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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals developmental trajectories and environmental regulation of callus formation in Arabidopsis
2025-Sep-12, Stress biology
DOI:10.1007/s44154-025-00255-4
PMID:40938467
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了拟南芥愈伤组织形成的发育轨迹和环境调控机制 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘了愈伤组织发育过程中的转录组动态和转录因子调控网络 | 研究仅聚焦于拟南芥模型,未在其他植物物种中验证 | 探索植物愈伤组织发育的调控网络和细胞命运决定机制 | 拟南芥愈伤组织细胞 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | UMAP聚类,伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 拟南芥愈伤组织在起始、增殖和绿化三个关键阶段的细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 562 | 2025-10-05 |
AP2X-1 is a negative regulator of Toxoplasma gondii sexual commitment
2025-Sep-10, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00052-25
PMID:40823841
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研究论文 | 本研究鉴定AP2X-1作为弓形虫有性发育的关键负调控因子 | 首次发现AP2X-1通过调控HDAC3/MORC复合物功能抑制缓殖子和有性阶段特异性基因表达 | 未明确AP2X-1与HDAC3/MORC复合物相互作用的分子机制细节 | 探究弓形虫生活周期转换的调控机制 | 弓形虫AP2X-1转录因子及其调控网络 | 分子生物学 | 寄生虫感染 | 单细胞测序,CUT&Tag,ATAC-seq | 基因敲除模型 | 基因组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,染色质可及性分析 | NA | NA |
| 563 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing reveals the immune microenvironment in osteoarthritis: from heterogeneity to therapeutic targets
2025-Sep-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115521
PMID:40934543
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综述 | 系统总结单细胞RNA测序技术在解析骨关节炎免疫微环境中的关键进展 | 从传统机械磨损理论转向免疫炎症驱动新范式,首次系统绘制免疫细胞动态轨迹和细胞间配体-受体网络 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于现有研究进行理论总结 | 解析骨关节炎免疫微环境特征并寻找治疗靶点 | 骨关节炎患者关节组织中的免疫细胞和关节常驻细胞 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 564 | 2025-10-05 |
Endothelin B receptor inhibition rescues aging-dependent neuronal regenerative decline
2025-Sep-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.100217
PMID:40924015
|
研究论文 | 本研究揭示通过抑制内皮素B受体可改善衰老导致的神经元再生能力下降 | 首次发现卫星胶质细胞表达内皮素B受体,并证明其抑制可逆转衰老相关的轴突再生能力下降 | 机制研究尚未完全阐明,临床转化需要进一步验证 | 探索衰老导致神经元再生能力下降的机制及治疗策略 | 背根神经节中的感觉神经元和卫星胶质细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,电子显微镜 | NA | 基因表达数据,显微图像 | 成年和老年小鼠的背根神经节 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | NA |
| 565 | 2025-10-05 |
Computational pathology annotation enhances the resolution and interpretation of breast cancer spatial transcriptomics data
2025-Sep-09, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01104-3
PMID:40925915
|
研究论文 | 本研究开发了一种计算病理学图像分析流程,用于增强乳腺癌空间转录组数据的解析和解释 | 提出计算组织注释(CTA)流程,利用机器学习算法在Visium平台数据中精确映射肿瘤、基质和免疫区室,提高数据分析分辨率 | 研究样本量较小(仅4名患者的23个肿瘤切片),且空间转录组技术尚未达到单细胞分辨率 | 开发计算病理学方法以增强乳腺癌空间转录组数据的解析能力 | 乳腺癌肿瘤组织切片 | 计算病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学,机器学习 | 机器学习算法 | 图像,空间转录组数据 | 4名患者的23个乳腺癌肿瘤切片 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组平台 |
| 566 | 2025-10-05 |
Dynamic interaction of oligodendrocyte precursor cells with other cell types in the central nervous system
2025-Sep-08, Neurochemistry international
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.neuint.2025.106050
PMID:40930164
|
综述 | 系统梳理少突胶质前体细胞与中枢神经系统其他细胞类型的动态相互作用及其功能多样性 | 突破传统仅关注髓鞘形成功能的认知,通过单细胞测序和活体成像技术揭示OPCs在神经发育、稳态维持和病理重塑中的多模态功能 | NA | 整合OPCs非髓鞘形成功能的现有证据,探讨神经再生医学的治疗靶点 | 少突胶质前体细胞与神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、血管内皮细胞的相互作用 | 神经科学 | 多发性硬化症, 脑缺血 | 单细胞测序, 活体成像 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 567 | 2025-10-05 |
Single-cell and spatial transcriptomics identify dihydrolipoic acid succinyltransferase as a promoter of tumor invasion via vascular pathways in cutaneous melanoma
2025-Sep-07, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147504
PMID:40925436
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学技术揭示了二氢硫辛酸琥珀酰转移酶通过血管途径促进皮肤黑色素瘤侵袭的新机制 | 首次发现DLST通过调控组蛋白去甲基化酶KDM4C活性,影响H3K9和H3K27去甲基化,从而促进黑色素瘤进展 | DLST与KDM4C相互作用的具体分子机制仍需进一步验证 | 探究DLST在黑色素瘤进展中的作用机制及其临床意义 | 皮肤黑色素瘤患者样本和黑色素瘤细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,生物信息学分析,siRNA沉默,免疫共沉淀,免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 568 | 2025-10-05 |
DNA methylation subtypes dictate metastatic heterogeneity of osteosarcoma via distinct tumor-stromal interactions: Multi-omics profiling and decitabine validation
2025-Sep-05, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147473
PMID:40915448
|
研究论文 | 通过整合DNA甲基化分析和单细胞RNA测序,揭示骨肉瘤转移异质性的表观遗传机制 | 首次发现DNA甲基化亚型通过不同的肿瘤-基质相互作用决定骨肉瘤转移异质性,并验证了地西他滨的治疗潜力 | NA | 阐明骨肉瘤转移异质性的表观遗传驱动机制 | 骨肉瘤细胞和肿瘤微环境中的基质细胞 | 表观遗传学 | 骨肉瘤 | DNA甲基化分析, 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 假时间轨迹分析 | NA | 甲基化数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量DNA甲基化分析 | NA | NA |
| 569 | 2025-10-05 |
FmH2ST: foundation model-based spatial transcriptomics generation from histological images
2025-Sep-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf865
PMID:40923764
|
研究论文 | 提出基于基础模型的FmH2ST方法,从组织学图像预测空间基因表达 | 采用预训练基础模型和双分支框架,结合多级特征提取和双图策略解决切片间异质性和切片内复杂性 | NA | 从组织学图像预测空间转录组数据 | 组织学图像和空间转录组数据 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | 基础模型, Transformer, 图神经网络, 多尺度卷积 | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 570 | 2025-10-05 |
Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways
2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010
PMID:40293382
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析急性肺移植物功能障碍患者小气道的细胞组成和转录变化 | 首次将急性肺移植物功能障碍的临床进展与单细胞水平的细胞组成和转录变化相关联 | 样本量较小(总样本20例),属于初步研究 | 识别急性肺移植物功能障碍进展为慢性肺移植物功能障碍的分子标志物 | 肺移植受者的小气道细胞 | 单细胞测序分析 | 肺移植相关并发症 | 单细胞RNA测序 | PERMANOVA统计模型 | 单细胞转录组数据 | 20例肺移植受者(8例对照组,4例恢复组,5例持续组,3例进展组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 571 | 2025-10-05 |
Global transcriptome characterization of peripheral blood mononuclear cells in individuals with chronic HIV infection
2025-Sep, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111082
PMID:40639496
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析HIV感染者外周血单个核细胞的免疫代谢特征 | 首次在HIV感染不同临床进展群体中系统比较PBMCs的代谢谱差异,发现免疫无应答者存在显著的代谢紊乱 | 样本量较小(仅18例),且为横断面研究无法确定因果关系 | 探究不同HIV感染群体外周血单个核细胞的免疫代谢差异 | HIV感染者的外周血单个核细胞,包括免疫应答者、免疫无应答者、典型进展者和精英控制者 | 单细胞组学 | HIV感染/艾滋病 | RNA-seq,单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18例HIV感染者(4例IRs,5例INRs,5例TPs,4例ECs) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 572 | 2025-10-05 |
Pericytes change function depending on glioblastoma vicinity: emphasis on immune regulation
2025-Sep, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70095
PMID:40674254
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胶质母细胞瘤微环境中壁细胞的空间异质性及其免疫调节功能 | 首次发现壁细胞在肿瘤内部和边界区域具有不同的转录组特征和免疫调节功能 | 研究样本量有限,需要进一步验证功能机制 | 探究胶质母细胞瘤微环境中壁细胞的空间异质性及其免疫调节作用 | 小鼠和人类胶质母细胞瘤样本中的壁细胞(包括周细胞和平滑肌细胞) | 单细胞测序分析 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 573 | 2025-10-05 |
Exploring the mechanism of action of trastuzumab-induced cardiomyocyte atrophy based on the FN1/PI3K/AKT-mediated mTOR-independent signaling pathway
2025-Sep, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111087
PMID:40683573
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和生物信息学方法探索了曲妥珠单抗通过FN1/PI3K/AKT介导的mTOR非依赖性信号通路诱导心肌细胞萎缩的机制 | 首次发现免疫细胞来源的FN1通过细胞外基质机制激活PI3K/AKT介导的mTOR非依赖性信号通路在曲妥珠单抗诱导的心肌毒性中的作用 | NA | 研究曲妥珠单抗诱导心肌毒性的潜在靶点和信号通路 | 心肌细胞和免疫细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌相关心肌病 | 单细胞转录组测序,生物信息学分析,Western blot,RT-PCR,免疫荧光,透射电镜 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 574 | 2025-10-05 |
Correction to 'Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline'
2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf126
PMID:40918070
|
更正 | 对先前发表的Immunopipe单细胞数据分析流程文章进行更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 575 | 2025-10-05 |
Single-cell Raman and mass spectrometry analysis to probe cellular heterogeneity in tamoxifen uptake and metabolism
2025-Sep, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-025-06058-w
PMID:40810750
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研究论文 | 本研究结合单细胞拉曼光谱和质谱技术探究他莫昔芬在肝癌细胞中的摄取、代谢异质性 | 首次将单细胞拉曼光谱与质谱技术整合,实现细胞状态与药物代谢的同时评估,并采用三种药物浓度进行系统性分析 | 样本量较小且仅使用单一细胞系,缺乏更广泛的生物学验证 | 探究药物在单细胞水平的摄取、代谢异质性及其对细胞的影响 | HepG2肝癌细胞系 | 单细胞分析 | 肝癌 | 单细胞拉曼光谱, 单细胞质谱 | NA | 光谱数据, 质谱数据 | HepG2肝癌细胞系(具体数量未明确) | NA | 单细胞拉曼光谱, 单细胞质谱 | NA | 拉曼-质谱联合分析平台 |
| 576 | 2025-10-05 |
The role of APOBEC mutagenesis in the progression and therapeutic guidance of pancreatic cancer
2025-Sep, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111098
PMID:40812519
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研究论文 | 本研究系统分析了APOBEC突变在胰腺癌中的生物学特征和临床意义 | 首次全面揭示APOBEC突变在胰腺癌中的分布特征、微环境改变和临床相关性,并开发了基于机器学习的预后预测模型 | 对APOBEC突变的具体分子机制仍需进一步深入研究 | 探究APOBEC突变在胰腺癌进展和治疗指导中的作用 | 胰腺腺癌(PAAD)患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 全外显子测序,靶向二代测序,转录组分析,单细胞RNA测序,免疫分析 | 机器学习模型 | 基因组数据,转录组数据,临床数据 | 多个PAAD队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 577 | 2025-10-05 |
Role of immune cell subsets in liver fibrosis through single-cell RNA sequencing and array
2025-Sep, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/18758592251374861
PMID:40938627
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和数据分析揭示免疫细胞亚群在肝纤维化中的作用 | 首次建立肝纤维化免疫细胞图谱,识别24个不同免疫细胞亚群,发现与不良预后相关的特征基因和细胞间相互作用 | 数据主要来源于公共数据库,缺乏实验验证 | 研究免疫细胞亚群在肝纤维化发病机制中的作用 | 肝纤维化患者 | 生物信息学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序, ssGSEA, Kaplan-Meier分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 578 | 2025-10-05 |
The PAR-score based on PANoptosis genes predicts the progression of ulcerative colitis and the response to anti-TNF-α treatment
2025-Sep-11, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01675-2
PMID:40932643
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研究论文 | 基于PANoptosis基因开发PAR-score预测溃疡性结肠炎进展及抗TNF-α治疗反应 | 首次将PANoptosis(整合焦亡、凋亡和坏死性凋亡的协调细胞死亡机制)特征应用于溃疡性结肠炎进展和结肠炎相关结直肠癌风险的预测模型构建 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,需要进一步实验验证 | 阐明PANoptosis在溃疡性结肠炎进展中的作用并开发预测模型 | 溃疡性结肠炎患者、结肠炎相关结直肠癌病例和对照样本 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | 转录组分析、单细胞测序、孟德尔随机化、分子对接 | 风险评分模型 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的UC患者、CAC病例和对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 579 | 2025-10-05 |
scGraphDap: Integrating Functional State Pseudo-labels and Graph Structure Learning for Robust Cell Type Annotation in Tumor Microenvironments
2025-Sep-10, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3607687
PMID:40928910
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研究论文 | 提出scGraphDap图神经网络框架,通过整合功能状态伪标签和图结构学习改进肿瘤微环境中的细胞类型注释和细胞间通讯推断 | 利用通路活性评分作为伪标签优化细胞-细胞图以捕获功能邻近性,并采用图域适应模块对齐不同患者间的细胞嵌入 | 基于非空间scRNA-seq数据,受限于不完整的配体-受体数据库和嘈杂的细胞类型注释 | 改进肿瘤微环境中细胞类型注释和细胞间通讯推断的准确性 | 肿瘤微环境中的细胞 | 单细胞分析 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN) | 单细胞RNA测序数据 | 来自15名患者的38,667个细胞,涵盖三种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 580 | 2025-10-05 |
Interferon-induced senescent CD8+ T cells reduce anti-PD1 immunotherapy efficacy in early triple-negative breast cancer
2025-Sep-10, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adj7808
PMID:40929245
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现干扰素诱导的衰老CD8+ T细胞是早期三阴性乳腺癌免疫治疗无效的关键因素 | 首次发现干扰素诱导的CD8+ T细胞衰老是早期三阴性乳腺癌免疫治疗无效的驱动因素,并提出了烟酰胺单核苷酸治疗策略 | 样本量相对有限(171例患者),需要在更大队列中验证 | 探索早期三阴性乳腺癌免疫治疗无效的机制并寻找解决方案 | 早期三阴性乳腺癌患者样本、患者来源类器官和小鼠模型 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组学, 病理学检测 | NA | 基因表达数据, 病理图像 | 171例早期三阴性乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |