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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 721 | 2025-10-05 | Standardizing single-cell approaches to osteoarthritis: Toward a comprehensive cellular atlas 
          2025-Sep-04, Osteoarthritis and cartilage
          
          IF:7.2Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.joca.2025.08.016
          PMID:40914548
         | 评论 | 本文探讨了单细胞RNA测序在骨关节炎研究中的应用现状与未来发展方向 | 提出标准化细胞类型注释和整合新旧数据集的需求,以构建完整的骨关节炎单细胞图谱 | NA | 推动骨关节炎单细胞研究的标准化进程 | 骨关节炎关节组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 722 | 2025-10-05 | Longitudinal single-cell RNA model aids prediction of EGFR-TKI resistance 
          2025-Sep-04, Carcinogenesis
          
          IF:3.3Q2
          
         
          DOI:10.1093/carcin/bgaf038
          PMID:40739818
         | 研究论文 | 本研究利用纵向单细胞RNA测序数据探索肺腺癌EGFR-TKI耐药机制 | 首次在单细胞水平建立EGFR耐药评分系统并揭示代谢重编程在耐药中的作用 | 样本量有限,需要更大规模验证 | 研究肺腺癌EGFR-TKI耐药机制 | 肺腺癌患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 723 | 2025-10-05 | Contribution of S1pr1-featured astrocyte subpopulation to cisplatin-induced neuropathic pain in male mice 
          2025-Sep-03, Pain
          
          IF:5.9Q1
          
         
          DOI:10.1097/j.pain.0000000000003780
          PMID:40899794
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了顺铂诱导神经病理性疼痛中S1pr1高表达星形胶质细胞亚群的作用机制 | 首次发现顺铂诱导的S1pr1高表达星形胶质细胞亚群及其通过Wnt信号通路参与神经病理性疼痛的新机制 | 研究仅使用雄性小鼠,未考察性别差异;机制研究仍需进一步验证 | 探究顺铂诱导神经病理性疼痛的细胞和分子机制 | 雄性小鼠脊髓组织 | 单细胞转录组学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 雄性小鼠脊髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 724 | 2025-10-05 | Benchmarking sketching methods on spatial transcriptomics data 
          2025-Sep-02, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2025.08.26.672376
          PMID:40909701
         | 研究论文 | 系统评估不同采样方法在空间转录组数据上的表现 | 首次系统评估空间转录组数据的采样方法,提出空间平滑杠杆评分方法能平衡转录组异质性和组织结构保持 | 研究仅基于有限的数据集进行验证,需要更多样化的数据集进一步确认 | 评估和优化空间转录组数据的采样方法以减少计算负担 | 空间转录组数据集(小鼠卵巢、MERFISH大脑、人类乳腺癌、肺组织)和模拟数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 肺癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | PCA, 随机SVD, 空间权重矩阵 | 空间转录组数据, 基因表达数据, 空间坐标 | 多个真实ST数据集和模拟数据 | NA | 空间转录组学, MERFISH | NA | NA | 
| 725 | 2025-10-05 | Exploration of potential therapeutic target genes for preeclampsia through genetic analysis 
          2025-Sep, Journal of human hypertension
          
          IF:2.7Q2
          
         
          DOI:10.1038/s41371-025-01054-0
          PMID:40715499
         | 研究论文 | 通过遗传分析探索先兆子痫的潜在治疗靶基因 | 首次通过整合cis-eQTL、孟德尔随机化、SMR和共定位分析系统筛选先兆子痫的潜在药物靶基因 | 研究主要基于血液样本的eQTL数据,未直接使用胎盘组织数据 | 识别先兆子痫的潜在治疗靶基因 | 先兆子痫相关基因 | 生物信息学 | 先兆子痫 | cis-eQTL分析,孟德尔随机化,功能富集分析,SMR分析,共定位分析,单细胞RNA测序 | 孟德尔随机化模型 | 基因表达数据,遗传数据 | eQTLGen联盟提供的血液样本数据 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 726 | 2025-10-05 | Isotope-encoded spatial biology identifies plaque-age-dependent maturation and synaptic loss in an Alzheimer's disease mouse model 
          2025-Sep-01, Nature communications
          
          IF:14.7Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41467-025-63328-y
          PMID:40890115
         | 研究论文 | 本研究通过同位素编码的空间生物学技术追踪阿尔茨海默病小鼠模型中Aβ斑块的年龄依赖性成熟过程及其与突触丧失的关联 | 结合质谱成像与稳定同位素标记技术对Aβ斑块进行时间标记,实现从初始沉积开始的斑块老化空间追踪 | 研究基于小鼠模型,结果向人类临床转化的适用性需要进一步验证 | 探究Aβ斑块演化过程如何影响周围组织及其与神经毒性的关系 | App基因敲入Aβ小鼠模型 | 空间生物学 | 阿尔茨海默病 | 质谱成像, 稳定同位素标记, 空间转录组学 | NA | 质谱成像数据, 基因表达数据, 结构染色数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 727 | 2025-10-05 | Reactive Oxygen Species-Responsive Hydrogel Microspheres Loaded with Epigallocatechin Gallate for Effective Osteoarthritis Therapy 
          2025-Sep-08, ACS biomaterials science & engineering
          
          IF:5.4Q2
          
         
          DOI:10.1021/acsbiomaterials.5c00564
          PMID:40813306
         | 研究论文 | 开发了一种活性氧响应的水凝胶微球系统用于靶向递送表没食子儿茶素没食子酸酯治疗骨关节炎 | 首次构建WYRGRL肽修饰的ROS响应型水凝胶微球递送系统,并通过单细胞转录组学和代谢组学联合分析揭示了Tomm70基因在治疗机制中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证 | 开发智能递送系统治疗骨关节炎 | 软骨细胞和OA小鼠模型 | 生物医学工程 | 骨关节炎 | 单细胞转录组学, 代谢组学 | NA | 基因表达数据, 代谢物数据 | OA小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 728 | 2025-10-05 | Benchmarking Ploidy Estimation Methods for Bulk and Single-Cell Whole Genome Sequencing 
          2025-Sep-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
          
         
          DOI:10.1002/advs.202507839
          PMID:40916931
         | 研究论文 | 对11种批量WGS和8种单细胞WGS倍性估计方法进行系统性性能评估 | 首次系统比较批量与单细胞全基因组测序的倍性估计工具性能 | 现有工具在整倍体样本或长读长测序数据上表现不佳 | 评估不同计算方法在基因组倍性估计中的准确性和适用性 | 二倍体细胞与异倍体或多倍体细胞的混合样本 | 生物信息学 | 癌症 | 全基因组测序 | NA | 基因组测序数据 | 实验和模拟数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA | 
| 729 | 2025-10-05 | IGHA1 and IGHG1 Expression Panel Predicts Anti-PD-L1 Response in Muscle-Invasive Bladder Cancer 
          2025-Sep-08, Molecular carcinogenesis
          
          IF:3.0Q2
          
         
          DOI:10.1002/mc.70033
          PMID:40919684
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组分析,发现IGHA1和IGHG1表达模式可预测肌层浸润性膀胱癌对PD-L1抑制剂的治疗反应 | 首次结合单细胞测序和空间转录组技术揭示三级淋巴结构中B细胞克隆与免疫治疗反应的关系,并建立IGHA1/IGHG1预测模型 | 样本量相对有限,单细胞测序仅9个样本,空间转录组仅5个样本 | 探究肌层浸润性膀胱癌中三级淋巴结构与免疫球蛋白库的关系及其对免疫治疗反应的预测价值 | 肌层浸润性膀胱癌患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞测序, 空间转录组 | 表达特征预测模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 临床数据 | 单细胞测序9例(5例来自本中心,4例来自PRJNA662018),空间转录组5例(1例来自本中心,4例来自GSE169379),TCGA数据库405例,IMvigor210试验348例 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA | 
| 730 | 2025-09-09 | Comments on "tracking adipose-derived stem cell exosomes applied in a mouse crush injury model: insights from fluorescent labeling and spatial transcriptomics - an experimental study" 
          2025-Sep-08, International journal of surgery (London, England)
          
         
          DOI:10.1097/JS9.0000000000003382
          PMID:40919925
         | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 731 | 2025-10-05 | Single-Cell RNA Sequencing Reveals Potential Mechanism of RUNX3 Reshaping Tumor Microenvironment in Non-small-cell Lung Cancer 
          2025-Sep-07, Annals of surgical oncology
          
          IF:3.4Q1
          
         
          DOI:10.1245/s10434-025-18034-w
          PMID:40916017
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示RUNX3在非小细胞肺癌中重塑肿瘤微环境的潜在机制 | 首次在单细胞水平上分析RUNX3表达状态对非小细胞肺癌肿瘤微环境的影响 | 样本量较小(仅7例患者),需要更大规模研究验证 | 探索RUNX3在非小细胞肺癌中调控肿瘤微环境的具体生物学机制 | 非小细胞肺癌患者的癌组织和癌旁组织 | 单细胞测序分析 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色 | Seurat分析流程 | 单细胞转录组数据 | 7例非小细胞肺癌患者,包含3对癌和癌旁组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 732 | 2025-10-05 | Cutting-edge technologies in neural regeneration 
          2025-Sep-05, Cell regeneration (London, England)
          
         
          DOI:10.1186/s13619-025-00260-y
          PMID:40911279
         | 综述 | 本文综述了推动神经再生领域发展的前沿技术及其应用前景 | 系统整合了光遗传学、化学遗传学、3D培养模型、基因编辑、单细胞测序和3D成像等多项前沿技术,并展望了人工智能、高通量体内筛选和脑机接口技术的未来潜力 | 作为综述文章,未涉及具体实验数据和原始研究发现 | 探讨神经再生领域的最新技术进展和治疗策略开发 | 中枢神经系统损伤和神经功能障碍 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 光遗传学、化学遗传学、3D培养、基因编辑、单细胞测序、3D成像、人工智能、高通量筛选、脑机接口 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | 
| 733 | 2025-10-05 | Single-cell transcriptomic atlas of human retina from Chinese donors reveals population-specific cellular diversity 
          2025-Sep-04, Experimental eye research
          
          IF:3.0Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.exer.2025.110623
          PMID:40914339
         | 研究论文 | 构建了中国供体人视网膜首个单细胞转录组图谱,揭示了人群特异性的细胞多样性 | 首次构建中国人群视网膜单细胞转录组图谱,填补了亚洲人群视网膜转录组数据的空白 | 样本量相对有限(18个视网膜标本),仅针对中国人群 | 建立中国人群特异性视网膜单细胞转录组参考图谱 | 人视网膜细胞 | 单细胞转录组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 约290,000个活细胞,来自18个新鲜视网膜标本(活体供体和死后标本) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 高通量单细胞RNA测序 | 
| 734 | 2025-10-05 | Integrated machine learning-based RNA sequencing and single-cell analysis reveal RNA methylation regulation patterns in the immune microenvironment of Alzheimer's disease 
          2025-Sep-03, Neural regeneration research
          
          IF:5.9Q1
          
         
          DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01650
          PMID:40903964
         | 研究论文 | 本研究通过整合机器学习、RNA测序和单细胞分析,揭示了阿尔茨海默病免疫微环境中RNA甲基化的调控模式 | 首次将机器学习与单细胞RNA测序相结合,系统分析阿尔茨海默病中RNA甲基化对免疫微环境的调控作用,并建立了风险预测模型 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析,需要进一步的体内实验验证 | 探索RNA甲基化在阿尔茨海默病免疫微环境中的调控机制及其与疾病进展的关系 | 阿尔茨海默病患者样本、神经元细胞、T细胞、B细胞和NK细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, Western blot, 机器学习 | 机器学习算法, 风险预测模型, 列线图 | 转录组数据, 单细胞数据, 分子生物学数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 735 | 2025-10-05 | Lhx2 specifically expressed in HSCs promotes liver regeneration and inhibits liver fibrosis 
          2025-Sep-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
          
         
          DOI:10.1097/HEP.0000000000001201
          PMID:39693275
         | 研究论文 | 本研究揭示了肝星状细胞特异性转录因子Lhx2在促进肝脏再生和抑制肝纤维化中的双重功能 | 首次发现Lhx2在肝星状细胞中特异性表达,并同时具备促进肝脏再生和抑制纤维化的双重功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 鉴定肝星状细胞中同时促进再生和抑制纤维化的特异性靶点及其分子机制 | 小鼠和人类肝星状细胞,急慢性肝损伤模型 | 分子生物学 | 肝病 | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 急性和慢性肝损伤小鼠模型,人类肝组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 736 | 2025-10-05 | Sour neuronal signalling attenuates macrophage-mediated liver injury 
          2025-Sep, Journal of hepatology
          
          IF:26.8Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.jhep.2025.02.026
          PMID:40058705
         | 研究论文 | 本研究揭示了酸味刺激通过神经信号通路减轻巨噬细胞介导的肝脏缺血再灌注损伤的机制 | 首次发现神经元来源的TAFA2蛋白通过CCR2受体招募和激活巨噬细胞导致肝损伤,而酸味刺激可减少TAFA2产生并减轻肝损伤 | 酸味刺激减轻肝损伤的具体分子通路尚未完全阐明 | 探究神经免疫相互作用在肝脏缺血再灌注损伤中的作用机制及治疗策略 | 小鼠动物模型、神经元、巨噬细胞、肝切除手术患者 | 神经免疫学 | 肝脏疾病 | 单细胞测序、RNA测序、基因敲除、临床实验 | 动物模型 | 基因表达数据、临床数据 | 小鼠模型和临床患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 737 | 2025-10-05 | Tacrolimus prolongs corneal allograft survival and prevents dendritic cell infiltration in a myeloid-derived suppressor cell-dependent manner 
          2025-Sep, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
          
          IF:8.9Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.ajt.2025.05.018
          PMID:40398562
         | 研究论文 | 本研究通过小鼠角膜移植模型揭示了FK506通过诱导髓源性抑制细胞来抑制树突状细胞活化并延长角膜移植物存活的机制 | 首次阐明FK506通过MDSC依赖性方式抑制树突状细胞活化的具体时间依赖性机制 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究FK506延长角膜移植物存活的具体免疫抑制机制 | 小鼠角膜移植模型和相关的免疫细胞 | 免疫学 | 角膜移植排斥 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 738 | 2025-10-05 | Transcription factors that define the epigenome structures and transcriptomes in microglia 
          2025-Sep, Experimental hematology
          
          IF:2.5Q3
          
         
          DOI:10.1016/j.exphem.2025.104814
          PMID:40425139
         | 研究论文 | 本研究通过基因组学分析鉴定出定义小胶质细胞转录组程序的关键转录因子 | 首次发现PU.1、Irf8、Sall1和Smad4四个转录因子形成增强子复合物,作为谱系决定因子塑造小胶质细胞身份 | NA | 探索定义小胶质细胞表观基因组结构和转录组的转录因子 | 小胶质细胞 | 表观基因组学 | 神经炎症性疾病,神经退行性疾病 | ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN, single-cell RNA-seq | NA | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,表观基因组测序 | NA | NA | 
| 739 | 2025-10-05 | CD300A+ CD8+ T Cells as Predictive Biomarkers for Achieving Functional Cure in Chronic Hepatitis B Patients Undergoing Pegylated Interferon-Alpha Therapy 
          2025-Sep, Alimentary pharmacology & therapeutics
          
          IF:6.6Q1
          
         
          DOI:10.1111/apt.70214
          PMID:40454546
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞测序和流式细胞术发现CD300A+ CD8+ T细胞可作为预测慢性乙型肝炎患者接受聚乙二醇干扰素-α治疗后获得功能性治愈的生物标志物 | 首次发现CD300A+ CD8+ T细胞在功能性治愈患者中显著富集,具有强大的克隆扩增能力和HBV抗原特异性 | 研究样本量有限,需要在更大规模队列中验证 | 鉴定预测慢性乙型肝炎患者接受聚乙二醇干扰素-α治疗获得功能性治愈的生物标志物 | 慢性乙型肝炎患者 | 免疫学 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞转录组测序, T细胞受体测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | 发现队列和独立验证队列的慢性乙型肝炎患者 | NA | 单细胞RNA-seq, TCR测序 | NA | NA | 
| 740 | 2025-10-05 | An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 
          2025-Sep, Nature neuroscience
          
          IF:21.2Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41593-025-02022-0
          PMID:40739059
         | 研究论文 | 本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据,构建了人类海马体的分子图谱 | 首次将单核RNA测序与空间转录组学数据整合,揭示了人类海马体细胞类型的空间组织模式 | 仅使用10名神经典型成年供体样本,样本量相对有限 | 解析人类海马体的分子景观和细胞空间组织 | 人类前海马体组织 | 空间转录组学 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学, 非负矩阵分解 | NMF, 标签转移 | 转录组数据, 空间定位数据 | 10名神经典型成年供体 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |