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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2025-10-05 |
Spatial profiling of human pancreatic ductal adenocarcinoma reveals molecular alterations associated with venous invasion
2025-Sep-24, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.ady7524
PMID:40991729
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析揭示胰腺导管腺癌静脉侵犯的分子特征 | 首次系统描绘PDAC静脉侵犯的空间分子图谱,发现静脉侵犯区域表现出与更好预后相关的分子特征 | 样本量相对有限(8例患者95个样本),需在更大队列中验证 | 探究胰腺导管腺癌静脉侵犯的分子特征及其临床意义 | 人类胰腺导管腺癌组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, RNA-seq | NA | 空间转录组数据, 空间蛋白质组数据, 公共RNA-seq数据 | 95个PDAC组织样本(来自8例初治患者),独立验证队列19例患者 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 342 | 2025-10-05 |
HEBP2-governed glutamine competition between tumor and macrophages dictates immunotherapy efficacy in triple-negative breast cancer
2025-Sep-23, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2025.08.009
PMID:40992373
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了HEBP2调控的肿瘤细胞与巨噬细胞间谷氨酰胺竞争决定三阴性乳腺癌免疫治疗疗效的机制 | 首次发现HEBP2/GSTP1轴调控的肿瘤-巨噬细胞代谢检查点,开创了单细胞水平免疫代谢评估免疫治疗脆弱性的新范式 | 样本量相对有限(scRNA-seq队列N=27,空间转录组学队列N=88),需要在更大队列中验证 | 阐明三阴性乳腺癌免疫治疗疗效受限的代谢机制 | 三阴性乳腺癌患者肿瘤微环境中的肿瘤细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据,空间基因表达数据 | scRNA-seq队列27例患者,空间转录组学队列88例患者 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 343 | 2025-10-05 |
Engineered vasculature induces functional maturation of pluripotent stem cell-derived islet organoids
2025-Sep-22, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.024
PMID:40412386
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研究论文 | 本研究通过工程化血管系统成功诱导人多能干细胞来源的胰岛类器官实现功能成熟 | 首次构建了包含血管系统的三维胰岛类器官模型,揭示了血管通过形成胰岛样基底膜和BMP信号通路促进β细胞功能成熟的机制 | 研究中使用的血管系统模型仍需进一步优化以更精确模拟体内生理环境 | 开发具有血管系统的功能性胰岛类器官用于糖尿病研究和治疗 | 人多能干细胞来源的胰岛细胞、人原代内皮细胞和成纤维细胞 | 组织工程 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、微流体技术、三维细胞培养 | NA | 基因表达数据、钙离子成像数据、胰岛素分泌数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 344 | 2025-10-05 |
Identification of type 2 diabetes- and obesity-associated human β-cells using deep transfer learning
2025-Sep-22, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.96713
PMID:40982369
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研究论文 | 本研究利用深度迁移学习工具DEGAS识别与2型糖尿病和肥胖相关的人类β细胞亚群 | 首次应用深度迁移学习工具DEGAS将疾病关联映射到单细胞RNA-seq数据中,识别出特定的疾病相关β细胞亚群 | 研究样本量有限,未来需要扩展到更多人类胰岛组学数据集 | 优先识别与疾病相关的β细胞亚群以更好理解2型糖尿病发病机制并确定靶向治疗相关基因 | 人类胰腺胰岛β细胞 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序,免疫染色 | 深度迁移学习 | 单细胞RNA-seq数据,批量表达数据,图像数据 | 来自健康和2型糖尿病捐赠者的人类胰腺切片 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 345 | 2025-10-05 |
Novel radiation-derived gene blueprint stratifying patients with breast cancer
2025-Sep-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03549-1
PMID:40983794
|
研究论文 | 开发基于辐射相关基因的乳腺癌预后风险模型 | 首次利用辐射相关基因构建乳腺癌预后预测模型,并揭示其与免疫浸润和免疫治疗反应的关系 | 需要更多独立队列验证模型的临床适用性 | 开发乳腺癌预后预测生物标志物和个性化治疗策略 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 多组学分析 | 随机森林, LASSO Cox回归, stepAIC | 基因表达数据 | TCGA-BRCA队列和METABRIC数据集患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 346 | 2025-10-05 |
Single-cell and bulk transcriptomic analyses reveal ITGA5-driven epithelial-mesenchymal transition and metabolic adaptation in thyroid cancer
2025-Sep-21, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152678
PMID:40992268
|
研究论文 | 通过单细胞和批量转录组分析揭示ITGA5驱动的上皮-间质转化和代谢适应在甲状腺癌中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和批量转录组数据系统分析ITGA5在甲状腺癌中的功能机制,发现其通过调控上皮-间质转化和肿瘤微环境重塑促进癌症进展 | 研究主要基于细胞系实验,缺乏体内动物模型验证;临床样本分析依赖于公共数据库 | 探究ITGA5在甲状腺癌进展中的分子机制和功能作用 | 甲状腺癌组织样本、BCPAP和8505C甲状腺癌细胞系 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 功能富集分析, 细胞功能实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | TCGA甲状腺癌数据集, 两种甲状腺癌细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 347 | 2025-10-05 |
Engineering Spatial and Molecular Features from Cellular Niches to Inform Predictions of Inflammatory Bowel Disease
2025-Sep-12, ArXiv
PMID:40964085
|
研究论文 | 本研究开发了一种利用空间转录组学构建可解释机器学习模型来区分炎症性肠病亚型的新计算框架 | 首次将空间转录组学与可解释机器学习相结合,从细胞生态位中系统提取空间和分子特征用于IBD分类 | 样本量相对有限,需要更大规模验证 | 开发基于空间转录组学的IBD亚型分类和诊断方法 | 健康对照、溃疡性结肠炎和克罗恩病患者的结肠黏膜组织 | 空间转录组学 | 炎症性肠病 | 空间转录组学,非负矩阵分解,多层感知器 | MLP | 空间转录组数据 | 健康对照、UC和CD患者的结肠黏膜样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 348 | 2025-10-05 |
NNMT inhibition in cancer-associated fibroblasts restores antitumour immunity
2025-Sep, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09303-5
PMID:40702186
|
研究论文 | 本研究通过抑制癌症相关成纤维细胞中的NNMT酶活性,恢复抗肿瘤免疫反应 | 首次揭示NNMT通过诱导H3K27me3低甲基化驱动CAF分泌补体,招募免疫抑制性MDSC的机制,并开发了特异性NNMT抑制剂 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果需进一步验证 | 探索NNMT在肿瘤微环境免疫抑制中的作用及治疗潜力 | 高级别浆液性卵巢癌、乳腺癌和结肠癌模型 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、高通量筛选 | 基因敲除小鼠模型、同系肿瘤模型 | 基因表达数据、表观遗传数据 | 多个小鼠癌症模型 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 349 | 2025-10-05 |
Genome-wide association study identifies FUT2 rs601338 polymorphism linking intra-pancreatic fat deposition to chronic pancreatitis
2025-Sep, Pancreatology : official journal of the International Association of Pancreatology (IAP) ... [et al.]
IF:2.8Q2
DOI:10.1016/j.pan.2025.07.407
PMID:40744837
|
研究论文 | 通过全基因组关联研究揭示FUT2基因rs601338多态性通过影响胰腺脂肪沉积与慢性胰腺炎风险的关联机制 | 首次通过大规模GWAS发现胰腺脂肪沉积的遗传基础,结合单细胞转录组学确认FUT2基因在胰腺外分泌部的特异性表达 | 研究人群主要为欧洲裔,样本代表性有限;未深入探讨FUT2影响胰腺脂肪沉积的具体分子机制 | 探索胰腺脂肪沉积的遗传基础及其对胰腺疾病风险的影响 | 20,040名欧洲裔个体(排除急/慢性胰腺炎和胰腺癌患者) | 基因组学 | 慢性胰腺炎 | 全基因组关联研究(GWAS), 共定位分析, 转录组关联研究(TWAS), 单细胞转录组学 | 回归模型, 交互作用分析 | 基因组数据, 转录组数据, 临床数据 | 20,040人 | UK Biobank | 基因组测序, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 350 | 2025-10-05 |
Biomarkers of immune dysregulation and posttreatment inflammation in spinal muscular atrophy
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2506976122
PMID:40986347
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序分析脊髓性肌萎缩症(SMA)患者的免疫失调特征 | 首次在SMA中识别出6-7个月免疫激活转变点,发现基因治疗后NF-κB相关炎症基因显著上调,并揭示CD4+ T细胞早期功能障碍和G1期阻滞 | 样本量较小(共17名婴儿),仅包含25个月以下患者 | 阐明脊髓性肌萎缩症中的免疫失调机制及其对治疗反应的影响 | 脊髓性肌萎缩症婴儿患者和健康对照婴儿的外周血样本 | 生物信息学 | 脊髓性肌萎缩症 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | SMA患者11例(7例bulk RNA-seq, 4例scRNA-seq),健康对照10例(4例bulk RNA-seq, 6例scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 351 | 2025-10-05 |
ALKBH5 demethylates the m6A modification of SOCS3 in microglia/macrophages and alleviates neuroinflammation after brain injury
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504697122
PMID:40986354
|
研究论文 | 本研究揭示了ALKBH5通过去甲基化SOCS3的m6A修饰缓解脑损伤后神经炎症的分子机制 | 首次发现ALKBH5-m6A-SOCS3调控轴在脑损伤后小胶质细胞/巨噬细胞驱动的神经炎症中的关键作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未在人体中验证 | 探究m6A RNA修饰在创伤性脑损伤后神经炎症中的作用机制 | 小胶质细胞/巨噬细胞 | 分子生物学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序, m6A RNA免疫沉淀测序, MeRIP-qPCR, RNA pull-down | NA | RNA测序数据 | 多个时间点的脑损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序, m6A测序 | NA | NA |
| 352 | 2025-10-05 |
Prolonged immune activation in post-acute sequelae of SARS-CoV-2: neutrophil dynamics and therapeutic insights
2025-Sep-24, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01539-5
PMID:40987794
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研究论文 | 本研究通过仓鼠模型揭示了SARS-CoV-2感染后长期症状中中性粒细胞持续激活的机制,并验证了靶向中性粒细胞炎症的治疗策略 | 首次在小仓鼠模型中系统揭示PASC的免疫机制,发现中性粒细胞持续激活是驱动长期炎症的关键因素,并验证了Sivelestat等小分子抑制剂的治疗效果 | 研究基于动物模型,结果需要进一步在人类临床试验中验证;样本量相对有限 | 探究SARS-CoV-2感染后长期症状的免疫机制并寻找有效治疗策略 | 小仓鼠模型及感染后30天的组织样本 | 免疫学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 动物疾病模型 | 基因表达数据,组织病理图像 | SARS-CoV-2感染组46.25-47.50%存活率,其中13.75%发展为PASC表型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 353 | 2025-10-05 |
DisConST: Distribution-aware Contrastive Learning for Spatial Domain Identification
2025-Sep-24, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf085
PMID:40990806
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研究论文 | 提出一种基于分布感知对比学习的空间转录组学空间域识别新方法 | 首次将零膨胀负二项分布与图对比学习结合,有效整合空间位置、转录组谱和细胞类型比例信息 | NA | 提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性 | 来自不同测序平台的组织、器官和胚胎空间转录组数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组测序 | 对比学习, 图神经网络 | 空间基因表达数据 | 多种组织和胚胎样本(具体数量未明确说明) | 多种测序平台(具体公司未明确说明) | 空间转录组学 | NA | NA |
| 354 | 2025-10-05 |
PASSpedia: A Polyadenylation Site Database Across Different Species at Single Cell Resolution
2025-Sep-23, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf089
PMID:40986375
|
研究论文 | 开发了一个跨物种单细胞分辨率的多聚腺苷酸化位点数据库PASSpedia | 升级了深度学习分析流程SCAPTURE v2,首次在单细胞水平构建了跨七个物种的全面PAS图谱 | NA | 研究多聚腺苷酸化位点在不同物种中的使用模式和特征 | 七个物种的1330个已发表的3'标签scRNA-seq数据集 | 生物信息学 | NA | 3'标签测序, 单细胞RNA测序, 长读长测序 | 深度学习 | 单细胞RNA测序数据 | 1330个scRNA-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | 3'标签scRNA-seq |
| 355 | 2025-10-05 |
Shear stress-induced endothelial HEG1 signalling regulates vascular tone and blood pressure
2025-Sep-23, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehaf742
PMID:40986512
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞HEG1蛋白通过剪切应力信号通路调控血管张力和血压的新机制 | 首次发现HEG1通过促进CUL3介导的PHACTR1降解来调节eNOS转录和NO产生,从而调控血压 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步扩大 | 阐明内皮HEG1在血压调控中的作用及分子机制 | 内皮细胞、小鼠模型、人类动脉和血浆样本 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、计算流体动力学分析、蛋白质组学、转录组学、泛素化分析 | 内皮特异性Heg1敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、血流动力学数据 | 多个独立队列的动脉和血浆样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 356 | 2025-10-05 |
Impaired early type I interferon responses to influenza virus infection in aged mice are associated with subsequent increased pulmonary inflammation
2025-Sep-23, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01892-3
PMID:40987991
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研究论文 | 本研究通过比较年轻和老年小鼠对甲型流感病毒感染的先天免疫反应,揭示衰老导致早期I型干扰素反应受损并增强后期肺部炎症的机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示老年小鼠在流感病毒感染后不同免疫细胞中持续炎症反应的分子特征 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠模型,结果可能需要人类研究验证 | 探究衰老对流感病毒感染先天免疫反应的影响机制 | 年轻(12周)和老年(70周)C57BL/6J小鼠 | 免疫学 | 流感病毒感染 | qRT-PCR, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 年轻和老年C57BL/6J小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 357 | 2025-10-05 |
Leveraging single-cell transcriptomics of developing rat ocular outflow tissues to prioritize congenital glaucoma candidate genes
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672439
PMID:40909638
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析发育期大鼠眼房水流出通路的基因表达,为先天性青光眼候选基因的优先排序提供资源 | 首次生成了发育期房水流出通路的单细胞RNA测序数据集,揭示了395个在发育TM/SC亚型中特异性上调的基因 | 研究基于大鼠模型,与人类疾病存在物种差异;仅分析了三个关键发育阶段 | 识别先天性青光眼的候选致病基因并理解房水流出通路的发育机制 | 发育期大鼠眼房水流出通路组织,特别是小梁网和Schlemm管 | 单细胞转录组学 | 先天性青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 86,653个细胞,包含超过10,000个TM/SC相关细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 358 | 2025-10-05 |
Decoding functional and developmental trajectories of tissue-resident uterine dendritic cells through integrative omics
2025-Sep-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113351
PMID:40949104
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研究论文 | 通过整合多组学方法解析子宫组织驻留树突状细胞的功能和发育轨迹 | 首次系统识别子宫树突状细胞亚型并揭示其发育轨迹和功能特化 | 样本来源仅限于人类子宫内膜,未涉及其他物种验证 | 探究子宫树突状细胞的起源和功能作用机制 | 人类子宫内膜组织中的树突状细胞 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,CITE-seq | NA | 单细胞转录组数据,表面蛋白表达数据 | 不同月经周期和早孕期子宫组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学 | NA | NA |
| 359 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptome combined with genetic tracing reveals a roadmap of fibrosis formation during proliferative vitreoretinopathy
2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2424487122
PMID:40920930
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研究论文 | 本研究结合单细胞转录组和遗传谱系追踪技术,揭示了增殖性玻璃体视网膜病变中纤维化形成的细胞路线图 | 首次结合单细胞转录组学和遗传谱系追踪技术系统描绘了PVR纤维化形成过程中不同细胞类型的贡献 | NA | 解析增殖性玻璃体视网膜病变中纤维化形成的细胞机制 | 视网膜色素上皮细胞、免疫细胞和Müller细胞 | 单细胞组学 | 增殖性玻璃体视网膜病变 | 单细胞转录组测序, 遗传谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 360 | 2025-10-05 |
Dynamic and precise electromagnetic levitation of single cells
2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2512246122
PMID:40920932
|
研究论文 | 介绍了一种名为Electro-LEV的新型平台,通过电磁悬浮技术实现单细胞的动态精确操控 | 整合电磁与磁悬浮原理,实现单细胞在3D微流体环境中的动态位置控制,能够区分单细胞与细胞簇的悬浮行为差异 | NA | 开发精确操控单细胞的技术,提高细胞分选的纯度和效率 | 单细胞和细胞簇 | 生物医学工程 | NA | 电磁悬浮技术 | NA | 位置追踪数据 | 多种颗粒和细胞类型 | NA | 电磁悬浮分选 | Electro-LEV | 整合电磁和磁悬浮原理的平台,通过周期性调制和追踪细胞z轴位置 |