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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 761 | 2025-09-07 | Comment on "Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network pharmacology" 
          2025-Sep-06, Urolithiasis
          
          IF:2.0Q2
          
         
          DOI:10.1007/s00240-025-01839-5
          PMID:40913665
         | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 762 | 2025-10-06 | Systemic comparison of molecular characteristics in different skin fibroblast senescent models 
          2025-Sep-05, Chinese medical journal
          
          IF:7.5Q1
          
         
          DOI:10.1097/CM9.0000000000003312
          PMID:39329281
         | 研究论文 | 系统比较不同皮肤成纤维细胞衰老模型的分子特征 | 首次系统比较四种不同诱导方式(UVB照射、D-半乳糖刺激、阿扎那韦处理、复制衰竭诱导)产生的皮肤成纤维细胞衰老模型与天然衰老细胞的转录组特征差异 | 研究仅关注转录组水平特征,未涉及蛋白质组或表观遗传学层面的验证 | 比较不同衰老模型与天然衰老皮肤成纤维细胞的分子特征差异 | 人类皮肤原代成纤维细胞(来自儿童和老年人)及四种衰老模型细胞 | 细胞生物学 | 皮肤衰老相关疾病 | 流式细胞术、免疫荧光染色、实时定量PCR、免疫细胞共培养、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、转录组数据 | 儿童和老年人皮肤成纤维细胞样本及四种衰老模型 | NA | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 763 | 2025-10-06 | What makes the human brain special - from cellular function to clinical translation 
          2025-Sep-05, Journal of neurophysiology
          
          IF:2.1Q3
          
         
          DOI:10.1152/jn.00120.2025
          PMID:40912899
         | 综述 | 本文综述了人类大脑在神经元、胶质细胞和皮层回路方面的物种特异性差异及其临床转化研究 | 整合多模态研究方法系统阐述人类大脑从分子表达到系统水平的独特性,并关注动物研究向临床转化的挑战 | NA | 探索人类大脑相较于其他物种的特殊性及其临床转化潜力 | 人类脑组织样本中的神经元、胶质细胞和皮层回路 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞记录、网络记录、单细胞转录组学、形态学分析 | NA | 转录组数据、形态学数据、电生理数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 764 | 2025-10-06 | Combination antiretroviral therapy and MCL-1 inhibition mitigate HTLV-1 infection in vivo 
          2025-Sep-04, Cell
          
          IF:45.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.cell.2025.06.023
          PMID:40645177
         | 研究论文 | 本研究通过建立人源化小鼠模型,评估联合抗逆转录病毒疗法与MCL-1抑制剂对HTLV-1c感染的预防和治疗效果 | 首次发现HTLV-1c感染导致细胞内在凋亡失调,并证明MCL-1特异性抑制剂(而非其他BCL-2家族蛋白抑制剂)能有效清除HTLV-1c感染细胞 | 研究基于人源化小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 开发针对HTLV-1c感染的有效预防和治疗策略 | 人源化小鼠模型和HTLV-1c感染细胞 | 传染病学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序, 细胞内流式细胞术 | 人源化小鼠模型 | 基因表达数据, 流式细胞数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA | 
| 765 | 2025-10-06 | Bone marrow immune remodeling in depression: TNF/NF-κB mediated leukocyte redistribution and construction of an interpretable predictive model 
          2025-Sep-04, International immunopharmacology
          
          IF:4.8Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.intimp.2025.115487
          PMID:40911995
         | 研究论文 | 本研究通过建立心理应激小鼠模型,系统研究了应激诱导的免疫失调机制,并构建了基于外周血参数的抑郁症预测模型 | 揭示了TNF/NF-κB通路介导的骨髓免疫重塑在应激诱导抑郁症中的调控作用,并构建了可解释的机器学习预测模型 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需要进一步验证 | 探索抑郁症的神经免疫相互作用机制并开发临床诊断生物标志物 | 心理应激小鼠模型 | 机器学习 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序,蛋白质相互作用网络,机器学习,SHAP分析 | 随机森林(RF) | 血液细胞参数,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 心理应激小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 766 | 2025-10-06 | Essential role of CD56dimNKG2C+ NK cells trained by SARS-CoV-2 vaccines in protecting against COVID-19 
          2025-Sep-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
          
          IF:12.1Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.031
          PMID:40450518
         | 研究论文 | 本研究揭示了SARS-CoV-2灭活疫苗通过训练CD56dimNKG2C+ NK细胞与巨噬细胞协同作用在预防COVID-19中的关键机制 | 首次发现疫苗训练的特定NK细胞亚群(CD56dimNKG2C+)与M2样巨噬细胞在肺部保护中的协同作用,并揭示老年人群接种后这些适应性细胞缺失的现象 | 研究主要使用恒河猴模型,人类样本验证有限;老年人群样本特征需进一步扩大验证 | 评估SARS-CoV-2疫苗在先天免疫层面的保护机制 | 恒河猴模型和人类外周血单个核细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,飞行时间质谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 恒河猴模型和人类参与者(包括年轻和老年群体) | NA | 单细胞RNA-seq,质谱流式细胞术 | NA | NA | 
| 767 | 2025-10-06 | Recognition of molecular clusters and a novel prognostic signature based on natural killer cell-related genes in skin cutaneous melanoma 
          2025-Sep-03, World journal of surgical oncology
          
          IF:2.5Q1
          
         
          DOI:10.1186/s12957-025-03975-z
          PMID:40903770
         | 研究论文 | 基于自然杀伤细胞相关基因识别皮肤黑色素瘤的分子亚型并构建新型预后特征 | 首次基于NK细胞相关基因对皮肤黑色素瘤进行分子分型,并构建了12基因预后特征 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发皮肤黑色素瘤的预后预测模型和治疗靶点 | 皮肤黑色素瘤患者样本 | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 实时定量PCR, 体细胞突变分析 | 多机器学习算法组合, Cox回归分析 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自TCGA、GEO、GTEx等公共数据库的皮肤黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA | 
| 768 | 2025-10-06 | NUTM2A-AS1 as a potential key regulator in cancer: unraveling its ceRNA networks and impact on tumor biology 
          2025-Sep-03, European journal of medical research
          
          IF:2.8Q2
          
         
          DOI:10.1186/s40001-025-03019-y
          PMID:40903777
         | 综述 | 本文全面综述了长链非编码RNA NUTM2A-AS1在多种癌症中的ceRNA调控网络及其对肿瘤生物学的影响 | 系统揭示了NUTM2A-AS1作为ceRNA通过不同miRNA-mRNA轴在多种癌症中的调控机制,并首次整合其在八种不同癌症类型中的功能 | 主要基于现有文献综述,缺乏原创性实验验证和临床数据支持 | 阐明NUTM2A-AS1在癌症发生发展中的调控机制及其临床转化潜力 | NUTM2A-AS1长链非编码RNA及其在多种癌症中的ceRNA网络 | 生物信息学 | 多种癌症 | 生物信息学分析,CRISPR,单细胞RNA测序 | NA | 文献数据,表达谱数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 769 | 2025-10-06 | Establishment of Drosophila intestinal cell lines as tools for multiomic screening and deciphering intestinal biology 
          2025-Sep-02, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-17336-z
          PMID:40897748
         | 研究论文 | 本研究首次建立了果蝇肠道细胞系,为肠道生物学研究提供了新工具 | 首次成功建立果蝇肠道来源的细胞系,填补了该领域长期缺乏细胞系资源的空白 | NA | 建立果蝇肠道细胞系作为多组学筛选工具并解析肠道生物学 | 果蝇肠道细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3个细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 770 | 2025-10-06 | Single cell RNA seq reveals the pro-regenerative phenotype of thrombospondin-2 deficient dermal fibroblasts 
          2025-Sep-02, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-15839-3
          PMID:40897801
         | 研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示血小板反应蛋白-2缺陷型真皮成纤维细胞具有促再生表型 | 首次在单细胞水平揭示TSP2缺陷导致真皮成纤维细胞异质性改变,发现Sox10+多能祖细胞富集和纤维化亚群减少 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需验证 | 探究TSP2缺陷对真皮成纤维细胞异质性和组织修复能力的影响 | 野生型和TSP2敲除小鼠皮肤成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 组织修复与再生 | 单细胞RNA测序, 免疫染色, 计算机模拟分析 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | WT和TSP2 KO小鼠皮肤成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 771 | 2025-10-06 | Spatial transcriptomics of retinoblastoma: a visual window on intra-patient heterogeneity 
          2025-Sep-02, BMC cancer
          
          IF:3.4Q2
          
         
          DOI:10.1186/s12885-025-14814-5
          PMID:40898088
         | 研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析视网膜母细胞瘤的组织学异质性,首次实现相邻分子亚型的空间定位 | 首次在视网膜母细胞瘤中实现分子亚型1和2的相邻空间定位,揭示组织学特征与分子谱的强相关性 | 仅分析单个病例样本,样本量有限,需要更多病例验证 | 探索视网膜母细胞瘤的组织学异质性与分子亚型的关系 | 视网膜母细胞瘤患者眼球切除标本中的不同分化区域 | 空间转录组学 | 视网膜母细胞瘤 | 空间转录组学,免疫组织化学 | 聚类分析 | 空间转录组数据,组织图像 | 1例原发性视网膜母细胞瘤病例,16个感兴趣区域 | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 772 | 2025-10-06 | A single-cell transcriptome atlas of pig skin reveals cellular heterogeneity from embryonic development to postnatal aging 
          2025-Sep-02, BMC biology
          
          IF:4.4Q1
          
         
          DOI:10.1186/s12915-025-02390-w
          PMID:40898171
         | 研究论文 | 构建了涵盖10个发育阶段的猪皮肤单细胞转录组图谱,揭示了从胚胎发育到出生后衰老的细胞异质性变化 | 首次在猪皮肤中构建从胚胎期到老年期的完整单细胞图谱,发现新型AUTS2⁺成纤维细胞亚型及其神经调节功能 | 研究主要基于猪模型,人类直接适用性需要进一步验证 | 解析皮肤从胚胎发育到衰老过程中的细胞动态变化和分子机制 | 荣昌猪皮肤组织 | 单细胞组学 | 皮肤衰老 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析,跨物种比较分析 | 单细胞转录组数据 | 443,529个细胞,涵盖胚胎第56天至出生后7年共10个发育阶段 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 773 | 2025-10-06 | Mapping T cell dynamics to molecular profiles through behavior-guided transcriptomics 
          2025-Sep, Nature protocols
          
          IF:13.1Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41596-024-01126-4
          PMID:39930061
         | 研究论文 | 开发了一种将T细胞活体成像数据与单细胞转录组学整合的方法,用于分析动态T细胞行为相关的基因程序 | 将BEHAV3D活体成像平台与单细胞RNA测序相结合,创建了行为引导转录组学(BGT)方法,能够关联T细胞动态行为与分子特征 | 需要使用者具备基本的细胞培养、成像和编程技能,实验周期较长(一个月) | 开发整合T细胞动态行为与转录组分析的方法,识别功能性T细胞的生物标志物 | 患者来源的肿瘤类器官(PDO)与工程化T细胞的共培养体系 | 单细胞分析 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 活体成像, 荧光激活细胞分选 | BEHAV3D平台, 计算机模拟 | 图像数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 活体成像 | NA | BEHAV3D三维活体成像平台 | 
| 774 | 2025-10-06 | Single-cell transcriptome analysis profiles cellular and molecular alterations in aortic tissue from patients with Behçet's syndrome 
          2025-Sep-01, Rheumatology (Oxford, England)
          
         
          DOI:10.1093/rheumatology/keaf252
          PMID:40372706
         | 研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析白塞综合征患者主动脉组织的细胞和分子变化 | 首次在单细胞水平揭示白塞综合征患者主动脉组织的细胞组成变化和细胞间通讯异常 | 样本量较小(仅3例患者和3例对照),需更大样本验证 | 分析白塞综合征患者主动脉组织中不同细胞亚群的表达谱、表型、功能和细胞间通讯 | 白塞综合征患者和动脉粥样硬化患者的主动脉组织 | 数字病理学 | 白塞综合征 | 单细胞RNA测序 | Seurat, Harmony, CellChat | 单细胞转录组数据 | 6例参与者(3例白塞综合征,3例动脉粥样硬化) | SeekOne | 单细胞RNA测序 | SeekOne® MM High Flux Single Cell Transcriptome Kit V4.1 | SeekOne® MM高通量单细胞转录组试剂盒V4.1 | 
| 775 | 2025-10-06 | LaGrACE: estimating gene program dysregulation with latent regulatory network 
          2025-Sep, Molecular systems biology
          
          IF:8.5Q1
          
         
          DOI:10.1038/s44320-025-00115-3
          PMID:40588571
         | 研究论文 | 提出了一种名为LaGrACE的新方法,用于结合组学数据和临床信息评估基因程序的失调情况 | 开发了能够整合组学数据和临床信息来估计基因程序失调的新方法,并在单细胞分辨率下有效识别药物反应信号 | NA | 开发评估基因程序失调的方法以增强疾病亚群中分子机制的发现 | 合成数据、bulk RNA-seq临床数据集(乳腺癌、慢性阻塞性肺疾病)和单细胞RNA-seq药物扰动数据集 | 机器学习 | 乳腺癌,慢性阻塞性肺疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 潜在调控网络模型 | 基因表达数据, 临床数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 776 | 2025-10-06 | A semi-supervised Bayesian approach for marker gene trajectory inference from single-cell RNA-seq data 
          2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
          
         
          DOI:10.1093/bioinformatics/btaf454
          PMID:40802529
         | 研究论文 | 提出了一种名为BayesTraj的半监督贝叶斯框架,用于从单细胞RNA测序数据中推断标记基因轨迹 | 将轨迹推断从无监督学习转变为半监督学习,整合谱系拓扑和标记基因表达的先验知识,通过概率混合模型和参数函数捕获基因动态 | 未明确说明方法对特定类型数据或实验条件的适用性限制 | 从静态单细胞转录组数据中准确推断细胞发育轨迹和命运转换 | 单细胞RNA测序数据中的细胞发育轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯概率模型,Hamiltonian Monte Carlo | 单细胞转录组数据 | 模拟数据集和真实数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA | 
| 777 | 2025-09-06 | Combined endurance and resistance exercise training alters the spatial transcriptome of skeletal muscle in young adults 
          2025-Sep-19, iScience
          
          IF:4.6Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.isci.2025.113301
          PMID:40894879
         | 研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术结合免疫荧光和计算方法,解析了联合耐力与抗阻运动训练对人类骨骼肌肌纤维和单核细胞群体的分子适应机制 | 首次采用空间转录组学技术揭示运动诱导的肌纤维类型特异性基因表达变化,并结合单细胞RNAseq数据发现间质细胞群体与血管生成相关的运动诱导转变 | 研究样本仅限于年轻成年人,未涵盖其他年龄组或特殊人群 | 全面分析联合耐力与抗阻运动训练引起的骨骼肌分子变化 | 人类骨骼肌组织中的肌纤维和单核细胞群体 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学、免疫荧光、单细胞RNAseq | 计算方法(未指定具体模型) | 空间转录组数据、单细胞RNAseq数据、图像数据 | 年轻成年人骨骼肌样本(具体数量未明确说明) | NA | NA | NA | NA | 
| 778 | 2025-09-06 | MEK inhibition prevents human skin graft rejection by promoting CD8+TCF1+ over CD8 effector T cells 
          2025-Sep-19, iScience
          
          IF:4.6Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.isci.2025.113310
          PMID:40894910
         | 研究论文 | 本研究探讨MEK抑制剂trametinib通过调节CD8+T细胞分化延缓人类皮肤移植排斥反应的机制 | 首次在人类移植模型中揭示MEK抑制剂通过促进CD8+TCF1+干细胞样T细胞积累而非减少移植物浸润来延长移植物存活 | 研究基于NSG小鼠重建模型,可能无法完全模拟人类体内免疫环境 | 评估MEK抑制剂在器官移植中的免疫调节作用 | 人类皮肤移植模型和重建的免疫系统 | 移植免疫学 | 移植排斥 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用NSG小鼠重建第三方人类PBMCs的皮肤移植模型 | NA | NA | NA | NA | 
| 779 | 2025-09-06 | Screening, Validation, and Machine Learning-Based Evaluation of Serum Protein Biomarkers for Esophageal Squamous Cell Carcinoma Based on Single-Cell Subtype-Specific Genes 
          2025-Sep-05, Journal of proteome research
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1021/acs.jproteome.5c00475
          PMID:40799020
         | 研究论文 | 基于单细胞亚型特异性基因筛选、验证血清蛋白生物标志物,并利用机器学习构建食管鳞状细胞癌诊断模型 | 整合scRNA-seq、蛋白质组学和ELISA技术,利用成纤维细胞和上皮细胞的异质性相关基因开发诊断流程,并构建了交互式网络诊断工具 | 模型在验证集的AUC为0.767,性能有待进一步提升 | 开发食管鳞状细胞癌的早期诊断生物标志物和诊断模型 | 食管鳞状细胞癌患者、高级别上皮内瘤变病例和正常对照 | 数字病理学 | 食管癌 | scRNA-seq, 蛋白质组学, ELISA, 机器学习 | SVM | 蛋白质表达数据 | 344例ESCC患者、46例HGIN病例和390例正常对照 | NA | NA | NA | NA | 
| 780 | 2025-09-06 | Patient-Derived Organoids from Multiple Sites of a Single Tumor Recapitulates Intratumoral Heterogeneity in Patients with Gastric Cancer 
          2025-Sep-05, Gut and liver
          
          IF:3.4Q2
          
         
          DOI:10.5009/gnl250108
          PMID:40910272
         | 研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学分析胃癌患者单个肿瘤不同部位来源的类器官,评估其重现肿瘤内异质性的能力 | 首次在单肿瘤多部位来源的类器官模型中系统揭示神经内分泌标志物上调和热休克蛋白异质性对免疫应答的影响 | 类器官模型在捕捉肿瘤内异质性方面存在局限,需要更全面的评估方法 | 评估患者来源类器官模型重现胃癌肿瘤内异质性的能力 | 胃癌患者单个肿瘤不同部位来源的类器官 | 肿瘤生物学 | 胃癌 | 单细胞转录组学、免疫组织化学染色 | 患者来源类器官(PDO)模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 单个胃癌肿瘤的多部位采样 | NA | NA | NA | NA |