单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 857 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-11-19 |
Tumor microenvironment delineates differential responders to trastuzumab emtansine in HER2-positive metastatic breast cancer patients previously treated with pyrotinib: an exploratory biomarker analysis of a phase II study (NJMU-BC02)
2025-Sep-29, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02409-2
PMID:41016944
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研究论文 | 探索T-DM1在既往接受吡咯替尼治疗的HER2阳性转移性乳腺癌患者中的疗效及肿瘤微环境生物标志物 | 首次通过单细胞RNA测序揭示癌细胞低细胞周期活性、活化巨噬细胞和CD8+ T细胞与T-DM1良好疗效相关 | 样本量较小（36例），为探索性生物标志物分析 | 评估T-DM1在既往接受吡咯替尼和/或曲妥珠单抗+帕妥珠单抗治疗失败的HER2阳性转移性乳腺癌患者中的疗效和安全性 | HER2阳性转移性乳腺癌患者 | 单细胞测序分析 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 36例HER2阳性转移性乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 42 | 2025-11-19 |
How Single-Cell Transcriptomics of Hydractinia Is Informing the Evolution of Cnidarian Sensory Systems
2025-Sep-26, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf090
PMID:40504553
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术构建了水螅虫成年群体的细胞图谱，探索其细胞生物学和细胞类型表达谱 | 构建了更新的水螅虫单细胞转录组图谱，首次全面探索其感觉细胞类型（包括刺细胞和神经元）及其基因表达的进化 | NA | 深入了解水螅虫的细胞生物学、细胞分化遗传调控以及感觉系统的进化 | 水螅虫（Hydractinia symbiolongicarpus 和 H. echinata）的成年群体 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，CRISPR/Cas9基因敲除，shRNA敲低，合成RNA过表达 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 43 | 2025-11-19 |
Distinct roles for NF-κB in hematopoietic stem cells and the bone marrow milieu in promoting hematopoietic aging
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116193
PMID:40875292
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研究论文 | 本研究通过实验模型解析NF-κB在造血衰老中的不同作用机制 | 首次揭示NF-κB在造血干细胞自主功能和骨髓微环境中分别调控造血衰老不同表型的独立机制 | 研究基于特定基因缺陷模型，可能无法完全反映自然衰老过程 | 阐明炎症信号通路NF-κB在造血衰老过程中的具体作用机制 | 造血干细胞和骨髓微环境 | 单细胞生物学 | 造血系统衰老 | 单细胞RNA测序 | IκB缺陷小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型及人类HSC数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2025-11-19 |
Hypertension-Induced Neurovascular and Cognitive Dysfunction at Single-Cell Resolution
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.14.648770
PMID:41000655
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究高血压诱导的神经血管和认知功能障碍的分子机制 | 首次在单细胞分辨率下揭示高血压早期（3天）就出现内皮细胞、少突胶质细胞和中间神经元的分子变化，远早于认知障碍显现 | 研究仅使用小鼠模型，需要在人类样本中验证；机制研究仍需进一步深入 | 探索高血压影响脑细胞的分子机制及其与认知功能障碍的关系 | 高血压小鼠模型的新皮层细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 高血压小鼠模型在不同时间点（3天和42天）的新皮层样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2025-11-19 |
Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials
2025-Sep, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 开发了一种导电性心脏芯片模型，用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子响应 | 首次将导电性水凝胶支架与微流控芯片系统结合，构建具有改善电生理特性的3D心脏芯片模型 | 模型仍需进一步验证其在长期培养和疾病建模中的稳定性 | 开发更仿生的体外心脏组织模型以研究心脏发育和药物反应 | 人类诱导多能干细胞来源的心肌细胞和心脏成纤维细胞 | 组织工程 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 心脏芯片模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 46 | 2025-11-18 |
Single-cell sequencing insights into the transcriptional landscape of cerebral cavernous malformations
2025-Sep-30, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10011-x
PMID:41028361
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在脑 cavernous 血管畸形研究中的应用进展 | 首次系统总结单细胞测序在CCM疾病中揭示不同细胞类型转录景观的研究进展 | NA | 探索单细胞测序技术在脑 cavernous 血管畸形研究中的应用价值 | 脑 cavernous 血管畸形中的内皮细胞、壁细胞、成纤维细胞、星形胶质细胞和免疫细胞 | 单细胞生物学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 47 | 2025-11-18 |
Dynamic modulation of claudin18.2 expression and remodeling of the tumor microenvironment in gastric cancer during chemo-immunotherapy
2025-Sep-29, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012683
PMID:41027671
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研究论文 | 本研究探讨了胃癌化疗免疫治疗期间Claudin18.2表达的动态变化及其与肿瘤微环境重塑的关系 | 首次系统揭示了CLDN18.2在化疗免疫治疗过程中的动态表达规律及其与免疫抑制性、纤维化肿瘤微环境的关联 | 单臂二期临床试验设计，样本量有限（57例患者），生存结果在CLDN182阳性和阴性组间无显著差异 | 阐明CLDN18.2在胃癌化疗免疫治疗中的动态表达模式及其对肿瘤微环境的影响 | 晚期胃癌患者肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 免疫组织化学, 全转录组测序, 全外显子测序, 单细胞RNA测序 | NA | 组织图像, 基因组数据, 转录组数据 | 57例晚期胃癌患者系列肿瘤活检样本 | NA | 单细胞RNA测序, 全转录组测序, 全外显子测序 | NA | NA |
| 48 | 2025-11-18 |
KC1036, a multi-kinase inhibitor with anti-angiogenic activity, can effectively suppress the tumor growth of Ewing sarcoma
2025-Sep-18, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10008-6
PMID:40965696
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析尤文肉瘤肿瘤微环境中的细胞间通讯网络，并验证新型多激酶抑制剂KC1036在临床前模型中的抗肿瘤效果 | 首次绘制尤文肉瘤的细胞间通讯图谱，并发现新型多激酶抑制剂KC1036相比现有药物具有更优的抗肿瘤效果 | 研究仅限于临床前模型，尚未进行人体临床试验 | 开发尤文肉瘤的替代治疗策略 | 尤文肉瘤细胞系、细胞系来源异种移植模型和患者来源异种移植模型 | 单细胞测序分析 | 尤文肉瘤 | 单细胞RNA测序 | CDX模型、PDX模型 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2025-11-18 |
Single-vessel transcriptome map pathological landscapes and reveal NR2F2-mediated smooth muscle cell phenotype acquisition in capillary malformations
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.673874
PMID:40950147
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了毛细血管畸形中血管病理景观及NR2F2介导的平滑肌细胞表型获得机制 | 首次在单血管水平构建毛细血管畸形的空间转录组图谱，发现NR2F2在调控平滑肌细胞表型获得中的核心作用 | 研究样本量有限，主要基于体外iPSC模型验证，需要更多临床样本验证 | 探究毛细血管畸形的血管发病机制及病理重塑过程 | 毛细血管畸形病变组织及iPSC分化的血管细胞 | 空间转录组学 | 血管畸形 | 空间全转录组分析,单细胞RNA测序,磷酸化蛋白质组学,免疫荧光染色 | iPSC分化模型,Tet-on系统基因调控 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,磷酸化蛋白质组数据,免疫荧光图像 | 未明确样本数量 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序,磷酸化蛋白质组学 | GeoMx | 空间全转录组分析平台 |
| 50 | 2025-11-17 |
Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-cell/nucleus RNA Sequencing Data
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf077
PMID:40857558
|
研究论文 | 系统评估单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确度和准确度 | 首次系统评估sc/snRNA-seq数据的定量精确度和准确度，建立了数据驱动的研究设计阈值，并开发了VICE工具评估数据质量 | 研究主要基于单核吞噬细胞数据，可能不适用于所有细胞类型 | 提高单细胞/单核RNA测序研究的可靠性和可重复性 | 单核吞噬细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3,682,576个细胞来自339个样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 51 | 2025-11-15 |
SIGEL: a context-aware genomic representation learning framework for spatial genomics analysis
2025-Sep-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03748-7
PMID:40983914
|
研究论文 | 提出SIGEL框架，通过利用空间基因组上下文从空间转录组数据中学习基因表示 | 开发了成本效益高的空间感知基因表示学习框架，生成的基因表示具有上下文感知、生物学意义明确和跨样本鲁棒性强的特点 | NA | 解决空间转录组学中生成空间信息基因表示的方法有限且计算密集的问题 | 空间转录组数据中的基因表示 | 空间基因组学 | NA | 空间转录组学 | 基因组表示学习框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 52 | 2025-11-15 |
KEGNI: knowledge graph enhanced framework for gene regulatory network inference
2025-Sep-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03780-7
PMID:40983951
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研究论文 | 提出一种知识图谱增强的基因调控网络推断框架KEGNI，利用图自编码器从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特异性基因调控网络 | 首次将知识图谱与图自编码器相结合用于基因调控网络推断，能够识别驱动基因并阐明不同细胞背景下的调控机制 | NA | 开发更准确的细胞类型特异性基因调控网络推断方法 | 基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 图自编码器 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 53 | 2025-11-14 |
Hepatocyte-Specific MET Deletion Exacerbates Acetaminophen-Induced Hepatotoxicity in Mice
2025-Sep-30, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.09.010
PMID:41038273
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研究论文 | 本研究通过肝细胞特异性MET基因敲除小鼠模型，揭示了MET在乙酰氨基酚诱导肝损伤中的保护作用机制 | 首次阐明MET在乙酰氨基酚肝损伤模型中的具体作用机制，发现MET通过抑制JNK线粒体转位和细胞死亡信号通路减轻肝毒性 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性仍需进一步验证 | 明确MET在乙酰氨基酚诱导肝损伤中的具体作用机制 | 肝细胞特异性MET基因敲除小鼠和乙酰氨基酚肝损伤模型 | 分子病理学 | 药物性肝损伤 | RNA测序,免疫印迹,单核RNA测序,空间转录组学 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 基因敲除小鼠模型及人类急性肝衰竭患者数据 | NA | RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 54 | 2025-11-14 |
Tick Extracellular Vesicles Alter Epidermal Keratinocyte Function
2025-Sep-05, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.08.037
PMID:40915408
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研究论文 | 本研究揭示蜱类通过细胞外囊泡改变表皮角质形成细胞功能，破坏皮肤伤口愈合机制以维持吸血行为的策略 | 首次发现蜱类通过细胞外囊泡调控宿主伤口愈合通路的新机制，涉及PI3K活性、角质形成细胞GF1和TGF-β水平的改变 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，在人类系统中的适用性需要进一步验证 | 探索吸血节肢动物如何通过细胞外囊泡调控宿主伤口愈合机制以维持吸血生存 | 三种医学相关蜱种（包括肩板硬蜱）及其与宿主表皮角质形成细胞的相互作用 | 分子生物学 | 节肢动物传播疾病 | 单细胞RNA测序, 小鼠遗传学, 体外划痕实验 | NA | 基因表达数据, 细胞功能数据 | 野生型动物模型和体外角质形成细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2025-11-11 |
Single-cell sequencing analysis and multiple machine learning methods identified immune-associated SERPINB1 and CPEB4 as novel biomarkers for COVID-19-induced ARDS
2025-Sep-02, Die Naturwissenschaften
DOI:10.1007/s00114-025-02016-9
PMID:40892227
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研究论文 | 通过单细胞测序分析和多种机器学习方法鉴定SERPINB1和CPEB4作为COVID-19诱发ARDS的新型免疫相关生物标志物 | 首次通过整合单细胞RNA测序和三种机器学习算法(LASSO、SVM-RFE、随机森林)识别出COVID-19诱发ARDS的新型免疫相关生物标志物 | 研究基于公共数据集，需要进一步实验验证 | 识别COVID-19诱发急性呼吸窘迫综合征的有效分子生物标志物 | COVID-19诱发的急性呼吸窘迫综合征患者 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 加权基因共表达网络分析 | LASSO, SVM-RFE, 随机森林 | RNA测序数据 | 来自三个公共数据集(GSE172114、GSE149878、GSE213313)的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 56 | 2025-11-07 |
CCDC137 knockdown suppresses bladder cancer progression by downregulating SCD
2025-Sep-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07033-w
PMID:40993629
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证揭示了CCDC137在膀胱癌中的促癌作用及其通过调控SCD影响肿瘤进展的机制 | 首次系统表征CCDC137在膀胱癌中的表达模式和功能，发现其通过调控脂代谢酶SCD影响肿瘤进展 | 未明确CCDC137调控SCD的具体分子机制，缺乏临床前药物开发验证 | 探究CCDC家族基因在膀胱癌中的临床意义和功能机制 | 膀胱癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 机器学习算法、RNA测序、定量RT-PCR、蛋白质印迹 | 预后模型 | 多组学数据、单细胞测序、空间转录组 | TCGA-BLCA队列及组织微阵列样本 | NA | 单细胞测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 57 | 2025-11-05 |
PreDigs: A Database of Context-specific Cell Type Markers and Precise Cell Subtypes for Digestive Cell Annotation
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf066
PMID:40795159
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研究论文 | 开发了一个用于消化系统细胞注释的数据库PreDigs，包含124个单细胞RNA测序数据集和142种细胞类型的标记物 | 构建了首个针对消化系统的细胞标记物数据库，统一了细胞亚型识别和命名标准，并提供了三种不同应用场景的细胞类型标记物 | 数据库主要基于单细胞RNA测序数据，可能不包含其他组学数据；细胞注释的准确性依赖于原始数据的质量 | 建立标准化的消化系统细胞注释数据库，促进胃肠道肿瘤细胞异质性研究 | 消化系统细胞，特别是胃肠道肿瘤相关细胞 | 生物信息学 | 胃肠道肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 单细胞RNA测序数据 | 超过340万个细胞，来自124个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2025-11-03 |
Somatic TEK Mutation Identified in a Patient with Calvarial Venous Malformations
2025-Sep-23, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16101123
PMID:41153341
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研究论文 | 首次报道一例儿童颅骨静脉畸形患者携带体细胞TEK L914F突变及其分子机制 | 首次在儿童颅骨静脉畸形中发现体细胞TEK L914F致病突变 | 单一样本病例，需要进一步研究确定治疗靶点 | 探索颅骨静脉畸形的遗传基础 | 16岁女性颅骨静脉畸形患者 | 数字病理 | 血管畸形 | 外显子组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组DNA,RNA测序数据 | 1例患者（病变组织和血液DNA） | NA | 单细胞RNA测序,外显子组测序 | NA | NA |
| 59 | 2025-11-02 |
Identification and Validation of a Macrophage Phagocytosis-Related Gene Signature for Prognostic Prediction in Colorectal Cancer (CRC)
2025-Sep-29, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47100804
PMID:41150752
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研究论文 | 本研究开发了一个基于巨噬细胞吞噬相关基因的结直肠癌预后预测模型 | 首次构建了包含SPHK1、VSIG4、FCGR2B和FPR2四个基因的巨噬细胞吞噬相关预后特征，并通过单细胞RNA测序分析揭示了这些基因在巨噬细胞分化过程中的表达变化 | 研究样本量未明确说明，需要在更大规模队列中进一步验证模型的临床适用性 | 开发结直肠癌预后预测模型并评估其对免疫治疗和化疗的敏感性 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单样本基因集富集分析(ssGSEA), LASSO回归, 单变量Cox分析, 实时定量PCR, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序 | 基因特征模型 | 基因表达数据, 组织样本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 60 | 2025-11-02 |
Transient Knockdown of RORB with Cell-Penetrating siRNA Improves Visual Function in a Proteotoxic Mouse Model of Retinitis Pigmentosa
2025-Sep-29, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13102392
PMID:41153677
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研究论文 | 本研究通过细胞穿透性siRNA瞬时敲低RORB基因，改善视网膜色素变性小鼠模型的视觉功能 | 首次发现RORB在视网膜变性中的致病作用，并开发了针对该靶点的细胞穿透性siRNA治疗策略 | 研究仅在小鼠模型中进行，RORB在成年视网膜中的确切功能仍不完全清楚 | 探索RORB瞬时敲低对视网膜色素变性的治疗潜力 | Rho小鼠（常染色体显性视网膜色素变性模型） | 基因治疗 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序，siRNA基因沉默 | NA | 基因表达数据，细胞存活数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |