单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 964 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-28 |
STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging
2025-Sep-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027
PMID:40532697
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研究论文 | 开发了一种名为STAMP的新型单细胞分析方法，通过成像平台实现转录组和蛋白质组的多模态分析 | 通过成像而非测序进行单细胞分析，消除了测序成本，支持RNA、蛋白质和H&E的多模态分析，同时保留细胞结构和形态 | NA | 克服单细胞RNA测序在可扩展性、高成本和细胞破坏方面的限制 | 外周血单核细胞、细胞系和干细胞 | 数字病理学 | NA | 转录组成像、蛋白质组成像、多模态分析 | NA | 图像、转录组数据、蛋白质组数据 | 10,962,092个高质量细胞/细胞核和6,030,429,954个转录本 | NA | 单细胞RNA-seq、蛋白质组学、空间转录组学 | NA | 成像平台，支持多模态（RNA、蛋白质和H&E）分析 |
| 22 | 2025-10-26 |
TYK2 Promotes Immunosurveillance of Colorectal Cancer Liver Metastasis
2025-Sep-24, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4224
PMID:40991399
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研究论文 | 本研究通过小鼠结直肠癌类器官移植模型发现TYK2通过树突状细胞依赖的机制控制结直肠癌肝转移的免疫监视 | 首次揭示TYK2通过树突状细胞依赖的MHC-I抗原交叉呈递机制调控结直肠癌肝转移免疫监视 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚不充分 | 探索结直肠癌肝转移免疫监视的调控机制 | 结直肠癌肝转移小鼠模型和免疫细胞亚群 | 癌症免疫学 | 结直肠癌肝转移 | 单细胞RNA测序，类器官移植模型 | NA | 基因表达数据，实验观察数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2025-10-26 |
PPARγ accelerates OSCC progression via Th17 polarization and CEBPA/IL-17C signaling
2025-Sep-16, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-025-06296-6
PMID:40954243
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研究论文 | 本研究揭示了PPARγ通过调控Th17细胞分化和CEBPA/IL-17C信号通路促进口腔鳞状细胞癌进展的新机制 | 首次发现PPARγ/CEBPA/IL-17C/IL-17A信号轴在促进Th17分化及OSCC肿瘤相关炎症中的作用 | 研究主要基于4NQO诱导的OSCC模型，临床样本验证尚不充分 | 探索PPARγ在调节肿瘤微环境及影响OSCC进展中的作用 | 口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞、CD4+T细胞、小鼠肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 口腔鳞状细胞癌 | 免疫组织化学、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、细胞共培养、动物模型 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2025-10-26 |
Abatacept restores dysregulated transcriptomic and proteomic profile in disorders of CTLA-4 insufficiency
2025-Sep-16, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.08.027
PMID:40967277
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研究论文 | 本研究通过整合多组学方法系统评估阿巴西普治疗对LRBA缺陷和CTLA-4功能不全患者的免疫调节作用 | 首次采用纵向流式细胞术、靶向转录组学、单细胞转录组学和血浆蛋白质组学整合分析，揭示阿巴西普治疗对免疫系统的多维度调控机制 | 研究对象为罕见疾病患者，样本量有限；未明确说明具体样本数量 | 探究阿巴西普治疗对CTLA-4功能不全相关疾病的免疫调节机制 | LRBA缺陷和CTLA-4功能不全患者 | 免疫学 | 原发性免疫失调疾病 | 流式细胞术, 转录组学, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 流式细胞数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 25 | 2025-10-24 |
Spatial dissimilarity analysis in single-cell transcriptomics
2025-Sep-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101141
PMID:40840441
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研究论文 | 开发空间差异分析方法用于揭示单细胞和空间转录组数据中的复杂双变量关系 | 提出空间差异分析方法，能够检测选择性剪接和等位基因特异性表达，在神经元和肿瘤细胞分析中表现出优于现有工具的准确性和灵敏度 | NA | 开发新方法以更好地理解单细胞和空间转录组数据中的细胞异质性和基因表达动态 | 神经元、肿瘤细胞、正常人类细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞转录组测序、空间转录组学、全外显子组测序 | 空间差异分析方法 | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 26 | 2025-10-22 |
Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.02.662808
PMID:40631124
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研究论文 | 本研究通过条件性敲除Ptbp1基因评估其在视网膜神经发生和细胞命运决定中的作用 | 首次在发育过程中系统性评估Ptbp1在视网膜神经发生中的功能，挑战了Ptbp1作为神经发生主要抑制因子的传统观点 | 研究仅聚焦于视网膜发育，未评估其他神经系统区域；主要使用小鼠模型，物种特异性需进一步验证 | 评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用机制 | 小鼠视网膜祖细胞和Müller胶质细胞 | 发育神经生物学 | 神经系统发育疾病 | 条件性基因敲除, bulk RNA-Seq, 单细胞RNA测序, 免疫染色 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 剪接模式数据, 转录组数据 | 胚胎期E16和成熟期小鼠视网膜样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2025-10-22 |
CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116184
PMID:40886314
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了结核病中CD8+ T细胞的不同谱系，并发现CD226在效应T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键共刺激作用 | 首次发现CD226是区分结核病中效应性和耗竭性CD8+ T细胞谱系的最显著差异表达基因，并证明CD226对CD8+ T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞具有关键共刺激功能 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠模型，未在人类样本中验证 | 研究慢性结核分枝杆菌感染如何影响肺实质CD8+ T细胞的多样性及其识别感染巨噬细胞的机制 | C57BL/6J小鼠的肺实质CD8+ T细胞和结核分枝杆菌感染的巨噬细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 感染6周和41周的C57BL/6J小鼠细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2025-10-22 |
Phospholipid Scramblase 1 (PLSCR1) Regulates Interferon-Lambda Receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ Signaling in Influenza A Virus (IAV) Infection
2025-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624469
PMID:39605457
|
研究论文 | 本研究揭示了磷脂爬行酶1(PLSCR1)通过调控干扰素-λ受体1(IFN-λR1)和干扰素-λ信号通路在甲型流感病毒感染中的抗病毒机制 | 首次发现PLSCR1作为转录激活因子直接结合Ifn-λr1启动子，并在肺上皮细胞表面与IFN-λR1相互作用，其脂质爬行酶活性对抗流感功能非必需 | 仅使用有限动物模型研究组织水平作用机制 | 阐明PLSCR1在甲型流感病毒感染中的抗病毒机制 | 小鼠模型、气道上皮细胞 | 分子生物学 | 流感病毒感染 | 单细胞RNA测序、转录组分析 | NA | 基因表达数据、转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2025-10-22 |
OmicsTweezer: A distribution-independent cell deconvolution model for multi-omics Data
2025-Sep-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100950
PMID:40675159
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研究论文 | 开发了一种分布无关的细胞反卷积模型OmicsTweezer，用于多组学数据分析 | 通过整合最优传输与深度学习技术，在共享潜在空间中对齐模拟和真实数据，有效缓解数据偏移和组学间分布差异 | NA | 开发能够克服批次效应和数据分布差异的细胞反卷积方法 | 批量组学数据中的细胞类型比例估计 | 机器学习 | 前列腺癌, 结肠癌 | 最优传输, 深度学习 | 深度学习模型 | 批量RNA-seq, 批量蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 30 | 2025-10-22 |
Identifying spatially variable genes by projecting to morphologically relevant curves
2025-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.21.624653
PMID:39605709
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研究论文 | 提出一种基于谱图理论的空间转录组数据分析方法，通过将空间坐标投影到形态学相关曲线上来识别空间可变基因 | 引入谱图理论构建反映组织形态的一维曲线坐标系，并开发广义加性模型直接建模基因计数，无需标准化处理 | 方法主要适用于隐含一维结构的组织区域，对复杂二维空间模式的适用性未充分验证 | 开发更有效的空间可变基因识别方法 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 广义加性模型(GAM) | 空间基因表达数据 | 多个实验数据集 | NA | 空间转录组学,Slide-seq,MERFISH | NA | NA |
| 31 | 2025-10-21 |
distQTL: Distribution Quantitative Trait Loci Identification by Population-Scale Single-Cell Data
2025-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.04.647121
PMID:40291679
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研究论文 | 开发了一种基于Fréchet回归的分布数量性状位点识别方法distQTL，利用单细胞RNA测序数据分析遗传变异对基因表达分布的影响 | 首次将Fréchet回归应用于分布数量性状位点识别，使用完整的经验分布作为响应对象而非简单的汇总统计量 | NA | 识别分布数量性状位点，研究遗传变异如何影响基因表达分布 | 982名供体的外周血单个核细胞单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Fréchet回归 | 单细胞RNA测序数据 | 982名供体的外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2025-10-18 |
Optimizing Single-Cell Long-Read Sequencing for Enhanced Isoform Detection in Pancreatic Islets
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651101
PMID:40475445
|
研究论文 | 本研究优化了单细胞长读长测序方案，以增强胰腺胰岛中异构体的检测能力 | 开发了优化的单细胞长读长测序方案，证明5'端文库制备优于3'端方案，并采用胰岛素转录本靶向去除策略提高信息读长检测 | 未明确说明样本数量和技术重复次数，长读长测序技术本身存在较高错误率的技术挑战 | 优化单细胞长读长测序技术以准确检测胰腺胰岛中的选择性剪接异构体 | 胰腺胰岛中的各种细胞类型，特别是产生高水平单一转录本的胰岛内分泌细胞 | 单细胞测序 | 糖尿病 | 单细胞长读长测序，转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，长读长测序 | NA | NA |
| 33 | 2025-10-18 |
Variational inference of single cell time series
2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.29.610389
PMID:39257806
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研究论文 | 提出一种名为SNOW的深度学习算法，用于解卷积单细胞时间序列数据 | 开发了能够将单细胞时间序列分解为时间依赖和时间独立组件的深度学习算法 | NA | 解决单细胞RNA测序时间序列数据分析中的挑战 | 单细胞RNA测序时间序列数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2025-10-16 |
Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues
2025-Sep, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190
PMID:40311874
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研究论文 | 评估临床来源人体组织中空间转录组学技术的严谨性和可重复性 | 首次系统评估数字空间分析技术在临床样本中的技术性能，并比较多细胞与单细胞分辨率平台的差异 | 主要聚焦于数字空间分析技术，仅使用肾脏组织和活检样本作为示例 | 评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的应用可行性 | 临床来源的人类肾脏组织和活检样本 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学，数字空间分析，单分子成像 | NA | 基因表达空间定位数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 数字空间分析平台，单分子成像仪 |
| 35 | 2025-10-11 |
CRISPR for cystic fibrosis: Advances and insights from a systematic review
2025-Sep-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.06.021
PMID:40534129
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系统综述 | 本文系统综述了基于CRISPR的基因编辑技术在囊性纤维化治疗中的应用进展 | 通过跨研究比较分析27篇研究文章，系统评估了不同CRISPR技术对CFTR基因突变的编辑效率和功能恢复效果 | 缺乏编辑效率和功能恢复的标准化报告，需要更多单细胞RNA测序和体内研究来获得临床相关结论 | 为基于CRISPR的基因编辑方法在囊性纤维化治疗中的进一步探索提供技术见解 | 囊性纤维化致病突变和CFTR基因 | 基因编辑 | 囊性纤维化 | CRISPR基因编辑技术，包括同源定向修复、碱基编辑和引物编辑 | NA | 文献数据 | 27篇研究文章，涉及超过15种CF致病突变 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2025-10-06 |
Protocol for single-cell spatial transcriptomic profiling of cultured cells and engineered tissues without embedding or sectioning
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104074
PMID:40938748
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研究论文 | 本文提出了一种无需包埋或切片即可对培养细胞和工程组织进行单细胞空间转录组分析的新方案 | 开发了适用于标准包埋切片不兼容的2D工程组织和细胞培养物的空间转录组分析新方法 | NA | 建立适用于特殊样本类型的空间转录组分析技术方案 | 2D工程组织和细胞培养物 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间技术 |
| 37 | 2025-10-06 |
Multi-omics analysis reveals the attenuation of the interferon pathway as a driver of chemo-refractory ovarian cancer
2025-Sep-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102316
PMID:40885189
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研究论文 | 通过多组学分析揭示干扰素通路减弱是卵巢癌化疗耐药的关键驱动因素 | 首次发现化疗耐药卵巢癌中I型干扰素通路活性降低与缺氧通路增强的分子特征，并证实干扰素活性可独立预测化疗反应 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证 | 探索卵巢高级别浆液性癌化疗耐药的分子机制 | DECIDER观察性试验中化疗耐药卵巢癌患者的治疗前活检样本 | 多组学分析 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,空间蛋白质分析,体外实验 | NA | 基因组学数据,转录组学数据,蛋白质组学数据 | DECIDER临床试验注册患者（NCT04846933） | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多组学分析 | NA | NA |
| 38 | 2025-10-06 |
Appendiceal B lymphocytes contribute to the pathogenesis of experimental colitis through fueling colonic CD4+ T polarization
2025-Sep-11, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1016/j.trsl.2025.09.001
PMID:40945653
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研究论文 | 本研究揭示阑尾B淋巴细胞通过CCL20-CCR6轴迁移至结肠并促进CD4+ T细胞介导的Th1/Th17免疫反应，从而加剧实验性结肠炎 | 首次阐明阑尾B淋巴细胞通过特定迁移机制加剧结肠炎的具体病理机制，并提出阑尾口炎症可能代表溃疡性结肠炎的特殊亚型 | 研究主要基于动物模型，人类数据验证仍需进一步扩展 | 探究阑尾B淋巴细胞在实验性结肠炎发病机制中的作用 | 小鼠模型和溃疡性结肠炎患者的结肠组织 | 免疫学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞测序，免疫荧光共染色 | NA | 基因表达数据，组织图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing: enhancing the predictive accuracy of tumor immunotherapy efficacy
2025-Sep-08, Essays in biochemistry
IF:5.6Q1
DOI:10.1042/EBC20253017
PMID:40857744
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综述 | 本文综述单细胞RNA测序技术在肿瘤免疫治疗疗效预测中的应用现状与前景 | 系统阐述scRNA-seq技术如何提升免疫治疗疗效预测准确性，并探讨生物材料整合带来的新研究方向 | 未涉及具体实验数据验证，主要基于现有研究进行理论分析 | 探讨单细胞RNA测序技术在肿瘤免疫治疗领域的应用价值与发展方向 | 肿瘤微环境中的免疫细胞 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2025-10-06 |
Folliculin Deletion in the Mouse Kidney Results in Cystogenesis of the Loops of Henle via Aberrant TFEB Activation
2025-Sep, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.010
PMID:40499782
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研究论文 | 本研究通过构建肾单位特异性Folliculin基因敲除小鼠模型，揭示了FLCN-TFEB信号通路在肾单位发育中的关键作用 | 首次证明Folliculin基因缺失通过异常激活TFEB导致亨利氏袢囊肿形成，并阐明了FLCN-TFEB信号通路在肾单位发育中的特异性作用 | 研究仅限于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究Folliculin基因在整个肾单位中的具体功能及其在囊肿形成中的作用机制 | 肾单位特异性Folliculin基因敲除小鼠模型 | 分子生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序，基因敲除技术 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据，组织形态学数据 | 基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |