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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2025-10-05 |
A Spinal Circuit for Modular Gating of Organ Somatosensation
2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.27.672386
PMID:40949983
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研究论文 | 本研究识别了腰骶脊髓中一类基因定义的中间神经元群体,这些神经元调控膀胱感觉输入和排尿反射 | 首次识别了分子定义的特异性脊髓中间神经元亚型,这些神经元能够协调膀胱-括约肌活动并门控内脏疼痛,扩展了经典的脊髓门控模型 | 研究主要聚焦于特定基因标记的神经元群体,其他可能参与膀胱感觉运动整合的神经回路尚未完全阐明 | 阐明协调内脏器官感觉运动功能的特定脊髓回路机制 | 腰骶脊髓中间神经元、膀胱感觉运动系统 | 神经科学 | 膀胱功能障碍、内脏疼痛 | 单细胞转录组学、原位生理学、神经回路追踪、功能操作 | NA | 基因表达数据、生理记录数据、神经解剖数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 502 | 2025-10-05 |
shinyUMAP: an online tool for promoting understanding of single cell omics data visualization
2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.27.672621
PMID:40949989
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研究论文 | 开发了一个在线交互式工具,帮助用户理解单细胞组学数据可视化中UMAP参数对细胞簇分布的影响 | 首个允许用户上传单细胞数据并交互式调整UMAP超参数以观察细胞簇分布变化的在线服务器 | 仅支持2D UMAP可视化,未涉及其他降维方法或更高维度的可视化 | 促进单细胞组学数据可视化的正确理解和应用 | 单细胞组学数据(如scRNA-seq表达数据) | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | UMAP | 单细胞表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 503 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA Analysis Reveals Reduced Frequency and Activity of CXCR5+ Atypical Memory B Cells in Islet Xenotransplantation Treated With Clinically Applicable Immunosuppressants Including Belimumab
2025 Sep-Oct, Xenotransplantation
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/xen.70076
PMID:40964768
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Belimumab在猪到非人灵长类胰岛异种移植中对B细胞亚群的影响 | 首次在异种移植模型中揭示Belimumab不仅减少CXCR5+非典型记忆B细胞比例,还引起所有B细胞亚群功能受损 | 研究仅限于非人灵长类动物模型,未在人类受试者中验证 | 研究Belimumab在胰岛异种移植中的免疫抑制机制 | 恒河猴的B细胞亚群 | 单细胞测序分析 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 恒河猴治疗前后血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 504 | 2025-10-05 |
Differentially expressed fusogens specify myocyte states to drive myogenesis
2025-Sep-17, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204771
PMID:40959964
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现小鼠肌细胞中存在两种不同的肌细胞群体,分别表达不同的融合蛋白,挑战了脊椎动物肌肉前体细胞同质性的传统观点 | 首次识别出表达Myomaker和Myomixer的Mc1细胞群和仅表达Myomaker的Mc2细胞群,并揭示了它们之间的谱系关系和调控机制 | 研究仅限于小鼠胚胎发育的特定时期(E9.5-11.5),需要进一步验证在其他物种和发育阶段的普适性 | 探究肌细胞融合过程中肌细胞状态的异质性及其调控机制 | 小鼠胚胎体节中的肌细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,荧光原位杂交,谱系追踪,荧光素酶报告基因检测 | NA | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | E9.5-11.5小鼠胚胎体节 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 505 | 2025-10-05 |
AutoGRN: An Automated Graph Neural Network Framework for Gene Regulatory Network Inference
2025-Sep-16, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3609408
PMID:40956752
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研究论文 | 提出了一个自动化图神经网络框架AutoGRN,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 通过遗传搜索算法和信息熵约束,自动适应不同数据集特征寻找最优GNN架构 | 未明确说明框架在极端稀疏数据集上的表现 | 开发自动化框架以改进基因调控网络推断的准确性和泛化能力 | 基因调控网络和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN) | 基因表达数据 | 多个公共数据集(未指定具体样本数量) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 506 | 2025-10-05 |
Robust and adaptive non-parametric tests for detecting general distributional shifts in gene expression
2025-Sep-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101147
PMID:40902592
|
研究论文 | 提出一种名为QRscore的非参数统计框架,用于检测基因表达中的分布变化 | 扩展Mann-Whitney检验,通过负二项和零膨胀负二项分布推导模型权重,能同时检测均值和方差变化 | NA | 开发能检测基因表达中一般分布变化的统计方法 | 基因表达数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序,单细胞RNA测序 | 非参数统计模型,负二项分布,零膨胀负二项分布 | 基因表达数据 | GTEx项目和大亚洲免疫多样性图谱(AIDA)数据 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 507 | 2025-10-05 |
Biomarker Analysis and Treatment Dynamics Following Preoperative Ipilimumab plus Nivolumab in Locally Advanced Urothelial Cancer from the Phase IB NABUCCO Study
2025-Sep-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0419
PMID:40489082
|
研究论文 | 本研究通过分析NABUCCO IB期临床试验数据,探索了局部晚期尿路上皮癌患者术前使用伊匹单抗联合纳武利尤单抗治疗的生物标志物和肿瘤微环境动态变化 | 首次在局部晚期尿路上皮癌中系统分析伊匹单抗联合纳武利尤单抗治疗的生物标志物,并通过单细胞RNA测序发现TCF7+CD8+ T细胞在治疗应答者肿瘤微环境中的积累 | 样本量有限(特别是单细胞RNA测序仅分析了两名应答者),需要更大规模研究验证发现 | 探索伊匹单抗联合纳武利尤单抗在局部晚期尿路上皮癌中的应答生物标志物和肿瘤微环境治疗动态 | III期尿路上皮癌患者 | 癌症免疫治疗 | 尿路上皮癌 | PD-L1免疫组化, 全外显子测序, 转录组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞测序数据 | PD-L1 IHC分析51例, 测序分析53例, CD8+ T细胞分析51例基线样本和42例膀胱切除样本, scRNA-seq分析2例应答者 | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 508 | 2025-10-05 |
Comparison of single-cell RNA-seq methods to enable transcriptome profiling of neutrophils in clinical samples
2025-Sep-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101173
PMID:40957400
|
研究论文 | 比较三种单细胞RNA测序方法在临床样本中性粒细胞转录组分析中的性能 | 首次系统评估10× Genomics、PARSE Biosciences和HIVE三种平台在临床样本中性粒细胞scRNA-seq分析中的表现 | 仅评估了三种特定平台,可能不适用于其他单细胞测序技术 | 建立临床样本中性粒细胞可靠的scRNA-seq工作流程 | 人血液来源的中性粒细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics, Parse Biosciences, Honeycomb Biotechnologies | 单细胞RNA-seq | NA | 10× Genomics、PARSE Biosciences和HIVE单细胞RNA测序平台 |
| 509 | 2025-10-05 |
Single-cell multiome and spatial profiling reveals pancreas cell type-specific gene regulatory programs of type 1 diabetes progression
2025-Sep-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ady0080
PMID:40929272
|
研究论文 | 通过单细胞多组学和空间转录组学分析揭示1型糖尿病进展过程中胰腺细胞类型特异性基因调控程序 | 首次结合单细胞多组学和空间转录组学技术,系统分析1型糖尿病进展过程中胰腺细胞类型特异性调控程序,揭示表观遗传驱动因素和细胞间信号变化 | 样本数量相对有限(最多32名供者),主要关注胰腺组织,未涉及其他可能相关的组织或器官 | 阐明1型糖尿病在胰腺中的细胞类型特异性调控机制和疾病进展过程 | 非糖尿病患者、自身抗体阳性个体和1型糖尿病患者的胰腺组织 | 单细胞生物学 | 1型糖尿病 | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | 基因组数据、表观基因组数据、空间转录组数据 | 32名供者(包括非糖尿病、自身抗体阳性和1型糖尿病患者),853,005个细胞 | NA | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 510 | 2025-10-05 |
Restoring mitochondrial quantity and quality to reverse the Warburg effect and drive neuroblastoma differentiation
2025-Sep-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2502483122
PMID:40911595
|
研究论文 | 本研究通过恢复线粒体功能来逆转Warburg效应并驱动神经母细胞瘤分化 | 首次联合使用视黄酸和线粒体解偶联剂协同恢复线粒体功能,建立以线粒体为中心的治疗策略诱导肿瘤分化 | 研究主要基于神经母细胞瘤模型,在其他肿瘤类型中的适用性需进一步验证 | 探索恢复肿瘤中线粒体数量和质量是否能驱动肿瘤分化 | 神经母细胞瘤 | 癌症研究 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪 | NA | 基因表达数据, 代谢数据 | 原位神经母细胞瘤异种移植模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 511 | 2025-10-05 |
Tumor-expressed GPNMB orchestrates Siglec-9+ TAM polarization and EMT to promote metastasis in triple-negative breast cancer
2025-Sep-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2503081122
PMID:40892920
|
研究论文 | 本研究揭示了肿瘤表达的GPNMB通过调控Siglec-9+ TAM极化和上皮间质转化促进三阴性乳腺癌转移的分子机制 | 首次发现GPNMB通过前馈放大环路促进单核细胞向TAM极化,并阐明不同糖基化形式的GPNMB差异识别Siglec-9的机制 | 研究主要基于体外共培养和小鼠模型,人体内验证仍需进一步研究 | 探究GPNMB在三阴性乳腺癌转移中的作用机制 | 三阴性乳腺癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞、单核细胞 | 癌症生物学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序、体外共培养、bulk RNA-seq、去卷积分析 | NA | 基因表达数据 | 来自公共数据库的三阴性乳腺癌单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 512 | 2025-10-05 |
Multi-Omics Validation of Myelin Water Fraction as a Myelin-Specific MRI Biomarker
2025-Sep-08, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.27.25334582
PMID:40950466
|
研究论文 | 通过多组学方法验证髓鞘水分数作为髓鞘特异性MRI生物标志物的有效性 | 首次将高级MRI方法与高通量血浆蛋白质组学和空间转录组学整合,验证MWF的生物学特异性 | 研究仅针对成人主要白质和深部灰质区域,样本来源和数量有限 | 验证髓鞘水分数作为髓鞘特异性MRI生物标志物的生物学相关性 | 成人主要白质和深部灰质区域 | 神经影像学 | 神经系统疾病 | BMC-mcDESPOT成像、血浆蛋白质组学、空间转录组学 | 贝叶斯蒙特卡洛分析 | MRI图像、蛋白质组数据、基因表达数据 | NA | SomaLogic, Allen Institute | 血浆蛋白质组学、空间转录组学 | SomaScan 7k, Allen Human Brain Atlas | SomaScan 7k蛋白质组分析平台、Allen人脑图谱空间基因表达数据 |
| 513 | 2025-10-05 |
Cancer-Associated Fibroblasts in Solid Tumors and Sarcomas: Heterogeneity, Function, and Therapeutic Implications
2025-Sep-07, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14171398
PMID:40940809
|
综述 | 本文系统探讨了实体瘤和肉瘤中癌症相关成纤维细胞的异质性、功能及治疗意义 | 首次系统比较了上皮性肿瘤与肉瘤中CAF的异同,提出了CAF分型在肉瘤中的身份界定难题 | 肉瘤中CAF研究相对不足,恶性与非恶性成纤维细胞界限模糊 | 探索CAF在不同肿瘤类型中的异质性、可塑性及其治疗靶向策略 | 癌症相关成纤维细胞(CAF)及其在实体瘤和肉瘤中的亚型 | 肿瘤微环境研究 | 实体瘤和肉瘤 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 514 | 2025-10-05 |
Analysis of Microarray and Single-Cell RNA-Seq Finds Gene Co-Expression and Tumor Environment Associated with Extracellular Matrix in Epithelial-Mesenchymal Transition in Prostate Cancer
2025-Sep-03, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26178575
PMID:40943497
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研究论文 | 通过分析微阵列和单细胞RNA测序数据,研究前列腺癌上皮-间质转化中基因共表达和肿瘤微环境与细胞外基质的关系 | 首次结合微阵列和单细胞RNA测序数据重建前列腺癌EMT相关差异表达基因网络 | NA | 阐明前列腺癌EMT中差异表达基因的分子特征和通路,识别潜在生物标志物 | 前列腺癌上皮-间质转化相关基因 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 微阵列, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 515 | 2025-10-05 |
Inflammatory Milieu by Crosstalk between Glomerulus and Proximal Tubular Cells in Type 2 Diabetes Mellitus Kidney Disease
2025-Sep, Diabetes & metabolism journal
IF:6.8Q1
DOI:10.4093/dmj.2024.0535
PMID:40160027
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析诱导型2型糖尿病肾病模型,揭示了肾小球与近端肾小管细胞间相互作用导致CXCL12介导的T细胞浸润机制 | 首次将单细胞RNA测序技术应用于诱导型而非基因修饰的2型糖尿病肾病模型,并发现CXCL12在介导T细胞招募中的关键作用 | 研究基于动物模型,人类样本验证有限,需要进一步临床研究确认 | 探索2型糖尿病肾病中肾小球与近端肾小管细胞间的相互作用机制 | 诱导型2型糖尿病肾病小鼠模型和人类肾脏活检组织 | 单细胞测序分析 | 2型糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序、组织学分析、流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据、组织学图像、流式细胞数据 | 诱导型T2DKD小鼠模型和对照小鼠,人类肾脏活检组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 516 | 2025-10-05 |
Integrating single-cell transcriptomics, molecular docking, and dynamics simulations to characterize protein kinase X-linked mechanisms in osteosarcoma
2025-Sep, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147335
PMID:40907924
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、分子对接和动力学模拟,揭示了PRKX-CDC37相互作用在骨肉瘤中的机制,并发现麦角胺可作为潜在抑制剂 | 首次结合单细胞RNA测序与分子动力学模拟揭示PRKX-CDC37在骨肉瘤中的变构调控机制,并发现麦角胺作为新型抑制剂 | 研究主要基于计算模拟和体外实验,缺乏体内实验验证 | 解码PRKX的激活机制并评估其作为骨肉瘤生物标志物和治疗靶点的临床潜力 | 骨肉瘤细胞、PRKX激酶、CDC37分子 | 计算生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟、siRNA敲低 | AlphaFold预测模型、分子动力学模型 | 基因表达数据、蛋白质结构数据 | GSE152048数据集(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 517 | 2025-10-05 |
From Pathophysiology to Innovative Therapies in Eye Diseases: A Brief Overview
2025-Sep-01, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26178496
PMID:40943417
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综述 | 本文概述了眼科疾病从病理生理学到创新疗法的进展,重点介绍分子影像技术和精准治疗方法 | 整合分子影像技术与人工智能分析,探索基因治疗、干细胞再生和靶向分子疗法在眼科疾病中的应用 | 这些技术需要进一步验证、监管批准和长期安全性评估才能应用于常规临床护理 | 探讨分子影像和精准疗法在眼科疾病诊断和治疗中的转化应用 | 年龄相关性黄斑变性、糖尿病视网膜病变、青光眼和葡萄膜炎等致盲性眼病 | 数字病理 | 眼科疾病 | 光学相干断层扫描、OCT血管成像、MALDI-MSI、空间转录组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、机器学习 | 机器学习 | 影像数据、分子数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 518 | 2025-10-05 |
Acetylcholine From Solitary Chemosensory Cell, Not Neuron, Regulates Basal Cell Fate Driving Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps
2025-Sep-15, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70048
PMID:40951952
|
研究论文 | 本研究揭示了在嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉中,孤立的化学感应细胞而非神经元释放的乙酰胆碱通过调节基底细胞命运驱动疾病发展 | 首次发现孤立的化学感应细胞来源的乙酰胆碱(而非副交感神经)通过毒蕈碱型乙酰胆碱受体调控基底细胞增殖分化 | 研究样本量有限,机制研究仍需进一步深入 | 探究SCC来源的乙酰胆碱在决定基底细胞命运中的作用 | 健康个体、eCRSwNP患者和neCRSwNP患者的组织样本,以及体外细胞培养和小鼠模型 | 单细胞测序 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞测序,细胞培养(浸没式培养和气液界面培养),小鼠模型 | NA | 单细胞测序数据,组织样本数据 | 健康个体、eCRSwNP患者和neCRSwNP患者组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 519 | 2025-10-05 |
Staphylococcus aureus transcriptomics and single-cell sequencing approaches
2025-Sep-15, Infection and immunity
IF:2.9Q2
DOI:10.1128/iai.00411-25
PMID:40952388
|
综述 | 本文综述了用于研究金黄色葡萄球菌的基因组学和转录组学方法,特别关注转录组学和单细胞测序技术的应用与发展 | 特别强调转录组学和单细胞测序技术在金黄色葡萄球菌研究中的最新应用和未来发展前景 | NA | 回顾用于研究金黄色葡萄球菌的基因组学和转录组学方法,特别关注转录组学和单细胞测序技术 | 金黄色葡萄球菌 | NA | 细菌感染 | 基因组学, 转录组学, 单细胞测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 520 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomic analysis of interactions of peritoneal mesenchymal stem cells with macrophages in prevention of peritoneal membrane injury
2025-Sep-25, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152491
PMID:40829206
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究腹膜间充质干细胞与巨噬细胞相互作用预防腹膜损伤的机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示pMSCs通过调控巨噬细胞亚群预防腹膜损伤的细胞互作机制 | 研究仅基于大鼠模型,尚未在人体验证;样本量有限 | 探究腹膜间充质干细胞与巨噬细胞在预防腹膜透析诱导的腹膜损伤中的相互作用机制 | Sprague-Dawley大鼠的腹膜组织和巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 腹膜损伤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 大鼠模型,具体数量未明确说明 | Illumina | 单细胞RNA-seq | HiSeq X10 | HiSeq X Ten测序平台 |