单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 857 篇文献，本页显示第 581 - 600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2025-10-05 |
DNA methylation subtypes dictate metastatic heterogeneity of osteosarcoma via distinct tumor-stromal interactions: Multi-omics profiling and decitabine validation
2025-Sep-05, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147473
PMID:40915448
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研究论文 | 通过整合DNA甲基化分析和单细胞RNA测序，揭示骨肉瘤转移异质性的表观遗传机制 | 首次发现DNA甲基化亚型通过不同的肿瘤-基质相互作用决定骨肉瘤转移异质性，并验证了地西他滨的治疗潜力 | NA | 阐明骨肉瘤转移异质性的表观遗传驱动机制 | 骨肉瘤细胞和肿瘤微环境中的基质细胞 | 表观遗传学 | 骨肉瘤 | DNA甲基化分析, 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 假时间轨迹分析 | NA | 甲基化数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量DNA甲基化分析 | NA | NA |
| 582 | 2025-10-05 |
FmH2ST: foundation model-based spatial transcriptomics generation from histological images
2025-Sep-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf865
PMID:40923764
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研究论文 | 提出基于基础模型的FmH2ST方法，从组织学图像预测空间基因表达 | 采用预训练基础模型和双分支框架，结合多级特征提取和双图策略解决切片间异质性和切片内复杂性 | NA | 从组织学图像预测空间转录组数据 | 组织学图像和空间转录组数据 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | 基础模型, Transformer, 图神经网络, 多尺度卷积 | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 583 | 2025-10-05 |
Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways
2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010
PMID:40293382
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析急性肺移植物功能障碍患者小气道的细胞组成和转录变化 | 首次将急性肺移植物功能障碍的临床进展与单细胞水平的细胞组成和转录变化相关联 | 样本量较小（总样本20例），属于初步研究 | 识别急性肺移植物功能障碍进展为慢性肺移植物功能障碍的分子标志物 | 肺移植受者的小气道细胞 | 单细胞测序分析 | 肺移植相关并发症 | 单细胞RNA测序 | PERMANOVA统计模型 | 单细胞转录组数据 | 20例肺移植受者（8例对照组，4例恢复组，5例持续组，3例进展组） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 584 | 2025-10-05 |
Global transcriptome characterization of peripheral blood mononuclear cells in individuals with chronic HIV infection
2025-Sep, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111082
PMID:40639496
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析HIV感染者外周血单个核细胞的免疫代谢特征 | 首次在HIV感染不同临床进展群体中系统比较PBMCs的代谢谱差异，发现免疫无应答者存在显著的代谢紊乱 | 样本量较小（仅18例），且为横断面研究无法确定因果关系 | 探究不同HIV感染群体外周血单个核细胞的免疫代谢差异 | HIV感染者的外周血单个核细胞，包括免疫应答者、免疫无应答者、典型进展者和精英控制者 | 单细胞组学 | HIV感染/艾滋病 | RNA-seq，单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18例HIV感染者（4例IRs，5例INRs，5例TPs，4例ECs） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 585 | 2025-10-05 |
Pericytes change function depending on glioblastoma vicinity: emphasis on immune regulation
2025-Sep, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70095
PMID:40674254
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胶质母细胞瘤微环境中壁细胞的空间异质性及其免疫调节功能 | 首次发现壁细胞在肿瘤内部和边界区域具有不同的转录组特征和免疫调节功能 | 研究样本量有限，需要进一步验证功能机制 | 探究胶质母细胞瘤微环境中壁细胞的空间异质性及其免疫调节作用 | 小鼠和人类胶质母细胞瘤样本中的壁细胞（包括周细胞和平滑肌细胞） | 单细胞测序分析 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 586 | 2025-10-05 |
Exploring the mechanism of action of trastuzumab-induced cardiomyocyte atrophy based on the FN1/PI3K/AKT-mediated mTOR-independent signaling pathway
2025-Sep, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111087
PMID:40683573
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和生物信息学方法探索了曲妥珠单抗通过FN1/PI3K/AKT介导的mTOR非依赖性信号通路诱导心肌细胞萎缩的机制 | 首次发现免疫细胞来源的FN1通过细胞外基质机制激活PI3K/AKT介导的mTOR非依赖性信号通路在曲妥珠单抗诱导的心肌毒性中的作用 | NA | 研究曲妥珠单抗诱导心肌毒性的潜在靶点和信号通路 | 心肌细胞和免疫细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌相关心肌病 | 单细胞转录组测序,生物信息学分析,Western blot,RT-PCR,免疫荧光,透射电镜 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 587 | 2025-10-05 |
Oxidative Stress Links Thyroid Autoimmunity to Cancer: Peroxiredoxin 2 Protection via Genomic and Single-Cell Insights
2025-Sep, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals
DOI:10.1177/10849785251360744
PMID:40735789
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学方法揭示了桥本甲状腺炎与甲状腺癌之间的共享遗传因素，发现PRDX2是关键保护因子 | 首次结合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和机器学习分类模型，系统揭示PRDX2在甲状腺自身免疫和癌症中的保护作用机制 | 样本来源相对有限，主要基于FinnGen数据库和单细胞测序数据，需要更多独立队列验证 | 探索桥本甲状腺炎与甲状腺癌之间的遗传联系和分子机制 | 甲状腺细胞和甲状腺疾病患者 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 机器学习 | 机器学习分类模型 | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 76,243个甲状腺细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 588 | 2025-10-05 |
Correction to 'Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline'
2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf126
PMID:40918070
|
更正 | 对先前发表的Immunopipe单细胞数据分析流程文章进行更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 589 | 2025-10-05 |
Single-cell Raman and mass spectrometry analysis to probe cellular heterogeneity in tamoxifen uptake and metabolism
2025-Sep, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-025-06058-w
PMID:40810750
|
研究论文 | 本研究结合单细胞拉曼光谱和质谱技术探究他莫昔芬在肝癌细胞中的摄取、代谢异质性 | 首次将单细胞拉曼光谱与质谱技术整合，实现细胞状态与药物代谢的同时评估，并采用三种药物浓度进行系统性分析 | 样本量较小且仅使用单一细胞系，缺乏更广泛的生物学验证 | 探究药物在单细胞水平的摄取、代谢异质性及其对细胞的影响 | HepG2肝癌细胞系 | 单细胞分析 | 肝癌 | 单细胞拉曼光谱, 单细胞质谱 | NA | 光谱数据, 质谱数据 | HepG2肝癌细胞系（具体数量未明确） | NA | 单细胞拉曼光谱, 单细胞质谱 | NA | 拉曼-质谱联合分析平台 |
| 590 | 2025-10-05 |
The role of APOBEC mutagenesis in the progression and therapeutic guidance of pancreatic cancer
2025-Sep, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111098
PMID:40812519
|
研究论文 | 本研究系统分析了APOBEC突变在胰腺癌中的生物学特征和临床意义 | 首次全面揭示APOBEC突变在胰腺癌中的分布特征、微环境改变和临床相关性，并开发了基于机器学习的预后预测模型 | 对APOBEC突变的具体分子机制仍需进一步深入研究 | 探究APOBEC突变在胰腺癌进展和治疗指导中的作用 | 胰腺腺癌(PAAD)患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 全外显子测序,靶向二代测序,转录组分析,单细胞RNA测序,免疫分析 | 机器学习模型 | 基因组数据,转录组数据,临床数据 | 多个PAAD队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 591 | 2025-10-05 |
Role of immune cell subsets in liver fibrosis through single-cell RNA sequencing and array
2025-Sep, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/18758592251374861
PMID:40938627
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和数据分析揭示免疫细胞亚群在肝纤维化中的作用 | 首次建立肝纤维化免疫细胞图谱，识别24个不同免疫细胞亚群，发现与不良预后相关的特征基因和细胞间相互作用 | 数据主要来源于公共数据库，缺乏实验验证 | 研究免疫细胞亚群在肝纤维化发病机制中的作用 | 肝纤维化患者 | 生物信息学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序, ssGSEA, Kaplan-Meier分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 592 | 2025-10-05 |
The PAR-score based on PANoptosis genes predicts the progression of ulcerative colitis and the response to anti-TNF-α treatment
2025-Sep-11, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01675-2
PMID:40932643
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研究论文 | 基于PANoptosis基因开发PAR-score预测溃疡性结肠炎进展及抗TNF-α治疗反应 | 首次将PANoptosis（整合焦亡、凋亡和坏死性凋亡的协调细胞死亡机制）特征应用于溃疡性结肠炎进展和结肠炎相关结直肠癌风险的预测模型构建 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据，需要进一步实验验证 | 阐明PANoptosis在溃疡性结肠炎进展中的作用并开发预测模型 | 溃疡性结肠炎患者、结肠炎相关结直肠癌病例和对照样本 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | 转录组分析、单细胞测序、孟德尔随机化、分子对接 | 风险评分模型 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的UC患者、CAC病例和对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 593 | 2025-10-05 |
scGraphDap: Integrating Functional State Pseudo-labels and Graph Structure Learning for Robust Cell Type Annotation in Tumor Microenvironments
2025-Sep-10, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3607687
PMID:40928910
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研究论文 | 提出scGraphDap图神经网络框架，通过整合功能状态伪标签和图结构学习改进肿瘤微环境中的细胞类型注释和细胞间通讯推断 | 利用通路活性评分作为伪标签优化细胞-细胞图以捕获功能邻近性，并采用图域适应模块对齐不同患者间的细胞嵌入 | 基于非空间scRNA-seq数据，受限于不完整的配体-受体数据库和嘈杂的细胞类型注释 | 改进肿瘤微环境中细胞类型注释和细胞间通讯推断的准确性 | 肿瘤微环境中的细胞 | 单细胞分析 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN) | 单细胞RNA测序数据 | 来自15名患者的38,667个细胞，涵盖三种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 594 | 2025-10-05 |
Interferon-induced senescent CD8+ T cells reduce anti-PD1 immunotherapy efficacy in early triple-negative breast cancer
2025-Sep-10, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adj7808
PMID:40929245
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现干扰素诱导的衰老CD8+ T细胞是早期三阴性乳腺癌免疫治疗无效的关键因素 | 首次发现干扰素诱导的CD8+ T细胞衰老是早期三阴性乳腺癌免疫治疗无效的驱动因素，并提出了烟酰胺单核苷酸治疗策略 | 样本量相对有限（171例患者），需要在更大队列中验证 | 探索早期三阴性乳腺癌免疫治疗无效的机制并寻找解决方案 | 早期三阴性乳腺癌患者样本、患者来源类器官和小鼠模型 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组学, 病理学检测 | NA | 基因表达数据, 病理图像 | 171例早期三阴性乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 595 | 2025-10-05 |
Immunological microenvironment differences between left and right colon cancer: dynamic interactions of CASC15+KLK6+ epithelial subpopulation with T cells and mast cells
2025-Sep-10, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003453
PMID:40932351
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示左右结肠癌免疫微环境差异，发现右结肠癌特有的CASC15⁺KLK6⁺上皮亚群与免疫细胞互作机制 | 首次在单细胞层面鉴定出右结肠癌特有的CASC15⁺KLK6⁺恶性上皮亚群，并揭示其通过MIF和CD99信号通路与T细胞、肥大细胞的动态互作 | 样本量较小（6例单细胞测序，70例验证），需更大队列验证发现 | 探究左右结肠癌免疫微环境差异及其分子机制 | 结肠癌患者肿瘤组织 | 单细胞组学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序，免疫荧光 | Seurat, inferCNV, Monocle2, GSVA, CellChat | 单细胞转录组数据，图像数据 | 6例单细胞测序（3左结肠癌+3右结肠癌），70例验证（30左结肠癌+40右结肠癌） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 596 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptome analysis reveals regulatory programs associated with tumor resistance during immunotherapy in colorectal cancer
2025-Sep-10, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003459
PMID:40932376
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示结直肠癌免疫治疗耐药相关的调控程序 | 首次在转移性dMMR结直肠癌中系统分析T细胞亚群在免疫治疗耐药中的作用机制，发现KLRB1作为新型生物标志物 | 样本量相对有限，机制研究主要基于相关性分析 | 探究结直肠癌免疫治疗耐药的分子机制 | 转移性DNA错配修复缺陷结直肠癌患者 | 单细胞转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 基因集富集分析, 细胞通讯分析, 免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据, 临床样本 | 190例结直肠癌患者及其配对癌旁组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 597 | 2025-10-05 |
CRISPR-based genetic tools for the study of host-microbe interactions
2025-Sep-09, Infection and immunity
IF:2.9Q2
DOI:10.1128/iai.00510-24
PMID:40757822
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综述 | 本文综述了基于CRISPR的遗传工具在研究宿主-微生物相互作用中的应用与进展 | 系统总结了CRISPR工具在宿主-微生物互作研究中的创新应用，包括筛选、基因组编辑和记录系统，以及与单细胞RNA测序等新兴技术的结合 | 当前工具仍存在一定局限性，需要进一步发展更先进的遗传工具包 | 研究宿主-微生物相互作用的遗传基础及其在健康和疾病中的作用 | 宿主细胞、微生物细胞和动物模型 | 基因编辑技术 | 与宿主-微生物相互作用相关的疾病 | CRISPR基因编辑, 单细胞RNA测序 | NA | 遗传数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 598 | 2025-10-05 |
Targeting annexin A2 enhances anti-PD-1 immunotherapy in pancreatic ductal adenocarcinoma by remodeling the tumor immune microenvironment
2025-Sep-09, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115504
PMID:40929955
|
研究论文 | 本研究探讨膜联蛋白A2在胰腺导管腺癌中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力 | 首次通过单细胞RNA测序发现ANXA2表达与PDAC患者预后不良相关，并证实ANXA2抑制可增强抗PD-1免疫疗法效果 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步临床验证 | 探索ANXA2在PDAC免疫治疗中的作用机制 | 胰腺导管腺癌组织和细胞 | 癌症免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 共培养系统, 流式细胞术, 蛋白质印迹法 | 小鼠PDAC模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞表型数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 599 | 2025-10-05 |
Single-cell MultiOmics and spatial transcriptomics demonstrate neuroblastoma developmental plasticity
2025-Sep-08, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.013
PMID:40347947
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学和空间转录组学技术揭示了神经母细胞瘤的发育可塑性机制 | 首次结合小鼠自发肿瘤模型的单细胞多组学和人类患者样本的空间转录组学，揭示了神经母细胞瘤发育中间状态及其恶性转化的表观遗传调控机制 | 研究样本数量有限，主要依赖小鼠模型和部分人类样本 | 解析神经母细胞瘤发育可塑性的调控机制 | 神经母细胞瘤小鼠模型和人类患者样本 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 600 | 2025-10-05 |
Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover distinct cellular subtypes involved in neural invasion in pancreatic cancer
2025-Sep-08, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.020
PMID:40680743
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研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示胰腺癌神经侵袭中涉及的独特细胞亚型 | 首次系统描绘胰腺癌神经侵袭的细胞组成、谱系动态和空间组织特征，发现新的神经周围成纤维细胞群体和施万细胞亚群 | 样本量相对有限（25例患者），需要进一步验证这些发现在更大队列中的普适性 | 探索胰腺癌神经侵袭的细胞机制和微环境特征 | 25例胰腺导管腺癌患者的62个样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞/单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 25例患者的62个样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |