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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-11-24 |
Reduced intestinal GLP-1 + cell numbers are associated with an inflammation-related epithelial metabolic signature
2025-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.05.641577
PMID:41040310
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研究论文 | 本研究探讨肠道炎症中GLP-1+细胞数量减少与炎症相关上皮代谢特征的关系 | 首次系统证明GLP-1+细胞在肠道炎症中普遍减少,并揭示其与线粒体功能障碍和代谢重编程的因果关系 | 主要依赖动物模型,人类数据来自公共数据库,需要进一步临床验证 | 阐明肠内分泌细胞在肠道炎症中的作用机制 | 小鼠模型、克罗恩病患者黏膜活检、肠道类器官 | 分子生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,转录组分析,器官培养 | NA | 基因表达数据,组织学数据 | 4种小鼠炎症模型和克罗恩病患者活检 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 182 | 2025-11-23 |
A single-cell transcriptomic atlas of inner ear morphogenesis in zebrafish
2025-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.30.679639
PMID:41256471
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了斑马鱼内耳形态发生的转录组图谱 | 首次提供了发育中内耳最全面的转录组分析,发现了半规管发生区的最早标记物、内淋巴囊中组织收缩相关基因、神经丘与耳部感觉斑块的平行基因集,以及在耳道和囊中细胞周期暂停的保守作用 | 研究仅使用斑马鱼胚胎模型,结果在哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 揭示内耳发育过程中不同细胞状态的建立机制 | 野生型和突变型斑马鱼胚胎的内耳组织 | 单细胞转录组学 | 内耳发育异常 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 183 | 2025-11-23 |
Low Dose GLP-1 Therapy Attenuates Pathological Cardiac and Hepatic Remodelling in HFpEF Independent of Weight Loss
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.26.678829
PMID:41256540
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研究论文 | 本研究探讨低剂量GLP-1受体激动剂在保留射血分数心衰模型中的心脏和肝脏保护作用 | 首次证明低剂量GLP-1受体激动剂在不依赖体重减轻的情况下改善HFpEF的心脏和肝脏病理重构 | 研究使用啮齿类动物模型,结果需在人类临床试验中验证 | 探究低剂量GLP-1受体激动剂在HFpEF中的非体重减轻依赖性治疗机制 | 自发性HFpEF的ZSF1肥胖大鼠 | 心血管疾病研究 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,二维超声心动图,有创血流动力学检测 | 动物模型 | 多组学数据,生理参数,组织学数据 | 6只接受低剂量索马鲁肽治疗的ZSF1肥胖大鼠 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学 | NA | NA |
| 184 | 2025-11-23 |
The Integrated Stress Response Pathway Improves Aged Murine Muscle Stem Cell Activation and in vivo Regeneration
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.26.678822
PMID:41256688
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研究论文 | 本研究揭示整合应激反应通路在调控衰老肌肉干细胞激活和再生功能中的关键作用 | 首次发现整合应激反应通路是调控肌肉干细胞状态转变的关键分子调节器,并证明其药理激活可改善衰老肌肉干细胞功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类肌肉干细胞中的适用性仍需验证 | 探究衰老过程中肌肉干细胞激活和再生功能的分子调控机制 | 成年和衰老小鼠的肌肉干细胞 | 单细胞生物学 | 衰老相关肌肉疾病 | 单细胞RNA测序, Cell Painting, 异质运动性分析 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据, 表型数据 | 成年和衰老小鼠肌肉干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 185 | 2025-11-20 |
CDK4 or CDK6 upregulation induces DNA replication stress and genomic instability to cause EGFR targeted therapy resistance in lung cancer
2025-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.12.584638
PMID:41256559
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研究论文 | 本研究揭示了CDK4或CDK6上调通过诱导DNA复制应激和基因组不稳定性导致EGFR突变肺癌对靶向治疗产生耐药性的机制 | 首次阐明CDK4/6上调通过复制应激和基因组不稳定性驱动EGFR靶向治疗耐药的具体分子机制 | 机制研究主要基于临床前模型,需要进一步临床验证 | 探究CDK4/6上调导致EGFR突变肺癌靶向治疗耐药的分子机制 | EGFR突变肺腺癌患者样本和临床前模型 | 癌症生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,拷贝数分析 | NA | 基因表达数据,拷贝数变异数据,单细胞测序数据 | EGFR突变肺腺癌患者活检样本和临床前模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 186 | 2025-11-20 |
Inferring spatial single-cell-level interactions through interpreting cell state and niche correlations learned by self-supervised graph transformer
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.21.608964
PMID:41256640
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研究论文 | 提出一种基于自监督图变换器的模型GITIII,用于从空间转录组数据中推断单细胞水平的细胞间相互作用 | 将细胞视为单词,细胞周围环境视为上下文,通过自监督图变换器学习细胞状态与生态位相关性来推断细胞间相互作用 | NA | 开发能够从空间转录组数据中推断和解释单细胞水平细胞间相互作用的新方法 | 多个物种、器官和平台的四个空间转录组数据集中的细胞 | 空间转录组学 | 肿瘤微环境,脑部疾病 | 空间转录组学,图神经网络 | 图变换器,自监督学习 | 空间转录组数据,单细胞数据 | 四个空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 187 | 2025-11-20 |
Spatiomolecular mapping reveals anatomical organization of heterogeneous cell types in the human nucleus accumbens
2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.10.675374
PMID:40964296
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据,构建了人类伏隔核细胞类型和空间域的空间分子图谱 | 首次在人类大脑中发现连续的基因表达空间梯度,揭示了DRD1和DRD2中型多棘神经元更复杂的空间组织模式 | 研究基于10名神经典型成年捐赠者的死后组织样本,样本量相对有限 | 解析人类伏隔核细胞类型和空间组织的分子特征及其与神经精神疾病的关联 | 人类伏隔核组织样本 | 空间转录组学 | 神经精神疾病 | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | 转录组数据, 空间定位数据 | 10名神经典型成年捐赠者的伏隔核组织 | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 188 | 2025-11-19 |
Distinct roles for NF-κB in hematopoietic stem cells and the bone marrow milieu in promoting hematopoietic aging
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116193
PMID:40875292
|
研究论文 | 本研究通过实验模型解析NF-κB在造血衰老中的不同作用机制 | 首次揭示NF-κB在造血干细胞自主功能和骨髓微环境中分别调控造血衰老不同表型的独立机制 | 研究基于特定基因缺陷模型,可能无法完全反映自然衰老过程 | 阐明炎症信号通路NF-κB在造血衰老过程中的具体作用机制 | 造血干细胞和骨髓微环境 | 单细胞生物学 | 造血系统衰老 | 单细胞RNA测序 | IκB缺陷小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型及人类HSC数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 189 | 2025-11-19 |
Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials
2025-Sep, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 开发了一种导电性心脏芯片模型,用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子响应 | 首次将导电性水凝胶支架与微流控芯片系统结合,构建具有改善电生理特性的3D心脏芯片模型 | 模型仍需进一步验证其在长期培养和疾病建模中的稳定性 | 开发更仿生的体外心脏组织模型以研究心脏发育和药物反应 | 人类诱导多能干细胞来源的心肌细胞和心脏成纤维细胞 | 组织工程 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 心脏芯片模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 190 | 2025-11-18 |
Single-vessel transcriptome map pathological landscapes and reveal NR2F2-mediated smooth muscle cell phenotype acquisition in capillary malformations
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.673874
PMID:40950147
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了毛细血管畸形中血管病理景观及NR2F2介导的平滑肌细胞表型获得机制 | 首次在单血管水平构建毛细血管畸形的空间转录组图谱,发现NR2F2在调控平滑肌细胞表型获得中的核心作用 | 研究样本量有限,主要基于体外iPSC模型验证,需要更多临床样本验证 | 探究毛细血管畸形的血管发病机制及病理重塑过程 | 毛细血管畸形病变组织及iPSC分化的血管细胞 | 空间转录组学 | 血管畸形 | 空间全转录组分析,单细胞RNA测序,磷酸化蛋白质组学,免疫荧光染色 | iPSC分化模型,Tet-on系统基因调控 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,磷酸化蛋白质组数据,免疫荧光图像 | 未明确样本数量 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序,磷酸化蛋白质组学 | GeoMx | 空间全转录组分析平台 |
| 191 | 2025-11-17 |
Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-cell/nucleus RNA Sequencing Data
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf077
PMID:40857558
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研究论文 | 系统评估单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确度和准确度 | 首次系统评估sc/snRNA-seq数据的定量精确度和准确度,建立了数据驱动的研究设计阈值,并开发了VICE工具评估数据质量 | 研究主要基于单核吞噬细胞数据,可能不适用于所有细胞类型 | 提高单细胞/单核RNA测序研究的可靠性和可重复性 | 单核吞噬细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3,682,576个细胞来自339个样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 192 | 2025-11-15 |
KEGNI: knowledge graph enhanced framework for gene regulatory network inference
2025-Sep-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03780-7
PMID:40983951
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研究论文 | 提出一种知识图谱增强的基因调控网络推断框架KEGNI,利用图自编码器从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特异性基因调控网络 | 首次将知识图谱与图自编码器相结合用于基因调控网络推断,能够识别驱动基因并阐明不同细胞背景下的调控机制 | NA | 开发更准确的细胞类型特异性基因调控网络推断方法 | 基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | 图自编码器 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 193 | 2025-11-14 |
Tick Extracellular Vesicles Alter Epidermal Keratinocyte Function
2025-Sep-05, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.08.037
PMID:40915408
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研究论文 | 本研究揭示蜱类通过细胞外囊泡改变表皮角质形成细胞功能,破坏皮肤伤口愈合机制以维持吸血行为的策略 | 首次发现蜱类通过细胞外囊泡调控宿主伤口愈合通路的新机制,涉及PI3K活性、角质形成细胞GF1和TGF-β水平的改变 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,在人类系统中的适用性需要进一步验证 | 探索吸血节肢动物如何通过细胞外囊泡调控宿主伤口愈合机制以维持吸血生存 | 三种医学相关蜱种(包括肩板硬蜱)及其与宿主表皮角质形成细胞的相互作用 | 分子生物学 | 节肢动物传播疾病 | 单细胞RNA测序, 小鼠遗传学, 体外划痕实验 | NA | 基因表达数据, 细胞功能数据 | 野生型动物模型和体外角质形成细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 194 | 2025-11-11 |
Single-cell sequencing analysis and multiple machine learning methods identified immune-associated SERPINB1 and CPEB4 as novel biomarkers for COVID-19-induced ARDS
2025-Sep-02, Die Naturwissenschaften
DOI:10.1007/s00114-025-02016-9
PMID:40892227
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研究论文 | 通过单细胞测序分析和多种机器学习方法鉴定SERPINB1和CPEB4作为COVID-19诱发ARDS的新型免疫相关生物标志物 | 首次通过整合单细胞RNA测序和三种机器学习算法(LASSO、SVM-RFE、随机森林)识别出COVID-19诱发ARDS的新型免疫相关生物标志物 | 研究基于公共数据集,需要进一步实验验证 | 识别COVID-19诱发急性呼吸窘迫综合征的有效分子生物标志物 | COVID-19诱发的急性呼吸窘迫综合征患者 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 加权基因共表达网络分析 | LASSO, SVM-RFE, 随机森林 | RNA测序数据 | 来自三个公共数据集(GSE172114、GSE149878、GSE213313)的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 195 | 2025-11-07 |
CCDC137 knockdown suppresses bladder cancer progression by downregulating SCD
2025-Sep-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07033-w
PMID:40993629
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证揭示了CCDC137在膀胱癌中的促癌作用及其通过调控SCD影响肿瘤进展的机制 | 首次系统表征CCDC137在膀胱癌中的表达模式和功能,发现其通过调控脂代谢酶SCD影响肿瘤进展 | 未明确CCDC137调控SCD的具体分子机制,缺乏临床前药物开发验证 | 探究CCDC家族基因在膀胱癌中的临床意义和功能机制 | 膀胱癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 机器学习算法、RNA测序、定量RT-PCR、蛋白质印迹 | 预后模型 | 多组学数据、单细胞测序、空间转录组 | TCGA-BLCA队列及组织微阵列样本 | NA | 单细胞测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 196 | 2025-11-05 |
PreDigs: A Database of Context-specific Cell Type Markers and Precise Cell Subtypes for Digestive Cell Annotation
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf066
PMID:40795159
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研究论文 | 开发了一个用于消化系统细胞注释的数据库PreDigs,包含124个单细胞RNA测序数据集和142种细胞类型的标记物 | 构建了首个针对消化系统的细胞标记物数据库,统一了细胞亚型识别和命名标准,并提供了三种不同应用场景的细胞类型标记物 | 数据库主要基于单细胞RNA测序数据,可能不包含其他组学数据;细胞注释的准确性依赖于原始数据的质量 | 建立标准化的消化系统细胞注释数据库,促进胃肠道肿瘤细胞异质性研究 | 消化系统细胞,特别是胃肠道肿瘤相关细胞 | 生物信息学 | 胃肠道肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 单细胞RNA测序数据 | 超过340万个细胞,来自124个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 197 | 2025-11-03 |
Somatic TEK Mutation Identified in a Patient with Calvarial Venous Malformations
2025-Sep-23, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16101123
PMID:41153341
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研究论文 | 首次报道一例儿童颅骨静脉畸形患者携带体细胞TEK L914F突变及其分子机制 | 首次在儿童颅骨静脉畸形中发现体细胞TEK L914F致病突变 | 单一样本病例,需要进一步研究确定治疗靶点 | 探索颅骨静脉畸形的遗传基础 | 16岁女性颅骨静脉畸形患者 | 数字病理 | 血管畸形 | 外显子组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组DNA,RNA测序数据 | 1例患者(病变组织和血液DNA) | NA | 单细胞RNA测序,外显子组测序 | NA | NA |
| 198 | 2025-11-02 |
Identification and Validation of a Macrophage Phagocytosis-Related Gene Signature for Prognostic Prediction in Colorectal Cancer (CRC)
2025-Sep-29, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47100804
PMID:41150752
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研究论文 | 本研究开发了一个基于巨噬细胞吞噬相关基因的结直肠癌预后预测模型 | 首次构建了包含SPHK1、VSIG4、FCGR2B和FPR2四个基因的巨噬细胞吞噬相关预后特征,并通过单细胞RNA测序分析揭示了这些基因在巨噬细胞分化过程中的表达变化 | 研究样本量未明确说明,需要在更大规模队列中进一步验证模型的临床适用性 | 开发结直肠癌预后预测模型并评估其对免疫治疗和化疗的敏感性 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单样本基因集富集分析(ssGSEA), LASSO回归, 单变量Cox分析, 实时定量PCR, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序 | 基因特征模型 | 基因表达数据, 组织样本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 199 | 2025-11-02 |
Transient Knockdown of RORB with Cell-Penetrating siRNA Improves Visual Function in a Proteotoxic Mouse Model of Retinitis Pigmentosa
2025-Sep-29, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13102392
PMID:41153677
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研究论文 | 本研究通过细胞穿透性siRNA瞬时敲低RORB基因,改善视网膜色素变性小鼠模型的视觉功能 | 首次发现RORB在视网膜变性中的致病作用,并开发了针对该靶点的细胞穿透性siRNA治疗策略 | 研究仅在小鼠模型中进行,RORB在成年视网膜中的确切功能仍不完全清楚 | 探索RORB瞬时敲低对视网膜色素变性的治疗潜力 | Rho小鼠(常染色体显性视网膜色素变性模型) | 基因治疗 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序,siRNA基因沉默 | NA | 基因表达数据,细胞存活数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 200 | 2025-11-02 |
Integrating UHPLC-QE-MS and Bioinformatics with Experimental Validation Reveals MAPK/FOS-Mediated Podocyte Apoptosis as the Key Mechanism of Alpiniae oxyphyllae and Saposhnikovia divaricata in Treating Diabetic Kidney Disease
2025-Sep-27, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18101449
PMID:41155564
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研究论文 | 本研究通过整合UHPLC-QE-MS、生物信息学和实验验证,揭示了益智和防风通过抑制MAPK/FOS通路减轻糖尿病肾病的机制 | 首次系统鉴定益智和防风中39种化合物,发现4种关键黄酮类成分通过MAPK/FOS通路调控足细胞凋亡的新机制 | 研究主要基于动物实验和生物信息学分析,尚未进行临床验证 | 阐明益智和防风治疗糖尿病肾病的活性成分和作用机制 | 糖尿病肾病小鼠模型和足细胞 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | UHPLC-QE-MS, 分子对接, 单细胞测序, 生物信息学分析 | NA | 质谱数据, 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | GEO数据集GSE30529和动物实验样本 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱分析 | NA | NA |