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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-09-18
Scalable nonparametric clustering with unified marker gene selection for single-cell RNA-seq data
2025-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出一种名为NCLUSION的非参数聚类方法,通过无限混合模型和贝叶斯稀疏先验,在单细胞RNA测序数据中同时进行聚类和标记基因选择 利用无限混合模型和贝叶斯稀疏先验,在聚类的同时进行标记基因选择,避免了传统方法中用户指定启发式和事后差异表达分析导致的假发现率膨胀问题;采用可扩展的变分推断算法,可处理多达数百万个细胞的数据集 仅在公开可用的scRNA-seq数据集上进行了验证,未涉及其他组学数据或更广泛的生物学场景;作为假设生成工具,其发现的聚类和标记基因仍需后续实验验证 解决当前单细胞RNA测序聚类方法中用户指定启发式参数和事后标记基因选择导致假发现率膨胀的两大局限 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 机器学习 NA 单细胞RNA测序 无限混合模型、变分推断 基因表达数据 可处理多达数百万个细胞的数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
22 2026-09-18
LncCE: Landscape of Cellularly-elevated lncRNAs in Single Cells Across Normal and Cancer Tissues
2025-09-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 该研究构建了LncCE资源库,通过分析181个单细胞RNA测序数据集,系统探索正常和癌症组织中细胞特异性高表达lncRNA 首次在单细胞分辨率下系统构建正常和癌症组织中细胞特异性高表达lncRNA图谱,涵盖149种细胞类型、20种胎儿正常组织、59种成人正常组织、32种成人癌症类型和5种儿童癌症类型,并提供lncRNA表达变化的定量可视化和临床生存关联分析 摘要中未提及明确的局限性 系统探索正常和癌症组织中细胞特异性高表达lncRNA,构建单细胞水平的细胞高表达lncRNA表达图谱 正常组织(胎儿和成人)和癌症组织中的lncRNA及细胞类型 机器学习 肺癌 单细胞RNA测序 NA 文本 181个单细胞RNA测序数据集,涵盖87946条细胞高表达lncRNA条目,149种细胞类型,20种胎儿正常组织,59种成人正常组织,32种成人癌症类型和5种儿童癌症类型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
23 2026-09-18
PreDigs: A Database of Context-specific Cell Type Markers and Precise Cell Subtypes for Digestive Cell Annotation
2025-09-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 本研究开发了PreDigs数据库,整合了124个单细胞RNA测序数据集,涵盖超过340万个细胞,用于消化系统细胞类型的精准注释 构建了包含8个层级、142种细胞类型的细胞本体树,统一了细胞亚型标签的命名,并计算了三种上下文特异性细胞标志物(Cell Markers、Subtype Markers、TPN Markers),同时提供了在线细胞注释工具 摘要中未提及明确的局限性 整合大规模单细胞数据集,标准化消化系统细胞类型鉴定,帮助研究者探索胃肠道肿瘤的细胞组成异质性 消化系统细胞,包括胃肠道肿瘤相关细胞,涵盖超过340万个细胞 数字病理学 胃肠道肿瘤 单细胞RNA测序 无监督聚类 基因表达数据 124个单细胞RNA测序数据集,超过340万个细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
24 2026-09-18
Optimizing Single-Cell Long-Read Sequencing for Enhanced Isoform Detection in Pancreatic Islets
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究优化了胰腺胰岛的单细胞长读长测序方案,通过比较5'和3'文库制备方法以及靶向去除胰岛素转录本,提高了转录本检测和异构体识别能力 发现5'文库制备方案优于3'方案,并证明靶向去除胰岛素转录本可增强信息性reads的检测,揭示了转录本去除策略的实用性 长读长测序技术仍面临读长不足和错误率较高等技术挑战,高表达单一转录本的细胞类型(如胰岛内分泌细胞)可能掩盖低丰度转录本的鉴定 优化胰腺胰岛单细胞长读长测序方案,以提高读长和转录本检测能力,实现异构体特异性基因表达分析 胰腺胰岛细胞 机器学习 糖尿病 单细胞长读长测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
25 2026-09-18
Investigating Gene Expression Noise Reduction by MicroRNAs and MiRISC Reinforcement by Self-Feedback Regulation of mRNA Degradation
2025-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过数学建模和总RNA单细胞RNA测序数据分析,研究microRNA介导的基因表达噪声抑制机制以及mRNA降解自反馈调控对miRISC的增强作用 首次同时分析mRNA降解动态与表达噪声,并证明mRNA降解的负自反馈调控可降低基因表达噪声从而增强miRISC功能 研究主要基于数学建模和计算分析,缺乏湿实验验证;所用scRNA-seq数据集规模有限,且未在其他细胞类型或组织中验证该机制的普遍性 探究microRNA如何通过mRNA降解的自反馈调控机制降低基因表达噪声,并验证miRISC通过负自反馈环路增强自身功能的假说 miRNA靶向的mRNA以及miRISC核心组分mRNA(AGO1/2/3和TNRC6A/B/C) 机器学习 NA 总RNA单细胞RNA测序(scRNA-seq) 数学建模 文本/数值数据、基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
26 2026-09-18
Phospholipid Scramblase 1 (PLSCR1) Regulates Interferon-Lambda Receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ Signaling in Influenza A Virus (IAV) Infection
2025-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文研究了磷脂爬行酶1(PLSCR1)在甲型流感病毒感染中调控IFN-λ受体1(IFN-λR1)及IFN-λ信号通路的机制 首次揭示PLSCR1通过直接结合启动子转录激活Ifn-λr1并与其蛋白互作调控IFN-λ信号,且其脂质爬行酶活性对抗流感并非必需,同时利用单细胞RNA测序明确其在纤毛气道上皮细胞中的关键作用 仅使用有限动物模型,缺乏人体组织验证,PLSCR1的具体分子互作机制尚需进一步解析 探究PLSCR1在IAV感染中的抗病毒机制及其与IFN-λ信号通路的关系 小鼠模型、气道上皮细胞、IAV感染 机器学习 流感 单细胞RNA测序, 转录组分析 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
27 2026-09-18
Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals unique transcription patterns, immune responses and early morphological alterations
2025-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用人源化小鼠模型,通过空间转录组学分析HIV与结核分枝杆菌共感染早期的肺部免疫细胞浸润、转录模式及形态学改变 首次在人源化小鼠模型中应用空间转录组学技术揭示HIV与结核共感染早期的独特转录模式、免疫应答和形态学改变,发现了共感染肺部中具有独特转录谱的淋巴细胞聚集区,其细胞结构不同于成熟肉芽肿但表达肉芽肿相关基因特征 研究仅在三周早期时间点进行,样本量较小,人源化小鼠模型可能无法完全模拟人类免疫反应 了解HIV与结核分枝杆菌共感染早期受影响器官中免疫细胞浸润的表型和功能变化 人源化小鼠模型感染HIV、结核分枝杆菌或两者共感染后的肺组织样本 空间转录组学 HIV/结核共感染 空间转录组学 人源化小鼠模型 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
28 2026-09-18
Innate and adaptive immune features associated with immune-related adverse events
2025-Sep-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 该研究采用单细胞RNA测序、质谱流式、多重细胞因子检测和抗核抗体谱分析等多维方法,刻画了接受免疫检查点抑制剂治疗患者中与免疫相关不良事件发生相关的外周免疫特征 揭示了irAE发生前已存在的自身免疫样促炎状态,并识别出三条关键驱动轴:浆母细胞/ANA增多、IFN-γ/CXCL10/CXCR3轴增强以及TNF信号放大,同时发现了无irAE患者中TGFBI高表达髓系细胞群和AIRE上调的保护性特征 摘要中未明确提及研究局限性 理解免疫相关不良事件(irAE)的生物学机制,寻找预测irAE的外周免疫生物标志物 接受免疫检查点抑制剂(ICI)治疗的癌症患者 免疫学、单细胞组学 癌症(广谱)、免疫相关不良事件 单细胞RNA测序、质谱流式、多重细胞因子检测、抗核抗体谱分析 NA 单细胞转录组数据、质谱流式蛋白数据、细胞因子检测数据、血清抗体数据 162例接受ICI治疗的患者 NA 单细胞RNA测序 NA NA
29 2026-09-18
Variational inference of single cell time series
2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出SNOW深度学习算法,将单细胞时间序列解卷积为时间依赖和时间独立成分。 利用变分推断和深度学习解卷积单细胞时间序列,同时去除批次效应并推断每个细胞的动态。 未明确提及 分析单细胞RNA测序时间序列数据,解卷积时间和细胞类型贡献,区分真实动态与批次效应。 单细胞RNA测序时间序列数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 深度学习(变分推断) 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
30 2026-09-18
Multi-step genomics on single cells and live cultures in sub-nanoliter capsules
2025-Sep-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文开发了一种具有两亲性凝胶包膜(CAGE)的胶囊,可在亚纳升级体积内对单细胞和活细胞培养进行多步基因组学分析。 CAGE胶囊选择性保留细胞和大分子分析物,同时允许培养基、酶和试剂自由通过,实现了高通量多步检测,将活细胞培养与全基因组读数相结合,并建立了CAGE DNA文库的条形码编码方法。 摘要中未明确提及研究的局限性。 开发一种能够在亚纳升胶囊中对单细胞和活细胞培养进行多步基因组学分析的高通量平台。 单细胞和活细胞培养物。 机器学习 NA 单细胞测序、全基因组读数、DNA条形码编码 NA 图像、文本 数万个扩增克隆 NA 单细胞RNA-seq NA NA
31 2026-09-18
Identifying spatially variable genes by projecting to morphologically relevant curves
2025-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出一种基于谱图理论将空间转录组数据投影到一维曲线并利用广义相加模型识别空间可变基因的方法 利用谱图理论构建反映组织形态的一维曲线坐标系,并采用广义相加模型直接建模基因计数,无需标准化或转换,同时能准确估计基因表达模式并精确定位表达偏离的空间位点 未明确提及 在空间转录组数据分析中,在预定义的细胞类型或组织区域内识别空间可变基因 空间转录组数据中的基因表达 空间转录组学 NA 空间转录组学 广义相加模型 空间基因表达计数数据 NA NA 空间转录组学 Slide-seq, MERFISH NA
32 2026-09-16
Genomic and the tumor microenvironment heterogeneity in multifocal hepatocellular carcinoma
2025-09-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 通过对7例多灶性肝细胞癌患者的23个样本进行全外显子组测序和单细胞RNA测序,在单细胞分辨率下刻画了肝内转移与多中心发生之间肿瘤微环境的异质性 首次在单细胞分辨率下结合全外显子组测序系统比较了肝内转移与多中心发生的肿瘤微环境差异,揭示了CD20+ B细胞、浆细胞、cDC2s以及MMP9+肿瘤相关巨噬细胞在不同转移模式中的差异化分布及其与预后的关系 样本量较小,仅纳入7例患者的23个样本,且验证队列规模有限,可能影响结论的普适性 解析多灶性肝细胞癌中肝内转移与多中心发生的基因组和肿瘤微环境异质性,为精准诊断和治疗提供依据 7例多灶性肝细胞癌患者的23个肿瘤样本,以及额外的免疫组化验证队列 数字病理学 肝癌 全外显子组测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 NA 基因组序列, 转录组序列, 图像 7例患者的23个样本用于全外显子组测序和单细胞RNA测序,另加额外队列用于免疫组化验证 NA 全外显子组测序, 单细胞RNA测序 NA NA
33 2026-09-16
Distinct immune microenvironment of venous tumor thrombus in hepatocellular carcinoma at single-cell resolution
2025-09-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 该研究通过单细胞分辨率技术揭示了肝细胞癌门静脉癌栓(PVTT)中独特的免疫微环境,发现C5aR+肿瘤相关巨噬细胞(TAM)在PVTT中富集并促进免疫抑制环境的形成 首次在单细胞水平上揭示了肝细胞癌门静脉癌栓(PVTT)中免疫微环境的特征,发现了C5aR+ TAM在PVTT中的特异性富集及其通过C5a-C5aR轴招募单核细胞并诱导其向免疫抑制性巨噬细胞分化的机制 摘要中未提及研究局限性 探索肝细胞癌门静脉癌栓(PVTT)中的免疫微环境特征 肝细胞癌患者的门静脉癌栓组织、原发肿瘤组织及血液样本 数字病理学 肝癌 飞行时间质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、多重荧光免疫组化染色 NA 图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
34 2026-09-14
Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels
2025-09, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序和多种功能实验,揭示了TRPV4通道在集合淋巴管收缩功能调控中的作用及其细胞间信号机制。 首次构建了显微切割的小鼠集合淋巴管单细胞转录组数据集,并揭示了TRPV4+髓系细胞(包括LYVE1+巨噬细胞)与淋巴管肌细胞或内皮细胞之间的新型信号串扰机制。 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本仅限于乳腺癌相关淋巴水肿活检,样本量有限,且TRPV4通道在人类淋巴疾病中的确切作用仍需进一步验证。 探究TRPV4通道在淋巴管收缩功能调控中的表达及其功能角色,并阐明其与炎症和淋巴系统疾病病理生理的关联机制。 微切割的小鼠集合淋巴管、TRPV4fx/fx小鼠品系、Prox1-CreERT2和LysM-Cre小鼠、以及乳腺癌相关淋巴水肿患者的活检组织。 单细胞组学 淋巴水肿 单细胞RNA测序 小鼠基因敲除模型 图像, 文本 小鼠集合淋巴管及乳腺癌相关淋巴水肿患者活检组织,具体数量未明确 NA 单细胞RNA测序 NA NA
35 2026-09-13
Tuberculosis susceptibility in genetically diverse mice reveals functional diversity of neutrophils
2025-Sep-12, eLife IF:6.4Q1
研究论文 该研究利用19种野生衍生近交小鼠品系,通过感染结核分枝杆菌后观察异质性免疫反应,并结合单细胞RNA测序鉴定与感染控制失败相关的中性粒细胞新特征 首次使用来自不同地理位点的19种野生衍生近交小鼠品系来研究结核病易感性,揭示了中性粒细胞的功能多样性,并鉴定出一种与感染控制失败相关的新中性粒细胞特征 摘要中未明确提及研究的局限性 利用遗传多样性小鼠品系鉴定结核病感染过程中的新表型,并探究免疫反应异质性与疾病控制的关系 19种野生衍生近交小鼠品系及其感染结核分枝杆菌后的免疫反应 免疫学、基因组学 结核病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、细胞表型数据 19种野生衍生近交小鼠品系 NA 单细胞RNA测序 NA NA
36 2026-09-10
CD8+GZMK+CD27+CCR7+ T cells mobilized by splenic sympathetic nerves aggravate brain ischemia‒reperfusion injury via CCL19-positive endothelial cells
2025-09, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1
研究论文 该研究通过脾交感神经去神经支配和单细胞RNA测序,发现CD8+GZMK+CD27+CCR7+ T细胞亚群(Tsa细胞)在脾交感神经信号驱动下动员,并通过CCL19/CCR7轴趋化进入脑实质,加重脑缺血再灌注损伤,提出靶向干预策略。 首次鉴定与急性缺血性卒中相关的Tsa细胞亚群,并揭示脾交感神经通过去甲肾上腺素-ADRB2信号促进其动员,以及CCL19-CCR7轴介导其脑内浸润的机制;开发CCR7靶向肽以阻断该通路。 研究基于小鼠模型和患者样本,但未在人类中验证CCR7靶向肽疗效;机制细节如Tsa细胞与其他免疫细胞的相互作用及长期安全性需进一步探索。 阐明脾-脑-免疫轴在脑缺血再灌注损伤中的作用机制,评估脾交感神经去神经支配及CCR7靶向策略的治疗潜力。 急性缺血性卒中患者和小鼠短暂大脑中动脉阻塞模型 免疫学, 神经科学 脑缺血再灌注损伤 单细胞RNA测序, 手术去神经支配, 肽段干预 NA 单细胞转录组数据 AIS患者样本及tMCAO小鼠模型(具体数量未提供) NA 单细胞RNA测序 NA NA
37 2026-09-09
A cross model spatial and single-cell atlas reveals the conserved involvement of osteopontin in polycystic kidney disease
2025-Sep-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究构建了跨模型的空间和单细胞图谱,揭示了骨桥蛋白在多囊肾病中的保守作用 创新性地整合了多个PKD小鼠模型的单细胞与空间转录组数据,并构建了跨模型与模型内变化的交互式网站资源 未在摘要中明确提及局限性 阐明PKD中基因突变、发病年龄和疾病进展速率等变量对细胞和分子后果的影响,并寻找新的治疗靶点 多囊肾病小鼠模型及患者来源的细胞 基因组学 多囊肾病 单细胞RNA测序和空间转录组学 NA 基因表达数据和空间转录组数据 多个PKD小鼠模型 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium NA
38 2026-09-09
Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles
2025-09, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1
研究论文 本研究通过空间转录组学分析,揭示了CTNNB1突变子宫内膜癌中β-catenin蛋白不同亚细胞定位导致的差异基因表达谱 首次在CTNNB1突变子宫内膜癌中,基于β-catenin蛋白的核内或膜/胞质定位进行空间转录组分析,发现定位差异导致不同的转录谱和潜在治疗靶点TROP2 未提供明确局限性信息 探究CTNNB1突变子宫内膜癌中β-catenin蛋白不同定位(核内与膜/胞质)对下游基因表达的影响 CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样癌(EEC)肿瘤样本 空间转录组学 子宫内膜癌 空间转录组学 NA 空间转录组数据 肿瘤样本(具体数量未提及) NA 空间转录组学 NA NA
39 2026-09-09
Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model: Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptome Analysis With Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer
2025-09, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析,鉴定触发肝转移的恶性细胞,并基于病理切片图像开发深度学习模型以预测结直肠癌肝转移风险 首次将单细胞和空间转录组分析与病理组学结合,开发了无需手动标注的弱监督深度学习模型,用于预测结直肠癌肝转移 未明确提及局限性 提高结直肠癌肝转移风险的识别和预测能力 结直肠癌患者及其肝转移组织 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序、空间转录组分析、批量RNA测序、全切片图像分析 ResNet18 基因表达数据、组织切片图像 内部测试集(TCGA-CRC组织学图像)及两个外部验证队列(西南医科大学附属医院和西南医科大学附属中医医院) NA 单细胞RNA测序、空间转录组、批量RNA测序 NA NA
40 2026-09-05
Triple checkpoint blockade of PD-1, Tim-3, and Lag-3 enhances adoptive T cell immunotherapy in a mouse model of ovarian cancer
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 该研究在卵巢癌小鼠模型中评估了PD-1、Tim-3和Lag-3三重阻断联合工程化T细胞治疗的效果,发现三重阻断可显著增强T细胞功能并延长生存期。 首次在实体瘤模型中证明同时靶向PD-1、Tim-3和Lag-3三种免疫检查点的三重阻断联合工程化T细胞治疗,具有更好的抗肿瘤效果。 该研究仅在卵巢癌小鼠模型中进行,需要进一步在人体内验证疗效和安全性。 提高过继性T细胞疗法在卵巢癌中的疗效。 卵巢癌小鼠模型中的工程化T细胞(表达靶向间皮素MSLN的T细胞受体)和肿瘤微环境。 癌症免疫疗法、基因工程T细胞 卵巢癌 单细胞RNA测序 不适用 基因表达数据(单细胞RNA测序) 卵巢癌小鼠模型中的T细胞样本,具体数量未提及。 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
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