单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 792 篇文献，本页显示第 481 - 500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2025-10-05 |
Gene-Expression Programs in Salivary Gland Adenoid Cystic Carcinoma Analyzed Using Single-Cell and Spatial Transcriptomics
2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.01.673548
PMID:40950184
|
研究论文 | 利用单细胞和空间转录组学分析唾液腺腺样囊性癌的基因表达程序 | 首次对唾液腺腺样囊性癌进行空间转录组学分析，结合单细胞测序揭示肿瘤异质性和空间表型特征 | 样本量相对有限（单细胞样本n=4，空间样本n=5），需要更大队列验证发现 | 解析SGACC的肿瘤异质性、分子特征和微环境相互作用 | 唾液腺腺样囊性癌患者组织样本 | 数字病理学 | 唾液腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 单细胞样本4例, 空间转录组样本5例 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间转录组平台，2μm平方高分辨率 |
| 482 | 2025-10-05 |
Germline stem cell isolation, lineage tracing, and aging in a protochordate
2025-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.31.673173
PMID:40949951
|
研究论文 | 本研究通过建立新的生殖干细胞分离和谱系追踪方法，揭示了原索动物生殖干细胞衰老的分子机制 | 开发了结合膜标记生殖干细胞移植与单细胞RNA测序的新型谱系追踪方法，并利用新的PacBio基因组组装提高了分析精度 | 研究仅限于原索动物模型，在哺乳动物中的直接适用性需要进一步验证 | 探究衰老对生殖干细胞适应度的影响及其在生殖衰老中的作用机制 | 原索动物的生殖干细胞、发育中配子和成熟配子 | 发育生物学 | 生殖衰老 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、PacBio长读长测序、谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据、基因组数据 | 年轻和年老生殖干细胞样本 | PacBio | 单细胞RNA-seq, 基因组测序 | PacBio测序平台 | PacBio长读长基因组测序技术 |
| 483 | 2025-10-05 |
Reproducible single-cell annotation of programs underlying T cell subsets, activation states and functions
2025-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02793-1
PMID:40903640
|
研究论文 | 开发了T-CellAnnoTator (TCAT)流程，通过同时量化预定义的基因表达程序来改进T细胞表征 | 引入TCAT流程，能够同时量化捕获T细胞激活状态和细胞亚群的预定义基因表达程序，识别出46个可重复的GEPs | NA | 改进T细胞表征，识别T细胞亚群、激活状态和功能背后的基因表达程序 | T细胞 | 单细胞分析 | 肿瘤免疫 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 来自700个个体的1,700,000个T细胞，涵盖38个组织和五种疾病背景 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 484 | 2025-10-05 |
scnanoseq: an nf-core pipeline for Oxford Nanopore single-cell RNA-sequencing
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf487
PMID:40905625
|
研究论文 | 开发了一个用于Oxford Nanopore单细胞RNA测序数据的标准化分析流程 | 首个基于nf-core框架的Oxford Nanopore长读长单细胞RNA测序分析流程，无需短读长数据辅助即可准确识别细胞条形码和分子标识符 | 未提及具体性能评估数据和应用案例验证 | 解决长读长单细胞RNA测序数据分析中缺乏模块化、可移植工作流程的问题 | 单细胞和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，长读长测序 | NA | 基因组测序数据 | NA | Oxford Nanopore | 单细胞RNA-seq | Oxford Nanopore测序平台 | Oxford Nanopore长读长单细胞RNA测序 |
| 485 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptome analysis of the human eyelid depicts meibomian gland cell differentiation: A pilot study
2025-Sep, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70571
PMID:40969146
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析人类眼睑描绘睑板腺细胞分化过程 | 首次提供人类睑板腺转录组空间图谱，识别了睑板腺特异性标志物 | 样本量有限，仅为初步研究 | 表征睑板腺分泌产物的转录程序 | 人类眼睑组织 | 空间转录组学 | 眼科疾病 | 空间转录组学，免疫组织化学 | 自组织映射(SOM)，伪时间分析 | 空间转录组数据，图像数据 | 1例60岁男性样本，另加3例老年人验证样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 486 | 2025-10-05 |
scPOEM: robust co-embedding of peaks and genes revealing peak-gene regulation
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf483
PMID:40889281
|
研究论文 | 提出一种名为scPOEM的新型嵌入方法，能够将染色质可及性峰和表达基因共同投影到共享低维空间 | 通过整合峰-峰、峰-基因和基因-基因相互作用关系，在嵌入空间中为相关的峰-基因对分配更接近的表示 | NA | 识别染色质区域中影响基因表达的调控元件，理解基因调控和疾病机制 | 染色质可及性峰和表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 嵌入方法 | 单细胞多组学数据 | NA | 10x Genomics | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞多组学平台 |
| 487 | 2025-10-05 |
scafari: exploring scDNA-seq data
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf477
PMID:40891892
|
研究论文 | 开发了一个名为scafari的R包，用于单细胞DNA测序数据的质量控制和探索性分析 | 提供了首个针对单细胞DNA测序数据的开源、用户友好的数据处理和质量分析工具 | NA | 解决单细胞DNA测序数据缺乏易用分析工具的问题 | 单细胞DNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | 基因组测序数据 | NA | Mission Bio | 单细胞DNA测序 | Tapestri | Tapestri单细胞DNA测序平台 |
| 488 | 2025-10-05 |
Partial Compensation of IL-17 Production by Vγ1 T Cells in the Absence of Vγ4 and Vγ6 T Cells
2025-Sep, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.70061
PMID:40974348
|
研究论文 | 本研究探讨了在缺乏Vγ4和Vγ6 γδ T细胞的情况下，Vγ1 T细胞对IL-17产生的部分补偿作用 | 首次揭示Vγ1 T细胞在Vγ4/Vγ6缺失条件下对IL-17产生的有限补偿能力，并明确Vγ4⁺和Vγ6⁺亚群在IL-17介导免疫中的不可替代作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证；补偿机制的具体分子通路尚未完全阐明 | 探究IL-17产生型γδ T细胞中γδ TCR的生物学功能和重要性 | 缺乏Vγ4和Vγ6 γδ TCR的小鼠模型中的γδ T细胞 | 免疫学 | NA | 流式细胞术, TCR测序, 单细胞转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, TCR序列数据, 流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 489 | 2025-10-05 |
Efferocytosis and M2 Macrophage Polarization Gene Expression Correlates With Relapsed and Refractory Classical Hodgkin Lymphoma Patients: A Multi-Omic Analysis
2025-Sep, Hematological oncology
IF:3.3Q2
DOI:10.1002/hon.70135
PMID:40976706
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示霍奇金淋巴瘤中胞葬作用和M2巨噬细胞极化基因表达与治疗失败的相关性 | 开发了37基因HRS细胞特征用于单细胞数据识别，首次发现胞葬作用介导的M2巨噬细胞极化是cHL的关键免疫检查点 | 样本量相对有限（130例患者），需进一步验证模型的临床适用性 | 研究经典霍奇金淋巴瘤治疗失败的预测因子和免疫微环境机制 | 经典霍奇金淋巴瘤患者和HRS细胞 | 生物信息学 | 霍奇金淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 批量转录组分析, 细胞互作分析 | 岭回归模型, 层次聚类 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 130例cHL患者 | NA | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | NA | NA |
| 490 | 2025-10-05 |
UCP2 is identified as a therapeutic target for abdominal aortic aneurysm by comprehensive bioinformatic analysis and experimental validation
2025-Sep-30, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152589
PMID:40915059
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证，确定UCP2作为腹主动脉瘤的潜在治疗靶点 | 首次系统研究胞葬作用相关基因在腹主动脉瘤中的作用，并发现UCP2在巨噬细胞中高表达且其抑制剂能显著减缓疾病进展 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证，需要在更多临床样本中进一步验证 | 探究胞葬作用相关基因在腹主动脉瘤发病机制中的作用并寻找治疗靶点 | 腹主动脉瘤患者组织样本和弹性蛋白酶诱导的小鼠AAA模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，机器学习，免疫荧光染色 | LASSO，随机森林，XGBoost | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | 使用GSE47472、GSE57691和GSE7084等多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 491 | 2025-10-05 |
Multi-modal characterization of metabolic and immune gene clusters in adrenocortical carcinoma treatment
2025-Sep-18, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01092-4
PMID:40968257
|
研究论文 | 通过多模态分析开发肾上腺皮质癌的类固醇相关免疫评分系统，并验证其预测免疫治疗和激素抑制治疗反应的能力 | 开发了基于多模态分析的SIS评分系统，揭示了代谢和免疫基因簇的协同调控机制，发现ACC与精神分裂症的代谢特征相似性 | 样本量相对有限，需要进一步大样本验证 | 提高肾上腺皮质癌的精准医疗水平并改善患者预后 | 肾上腺皮质癌患者 | 数字病理学 | 肾上腺皮质癌 | 单细胞RNA测序, 多模态分析, 体外功能实验 | ResNet50, Vision Transformer-B16, CAMs | 基因组数据, 数字病理图像, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 492 | 2025-10-05 |
Spatiotemporal analysis of Crohn's disease reveals PECAM2 signaling at the basis of the inflammation-to-fibrosis transition
2025-Sep-07, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaf130
PMID:40680170
|
研究论文 | 通过时空转录组学分析克罗恩病，揭示PECAM2信号在炎症向纤维化转变中的关键作用 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，系统解析克罗恩病中炎症向纤维化转变的细胞分子机制，并发现PECAM2-CD38信号轴的关键驱动作用 | 样本量相对有限（13个手术标本），研究结果需要在更大队列中进一步验证 | 阐明克罗恩病从慢性炎症向纤维化发展的分子机制 | 克罗恩病患者手术标本、TNBS诱导的慢性结肠炎小鼠模型 | 空间转录组学 | 克罗恩病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 免疫染色, 配体-受体相互作用分析, 伪时间分析 | 计算分析流程, TNBS诱导的小鼠结肠炎模型 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 免疫染色图像 | 13个手术标本（包括炎症组织、纤维化组织和健康对照） | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 493 | 2025-10-05 |
MIG-21 interacts with Wnt and Netrin signaling in gonad migration in C. elegans
2025-Sep, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011866
PMID:40953068
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现mig-21基因在线虫生殖腺迁移中的新调控作用 | 首次在线虫生殖腺迁移研究中应用单细胞RNA测序技术，发现mig-21与Wnt和Netrin信号通路协同调控远端尖端细胞的迁移 | 研究主要基于已发表的单细胞RNA测序数据集，实验验证仍依赖传统遗传学方法 | 探究线虫生殖腺迁移过程中新的遗传调控机制 | 秀丽隐杆线虫的生殖腺远端尖端细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，RNAi敲低，活细胞成像，经典遗传学技术 | NA | 单细胞RNA测序数据，显微成像数据 | 已发表的成年秀丽隐杆线虫单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 494 | 2025-10-05 |
Spatial gene expression at single-cell resolution from histology using deep learning with GHIST
2025-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02795-z
PMID:40954301
|
研究论文 | 开发了一种基于深度学习的框架GHIST，能够从组织学图像预测单细胞分辨率空间基因表达 | 利用亚细胞空间转录组学和多层生物信息协同关系，实现单细胞分辨率的空间基因表达预测 | 未明确说明具体的技术限制 | 开发从常规组织学图像预测空间基因表达的方法 | 公共数据集和癌症基因组图谱数据 | 数字病理学 | 癌症 | 深度学习 | 深度学习框架 | 组织学图像、空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 495 | 2025-10-05 |
Single-cell consequences of X-linked meiotic drive in stalk-eyed flies
2025-Sep, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011816
PMID:40966227
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序研究马来西亚突眼蝇X连锁减数分裂驱动对睾丸转录组景观和性染色体调控的影响 | 首次在非模式生物突眼蝇中构建睾丸单细胞图谱，揭示减数分裂驱动系统对性染色体调控的独特影响 | 研究局限于单一物种，缺乏与其他驱动系统的比较分析 | 探究性连锁减数分裂驱动的分子机制及其对配子发生和性染色体调控的影响 | 马来西亚突眼蝇(Teleopsis dalmanni)的睾丸组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 驱动型和标准型睾丸样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 496 | 2025-10-05 |
Mitoepigenetic Targeting of Age-Related Dysfunction: Mechanisms, Therapeutic Avenues, and Transgenerational Implications
2025-Sep, Aging advances
|
综述 | 探讨线粒体表观遗传学在衰老及相关疾病中的作用机制与治疗前景 | 系统整合线粒体表观遗传调控机制，提出跨代表观遗传记忆和精准医疗新策略 | 线粒体DNA甲基化检测技术存在标准化难题，临床转化面临挑战 | 阐明线粒体表观遗传在年龄相关功能障碍中的调控机制与治疗潜力 | 线粒体DNA、核小体动力学、非编码RNA、代谢产物修饰 | 表观遗传学 | 衰老相关疾病 | 单细胞测序、CRISPR技术、表观遗传分析 | NA | 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 497 | 2025-10-05 |
RNA velocity and beyond: Current advances in modeling single-cell transcriptional dynamics
2025-Sep-18, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.alit.2025.08.005
PMID:40973591
|
综述 | 本文综述了RNA Velocity及其扩展方法在单细胞转录动力学建模中的最新进展 | 系统梳理了RNA Velocity从基础原理到第二代计算工具的发展历程，并重点介绍了在过敏和免疫学研究中的创新应用 | 讨论了RNA Velocity分析当前面临的挑战和剩余限制 | 探索单细胞转录动力学的建模方法及其在生物学研究中的应用 | 单细胞RNA测序数据及其在细胞分化、重编程和疾病进展等动态过程中的应用 | 生物信息学 | 过敏性和免疫介导疾病 | 单细胞RNA测序 | Velocyto, scVelo, dynamo, CellRank, 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学 | NA | NA |
| 498 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptomic analysis reveals lack of response to PD-1 blockade in recurrent glioblastoma
2025-Sep-17, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-025-02937-9
PMID:40960500
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析发现复发性胶质母细胞瘤对PD-1阻断治疗缺乏响应 | 首次使用空间转录组学技术分析PD-1阻断后胶质母细胞瘤中肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞的转录组变化 | 样本量相对较小(26例患者)，仅检测了空间转录组水平的变化 | 研究PD-1阻断治疗在复发性胶质母细胞瘤中对肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞的影响 | 26例匹配的原发性和复发性IDH野生型胶质母细胞瘤患者 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学，Digital Spatial Profiling | NA | 空间转录组数据 | 26例患者(16例接受纳武利尤单抗治疗) | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx | Digital Spatial Profiling平台，使用FFPE肿瘤样本，针对SOX2⁺肿瘤细胞和IBA1⁺肿瘤相关巨噬细胞区域进行分析 |
| 499 | 2025-10-05 |
Automating classification of treatment responses to combined targeted therapy and immunotherapy in HCC
2025-Sep-17, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjaf031
PMID:40974077
|
研究论文 | 开发多模态CNN-Transformer模型预测肝细胞癌患者对TKI联合免疫治疗的疗效反应 | 首次构建融合影像和临床特征的多模态深度学习模型，并采用两阶段3D U-Net自动分割系统减少人工干预偏差 | 样本量有限（训练队列181例，验证队列30例），且主要针对无法手术的晚期HCC患者 | 预测肝细胞癌患者对TKI联合免疫治疗的治疗反应 | 晚期肝细胞癌患者 | 计算机视觉 | 肝细胞癌 | 单细胞测序，磁共振成像 | CNN-Transformer，3D U-Net | 影像，临床数据 | 训练队列181例，验证队列30例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 500 | 2025-10-05 |
Effects of Oligolysine-Polyethylene Glycol Coating on the Biodistribution of Wireframe DNA Origami Nanosheets in Zebrafish Embryos
2025-Sep-16, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.5c05801
PMID:40900000
|
研究论文 | 本研究通过斑马鱼胚胎模型分析寡聚赖氨酸-聚乙二醇涂层对线框DNA折纸纳米片生物分布的影响 | 首次结合长期高分辨率活体成像和单细胞RNA测序，在斑马鱼胚胎中研究DNA折纸纳米结构的生物分布和清除机制 | 研究仅限于斑马鱼胚胎模型，结果向其他生物系统的推广性有待验证 | 探究K-PEG涂层对DNA折纸纳米结构在生物体内分布和清除的影响 | 斑马鱼胚胎 | 纳米生物技术 | NA | 单细胞RNA测序，活体成像 | NA | 图像，基因表达数据 | 斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |