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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-10-05 |
Intervention of Rutin and Ochnaflavone in the Attenuation of Neuroinflammation and Neuronal Apoptosis in Spinal Cord Injury
2025-Sep-26, Global spine journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1177/21925682251383489
PMID:41001708
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研究论文 | 本研究探讨芦丁和奥那黄酮通过调节PI3K/AKT和NF-κB信号通路减轻脊髓损伤后神经炎症和神经元凋亡的机制 | 首次揭示芦丁和奥那黄酮协同作用通过调控小胶质细胞活化和PI3K/AKT/NF-κB信号通路发挥神经保护作用的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证;机制研究尚未完全阐明所有下游效应分子 | 阐明芦丁和奥那黄酮在脊髓损伤中的神经保护机制 | 脊髓损伤小鼠模型、BV2小胶质细胞系、小胶质细胞-神经元共培养系统 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 网络药理学, 蛋白质印迹, 免疫荧光, ELISA | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据, 细胞培养数据 | 小鼠脊髓损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 242 | 2025-10-05 |
Integrated multi-omics analysis reveals PTM networks as key regulators of colorectal cancer progression and immune evasion
2025-Sep-26, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03445-8
PMID:41003898
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研究论文 | 通过整合多组学分析揭示翻译后修饰网络作为结直肠癌进展和免疫逃逸的关键调控因子 | 首次全面揭示PTM网络在结直肠癌中的调控作用,发现GALNT6介导的糖基化通过稳定PD-L1和排除CD8+T细胞驱动免疫逃逸 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 探索翻译后修饰在结直肠癌进展和免疫逃逸中的综合作用 | 结直肠癌患者样本和细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 多组学整合分析,孟德尔随机化,空间转录组学 | LASSO,SVM,随机森林 | 转录组数据,单细胞数据 | 1,783例批量RNA-seq样本,41,143个单细胞 | NA | 单细胞转录组学,空间转录组学,批量RNA-seq | NA | NA |
| 243 | 2025-10-05 |
Multi-omics analysis reveals the prognostic value and immunomodulatory role of CTSW in breast cancer
2025-Sep-26, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03550-8
PMID:41003895
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研究论文 | 通过多组学分析揭示CTSW在乳腺癌中的预后价值和免疫调节作用 | 首次采用多组学框架系统研究CTSW在乳腺癌中的预后意义和免疫调节功能,并通过单细胞RNA测序发现CTSW在活化CD8+T细胞中的表达与预后相关 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证 | 探索乳腺癌中新的生物标志物和治疗靶点 | 乳腺癌患者和肿瘤免疫微环境 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 转录组学、甲基化组学、数量性状位点分析、全基因组关联研究、单细胞RNA测序 | Cox回归、Kaplan-Meier生存分析、孟德尔随机化 | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 244 | 2025-10-05 |
Data-driven inference of Boolean networks from transcriptomes to predict cellular differentiation and reprogramming
2025-Sep-26, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00569-z
PMID:41006334
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研究论文 | 提出一种从转录组数据自动推断布尔网络的方法,用于预测细胞分化和重编程 | 开发了整合转录组数据和先验知识自动生成布尔网络集合的通用方法,能够处理模型不确定性并预测稳健的重编程靶点 | 方法依赖于转录组数据的质量和对基础基因调控网络的先验知识 | 构建能够再现细胞定性行为的布尔网络模型,用于预测细胞分化和重编程 | 造血系统细胞分化和骨髓基质细胞向脂肪细胞/成骨细胞分化 | 计算生物学 | NA | RNA-seq | 布尔网络 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 245 | 2025-10-05 |
Integrative analysis of molecular mechanisms in prostate cancer via single-cell RNA sequencing and weighted gene co-expression network analysis
2025-Sep-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-15682-6
PMID:41006377
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析研究前列腺癌的分子机制 | 首次整合scRNA-seq和bulk RNA-seq与hdWGCNA方法,在更高分辨率下分析前列腺癌肿瘤微环境,识别出6个关键基因 | 需要进一步的临床验证 | 探索前列腺癌进展的分子机制,发现潜在治疗靶点 | 前列腺癌组织样本 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | Cox回归, LASSO回归, 预后预测模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 9,809个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 246 | 2025-10-05 |
Hypersonic levitation and spinning: paving the way for enhanced single-cell analysis via contactless tissue dissociation
2025-Sep-26, Communications engineering
DOI:10.1038/s44172-025-00497-0
PMID:41006575
|
研究论文 | 本文介绍了一种新型非接触式组织解离技术——高超声悬浮旋转技术,用于改进单细胞分析 | 开发了基于三声谐振器探针的高超声悬浮旋转技术,实现非接触式组织解离,通过微尺度'液体射流'施加精确流体动力 | NA | 开发高效、温和的组织解离方法以改进单细胞分析 | 人类肾癌组织 | 单细胞分析 | 肾癌 | 高超声悬浮旋转技术 | NA | 流式细胞术、原代细胞培养、免疫荧光、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 247 | 2025-10-05 |
Comprehensive characterization of lysosome-dependent cell death reveals prognostic significance and immune landscape in colon adenocarcinoma
2025-Sep-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-18267-5
PMID:41006689
|
研究论文 | 本研究全面表征了溶酶体依赖性细胞死亡在结肠腺癌中的预后意义和免疫景观 | 首次系统分析LDCD相关基因在结肠腺癌中的表达特征,建立五基因预后标志物,并揭示其与肿瘤免疫微环境的关联 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要更多前瞻性研究验证 | 探索溶酶体依赖性细胞死亡相关基因在结肠腺癌中的预后价值和免疫学意义 | 结肠腺癌患者组织和细胞系 | 生物信息学 | 结肠癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,LASSO回归,Cox回归分析 | 预后预测模型 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA和GEO数据库中的结肠腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 248 | 2025-10-05 |
Single-cell mapping of TMZ-resistant glioma reveals CXCL2/3-CXCR2-associated neutrophil communication
2025-Sep-25, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152706
PMID:41016335
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示TMZ耐药胶质瘤中CXCL2/3-CXCR2信号轴介导的肿瘤-中性粒细胞通讯机制 | 首次发现耐药胶质瘤干细胞通过CXCL2/3-CXCR2化学趋化轴与中性粒细胞建立特异性通讯回路 | 基于已发表数据的二次分析,需进一步实验验证具体分子机制 | 探究胶质母细胞瘤中TMZ耐药性与肿瘤微环境的关联机制 | 胶质瘤细胞、免疫细胞(小胶质细胞/巨噬细胞、中性粒细胞) | 单细胞组学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | CellChat细胞通讯分析 | 转录组数据 | 基于大型单细胞RNA-seq数据集的二次分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 249 | 2025-10-05 |
Integrated Multiomics Analysis Identifies CDO1 as a Novel Therapeutic Target for Osteoarthritis
2025-Sep-25, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
|
研究论文 | 通过整合多组学分析识别CDO1作为骨关节炎的新型治疗靶点 | 首次通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和WGCNA分析识别CDO1作为骨关节炎的因果风险基因,并通过体内实验验证其治疗潜力 | 研究仅在大鼠模型中进行功能验证,尚未在人类临床试验中得到证实 | 识别骨关节炎进展中的关键基因和潜在治疗靶点 | 骨关节炎患者样本和大鼠模型 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,WGCNA,孟德尔随机化分析 | NA | 基因表达数据 | 7个公共OA数据集和大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 250 | 2025-10-05 |
Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction in the aging mammalian brain
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116165
PMID:40833855
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术,揭示了热量限制对衰老小鼠大脑的细胞和分子影响 | 首次结合单细胞转录组和空间转录组技术,在时空维度上系统解析热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究热量限制延缓大脑衰老的细胞种群和分子通路机制 | 小鼠大脑细胞 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单核转录组测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间定位数据 | 36只小鼠大脑的超过50万个细胞,12个大脑切片 | EasySci, IRISeq | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | EasySci单核转录组, IRISeq空间转录组 | 无成像IRISeq空间转录组技术 |
| 251 | 2025-10-05 |
gwSPADE: gene frequency-weighted reference-free deconvolution in spatial transcriptomics
2025-Sep-23, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf966
PMID:41002029
|
研究论文 | 提出一种名为gwSPADE的基因频率加权无参考空间转录组解卷积方法 | 开发了无需外部单细胞参考数据的空间转录组解卷积方法,采用基因频率加权方案和主题模型 | NA | 解决空间转录组数据中细胞类型组成的准确解卷积问题 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 主题模型 | 基因计数矩阵 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | NA |
| 252 | 2025-10-05 |
Single-cell-scale spatial transcriptome of the developing and adult mouse ovary
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.16.676655
PMID:41000831
|
研究论文 | 本研究使用空间转录组技术构建了小鼠卵巢发育和成年期的单细胞尺度空间转录组图谱 | 首次在保持卵巢原生细胞结构的前提下,通过10X Genomics Visium HD空间转录组技术实现了近单细胞分辨率的空间基因表达分析 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及其他物种验证 | 探究卵巢发育过程中的空间模式调控机制 | 发育中和成年小鼠卵巢 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 8个关键胎儿期和出生后时间点的小鼠卵巢样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium HD | 10X Genomics Visium HD空间转录组学平台 |
| 253 | 2025-10-05 |
Downregulation of heat shock protein 90 alpha family class A member 1 inhibits necroptosis in cardiac microvascular endothelial cells and alleviates sepsis-induced cardiomyopathy
2025-Sep-16, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114757
PMID:40967330
|
研究论文 | 本研究探讨HSP90AA1下调通过抑制心脏微血管内皮细胞坏死性凋亡缓解脓毒症诱导心肌病的机制 | 首次在单细胞水平揭示HSP90aa1+毛细血管内皮细胞在脓毒症心肌病中的异质性,并阐明HSP90AA1通过NF-κB信号通路调控坏死性凋亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;未探讨其他潜在信号通路的参与 | 探究Hsp90AA1对小鼠心脏微血管内皮细胞功能和坏死性凋亡的影响及其在脓毒症诱导心肌病中的作用机制 | 小鼠心脏微血管内皮细胞和脓毒症诱导心肌病小鼠模型 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, Western blot, 免疫荧光, ELISA, 经胸超声心动图 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 影像数据 | 未明确样本数量的小鼠模型和细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 254 | 2025-10-05 |
Global Pangenome Analysis Highlights the Critical Role of Structural Variants in Cattle Improvement and Identifies a Unique Event as a Novel Enhancer in IGFBP7+ Cells
2025-Sep-01, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msaf205
PMID:40828965
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研究论文 | 本研究通过泛基因组图谱平台分析全球2409头牛的SNP和SV变异,揭示结构变异在牛群改良和适应性进化中的关键作用 | 首次在牛基因组中发现约40.14%的结构变异未被邻近SNP标记,并鉴定出一个作为IGFBP7基因增强子的独特结构变异 | 研究主要基于82个品种的2409个个体,可能未覆盖所有牛种遗传多样性 | 探究结构变异在全球牛群种群结构和表型形成中的作用 | 来自82个品种的2409头全球牛个体 | 基因组学 | NA | 泛基因组分析,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,单细胞转录组数据 | 2409个个体,82个品种 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 255 | 2025-10-05 |
Mouse-Specific Single cell cytokine activity prediction and Estimation (MouSSE)
2025-Sep, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013475
PMID:40971965
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研究论文 | 提出了一种名为MouSSE的新方法,用于在小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据中预测和估计细胞因子活性 | 开发了专门针对小鼠数据的细胞因子活性估计方法,使用经过修改的方差调整马氏距离技术,支持正负基因权重 | 方法主要针对小鼠数据,在人类数据中的适用性可能需要进一步验证 | 开发准确的小鼠单细胞水平细胞因子活性估计方法 | 小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据 | 生物信息学 | 自身免疫疾病、癌症、感染反应 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、基因集评分方法 | VAM(方差调整马氏距离)技术 | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 256 | 2025-10-05 |
Safety and Anti-Inflammatory Effects of Engineered Extracellular Vesicles (ILB-202) for NF-κB Inhibition: A Double-Blind, Randomized, Placebo-Controlled Phase 1 Trial
2025-Sep, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70141
PMID:41002119
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研究论文 | 评估工程化细胞外囊泡ILB-202在健康志愿者中的安全性、耐受性和初步药效学效应的I期临床试验 | 首次使用装载超抑制因子IκBα的工程化细胞外囊泡进行NF-κB靶向治疗的人体临床试验 | 单中心研究、样本量较小(18名志愿者)、仅评估短期效果 | 评估ILB-202在人体中的安全性和抗炎作用 | 18名健康志愿者 | NA | 炎症性疾病、自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、实验室参数、单细胞RNA测序数据 | 18名健康志愿者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 257 | 2025-10-05 |
Tensor-cell2cell v2 unravels coordinated dynamics of protein- and metabolite-mediated cell-cell communication
2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.11.02.514917
PMID:40950142
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研究论文 | 介绍Tensor-cell2cell v2计算工具,用于联合分析蛋白质和代谢物介导的细胞间通讯动态变化 | 首次通过耦合张量分量分析同时分析蛋白质和代谢物介导的细胞通讯,保留各模态通讯评分的独立性和数据结构 | NA | 开发能够解析多种配体类型协调动态的细胞通讯分析工具 | 脑类器官发育过程中的细胞通讯 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学,耦合张量分量分析 | 张量分解模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 258 | 2025-10-05 |
Shedding Light on Patterns of Unconventional Expression of Opsin Genes in Hydra vulgaris
2025-Sep-26, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf100
PMID:40581592
|
研究论文 | 本研究通过分析水螅的单细胞RNA测序数据,揭示了视蛋白基因在神经元和非神经元细胞类型中的非常规表达模式 | 首次系统描绘了水螅中视蛋白基因在细胞类型和分化状态间的表达谱,发现非神经元细胞中视蛋白表达的广泛存在 | 基于已发表的测序数据进行分析,缺乏实验验证 | 探究刺胞动物中非神经元细胞视蛋白表达的普遍性 | 淡水水螅(Hydra vulgaris) | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 已发表单细胞测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 259 | 2025-10-05 |
Integrated single-cell transcriptomics and Mendelian randomization identify neutrophil-associated biomarker genes in colorectal cancer
2025-Sep-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03452-9
PMID:40996626
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和孟德尔随机化方法识别结直肠癌中中性粒细胞相关的生物标志物基因 | 首次结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和共定位分析系统鉴定中性粒细胞相关基因在结直肠癌中的因果作用 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 揭示中性粒细胞浸润在结直肠癌中的作用机制并识别关键基因 | 结直肠癌患者的中性粒细胞和基因表达数据 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 共定位分析, 免疫组化验证 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 来自GEO数据库(GSE231559)和BioBank Japan(BBJ-a-107)的多个队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 260 | 2025-10-05 |
Identification of immunosuppressive CD4+ T-cell subtype and construction of prognostic model for hepatocellular carcinoma
2025-Sep-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03556-2
PMID:40996677
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定肝细胞癌中免疫抑制性CD4+ T细胞亚型并构建预后模型 | 首次鉴定SPP1+TNFRSF18+ CD4+ T细胞作为肝细胞癌免疫逃避的关键驱动因素,并构建了基于九基因的预后模型 | 样本量相对较小(16例HCC患者),需要在更大队列中进一步验证 | 阐明CD4+ T细胞在肝细胞癌免疫逃避中的作用机制并开发预后预测工具 | 肝细胞癌患者组织样本和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟 | LASSO Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 16例HCC患者(GSE149614),TCGA-LIHC队列,GSE109211验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |