单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 827 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomic profiling of C. elegans Q neuroblast lineage during migration and differentiation
2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675151
PMID:40964368
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序研究秀丽隐杆线虫Q神经母细胞谱系在迁移和分化过程中的分子机制 | 构建了Q神经母细胞谱系的稳健转录组分化图谱，发现了这些细胞中先前未描述的新基因，并揭示了Wnt相关新机制包括左右不对称表达和Wnt/β- catenin不对称通路在Q谱系中的参与 | NA | 研究神经母细胞迁移和分化的分子机制 | 秀丽隐杆线虫Q神经母细胞谱系细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，FACS，功能富集分析，成像 | NA | 单细胞转录组数据 | 发育不同阶段的Q谱系细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 402 | 2025-10-05 |
Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone
2025-Sep-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452
PMID:40118056
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研究论文 | 本研究通过整合六个已发表的单细胞RNA测序数据集，分析了脑室下区神经干细胞的异质性及其标记物选择对细胞状态识别的影响 | 首次系统比较不同神经干细胞标记物方法对细胞状态选择的偏好性，并提供了优化富集特定神经干细胞状态的框架 | 研究仅基于已发表的六个数据集，未进行新的实验验证 | 评估不同神经干细胞标记物方法是否对特定细胞状态具有选择性偏好 | 成年小鼠脑室下区的神经干细胞 | 单细胞生物学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 六个已发表数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 403 | 2025-10-05 |
Computationally resolved neuroprogenitor cell biomarkers associate with human disorders
2025-Sep-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102606
PMID:40845852
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研究论文 | 通过计算算法识别神经祖细胞生物标志物及其与人类神经系统疾病的关联 | 开发计算数字分选算法解析复杂基因表达数据，首次系统识别129个小鼠NPC富集基因并验证其人类同源基因与神经系统疾病的关联 | 基于小鼠模型数据推导人类疾病关联，需要进一步实验验证功能机制 | 识别定义神经祖细胞的特定基因并探索其与人类神经系统疾病的关联 | 小鼠神经干细胞和祖细胞（NPCs）及其人类同源基因 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），计算数字分选算法（DSA） | 模式识别算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 404 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptome and surfaceome profiling of the adult human retinal pigment epithelium
2025-Sep-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102611
PMID:40882639
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和表面蛋白组分析揭示了成人视网膜色素上皮细胞的异质性 | 首次使用CITE-seq技术同时分析成人视网膜色素上皮细胞的转录组和表面蛋白组，发现了具有独特空间分布和功能特征的RPE亚群 | NA | 探索成人视网膜色素上皮细胞的亚群多样性及其对视网膜生物学的影响 | 成人视网膜色素上皮细胞 | 单细胞组学 | 年龄相关性黄斑变性 | CITE-seq, 免疫组织化学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 表面蛋白数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 405 | 2025-10-05 |
Gene-Expression Programs in Salivary Gland Adenoid Cystic Carcinoma Analyzed Using Single-Cell and Spatial Transcriptomics
2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.01.673548
PMID:40950184
|
研究论文 | 利用单细胞和空间转录组学分析唾液腺腺样囊性癌的基因表达程序 | 首次对唾液腺腺样囊性癌进行空间转录组学分析，结合单细胞测序揭示肿瘤异质性和空间表型特征 | 样本量相对有限（单细胞样本n=4，空间样本n=5），需要更大队列验证发现 | 解析SGACC的肿瘤异质性、分子特征和微环境相互作用 | 唾液腺腺样囊性癌患者组织样本 | 数字病理学 | 唾液腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 单细胞样本4例, 空间转录组样本5例 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间转录组平台，2μm平方高分辨率 |
| 406 | 2025-10-05 |
Germline stem cell isolation, lineage tracing, and aging in a protochordate
2025-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.31.673173
PMID:40949951
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研究论文 | 本研究通过建立新的生殖干细胞分离和谱系追踪方法，揭示了原索动物生殖干细胞衰老的分子机制 | 开发了结合膜标记生殖干细胞移植与单细胞RNA测序的新型谱系追踪方法，并利用新的PacBio基因组组装提高了分析精度 | 研究仅限于原索动物模型，在哺乳动物中的直接适用性需要进一步验证 | 探究衰老对生殖干细胞适应度的影响及其在生殖衰老中的作用机制 | 原索动物的生殖干细胞、发育中配子和成熟配子 | 发育生物学 | 生殖衰老 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、PacBio长读长测序、谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据、基因组数据 | 年轻和年老生殖干细胞样本 | PacBio | 单细胞RNA-seq, 基因组测序 | PacBio测序平台 | PacBio长读长基因组测序技术 |
| 407 | 2025-10-05 |
Reproducible single-cell annotation of programs underlying T cell subsets, activation states and functions
2025-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02793-1
PMID:40903640
|
研究论文 | 开发了T-CellAnnoTator (TCAT)流程，通过同时量化预定义的基因表达程序来改进T细胞表征 | 引入TCAT流程，能够同时量化捕获T细胞激活状态和细胞亚群的预定义基因表达程序，识别出46个可重复的GEPs | NA | 改进T细胞表征，识别T细胞亚群、激活状态和功能背后的基因表达程序 | T细胞 | 单细胞分析 | 肿瘤免疫 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 来自700个个体的1,700,000个T细胞，涵盖38个组织和五种疾病背景 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 408 | 2025-10-05 |
scnanoseq: an nf-core pipeline for Oxford Nanopore single-cell RNA-sequencing
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf487
PMID:40905625
|
研究论文 | 开发了一个用于Oxford Nanopore单细胞RNA测序数据的标准化分析流程 | 首个基于nf-core框架的Oxford Nanopore长读长单细胞RNA测序分析流程，无需短读长数据辅助即可准确识别细胞条形码和分子标识符 | 未提及具体性能评估数据和应用案例验证 | 解决长读长单细胞RNA测序数据分析中缺乏模块化、可移植工作流程的问题 | 单细胞和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，长读长测序 | NA | 基因组测序数据 | NA | Oxford Nanopore | 单细胞RNA-seq | Oxford Nanopore测序平台 | Oxford Nanopore长读长单细胞RNA测序 |
| 409 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptome analysis of the human eyelid depicts meibomian gland cell differentiation: A pilot study
2025-Sep, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70571
PMID:40969146
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析人类眼睑描绘睑板腺细胞分化过程 | 首次提供人类睑板腺转录组空间图谱，识别了睑板腺特异性标志物 | 样本量有限，仅为初步研究 | 表征睑板腺分泌产物的转录程序 | 人类眼睑组织 | 空间转录组学 | 眼科疾病 | 空间转录组学，免疫组织化学 | 自组织映射(SOM)，伪时间分析 | 空间转录组数据，图像数据 | 1例60岁男性样本，另加3例老年人验证样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 410 | 2025-10-05 |
scPOEM: robust co-embedding of peaks and genes revealing peak-gene regulation
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf483
PMID:40889281
|
研究论文 | 提出一种名为scPOEM的新型嵌入方法，能够将染色质可及性峰和表达基因共同投影到共享低维空间 | 通过整合峰-峰、峰-基因和基因-基因相互作用关系，在嵌入空间中为相关的峰-基因对分配更接近的表示 | NA | 识别染色质区域中影响基因表达的调控元件，理解基因调控和疾病机制 | 染色质可及性峰和表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 嵌入方法 | 单细胞多组学数据 | NA | 10x Genomics | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞多组学平台 |
| 411 | 2025-10-05 |
scafari: exploring scDNA-seq data
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf477
PMID:40891892
|
研究论文 | 开发了一个名为scafari的R包，用于单细胞DNA测序数据的质量控制和探索性分析 | 提供了首个针对单细胞DNA测序数据的开源、用户友好的数据处理和质量分析工具 | NA | 解决单细胞DNA测序数据缺乏易用分析工具的问题 | 单细胞DNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | 基因组测序数据 | NA | Mission Bio | 单细胞DNA测序 | Tapestri | Tapestri单细胞DNA测序平台 |
| 412 | 2025-10-05 |
Partial Compensation of IL-17 Production by Vγ1 T Cells in the Absence of Vγ4 and Vγ6 T Cells
2025-Sep, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.70061
PMID:40974348
|
研究论文 | 本研究探讨了在缺乏Vγ4和Vγ6 γδ T细胞的情况下，Vγ1 T细胞对IL-17产生的部分补偿作用 | 首次揭示Vγ1 T细胞在Vγ4/Vγ6缺失条件下对IL-17产生的有限补偿能力，并明确Vγ4⁺和Vγ6⁺亚群在IL-17介导免疫中的不可替代作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证；补偿机制的具体分子通路尚未完全阐明 | 探究IL-17产生型γδ T细胞中γδ TCR的生物学功能和重要性 | 缺乏Vγ4和Vγ6 γδ TCR的小鼠模型中的γδ T细胞 | 免疫学 | NA | 流式细胞术, TCR测序, 单细胞转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, TCR序列数据, 流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 413 | 2025-10-05 |
Efferocytosis and M2 Macrophage Polarization Gene Expression Correlates With Relapsed and Refractory Classical Hodgkin Lymphoma Patients: A Multi-Omic Analysis
2025-Sep, Hematological oncology
IF:3.3Q2
DOI:10.1002/hon.70135
PMID:40976706
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示霍奇金淋巴瘤中胞葬作用和M2巨噬细胞极化基因表达与治疗失败的相关性 | 开发了37基因HRS细胞特征用于单细胞数据识别，首次发现胞葬作用介导的M2巨噬细胞极化是cHL的关键免疫检查点 | 样本量相对有限（130例患者），需进一步验证模型的临床适用性 | 研究经典霍奇金淋巴瘤治疗失败的预测因子和免疫微环境机制 | 经典霍奇金淋巴瘤患者和HRS细胞 | 生物信息学 | 霍奇金淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 批量转录组分析, 细胞互作分析 | 岭回归模型, 层次聚类 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 130例cHL患者 | NA | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | NA | NA |
| 414 | 2025-10-05 |
Tryptophan metabolic dysregulation drives immune activation and cartilage degradation in osteoarthritis: Functional validation integrated with transcriptomic and single-cell RNA sequencing
2025-Sep-30, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152497
PMID:40907267
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学和单细胞RNA测序分析，揭示了色氨酸代谢紊乱在骨关节炎中驱动免疫激活和软骨退化的机制 | 首次系统阐明色氨酸代谢异常通过犬尿氨酸途径驱动骨关节炎免疫激活和软骨退化的代谢机制，并鉴定出代谢基因富集的软骨细胞亚群 | 研究主要基于体外细胞模型，需要进一步在动物模型和临床样本中验证 | 探究色氨酸代谢异常在骨关节炎发病机制中的作用 | 骨关节炎软骨组织、IL-1β刺激的软骨细胞 | 单细胞测序 | 骨关节炎 | 转录组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 415 | 2025-10-05 |
UCP2 is identified as a therapeutic target for abdominal aortic aneurysm by comprehensive bioinformatic analysis and experimental validation
2025-Sep-30, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152589
PMID:40915059
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研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证，确定UCP2作为腹主动脉瘤的潜在治疗靶点 | 首次系统研究胞葬作用相关基因在腹主动脉瘤中的作用，并发现UCP2在巨噬细胞中高表达且其抑制剂能显著减缓疾病进展 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证，需要在更多临床样本中进一步验证 | 探究胞葬作用相关基因在腹主动脉瘤发病机制中的作用并寻找治疗靶点 | 腹主动脉瘤患者组织样本和弹性蛋白酶诱导的小鼠AAA模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，机器学习，免疫荧光染色 | LASSO，随机森林，XGBoost | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | 使用GSE47472、GSE57691和GSE7084等多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 416 | 2025-10-05 |
A practical guide to spatial transcriptomics: lessons from over 1000 samples
2025-Sep-19, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.08.020
PMID:40975650
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指南 | 基于1000多个空间样本处理经验的空间转录组学实用指南 | 整合了跨多个平台的1000多个空间样本的处理和分析经验，为领域提供首个大规模实践经验总结 | NA | 为研究人员提供空间转录组学实验的实用指导，支持稳健可重复的空间工作流程 | 空间转录组学实验的设计、执行和分析过程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达空间数据 | 超过1000个空间样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 多个空间转录组学平台 |
| 417 | 2025-10-05 |
Multi-modal characterization of metabolic and immune gene clusters in adrenocortical carcinoma treatment
2025-Sep-18, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01092-4
PMID:40968257
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研究论文 | 通过多模态分析开发肾上腺皮质癌的类固醇相关免疫评分系统，并验证其预测免疫治疗和激素抑制治疗反应的能力 | 开发了基于多模态分析的SIS评分系统，揭示了代谢和免疫基因簇的协同调控机制，发现ACC与精神分裂症的代谢特征相似性 | 样本量相对有限，需要进一步大样本验证 | 提高肾上腺皮质癌的精准医疗水平并改善患者预后 | 肾上腺皮质癌患者 | 数字病理学 | 肾上腺皮质癌 | 单细胞RNA测序, 多模态分析, 体外功能实验 | ResNet50, Vision Transformer-B16, CAMs | 基因组数据, 数字病理图像, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 418 | 2025-10-05 |
DAESC+: High-performance, integrated software for single-cell allele-specific expression data
2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.03.674100
PMID:40964337
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研究论文 | 开发了用于单细胞等位基因特异性表达数据处理和分析的高性能集成软件DAESC+ | 提供了首个端到端的单细胞ASE专用计算工具，预处理模块DAESC-P比现有SALSA流程更准确，分析模块DAESC-GPU比前代方法DAESC快数十倍且可扩展至百万级细胞 | NA | 开发高性能的单细胞等位基因特异性表达数据分析工具 | 单细胞等位基因特异性表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GPU加速计算 | 单细胞RNA测序数据 | OneK1K队列子集（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 419 | 2025-10-05 |
Spatiotemporal analysis of Crohn's disease reveals PECAM2 signaling at the basis of the inflammation-to-fibrosis transition
2025-Sep-07, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaf130
PMID:40680170
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研究论文 | 通过时空转录组学分析克罗恩病，揭示PECAM2信号在炎症向纤维化转变中的关键作用 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，系统解析克罗恩病中炎症向纤维化转变的细胞分子机制，并发现PECAM2-CD38信号轴的关键驱动作用 | 样本量相对有限（13个手术标本），研究结果需要在更大队列中进一步验证 | 阐明克罗恩病从慢性炎症向纤维化发展的分子机制 | 克罗恩病患者手术标本、TNBS诱导的慢性结肠炎小鼠模型 | 空间转录组学 | 克罗恩病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 免疫染色, 配体-受体相互作用分析, 伪时间分析 | 计算分析流程, TNBS诱导的小鼠结肠炎模型 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 免疫染色图像 | 13个手术标本（包括炎症组织、纤维化组织和健康对照） | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 420 | 2025-10-05 |
Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles
2025-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791
PMID:40348058
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析CTNNB1突变子宫内膜癌中β-连环蛋白不同亚细胞定位导致的转录谱差异 | 首次发现β-连环蛋白在CTNNB1突变子宫内膜癌中的亚细胞定位差异导致瘤内转录异质性，并鉴定出TROP2作为Wnt/β-连环蛋白信号通路的新治疗靶点 | 研究样本量有限，未明确说明具体病例数量；空间转录组学分析仅针对选定区域 | 确定β-连环蛋白不同亚细胞定位对子宫内膜癌下游基因表达的影响 | CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样子宫内膜癌组织 | 空间转录组学 | 子宫内膜癌 | 空间转录组学，差异表达分析，层次聚类分析 | NA | 空间转录组数据，蛋白质定位数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |