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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-02-11 |
Lipoxin B4 Mitigates TRPV4-Activated Müller Cell Gliosis During Ocular Hypertension
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.17.673801
PMID:41000836
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研究论文 | 本研究探讨了脂氧素B4(LXB4)在眼压升高期间如何调节TRPV4通道激活的Müller胶质细胞反应性,并揭示了Müller胶质细胞自身是视网膜中LXB4的重要来源 | 首次证实Müller胶质细胞是视网膜中抗炎和神经保护性脂质介质LXB4的内源性来源,并揭示了TRPV4机械应力激活同时触发胶质增生和保护性脂质信号传导的双重作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,尚未在人类临床样本中得到验证 | 探究LXB4是否调节TRPV4驱动的Müller胶质细胞激活和炎症,以及Müller胶质细胞自身是否参与视网膜脂氧素通路 | 小鼠Müller胶质细胞(原代和永生化细胞系)、小鼠视网膜组织 | 神经科学 | 青光眼 | RNA bulk-sequencing, qPCR, LC-MS/MS脂质组学, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术, 免疫染色, 免疫印迹 | NA | 转录组数据, 脂质组数据, 蛋白质表达数据, 图像数据 | 小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 222 | 2026-02-08 |
Single-Cell transcriptomic profiles of peripheral blood immune cells reveal early monocyte and platelet activation in the transition from high-risk states to clinical sepsis
2025-Sep-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-17078-y
PMID:40998960
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了外周血免疫细胞在脓毒症高风险状态向临床脓毒症转变过程中,单核细胞和血小板早期激活的转录组重编程特征 | 首次在单细胞水平上系统描绘了脓毒症进展过程中单核细胞和血小板的动态转录组变化,并发现了一个在多种高风险人群中一致、早期且持续上调的核心基因特征(S100A8, S100A9, IFITM2, IFITM3) | 研究样本量相对有限,且主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平的功能验证 | 阐明从脓毒症高风险状态向临床脓毒症转变过程中的免疫细胞转录组变化特征 | 健康对照、脓毒症高风险个体、临床脓毒症患者的外周血免疫细胞,以及独立队列中的极早产脓毒症婴儿和老年糖尿病患者 | 单细胞组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康对照、高风险个体、临床脓毒症患者,以及独立队列的极早产婴儿和老年糖尿病患者(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 223 | 2026-02-07 |
Hypertension-Induced Neurovascular and Cognitive Dysfunction at Single-Cell Resolution
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.14.648770
PMID:41000655
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,在高血压小鼠模型中揭示了高血压诱导神经血管和认知功能障碍的早期分子机制 | 首次在单细胞分辨率下揭示了高血压诱导的早期内皮细胞、中间神经元和少突胶质细胞脆弱性,为神经血管功能障碍和认知障碍提供了分子基础 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;样本时间点有限,未涵盖更长期的动态变化 | 探究高血压如何通过影响脑细胞导致神经血管和认知功能障碍的分子机制 | 高血压小鼠模型(由血管紧张素II诱导)中的新皮质细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 高血压小鼠模型在不同时间点(3天和42天)的新皮质样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 224 | 2026-02-02 |
Primary cilia in growth plates orchestrate long bone development
2025-Sep, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2025.04.014
PMID:41613437
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研究论文 | 本研究揭示了初级纤毛在生长板中通过调控关键信号通路和干细胞命运,对长骨发育起关键作用 | 首次系统性地报告了初级纤毛存在于生长板的所有区域,并阐明了其通过介导Wnt等信号通路、调控骨骼干细胞不对称分裂来协调长骨发育的具体机制 | 研究主要基于条件性基因敲除小鼠模型,在人类骨骼疾病中的直接相关性仍需进一步验证 | 探究初级纤毛在长骨发育和修复中的作用机制 | 生长板软骨细胞、成骨细胞及骨骼干细胞 | 发育生物学 | 骨骼发育障碍 | 空间转录组学、条件性基因敲除、延时成像 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 空间转录组数据、显微成像数据 | 条件性敲除小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 225 | 2026-01-28 |
Identification of type 2 diabetes- and obesity-associated human β-cells using deep transfer learning
2025-Sep-22, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.96713
PMID:40982369
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研究论文 | 本研究利用深度迁移学习工具DEGAS,通过单细胞RNA-seq数据识别与2型糖尿病和肥胖相关的人类β细胞亚群 | 应用深度迁移学习工具DEGAS将疾病关联映射到单细胞RNA-seq数据,首次识别出与2型糖尿病和肥胖相关的独特β细胞亚群,并验证了CDKN1C和DLK1基因的表达差异 | 研究仅基于现有单细胞RNA-seq数据,未来需要扩展到更多人类胰岛组学数据集以揭示复杂的多细胞相互作用 | 优先识别与疾病相关的β细胞亚群,以更好地理解2型糖尿病发病机制并确定靶向治疗的相关基因 | 人类胰腺胰岛β细胞 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA-seq | 深度迁移学习 | 单细胞RNA-seq数据 | 来自健康和非糖尿病捐赠者的人类胰腺切片 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 226 | 2026-01-25 |
Spatially resolved transcriptomics of benign and malignant peripheral nerve sheath tumors
2025-Sep-17, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf016
PMID:39847441
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研究论文 | 本研究应用空间转录组学技术分析良性和恶性外周神经鞘瘤,揭示其空间和生物学异质性 | 首次将空间转录组学应用于外周神经鞘瘤,构建了空间细胞分化图谱,并整合了组织学特征和单细胞数据 | 作为一项试点研究,样本量有限,未来需要更大规模验证 | 确定外周神经鞘瘤的空间和生物学异质性,以改善其分类和诊断 | 福尔马林固定石蜡包埋的患病外周神经组织样本 | 数字病理学 | 外周神经鞘瘤 | 空间转录组学 | 空间聚类和加权相关网络分析 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 227 | 2026-01-24 |
Next-generation translational genomics for developing future crops
2025-Sep-24, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01704-z
PMID:40987990
|
综述 | 本文综述了现代转化基因组学在作物育种中的全面进展,强调从传统方法向整合基因组、转录组和表型数据的下一代策略的转变 | 从单一基因组转向泛基因组以更好地捕获种内多样性,并从批量转录组分析转向单细胞转录组学,实现对基因调控和功能基因组学的细胞特异性洞察 | NA | 探索现代转化基因组学在作物育种中的应用,以加速作物改良并应对农业挑战 | 作物育种和未来作物开发 | 机器学习 | NA | 基因组学、转录组学、表型组学、单细胞转录组学 | 灵活模型(基于AI和机器学习) | 基因组、转录组、表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 228 | 2026-01-24 |
Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116159
PMID:40864551
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人脑细胞共培养中狂犬病毒与宿主细胞的转录相互作用,揭示了病毒基因表达受宿主细胞类型影响,并发现了一个预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群 | 首次在单细胞水平上揭示了狂犬病毒如何通过抑制先天免疫来塑造人脑不同细胞类型的转录调控,并意外发现了一个独立于感染的促病毒星形胶质细胞亚群 | 研究基于体外共培养模型,可能无法完全模拟体内复杂的大脑环境;样本规模有限,促病毒星形胶质细胞亚群在人类大脑中的稀有性需要进一步验证 | 探究病毒-宿主细胞相互作用和先天免疫拮抗如何影响神经嗜性病毒在不同脑细胞类型中的感染动态 | 人脑细胞共培养体系中的狂犬病毒及其突变体 | 单细胞转录组学 | 狂犬病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 229 | 2026-01-24 |
Integrative analysis identifies FERMT3 as a key regulator of metabolic reprogramming in keloid scarring and metabolic syndrome
2025-Sep-10, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01705-y
PMID:40928556
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研究论文 | 本研究通过整合分析瘢痕疙瘩和代谢综合征的公共微阵列数据集,识别出共享的转录组特征,并发现FERMT3作为调控代谢重编程和炎症表型的关键潜在调节因子 | 首次通过整合分析识别瘢痕疙瘩和代谢综合征之间的共享转录组特征,并利用单细胞RNA测序数据将关键基因FERMT3定位到特定细胞类型,通过体外实验验证其在代谢和炎症表型中的调控作用 | 研究主要基于公共数据集和体外实验,缺乏体内或临床验证,且样本来源和数量可能限制结果的普适性 | 识别瘢痕疙瘩和代谢综合征之间的共享致病机制和潜在治疗靶点 | 瘢痕疙瘩和代谢综合征患者的组织样本,以及巨噬细胞和成纤维细胞体外模型 | 生物信息学 | 瘢痕疙瘩和代谢综合征 | 微阵列分析、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、LASSO回归、机器学习、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、体外细胞实验 | LASSO回归、机器学习模型 | 微阵列数据、单细胞RNA测序数据 | 来自公共数据集的瘢痕疙瘩、代谢综合征及健康对照组织样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 230 | 2026-01-15 |
Cyclic Heptapeptide FZ1 Acts as an Integrin αvβ3 Agonist to Facilitate Diabetic Skin Wound Healing by Enhancing Angiogenesis
2025-Sep-25, Journal of medicinal chemistry
IF:6.8Q1
DOI:10.1021/acs.jmedchem.5c01734
PMID:40910702
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研究论文 | 本研究揭示了环状七肽FZ1通过作为整合素αvβ3激动剂,激活FAK-AKT/ERK1/2信号通路并诱导VEGFC表达,从而促进糖尿病皮肤伤口血管生成和愈合 | 首次发现并鉴定出FZ1是首个靶向整合素αvβ3并具有促进糖尿病伤口愈合作用的肽类激动剂 | NA | 开发有效的治疗剂并深入理解糖尿病伤口愈合的调控机制 | 糖尿病皮肤伤口愈合 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, RNA干扰, 表面等离子体共振, 分子对接 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 231 | 2026-01-14 |
SIGEL: a context-aware genomic representation learning framework for spatial genomics analysis
2025-Sep-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03748-7
PMID:40983914
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研究论文 | 本文提出了一种名为SIGEL的上下文感知基因组表示学习框架,用于从空间转录组数据中生成具有空间信息的基因表示 | 开发了一种成本效益高的框架,通过利用空间基因组上下文从ST数据中推导基因流形,生成的基因表示具有上下文感知、生物学意义明确且跨样本稳健的特点 | NA | 为空间基因组分析开发一种能够生成具有空间信息的基因表示的计算框架 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 表示学习框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 232 | 2026-01-11 |
Testis-specific protein HSF5 is essential for proper chromatin organization and transcriptional reprogramming to drive pachynema progression
2025-Sep-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨了热休克因子HSF5在调控减数分裂前期I中染色质动态和转录重编程的关键作用 | 首次揭示了HSF5通过调控染色质可及性、转录调控网络和组蛋白修饰,特别是与USP7形成复合物抑制H2AK119ub在性染色体上的沉积,从而驱动粗线期进展的新机制 | HSF5与USP7复合物的具体作用机制及其在减数分裂其他阶段的功能尚未完全阐明 | 阐明HSF5在哺乳动物减数分裂前期I中调控染色质组织和转录重编程的分子途径 | 小鼠精母细胞,特别是粗线期精母细胞 | 表观遗传学 | 男性不育症 | ATAC-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组可及性数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 233 | 2026-01-11 |
Single-cell atlas of grass carp ( Ctenopharyngodon idella) peripheral blood IgM + B cells provides insights into B cell-mediated immune responses in teleost fish
2025-Sep-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了草鱼外周血IgM+ B细胞在细菌感染后的转录组图谱和免疫应答特征 | 首次在硬骨鱼类中通过单细胞RNA测序系统解析了外周血IgM+ B细胞的异质性,并发现了两个感染诱导的B细胞亚群,揭示了鱼类B细胞通过I型干扰素信号通路参与先天抗菌免疫应答的新机制 | 研究仅针对草鱼一种硬骨鱼类,且感染模型为单一细菌病原体,结论在其他鱼类或病原体中的普适性有待验证 | 阐明硬骨鱼类外周血B细胞在细菌感染中的免疫应答机制 | 草鱼(Ctenopharyngodon idella)外周血IgM+ B细胞 | 单细胞转录组学 | 细菌感染(水产病原体) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 感染与未感染草鱼的外周血B细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 234 | 2026-01-11 |
Spatial Transcriptomics to Study Virus-Host Interactions
2025-09, Annual review of virology
IF:8.1Q1
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综述 | 本文综述了空间转录组学在研究病毒-宿主相互作用、病毒致病机制及开发抗病毒策略中的变革性潜力 | 强调空间转录组学在病毒-宿主相互作用研究中的创新应用,揭示其在解析病毒感染空间动态方面的独特优势 | NA | 探讨空间转录组学在理解病毒致病机制、识别关键病毒与宿主因子以及开发抗病毒疗法和免疫策略中的应用 | 植物、动物和人类中的病毒性疾病 | 空间转录组学 | 病毒性疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 235 | 2026-01-08 |
ASPEN: Robust detection of allelic dynamics in single cell RNA-seq
2025-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.16.649227
PMID:40949971
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ASPEN的统计方法,用于在F1杂交单细胞转录组数据中建模等位基因均值和方差,以检测等位基因动态变化 | ASPEN采用敏感映射流程和自适应收缩技术,能区分单细胞中的等位基因失衡和方差,相比现有方法在稀疏液滴单细胞数据中表现出更高的敏感性和更低的假发现率 | NA | 开发一种统计方法来检测单细胞RNA-seq数据中的等位基因动态变化,以解析复杂调控现象 | F1杂交单细胞转录组数据,具体应用于小鼠脑类器官和T细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq | 统计模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 236 | 2026-01-08 |
Oxidative Stress Links Thyroid Autoimmunity to Cancer: Peroxiredoxin 2 Protection via Genomic and Single-Cell Insights
2025-Sep, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals
DOI:10.1177/10849785251360744
PMID:40735789
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研究论文 | 本研究通过整合多组学方法,揭示了桥本甲状腺炎与甲状腺癌之间的共享遗传因素,并确定了过氧化物还原酶2(PRDX2)的关键保护作用 | 首次通过孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和机器学习分类模型的整合方法,系统性地识别了连接自身免疫性甲状腺疾病与甲状腺癌的因果基因及其表达模式 | 研究主要基于欧洲人群(FinnGen)的遗传数据,结论在其他人群中的普适性有待验证;单细胞测序样本量相对有限 | 探究桥本甲状腺炎与甲状腺癌之间的共享遗传机制和分子联系 | 桥本甲状腺炎和甲状腺癌(包括乳头状癌和未分化癌)患者及正常甲状腺组织 | 单细胞组学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 孟德尔随机化分析 | 机器学习分类模型 | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 76,243个甲状腺细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 237 | 2026-01-07 |
[Progress of scRNA-seq technology in nasopharyngeal carcinoma research]
2025-Sep, Lin chuang er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Journal of clinical otorhinolaryngology head and neck surgery
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术在鼻咽癌研究中的应用进展 | 总结了scRNA-seq技术在揭示鼻咽癌肿瘤细胞亚群、进化轨迹及肿瘤微环境细胞功能与相互作用方面的新思路 | NA | 探讨scRNA-seq技术在鼻咽癌发病机制、肿瘤异质性、肿瘤微环境、耐药性及治疗反应研究中的应用 | 鼻咽癌 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 238 | 2026-01-02 |
Single-cell transcriptomics reveals apolipoprotein A4-mediated metabolic-immune reprogramming in lymphocytes during early obesity-related chronic kidney disease
2025-Sep-25, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2025171
PMID:40999903
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了载脂蛋白A4在肥胖相关慢性肾病早期淋巴细胞代谢-免疫重编程中的关键调控作用 | 首次在单细胞分辨率下阐明Apoa4缺失如何重塑肾脏免疫代谢景观,并系统解析其对T细胞、NK细胞和B细胞功能及转录因子调控网络的影响 | 研究基于小鼠模型,在人体中的适用性需进一步验证;机制研究主要依赖相关性分析,因果关系的直接证据有待加强 | 探究载脂蛋白A4在肥胖诱导的慢性肾病早期免疫细胞代谢与功能调控中的作用 | 野生型与Apoa4敲除小鼠的肾脏免疫细胞(T细胞、NK细胞、B细胞) | 单细胞组学 | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 野生型与Apoa4敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 239 | 2025-12-24 |
A defined bacterial consortium and spatial transcriptomics highlight the complex interaction between Campylobacter jejuni and the murine intestine
2025-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.23.678081
PMID:41040308
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研究论文 | 本研究通过建立定义的细菌联合体并结合空间转录组学技术,揭示了空肠弯曲菌与小鼠肠道之间复杂的相互作用 | 首次使用定义的13种细菌联合体(C13)和空间转录组学技术,高分辨率地解析了感染诱导的基因表达空间分布和宿主-微生物-病原体互作 | 研究基于无菌小鼠模型,可能无法完全反映自然状态下复杂微生物群落的影响,且样本量有限 | 阐明特定肠道细菌与空肠弯曲菌介导的宿主反应之间的相互作用机制 | 无菌C57BL/6小鼠、定义的13种细菌联合体(C13)、空肠弯曲菌81-176菌株 | 空间转录组学 | 肠道感染 | 16S rRNA基因测序、荧光原位杂交(FISH)、RNAscope、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、微生物组成数据 | 三组无菌小鼠(C13组、C13+空肠弯曲菌组、无菌对照组),具体数量未明确 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 240 | 2025-09-07 |
Comment on "Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network pharmacology"
2025-Sep-06, Urolithiasis
IF:2.0Q2
DOI:10.1007/s00240-025-01839-5
PMID:40913665
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |