单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 827 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 21 | 2026-01-14 |
Single-cell transcriptomics showed that maternal polychlorinated biphenyl exposure dysregulated cell type-specific metabolic responses in the livers of female mouse offsprings
2025-Sep-25, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2025.100174
PMID:41520576
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了母体多氯联苯暴露对雌性小鼠后代肝脏细胞类型特异性代谢反应的调控作用 | 首次在单细胞分辨率下，系统性地展示了发育期多氯联苯暴露如何导致肝脏中不同细胞类型的转录组重编程，并影响代谢和免疫功能 | 研究仅针对雌性小鼠后代，且样本量有限，未探讨长期暴露效应或雄性个体的反应 | 探究母体多氯联苯暴露对雌性后代肝脏发育的细胞类型特异性影响 | 雌性小鼠后代的肝脏组织 | 单细胞转录组学 | 代谢紊乱 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 产后第28天的雌性小鼠肝脏组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2026-01-14 |
SIGEL: a context-aware genomic representation learning framework for spatial genomics analysis
2025-Sep-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03748-7
PMID:40983914
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研究论文 | 本文提出了一种名为SIGEL的上下文感知基因组表示学习框架，用于从空间转录组数据中生成具有空间信息的基因表示 | 开发了一种成本效益高的框架，通过利用空间基因组上下文从ST数据中推导基因流形，生成的基因表示具有上下文感知、生物学意义明确且跨样本稳健的特点 | NA | 为空间基因组分析开发一种能够生成具有空间信息的基因表示的计算框架 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 表示学习框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 23 | 2026-01-11 |
Testis-specific protein HSF5 is essential for proper chromatin organization and transcriptional reprogramming to drive pachynema progression
2025-Sep-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨了热休克因子HSF5在调控减数分裂前期I中染色质动态和转录重编程的关键作用 | 首次揭示了HSF5通过调控染色质可及性、转录调控网络和组蛋白修饰，特别是与USP7形成复合物抑制H2AK119ub在性染色体上的沉积，从而驱动粗线期进展的新机制 | HSF5与USP7复合物的具体作用机制及其在减数分裂其他阶段的功能尚未完全阐明 | 阐明HSF5在哺乳动物减数分裂前期I中调控染色质组织和转录重编程的分子途径 | 小鼠精母细胞，特别是粗线期精母细胞 | 表观遗传学 | 男性不育症 | ATAC-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组可及性数据，单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2026-01-11 |
Single-cell atlas of grass carp ( Ctenopharyngodon idella) peripheral blood IgM + B cells provides insights into B cell-mediated immune responses in teleost fish
2025-Sep-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了草鱼外周血IgM+ B细胞在细菌感染后的转录组图谱和免疫应答特征 | 首次在硬骨鱼类中通过单细胞RNA测序系统解析了外周血IgM+ B细胞的异质性，并发现了两个感染诱导的B细胞亚群，揭示了鱼类B细胞通过I型干扰素信号通路参与先天抗菌免疫应答的新机制 | 研究仅针对草鱼一种硬骨鱼类，且感染模型为单一细菌病原体，结论在其他鱼类或病原体中的普适性有待验证 | 阐明硬骨鱼类外周血B细胞在细菌感染中的免疫应答机制 | 草鱼（Ctenopharyngodon idella）外周血IgM+ B细胞 | 单细胞转录组学 | 细菌感染（水产病原体） | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 感染与未感染草鱼的外周血B细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 25 | 2026-01-11 |
Spatial Transcriptomics to Study Virus-Host Interactions
2025-09, Annual review of virology
IF:8.1Q1
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综述 | 本文综述了空间转录组学在研究病毒-宿主相互作用、病毒致病机制及开发抗病毒策略中的变革性潜力 | 强调空间转录组学在病毒-宿主相互作用研究中的创新应用，揭示其在解析病毒感染空间动态方面的独特优势 | NA | 探讨空间转录组学在理解病毒致病机制、识别关键病毒与宿主因子以及开发抗病毒疗法和免疫策略中的应用 | 植物、动物和人类中的病毒性疾病 | 空间转录组学 | 病毒性疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 26 | 2026-01-10 |
Lung NR3C1+ and CXCR6high T cells distinguish immunopathogenesis of human emphysema
2025-Sep-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08698-1
PMID:40993192
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了NR3C1+和CXCR6high CD4 T细胞在区分肺气肿免疫病理特征中的关键作用 | 首次利用单细胞RNA测序结合临床数据，系统比较了肺气肿型与非肺气肿型COPD患者的肺部免疫景观，并鉴定出NR3C1和CXCR6这两个关键T细胞亚群作为肺气肿的免疫病理特征标志物 | 研究样本量有限，且为观察性研究，需要进一步的功能实验验证T细胞亚群在肺气肿发病机制中的因果作用 | 阐明T细胞在吸烟者慢性阻塞性肺疾病（COPD）肺气肿发病机制中的作用 | 人类肺部组织样本 | 单细胞组学 | 慢性阻塞性肺疾病（COPD）/肺气肿 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据、临床数据 | 两个独立的人类肺部单细胞RNA测序数据集（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2026-01-08 |
ASPEN: Robust detection of allelic dynamics in single cell RNA-seq
2025-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.16.649227
PMID:40949971
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ASPEN的统计方法，用于在F1杂交单细胞转录组数据中建模等位基因均值和方差，以检测等位基因动态变化 | ASPEN采用敏感映射流程和自适应收缩技术，能区分单细胞中的等位基因失衡和方差，相比现有方法在稀疏液滴单细胞数据中表现出更高的敏感性和更低的假发现率 | NA | 开发一种统计方法来检测单细胞RNA-seq数据中的等位基因动态变化，以解析复杂调控现象 | F1杂交单细胞转录组数据，具体应用于小鼠脑类器官和T细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq | 统计模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2026-01-08 |
Oxidative Stress Links Thyroid Autoimmunity to Cancer: Peroxiredoxin 2 Protection via Genomic and Single-Cell Insights
2025-Sep, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals
DOI:10.1177/10849785251360744
PMID:40735789
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研究论文 | 本研究通过整合多组学方法，揭示了桥本甲状腺炎与甲状腺癌之间的共享遗传因素，并确定了过氧化物还原酶2（PRDX2）的关键保护作用 | 首次通过孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和机器学习分类模型的整合方法，系统性地识别了连接自身免疫性甲状腺疾病与甲状腺癌的因果基因及其表达模式 | 研究主要基于欧洲人群（FinnGen）的遗传数据，结论在其他人群中的普适性有待验证；单细胞测序样本量相对有限 | 探究桥本甲状腺炎与甲状腺癌之间的共享遗传机制和分子联系 | 桥本甲状腺炎和甲状腺癌（包括乳头状癌和未分化癌）患者及正常甲状腺组织 | 单细胞组学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 孟德尔随机化分析 | 机器学习分类模型 | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 76,243个甲状腺细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2026-01-08 |
Gene Regulatory Network Inference from Pseudotime-Ordered scRNA-seq Data via Time-Lagged Divergence Measures
2025-Sep, Bioinformatics research and applications : ... international symposium, ISBRA ... proceedings. ISBRA (Conference)
DOI:10.1145/3774976.3774995
PMID:41488124
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研究论文 | 提出了一种名为PseudoGRN的新型整合框架，用于从时间序列单细胞RNA测序数据推断细胞类型特异性基因调控网络 | 整合了多种伪时间推断方法、时滞散度度量、非冗余惩罚网络推断和偏相关分析，能够从稀疏时间分辨率数据重建有向基因调控网络 | NA | 从时间序列单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 整合框架（包含伪时间推断、时滞散度度量、惩罚网络推断、偏相关分析） | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2026-01-07 |
[Progress of scRNA-seq technology in nasopharyngeal carcinoma research]
2025-Sep, Lin chuang er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Journal of clinical otorhinolaryngology head and neck surgery
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在鼻咽癌研究中的应用进展 | 总结了scRNA-seq技术在揭示鼻咽癌肿瘤细胞亚群、进化轨迹及肿瘤微环境细胞功能与相互作用方面的新思路 | NA | 探讨scRNA-seq技术在鼻咽癌发病机制、肿瘤异质性、肿瘤微环境、耐药性及治疗反应研究中的应用 | 鼻咽癌 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2026-01-02 |
Monocyte Subset Predicts Clinical Outcomes in Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis
2025-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.25.678673
PMID:41256724
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析纤维化过敏性肺炎患者外周血单核细胞亚群，发现其与临床结局相关 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统分析纤维化过敏性肺炎患者外周血单核细胞亚群，并建立多变量预测模型关联临床结局 | 样本量相对有限（33例患者），且为观察性研究，需进一步验证 | 探究纤维化过敏性肺炎患者外周血免疫细胞亚群与临床结局的关系 | 纤维化过敏性肺炎患者及健康对照的外周血单个核细胞 | 单细胞测序 | 过敏性肺炎 | 单细胞RNA测序 | 多变量预测模型 | 单细胞RNA测序数据 | 33例纤维化过敏性肺炎患者和36例健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2026-01-02 |
Single-cell transcriptomics reveals apolipoprotein A4-mediated metabolic-immune reprogramming in lymphocytes during early obesity-related chronic kidney disease
2025-Sep-25, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2025171
PMID:40999903
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了载脂蛋白A4在肥胖相关慢性肾病早期淋巴细胞代谢-免疫重编程中的关键调控作用 | 首次在单细胞分辨率下阐明Apoa4缺失如何重塑肾脏免疫代谢景观，并系统解析其对T细胞、NK细胞和B细胞功能及转录因子调控网络的影响 | 研究基于小鼠模型，在人体中的适用性需进一步验证；机制研究主要依赖相关性分析，因果关系的直接证据有待加强 | 探究载脂蛋白A4在肥胖诱导的慢性肾病早期免疫细胞代谢与功能调控中的作用 | 野生型与Apoa4敲除小鼠的肾脏免疫细胞（T细胞、NK细胞、B细胞） | 单细胞组学 | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 野生型与Apoa4敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2025-12-30 |
Triple checkpoint blockade of PD-1, Tim-3, and Lag-3 enhances adoptive T cell immunotherapy in a mouse model of ovarian cancer
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2419888122
PMID:40982684
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研究论文 | 本研究探讨了在小鼠卵巢癌模型中，通过联合阻断PD-1、Tim-3和Lag-3三个检查点，增强工程化T细胞免疫疗法的效果 | 首次在小鼠卵巢癌模型中，将工程化T细胞与PD-1、Tim-3和Lag-3的三重检查点阻断联合应用，显著提高了T细胞功能和动物生存率 | 研究基于小鼠模型，结果可能无法直接转化到人类患者；未探讨长期毒性或潜在副作用 | 提高卵巢癌患者中过继性T细胞免疫疗法的疗效 | 小鼠卵巢癌模型中的工程化T细胞（靶向MSLN的TCR T细胞） | 免疫疗法 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2025-12-27 |
Phospholipid Scramblase 1 (PLSCR1) Regulates Interferon-Lambda Receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ Signaling in Influenza A Virus (IAV) Infection
2025-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624469
PMID:39605457
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研究论文 | 本研究揭示了磷脂爬行酶1（PLSCR1）通过调控III型干扰素受体1（IFN-λR1）的表达和信号传导，在甲型流感病毒感染中发挥抗病毒作用的分子机制 | 首次阐明PLSCR1通过直接结合Ifn-λr1启动子调控其转录，并在细胞表面与IFN-λR1互作调节信号传导，同时发现其脂质爬行酶活性对流感抗性非必需 | 研究主要基于小鼠模型，在人体细胞和组织中的验证尚不充分；PLSCR1调控IFN-λ信号的具体下游通路仍需进一步解析 | 探究PLSCR1在甲型流感病毒感染中的抗病毒机制及其与III型干扰素信号通路的调控关系 | 甲型流感病毒（IAV）、小鼠模型、气道上皮细胞（特别是纤毛上皮细胞） | 分子生物学与病毒学 | 流感病毒感染 | 单细胞RNA测序、转录组分析、动物模型构建、启动子结合实验、蛋白互作检测 | NA | 基因表达数据、转录组数据、单细胞测序数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明）及气道上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2025-12-26 |
Innate immunity and the NF-κB pathway control prostate stem cell plasticity, reprogramming and tumor initiation
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00994-3
PMID:40550901
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研究论文 | 本研究探讨了Pten缺失如何通过先天免疫和NF-κB通路调控前列腺基底细胞的可塑性、重编程和肿瘤起始 | 揭示了Pten缺失导致基底细胞以区域化方式重编程为hillock样状态，并通过先天免疫激活驱动肿瘤起始，为前列腺癌预防和治疗提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型，人类前列腺癌中的具体机制尚需进一步验证 | 探究前列腺基底细胞可塑性和肿瘤起始的分子机制 | 前列腺基底细胞 | 单细胞组学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 36 | 2025-12-24 |
A defined bacterial consortium and spatial transcriptomics highlight the complex interaction between Campylobacter jejuni and the murine intestine
2025-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.23.678081
PMID:41040308
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研究论文 | 本研究通过建立定义的细菌联合体并结合空间转录组学技术，揭示了空肠弯曲菌与小鼠肠道之间复杂的相互作用 | 首次使用定义的13种细菌联合体（C13）和空间转录组学技术，高分辨率地解析了感染诱导的基因表达空间分布和宿主-微生物-病原体互作 | 研究基于无菌小鼠模型，可能无法完全反映自然状态下复杂微生物群落的影响，且样本量有限 | 阐明特定肠道细菌与空肠弯曲菌介导的宿主反应之间的相互作用机制 | 无菌C57BL/6小鼠、定义的13种细菌联合体（C13）、空肠弯曲菌81-176菌株 | 空间转录组学 | 肠道感染 | 16S rRNA基因测序、荧光原位杂交（FISH）、RNAscope、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、微生物组成数据 | 三组无菌小鼠（C13组、C13+空肠弯曲菌组、无菌对照组），具体数量未明确 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 37 | 2025-12-24 |
Multi-step genomics on single cells and live cultures in sub-nanoliter capsules
2025-Sep-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.642839
PMID:40166192
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研究论文 | 本文开发了一种名为CAGEs的胶囊技术，用于在单细胞水平上进行高通量多步基因组学分析，包括活细胞培养与全基因组读出的结合 | 创新点在于利用具有两亲性凝胶外壳的胶囊，选择性保留细胞和大分析物，同时允许培养基、酶和试剂自由进入，从而实现了高通量多步活细胞分析 | 未明确提及具体限制，但可能涉及胶囊技术的优化、应用范围的扩展或与其他单细胞技术的兼容性 | 研究目的是开发一种新方法，以支持高通量多步基因组学分析，特别是结合活细胞培养与全基因组读出的功能基因组学方法 | 研究对象为单细胞和活细胞培养物，通过胶囊技术进行捕获和分析 | 基因组学 | NA | 单细胞测序、全基因组读出、活细胞培养 | NA | 转录组数据 | 数万个扩展克隆的转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2025-09-07 |
Comment on "Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network pharmacology"
2025-Sep-06, Urolithiasis
IF:2.0Q2
DOI:10.1007/s00240-025-01839-5
PMID:40913665
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2025-12-22 |
LEGEND: Identifying Co-expressed Genes in Multimodal Transcriptomic Sequencing Data
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf056
PMID:40591483
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LEGEND的计算方法，用于整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，以识别细胞类型和组织域水平的共表达基因群 | LEGEND通过创新的层次聚类算法整合scRNA-seq和SRT数据，最大化簇内冗余和簇间互补性，从而更精细地捕捉基因共表达和空间一致性模式 | NA | 识别跨组织域和细胞类型的共表达基因，以揭示生物或病理过程中的共功能基因 | 单细胞RNA测序和空间转录组学数据中的基因共表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 层次聚类算法 | 转录组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 40 | 2025-12-19 |
LncCE: Landscape of Cellularly-elevated lncRNAs in Single Cells Across Normal and Cancer Tissues
2025-09-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf069
PMID:40833782
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研究论文 | 本研究提出了一个名为LncCE的资源，用于在单细胞分辨率下系统探索正常组织和癌组织中的细胞高表达长链非编码RNA | 首次在单细胞水平系统构建了跨正常和癌组织的细胞高表达lncRNA图谱，并整合了临床生存关联分析 | 分析基于现有的单细胞RNA测序数据集，可能受数据质量和覆盖范围的限制 | 构建一个全面、定量且用户友好的lncRNA细胞高表达图谱数据库 | 长链非编码RNA在正常组织和癌组织中的细胞特异性表达模式 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 181个单细胞RNA测序数据集，涵盖20个胎儿正常组织、59个成人正常组织、32种成人癌症类型和5种儿童癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |