单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 857 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2025-10-05 |
Protocol for single-cell dissociation of head and neck cancer organoids
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103930
PMID:40616840
|
研究论文 | 本文介绍了一种将头颈部鳞状细胞癌患者来源类器官解离为可用于下游应用的活单细胞悬液的实验方案 | 开发了通过0.05%胰蛋白酶孵育和温和机械解离最大化单细胞产量的优化方案，避免高浓度胰蛋白酶和长时间孵育导致的细胞聚集和活力下降 | NA | 建立头颈部癌症类器官单细胞解离的实验方案 | 头颈部鳞状细胞癌患者来源类器官 | NA | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序，药物筛选，流式细胞术，活细胞成像 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 382 | 2025-10-05 |
Protocol for predicting single- and multiple-dose-dependent gene expression using deep generative learning
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103932
PMID:40650899
|
研究论文 | 提出使用深度生成学习预测单剂量和多剂量依赖性基因表达的协议 | 开发了scVIDR模型，一种专门用于模拟剂量依赖性化学扰动下单细胞基因表达的变分自编码器 | NA | 建立预测剂量依赖性基因表达的计算方法 | 单细胞基因表达数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | VAE（变分自编码器） | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 383 | 2025-10-05 |
Protocol for conducting a single-cell sequencing assay for transposase-accessible chromatin analysis
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103960
PMID:40700014
|
研究论文 | 本文提供了一个使用公开数据集进行单细胞ATAC测序分析的详细操作流程 | 为scATAC-seq分析新手提供了标准化的分析流程指南，包括数据预处理、下游分析和计算多组学整合 | 仅使用公开数据集作为示例，未涉及实验设计或数据生成阶段 | 建立标准化的单细胞ATAC测序分析流程 | 单细胞染色质可及性数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC测序 | NA | 基因组测序数据 | 公开数据集（未指定具体样本数量） | NA | single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 384 | 2025-10-05 |
Protocol for automated graph-based clustering of single-cell RNA-seq data with application in mouse intestinal stem cells
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104000
PMID:40748762
|
研究论文 | 提出一种从小鼠肠道分离高度纯化的隐窝上皮细胞并进行单细胞RNA测序的自动化流程 | 开发了ACDC Python软件包，实现大规模单细胞RNA测据集的自动化图论聚类分析 | 主要针对小鼠空肠优化，但可适用于其他肠道区域 | 建立单细胞RNA测序数据的自动化聚类分析流程 | 小鼠肠道隐窝上皮细胞 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 图论聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 385 | 2025-10-05 |
A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate
2025-Sep-19, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2025.101230
PMID:40974890
|
研究论文 | 构建了小鼠前列腺在睾丸切除诱导雄激素剥夺后的时空细胞组成和基因表达图谱 | 发现了新的ORX诱导成纤维细胞亚型，整合空间转录组学和单细胞分析揭示了前列腺各叶对雄激素剥夺的特异性响应 | 研究仅限于小鼠模型，缺乏人类前列腺组织的验证 | 解析雄激素剥夺疗法对前列腺细胞组成和基因表达的时空调控机制 | 小鼠前列腺组织 | 空间转录组学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 小鼠前列腺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 386 | 2025-10-05 |
Predicting the structural impact of human alternative splicing
2025-Sep-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03744-x
PMID:40963109
|
研究论文 | 使用AlphaFold2预测人类选择性剪接异构体的结构影响 | 首次大规模预测人类选择性剪接异构体的三维结构，并系统分析剪接对结构特性的影响 | 仅基于计算预测，缺乏实验验证 | 研究选择性剪接对蛋白质结构和功能的影响 | 11,000多个人类剪接异构体 | 计算生物学 | NA | 蛋白质结构预测，单细胞RNA测序 | AlphaFold2 | 蛋白质序列，单细胞RNA-seq数据 | 超过11,000个人类剪接异构体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | Tabula Sapiens项目的单细胞RNA-seq数据 |
| 387 | 2025-10-05 |
LIGHT in combination with IL-13 or IL-17 drives inflammatory transcriptional signatures in human pulmonary fibroblasts relevant for human lung disease
2025-Sep-17, ImmunoHorizons
DOI:10.1093/immhor/vlaf042
PMID:40972652
|
研究论文 | 本研究探讨LIGHT与IL-13或IL-17协同作用对人肺成纤维细胞炎症转录特征的影响 | 首次揭示LIGHT与IL-13/IL-17的协同作用能诱导更强的炎症转录特征，并验证这些特征在间质性肺病患者成纤维细胞中存在 | 研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证 | 探究驱动肺成纤维细胞炎症转录特征的细胞因子及其在肺部疾病中的作用 | 人肺成纤维细胞 | 转录组学 | 肺部疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 388 | 2025-10-05 |
Smooth muscle expression of RNA editing enzyme ADAR1 controls activation of the RNA sensor MDA5 in atherosclerosis
2025-Sep-16, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00710-5
PMID:40958051
|
研究论文 | 本研究揭示了RNA编辑酶ADAR1通过调控MDA5激活在动脉粥样硬化中的保护机制 | 首次发现平滑肌细胞特异性需要RNA编辑，并阐明ADAR1-MDA5轴在动脉粥样硬化中的细胞类型特异性调控机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展 | 探究RNA编辑在冠状动脉疾病中的作用机制 | 人类斑块样本、人冠状动脉平滑肌细胞、条件性基因敲除小鼠模型 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，基因敲除技术 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | Athero-Express颈动脉内膜切除队列样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 389 | 2025-10-05 |
Systematic identification of oscillatory gene expression in single cell types
2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.673125
PMID:40950173
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和新型计算方法系统识别了单个细胞类型中的振荡基因表达 | 开发了识别振荡基因和细胞类型的严格统计方法，首次在胶质细胞等被忽视的细胞类型中发现振荡基因表达 | 未在神经元或肌肉细胞中检测到振荡基因表达，可能存在技术检测限制 | 系统识别单个细胞类型中的振荡基因表达模式 | 果蝇幼虫发育过程中的各种细胞类型 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, PCA分析, UMAP分析 | 统计模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 390 | 2025-10-05 |
Absolute copy number aware CNV calling of sub-megabase segments in ultra-low coverage single-cell DNA sequencing data
2025-Sep-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf919
PMID:40973453
|
研究论文 | 提出ASCENT计算方法，用于超低覆盖度单细胞DNA测序数据中的拷贝数变异检测 | 基于统计建模而非参考比较实现真正的绝对拷贝状态推断，并实现无需参考的拷贝中性杂合性缺失检测 | 未提及具体样本数量限制或方法适用范围 | 开发适用于超低覆盖度单细胞DNA测序数据的拷贝数变异检测方法 | 单细胞DNA测序数据，特别是儿科B-ALL样本 | 生物信息学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 全基因组测序，单细胞DNA测序 | 统计建模，联合分割方法 | DNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞DNA测序，全基因组测序 | NA | 基于直接tagmentation的全基因组测序 |
| 391 | 2025-10-05 |
Mining Spatial Transcriptomics Datasets using DeepSpaceDB
2025-Sep-05, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68892
PMID:40982393
|
研究论文 | 介绍空间转录组学数据库DeepSpaceDB及其在生物医学研究中的应用 | 开发了首个综合性动态空间转录组学数据库DeepSpaceDB，提供先进工具和交互功能 | 空间转录组学仍是一项高度专业化的实验技术，存在显著的技术和财务限制 | 促进空间转录组学数据的可及性和探索 | 小鼠脑组织样本和结直肠癌转移的鼠肝组织 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 多个公开数据集（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 392 | 2025-10-05 |
Morphogen-guided neocortical organoids recapitulate regional areal identity and model neurodevelopmental disorder pathology
2025-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.672952
PMID:40950130
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过形态发生素引导生成具有区域特异性的大脑皮层类器官的方法，并利用该平台模拟神经发育障碍病理 | 通过短期早期暴露于前部或后部形态发生素，建立了能够重现大脑皮层区域特性的类器官模型 | 当前的大脑皮层类器官模型在很大程度上未能重现这种区域化模式 | 建立能够模拟大脑皮层区域特性并研究神经发育障碍病理的平台 | 人类新皮层类器官和脆性X综合征模型 | 发育神经生物学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 393 | 2025-10-05 |
Multi-omics investigation of Bisphenol A in gastrointestinal carcinogenesis: a network toxicology and molecular docking approach
2025-Sep, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109785
PMID:40939530
|
研究论文 | 通过多组学方法和分子对接技术研究双酚A在胃肠道肿瘤发生中的致癌机制 | 首次系统整合转录组学和单细胞转录组学数据，揭示BPA通过代谢重编程、肿瘤微环境重塑和细胞周期失调三重机制促进胃肠道肿瘤发生 | 基于数据库分析，需要进一步实验验证 | 系统研究双酚A在胃肠道肿瘤中的潜在致癌机制 | 肝内胆管癌、结直肠癌和食管癌三种胃肠道肿瘤 | 生物信息学 | 胃肠道肿瘤 | 网络毒理学、分子对接、转录组学、单细胞转录组学 | 分子对接模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 394 | 2025-10-05 |
Scaling up spatial transcriptomics for large-sized tissues: uncovering cellular-level tissue architecture beyond conventional platforms with iSCALE
2025-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02770-8
PMID:40954300
|
研究论文 | 本研究开发了iSCALE方法，用于重建大规模超分辨率基因表达图谱并自动注释超出当前空间转录组平台捕获区域样本的细胞级组织结构 | 突破了现有空间转录组技术在成本、周转时间、分辨率、基因覆盖度和组织捕获面积方面的限制，能够分析超出常规平台捕获范围的大型组织样本 | 未明确说明样本数量的限制或方法在其他组织类型中的适用性 | 开发能够分析大型组织样本的空间转录组方法，揭示传统方法无法检测的细胞特征 | 多发性硬化症人类脑组织样本 | 空间转录组学 | 多发性硬化症 | 空间转录组学，免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据，空间位置数据，病理学注释 | NA | NA | 空间转录组学 | iSCALE | 能够重建大规模超分辨率基因表达图谱并自动注释细胞级组织结构的方法 |
| 395 | 2025-10-05 |
Polyethylene terephthalate microplastics exposure enhances the risk of ulcerative colitis: insights from multi-omics integration, machine learning, and molecular docking reveal intestinal toxicity mechanisms
2025-Sep-22, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003476
PMID:40981471
|
研究论文 | 本研究通过多组学整合、机器学习和分子对接揭示了聚乙烯对苯二甲酸酯微塑料暴露增加溃疡性结肠炎风险的肠道毒性机制 | 首次整合多组学数据与机器学习算法筛选PET-MPs诱导UC的关键基因，并通过分子对接和动物实验验证其作用机制 | 研究主要基于公共数据库数据和动物模型，需要进一步临床验证 | 探究PET微塑料暴露与溃疡性结肠炎风险增加的分子机制 | PET微塑料、溃疡性结肠炎相关基因、动物模型肠道组织 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎 | 多组学整合、机器学习、分子对接、单细胞测序、Western blot | 三种机器学习算法筛选关键基因，八种算法SHAP分析 | 基因组数据、蛋白表达数据 | 动物模型实验组（DSS + PET-MPs组）与对照组 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 396 | 2025-10-05 |
DiSTect: a Bayesian model for disease-associated gene discovery and prediction in spatial transcriptomics
2025-Sep-22, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf530
PMID:40981505
|
研究论文 | 提出一种名为DiSTect的贝叶斯收缩模型，用于空间转录组学中的疾病相关基因发现和预测 | 通过自回归项整合组织点的空间相关性，采用分层结构分析多个相关样本，并能处理组织内的缺失数据 | NA | 识别疾病指示基因并预测组织点的疾病状态 | HER2阳性乳腺癌和阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 乳腺癌,阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 贝叶斯收缩模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 397 | 2025-10-05 |
CLUEY enables knowledge-guided clustering and cell type detection from sinlge-cell omics data
2025-Sep-22, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf528
PMID:40981522
|
研究论文 | 提出了一种名为CLUEY的知识引导框架，用于单细胞组学数据的细胞类型检测和聚类分析 | 将先验生物学知识整合到聚类过程中，为最佳聚类数量提供指导并增强结果的可解释性 | NA | 解决单细胞组学数据聚类分析中的主观性问题，提供更可靠的细胞类型检测方法 | 单细胞组学数据，包括单模态（如scRNA-seq、scATAC-seq）和多模态数据集（如CITE-seq、SHARE-seq） | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序，多组学测序 | 知识引导聚类框架 | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 398 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies CD8Teff cell activation as a predictive biomarker in triple-negative breast cancer immunotherapy
2025-Sep-19, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-025-00306-2
PMID:40971094
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析三阴性乳腺癌免疫微环境，发现CD8效应T细胞活化可作为免疫治疗疗效预测标志物 | 首次系统揭示CD8Teff细胞在三阴性乳腺癌免疫治疗中的预测价值，并发现CXCL13作为关键调节因子 | 未明确说明样本量大小和研究队列的具体特征 | 探索三阴性乳腺癌免疫治疗的疗效预测生物标志物 | 三阴性乳腺癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | 人工智能模型 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 病理图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 399 | 2025-10-05 |
Mechanistic insights into iguratimod action in asthma-COPD overlap through multi-omics and in-silico modelling
2025-Sep-18, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152673
PMID:40976228
|
研究论文 | 通过多组学和计算机模拟研究艾拉莫德在哮喘-慢阻肺重叠综合征中的作用机制 | 整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合分子对接和分子动力学模拟揭示艾拉莫德在ACO中的多靶点作用机制 | 研究基于生物信息学分析和计算机模拟，缺乏实验验证 | 阐明艾拉莫德在哮喘-慢阻肺重叠综合征中的治疗机制 | 哮喘-慢阻肺重叠综合征相关基因和艾拉莫德药物分子 | 生物信息学 | 呼吸系统疾病 | 批量RNA测序,单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟 | PPI网络分析,分子对接模型,分子动力学模型 | 基因表达数据,蛋白质结构数据 | 来自GEO数据库的批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 400 | 2025-10-05 |
Multi-omics Approaches to CCAAT/Enhancer-Binding Protein Beta in Oral Squamous Cell Carcinoma: Crosstalk Between Tumor Cells and Tumor-Associated Macrophages Driving Disease Progression
2025-Sep-18, Current cancer drug targets
IF:2.3Q3
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示CEBPB通过激活GAS6转录促进口腔鳞癌转移的分子机制 | 首次发现CEBPB通过调控GAS6增强子活性介导肿瘤细胞与巨噬细胞相互作用 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证仍需进一步扩展 | 探究CEBPB在口腔鳞癌中调控肿瘤细胞与免疫细胞相互作用的表观遗传机制 | 口腔鳞癌细胞与肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq, ChIP-qPCR, ELISA, Transwell实验 | HOMER算法, Seurat分析 | 基因组数据, 表观遗传数据, 单细胞数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, ChIP-seq | NA | NA |