单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 857 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2025-10-05 |
ArchVelo: Archetypal Velocity Modeling for Single-cell Multi-omic Trajectories
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.14.676182
PMID:41000980
|
研究论文 | 开发了一种名为ArchVelo的新方法，用于从单细胞多组学数据推断细胞轨迹和基因调控动态 | 将染色质可及性表示为共享调控程序的典型集合，并建模其对转录的动态影响 | NA | 从静态单细胞测量中推断动态细胞过程 | 小鼠大脑发育、人类造血过程和CD8 T细胞对病毒感染的反应 | 基因组学 | 病毒感染 | 单细胞同时染色质可及性测序(scATAC-seq)和转录组测序(scRNA-seq) | 典型速度模型 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 322 | 2025-10-05 |
ZipAEr: A compressive convolutional autoencoder for high-dimensional spatial omics data at subcellular resolution
2025-Sep-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7541289/v1
PMID:41001552
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研究论文 | 提出一种名为ZipAEr的压缩卷积自编码器，用于处理高维空间组学数据并提取有意义的潜在特征 | 在转录水平而非细胞水平处理数据，保留亚细胞和细胞外空间背景；通过卷积层同时减少空间维度和通道数；在损失函数中引入通道加权以平衡低表达基因的表示 | NA | 解决空间转录组学数据分析复杂性的挑战，开发高效的数据压缩和特征提取方法 | 高维空间组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 卷积自编码器 | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 323 | 2025-10-05 |
Human Cytomegalovirus Infection of Primary Human Oral Keratinocytes Induces Intermediate Keratinocyte Differentiation and an Altered Innate Immune Response
2025-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.16.676604
PMID:41000686
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研究论文 | 本研究利用原代人类口腔角质形成细胞模型，探究人巨细胞病毒在口腔黏膜感染过程中如何调控宿主细胞分化和先天免疫反应 | 首次在原发性人类口腔角质形成细胞中通过单细胞RNA测序揭示HCMV感染诱导中间角质形成细胞分化表型并改变先天免疫反应 | 研究仅限于体外细胞培养模型，未涉及完整的口腔黏膜组织环境 | 探究人巨细胞病毒在口腔黏膜中的初始感染机制及对宿主细胞的影响 | 原代人类口腔角质形成细胞 | 单细胞转录组学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 324 | 2025-10-05 |
Endothelial Type I Interferon signaling modulates the vascular response to ischemic brain injury
2025-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675258
PMID:41000728
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞I型干扰素信号在调节缺血性脑损伤后血管反应中的关键作用 | 首次发现脑内皮细胞I型干扰素特征信号，并证明其通过促进连接稳定和抑制VEGF信号来增强血脑屏障功能 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究免疫和发育信号通路如何协调缺血性脑卒中后的血管正常化过程 | 人类和小鼠缺血性脑卒中组织中的脑内皮细胞 | 数字病理学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 325 | 2025-10-05 |
Characterizing intra- and inter-tumor heterogeneity in Ovarian high-grade serous carcinoma subtypes using single-cell and spatial transcriptomics
2025-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.15.676244
PMID:41000843
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研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学技术探索卵巢高级别浆液性癌的肿瘤内和肿瘤间异质性 | 首次将分子亚型与空间基因表达域联系起来，揭示了免疫通路和血管发育的空间表达模式差异，并识别了分子亚型特异性的空间抗共定位模式 | 研究指出每个患者可能需要多个组织切片才能全面表征HGSC空间转录组，暗示当前采样可能不够全面 | 探索卵巢高级别浆液性癌分子亚型与空间表达域之间的联系及其在患者间的变异性 | 卵巢高级别浆液性癌(HGSC)肿瘤微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 326 | 2025-10-05 |
Autophagy Upregulation in Mutant Isocitrate Dehydrogenase 1 (IDH1) Glioma Uncovers a Novel Therapeutic Target
2025-Sep-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7483444/v1
PMID:40964044
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研究论文 | 本研究揭示mIDH1胶质瘤通过上调自噬途径维持生存，并证明抑制自噬可增强放射敏感性 | 首次发现mIDH1胶质瘤中自噬通路的关键作用，并开发了靶向Atg7的纳米颗粒联合放疗的新疗法 | 研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人类患者中进行临床验证 | 探索mIDH1胶质瘤的生存机制并开发新的治疗策略 | 人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及小鼠模型 | 癌症生物学 | 胶质瘤 | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, 蛋白质纳米颗粒技术 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 蛋白质数据 | 人类和小鼠mIDH1胶质瘤细胞系及动物模型 | NA | 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 327 | 2025-10-05 |
Efficacious suppression of primary and metastasized liver tumors by polyIC-loaded lipid nanoparticles
2025-Sep-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001514
PMID:40928035
|
研究论文 | 本研究开发了装载polyIC的脂质纳米颗粒，可有效抑制原发性和转移性肝肿瘤 | 意外发现polyIC-LNPs可作为肝肿瘤的有效单药疗法，无需联合免疫检查点抑制剂 | 目前仅在动物模型中进行验证，尚未进行临床试验 | 开发肝靶向策略以降低polyIC的全身毒性并提高治疗效果 | 小鼠肝肿瘤模型 | 免疫治疗 | 肝癌 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | 多个小鼠肝肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 328 | 2025-10-05 |
Impact of Data Quality on Deep Learning Prediction of Spatial Transcriptomics from Histology Images
2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.04.674228
PMID:40964396
|
研究论文 | 研究数据质量对从组织学图像预测空间转录组学的深度学习模型性能的影响 | 首次系统评估分子数据和图像数据质量对空间转录组学预测模型的影响，而非仅关注模型架构改进 | 插补方法提供的改进有限且无法泛化到测试集之外 | 探索数据质量对基于深度学习的空间基因表达预测性能的影响 | 空间转录组学数据和H&E染色组织学图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，深度学习 | 深度学习模型 | 图像，基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium, Visium | 成像技术(Xenium)与测序技术(Visium)的空间转录组学平台 |
| 329 | 2025-10-05 |
SWIFT-seq enables comprehensive single-cell transcriptomic profiling of circulating tumor cells in multiple myeloma and its precursors
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-01006-0
PMID:40781193
|
研究论文 | 开发了一种名为SWIFT-seq的单细胞测序工作流程，用于全面分析多发性骨髓瘤及其前体病变中循环肿瘤细胞的转录组特征 | 首次建立了基于测序的CTC计数策略和CTC分类器，能够推断细胞遗传学异常，并提出了循环动力学模型 | 样本量相对有限（101例患者和健康供者），BM活检技术限制可能导致部分结果不明确 | 开发非侵入性方法用于多发性骨髓瘤的诊断、监测和预后评估 | 多发性骨髓瘤患者和健康供者的骨髓和循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序，B细胞受体测序 | CTC分类器，循环动力学模型 | 单细胞转录组数据 | 101例患者和健康供者 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞多组学 | NA | SWIFT-seq工作流程 |
| 330 | 2025-10-05 |
Innate immunity and the NF-κB pathway control prostate stem cell plasticity, reprogramming and tumor initiation
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00994-3
PMID:40550901
|
研究论文 | 本研究揭示先天免疫和NF-κB通路通过调控前列腺干细胞可塑性影响肿瘤起始机制 | 发现Pten缺失通过激活先天免疫通路诱导基底细胞重编程为hillock样状态，并首次证明NF-κB通路在此过程中的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类前列腺癌中的适用性需进一步验证 | 探索前列腺基底细胞可塑性和肿瘤起始的分子调控机制 | 前列腺基底细胞及其在Pten缺失后的命运变化 | 单细胞生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 原位表征 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 组织学图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | NA |
| 331 | 2025-10-05 |
Assessing the impact of perfluoroalkyl substances on liver health: a comprehensive study using multi-donor human liver spheroids
2025-Sep, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109763
PMID:40914107
|
研究论文 | 本研究使用多供体人类肝脏球体模型评估全氟烷基物质对肝脏健康的影响 | 首次在多细胞类型人类肝脏球体模型中系统比较不同PFAS化合物的性别特异性肝毒性机制 | 研究仅采用体外模型，浓度固定为20μM，暴露时间较短 | 阐明不同PFAS导致人类肝脏功能障碍的具体细胞和分子机制 | 多供体人类肝脏球体模型（包含多种细胞类型） | 毒理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序，脂质染色 | 肝脏球体模型 | 单细胞转录组数据，图像数据 | 多供体人类肝脏球体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 332 | 2025-10-05 |
Zebrafish optic nerve injury results in systemic retinal ganglion cell dedifferentiation
2025-Sep, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011879
PMID:40971959
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼视网膜神经节细胞在视神经损伤后的去分化现象 | 首次发现斑马鱼所有RGC亚型均对损伤具有抵抗力，并揭示其通过去分化为未成熟状态的独特生存机制 | 研究结果基于斑马鱼模型，与哺乳动物存在物种差异，临床应用前景需进一步验证 | 探索视网膜神经节细胞在视神经损伤后的分子响应机制和神经保护途径 | 斑马鱼视网膜神经节细胞 | 单细胞转录组学 | 视神经病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 333 | 2025-10-05 |
Stereo-cell: Advancing spatial single-cell biology towards clinical translation
2025-Sep, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70480
PMID:40984816
|
研究论文 | 介绍新开发的空间单细胞测序平台Stereo-cell的技术创新及其在精准医学中的应用潜力 | 开发了整合形态学、转录组学和蛋白质组学的高分辨率空间单细胞测序平台，弥合先进组学与传统病理学之间的鸿沟 | 数据整合、监管合规性和数字建模方面存在重要挑战 | 推动空间单细胞生物学向临床转化发展 | 空间单细胞生物学平台 | 空间组学 | NA | 空间单细胞测序 | NA | 形态学、转录组学、蛋白质组学数据 | NA | NA | 空间单细胞测序 | Stereo-cell | 整合形态学、转录组学和蛋白质组学的高分辨率空间单细胞测序平台 |
| 334 | 2025-10-05 |
CD103+CD8+ tissue-resident memory T lymphocytes of melanoma boost anti-tumour immunity and predict immunotherapy outcomes
2025-Sep, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70464
PMID:40985995
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研究论文 | 本研究揭示了CD103+CD8+组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤中的抗肿瘤作用及其作为免疫治疗疗效预测标志物的价值 | 首次系统阐明CD103作为黑色素瘤中CD8+组织驻留记忆T细胞的标志物，并揭示其通过整合素依赖的PI3K/AKT信号通路增强抗肿瘤免疫的机制 | NA | 探究CD103+CD8+组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤抗肿瘤免疫中的作用及其作为免疫治疗预测标志物的潜力 | 黑色素瘤患者样本、CD8+组织驻留记忆T细胞、小鼠模型 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 多重免疫组织化学、单细胞RNA测序、空间转录组学、体内/体外实验 | NA | 基因表达数据、空间分布数据、临床数据 | 多个独立队列的黑色素瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 335 | 2025-10-05 |
Multi-Omics Integrated Analysis of the Protective Effect of Tertiary Lymphoid Structures and Associated Key Regulatory Genes in Human Gallbladder Cancer
2025-Sep, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.70037
PMID:40997892
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研究论文 | 本研究通过多组学整合分析探讨三级淋巴结构及其关键调控基因在人类胆囊癌中的保护作用 | 首次在胆囊癌中系统研究三级淋巴结构的预后价值，并通过单细胞RNA测序、批量RNA测序和深度学习筛选出6个TLS相关关键基因 | 样本量相对较小（85例患者），需要更大规模研究验证 | 探究三级淋巴结构在胆囊癌中的预后关联及其相关基因的调控机制 | 85例胆囊癌患者组织样本 | 生物信息学 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 深度学习, 细胞实验验证 | 深度学习 | 基因表达数据, 临床数据 | 85例胆囊癌患者 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 336 | 2025-10-05 |
Expression and Clinical Implications of LAG-3 in Small Cell Lung Cancer
2025-Sep-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502183R
PMID:40960909
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研究论文 | 本研究评估了LAG-3在小细胞肺癌中的表达及其临床意义 | 首次系统评估28种免疫检查点分子在小细胞肺癌中的表达，发现LAG-3表达高于其他肺癌亚型和黑色素瘤，并验证其作为免疫治疗疗效预测标志物的潜力 | 研究基于多个数据集，可能存在样本异质性；需要进一步实验验证LAG-3作为生物标志物的临床实用性 | 探索PD-L1之外可用于免疫检查点抑制剂的分子标志物 | 小细胞肺癌细胞系和肿瘤组织 | 癌症免疫学 | 小细胞肺癌 | RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 图像数据 | 多个公共数据集和内部数据集（包括CCLE数据库、IMpower133数据集等） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 337 | 2025-10-05 |
Cyclic Heptapeptide FZ1 Acts as an Integrin αvβ3 Agonist to Facilitate Diabetic Skin Wound Healing by Enhancing Angiogenesis
2025-Sep-25, Journal of medicinal chemistry
IF:6.8Q1
DOI:10.1021/acs.jmedchem.5c01734
PMID:40910702
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研究论文 | 本研究揭示了环状七肽FZ1作为整合素αvβ3激动剂通过增强血管生成促进糖尿病皮肤伤口愈合的机制 | 首次发现靶向整合素αvβ3的肽类激动剂FZ1，并证明其在糖尿病伤口中的促愈合作用 | NA | 开发有效的糖尿病伤口治疗药物并阐明其调控机制 | 环状七肽FZ1及其在糖尿病伤口愈合中的作用机制 | 生物医学 | 糖尿病并发症 | 单细胞RNA测序,RNA干扰,表面等离子共振,分子对接 | NA | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 338 | 2025-10-05 |
Rolling circle amplification for next-generation molecular diagnostics, genome analysis, and spatial transcriptome profiling
2025-Sep-25, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d5nr03032c
PMID:40917009
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综述 | 本综述全面探讨滚环扩增技术的基本原理、设计改进及其在分子诊断、基因组分析和空间转录组分析中的应用 | 将RCA与CRISPR检测、生物传感器和纳米颗粒辅助信号放大技术整合，显著提升了诊断潜力，实现核酸、蛋白质、细胞外囊泡和单细胞的超灵敏检测 | 面临反应特异性、自动化和成本效益等关键挑战 | 探索RCA技术在分子诊断、基因组分析和空间转录组分析中的应用及未来发展 | 核酸、蛋白质、细胞外囊泡、单细胞和组织结构中的基因表达 | 分子诊断 | 癌症 | 滚环扩增、CRISPR检测、生物传感器、纳米颗粒辅助信号放大 | NA | DNA序列、基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞多组学 | NA | NA |
| 339 | 2025-10-05 |
RNA Sequencing at Single Vesicle Resolution via 3D Printed Embedded Droplet Arrays
2025-Sep-24, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.5c09959
PMID:40938793
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研究论文 | 开发了一种通过3D打印嵌入式液滴阵列实现单细胞外囊泡RNA测序的平台 | 利用3D打印技术创建嵌入式液滴阵列，首次实现单细胞外囊泡水平的多聚腺苷酸RNA测序 | NA | 解决细胞外囊泡RNA载物的异质性问题 | 单个细胞外囊泡 | 单细胞测序技术 | NA | RNA测序, 3D打印, PCR | NA | RNA测序数据 | 3689个独特条形码对应的细胞外囊泡 | NA | 单细胞RNA测序 | 3D打印嵌入式液滴阵列 | 基于有机凝胶支持介质的3D打印液滴阵列平台 |
| 340 | 2025-10-05 |
Next-generation translational genomics for developing future crops
2025-Sep-24, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01704-z
PMID:40987990
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综述 | 本文探讨现代转化基因组学在作物育种中的最新进展与创新策略 | 从单一基因组转向泛基因组分析，从批量转录组转向单细胞转录组技术，结合人工智能实现高通量表型分析 | NA | 通过整合基因组学、转录组学和表型数据加速作物改良 | 作物育种与遗传改良 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学、高通量基因分型、表型分析 | AI和机器学习模型 | 基因组数据、转录组数据、表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |