本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-10-05 | Dihydroartemisinin inhibits histone lactylation through YAP1 to act as a 'hot' switch for 'cold' tumor in hepatocellular carcinoma 
          2025-Sep-23, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
          
          IF:6.7Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.phymed.2025.157307
          PMID:41016295
         | 研究论文 | 本研究揭示了双氢青蒿素通过抑制YAP1降低组蛋白乳酸化,将肝细胞癌的肿瘤微环境从免疫抑制状态转变为免疫激活状态 | 首次发现双氢青蒿素通过YAP1抑制组蛋白乳酸化的新机制,并证明其能重塑肝癌免疫微环境 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探索双氢青蒿素改变肝细胞癌肿瘤微环境免疫状态的具体机制 | 肝细胞癌小鼠模型和细胞系 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫组化,Western blot,免疫荧光,代谢流分析,共免疫沉淀,细胞因子芯片,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,免疫细胞表型数据 | 多种免疫缺陷小鼠模型(NCG小鼠、BALB/c裸鼠、CD8+ T细胞清除小鼠) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 222 | 2025-10-05 | Single-cell-scale spatial transcriptome of the developing and adult mouse ovary 
          2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2025.09.16.676655
          PMID:41000831
         | 研究论文 | 本研究使用空间转录组技术构建了小鼠卵巢发育和成年期的单细胞尺度空间转录组图谱 | 首次在保持卵巢原生细胞结构的前提下,通过10X Genomics Visium HD空间转录组技术实现了近单细胞分辨率的空间基因表达分析 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及其他物种验证 | 探究卵巢发育过程中的空间模式调控机制 | 发育中和成年小鼠卵巢 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 8个关键胎儿期和出生后时间点的小鼠卵巢样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium HD | 10X Genomics Visium HD空间转录组学平台 | 
| 223 | 2025-10-05 | Downregulation of heat shock protein 90 alpha family class A member 1 inhibits necroptosis in cardiac microvascular endothelial cells and alleviates sepsis-induced cardiomyopathy 
          2025-Sep-16, Experimental cell research
          
          IF:3.3Q2
          
         
          DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114757
          PMID:40967330
         | 研究论文 | 本研究探讨HSP90AA1下调通过抑制心脏微血管内皮细胞坏死性凋亡缓解脓毒症诱导心肌病的机制 | 首次在单细胞水平揭示HSP90aa1+毛细血管内皮细胞在脓毒症心肌病中的异质性,并阐明HSP90AA1通过NF-κB信号通路调控坏死性凋亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;未探讨其他潜在信号通路的参与 | 探究Hsp90AA1对小鼠心脏微血管内皮细胞功能和坏死性凋亡的影响及其在脓毒症诱导心肌病中的作用机制 | 小鼠心脏微血管内皮细胞和脓毒症诱导心肌病小鼠模型 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, Western blot, 免疫荧光, ELISA, 经胸超声心动图 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 影像数据 | 未明确样本数量的小鼠模型和细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 224 | 2025-10-05 | Single-Cell and Spatial Transcriptomics-Based Research Reveals Association Between M2a Macrophages and Tumor Spread through Air Spaces in Lung Adenocarcinoma 
          2025-Sep-12, The American journal of pathology
          
         
          DOI:10.1016/j.ajpath.2025.07.017
          PMID:40946801
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学技术探索M2a巨噬细胞与肺腺癌气腔播散的关系 | 创新性地结合单细胞RNA测序和数字空间分析空间转录组学测序技术,首次系统研究M2a巨噬细胞通过CCL17/CCR4轴促进β-catenin信号通路影响STAS的机制 | NA | 探索肺腺癌中特定类型肿瘤相关巨噬细胞影响气腔播散发生发展的机制 | 肺腺癌肿瘤微环境中的M2a巨噬细胞和气腔播散现象 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学测序 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | 数字空间分析空间转录组学测序 | 
| 225 | 2025-10-05 | Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture 
          2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
          
          IF:7.1Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626
          PMID:40907663
         | 研究论文 | 本研究利用三维肝脏切片培养系统探究了白细胞介素-4在肝脏细胞重编程和再生中的作用 | 首次在保留肝脏复杂细胞相互作用的三维培养模型中系统研究IL-4的促再生作用,并采用纵向单细胞转录组学分析 | 研究基于小鼠模型,结果向人类临床应用的转化需要进一步验证 | 探究IL-4在肝脏再生中的细胞重编程机制 | 小鼠肝脏切片(包括正常和硫代乙酰胺诱导的病变肝脏) | 单细胞生物学 | 肝坏死/肝纤维化 | 单核RNA测序,免疫组织化学染色,ATP检测 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 8-10周龄C57BL/6小鼠的肝脏切片 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA | 
| 226 | 2025-10-05 | Global Pangenome Analysis Highlights the Critical Role of Structural Variants in Cattle Improvement and Identifies a Unique Event as a Novel Enhancer in IGFBP7+ Cells 
          2025-Sep-01, Molecular biology and evolution
          
          IF:11.0Q1
          
         
          DOI:10.1093/molbev/msaf205
          PMID:40828965
         | 研究论文 | 本研究通过泛基因组图谱平台分析全球2409头牛的SNP和SV变异,揭示结构变异在牛群改良和适应性进化中的关键作用 | 首次在牛基因组中发现约40.14%的结构变异未被邻近SNP标记,并鉴定出一个作为IGFBP7基因增强子的独特结构变异 | 研究主要基于82个品种的2409个个体,可能未覆盖所有牛种遗传多样性 | 探究结构变异在全球牛群种群结构和表型形成中的作用 | 来自82个品种的2409头全球牛个体 | 基因组学 | NA | 泛基因组分析,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,单细胞转录组数据 | 2409个个体,82个品种 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 227 | 2025-10-05 | Mouse-Specific Single cell cytokine activity prediction and Estimation (MouSSE) 
          2025-Sep, PLoS computational biology
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1371/journal.pcbi.1013475
          PMID:40971965
         | 研究论文 | 提出了一种名为MouSSE的新方法,用于在小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据中预测和估计细胞因子活性 | 开发了专门针对小鼠数据的细胞因子活性估计方法,使用经过修改的方差调整马氏距离技术,支持正负基因权重 | 方法主要针对小鼠数据,在人类数据中的适用性可能需要进一步验证 | 开发准确的小鼠单细胞水平细胞因子活性估计方法 | 小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据 | 生物信息学 | 自身免疫疾病、癌症、感染反应 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、基因集评分方法 | VAM(方差调整马氏距离)技术 | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA | 
| 228 | 2025-10-05 | Safety and Anti-Inflammatory Effects of Engineered Extracellular Vesicles (ILB-202) for NF-κB Inhibition: A Double-Blind, Randomized, Placebo-Controlled Phase 1 Trial 
          2025-Sep, Journal of extracellular vesicles
          
          IF:15.5Q1
          
         
          DOI:10.1002/jev2.70141
          PMID:41002119
         | 研究论文 | 评估工程化细胞外囊泡ILB-202在健康志愿者中的安全性、耐受性和初步药效学效应的I期临床试验 | 首次使用装载超抑制因子IκBα的工程化细胞外囊泡进行NF-κB靶向治疗的人体临床试验 | 单中心研究、样本量较小(18名志愿者)、仅评估短期效果 | 评估ILB-202在人体中的安全性和抗炎作用 | 18名健康志愿者 | NA | 炎症性疾病、自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、实验室参数、单细胞RNA测序数据 | 18名健康志愿者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 229 | 2025-10-05 | Tensor-cell2cell v2 unravels coordinated dynamics of protein- and metabolite-mediated cell-cell communication 
          2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2022.11.02.514917
          PMID:40950142
         | 研究论文 | 介绍Tensor-cell2cell v2计算工具,用于联合分析蛋白质和代谢物介导的细胞间通讯动态变化 | 首次通过耦合张量分量分析同时分析蛋白质和代谢物介导的细胞通讯,保留各模态通讯评分的独立性和数据结构 | NA | 开发能够解析多种配体类型协调动态的细胞通讯分析工具 | 脑类器官发育过程中的细胞通讯 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学,耦合张量分量分析 | 张量分解模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 230 | 2025-10-05 | How Single-Cell Transcriptomics of Hydractinia Is Informing the Evolution of Cnidarian Sensory Systems 
          2025-Sep-26, Integrative and comparative biology
          
          IF:2.2Q1
          
         
          DOI:10.1093/icb/icaf090
          PMID:40504553
         | 研究论文 | 通过单细胞转录组技术构建水螅虫细胞图谱,研究刺胞动物感觉系统的进化 | 构建了更新的成年水螅虫单细胞转录组图谱,探索细胞类型特异性标记和再生机制 | NA | 研究水螅虫的细胞生物学和感觉系统进化 | 水螅虫(Hydractinia symbiolongicarpus 和 H. echinata)的成年群体 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,CRISPR/Cas9基因编辑,shRNA敲低,转基因报告系统 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 231 | 2025-10-05 | Shedding Light on Patterns of Unconventional Expression of Opsin Genes in Hydra vulgaris 
          2025-Sep-26, Integrative and comparative biology
          
          IF:2.2Q1
          
         
          DOI:10.1093/icb/icaf100
          PMID:40581592
         | 研究论文 | 本研究通过分析水螅的单细胞RNA测序数据,揭示了视蛋白基因在神经元和非神经元细胞类型中的非常规表达模式 | 首次系统描绘了水螅中视蛋白基因在细胞类型和分化状态间的表达谱,发现非神经元细胞中视蛋白表达的广泛存在 | 基于已发表的测序数据进行分析,缺乏实验验证 | 探究刺胞动物中非神经元细胞视蛋白表达的普遍性 | 淡水水螅(Hydra vulgaris) | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 已发表单细胞测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA | 
| 232 | 2025-10-05 | Chromosomal instability degrades developmental phenotypes essential for anti-GD2 immunotherapy outcomes in high-risk neuroblastoma 
          2025-Sep-26, Cell reports. Medicine
          
         
          DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102375
          PMID:41015032
         | 研究论文 | 本研究通过分析840个神经母细胞瘤样本,揭示了染色体不稳定性特别是11q缺失通过降解发育表型影响高危神经母细胞瘤抗GD2免疫治疗效果的机制 | 首次将胎儿期肾上腺单细胞RNA测序与临床预后关联,发现11q染色体缺失通过降解去甲肾上腺素能和代谢表型影响免疫治疗效果 | 仅分析了19对活检样本进行克隆进化研究,样本量相对有限 | 探索高危神经母细胞瘤抗GD2免疫治疗效果的基因组学相关因素 | 840个高危神经母细胞瘤肿瘤样本和19对活检样本 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,基因组分析 | NA | 基因组数据,单细胞RNA测序数据 | 840个肿瘤样本,19对活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 233 | 2025-10-05 | Integrated single-cell transcriptomics and Mendelian randomization identify neutrophil-associated biomarker genes in colorectal cancer 
          2025-Sep-25, Discover oncology
          
          IF:2.8Q2
          
         
          DOI:10.1007/s12672-025-03452-9
          PMID:40996626
         | 研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和孟德尔随机化方法识别结直肠癌中中性粒细胞相关的生物标志物基因 | 首次结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和共定位分析系统鉴定中性粒细胞相关基因在结直肠癌中的因果作用 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 揭示中性粒细胞浸润在结直肠癌中的作用机制并识别关键基因 | 结直肠癌患者的中性粒细胞和基因表达数据 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 共定位分析, 免疫组化验证 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 来自GEO数据库(GSE231559)和BioBank Japan(BBJ-a-107)的多个队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 234 | 2025-10-05 | Identification of immunosuppressive CD4+ T-cell subtype and construction of prognostic model for hepatocellular carcinoma 
          2025-Sep-25, Discover oncology
          
          IF:2.8Q2
          
         
          DOI:10.1007/s12672-025-03556-2
          PMID:40996677
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定肝细胞癌中免疫抑制性CD4+ T细胞亚型并构建预后模型 | 首次鉴定SPP1+TNFRSF18+ CD4+ T细胞作为肝细胞癌免疫逃避的关键驱动因素,并构建了基于九基因的预后模型 | 样本量相对较小(16例HCC患者),需要在更大队列中进一步验证 | 阐明CD4+ T细胞在肝细胞癌免疫逃避中的作用机制并开发预后预测工具 | 肝细胞癌患者组织样本和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟 | LASSO Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 16例HCC患者(GSE149614),TCGA-LIHC队列,GSE109211验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 235 | 2025-10-05 | Tabersonine inhibits inflammation and apoptosis through the JAK1/STAT3 signaling pathway to alleviate LPS-induced acute lung injury 
          2025-Sep-25, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-17885-3
          PMID:40998926
         | 研究论文 | 本研究探讨了塔博赛宁通过JAK1/STAT3信号通路抑制炎症和细胞凋亡,缓解LPS诱导的急性肺损伤的作用机制 | 首次通过网络药理学预测结合实验验证,发现塔博赛宁通过靶向JAK1/STAT3通路发挥治疗急性肺损伤的作用 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未进行临床验证 | 探究塔博赛宁治疗急性肺损伤的分子机制 | LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型和RAW264.7巨噬细胞系 | 分子生物学 | 急性肺损伤 | 网络药理学分析、单细胞转录组分析、分子对接、Western blot、流式细胞术、TUNEL染色 | 动物模型、细胞模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量,使用小鼠模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | GSE225664单细胞转录组数据集 | 
| 236 | 2025-10-05 | Single-Cell transcriptomic profiles of peripheral blood immune cells reveal early monocyte and platelet activation in the transition from high-risk states to clinical sepsis 
          2025-Sep-25, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-17078-y
          PMID:40998960
         | 研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示外周血免疫细胞在脓毒症高风险状态向临床脓毒症转变过程中的早期单核细胞和血小板激活特征 | 首次在单细胞水平上揭示了脓毒症高风险阶段向临床脓毒症转变过程中单核细胞和血小板的早期转录组重编程特征,发现了一个核心基因集(S100A8, S100A9, IFITM2, IFITM3)在不同高危人群中持续上调 | 研究样本量相对有限,需要在更大规模的前瞻性队列中验证这些发现 | 阐明从脓毒症高风险状态向临床脓毒症转变过程中的免疫细胞转录组变化特征 | 健康对照者、脓毒症高风险个体、临床脓毒症患者的外周血免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康对照、高风险个体和临床脓毒症患者的外周血样本,以及独立队列的极早产脓毒症婴儿和糖尿病老年患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 237 | 2025-10-05 | Evaluation of cell type annotation reliability using a large language model-based identifier 
          2025-Sep-25, Communications biology
          
          IF:5.2Q1
          
         
          DOI:10.1038/s42003-025-08745-x
          PMID:40998963
         | 研究论文 | 开发了一种基于大语言模型的细胞类型注释可靠性评估工具LICT | 利用多模型集成和“人机对话”方法,提供客观的细胞类型注释可靠性评估框架 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 238 | 2025-10-05 | MitoDelta: identifying mitochondrial DNA deletions at cell-type resolution from single-cell RNA sequencing data 
          2025-Sep-25, BMC genomics
          
          IF:3.5Q2
          
         
          DOI:10.1186/s12864-025-11931-0
          PMID:40999372
         | 研究论文 | 开发了一种从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性线粒体DNA缺失的计算方法 | 首个专门从单细胞RNA测序数据中检测细胞类型特异性mtDNA缺失的计算流程,无需额外DNA测序数据 | 依赖单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度,可能受转录组噪音影响 | 开发检测细胞类型特异性线粒体DNA缺失的计算方法 | 线粒体DNA缺失变异 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序,计算分析 | beta-二项分布模型 | 单细胞RNA测序数据 | 已发表的帕金森病单核RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | NA | 
| 239 | 2025-10-05 | EMB is essential for enteric nervous system development mediated by PI3K signaling 
          2025-Sep-25, Genome medicine
          
          IF:10.4Q1
          
         
          DOI:10.1186/s13073-025-01538-1
          PMID:40999499
         | 研究论文 | 本研究揭示了EMB通过调控PI3K信号通路在肠道神经系统发育中的关键作用 | 首次发现EMB通过招募PP2A磷酸酶复合物至细胞膜促进PI3K-AKT通路激活,调控肠道神经嵴细胞发育的新机制 | EMB罕见变异与HSCR疾病的因果关系需要进一步验证 | 探究EMB在肠道神经系统发育中的功能机制 | 斑马鱼、小鼠模型及人类HSCR患者队列 | 发育生物学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、基因敲除、迁移实验、类器官培养 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、表型数据、临床变异数据 | 斑马鱼和小鼠模型,以及HSCR患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 240 | 2025-10-05 | Tumor-derived CCL5 recruits CCR1+ macrophages to suppress apoptosis and drive proliferation in duodenal adenocarcinoma 
          2025-Sep-25, Cancer letters
          
          IF:9.1Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.canlet.2025.218064
          PMID:41015267
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示十二指肠腺癌中肿瘤细胞通过分泌CCL5趋化因子招募CCR1+巨噬细胞,抑制细胞凋亡并促进肿瘤增殖的机制 | 首次在十二指肠腺癌中发现肿瘤细胞通过CCL5/CCR1轴与巨噬细胞相互作用,揭示了该信号轴在免疫逃逸和化疗耐药中的关键作用 | 研究样本量相对有限,且主要基于体外器官样模型,需要进一步体内验证 | 阐明十二指肠腺癌肿瘤微环境中肿瘤细胞与巨噬细胞的相互作用机制 | 十二指肠腺癌患者肿瘤组织及匹配的正常组织,患者来源的器官样模型 | 单细胞组学 | 十二指肠腺癌 | 单细胞RNA测序,器官样培养,功能实验,转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,转录组数据 | 原发性十二指肠腺癌肿瘤组织及匹配的癌旁正常组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |