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当前共找到 827 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-12-17 |
Targeting Atf4 for enhanced neuroprotection: Role of quercetin-loaded EVs in ischemic stroke
2025-Sep, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2025.101312
PMID:41079784
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研究论文 | 本研究探讨了负载槲皮素-3-β-d-葡萄糖醛酸的细胞外囊泡在脑缺血再灌注损伤中的神经保护作用及其机制 | 首次结合单细胞RNA测序技术，明确了神经元细胞在脑缺血再灌注损伤中的关键作用，并揭示了Atf4在介导负载槲皮素的细胞外囊泡神经保护效应中的核心调控功能 | 研究主要基于小鼠模型，其结论在人体中的适用性有待进一步验证；Atf4的具体下游作用通路尚未完全阐明 | 探究负载槲皮素的细胞外囊泡对脑缺血再灌注损伤的神经保护作用及其分子机制 | 脑缺血再灌注损伤小鼠模型、神经元细胞、细胞外囊泡 | 数字病理学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、蛋白质分析数据、行为学评估数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2025-12-16 |
CONTRASTIVE LINEAR REGRESSION
2025-Sep, The annals of applied statistics
DOI:10.1214/24-aoas1977
PMID:41383351
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研究论文 | 本文提出了一种对比线性回归方法，用于处理具有响应变量的案例-对照研究数据，以识别与案例特定响应相关的预测因子 | 开发了对比回归模型，能够捕获案例和对照组预测因子之间的共享低维变异，并通过移除共享变异后的剩余方差解释案例特定响应变量 | NA | 旨在识别与疾病严重程度或干预剂量等响应变量相关的生物信息学预测因子 | 慢性鼻窦炎伴或不伴鼻息肉患者的单细胞RNA测序数据，以及自闭症患者与对照者死后脑样本的单核RNA测序数据 | 机器学习 | 慢性鼻窦炎，自闭症 | 单细胞RNA测序，单核RNA测序 | 对比线性回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单核RNA-seq | NA | NA |
| 43 | 2025-12-15 |
Single-cell multiomics identifies Tcf1 and Lef1 as key initiators of early thymic progenitor fate
2025-Sep-12, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adq8970
PMID:40938954
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术揭示了Tcf1和Lef1作为早期胸腺祖细胞命运的关键启动因子 | 首次结合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序解析小鼠早期胸腺祖细胞的异质性，并发现Tcf1和Lef1在Notch通路上游调控ETP形成 | 研究主要基于小鼠模型，人类ETP形成机制可能有所不同 | 探究调控早期胸腺祖细胞形成的分子机制 | 小鼠早期胸腺祖细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 44 | 2025-12-12 |
Streamlining single-cell spatial transcriptomics for human kidney tissue
2025 Sep-Oct, BioTechniques
IF:2.2Q4
DOI:10.1080/07366205.2025.2591484
PMID:41324332
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研究论文 | 本文介绍了一种新的细胞区域归一化方法和流程，用于从NanoString CosMx单细胞空间转录组平台数据中注释15种肾脏细胞类型，并比较健康与疾病样本 | 开发了一种新颖的细胞区域归一化方法，提高了空间转录组数据分析的敏感性，并将流程集成到BioTuring SpatialX平台，使无生物信息学背景的用户也能进行空间数据分析 | 未明确说明样本量是否足够大以代表更广泛的疾病群体，且可能依赖于特定平台（CosMx）的数据 | 简化单细胞空间转录组学分析流程，以促进人类肾脏组织的研究和疾病比较 | 人类肾脏组织样本，包括两个健康肾脏活检和两个疾病样本（糖尿病肾病） | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 4个样本（2个健康肾脏活检，2个疾病样本） | NanoString | 单细胞空间转录组学 | CosMx | NanoString CosMx单细胞分辨率空间转录组平台 |
| 45 | 2025-12-11 |
Identification of conserved gene expression changes across common glomerular diseases by spatial transcriptomics
2025-Sep, Journal of nephrology
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s40620-025-02233-5
PMID:40067649
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术，分析了多种肾小球疾病中肾小球特异性基因表达谱，以识别共同的基因表达变化 | 首次利用空间转录组学技术系统比较多种肾小球疾病中的基因表达变化，识别出35个一致下调的差异表达基因，并揭示了与DNA结合转录因子活性相关的分子功能 | 研究样本量有限，仅包括五种肾小球疾病类型，且未涵盖所有可能的疾病亚型，可能影响结果的普遍性 | 探索肾小球疾病中共同的基因表达通路，以揭示潜在的分子机制 | 肾小球疾病患者和健康肾脏捐赠者的肾活检标本 | 数字病理学 | 肾小球疾病 | 空间转录组学，免疫荧光染色 | NA | 空间转录组数据，图像数据 | 包括肾小球疾病患者和健康捐赠者，具体样本数未明确说明，但涉及五种疾病类型 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | GeoMx Digital Spatial Profiler用于空间转录组分析，配置了疾病代表性肾小球区域兴趣点 |
| 46 | 2025-12-10 |
distQTL: Distribution Quantitative Trait Loci Identification by Population-Scale Single-Cell Data
2025-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.04.647121
PMID:40291679
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研究论文 | 本文提出了一种名为distQTL的新方法，利用群体规模单细胞RNA测序数据识别分布数量性状位点，以更精细地研究遗传变异对基因表达的影响 | 采用Fréchet回归方法，将完整的经验分布作为响应对象，而非传统的简单汇总统计量（如均值），从而在单细胞水平上更准确地识别eQTLs | 方法主要应用于外周血单核细胞数据，可能在其他细胞类型或组织中的适用性有待验证 | 开发一种新方法来识别分布数量性状位点，以克服传统批量eQTL方法在细胞异质性方面的局限 | 来自982名捐赠者的外周血单核细胞的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Fréchet回归 | 单细胞RNA测序数据 | 982名捐赠者的外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 47 | 2025-12-09 |
Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.02.662808
PMID:40631124
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研究论文 | 本研究通过条件性敲除Ptbp1基因，评估其在视网膜发育过程中的作用，发现Ptbp1对神经发生和细胞命运决定并非必需 | 使用遗传学方法直接验证Ptbp1在视网膜发育中的功能，挑战了先前基于RNA干扰研究提出的Ptbp1作为神经发生主要抑制因子的观点 | 研究仅聚焦于视网膜发育，未评估Ptbp1在其他神经系统区域的作用；scRNA-Seq显示转录变化较温和，可能未完全捕捉所有分子效应 | 评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用，特别是其在视网膜细胞命运决定中的功能 | 小鼠视网膜祖细胞和Müller胶质细胞 | 发育生物学 | NA | 条件性基因敲除、免疫染色、bulk RNA-Seq、scRNA-Seq | NA | RNA测序数据、免疫染色图像 | 突变型动物（具体数量未明确说明） | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 48 | 2025-12-07 |
Linear Dimensionality Reduction Methods for Analyzing Structured Biomedical Data: Existing Research and Future Opportunities
2025-Sep, Wiley interdisciplinary reviews. Computational statistics
DOI:10.1002/wics.70045
PMID:41341259
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综述 | 本文综述了用于分析结构化生物医学数据的线性降维方法，包括监督和无监督分析，并基于低秩加噪声模型进行理论和数值比较 | 提出了一个基于低秩加噪声模型的统一框架，对现有结构化降维方法进行理论和数值比较，并指出未来研究方向 | 主要关注线性方法，可能未全面覆盖非线性降维技术，且为综述性文章，缺乏新的实证应用 | 综述现有线性降维方法，以帮助研究人员选择适合结构化生物医学数据分析的方法，并推动该领域未来发展 | 结构化生物医学数据，如单细胞RNA-seq数据、微生物组数据和空间转录组数据 | 机器学习 | NA | NA | 线性降维方法 | 结构化生物医学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 49 | 2025-12-07 |
Modeling gut inflammation using intestinal organoids: Advances, challenges, and future perspectives
2025-Sep, Best practice & research. Clinical gastroenterology
DOI:10.1016/j.bpg.2025.102048
PMID:41350087
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综述 | 本文综述了利用肠道类器官模拟肠道炎症的进展、挑战与未来展望 | 整合了基因编辑、单细胞与空间转录组学以及类器官芯片等微工程平台，以推进类器官在炎症建模中的应用 | 在实现长期免疫共培养、培养基兼容性以及标准化检测方面仍面临挑战 | 利用肠道类器官模拟肠道炎症，以指导转化研究 | 肠道类器官 | NA | 炎症性肠病 | 基因编辑技术、单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 50 | 2025-12-05 |
Airway Epithelial Heterogeneity and Mucus Plugging in Asthmatic Bronchioles
2025-Sep-23, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202409-1849OC
PMID:40986379
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研究论文 | 本研究探讨了哮喘患者细支气管上皮异质性与黏液栓形成的关系，揭示了MUC5AC高表达细胞微环境在T2炎症驱动的上皮重塑中的作用 | 首次在哮喘细支气管中识别出MUC5AC高表达的异质性细胞微环境，并发现其独立于免疫细胞定位，为理解哮喘细支气管疾病的分子病理生理学提供了新视角 | 研究样本主要来自严重和致命性哮喘患者，可能无法代表所有哮喘亚型；体外培养模型可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 验证哮喘细支气管上皮生物学紊乱导致MUC5AC主导的黏液栓形成的假说 | 严重哮喘患者、致命性哮喘患者和对照者的外周肺组织，以及分离的细支气管和支气管基底细胞 | 空间转录组学 | 哮喘 | 组织学、RNA原位杂交、免疫组织化学、细胞培养、空间转录组学、多重免疫表型分析 | NA | 组织切片图像、基因表达数据、蛋白质表达数据 | 严重哮喘患者、致命性哮喘患者和对照者的外周肺组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 51 | 2025-12-05 |
A multimodal atlas of COVID-19 severity identifies hallmarks of dysregulated immunity
2025-Sep-21, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.09.19.25334095
PMID:41332837
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析，构建了COVID-19严重程度的多模态图谱，揭示了失调免疫的关键特征 | 首次在单细胞分辨率下整合了多种数据类型，包括单细胞RNA-seq、CITE-seq、TCR/BCR测序等，全面解析了COVID-19严重程度的生物学特征，并明确了托珠单抗治疗对免疫细胞特征的影响 | 研究主要基于急性感染期和恢复期患者，对长期后遗症（如慢性COVID综合征）的免疫机制探索仍有限 | 研究COVID-19严重程度与宿主免疫反应的关系，特别是托珠单抗治疗对免疫特征的影响 | 428名COVID-19患者，涵盖急性感染、托珠单抗治疗试验和恢复期三个队列 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA-seq, CITE-seq, TCR/BCR测序, 病毒载量测量, 病毒中和试验, 自身抗体检测, HLA基因分型, 血清蛋白质组学 | 线性模型 | 单细胞多组学数据, 临床元数据 | 428名患者的840个PBMC样本，共250万个循环免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 52 | 2025-12-04 |
Identification of novel biomarkers and drug targets for frailty-related skeletal muscle aging: a multi-omics study
2025-Sep-01, QJM : monthly journal of the Association of Physicians
DOI:10.1093/qjmed/hcaf108
PMID:40343466
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研究论文 | 本研究通过多组学方法识别了与衰弱相关骨骼肌衰老的新型生物标志物和药物靶点 | 首次发现24个生物标志物基因，并利用单细胞RNA测序数据集揭示内皮细胞在肌肉退化中的关键作用 | NA | 早期检测和治疗干预衰弱相关骨骼肌衰老 | 人类骨骼肌 | 机器学习 | 老年疾病 | 转录组学，单细胞RNA测序 | 机器学习预测模型 | 转录组数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2025-12-01 |
Immune landscape in liver of neonatal mice with phlebotomy-induced anemia
2025-Sep-17, Pediatric research
IF:3.1Q1
DOI:10.1038/s41390-025-04361-x
PMID:40962864
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，揭示了放血诱导贫血新生小鼠肝脏免疫细胞图谱的变化 | 首次在新生小鼠放血诱导贫血模型中系统描绘肝脏免疫细胞图谱，发现单核细胞增多和淋巴细胞减少的新现象 | 研究仅使用C57BL/6小鼠模型，样本量有限，且为动物实验，结果向人类转化需进一步验证 | 探究贫血对新生小鼠肝脏造血微环境和免疫细胞组成的影响 | 新生C57BL/6小鼠的肝脏组织 | 单细胞生物学 | 贫血 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | 动物模型 | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2025-12-01 |
Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00985-4
PMID:40442367
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研究论文 | 本研究揭示了胶质母细胞瘤从团块生长向浸润性生长转变的机制，发现小胶质细胞通过plexin-B2介导的排列形成'癌流'引导肿瘤细胞集体迁移 | 首次发现小胶质细胞在肿瘤浸润前沿形成特定结构'癌流'引导集体迁移，并鉴定plexin-B2在解决细胞碰撞和细胞外基质重构中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探索胶质母细胞瘤浸润性生长的细胞机制和微环境调控 | 胶质母细胞瘤细胞、肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞(TAMs) | 癌症生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、形态学数据 | 免疫活性小鼠模型和人类胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2025-11-30 |
Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type-specific responses in primary human pancreatic islets
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116211
PMID:40892543
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示柯萨奇病毒B3感染在人胰岛中引发独特的细胞类型特异性反应 | 挑战了关于胰岛特异性病毒靶向的长期假设，发现导管细胞而非β细胞表现出最强的干扰素和HLA相关反应，并鉴定长非编码RNA MIR7-3HG在调节病毒感染中的作用 | 使用人尸体胰岛可能无法完全反映活体状态，干细胞衍生的胰岛模型可能与原代胰岛存在差异 | 探究柯萨奇病毒B感染对不同类型人胰岛细胞的特异性影响及其与1型糖尿病的关联 | 原代人胰岛细胞和干细胞衍生的胰岛 | 单细胞生物学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人尸体胰岛样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2025-11-29 |
Multi-omics integration at cell type resolution uncovers gene-metabolite mechanisms underlying osteoarthritis heterogeneity
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.26.678886
PMID:41256619
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和代谢组学数据，在细胞类型分辨率下揭示骨关节炎异质性的基因-代谢物机制 | 首次在细胞类型分辨率下构建基因-代谢物关联网络，发现细胞类型特异性和泛细胞类型枢纽分子 | 样本量相对有限（119例患者），未涉及其他组学数据整合 | 揭示骨关节炎代谢失调的分子机制和异质性基础 | 119例骨关节炎患者的骨髓样本 | 机器学习 | 骨关节炎 | 代谢组学, 单细胞转录组学 | 机器学习模型 | 代谢组数据, 单细胞转录组数据 | 119例骨关节炎患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
| 57 | 2025-11-28 |
scTWAS: A powerful statistical framework for single-cell transcriptome-wide association studies
2025-Sep-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6531106/v1
PMID:41256005
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研究论文 | 提出一种用于单细胞转录组范围关联研究的统计方法scTWAS，能够在单细胞水平进行细胞类型特异性分析 | 开发了基于潜变量模型和矩估计的统计框架，专门解决单细胞数据中的强噪声、技术变异和高稀疏性挑战 | NA | 开发能够利用单细胞RNA测序数据进行细胞类型特异性转录组范围关联研究的统计方法 | 血液和脑组织中的不同细胞类型，包括免疫细胞、小胶质细胞和星形胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病,免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 潜变量模型,矩估计 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 58 | 2025-11-28 |
Comparative Single-Cell Transcriptome Analysis of c-Met Receptor Expressing and Non-Expressing Projection Neurons in the Developing Frontal and Visual Cortices
2025-Sep-25, Developmental neuroscience
IF:2.3Q3
DOI:10.1159/000548617
PMID:40996948
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较发育中前额叶和视觉皮层c-Met受体表达与非表达投射神经元的转录组差异 | 首次在发育阶段系统比较同一投射神经元亚类中Met+和Met-群体的转录组差异，揭示MET信号通路在皮层回路异步成熟中的作用 | 研究仅关注小鼠发育早期阶段，未涵盖其他发育时期或物种 | 探究发育中皮层投射神经元亚类内转录组异质性的分子机制 | 小鼠视觉和前额叶皮层的投射神经元 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, smFISH | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | 小鼠皮层神经元（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 59 | 2025-11-28 |
ScReNI: Single-cell Regulatory Network Inference Through Integrating scRNA-seq and scATAC-seq Data
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf060
PMID:40591481
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研究论文 | 开发了一种名为ScReNI的新型算法，通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据推断单细胞水平的基因调控网络 | 提出首个能够同时分析配对和非配对scRNA-seq与scATAC-seq数据集的算法，采用改进的随机森林推断非线性调控关系，并具备识别细胞富集调控因子的独特功能 | NA | 开发单细胞特异性调控网络推断方法 | 单细胞基因表达与染色质可及性数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 最近邻算法, 改进的随机森林 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 60 | 2025-11-26 |
Treg activation during allograft tolerance induction requires mitochondrion-induced TGF-β1 in type 1 conventional dendritic cells
2025-Sep-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178960
PMID:40644411
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研究论文 | 本研究揭示了1型常规树突状细胞通过线粒体代谢诱导TGF-β1表达，进而促进抗原特异性调节性T细胞生成和心脏移植物耐受的机制 | 首次发现cDC1细胞在移植物耐受诱导中的关键作用，并阐明线粒体代谢-TGF-β1信号轴调控抗原特异性Treg生成的新机制 | 研究基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证；cDC1特异性基因敲除模型可能存在脱靶效应 | 探究1型常规树突状细胞在实体器官移植物耐受诱导中的作用机制 | 小鼠心脏移植模型、1型常规树突状细胞、CD4+CD25+FoxP3+调节性T细胞 | 免疫学 | 器官移植排斥 | 单细胞RNA测序、代谢分析、基因敲除 | NA | 基因表达数据、代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |