单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 857 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-11-30 |
Monocyte Subset Predicts Clinical Outcomes in Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis
2025-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.25.678673
PMID:41256724
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析纤维化过敏性肺炎患者外周血单核细胞亚群与临床预后的关系 | 首次在纤维化过敏性肺炎患者中发现循环单核细胞亚群比例变化与临床预后相关，并建立了多变量预测模型 | 样本量相对有限（33例fHP患者），仅使用外周血单核细胞进行分析 | 探索纤维化过敏性肺炎患者外周血免疫细胞特征与临床预后的关联 | 纤维化过敏性肺炎患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 单细胞基因组学 | 过敏性肺炎 | 单细胞RNA测序 | 多变量预测模型，DESeq2差异表达分析 | 单细胞RNA测序数据 | 33例纤维化过敏性肺炎患者和36例健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2025-11-30 |
Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type-specific responses in primary human pancreatic islets
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116211
PMID:40892543
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示柯萨奇病毒B3感染在人胰岛中引发独特的细胞类型特异性反应 | 挑战了关于胰岛特异性病毒靶向的长期假设，发现导管细胞而非β细胞表现出最强的干扰素和HLA相关反应，并鉴定长非编码RNA MIR7-3HG在调节病毒感染中的作用 | 使用人尸体胰岛可能无法完全反映活体状态，干细胞衍生的胰岛模型可能与原代胰岛存在差异 | 探究柯萨奇病毒B感染对不同类型人胰岛细胞的特异性影响及其与1型糖尿病的关联 | 原代人胰岛细胞和干细胞衍生的胰岛 | 单细胞生物学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人尸体胰岛样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2025-11-29 |
Multi-omics integration at cell type resolution uncovers gene-metabolite mechanisms underlying osteoarthritis heterogeneity
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.26.678886
PMID:41256619
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和代谢组学数据，在细胞类型分辨率下揭示骨关节炎异质性的基因-代谢物机制 | 首次在细胞类型分辨率下构建基因-代谢物关联网络，发现细胞类型特异性和泛细胞类型枢纽分子 | 样本量相对有限（119例患者），未涉及其他组学数据整合 | 揭示骨关节炎代谢失调的分子机制和异质性基础 | 119例骨关节炎患者的骨髓样本 | 机器学习 | 骨关节炎 | 代谢组学, 单细胞转录组学 | 机器学习模型 | 代谢组数据, 单细胞转录组数据 | 119例骨关节炎患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
| 24 | 2025-11-28 |
scTWAS: A powerful statistical framework for single-cell transcriptome-wide association studies
2025-Sep-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6531106/v1
PMID:41256005
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞转录组范围关联研究的统计方法scTWAS，能够在单细胞水平进行细胞类型特异性分析 | 开发了基于潜变量模型和矩估计的统计框架，专门解决单细胞数据中的强噪声、技术变异和高稀疏性挑战 | NA | 开发能够利用单细胞RNA测序数据进行细胞类型特异性转录组范围关联研究的统计方法 | 血液和脑组织中的不同细胞类型，包括免疫细胞、小胶质细胞和星形胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病,免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 潜变量模型,矩估计 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2025-11-28 |
Comparative Single-Cell Transcriptome Analysis of c-Met Receptor Expressing and Non-Expressing Projection Neurons in the Developing Frontal and Visual Cortices
2025-Sep-25, Developmental neuroscience
IF:2.3Q3
DOI:10.1159/000548617
PMID:40996948
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较发育中前额叶和视觉皮层c-Met受体表达与非表达投射神经元的转录组差异 | 首次在发育阶段系统比较同一投射神经元亚类中Met+和Met-群体的转录组差异，揭示MET信号通路在皮层回路异步成熟中的作用 | 研究仅关注小鼠发育早期阶段，未涵盖其他发育时期或物种 | 探究发育中皮层投射神经元亚类内转录组异质性的分子机制 | 小鼠视觉和前额叶皮层的投射神经元 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, smFISH | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | 小鼠皮层神经元（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2025-11-28 |
ScReNI: Single-cell Regulatory Network Inference Through Integrating scRNA-seq and scATAC-seq Data
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf060
PMID:40591481
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研究论文 | 开发了一种名为ScReNI的新型算法，通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据推断单细胞水平的基因调控网络 | 提出首个能够同时分析配对和非配对scRNA-seq与scATAC-seq数据集的算法，采用改进的随机森林推断非线性调控关系，并具备识别细胞富集调控因子的独特功能 | NA | 开发单细胞特异性调控网络推断方法 | 单细胞基因表达与染色质可及性数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 最近邻算法, 改进的随机森林 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 27 | 2025-11-27 |
Sclerotic GVHD and Scleroderma Share Dysregulated Gene Expression that is Ameliorated by EREG Therapeutic Antibody
2025-Sep-17, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025029836
PMID:40961242
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研究论文 | 本研究开发了一种全人源抗EREG中和抗体，用于治疗硬皮病和硬化性移植物抗宿主病等纤维化皮肤疾病 | 首次发现EREG在多种纤维化皮肤病中表达升高，并开发了高亲和力特异性抗EREG治疗抗体 | 样本量较小（仅4例患者），需要更大规模研究验证疗效 | 研究EREG在纤维化皮肤病中的作用机制及开发靶向治疗策略 | 硬皮病/系统性硬化症、局限性硬皮病和硬化性移植物抗宿主病患者 | 数字病理学 | 皮肤纤维化疾病 | 单细胞转录组测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据,蛋白质数据 | 人类EREG敲入小鼠模型和4例SclGvHD患者皮肤组织 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 28 | 2025-11-26 |
Treg activation during allograft tolerance induction requires mitochondrion-induced TGF-β1 in type 1 conventional dendritic cells
2025-Sep-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178960
PMID:40644411
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研究论文 | 本研究揭示了1型常规树突状细胞通过线粒体代谢诱导TGF-β1表达，进而促进抗原特异性调节性T细胞生成和心脏移植物耐受的机制 | 首次发现cDC1细胞在移植物耐受诱导中的关键作用，并阐明线粒体代谢-TGF-β1信号轴调控抗原特异性Treg生成的新机制 | 研究基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证；cDC1特异性基因敲除模型可能存在脱靶效应 | 探究1型常规树突状细胞在实体器官移植物耐受诱导中的作用机制 | 小鼠心脏移植模型、1型常规树突状细胞、CD4+CD25+FoxP3+调节性T细胞 | 免疫学 | 器官移植排斥 | 单细胞RNA测序、代谢分析、基因敲除 | NA | 基因表达数据、代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2025-11-25 |
Computational Drug Repurposing for Alzheimer's Disease via Sheaf Theoretic Population-Scale Analysis of snRNA-seq Data
2025-Sep-29, ArXiv
PMID:41256885
|
研究论文 | 通过层论拓扑方法和机器学习模型，利用群体规模单核RNA测序数据进行阿尔茨海默病药物重定位研究 | 首次将持久层拉普拉斯算子应用于蛋白质-蛋白质相互作用分析，并结合群体规模snRNA-seq数据开发顺序靶点-药物选择模型 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证预测结果 | 开发计算药物重定位方法治疗阿尔茨海默病 | 阿尔茨海默病患者脑组织中的小胶质细胞和脑血管组织细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序(snRNA-seq), 差异基因表达分析, 蛋白质-蛋白质相互作用分析 | 机器学习模型, 持久层拉普拉斯模型 | 基因表达数据 | 来自多患者多区域研究的数十万个细胞核 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2025-11-25 |
Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture
2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626
PMID:40907663
|
研究论文 | 本研究利用小鼠三维肝脏切片模型探究白细胞介素-4在肝脏细胞重编程中的作用 | 首次在保留肝脏复杂细胞相互作用的三维培养系统中揭示IL-4的促再生作用机制 | 研究仅使用小鼠模型，尚未在人类组织中验证 | 探究IL-4在肝脏再生中的细胞重编程作用 | 小鼠肝脏切片（包括正常和硫代乙酰胺诱导的病变肝脏） | 单细胞组学 | 肝坏死/肝纤维化 | 单核RNA测序，免疫组织化学染色，ATP检测 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白质表达数据 | 8-10周龄C57BL/6小鼠的肝脏切片 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2025-11-24 |
Reduced intestinal GLP-1 + cell numbers are associated with an inflammation-related epithelial metabolic signature
2025-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.05.641577
PMID:41040310
|
研究论文 | 本研究探讨肠道炎症中GLP-1+细胞数量减少与炎症相关上皮代谢特征的关系 | 首次系统证明GLP-1+细胞在肠道炎症中普遍减少，并揭示其与线粒体功能障碍和代谢重编程的因果关系 | 主要依赖动物模型，人类数据来自公共数据库，需要进一步临床验证 | 阐明肠内分泌细胞在肠道炎症中的作用机制 | 小鼠模型、克罗恩病患者黏膜活检、肠道类器官 | 分子生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序，转录组分析，器官培养 | NA | 基因表达数据，组织学数据 | 4种小鼠炎症模型和克罗恩病患者活检 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2025-11-24 |
A Single-Cell Atlas of Transcriptome Changes in the Intestinal Epithelium at the Suckling-to-Weaning Transition in Male Rabbits
2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101628
PMID:40907661
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了雄性兔子从哺乳期到断奶期过渡时肠道上皮细胞的转录组变化 | 首次提供了兔子肠道上皮的单细胞图谱，并发现兔子是研究BEST4+上皮细胞的理想模型（该细胞在小鼠中缺失） | 研究仅针对雄性兔子，未包含雌性样本；研究聚焦于盲肠区域，未涵盖整个肠道 | 识别固体食物摄入诱导的肠道上皮各细胞类型的转录组变化 | 雄性兔子肠道上皮细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年龄匹配的同窝哺乳期雄性兔子（摄入与未摄入固体食物组） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2025-11-23 |
A single-cell transcriptomic atlas of inner ear morphogenesis in zebrafish
2025-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.30.679639
PMID:41256471
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了斑马鱼内耳形态发生的转录组图谱 | 首次提供了发育中内耳最全面的转录组分析，发现了半规管发生区的最早标记物、内淋巴囊中组织收缩相关基因、神经丘与耳部感觉斑块的平行基因集，以及在耳道和囊中细胞周期暂停的保守作用 | 研究仅使用斑马鱼胚胎模型，结果在哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 揭示内耳发育过程中不同细胞状态的建立机制 | 野生型和突变型斑马鱼胚胎的内耳组织 | 单细胞转录组学 | 内耳发育异常 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2025-11-23 |
Low Dose GLP-1 Therapy Attenuates Pathological Cardiac and Hepatic Remodelling in HFpEF Independent of Weight Loss
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.26.678829
PMID:41256540
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研究论文 | 本研究探讨低剂量GLP-1受体激动剂在保留射血分数心衰模型中的心脏和肝脏保护作用 | 首次证明低剂量GLP-1受体激动剂在不依赖体重减轻的情况下改善HFpEF的心脏和肝脏病理重构 | 研究使用啮齿类动物模型，结果需在人类临床试验中验证 | 探究低剂量GLP-1受体激动剂在HFpEF中的非体重减轻依赖性治疗机制 | 自发性HFpEF的ZSF1肥胖大鼠 | 心血管疾病研究 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序，蛋白质组学，二维超声心动图，有创血流动力学检测 | 动物模型 | 多组学数据，生理参数，组织学数据 | 6只接受低剂量索马鲁肽治疗的ZSF1肥胖大鼠 | NA | 单细胞RNA测序，蛋白质组学 | NA | NA |
| 35 | 2025-11-23 |
The Integrated Stress Response Pathway Improves Aged Murine Muscle Stem Cell Activation and in vivo Regeneration
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.26.678822
PMID:41256688
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研究论文 | 本研究揭示整合应激反应通路在调控衰老肌肉干细胞激活和再生功能中的关键作用 | 首次发现整合应激反应通路是调控肌肉干细胞状态转变的关键分子调节器，并证明其药理激活可改善衰老肌肉干细胞功能 | 研究主要基于小鼠模型，人类肌肉干细胞中的适用性仍需验证 | 探究衰老过程中肌肉干细胞激活和再生功能的分子调控机制 | 成年和衰老小鼠的肌肉干细胞 | 单细胞生物学 | 衰老相关肌肉疾病 | 单细胞RNA测序, Cell Painting, 异质运动性分析 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据, 表型数据 | 成年和衰老小鼠肌肉干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2025-11-21 |
Scalable nonparametric clustering with unified marker gene selection for single-cell RNA-seq data
2025-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.11.579839
PMID:38405697
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研究论文 | 提出一种名为NCLUSION的非参数聚类方法，能够在单细胞RNA测序数据中同时进行细胞聚类和标记基因选择 | 使用无限混合模型结合贝叶斯稀疏先验，实现聚类与标记基因选择的同步进行，避免了传统方法中差异表达分析带来的假发现率膨胀问题 | NA | 开发可扩展的单细胞RNA测序数据分析方法，解决现有聚类方法的局限性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无限混合模型，变分推断算法 | 基因表达数据 | 可达数百万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-11-20 |
CDK4 or CDK6 upregulation induces DNA replication stress and genomic instability to cause EGFR targeted therapy resistance in lung cancer
2025-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.12.584638
PMID:41256559
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研究论文 | 本研究揭示了CDK4或CDK6上调通过诱导DNA复制应激和基因组不稳定性导致EGFR突变肺癌对靶向治疗产生耐药性的机制 | 首次阐明CDK4/6上调通过复制应激和基因组不稳定性驱动EGFR靶向治疗耐药的具体分子机制 | 机制研究主要基于临床前模型，需要进一步临床验证 | 探究CDK4/6上调导致EGFR突变肺癌靶向治疗耐药的分子机制 | EGFR突变肺腺癌患者样本和临床前模型 | 癌症生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,拷贝数分析 | NA | 基因表达数据,拷贝数变异数据,单细胞测序数据 | EGFR突变肺腺癌患者活检样本和临床前模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2025-11-20 |
Inferring spatial single-cell-level interactions through interpreting cell state and niche correlations learned by self-supervised graph transformer
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.21.608964
PMID:41256640
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研究论文 | 提出一种基于自监督图变换器的模型GITIII，用于从空间转录组数据中推断单细胞水平的细胞间相互作用 | 将细胞视为单词，细胞周围环境视为上下文，通过自监督图变换器学习细胞状态与生态位相关性来推断细胞间相互作用 | NA | 开发能够从空间转录组数据中推断和解释单细胞水平细胞间相互作用的新方法 | 多个物种、器官和平台的四个空间转录组数据集中的细胞 | 空间转录组学 | 肿瘤微环境，脑部疾病 | 空间转录组学，图神经网络 | 图变换器，自监督学习 | 空间转录组数据，单细胞数据 | 四个空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 39 | 2025-11-20 |
Spatiomolecular mapping reveals anatomical organization of heterogeneous cell types in the human nucleus accumbens
2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.10.675374
PMID:40964296
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，构建了人类伏隔核细胞类型和空间域的空间分子图谱 | 首次在人类大脑中发现连续的基因表达空间梯度，揭示了DRD1和DRD2中型多棘神经元更复杂的空间组织模式 | 研究基于10名神经典型成年捐赠者的死后组织样本，样本量相对有限 | 解析人类伏隔核细胞类型和空间组织的分子特征及其与神经精神疾病的关联 | 人类伏隔核组织样本 | 空间转录组学 | 神经精神疾病 | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | 转录组数据, 空间定位数据 | 10名神经典型成年捐赠者的伏隔核组织 | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2025-11-20 |
CD1d+ Goblet Cells Expand Colon-Resident Immature, Intermediate and Differentiated iNKT Cells to Limit Colitis
2025-Sep-25, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7603392/v1
PMID:41041542
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现结肠中存在不同发育阶段的iNKT细胞，并揭示杯状细胞通过CD1d介导的抗原呈递促进iNKT细胞扩增从而抑制结肠炎 | 首次证明成人结肠中存在具有可塑性的iNKT细胞前体，并发现杯状细胞作为非经典抗原呈递细胞的新功能 | NA | 探究结肠iNKT细胞的发育特性和在结肠炎中的保护机制 | 人类和小鼠的结肠iNKT细胞及CD1d+杯状细胞 | 免疫学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |