单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 801 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2025-10-05 |
ZipAEr: A compressive convolutional autoencoder for high-dimensional spatial omics data at subcellular resolution
2025-Sep-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7541289/v1
PMID:41001552
|
研究论文 | 提出一种名为ZipAEr的压缩卷积自编码器，用于处理高维空间组学数据并提取有意义的潜在特征 | 在转录水平而非细胞水平处理数据，保留亚细胞和细胞外空间背景；通过卷积层同时减少空间维度和通道数；在损失函数中引入通道加权以平衡低表达基因的表示 | NA | 解决空间转录组学数据分析复杂性的挑战，开发高效的数据压缩和特征提取方法 | 高维空间组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 卷积自编码器 | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 402 | 2025-10-05 |
Human Cytomegalovirus Infection of Primary Human Oral Keratinocytes Induces Intermediate Keratinocyte Differentiation and an Altered Innate Immune Response
2025-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.16.676604
PMID:41000686
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研究论文 | 本研究利用原代人类口腔角质形成细胞模型，探究人巨细胞病毒在口腔黏膜感染过程中如何调控宿主细胞分化和先天免疫反应 | 首次在原发性人类口腔角质形成细胞中通过单细胞RNA测序揭示HCMV感染诱导中间角质形成细胞分化表型并改变先天免疫反应 | 研究仅限于体外细胞培养模型，未涉及完整的口腔黏膜组织环境 | 探究人巨细胞病毒在口腔黏膜中的初始感染机制及对宿主细胞的影响 | 原代人类口腔角质形成细胞 | 单细胞转录组学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 403 | 2025-10-05 |
Characterizing intra- and inter-tumor heterogeneity in Ovarian high-grade serous carcinoma subtypes using single-cell and spatial transcriptomics
2025-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.15.676244
PMID:41000843
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研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学技术探索卵巢高级别浆液性癌的肿瘤内和肿瘤间异质性 | 首次将分子亚型与空间基因表达域联系起来，揭示了免疫通路和血管发育的空间表达模式差异，并识别了分子亚型特异性的空间抗共定位模式 | 研究指出每个患者可能需要多个组织切片才能全面表征HGSC空间转录组，暗示当前采样可能不够全面 | 探索卵巢高级别浆液性癌分子亚型与空间表达域之间的联系及其在患者间的变异性 | 卵巢高级别浆液性癌(HGSC)肿瘤微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 404 | 2025-10-05 |
Efficacious suppression of primary and metastasized liver tumors by polyIC-loaded lipid nanoparticles
2025-Sep-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001514
PMID:40928035
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研究论文 | 本研究开发了装载polyIC的脂质纳米颗粒，可有效抑制原发性和转移性肝肿瘤 | 意外发现polyIC-LNPs可作为肝肿瘤的有效单药疗法，无需联合免疫检查点抑制剂 | 目前仅在动物模型中进行验证，尚未进行临床试验 | 开发肝靶向策略以降低polyIC的全身毒性并提高治疗效果 | 小鼠肝肿瘤模型 | 免疫治疗 | 肝癌 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | 多个小鼠肝肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 405 | 2025-10-05 |
Impact of Data Quality on Deep Learning Prediction of Spatial Transcriptomics from Histology Images
2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.04.674228
PMID:40964396
|
研究论文 | 研究数据质量对从组织学图像预测空间转录组学的深度学习模型性能的影响 | 首次系统评估分子数据和图像数据质量对空间转录组学预测模型的影响，而非仅关注模型架构改进 | 插补方法提供的改进有限且无法泛化到测试集之外 | 探索数据质量对基于深度学习的空间基因表达预测性能的影响 | 空间转录组学数据和H&E染色组织学图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，深度学习 | 深度学习模型 | 图像，基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium, Visium | 成像技术(Xenium)与测序技术(Visium)的空间转录组学平台 |
| 406 | 2025-10-05 |
Assessing the impact of perfluoroalkyl substances on liver health: a comprehensive study using multi-donor human liver spheroids
2025-Sep, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109763
PMID:40914107
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研究论文 | 本研究使用多供体人类肝脏球体模型评估全氟烷基物质对肝脏健康的影响 | 首次在多细胞类型人类肝脏球体模型中系统比较不同PFAS化合物的性别特异性肝毒性机制 | 研究仅采用体外模型，浓度固定为20μM，暴露时间较短 | 阐明不同PFAS导致人类肝脏功能障碍的具体细胞和分子机制 | 多供体人类肝脏球体模型（包含多种细胞类型） | 毒理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序，脂质染色 | 肝脏球体模型 | 单细胞转录组数据，图像数据 | 多供体人类肝脏球体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 407 | 2025-10-05 |
Zebrafish optic nerve injury results in systemic retinal ganglion cell dedifferentiation
2025-Sep, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011879
PMID:40971959
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼视网膜神经节细胞在视神经损伤后的去分化现象 | 首次发现斑马鱼所有RGC亚型均对损伤具有抵抗力，并揭示其通过去分化为未成熟状态的独特生存机制 | 研究结果基于斑马鱼模型，与哺乳动物存在物种差异，临床应用前景需进一步验证 | 探索视网膜神经节细胞在视神经损伤后的分子响应机制和神经保护途径 | 斑马鱼视网膜神经节细胞 | 单细胞转录组学 | 视神经病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 408 | 2025-10-05 |
Stereo-cell: Advancing spatial single-cell biology towards clinical translation
2025-Sep, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70480
PMID:40984816
|
研究论文 | 介绍新开发的空间单细胞测序平台Stereo-cell的技术创新及其在精准医学中的应用潜力 | 开发了整合形态学、转录组学和蛋白质组学的高分辨率空间单细胞测序平台，弥合先进组学与传统病理学之间的鸿沟 | 数据整合、监管合规性和数字建模方面存在重要挑战 | 推动空间单细胞生物学向临床转化发展 | 空间单细胞生物学平台 | 空间组学 | NA | 空间单细胞测序 | NA | 形态学、转录组学、蛋白质组学数据 | NA | NA | 空间单细胞测序 | Stereo-cell | 整合形态学、转录组学和蛋白质组学的高分辨率空间单细胞测序平台 |
| 409 | 2025-10-05 |
CD103+CD8+ tissue-resident memory T lymphocytes of melanoma boost anti-tumour immunity and predict immunotherapy outcomes
2025-Sep, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70464
PMID:40985995
|
研究论文 | 本研究揭示了CD103+CD8+组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤中的抗肿瘤作用及其作为免疫治疗疗效预测标志物的价值 | 首次系统阐明CD103作为黑色素瘤中CD8+组织驻留记忆T细胞的标志物，并揭示其通过整合素依赖的PI3K/AKT信号通路增强抗肿瘤免疫的机制 | NA | 探究CD103+CD8+组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤抗肿瘤免疫中的作用及其作为免疫治疗预测标志物的潜力 | 黑色素瘤患者样本、CD8+组织驻留记忆T细胞、小鼠模型 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 多重免疫组织化学、单细胞RNA测序、空间转录组学、体内/体外实验 | NA | 基因表达数据、空间分布数据、临床数据 | 多个独立队列的黑色素瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 410 | 2025-10-05 |
Expression and Clinical Implications of LAG-3 in Small Cell Lung Cancer
2025-Sep-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502183R
PMID:40960909
|
研究论文 | 本研究评估了LAG-3在小细胞肺癌中的表达及其临床意义 | 首次系统评估28种免疫检查点分子在小细胞肺癌中的表达，发现LAG-3表达高于其他肺癌亚型和黑色素瘤，并验证其作为免疫治疗疗效预测标志物的潜力 | 研究基于多个数据集，可能存在样本异质性；需要进一步实验验证LAG-3作为生物标志物的临床实用性 | 探索PD-L1之外可用于免疫检查点抑制剂的分子标志物 | 小细胞肺癌细胞系和肿瘤组织 | 癌症免疫学 | 小细胞肺癌 | RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 图像数据 | 多个公共数据集和内部数据集（包括CCLE数据库、IMpower133数据集等） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 411 | 2025-10-05 |
Rolling circle amplification for next-generation molecular diagnostics, genome analysis, and spatial transcriptome profiling
2025-Sep-25, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d5nr03032c
PMID:40917009
|
综述 | 本综述全面探讨滚环扩增技术的基本原理、设计改进及其在分子诊断、基因组分析和空间转录组分析中的应用 | 将RCA与CRISPR检测、生物传感器和纳米颗粒辅助信号放大技术整合，显著提升了诊断潜力，实现核酸、蛋白质、细胞外囊泡和单细胞的超灵敏检测 | 面临反应特异性、自动化和成本效益等关键挑战 | 探索RCA技术在分子诊断、基因组分析和空间转录组分析中的应用及未来发展 | 核酸、蛋白质、细胞外囊泡、单细胞和组织结构中的基因表达 | 分子诊断 | 癌症 | 滚环扩增、CRISPR检测、生物传感器、纳米颗粒辅助信号放大 | NA | DNA序列、基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞多组学 | NA | NA |
| 412 | 2025-10-05 |
HEBP2-governed glutamine competition between tumor and macrophages dictates immunotherapy efficacy in triple-negative breast cancer
2025-Sep-23, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2025.08.009
PMID:40992373
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了HEBP2调控的肿瘤细胞与巨噬细胞间谷氨酰胺竞争决定三阴性乳腺癌免疫治疗疗效的机制 | 首次发现HEBP2/GSTP1轴调控的肿瘤-巨噬细胞代谢检查点，开创了单细胞水平免疫代谢评估免疫治疗脆弱性的新范式 | 样本量相对有限（scRNA-seq队列N=27，空间转录组学队列N=88），需要在更大队列中验证 | 阐明三阴性乳腺癌免疫治疗疗效受限的代谢机制 | 三阴性乳腺癌患者肿瘤微环境中的肿瘤细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据，空间基因表达数据 | scRNA-seq队列27例患者，空间转录组学队列88例患者 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 413 | 2025-10-05 |
Novel radiation-derived gene blueprint stratifying patients with breast cancer
2025-Sep-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03549-1
PMID:40983794
|
研究论文 | 开发基于辐射相关基因的乳腺癌预后风险模型 | 首次利用辐射相关基因构建乳腺癌预后预测模型，并揭示其与免疫浸润和免疫治疗反应的关系 | 需要更多独立队列验证模型的临床适用性 | 开发乳腺癌预后预测生物标志物和个性化治疗策略 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 多组学分析 | 随机森林, LASSO Cox回归, stepAIC | 基因表达数据 | TCGA-BRCA队列和METABRIC数据集患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 414 | 2025-10-05 |
Engineering Spatial and Molecular Features from Cellular Niches to Inform Predictions of Inflammatory Bowel Disease
2025-Sep-12, ArXiv
PMID:40964085
|
研究论文 | 本研究开发了一种利用空间转录组学构建可解释机器学习模型来区分炎症性肠病亚型的新计算框架 | 首次将空间转录组学与可解释机器学习相结合，从细胞生态位中系统提取空间和分子特征用于IBD分类 | 样本量相对有限，需要更大规模验证 | 开发基于空间转录组学的IBD亚型分类和诊断方法 | 健康对照、溃疡性结肠炎和克罗恩病患者的结肠黏膜组织 | 空间转录组学 | 炎症性肠病 | 空间转录组学，非负矩阵分解，多层感知器 | MLP | 空间转录组数据 | 健康对照、UC和CD患者的结肠黏膜样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 415 | 2025-10-05 |
Genome-wide association study identifies FUT2 rs601338 polymorphism linking intra-pancreatic fat deposition to chronic pancreatitis
2025-Sep, Pancreatology : official journal of the International Association of Pancreatology (IAP) ... [et al.]
IF:2.8Q2
DOI:10.1016/j.pan.2025.07.407
PMID:40744837
|
研究论文 | 通过全基因组关联研究揭示FUT2基因rs601338多态性通过影响胰腺脂肪沉积与慢性胰腺炎风险的关联机制 | 首次通过大规模GWAS发现胰腺脂肪沉积的遗传基础，结合单细胞转录组学确认FUT2基因在胰腺外分泌部的特异性表达 | 研究人群主要为欧洲裔，样本代表性有限；未深入探讨FUT2影响胰腺脂肪沉积的具体分子机制 | 探索胰腺脂肪沉积的遗传基础及其对胰腺疾病风险的影响 | 20,040名欧洲裔个体（排除急/慢性胰腺炎和胰腺癌患者） | 基因组学 | 慢性胰腺炎 | 全基因组关联研究(GWAS), 共定位分析, 转录组关联研究(TWAS), 单细胞转录组学 | 回归模型, 交互作用分析 | 基因组数据, 转录组数据, 临床数据 | 20,040人 | UK Biobank | 基因组测序, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 416 | 2025-10-05 |
ALKBH5 demethylates the m6A modification of SOCS3 in microglia/macrophages and alleviates neuroinflammation after brain injury
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504697122
PMID:40986354
|
研究论文 | 本研究揭示了ALKBH5通过去甲基化SOCS3的m6A修饰缓解脑损伤后神经炎症的分子机制 | 首次发现ALKBH5-m6A-SOCS3调控轴在脑损伤后小胶质细胞/巨噬细胞驱动的神经炎症中的关键作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中验证 | 探究m6A RNA修饰在创伤性脑损伤后神经炎症中的作用机制 | 小胶质细胞/巨噬细胞 | 分子生物学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序, m6A RNA免疫沉淀测序, MeRIP-qPCR, RNA pull-down | NA | RNA测序数据 | 多个时间点的脑损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序, m6A测序 | NA | NA |
| 417 | 2025-10-05 |
Prolonged immune activation in post-acute sequelae of SARS-CoV-2: neutrophil dynamics and therapeutic insights
2025-Sep-24, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01539-5
PMID:40987794
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研究论文 | 本研究通过仓鼠模型揭示了SARS-CoV-2感染后长期症状中中性粒细胞持续激活的机制，并验证了靶向中性粒细胞炎症的治疗策略 | 首次在小仓鼠模型中系统揭示PASC的免疫机制，发现中性粒细胞持续激活是驱动长期炎症的关键因素，并验证了Sivelestat等小分子抑制剂的治疗效果 | 研究基于动物模型，结果需要进一步在人类临床试验中验证；样本量相对有限 | 探究SARS-CoV-2感染后长期症状的免疫机制并寻找有效治疗策略 | 小仓鼠模型及感染后30天的组织样本 | 免疫学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学 | 动物疾病模型 | 基因表达数据，组织病理图像 | SARS-CoV-2感染组46.25-47.50%存活率，其中13.75%发展为PASC表型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 418 | 2025-10-05 |
DisConST: Distribution-aware Contrastive Learning for Spatial Domain Identification
2025-Sep-24, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf085
PMID:40990806
|
研究论文 | 提出一种基于分布感知对比学习的空间转录组学空间域识别新方法 | 首次将零膨胀负二项分布与图对比学习结合，有效整合空间位置、转录组谱和细胞类型比例信息 | NA | 提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性 | 来自不同测序平台的组织、器官和胚胎空间转录组数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组测序 | 对比学习, 图神经网络 | 空间基因表达数据 | 多种组织和胚胎样本（具体数量未明确说明） | 多种测序平台（具体公司未明确说明） | 空间转录组学 | NA | NA |
| 419 | 2025-10-05 |
Impaired early type I interferon responses to influenza virus infection in aged mice are associated with subsequent increased pulmonary inflammation
2025-Sep-23, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01892-3
PMID:40987991
|
研究论文 | 本研究通过比较年轻和老年小鼠对甲型流感病毒感染的先天免疫反应，揭示衰老导致早期I型干扰素反应受损并增强后期肺部炎症的机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示老年小鼠在流感病毒感染后不同免疫细胞中持续炎症反应的分子特征 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠模型，结果可能需要人类研究验证 | 探究衰老对流感病毒感染先天免疫反应的影响机制 | 年轻(12周)和老年(70周)C57BL/6J小鼠 | 免疫学 | 流感病毒感染 | qRT-PCR, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 年轻和老年C57BL/6J小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 420 | 2025-10-05 |
Leveraging single-cell transcriptomics of developing rat ocular outflow tissues to prioritize congenital glaucoma candidate genes
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672439
PMID:40909638
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析发育期大鼠眼房水流出通路的基因表达，为先天性青光眼候选基因的优先排序提供资源 | 首次生成了发育期房水流出通路的单细胞RNA测序数据集，揭示了395个在发育TM/SC亚型中特异性上调的基因 | 研究基于大鼠模型，与人类疾病存在物种差异；仅分析了三个关键发育阶段 | 识别先天性青光眼的候选致病基因并理解房水流出通路的发育机制 | 发育期大鼠眼房水流出通路组织，特别是小梁网和Schlemm管 | 单细胞转录组学 | 先天性青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 86,653个细胞，包含超过10,000个TM/SC相关细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |