and Single Cell Sequencing Analyses Reveal Associations of Mitophagy-Related Genes Predicting Clinical Prognosis and Immune Infiltration Characteristics in Osteosarcoma 
          2025-Sep, Molecular biotechnology
          
          IF:2.4Q3
          
         
          DOI:10.1007/s12033-024-01280-w
          PMID:39264525
         | 研究论文 | 本研究通过多组学和单细胞测序分析,揭示了线粒体自噬相关基因与骨肉瘤临床预后及免疫浸润特征的关联 | 首次报道线粒体自噬在骨肉瘤中的作用,建立了基于线粒体自噬相关基因的新型预后评分系统,并通过单细胞测序探索了其在骨肉瘤细胞亚型中的分布特征 | 样本量相对有限(基于公共数据库),需要进一步实验验证 | 探索线粒体自噬相关基因在骨肉瘤预后预测和免疫浸润中的作用 | 骨肉瘤患者和骨肉瘤细胞 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞测序,多组学分析,LASSO-多变量Cox回归算法,体外实验 | LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据,临床预后数据,单细胞测序数据 | 基于TARGET和GEO数据库的骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | NA | 
| 788 | 2025-10-06 | Cancer-associated fibroblasts are associated with neo-adjuvant treatment response in oesophageal adenocarcinoma 
          2025-Sep, British journal of cancer
          
          IF:6.4Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41416-025-03080-8
          PMID:40640495
         | 研究论文 | 本研究探讨癌症相关成纤维细胞在食管腺癌新辅助治疗反应中的作用 | 首次在食管腺癌中系统分析新辅助治疗对肿瘤微环境中成纤维细胞的影响,并鉴定出三种肌成纤维细胞表型 | 样本量相对有限(26例患者),体外模型仅能部分重现体内观察到的表型 | 研究肿瘤微环境成分特别是癌症相关成纤维细胞在新辅助治疗反应中的作用机制 | 食管腺癌患者肿瘤组织和患者来源的细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 组织病理学分析 | 预后模型, 体外共培养模型 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 组织病理图像 | 26例食管腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 789 | 2025-09-06 | Pan-cancer analysis implicates novel insights of cholesterol biosynthesis into immunotherapy response prediction and survival prognostication 
          2025-Sep, Computers in biology and medicine
          
          IF:7.0Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110859
          PMID:40816003
         | 研究论文 | 通过泛癌分析揭示胆固醇生物合成与免疫治疗反应预测及生存预后的新关联 | 首次构建并验证了胆固醇生物合成相关特征(CB.SIG),并发现TNFRSF10B作为预测免疫治疗反应的泛癌生物标志物 | 基于公开数据集的分析,需进一步实验验证 | 探究胆固醇生物合成与免疫检查点抑制剂反应性的关系并开发预测模型 | 泛癌患者样本(包括非小细胞肺癌和乳腺癌细胞系) | 计算生物学 | 泛癌(多种癌症类型) | scRNA-seq, CRISPR筛选, 空间转录组学, 免疫组化 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 40个scRNA-seq数据集、30个TCGA泛癌队列、9个ICI转录组队列、17个CRISPR数据集 | NA | NA | NA | NA | 
| 790 | 2025-09-06 | SynchDP: A correlation based sequence alignment algorithm for synchronizing longitudinal clinical data 
          2025-Sep, Computers in biology and medicine
          
          IF:7.0Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110853
          PMID:40825256
         | 研究论文 | 提出一种基于相关性的动态规划算法SynchDP,用于对齐和同步不规则采样的临床时间序列数据 | 开发了能够处理不同长度和采样率的临床时间序列的新型对齐算法,并能从头组装代表性模式 | NA | 解决临床时间序列数据的对齐问题,以量化疾病进展相似性并发现生物标志物 | COVID-19患者的纵向严重程度数据 | 生物信息学 | COVID-19 | 动态规划算法,单细胞转录组分析 | 动态规划 | 临床时间序列数据,基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 791 | 2025-09-06 | Applications and prospects of spatial transcriptomics in prostate cancer research: A narrative review 
          2025-Sep, Current urology
          
          IF:0.9Q4
          
         
          DOI:10.1097/CU9.0000000000000288
          PMID:40894285
         | 综述 | 本文综述了空间转录组学在前列腺癌研究中的应用与前景,重点探讨其在肿瘤微环境、异质性和临床意义方面的价值 | 系统总结了空间转录组学在前列腺癌这一相对研究较少领域的应用潜力,并提出了未来研究方向 | 现有研究仍较为有限,需要更多实证数据支持 | 概述空间转录组学技术原理及其在前列腺癌研究中的应用现状和发展前景 | 前列腺癌肿瘤组织 | 数字病理 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 792 | 2025-09-06 | PDPN+ cancer-associated fibroblasts correlate with the neoadjuvant immunotherapy response in gastric cancer 
          2025-Sep, APL bioengineering
          
          IF:6.6Q1
          
         
          DOI:10.1063/5.0250475
          PMID:40895767
         | 研究论文 | 本研究探讨PDPN+癌症相关成纤维细胞(CAFs)与胃癌新辅助免疫治疗反应的相关性 | 首次鉴定PDPN作为CAFs亚群的标志物,并验证其与免疫治疗疗效的负相关性 | 样本来源限于特定临床试验和公共数据库,需进一步扩大验证 | 预测胃癌患者对新辅助免疫治疗的反应 | 胃癌患者组织样本和类器官模型 | 数字病理学 | 胃癌 | scRNA-seq, Western blot, 多重免疫组化/免疫荧光 | GC-PDOs(胃癌患者来源类器官) | 基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据 | 多个公共数据库(TCGA-STAD等)及临床试验NCT04208347的胃癌患者样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 793 | 2025-10-06 | MIG-6 Plays a Critical Role as a PGR Mediator in Maintaining Epithelial and Stromal Cells for Uterine Receptivity 
          2025-Sep-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
          
          IF:4.4Q2
          
         
          DOI:10.1096/fj.202501455R
          PMID:40905903
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了MIG-6作为孕酮受体关键介质在维持子宫容受性中的细胞特异性作用机制 | 首次在单细胞分辨率下揭示MIG-6缺陷对子宫内膜上皮和基质细胞基因表达的特异性影响,并发现LRP2在子宫内膜异位症不孕患者中的表达异常 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究MIG-6缺陷如何破坏子宫细胞群体特异性功能从而导致子宫内膜容受性异常 | 子宫特异性Mig-6基因敲除小鼠的子宫内膜细胞 | 单细胞基因组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | Mig-6基因敲除小鼠和对照小鼠的子宫内膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 794 | 2025-10-06 | Vascular Normalization Augments the Antitumor Efficacy of Combined HDAC Inhibitor with Immunotherapy in Solid Tumors 
          2025-Sep-04, Cancer discovery
          
          IF:29.7Q1
          
         
          DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1033
          PMID:40452600
         | 研究论文 | 本研究揭示了组蛋白去乙酰化酶抑制剂联合抗血管生成治疗可增强免疫疗法在实体瘤中的抗肿瘤疗效 | 首次发现HDAC抑制剂通过增强CD8+T细胞染色质可及性提升其抗肿瘤能力,但同时会诱导巨噬细胞产生VEGFA导致血管异常化,提出三联疗法克服此限制 | 研究样本量有限,需要更大规模的临床试验验证 | 探索优化实体瘤免疫治疗的联合用药策略 | 实体瘤患者样本和免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 实体瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 患者样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 795 | 2025-10-06 | A multiomic analysis of Waldenström macroglobulinemia defines distinct disease subtypes 
          2025-Sep-04, Blood
          
          IF:21.0Q1
          
         
          DOI:10.1182/blood.2024028164
          PMID:40332467
         | 研究论文 | 通过对华氏巨球蛋白血症进行单细胞多组学分析,定义了两种不同的疾病亚型 | 首次通过单细胞多组学技术识别出华氏巨球蛋白血症的两种分子亚型,并揭示了其不同的分化能力和分子特征 | 研究样本数量有限,需要更大规模的研究验证亚型分类的普适性 | 解析华氏巨球蛋白血症的分子异质性并定义疾病亚型 | MYD88突变的华氏巨球蛋白血症患者 | 单细胞多组学 | 华氏巨球蛋白血症 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,全基因组测序,批量RNA测序 | 伪时间轨迹分析,层次聚类 | 单细胞转录组数据,染色质可及性数据,基因组数据 | 一系列MYD88突变WM患者及第二组验证患者 | NA | 单细胞多组学,单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,全基因组测序,批量RNA测序 | NA | NA | 
| 796 | 2025-10-06 | Spatial Transcriptomics of Developing Wheat Seed Reveals Concentric Gene Expression Zones and Subgenome Biased Expression of Key Genes 
          2025-Sep-04, Plant biotechnology journal
          
          IF:10.1Q1
          
         
          DOI:10.1111/pbi.70351
          PMID:40904198
         | 研究论文 | 本研究利用空间转录组技术揭示了小麦发育种子中基因表达的空间组织模式 | 首次在小麦种子发育关键期实现亚细胞分辨率的空间转录组分析,发现胚乳中四个同心圆状基因表达区域,并识别出亚基因组偏向表达的关键基因 | 研究仅针对14 DPA(花后天数)的小麦种子,未覆盖整个种子发育过程 | 探索小麦发育种子中基因表达的空间组织模式及其功能意义 | 小麦(Triticum aestivum)发育中的种子 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 超过4,000,000个空间分辨的转录本 | STOmics | 空间转录组学 | STOmics空间转录组平台 | STOmics空间转录组平台 | 
| 797 | 2025-10-06 | CHIP ahoy: charting a decade of discovery in clonal hematopoiesis 
          2025-Sep-04, Haematologica
          
          IF:8.2Q1
          
         
          DOI:10.3324/haematol.2023.283896
          PMID:40905074
         | 综述 | 回顾克隆性造血领域十年来的研究进展,涵盖检测技术、驱动基因、临床意义及治疗策略 | 系统总结单细胞测序和计算模型在检测低频变异方面的突破,揭示遗传与获得性因素的复杂相互作用 | 不同测序方法在准确性、成本和低频变异检测能力方面存在差异 | 探索克隆性造血的生物学机制、临床意义及精准治疗策略 | 造血干细胞及其年龄相关突变 | 血液病学 | 髓系恶性肿瘤 | 下一代测序, 单细胞测序, 计算建模 | 风险分层模型 | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 798 | 2025-10-06 | Decoding Xylem Development in Flowering Plants: Insights From Single-Cell Transcriptomics 
          2025-Sep-04, Plant, cell & environment
          
         
          DOI:10.1111/pce.70169
          PMID:40905378
         | 综述 | 本文总结了单细胞转录组测序技术在解码开花植物木质部发育中的应用进展 | 整合原位转录组分析技术以提供更准确的细胞类型注释,并支持当前最佳的木质部发育谱系工作模型 | 存在跨研究比较的技术挑战,包括生物信息学流程不一致、原生质体效率变异和可能错误注释的标记基因使用 | 研究开花植物木质部发育过程 | 单子叶植物和双子叶植物的初生和次生木质部 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 激光显微切割 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 799 | 2025-10-06 | Plasma metabolites, metabolic risk score and colorectal cancer risk: a prospective cohort study 
          2025-Sep-04, European journal of epidemiology
          
          IF:7.7Q1
          
         
          DOI:10.1007/s10654-025-01284-z
          PMID:40906027
         | 研究论文 | 通过前瞻性队列研究探讨血浆代谢物、代谢风险评分与结直肠癌风险的关联 | 首次联合分析代谢风险评分与生活方式因素对结直肠癌风险的交互作用,并利用单细胞RNA测序识别结直肠癌进展中的代谢相关基因和通路 | 观察性研究设计无法确定因果关系,研究人群仅限于英国生物银行参与者 | 评估代谢物、代谢风险评分与结直肠癌风险的关联及其与生活方式因素的联合效应 | 英国生物银行中的82,514名参与者 | 生物医学研究 | 结直肠癌 | LASSO-COX, 随机森林, Cox回归, 单细胞RNA测序 | COX回归模型, 随机森林 | 血浆代谢物数据, 临床数据, 单细胞RNA测序数据 | 82,514名参与者,其中1,151例结直肠癌病例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 800 | 2025-10-06 | HLA-A*02:01 Presents Penicillin-Modified Cysteinylated Peptides for T Cell Recognition 
          2025-Sep-04, Allergy
          
          IF:12.6Q1
          
         
          DOI:10.1111/all.70025
          PMID:40906332
         | 研究论文 | 本研究揭示了HLA-A*02:01呈递青霉素修饰的半胱氨酸化肽段激活T细胞的分子机制 | 首次发现青霉素优先修饰HLA-A*02:01免疫肽组中的半胱氨酸残基,并通过二硫键介导的肽段修饰机制激活T细胞 | 研究仅针对单一HLA等位基因和单个过敏患者,样本规模有限 | 阐明β-内酰胺抗生素引发T细胞介导过敏反应的分子机制 | 青霉素修饰的HLA肽段复合物和药物特异性T细胞受体 | 免疫学 | 药物过敏反应 | 免疫肽组学、单细胞测序、报告细胞系检测 | NA | 蛋白质组数据、单细胞测序数据 | 1例青霉素过敏患者 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |