本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-10-05 |
Constructing Gene Regulatory Network using Chatterjee's Rank Correlation with Single-cell Transcriptomic Data
2025-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.17.676530
PMID:41000795
|
研究论文 | 提出基于Chatterjee秩相关系数的单细胞转录组基因调控网络构建方法 | 使用非参数依赖度量Chatterjee秩相关系数,开发了数据驱动的检验阈值估计算法,并提出定向调控的新检验方法 | 未明确说明方法在特定生物场景下的适用性限制 | 从单细胞RNA测序数据中发现基因调控网络 | 基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非参数统计模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 182 | 2025-10-05 |
Single-Cell Transcriptomics in Inherited Retinal Dystrophies: Current Findings and Emerging Perspectives
2025-Sep-16, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16091088
PMID:41010033
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学在遗传性视网膜营养不良研究中的应用现状与前景 | 系统总结了单细胞转录组技术如何揭示传统批量RNA测序无法检测的视网膜特定细胞群在疾病进展中的分子变化 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据,主要基于现有文献分析 | 探讨单细胞转录组学如何增进对遗传性视网膜营养不良疾病机制的理解并促进新治疗靶点识别 | 遗传性视网膜营养不良疾病模型和视网膜细胞 | 数字病理学 | 遗传性视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 183 | 2025-10-05 |
Dual Therapeutic Impact of AXL Inhibitor AB-329: Chemotherapy Sensitization and Immune Microenvironment Reprogramming in TNBC
2025-Sep-12, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26188896
PMID:41009462
|
研究论文 | 本研究评估AXL抑制剂AB-329在三阴性乳腺癌中的双重治疗作用:化疗增敏和免疫微环境重编程 | 首次揭示AXL抑制剂AB-329不仅增强化疗疗效,还能通过增加NK细胞浸润重塑肿瘤免疫微环境 | 研究基于临床前模型,尚未在人体临床试验中验证 | 评估AXL抑制剂AB-329在三阴性乳腺癌中的抗肿瘤疗效和免疫调节潜力 | 三阴性乳腺癌临床前模型,包括小鼠同种移植模型和人源化小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 转录组分析,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 184 | 2025-10-05 |
Innate and adaptive immune features associated with immune-related adverse events
2025-Sep-10, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012414
PMID:40930749
|
研究论文 | 本研究通过多维度方法分析接受免疫检查点抑制剂治疗患者的免疫特征,揭示免疫相关不良事件的生物学机制 | 首次系统揭示irAE患者基线存在的自身免疫样促炎状态特征,并识别出驱动irAE发生的三个关键轴 | 样本量相对有限,研究主要关注外周免疫特征,未深入探讨组织特异性机制 | 探索免疫检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件的生物学基础 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术,多重细胞因子检测,抗核抗体分析 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据,细胞因子数据,抗体数据 | 162名患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 185 | 2025-10-05 |
Cancer Growth and Invasion Are Increased in the Tight Skin (TSK) Mouse
2025-Sep-09, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17182943
PMID:41008788
|
研究论文 | 本研究通过使用紧皮(TSK)小鼠模型探究系统性硬化症微环境对癌症进展的影响 | 首次发现TSK小鼠可作为研究系统性硬化症与癌症关联的模型,并揭示了微环境中中性粒细胞-淋巴细胞比率升高和促纤维化细胞群富集的关键变化 | 研究仅使用了三种癌症细胞系,且机制研究仍需深入 | 探究系统性硬化症相关微环境对癌症进展的促进作用 | TSK小鼠和野生型小鼠,以及乳腺癌、黑色素瘤和卵巢癌细胞系 | 癌症生物学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | TSK小鼠和野生型小鼠的多组肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 186 | 2025-10-05 |
Predictors of response to CD19 chimeric antigen receptor T-cell therapy in large B-cell lymphoma: a consolidated review
2025-Sep-04, Current opinion in oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/CCO.0000000000001188
PMID:41029962
|
综述 | 本文系统回顾了CD19 CAR-T细胞疗法在弥漫大B细胞淋巴瘤中的疗效预测因素 | 整合了患者特异性、肿瘤内在性和治疗相关因素对CAR-T疗效影响的综合视角,并引入免疫分析、影像组学和单细胞转录组学等新型预测工具 | 基于现有文献的回顾性分析,缺乏前瞻性验证数据 | 探讨CD19 CAR-T疗法在弥漫大B细胞淋巴瘤中的疗效预测因素 | 弥漫大B细胞淋巴瘤患者 | 医学研究 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 免疫分析、影像组学、单细胞转录组学 | NA | 临床数据、基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 187 | 2025-10-05 |
Identification of ATG4B and NLRP1 as M1 Macrophage-Activating-Related Plasma Proteins in Systemic Lupus Erythematosus via Multi-Omics Approaches
2025-Sep-02, International archives of allergy and immunology
IF:2.5Q3
DOI:10.1159/000548167
PMID:40892678
|
研究论文 | 通过多组学方法鉴定系统性红斑狼疮中与M1巨噬细胞活化相关的血浆蛋白ATG4B和NLRP1 | 整合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、贝叶斯共定位分析和体外M1巨噬细胞实验,首次系统鉴定与SLE相关的M1巨噬细胞活化血浆蛋白 | 研究样本来源有限,主要基于现有数据库和体外实验,需要进一步临床验证 | 鉴定系统性红斑狼疮相关的血浆蛋白,特别是与M1巨噬细胞活化相关的蛋白质 | 系统性红斑狼疮患者、原代人外周血单核细胞、THP-1细胞系 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 孟德尔随机化分析,单细胞RNA测序,贝叶斯共定位分析,分子动力学模拟,分子对接 | NA | 基因组数据,蛋白质组数据,单细胞转录组数据 | 基于GWAS数据库和FinnGen数据库的SLE患者数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 188 | 2025-10-05 |
NAT10 regulates tumor progression and immune microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma via the N4-acetylated LAMB3-mediated FAK/ERK pathway
2025-Sep, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.70045
PMID:40540648
|
研究论文 | 本研究揭示了NAT10通过N4-乙酰化修饰LAMB3增强其mRNA稳定性,进而激活FAK/ERK通路促进胰腺导管腺癌进展和免疫抑制微环境的机制 | 首次发现NAT10在PDAC中通过乙酰化修饰LAMB3调控FAK/ERK通路和免疫微环境的新机制 | 研究主要基于细胞系和动物模型,临床样本验证有限 | 阐明NAT10在PDAC肿瘤恶性进展和肿瘤微环境中的作用机制 | 胰腺导管腺癌组织和细胞系,小鼠皮下肿瘤模型 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | 生物信息学分析,乙酰化RNA免疫沉淀,定量PCR,RNA免疫沉淀,Western blotting,单细胞RNA测序,多重免疫荧光,流式细胞术 | 动物肿瘤模型 | 基因表达数据,蛋白质数据,单细胞测序数据 | PDAC组织和细胞系,小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 189 | 2025-10-05 |
Single-dose cathepsin L CRISPR nanotherapy mitigates PASC-like lung damage in hamsters
2025-Sep, Nano research
IF:9.5Q1
DOI:10.26599/NR.2025.94907695
PMID:41019839
|
研究论文 | 开发针对组织蛋白酶L的单剂量CRISPR纳米疗法,可减轻仓鼠COVID-19急性后遗症相关的肺损伤 | 首次利用CRISPR-CasRx纳米疗法靶向宿主酶组织蛋白酶L,兼具抗病毒和促进肺泡修复的双重机制 | 研究仅在叙利亚仓鼠模型中进行,尚未进行人体临床试验 | 开发针对COVID-19急性后遗症肺损伤的新型治疗方法 | 叙利亚仓鼠 | 基因治疗 | COVID-19后遗症 | CRISPR-CasRx基因编辑,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 190 | 2025-10-06 |
YBX1&YBX3 as novel targets to potentiate immune checkpoint blockade response in gliomas
2025-Sep-30, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf227
PMID:41025501
|
研究论文 | 本研究揭示了CHK2-YBX1&YBX3调控枢纽在胶质瘤免疫逃避中的关键作用,并提出靶向该枢纽可增强免疫检查点阻断疗法的疗效 | 首次发现CHK2-YBX1&YBX3形成相互正调控枢纽,并证明靶向该枢纽可解除胶质瘤的免疫抑制状态 | 研究主要基于临床前模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探究胶质瘤内在的免疫逃避机制并开发新的免疫治疗策略 | 人和小鼠胶质瘤细胞系及临床胶质瘤样本 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 免疫沉淀-质谱联用, 磷酸化蛋白质组学, 批量RNA测序, ChIP-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 基因敲除模型 | 蛋白质组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, ChIP-seq | NA | NA |
| 191 | 2025-10-06 |
Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish
2025-Sep-29, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011875
PMID:41021609
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究三刺棘鱼减数分裂过程中性染色体基因表达模式 | 首次在三刺棘鱼中发现缺乏减数分裂性染色体失活现象,挑战了该过程在硬骨鱼类中的保守性假设 | 研究仅针对单一物种,需要更多硬骨鱼类研究验证结论的普适性 | 探究三刺棘鱼减数分裂过程中性染色体失活现象的存在与否 | 三刺棘鱼(Gasterosteus aculeatus)的性染色体(X和Y染色体) | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,免疫荧光 | NA | 基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 192 | 2025-10-06 |
Scproca: A Cross-Attention-Enhanced Deep Generative Model for Single-Cell Transcriptomics and Proteomics Integration and Imputation
2025-Sep-29, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3615771
PMID:41021958
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞转录组学和蛋白质组学数据整合与插补的深度生成模型 | 通过交叉注意力机制整合细胞间关系,处理异质性输入数据,在高蛋白质稀疏性下保持鲁棒性 | NA | 开发能够整合单细胞转录组学和蛋白质组学数据的深度学习方法 | 单细胞RNA测序数据和蛋白质组学共分析数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学共分析 | 深度生成模型, 交叉注意力机制 | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学共分析 | NA | NA |
| 193 | 2025-10-06 |
Hypothesis-generating evaluation of multi-armoured oncolytic HSV-1 (VG161) in intrahepatic cholangiocarcinoma: pooled insights from multicentre studies
2025-Sep-29, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335904
PMID:41022576
|
研究论文 | 评估多效溶瘤病毒VG161在肝内胆管癌中的安全性和疗效,并探索其免疫机制 | 首次报道表达IL-12、IL-15和PD-L1拮抗剂的多效溶瘤HSV-1病毒VG161在ICC中的临床数据,通过多组学分析揭示免疫微环境重塑机制 | 样本量较小(24例患者),需要更大规模试验验证结果 | 探索VG161溶瘤病毒在晚期肝内胆管癌患者中的安全性、疗效和免疫机制 | 晚期肝内胆管癌患者 | 肿瘤免疫治疗 | 肝内胆管癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、多组学分析 | NA | 临床数据、肿瘤活检样本、转录组数据 | 24例晚期ICC患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 194 | 2025-10-06 |
Interpretable Multi-task Analysis of Single-Cell RNA-seq Data Through Topological Structure Preservation and Data Denoising
2025-Sep-29, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00765-9
PMID:41023370
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA-seq数据多任务分析的可解释框架scIMTA,解决拓扑结构保持和dropout事件处理问题 | 实现稀疏高噪声基因表达数据的协作多任务分析,通过生物学基础增强可解释性,在保持数据完整性的同时稳健处理dropout事件 | NA | 开发单细胞转录组数据的多任务分析方法,解决数据稀疏性和噪声问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 多任务分析框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 195 | 2025-10-06 |
Distinct cell state ecosystems for nodular lymphocyte-predominant Hodgkin lymphoma
2025-Sep-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63339-9
PMID:41006203
|
研究论文 | 本研究开发了NLPHL特异性淋巴细胞优势生态型模型,识别出34种不同细胞状态并建立临床相关生物学分类 | 首次建立NLPHL特异性淋巴细胞优势生态型模型,识别出3种不同的免疫微环境生态型及其临床预后意义 | NLPHL为罕见癌症,样本量相对有限(总171例) | 深入研究结节性淋巴细胞为主型霍奇金淋巴瘤的免疫微环境和罕见淋巴细胞优势细胞 | 171例NLPHL患者样本中的淋巴细胞优势细胞和免疫微环境细胞 | 数字病理学 | 霍奇金淋巴瘤 | 空间转录组学 | LPE生态型模型 | 转录组数据、蛋白质表达数据 | 训练队列109例(65% LPE1/2),验证队列62例(61% LPE1/2),总计171例NLPHL样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 196 | 2025-10-06 |
Spatially-restricted inflammation-induced senescent-like glia in multiple sclerosis and patient-derived organoids
2025-Sep-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63371-9
PMID:41006208
|
研究论文 | 本研究探讨多发性硬化症中慢性炎症与细胞衰老的关系,发现病变区域存在衰老样胶质细胞积累 | 首次通过单细胞转录组和空间转录组技术揭示MS病变中衰老样胶质细胞的空间分布特征,并利用患者来源的类器官模型验证小胶质细胞对炎症诱导衰老的特殊敏感性 | 样本数量有限,类器官模型可能无法完全模拟体内复杂环境 | 探究多发性硬化症中慢性炎症与细胞衰老的关联及其对疾病进展的影响 | 多发性硬化症患者脑组织样本和hiPSC来源的神经类器官 | 神经科学 | 多发性硬化症 | 单细胞转录组分析、空间转录组学、hiPSC衍生神经类器官、3T MRI | NA | 转录组数据、影像数据 | 466名患者脑组织样本及hiPSC衍生神经类器官 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 197 | 2025-10-06 |
Comparison of imaging based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed paraffin-embedded tumor samples
2025-Sep-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63414-1
PMID:41006245
|
研究论文 | 使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本比较三种成像空间转录组学平台的性能 | 首次系统评估商业空间转录组学平台在肿瘤样本中的表现,并揭示探针设计等参数对数据质量的重要性 | 研究仅使用肺癌和胸膜间皮瘤样本,样本类型相对有限 | 评估不同空间转录组学平台在肿瘤生物学研究中的性能差异 | 肺腺癌和胸膜间皮瘤的福尔马林固定石蜡包埋手术切除样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组学(CosMx、MERFISH、Xenium)、批量RNA测序、多重免疫荧光、GeoMx、HE染色 | NA | 空间转录组数据、图像数据 | 使用组织微阵列中的肺腺癌和胸膜间皮瘤样本 | CosMx, MERFISH, Xenium | 空间转录组学,单细胞分辨率成像 | CosMx, MERFISH, Xenium | 单模态和多模态Xenium平台 |
| 198 | 2025-10-06 |
Aging in mice alters regionally enriched striatal astrocytes
2025-Sep-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63429-8
PMID:41006292
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠纹状体中星形胶质细胞随年龄增长的分子变化和区域异质性 | 首次在单细胞分辨率下识别了纹状体中分子特征不同的星形胶质细胞亚型,并发现背侧纹状体星形胶质细胞表现出更大的年龄相关分子变化 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类样本;样本数量未明确说明 | 探究衰老对纹状体星形胶质细胞分子特征和区域分布的影响 | 年轻和老年小鼠的纹状体星形胶质细胞 | 神经科学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 199 | 2025-10-06 |
Intramuscular enteric glia persist in Hirschsprung disease and undergo neurogenesis in response to GDNF-NCAM1 signaling
2025-Sep-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-17734-3
PMID:41006492
|
研究论文 | 本研究探讨了先天性巨结肠症中肠胶质细胞的分子特征、起源及神经生成潜力 | 发现先天性巨结肠症病变区域存在CAMK2b+肠外神经胶质细胞,并揭示GDNF通过非经典NCAM1依赖通路促进神经生成 | 研究主要基于Ednrb基因敲除小鼠模型和人类组织样本,样本量有限 | 探究先天性巨结肠症中肠胶质细胞的分子特性和神经生成能力 | Ednrb-null小鼠和人类先天性巨结肠症组织的肠胶质细胞 | 分子生物学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、体外细胞培养 | NA | 基因表达数据、图像数据 | Ednrb-null小鼠模型和人类先天性巨结肠症组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 200 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-sequencing of BCG naïve and recurrent non-muscle invasive bladder cancer reveals a CD6/ALCAM-mediated immune-suppressive pathway
2025-Sep-26, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01093-3
PMID:41006678
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示CD6/ALCAM信号通路在BCG治疗后复发的非肌层浸润性膀胱癌中的免疫抑制作用 | 首次发现CD6/ALCAM介导的T细胞与尿路上皮细胞相互作用在BCG耐药中的关键作用 | 样本量有限,需要在更大队列中验证 | 探索BCG治疗耐药的非肌层浸润性膀胱癌的免疫机制 | 非肌层浸润性膀胱癌患者 | 单细胞测序分析 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序、全外显子测序 | NA | 基因表达数据、临床数据 | 两个独立的BCG治疗NMIBC队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |