本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2025-10-05 |
Downregulation of heat shock protein 90 alpha family class A member 1 inhibits necroptosis in cardiac microvascular endothelial cells and alleviates sepsis-induced cardiomyopathy
2025-Sep-16, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114757
PMID:40967330
|
研究论文 | 本研究探讨HSP90AA1下调通过抑制心脏微血管内皮细胞坏死性凋亡缓解脓毒症诱导心肌病的机制 | 首次在单细胞水平揭示HSP90aa1+毛细血管内皮细胞在脓毒症心肌病中的异质性,并阐明HSP90AA1通过NF-κB信号通路调控坏死性凋亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;未探讨其他潜在信号通路的参与 | 探究Hsp90AA1对小鼠心脏微血管内皮细胞功能和坏死性凋亡的影响及其在脓毒症诱导心肌病中的作用机制 | 小鼠心脏微血管内皮细胞和脓毒症诱导心肌病小鼠模型 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, Western blot, 免疫荧光, ELISA, 经胸超声心动图 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 影像数据 | 未明确样本数量的小鼠模型和细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 282 | 2025-10-05 |
Global Pangenome Analysis Highlights the Critical Role of Structural Variants in Cattle Improvement and Identifies a Unique Event as a Novel Enhancer in IGFBP7+ Cells
2025-Sep-01, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msaf205
PMID:40828965
|
研究论文 | 本研究通过泛基因组图谱平台分析全球2409头牛的SNP和SV变异,揭示结构变异在牛群改良和适应性进化中的关键作用 | 首次在牛基因组中发现约40.14%的结构变异未被邻近SNP标记,并鉴定出一个作为IGFBP7基因增强子的独特结构变异 | 研究主要基于82个品种的2409个个体,可能未覆盖所有牛种遗传多样性 | 探究结构变异在全球牛群种群结构和表型形成中的作用 | 来自82个品种的2409头全球牛个体 | 基因组学 | NA | 泛基因组分析,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,单细胞转录组数据 | 2409个个体,82个品种 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 283 | 2025-10-05 |
Mouse-Specific Single cell cytokine activity prediction and Estimation (MouSSE)
2025-Sep, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013475
PMID:40971965
|
研究论文 | 提出了一种名为MouSSE的新方法,用于在小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据中预测和估计细胞因子活性 | 开发了专门针对小鼠数据的细胞因子活性估计方法,使用经过修改的方差调整马氏距离技术,支持正负基因权重 | 方法主要针对小鼠数据,在人类数据中的适用性可能需要进一步验证 | 开发准确的小鼠单细胞水平细胞因子活性估计方法 | 小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据 | 生物信息学 | 自身免疫疾病、癌症、感染反应 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、基因集评分方法 | VAM(方差调整马氏距离)技术 | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 284 | 2025-10-05 |
Safety and Anti-Inflammatory Effects of Engineered Extracellular Vesicles (ILB-202) for NF-κB Inhibition: A Double-Blind, Randomized, Placebo-Controlled Phase 1 Trial
2025-Sep, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70141
PMID:41002119
|
研究论文 | 评估工程化细胞外囊泡ILB-202在健康志愿者中的安全性、耐受性和初步药效学效应的I期临床试验 | 首次使用装载超抑制因子IκBα的工程化细胞外囊泡进行NF-κB靶向治疗的人体临床试验 | 单中心研究、样本量较小(18名志愿者)、仅评估短期效果 | 评估ILB-202在人体中的安全性和抗炎作用 | 18名健康志愿者 | NA | 炎症性疾病、自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、实验室参数、单细胞RNA测序数据 | 18名健康志愿者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 285 | 2025-10-05 |
Tensor-cell2cell v2 unravels coordinated dynamics of protein- and metabolite-mediated cell-cell communication
2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.11.02.514917
PMID:40950142
|
研究论文 | 介绍Tensor-cell2cell v2计算工具,用于联合分析蛋白质和代谢物介导的细胞间通讯动态变化 | 首次通过耦合张量分量分析同时分析蛋白质和代谢物介导的细胞通讯,保留各模态通讯评分的独立性和数据结构 | NA | 开发能够解析多种配体类型协调动态的细胞通讯分析工具 | 脑类器官发育过程中的细胞通讯 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学,耦合张量分量分析 | 张量分解模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 286 | 2025-10-05 |
Shedding Light on Patterns of Unconventional Expression of Opsin Genes in Hydra vulgaris
2025-Sep-26, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf100
PMID:40581592
|
研究论文 | 本研究通过分析水螅的单细胞RNA测序数据,揭示了视蛋白基因在神经元和非神经元细胞类型中的非常规表达模式 | 首次系统描绘了水螅中视蛋白基因在细胞类型和分化状态间的表达谱,发现非神经元细胞中视蛋白表达的广泛存在 | 基于已发表的测序数据进行分析,缺乏实验验证 | 探究刺胞动物中非神经元细胞视蛋白表达的普遍性 | 淡水水螅(Hydra vulgaris) | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 已发表单细胞测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 287 | 2025-10-05 |
Integrated single-cell transcriptomics and Mendelian randomization identify neutrophil-associated biomarker genes in colorectal cancer
2025-Sep-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03452-9
PMID:40996626
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和孟德尔随机化方法识别结直肠癌中中性粒细胞相关的生物标志物基因 | 首次结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和共定位分析系统鉴定中性粒细胞相关基因在结直肠癌中的因果作用 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 揭示中性粒细胞浸润在结直肠癌中的作用机制并识别关键基因 | 结直肠癌患者的中性粒细胞和基因表达数据 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 共定位分析, 免疫组化验证 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 来自GEO数据库(GSE231559)和BioBank Japan(BBJ-a-107)的多个队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 288 | 2025-10-05 |
Identification of immunosuppressive CD4+ T-cell subtype and construction of prognostic model for hepatocellular carcinoma
2025-Sep-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03556-2
PMID:40996677
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定肝细胞癌中免疫抑制性CD4+ T细胞亚型并构建预后模型 | 首次鉴定SPP1+TNFRSF18+ CD4+ T细胞作为肝细胞癌免疫逃避的关键驱动因素,并构建了基于九基因的预后模型 | 样本量相对较小(16例HCC患者),需要在更大队列中进一步验证 | 阐明CD4+ T细胞在肝细胞癌免疫逃避中的作用机制并开发预后预测工具 | 肝细胞癌患者组织样本和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟 | LASSO Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 16例HCC患者(GSE149614),TCGA-LIHC队列,GSE109211验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 289 | 2025-10-05 |
Tabersonine inhibits inflammation and apoptosis through the JAK1/STAT3 signaling pathway to alleviate LPS-induced acute lung injury
2025-Sep-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-17885-3
PMID:40998926
|
研究论文 | 本研究探讨了塔博赛宁通过JAK1/STAT3信号通路抑制炎症和细胞凋亡,缓解LPS诱导的急性肺损伤的作用机制 | 首次通过网络药理学预测结合实验验证,发现塔博赛宁通过靶向JAK1/STAT3通路发挥治疗急性肺损伤的作用 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未进行临床验证 | 探究塔博赛宁治疗急性肺损伤的分子机制 | LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型和RAW264.7巨噬细胞系 | 分子生物学 | 急性肺损伤 | 网络药理学分析、单细胞转录组分析、分子对接、Western blot、流式细胞术、TUNEL染色 | 动物模型、细胞模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量,使用小鼠模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | GSE225664单细胞转录组数据集 |
| 290 | 2025-10-05 |
Evaluation of cell type annotation reliability using a large language model-based identifier
2025-Sep-25, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08745-x
PMID:40998963
|
研究论文 | 开发了一种基于大语言模型的细胞类型注释可靠性评估工具LICT | 利用多模型集成和“人机对话”方法,提供客观的细胞类型注释可靠性评估框架 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 291 | 2025-10-05 |
MitoDelta: identifying mitochondrial DNA deletions at cell-type resolution from single-cell RNA sequencing data
2025-Sep-25, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11931-0
PMID:40999372
|
研究论文 | 开发了一种从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性线粒体DNA缺失的计算方法 | 首个专门从单细胞RNA测序数据中检测细胞类型特异性mtDNA缺失的计算流程,无需额外DNA测序数据 | 依赖单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度,可能受转录组噪音影响 | 开发检测细胞类型特异性线粒体DNA缺失的计算方法 | 线粒体DNA缺失变异 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序,计算分析 | beta-二项分布模型 | 单细胞RNA测序数据 | 已发表的帕金森病单核RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | NA |
| 292 | 2025-10-05 |
EMB is essential for enteric nervous system development mediated by PI3K signaling
2025-Sep-25, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01538-1
PMID:40999499
|
研究论文 | 本研究揭示了EMB通过调控PI3K信号通路在肠道神经系统发育中的关键作用 | 首次发现EMB通过招募PP2A磷酸酶复合物至细胞膜促进PI3K-AKT通路激活,调控肠道神经嵴细胞发育的新机制 | EMB罕见变异与HSCR疾病的因果关系需要进一步验证 | 探究EMB在肠道神经系统发育中的功能机制 | 斑马鱼、小鼠模型及人类HSCR患者队列 | 发育生物学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、基因敲除、迁移实验、类器官培养 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、表型数据、临床变异数据 | 斑马鱼和小鼠模型,以及HSCR患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 293 | 2025-10-05 |
Mechanically activated snai1b coordinates the initiation of myocardial delamination for trabeculation
2025-Sep-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62285-w
PMID:40993149
|
研究论文 | 本研究揭示了斑马鱼心脏发育过程中机械力激活的snai1b阳性心肌细胞通过启动分层过程参与小梁形成的新机制 | 首次发现snai1b阳性心肌细胞在机械力激活下启动心肌分层,且这些细胞不表现典型的上皮-间质转化特征 | 研究主要基于斑马鱼模型,需要在哺乳动物中进一步验证 | 探究心肌小梁形成过程中机械力激活的snai1b在心肌分层启动中的作用机制 | 斑马鱼胚胎心脏发育过程中的心肌细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | CRISPR激活/抑制, 4-D应变分析, 单细胞转录组测序, 空间转录组测序 | 斑马鱼发育模型 | 基因表达数据, 影像数据, 转录组数据 | 4天受精后斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 294 | 2025-10-05 |
Amyloid-β-driven Alzheimer's disease reshapes the colonic immune system in mice
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116109
PMID:40885186
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示阿尔茨海默病如何重塑小鼠结肠免疫系统 | 首次在淀粉样蛋白β驱动的小鼠模型中系统揭示肠道免疫系统变化与大脑免疫细胞迁移的关联 | 研究基于小鼠模型,人类相关性需要进一步验证 | 探索阿尔茨海默病中肠道-大脑轴的免疫学特征 | 5XFAD淀粉样蛋白β小鼠模型的结肠免疫细胞 | 单细胞生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 光谱调谐流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据 | 5XFAD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 295 | 2025-10-05 |
A multi-omic analysis to investigate the causal associations between circulating proteins and risk of spontaneous abortion and their potential implications
2025-Sep-22, JBRA assisted reproduction
DOI:10.5935/1518-0557.20250031
PMID:40674570
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和多组学分析研究循环蛋白与自然流产风险的因果关系 | 首次结合顺式和反式pQTLs作为工具变量,并整合单细胞转录组分析识别子宫内易感细胞类型 | 排除了性别间差异表达的蛋白质,可能遗漏部分相关蛋白 | 探索循环蛋白与自然流产风险的因果关系及其分子机制 | 自然流产风险相关的遗传变异和循环蛋白 | 生物信息学 | 自然流产 | 孟德尔随机化, pQTL分析, KEGG通路富集, 单细胞转录组分析 | 孟德尔随机化模型 | 遗传变异数据, 蛋白质表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 296 | 2025-10-05 |
Orlistat Confers Neuroprotection in Traumatic Brain Injury by Modulating Microglial Lipid Metabolism
2025-Sep-19, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14181469
PMID:41002434
|
研究论文 | 研究奥利司他通过调节小胶质细胞脂质代谢在创伤性脑损伤中发挥神经保护作用 | 首次发现奥利司他通过直接抑制小胶质细胞中脂蛋白脂肪酶(LPL)介导的神经炎症发挥神经保护作用 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探讨奥利司他在创伤性脑损伤中的神经保护潜力及作用机制 | 小鼠创伤性脑损伤模型及小胶质细胞 | 神经科学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序, 分子对接, 转录组学, 代谢组学 | NA | 基因表达数据, 代谢物数据, 行为学数据, 组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 297 | 2025-10-05 |
Astrocytes in Fear Memory Processing: Molecular Mechanisms Across the Amygdala-Hippocampus-Prefrontal Cortex Network
2025-Sep-16, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14181444
PMID:41002409
|
综述 | 本文综述了星形胶质细胞在恐惧记忆处理中的分子机制及其在杏仁核-海马体-前额叶皮层网络中的作用 | 挑战了传统的以神经元为中心的恐惧记忆观点,揭示了星形胶质细胞在不同脑区特异性功能和与神经元的动态相互作用 | NA | 探讨星形胶质细胞在恐惧记忆获取、巩固、消退和提取过程中的分子机制 | 星形胶质细胞在杏仁核-海马体-前额叶皮层网络中的功能 | 神经科学 | 创伤后应激障碍(PTSD)和焦虑症 | 空间转录组学, 光遗传学, 化学遗传学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 298 | 2025-10-05 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Cell Heterogeneity and Altered Signaling Pathways in Jellyfish Sting Patients
2025-Sep-15, Marine drugs
IF:4.9Q1
DOI:10.3390/md23090358
PMID:41003327
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示水母蜇伤患者免疫细胞异质性和信号通路改变 | 首次在单细胞分辨率下揭示水母蜇伤后的免疫失调图谱,发现MMP9+单核细胞和S100A12+中性粒细胞的关键作用 | 仅分析一名严重患者样本,样本量较小 | 探究水母蜇伤后的免疫机制和信号通路变化 | 水母蜇伤患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 中毒性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 一名严重患者和健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 299 | 2025-10-05 |
Morphological and Transcriptomic Analyses of the Adrenal Gland in Acomys cahirinus: A Novel Model for Murine Adrenal Physiology
2025-Sep-12, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14181431
PMID:41002397
|
研究论文 | 本研究通过形态学和转录组学分析比较了Acomys cahirinus与小鼠的肾上腺结构与基因表达差异 | 首次在Acomys cahirinus中发现明确的网状带结构,其肾上腺基因表达谱与人类肾上腺皮质高度相似 | 需要进一步进行单细胞转录组学和功能验证实验来充分评估其转化潜力 | 评估Acomys cahirinus作为人类肾上腺疾病模型的适用性 | Acomys cahirinus和小鼠的肾上腺组织 | 转录组学 | 肾上腺疾病 | RNA-seq, qRT-PCR, CAGE-seq, 通路分析 | NA | 转录组数据, 形态学数据 | NA | NA | 转录组测序 | NA | NA |
| 300 | 2025-10-05 |
Comprehensive Characterization of Long Non-Coding RNAs in Porcine Tissues: Expression Patterns and Functional Insights During Oocyte Development
2025-Sep-09, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14181409
PMID:41002376
|
研究论文 | 本研究系统表征了猪组织中长链非编码RNA的表达模式及其在卵母细胞发育中的功能 | 首次系统分析14种猪组织的lncRNA表达谱,并鉴定卵母细胞发育过程中的关键lncRNA | 研究主要基于表达谱分析,功能验证实验相对有限 | 阐明猪组织中lncRNA的表达特征及其在生殖生物学中的功能 | 猪多种组织样本及卵母细胞发育不同阶段的单细胞数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 607个组织RNA-seq数据集,63个单细胞RNA-seq数据集,以及37个人鼠比较数据集 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |