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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-11-02 |
Integrating UHPLC-QE-MS and Bioinformatics with Experimental Validation Reveals MAPK/FOS-Mediated Podocyte Apoptosis as the Key Mechanism of Alpiniae oxyphyllae and Saposhnikovia divaricata in Treating Diabetic Kidney Disease
2025-Sep-27, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18101449
PMID:41155564
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研究论文 | 本研究通过整合UHPLC-QE-MS、生物信息学和实验验证,揭示了益智和防风通过抑制MAPK/FOS通路减轻糖尿病肾病的机制 | 首次系统鉴定益智和防风中39种化合物,发现4种关键黄酮类成分通过MAPK/FOS通路调控足细胞凋亡的新机制 | 研究主要基于动物实验和生物信息学分析,尚未进行临床验证 | 阐明益智和防风治疗糖尿病肾病的活性成分和作用机制 | 糖尿病肾病小鼠模型和足细胞 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | UHPLC-QE-MS, 分子对接, 单细胞测序, 生物信息学分析 | NA | 质谱数据, 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | GEO数据集GSE30529和动物实验样本 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱分析 | NA | NA |
| 62 | 2025-11-02 |
Spotlight on FAM72B: Pan-Cancer Expression Profiles and Its Potential as a Prognostic and Immunotherapeutic Biomarker
2025-Sep-26, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16101140
PMID:41153357
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法系统分析了FAM72B基因在泛癌中的表达谱及其作为预后和免疫治疗生物标志物的潜力 | 首次系统揭示FAM72B在泛癌中的表达特征及其与肿瘤免疫微环境的关联,提出其作为新型免疫治疗生物标志物的潜力 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;FAM72B的具体功能机制尚未完全阐明 | 系统研究FAM72B在泛癌中的表达特征及其在肿瘤免疫微环境中的作用 | FAM72B基因及其在多种癌症类型中的表达和功能 | 生物信息学 | 泛癌 | 生物信息学分析,单细胞测序 | NA | 基因组数据,转录组数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2025-11-02 |
[Single-cell transcriptomic analysis reveals immune dysregula-tion and macrophage reprogramming in diabetic foot ulcers]
2025-Sep-25, Zhejiang da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Zhejiang University. Medical sciences
DOI:10.3724/zdxbyxb-2025-0464
PMID:41025297
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示糖尿病足溃疡中免疫失调和巨噬细胞重编程机制 | 首次建立糖尿病足溃疡的单细胞图谱,揭示巨噬细胞通过COMPLEMENT和SPP1通路在炎症微环境中的核心作用 | 样本量有限,仅分析了DFU患者和非DFU对照组的皮肤组织 | 阐明糖尿病足溃疡中巨噬细胞介导的炎症和组织损伤的潜在机制 | 糖尿病足溃疡患者的皮肤组织样本 | 单细胞转录组学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序 | Seurat聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 79,272个高质量细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2025-11-01 |
Kell and Kx blood group systems: an update
2025-Sep-01, Immunohematology
|
综述 | 更新自2015年以来Kell和Kx血型系统的最新研究进展,包括新发现的抗原、等位基因及其与红细胞膜稳定性的关系 | 首次报道婴儿McLeod综合征诊断,发现大量新抗原和等位基因(截至2025年Kell系统已有38种抗原),强调分子诊断在解决血清学模糊性和神经退行性疾病诊断中的作用 | NA | 总结Kell和Kx血型系统的最新研究进展和临床应用 | Kell和Kx血型系统的抗原、等位基因及其与红细胞膜稳定性和疾病的关系 | NA | 血液系统疾病 | 单细胞测序、多组学分析、基因编辑、细胞治疗 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 65 | 2025-10-31 |
Identification of shared pathogenetic mechanisms between endometriosis and RSA based on comprehensive bioinformatics analysis
2025-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03596-1
PMID:40705269
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研究论文 | 通过生物信息学分析识别子宫内膜异位症和复发性自然流产之间的共享分子机制和关键基因 | 首次发现FXYD1作为连接子宫内膜异位症和复发性自然流产的关键枢纽基因,并通过单细胞RNA测序验证其在基质细胞和蜕膜细胞中的表达 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证功能机制 | 探索子宫内膜异位症和复发性自然流产之间的共享分子机制 | 子宫内膜异位症和复发性自然流产患者样本 | 生物信息学 | 妇科疾病 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,WGCNA,功能富集分析 | 差异表达基因分析,共表达网络分析 | 基因表达数据 | GSE7305和GSE165004数据集 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2025-10-31 |
Identification of m5C-related genes and subclusters in recurrent pregnancy loss
2025-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03580-9
PMID:40751792
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研究论文 | 通过生物信息学方法鉴定复发性流产中m5C相关基因及其亚群 | 首次将复发性流产患者分为两个不同亚群,并分析其免疫微环境差异 | 样本量较小(48例子宫内膜组织样本) | 阐明m5C相关基因与复发性流产发病机制的关系 | 复发性流产患者的子宫内膜组织 | 生物信息学 | 复发性流产 | 机器学习,单细胞RNA测序,基因集富集分析 | 机器学习模型,列线图 | 基因表达数据 | 48例子宫内膜组织样本(24例RPL样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2025-10-30 |
Identifying senescent cells as prognostic biomarkers and therapeutic targets of nasopharyngeal carcinoma by integrated analysis of single-cell and bulk-RNA sequencing data
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-659
PMID:41158214
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研究论文 | 通过整合分析单细胞和bulk-RNA测序数据,识别鼻咽癌中的衰老细胞作为预后生物标志物和治疗靶点 | 首次在单细胞水平表征鼻咽癌中的衰老细胞,发现衰老上皮C3细胞和SPP1+巨噬细胞与肿瘤进展相关 | 样本量较小(15例初治患者和1例慢性鼻咽炎患者) | 阐明鼻咽癌中衰老细胞的表型特征及其在肿瘤发生中的作用 | 鼻咽癌患者组织样本 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,bulk RNA测序数据 | 16例患者(15例初治鼻咽癌,1例慢性鼻咽炎) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-30 |
APOA2 mediates immune therapy tolerance in hepatocellular carcinoma by inhibiting the antigen-presenting function of dendritic cells through the PPAR signaling pathway
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-321
PMID:41158225
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据,揭示了APOA2通过PPAR信号通路抑制树突状细胞抗原呈递功能,从而介导肝细胞癌免疫治疗耐受的机制 | 首次发现APOA2通过PPAR信号通路抑制树突状细胞抗原呈递功能,阐明了肝细胞癌免疫治疗耐受的新机制 | 研究样本量有限,机制验证主要依赖生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探究肝细胞癌对联合靶向治疗和免疫治疗产生耐受的分子机制 | 接受卡博替尼-纳武利尤单抗治疗的肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | RCTD算法, hdWGCNA, ISCHIA算法, Misty框架, CellChat | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2025-10-30 |
Integration analysis of single-cell transcriptome reveals SPP1+ and TFF3+ macrophage subsets contributing to the brain metastasis from lung cancer
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2024-2489
PMID:41158243
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了SPP1+和TFF3+巨噬细胞亚群在肺癌脑转移中的作用机制 | 首次发现SPP1+和TFF3+巨噬细胞亚群在肺癌脑转移组织中显著上调,并揭示了其促进肿瘤进展的潜在分子机制 | 研究基于公共数据库数据,缺乏实验验证;样本来源和数量未明确说明 | 探究肺癌脑转移中肿瘤相关巨噬细胞亚群的异质性及其作用机制 | 肺癌脑转移组织中的巨噬细胞亚群 | 单细胞转录组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2025-10-30 |
Demystifying programmed cell death in lung adenocarcinoma: combined prognostic model construction
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-309
PMID:41158258
|
研究论文 | 本研究构建了基于程序性细胞死亡基因的肺腺癌联合预后模型 | 首次结合坏死性凋亡和焦亡基因构建联合预后模型,并识别PKP2和AHSA1作为关键预后生物标志物 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 开发肺腺癌预后模型以改善风险分层和识别治疗靶点 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | LASSO回归,多变量Cox回归,机器学习,单细胞RNA测序 | LASSO回归模型,联合预后模型,机器学习模型 | 基因表达数据 | TCGA和8个GEO数据集 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-10-30 |
Development and validation of a lipid metabolism-related prognostic model for gastric adenocarcinoma
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1540
PMID:41158277
|
研究论文 | 开发并验证了一个基于脂质代谢的胃腺癌预后模型 | 首次构建了胃腺癌脂质代谢相关预后特征模型,揭示了其与肿瘤微环境和免疫治疗反应的关系 | 需要整合单细胞测序和多中心临床数据来提升模型适用性 | 构建胃腺癌脂质代谢相关预后模型并评估其临床相关性 | 胃腺癌患者 | 生物信息学 | 胃腺癌 | LASSO回归分析,Cox回归分析,功能富集分析,肿瘤突变负荷分析 | 预后特征模型 | 基因表达数据,临床数据 | 来自TCGA数据库的胃腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2025-10-30 |
Integrative analysis of programmed cell death pathways reveals prognostic biomarkers and immune infiltration signatures in coronary artery disease
2025-Sep-30, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-2024-2283
PMID:41158406
|
研究论文 | 通过整合基因表达数据和机器学习方法,系统分析程序性细胞死亡通路在冠状动脉疾病中的作用并识别预后生物标志物 | 首次将多种程序性细胞死亡通路整合分析,开发了PCDscore预后评分系统,并结合单细胞RNA测序数据提供新见解 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 阐明程序性细胞死亡通路在冠状动脉疾病中的预后价值并识别关键生物标志物 | 冠状动脉疾病患者基因表达数据和免疫细胞浸润特征 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 基因表达分析,单样本基因集富集分析,单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的冠状动脉疾病样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 73 | 2025-10-29 |
Neoplastic immune mimicry potentiates breast tumor progression
2025-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.17.633673
PMID:39896558
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研究论文 | 本研究揭示了乳腺癌细胞通过表达白细胞表面受体蛋白进行免疫拟态,从而促进肿瘤进展的新机制 | 首次发现乳腺癌细胞能够表达典型白细胞表面受体蛋白,并将此细胞程序命名为“免疫拟态” | 需要在更多乳腺癌队列中验证其预后价值,并评估与远端转移、生存率和治疗反应的相关性 | 探究乳腺癌细胞免疫拟态现象及其在肿瘤进展中的作用 | 人类乳腺癌单细胞RNA-seq数据集、组织病理标本、乳腺癌细胞系、小鼠转基因和细胞系来源的乳腺肿瘤模型 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据、组织病理图像 | 公共人类乳腺癌单细胞RNA-seq数据集、乳腺癌细胞系、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2025-10-29 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Granzyme K+ CD8+ T Cells as a Target for Mitigating Plaque Instability Following Radiation
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.040632
PMID:40913272
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了颗粒酶K+ CD8+ T细胞在放疗后斑块不稳定性中的关键作用 | 首次发现颗粒酶K+ CD8+ T细胞亚群在放疗诱导的动脉粥样硬化病变进展中的致病功能,并确定GZMB作为放射性心血管损伤的介质 | 研究基于动物模型(兔和小鼠),结果需要在人体中进一步验证 | 探究放疗诱导斑块不稳定性的机制及影像学特征变化 | 兔颈动脉斑块模型和ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化病变 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,光学相干断层扫描-血管内超声双模成像,生物信息学分析,病理染色,流式细胞术,基因敲除,抗体清除 | NA | 单细胞转录组数据,影像数据 | 兔模型和小鼠模型(ApoE-/-小鼠在未照射、早期照射和晚期照射三个阶段) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2025-10-29 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Dynamic Cell Populations and Immune Infiltration in Moyamoya Disease
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.041168
PMID:40913267
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了烟雾病病理动脉中的细胞组成和免疫浸润动态 | 首次构建烟雾病浅表颞动脉的单细胞转录组图谱,发现自然杀伤T细胞在促进血管细胞增殖和迁移中的关键作用 | 样本量较小(2例患者和3例对照),仅使用浅表颞动脉样本 | 全面绘制烟雾病病理动脉的细胞组成和分子改变 | 烟雾病患者和健康对照者的浅表颞动脉样本 | 单细胞生物学 | 烟雾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5个样本(2例患者,3例对照),共26,371个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 76 | 2025-10-29 |
Single-Cell Transcriptomics of Human Pericarotid Lymph Nodes Indicating Stability of Carotid Atherosclerotic Plaques
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.039777
PMID:40932121
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析探索颈动脉周围淋巴结与动脉粥样硬化斑块稳定性之间的关系 | 首次在单细胞水平揭示颈动脉周围淋巴结与动脉粥样硬化斑块稳定性的关联,并发现淋巴结肿大可作为斑块不稳定的潜在生物标志物 | 样本仅来自严重颈动脉狭窄患者,结果可能不适用于早期或轻度病例 | 研究淋巴结功能与动脉粥样硬化的关系,特别关注斑块稳定性 | 106例接受颈动脉内膜切除术的严重颈内动脉狭窄患者及其颈动脉周围淋巴结 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序,T/B细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 106例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2025-10-28 |
EpiFoundation: A Foundation Model for Single-Cell ATAC-seq via Peak-to-Gene Alignment
2025-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636688
PMID:39975086
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研究论文 | 本文提出了首个专门针对单细胞ATAC-seq数据的预训练基础模型EpiFoundation,通过峰值到基因对齐解决数据稀疏性问题 | 开发了创新的跨模态预训练方法,专门处理非零峰值集以提高信息密度,并利用基因表达信息监督预训练过程 | NA | 开发专门针对单细胞ATAC-seq数据的基础模型,解决高维稀疏数据的表示学习问题 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞表示学习 | 机器学习 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | 基础模型 | 表观基因组数据, 基因表达数据 | 超过100,000个单细胞,包含配对的scRNA-seq和scATAC-seq数据 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 78 | 2025-10-28 |
Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals unique transcription patterns, immune responses and early morphological alterations
2025-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.29.635571
PMID:39975088
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研究论文 | 通过人源化小鼠模型研究HIV和结核分枝杆菌共感染的早期空间转录组特征 | 首次在HIV和结核分枝杆菌共感染模型中应用空间转录组技术揭示早期免疫细胞浸润模式和转录特征 | 研究仅观察感染后三周的早期变化,未涵盖疾病全程发展 | 理解HIV和结核分枝杆菌共感染早期免疫细胞浸润的表型和功能变化 | 人源化小鼠模型的肺组织 | 空间转录组学 | HIV和结核分枝杆菌共感染 | 空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | 人源化小鼠感染模型(单感染和共感染组) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 79 | 2025-10-28 |
STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging
2025-Sep-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027
PMID:40532697
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研究论文 | 开发了一种名为STAMP的新型单细胞分析方法,通过成像平台实现转录组和蛋白质组的多模态分析 | 通过成像而非测序进行单细胞分析,消除了测序成本,支持RNA、蛋白质和H&E的多模态分析,同时保留细胞结构和形态 | NA | 克服单细胞RNA测序在可扩展性、高成本和细胞破坏方面的限制 | 外周血单核细胞、细胞系和干细胞 | 数字病理学 | NA | 转录组成像、蛋白质组成像、多模态分析 | NA | 图像、转录组数据、蛋白质组数据 | 10,962,092个高质量细胞/细胞核和6,030,429,954个转录本 | NA | 单细胞RNA-seq、蛋白质组学、空间转录组学 | NA | 成像平台,支持多模态(RNA、蛋白质和H&E)分析 |
| 80 | 2025-10-26 |
TYK2 Promotes Immunosurveillance of Colorectal Cancer Liver Metastasis
2025-Sep-24, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4224
PMID:40991399
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研究论文 | 本研究通过小鼠结直肠癌类器官移植模型发现TYK2通过树突状细胞依赖的机制控制结直肠癌肝转移的免疫监视 | 首次揭示TYK2通过树突状细胞依赖的MHC-I抗原交叉呈递机制调控结直肠癌肝转移免疫监视 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚不充分 | 探索结直肠癌肝转移免疫监视的调控机制 | 结直肠癌肝转移小鼠模型和免疫细胞亚群 | 癌症免疫学 | 结直肠癌肝转移 | 单细胞RNA测序,类器官移植模型 | NA | 基因表达数据,实验观察数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |