单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 792 篇文献，本页显示第 461 - 480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomic profiling reveals diet-dependent dynamics of glucosinolate sulfatases expression and cellular origin in the midgut of Plutella xylostella
2025-Sep-09, Insect biochemistry and molecular biology
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104399
PMID:40930467
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示小菜蛾中肠内硫代葡萄糖苷硫酸酯酶的表达动态及细胞来源受饮食调控的机制 | 首次构建小菜蛾中肠单细胞图谱，揭示不同饮食条件下GSS基因的细胞特异性表达模式及分化轨迹 | 研究仅针对两种植物饲料条件，未涵盖更广泛的寄主植物范围 | 探究小菜蛾中肠细胞类型特异性GSS表达及其在饮食适应中的作用机制 | 小菜蛾幼虫中肠细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, Western blot, 免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据, 蛋白质数据 | 28,451个中肠细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 462 | 2025-10-05 |
Single-cell profiling reveals immunoregulation of artemisinin on CD8+GZMB+ T cells via JAK2-STAT3 in malaria-infected mice
2025-Sep-08, Innovation (Cambridge (Mass.))
DOI:10.1016/j.xinn.2025.101080
PMID:40979296
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示青蒿素通过JAK2-STAT3通路调节CD8+GZMB+ T细胞的免疫调节作用 | 首次在单细胞水平系统描绘疟疾感染和青蒿素治疗下的免疫细胞图谱，发现青蒿素通过JAK2-STAT3通路调节致病性CD8+GZMB+ T细胞的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，青蒿素的确切免疫调节机制仍需进一步验证 | 探究青蒿素在疟疾感染中的免疫调节机制 | 疟疾感染小鼠的肝脏、脾脏和外周血免疫细胞 | 单细胞测序 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 241,837个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 463 | 2025-10-05 |
MitoScribe single-cell molecular recorder logs graded signaling dynamics into mitochondrial DNA
2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.05.674553
PMID:40949974
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研究论文 | 开发了一种基于线粒体DNA的分子记录平台MitoScribe，用于在单细胞水平记录分级信号动态 | 首次利用线粒体DNA作为记录介质，通过mtDNA碱基编辑器将分级生物信号转化为单核苷酸替换，实现高灵敏度、非破坏性的分子记录 | 未明确说明技术应用的细胞类型限制或记录容量上限 | 开发高分辨率分子记录技术以重建细胞历史状态 | 人类诱导多能干细胞(iPSCs)及其向中胚层分化的过程 | 合成生物学 | NA | 单细胞RNA测序，线粒体转录组富集，mtDNA碱基编辑 | DdCBEs(线粒体DNA碱基编辑器) | 基因组DNA，转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 464 | 2025-10-05 |
High-Fat and High-Sugar Diet Induces Murine Premature Ovarian Failure by Promoting Mitochondrial Oxidative Phosphorylation Response
2025-Sep, Food science & nutrition
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/fsn3.70973
PMID:40979580
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和分子病理学技术系统分析了高脂高糖饮食诱导的小鼠卵巢早衰机制 | 首次应用单细胞RNA测序分析高脂高糖饮食小鼠卵巢图谱，并验证其通过激活氧化磷酸化信号通路诱导卵巢早衰 | 研究仅针对小鼠模型，未涉及人类样本验证 | 探究高脂高糖饮食诱导卵巢早衰的分子机制 | 小鼠卵巢组织 | 单细胞组学 | 卵巢早衰 | 单细胞RNA测序, ELISA, 免疫荧光染色, qPCR | NA | 单细胞转录组数据, 病理图像, 分子检测数据 | 小鼠卵巢组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 465 | 2025-10-05 |
Toxic Switch and Key Effectors of Cu in Zebrafish Gills: Coupling Single-Cell RNA Sequencing and Redox Imaging
2025-Sep-22, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.5c05966
PMID:40983989
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和氧化还原成像技术揭示了铜在斑马鱼鳃中的毒性开关机制 | 首次结合单细胞RNA测序与原位荧光探针技术，系统识别铜毒性开关和关键效应因子 | 研究仅针对斑马鱼鳃组织，结果在其他水生生物中的普适性需要进一步验证 | 探究铜污染对水生生物的毒性机制，特别是毒性开关和关键效应因子 | 斑马鱼鳃组织细胞 | 单细胞生物学 | 重金属中毒 | 单细胞RNA测序, 原位荧光成像 | NA | 单细胞转录组数据, 荧光成像数据 | 斑马鱼鳃组织细胞（6个显著变化的细胞群体） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 466 | 2025-10-05 |
Protocol for single-cell dissociation of head and neck cancer organoids
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103930
PMID:40616840
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研究论文 | 本文介绍了一种将头颈部鳞状细胞癌患者来源类器官解离为可用于下游应用的活单细胞悬液的实验方案 | 开发了通过0.05%胰蛋白酶孵育和温和机械解离最大化单细胞产量的优化方案，避免高浓度胰蛋白酶和长时间孵育导致的细胞聚集和活力下降 | NA | 建立头颈部癌症类器官单细胞解离的实验方案 | 头颈部鳞状细胞癌患者来源类器官 | NA | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序，药物筛选，流式细胞术，活细胞成像 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 467 | 2025-10-05 |
Protocol for conducting a single-cell sequencing assay for transposase-accessible chromatin analysis
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103960
PMID:40700014
|
研究论文 | 本文提供了一个使用公开数据集进行单细胞ATAC测序分析的详细操作流程 | 为scATAC-seq分析新手提供了标准化的分析流程指南，包括数据预处理、下游分析和计算多组学整合 | 仅使用公开数据集作为示例，未涉及实验设计或数据生成阶段 | 建立标准化的单细胞ATAC测序分析流程 | 单细胞染色质可及性数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC测序 | NA | 基因组测序数据 | 公开数据集（未指定具体样本数量） | NA | single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 468 | 2025-10-05 |
Protocol for automated graph-based clustering of single-cell RNA-seq data with application in mouse intestinal stem cells
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104000
PMID:40748762
|
研究论文 | 提出一种从小鼠肠道分离高度纯化的隐窝上皮细胞并进行单细胞RNA测序的自动化流程 | 开发了ACDC Python软件包，实现大规模单细胞RNA测据集的自动化图论聚类分析 | 主要针对小鼠空肠优化，但可适用于其他肠道区域 | 建立单细胞RNA测序数据的自动化聚类分析流程 | 小鼠肠道隐窝上皮细胞 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 图论聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 469 | 2025-10-05 |
Predicting the structural impact of human alternative splicing
2025-Sep-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03744-x
PMID:40963109
|
研究论文 | 使用AlphaFold2预测人类选择性剪接异构体的结构影响 | 首次大规模预测人类选择性剪接异构体的三维结构，并系统分析剪接对结构特性的影响 | 仅基于计算预测，缺乏实验验证 | 研究选择性剪接对蛋白质结构和功能的影响 | 11,000多个人类剪接异构体 | 计算生物学 | NA | 蛋白质结构预测，单细胞RNA测序 | AlphaFold2 | 蛋白质序列，单细胞RNA-seq数据 | 超过11,000个人类剪接异构体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | Tabula Sapiens项目的单细胞RNA-seq数据 |
| 470 | 2025-10-05 |
LIGHT in combination with IL-13 or IL-17 drives inflammatory transcriptional signatures in human pulmonary fibroblasts relevant for human lung disease
2025-Sep-17, ImmunoHorizons
DOI:10.1093/immhor/vlaf042
PMID:40972652
|
研究论文 | 本研究探讨LIGHT与IL-13或IL-17协同作用对人肺成纤维细胞炎症转录特征的影响 | 首次揭示LIGHT与IL-13/IL-17的协同作用能诱导更强的炎症转录特征，并验证这些特征在间质性肺病患者成纤维细胞中存在 | 研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证 | 探究驱动肺成纤维细胞炎症转录特征的细胞因子及其在肺部疾病中的作用 | 人肺成纤维细胞 | 转录组学 | 肺部疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 471 | 2025-10-05 |
Systematic identification of oscillatory gene expression in single cell types
2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.673125
PMID:40950173
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和新型计算方法系统识别了单个细胞类型中的振荡基因表达 | 开发了识别振荡基因和细胞类型的严格统计方法，首次在胶质细胞等被忽视的细胞类型中发现振荡基因表达 | 未在神经元或肌肉细胞中检测到振荡基因表达，可能存在技术检测限制 | 系统识别单个细胞类型中的振荡基因表达模式 | 果蝇幼虫发育过程中的各种细胞类型 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, PCA分析, UMAP分析 | 统计模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 472 | 2025-10-05 |
Absolute copy number aware CNV calling of sub-megabase segments in ultra-low coverage single-cell DNA sequencing data
2025-Sep-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf919
PMID:40973453
|
研究论文 | 提出ASCENT计算方法，用于超低覆盖度单细胞DNA测序数据中的拷贝数变异检测 | 基于统计建模而非参考比较实现真正的绝对拷贝状态推断，并实现无需参考的拷贝中性杂合性缺失检测 | 未提及具体样本数量限制或方法适用范围 | 开发适用于超低覆盖度单细胞DNA测序数据的拷贝数变异检测方法 | 单细胞DNA测序数据，特别是儿科B-ALL样本 | 生物信息学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 全基因组测序，单细胞DNA测序 | 统计建模，联合分割方法 | DNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞DNA测序，全基因组测序 | NA | 基于直接tagmentation的全基因组测序 |
| 473 | 2025-10-05 |
Morphogen-guided neocortical organoids recapitulate regional areal identity and model neurodevelopmental disorder pathology
2025-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.672952
PMID:40950130
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研究论文 | 本研究开发了一种通过形态发生素引导生成具有区域特异性的大脑皮层类器官的方法，并利用该平台模拟神经发育障碍病理 | 通过短期早期暴露于前部或后部形态发生素，建立了能够重现大脑皮层区域特性的类器官模型 | 当前的大脑皮层类器官模型在很大程度上未能重现这种区域化模式 | 建立能够模拟大脑皮层区域特性并研究神经发育障碍病理的平台 | 人类新皮层类器官和脆性X综合征模型 | 发育神经生物学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 474 | 2025-10-05 |
Multi-omics investigation of Bisphenol A in gastrointestinal carcinogenesis: a network toxicology and molecular docking approach
2025-Sep, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109785
PMID:40939530
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研究论文 | 通过多组学方法和分子对接技术研究双酚A在胃肠道肿瘤发生中的致癌机制 | 首次系统整合转录组学和单细胞转录组学数据，揭示BPA通过代谢重编程、肿瘤微环境重塑和细胞周期失调三重机制促进胃肠道肿瘤发生 | 基于数据库分析，需要进一步实验验证 | 系统研究双酚A在胃肠道肿瘤中的潜在致癌机制 | 肝内胆管癌、结直肠癌和食管癌三种胃肠道肿瘤 | 生物信息学 | 胃肠道肿瘤 | 网络毒理学、分子对接、转录组学、单细胞转录组学 | 分子对接模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 475 | 2025-10-05 |
Scaling up spatial transcriptomics for large-sized tissues: uncovering cellular-level tissue architecture beyond conventional platforms with iSCALE
2025-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02770-8
PMID:40954300
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研究论文 | 本研究开发了iSCALE方法，用于重建大规模超分辨率基因表达图谱并自动注释超出当前空间转录组平台捕获区域样本的细胞级组织结构 | 突破了现有空间转录组技术在成本、周转时间、分辨率、基因覆盖度和组织捕获面积方面的限制，能够分析超出常规平台捕获范围的大型组织样本 | 未明确说明样本数量的限制或方法在其他组织类型中的适用性 | 开发能够分析大型组织样本的空间转录组方法，揭示传统方法无法检测的细胞特征 | 多发性硬化症人类脑组织样本 | 空间转录组学 | 多发性硬化症 | 空间转录组学，免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据，空间位置数据，病理学注释 | NA | NA | 空间转录组学 | iSCALE | 能够重建大规模超分辨率基因表达图谱并自动注释细胞级组织结构的方法 |
| 476 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies CD8Teff cell activation as a predictive biomarker in triple-negative breast cancer immunotherapy
2025-Sep-19, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-025-00306-2
PMID:40971094
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析三阴性乳腺癌免疫微环境，发现CD8效应T细胞活化可作为免疫治疗疗效预测标志物 | 首次系统揭示CD8Teff细胞在三阴性乳腺癌免疫治疗中的预测价值，并发现CXCL13作为关键调节因子 | 未明确说明样本量大小和研究队列的具体特征 | 探索三阴性乳腺癌免疫治疗的疗效预测生物标志物 | 三阴性乳腺癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | 人工智能模型 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 病理图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 477 | 2025-10-05 |
Multi-omics Approaches to CCAAT/Enhancer-Binding Protein Beta in Oral Squamous Cell Carcinoma: Crosstalk Between Tumor Cells and Tumor-Associated Macrophages Driving Disease Progression
2025-Sep-18, Current cancer drug targets
IF:2.3Q3
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示CEBPB通过激活GAS6转录促进口腔鳞癌转移的分子机制 | 首次发现CEBPB通过调控GAS6增强子活性介导肿瘤细胞与巨噬细胞相互作用 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证仍需进一步扩展 | 探究CEBPB在口腔鳞癌中调控肿瘤细胞与免疫细胞相互作用的表观遗传机制 | 口腔鳞癌细胞与肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq, ChIP-qPCR, ELISA, Transwell实验 | HOMER算法, Seurat分析 | 基因组数据, 表观遗传数据, 单细胞数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, ChIP-seq | NA | NA |
| 478 | 2025-10-05 |
SOX2 commands LIM homeobox transcription factors in choroid plexus development and tumorigenesis
2025-Sep-17, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf085
PMID:40128799
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研究论文 | 本研究探讨转录因子SOX2在脉络丛发育和肿瘤发生中的作用机制 | 首次揭示SOX2通过调控LIM同源盒转录因子LMX1A和LMX1B维持脉络丛肿瘤祖细胞身份的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 阐明SOX2在脉络丛发育和肿瘤发生中的分子机制 | 脉络丛肿瘤、小鼠模型、人类肿瘤样本 | 发育生物学、肿瘤生物学 | 脑肿瘤、脉络丛肿瘤 | 单细胞转录组学、表观遗传学、空间转录组学、多组学整合分析 | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据、表观遗传数据、空间转录组数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 479 | 2025-10-05 |
Sphingolipid metabolism patterns reveal distinct prognostic and immune landscapes in head and neck squamous cell carcinoma
2025-Sep-15, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.156233
PMID:40976120
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研究论文 | 本研究首次建立了基于鞘脂代谢的五基因标志物，用于预测头颈鳞状细胞癌的预后和免疫反应 | 首次在头颈鳞状细胞癌中建立基于鞘脂代谢的五基因预后标志物，并揭示其与免疫浸润和免疫治疗反应的关系 | 研究主要基于公共数据库数据，需要更多前瞻性临床研究验证 | 开发基于鞘脂代谢的头颈鳞状细胞癌预后预测模型并探索其免疫学意义 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 转录组分析，单细胞RNA测序，Lasso回归，WGCNA分析，qRT-PCR，免疫组化 | Lasso回归模型，WGCNA | 转录组数据，临床数据，单细胞RNA测序数据 | TCGA和GEO数据库中的头颈鳞状细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 480 | 2025-10-05 |
Chondrolectin regulates the sublaminar localization and regenerative function of muscle satellite cells in mice
2025-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675211
PMID:40964242
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研究论文 | 本研究鉴定软骨凝集素(CHODL)是调控肌肉卫星细胞定位和再生功能的关键因子 | 首次发现CHODL通过调控细胞外基质相互作用和Notch信号通路维持卫星细胞在基底膜下的正确定位 | 研究主要基于小鼠模型，在人类中的功能需要进一步验证 | 探究软骨凝集素在肌肉卫星细胞生物学功能中的调控作用 | 小鼠骨骼肌卫星细胞 | 细胞生物学 | 肌肉疾病 | 单细胞RNA测序, 条件性基因敲除 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学图像 | 年轻和老年小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |