本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2025-10-05 |
Comprehensive characterization of the molecular feature of acetylation in colorectal cancer using integrated single-cell and bulk RNA sequencing
2025-Sep-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-21081-8
PMID:40987803
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序技术,全面表征结直肠癌中乙酰化的分子特征 | 首次结合单细胞RNA测序和WGCNA分析结直肠癌乙酰化特征,开发了乙酰化相关预后标志物 | 研究基于公共数据库的样本,需要进一步实验验证 | 探索结直肠癌中乙酰化特征与预后和免疫微环境的关系 | 结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, WGCNA, ssGSEA | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 两个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 342 | 2025-10-05 |
Comparative single-cell and spatial profiling of anti-SSA-positive and anti-centromere-positive Sjögren's disease reveals common and distinct immune activation and fibroblast-mediated inflammation
2025-Sep-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63935-9
PMID:40983612
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间技术比较抗SSA阳性和抗着丝粒阳性干燥综合征的免疫特征 | 首次结合单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序和空间转录组学揭示不同自身抗体谱的细胞特征差异 | 样本量有限,需要更大队列验证发现 | 阐明干燥综合征中不同自身抗体谱相关的细胞和转录特征 | 干燥综合征患者的唾液腺病变组织 | 单细胞组学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, B细胞受体测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 343 | 2025-10-05 |
Per- and Polyfluoroalkyl Substances Induces Salt-Sensitive Hypertension by Upregulating Epithelial Sodium Channel - The First Experimental Evidence Supporting Causality
2025-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.19.677469
PMID:41000895
|
研究论文 | 本研究首次通过实验证明全氟和多氟烷基物质通过上调上皮钠通道诱导盐敏感性高血压 | 首次提供PFAS暴露与高血压因果关系的实验证据,发现PFAS通过降低Nedd4-2磷酸化增加αENaC表达的机制 | 研究仅使用雄性129S6小鼠,未在雌性小鼠中观察到血压效应,剂量反应关系仍需进一步验证 | 探究PFAS暴露对血压、盐敏感性和肾损伤的影响及其分子机制 | 129S6小鼠 | 毒理学 | 高血压 | 单细胞RNA测序,蛋白质印迹 | 小鼠模型 | 基因表达数据,蛋白质数据,生理参数 | 129S6小鼠群体(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 344 | 2025-10-05 |
A Human Glomerular Disease Atlas defines the APOL1-JAK-STAT feed forward loop in focal segmental glomerulosclerosis
2025-Sep-19, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.09.12.25335572
PMID:41001468
|
研究论文 | 通过整合肾脏活检和参考组织的单细胞测序数据构建人类肾小球疾病图谱,揭示APOL1-JAK-STAT信号通路在局灶节段性肾小球硬化中的调控机制 | 首次构建综合性肾小球疾病图谱OCEAN,发现APOL1与JAK-STAT通路形成正反馈循环的新机制 | 样本量相对有限,主要基于观察性数据,需要进一步功能验证 | 解析罕见肾小球疾病的转录调控程序 | 人类肾脏组织样本和患者来源的足细胞模型 | 单细胞基因组学 | 局灶节段性肾小球硬化 | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序 | 无监督分析 | 单细胞转录组数据 | 170个样本(120个肾脏活检+50个参考组织) | NA | 单核RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 345 | 2025-10-05 |
VEGFR2 blockade overcomes acquired KRAS G12D inhibitor resistance driven by PI3Kγ activation
2025-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.16.676456
PMID:41000780
|
研究论文 | 本研究揭示了KRAS G12D抑制剂获得性耐药的新机制,并提出通过阻断VEGFR2来克服耐药性的治疗策略 | 首次发现PI3Kγ激活通过形成KRAS-p110γ-p101复合物驱动VEGFA-VEGFR2信号通路,导致KRAS G12D抑制剂获得性耐药 | 研究主要基于体外模型和动物实验,尚未进行临床试验验证 | 探索KRAS G12D抑制剂获得性耐药的机制并开发克服策略 | 胃肠道癌症模型和患者来源类器官 | 癌症生物学 | 胰腺癌、胃癌、结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9个人类胃肠道癌症模型,包括3个患者来源类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 346 | 2025-10-05 |
Pancreatic tumor microenvironment reprogramming via alloantigen-expressing virotherapy elicits tumor rejection and improves immunotherapy response
2025-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.15.675641
PMID:41000962
|
研究论文 | 本研究开发了一种表达同种异体抗原的溶瘤病毒疗法,通过重编程胰腺癌肿瘤微环境来增强免疫治疗效果 | 利用表达鼠源H-2Kk MHC I类同种异体抗原的重组溶瘤病毒载体,诱导肿瘤特异性抗原错配反应,将免疫冷肿瘤转化为免疫热肿瘤 | rVMG-H-2Kk同时诱导了补偿性免疫抑制通路,包括抗病毒反应基因和免疫检查点受体PDL-2的上调 | 开发新型免疫治疗策略以改善胰腺导管腺癌的免疫治疗效果 | 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤微环境 | 肿瘤免疫治疗 | 胰腺癌 | 溶瘤病毒疗法,免疫检查点阻断,空间转录组学 | 免疫活性PDAC小鼠模型 | 免疫组织化学,免疫表型分析,空间转录组数据 | 两个独立的免疫活性PDAC模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 347 | 2025-10-05 |
Vascular Patterning affects Intramembranous Ossification through HIF1α-Vegf Signaling
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.13.676037
PMID:41000870
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞中Med23通过调控HIF1α-Vegf信号通路协调血管模式化和膜内骨化的关键作用 | 首次发现Med23在内皮细胞中通过调节HIF1α-VEGF信号轴,在颅面发育中协调血管模式化和膜内骨化的新机制 | 研究主要基于小鼠胚胎模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究Mediator尾部亚基Med23在内皮细胞中的特异性功能及其对颅面发育的影响 | 小鼠胚胎的内皮细胞和神经嵴细胞 | 发育生物学 | 颅面畸形 | 空间转录组学,基因敲除,药理学干预 | NA | 基因表达数据,组织形态数据 | 基因敲除小鼠胚胎模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 348 | 2025-10-05 |
ArchVelo: Archetypal Velocity Modeling for Single-cell Multi-omic Trajectories
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.14.676182
PMID:41000980
|
研究论文 | 开发了一种名为ArchVelo的新方法,用于从单细胞多组学数据推断细胞轨迹和基因调控动态 | 将染色质可及性表示为共享调控程序的典型集合,并建模其对转录的动态影响 | NA | 从静态单细胞测量中推断动态细胞过程 | 小鼠大脑发育、人类造血过程和CD8 T细胞对病毒感染的反应 | 基因组学 | 病毒感染 | 单细胞同时染色质可及性测序(scATAC-seq)和转录组测序(scRNA-seq) | 典型速度模型 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 349 | 2025-10-05 |
ZipAEr: A compressive convolutional autoencoder for high-dimensional spatial omics data at subcellular resolution
2025-Sep-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7541289/v1
PMID:41001552
|
研究论文 | 提出一种名为ZipAEr的压缩卷积自编码器,用于处理高维空间组学数据并提取有意义的潜在特征 | 在转录水平而非细胞水平处理数据,保留亚细胞和细胞外空间背景;通过卷积层同时减少空间维度和通道数;在损失函数中引入通道加权以平衡低表达基因的表示 | NA | 解决空间转录组学数据分析复杂性的挑战,开发高效的数据压缩和特征提取方法 | 高维空间组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 卷积自编码器 | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 350 | 2025-10-05 |
Human Cytomegalovirus Infection of Primary Human Oral Keratinocytes Induces Intermediate Keratinocyte Differentiation and an Altered Innate Immune Response
2025-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.16.676604
PMID:41000686
|
研究论文 | 本研究利用原代人类口腔角质形成细胞模型,探究人巨细胞病毒在口腔黏膜感染过程中如何调控宿主细胞分化和先天免疫反应 | 首次在原发性人类口腔角质形成细胞中通过单细胞RNA测序揭示HCMV感染诱导中间角质形成细胞分化表型并改变先天免疫反应 | 研究仅限于体外细胞培养模型,未涉及完整的口腔黏膜组织环境 | 探究人巨细胞病毒在口腔黏膜中的初始感染机制及对宿主细胞的影响 | 原代人类口腔角质形成细胞 | 单细胞转录组学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 351 | 2025-10-05 |
Characterizing intra- and inter-tumor heterogeneity in Ovarian high-grade serous carcinoma subtypes using single-cell and spatial transcriptomics
2025-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.15.676244
PMID:41000843
|
研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学技术探索卵巢高级别浆液性癌的肿瘤内和肿瘤间异质性 | 首次将分子亚型与空间基因表达域联系起来,揭示了免疫通路和血管发育的空间表达模式差异,并识别了分子亚型特异性的空间抗共定位模式 | 研究指出每个患者可能需要多个组织切片才能全面表征HGSC空间转录组,暗示当前采样可能不够全面 | 探索卵巢高级别浆液性癌分子亚型与空间表达域之间的联系及其在患者间的变异性 | 卵巢高级别浆液性癌(HGSC)肿瘤微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 352 | 2025-10-05 |
Autophagy Upregulation in Mutant Isocitrate Dehydrogenase 1 (IDH1) Glioma Uncovers a Novel Therapeutic Target
2025-Sep-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7483444/v1
PMID:40964044
|
研究论文 | 本研究揭示mIDH1胶质瘤通过上调自噬途径维持生存,并证明抑制自噬可增强放射敏感性 | 首次发现mIDH1胶质瘤中自噬通路的关键作用,并开发了靶向Atg7的纳米颗粒联合放疗的新疗法 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,尚未在人类患者中进行临床验证 | 探索mIDH1胶质瘤的生存机制并开发新的治疗策略 | 人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及小鼠模型 | 癌症生物学 | 胶质瘤 | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, 蛋白质纳米颗粒技术 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 蛋白质数据 | 人类和小鼠mIDH1胶质瘤细胞系及动物模型 | NA | 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 353 | 2025-10-05 |
Efficacious suppression of primary and metastasized liver tumors by polyIC-loaded lipid nanoparticles
2025-Sep-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001514
PMID:40928035
|
研究论文 | 本研究开发了装载polyIC的脂质纳米颗粒,可有效抑制原发性和转移性肝肿瘤 | 意外发现polyIC-LNPs可作为肝肿瘤的有效单药疗法,无需联合免疫检查点抑制剂 | 目前仅在动物模型中进行验证,尚未进行临床试验 | 开发肝靶向策略以降低polyIC的全身毒性并提高治疗效果 | 小鼠肝肿瘤模型 | 免疫治疗 | 肝癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 多个小鼠肝肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 354 | 2025-10-05 |
Impact of Data Quality on Deep Learning Prediction of Spatial Transcriptomics from Histology Images
2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.04.674228
PMID:40964396
|
研究论文 | 研究数据质量对从组织学图像预测空间转录组学的深度学习模型性能的影响 | 首次系统评估分子数据和图像数据质量对空间转录组学预测模型的影响,而非仅关注模型架构改进 | 插补方法提供的改进有限且无法泛化到测试集之外 | 探索数据质量对基于深度学习的空间基因表达预测性能的影响 | 空间转录组学数据和H&E染色组织学图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学,深度学习 | 深度学习模型 | 图像,基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium, Visium | 成像技术(Xenium)与测序技术(Visium)的空间转录组学平台 |
| 355 | 2025-10-05 |
Assessing the impact of perfluoroalkyl substances on liver health: a comprehensive study using multi-donor human liver spheroids
2025-Sep, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109763
PMID:40914107
|
研究论文 | 本研究使用多供体人类肝脏球体模型评估全氟烷基物质对肝脏健康的影响 | 首次在多细胞类型人类肝脏球体模型中系统比较不同PFAS化合物的性别特异性肝毒性机制 | 研究仅采用体外模型,浓度固定为20μM,暴露时间较短 | 阐明不同PFAS导致人类肝脏功能障碍的具体细胞和分子机制 | 多供体人类肝脏球体模型(包含多种细胞类型) | 毒理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序,脂质染色 | 肝脏球体模型 | 单细胞转录组数据,图像数据 | 多供体人类肝脏球体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 356 | 2025-10-05 |
Zebrafish optic nerve injury results in systemic retinal ganglion cell dedifferentiation
2025-Sep, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011879
PMID:40971959
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼视网膜神经节细胞在视神经损伤后的去分化现象 | 首次发现斑马鱼所有RGC亚型均对损伤具有抵抗力,并揭示其通过去分化为未成熟状态的独特生存机制 | 研究结果基于斑马鱼模型,与哺乳动物存在物种差异,临床应用前景需进一步验证 | 探索视网膜神经节细胞在视神经损伤后的分子响应机制和神经保护途径 | 斑马鱼视网膜神经节细胞 | 单细胞转录组学 | 视神经病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 357 | 2025-10-05 |
Stereo-cell: Advancing spatial single-cell biology towards clinical translation
2025-Sep, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70480
PMID:40984816
|
研究论文 | 介绍新开发的空间单细胞测序平台Stereo-cell的技术创新及其在精准医学中的应用潜力 | 开发了整合形态学、转录组学和蛋白质组学的高分辨率空间单细胞测序平台,弥合先进组学与传统病理学之间的鸿沟 | 数据整合、监管合规性和数字建模方面存在重要挑战 | 推动空间单细胞生物学向临床转化发展 | 空间单细胞生物学平台 | 空间组学 | NA | 空间单细胞测序 | NA | 形态学、转录组学、蛋白质组学数据 | NA | NA | 空间单细胞测序 | Stereo-cell | 整合形态学、转录组学和蛋白质组学的高分辨率空间单细胞测序平台 |
| 358 | 2025-10-05 |
CD103+CD8+ tissue-resident memory T lymphocytes of melanoma boost anti-tumour immunity and predict immunotherapy outcomes
2025-Sep, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70464
PMID:40985995
|
研究论文 | 本研究揭示了CD103+CD8+组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤中的抗肿瘤作用及其作为免疫治疗疗效预测标志物的价值 | 首次系统阐明CD103作为黑色素瘤中CD8+组织驻留记忆T细胞的标志物,并揭示其通过整合素依赖的PI3K/AKT信号通路增强抗肿瘤免疫的机制 | NA | 探究CD103+CD8+组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤抗肿瘤免疫中的作用及其作为免疫治疗预测标志物的潜力 | 黑色素瘤患者样本、CD8+组织驻留记忆T细胞、小鼠模型 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 多重免疫组织化学、单细胞RNA测序、空间转录组学、体内/体外实验 | NA | 基因表达数据、空间分布数据、临床数据 | 多个独立队列的黑色素瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 359 | 2025-10-05 |
Expression and Clinical Implications of LAG-3 in Small Cell Lung Cancer
2025-Sep-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502183R
PMID:40960909
|
研究论文 | 本研究评估了LAG-3在小细胞肺癌中的表达及其临床意义 | 首次系统评估28种免疫检查点分子在小细胞肺癌中的表达,发现LAG-3表达高于其他肺癌亚型和黑色素瘤,并验证其作为免疫治疗疗效预测标志物的潜力 | 研究基于多个数据集,可能存在样本异质性;需要进一步实验验证LAG-3作为生物标志物的临床实用性 | 探索PD-L1之外可用于免疫检查点抑制剂的分子标志物 | 小细胞肺癌细胞系和肿瘤组织 | 癌症免疫学 | 小细胞肺癌 | RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 图像数据 | 多个公共数据集和内部数据集(包括CCLE数据库、IMpower133数据集等) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 360 | 2025-10-05 |
Rolling circle amplification for next-generation molecular diagnostics, genome analysis, and spatial transcriptome profiling
2025-Sep-25, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d5nr03032c
PMID:40917009
|
综述 | 本综述全面探讨滚环扩增技术的基本原理、设计改进及其在分子诊断、基因组分析和空间转录组分析中的应用 | 将RCA与CRISPR检测、生物传感器和纳米颗粒辅助信号放大技术整合,显著提升了诊断潜力,实现核酸、蛋白质、细胞外囊泡和单细胞的超灵敏检测 | 面临反应特异性、自动化和成本效益等关键挑战 | 探索RCA技术在分子诊断、基因组分析和空间转录组分析中的应用及未来发展 | 核酸、蛋白质、细胞外囊泡、单细胞和组织结构中的基因表达 | 分子诊断 | 癌症 | 滚环扩增、CRISPR检测、生物传感器、纳米颗粒辅助信号放大 | NA | DNA序列、基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞多组学 | NA | NA |