单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 964 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-30 |
Identifying senescent cells as prognostic biomarkers and therapeutic targets of nasopharyngeal carcinoma by integrated analysis of single-cell and bulk-RNA sequencing data
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-659
PMID:41158214
|
研究论文 | 通过整合分析单细胞和bulk-RNA测序数据，识别鼻咽癌中的衰老细胞作为预后生物标志物和治疗靶点 | 首次在单细胞水平表征鼻咽癌中的衰老细胞，发现衰老上皮C3细胞和SPP1+巨噬细胞与肿瘤进展相关 | 样本量较小（15例初治患者和1例慢性鼻咽炎患者） | 阐明鼻咽癌中衰老细胞的表型特征及其在肿瘤发生中的作用 | 鼻咽癌患者组织样本 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据，bulk RNA测序数据 | 16例患者（15例初治鼻咽癌，1例慢性鼻咽炎） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2025-10-30 |
APOA2 mediates immune therapy tolerance in hepatocellular carcinoma by inhibiting the antigen-presenting function of dendritic cells through the PPAR signaling pathway
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-321
PMID:41158225
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据，揭示了APOA2通过PPAR信号通路抑制树突状细胞抗原呈递功能，从而介导肝细胞癌免疫治疗耐受的机制 | 首次发现APOA2通过PPAR信号通路抑制树突状细胞抗原呈递功能，阐明了肝细胞癌免疫治疗耐受的新机制 | 研究样本量有限，机制验证主要依赖生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 探究肝细胞癌对联合靶向治疗和免疫治疗产生耐受的分子机制 | 接受卡博替尼-纳武利尤单抗治疗的肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | RCTD算法, hdWGCNA, ISCHIA算法, Misty框架, CellChat | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-30 |
Integration analysis of single-cell transcriptome reveals SPP1+ and TFF3+ macrophage subsets contributing to the brain metastasis from lung cancer
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2024-2489
PMID:41158243
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了SPP1+和TFF3+巨噬细胞亚群在肺癌脑转移中的作用机制 | 首次发现SPP1+和TFF3+巨噬细胞亚群在肺癌脑转移组织中显著上调，并揭示了其促进肿瘤进展的潜在分子机制 | 研究基于公共数据库数据，缺乏实验验证；样本来源和数量未明确说明 | 探究肺癌脑转移中肿瘤相关巨噬细胞亚群的异质性及其作用机制 | 肺癌脑转移组织中的巨噬细胞亚群 | 单细胞转录组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-10-30 |
Demystifying programmed cell death in lung adenocarcinoma: combined prognostic model construction
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-309
PMID:41158258
|
研究论文 | 本研究构建了基于程序性细胞死亡基因的肺腺癌联合预后模型 | 首次结合坏死性凋亡和焦亡基因构建联合预后模型，并识别PKP2和AHSA1作为关键预后生物标志物 | 研究基于回顾性数据，需要前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 开发肺腺癌预后模型以改善风险分层和识别治疗靶点 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | LASSO回归，多变量Cox回归，机器学习，单细胞RNA测序 | LASSO回归模型，联合预后模型，机器学习模型 | 基因表达数据 | TCGA和8个GEO数据集 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-30 |
Development and validation of a lipid metabolism-related prognostic model for gastric adenocarcinoma
2025-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1540
PMID:41158277
|
研究论文 | 开发并验证了一个基于脂质代谢的胃腺癌预后模型 | 首次构建了胃腺癌脂质代谢相关预后特征模型，揭示了其与肿瘤微环境和免疫治疗反应的关系 | 需要整合单细胞测序和多中心临床数据来提升模型适用性 | 构建胃腺癌脂质代谢相关预后模型并评估其临床相关性 | 胃腺癌患者 | 生物信息学 | 胃腺癌 | LASSO回归分析，Cox回归分析，功能富集分析，肿瘤突变负荷分析 | 预后特征模型 | 基因表达数据，临床数据 | 来自TCGA数据库的胃腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6 | 2025-10-30 |
Integrative analysis of programmed cell death pathways reveals prognostic biomarkers and immune infiltration signatures in coronary artery disease
2025-Sep-30, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-2024-2283
PMID:41158406
|
研究论文 | 通过整合基因表达数据和机器学习方法，系统分析程序性细胞死亡通路在冠状动脉疾病中的作用并识别预后生物标志物 | 首次将多种程序性细胞死亡通路整合分析，开发了PCDscore预后评分系统，并结合单细胞RNA测序数据提供新见解 | 基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 阐明程序性细胞死亡通路在冠状动脉疾病中的预后价值并识别关键生物标志物 | 冠状动脉疾病患者基因表达数据和免疫细胞浸润特征 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 基因表达分析，单样本基因集富集分析，单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的冠状动脉疾病样本 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-10-30 |
Identification and Validation of a Macrophage Phagocytosis-Related Gene Signature for Prognostic Prediction in Colorectal Cancer (CRC)
2025-Sep-29, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47100804
PMID:41150752
|
研究论文 | 本研究开发并验证了一个基于巨噬细胞吞噬相关基因的结直肠癌预后预测模型 | 首次构建了包含SPHK1、VSIG4、FCGR2B和FPR2四个基因的巨噬细胞吞噬相关预后特征，并系统评估了其与肿瘤微环境和治疗敏感性的关联 | 研究样本量有限，需要更大规模的前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 开发结直肠癌预后预测模型并探索其临床价值 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单样本基因集富集分析(ssGSEA), LASSO回归, Cox分析, qRT-PCR, 免疫组化, 单细胞RNA测序 | 基因特征模型 | 基因表达数据, 组织样本 | 使用结直肠癌cDNA和组织微阵列进行验证 | NA | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫组化 | NA | NA |
| 8 | 2025-10-30 |
Transient Knockdown of RORB with Cell-Penetrating siRNA Improves Visual Function in a Proteotoxic Mouse Model of Retinitis Pigmentosa
2025-Sep-29, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13102392
PMID:41153677
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研究论文 | 通过细胞穿透性siRNA瞬时敲低RORB改善视网膜色素变性小鼠模型的视觉功能 | 首次发现RORB在视网膜变性中的致病作用，并开发了基于RNAi的新型治疗策略 | 研究仅限于Rho小鼠模型，RORB在成年视网膜中的确切功能仍不完全清楚 | 探索RORB瞬时敲低对视网膜色素变性的治疗潜力 | Rho小鼠（常染色体显性视网膜色素变性模型） | NA | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序，细胞穿透性不对称小干扰RNA | NA | 基因表达数据，细胞存活数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-10-30 |
Integrating UHPLC-QE-MS and Bioinformatics with Experimental Validation Reveals MAPK/FOS-Mediated Podocyte Apoptosis as the Key Mechanism of Alpiniae oxyphyllae and Saposhnikovia divaricata in Treating Diabetic Kidney Disease
2025-Sep-27, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18101449
PMID:41155564
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研究论文 | 本研究通过整合UHPLC-QE-MS技术、生物信息学分析和实验验证，揭示了益智与防风通过抑制MAPK/FOS通路减轻糖尿病肾病的分子机制 | 首次系统鉴定益智与防风活性成分，发现其通过MAPK/FOS介导的足细胞凋亡途径治疗糖尿病肾病 | 研究主要基于动物模型，临床验证仍需进一步研究 | 阐明益智与防风治疗糖尿病肾病的活性成分和作用机制 | 糖尿病肾病小鼠模型和足细胞 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | UHPLC-QE-MS, 生物信息学分析, 分子对接, 单细胞测序 | NA | 质谱数据, 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | GEO数据集GSE30529，39种化合物，42个共同差异表达基因 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱分析 | NA | NA |
| 10 | 2025-10-30 |
Spotlight on FAM72B: Pan-Cancer Expression Profiles and Its Potential as a Prognostic and Immunotherapeutic Biomarker
2025-Sep-26, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16101140
PMID:41153357
|
研究论文 | 本研究系统分析了FAM72B基因在泛癌中的表达谱及其作为预后和免疫治疗生物标志物的潜力 | 首次系统研究FAM72B在泛癌中的表达特征及其与肿瘤免疫微环境、免疫治疗响应的关联 | FAM72B基因功能尚未完全阐明，研究主要基于生物信息学分析，需要实验验证 | 探索FAM72B在泛癌中的表达特征及其作为预后和免疫治疗生物标志物的潜力 | 多种癌症类型和肿瘤免疫微环境 | 生物信息学 | 泛癌 | 生物信息学分析，单细胞测序 | NA | 基因表达数据，临床数据，单细胞数据 | 多种癌症类型的公共数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-10-30 |
Somatic TEK Mutation Identified in a Patient with Calvarial Venous Malformations
2025-Sep-23, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16101123
PMID:41153341
|
研究论文 | 首次报道一例儿童颅骨静脉畸形患者携带TEK基因体细胞突变及其分子机制 | 首次在儿童颅骨静脉畸形中发现TEK基因L914F体细胞突变，并揭示其在血管内皮细胞中的富集特征 | 仅报道单例病例，需要更大样本量研究验证 | 探索颅骨静脉畸形的遗传学基础 | 16岁女性颅骨静脉畸形患者 | 数字病理 | 血管畸形 | 外显子组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组DNA, 单细胞RNA测序数据 | 1例患者（病变组织和血液DNA配对样本） | NA | 外显子组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-10-30 |
LncCE: Landscape of Cellularly-elevated lncRNAs in Single Cells Across Normal and Cancer Tissues
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf069
PMID:40833782
|
研究论文 | 开发了一个名为LncCE的资源，用于系统探索正常和癌组织中细胞特异性高表达的长链非编码RNA | 首次在单细胞分辨率下系统构建了跨正常和癌组织的细胞特异性高表达lncRNA图谱 | 基于现有单细胞RNA测序数据集的分析，可能受限于数据覆盖度和质量 | 构建细胞特异性高表达lncRNA的综合数据库 | 149种细胞类型中的87,946个细胞特异性高表达lncRNA条目 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 181个单细胞RNA测序数据集，涵盖20个胎儿正常组织、59个成人正常组织、32个成人癌症类型和5个儿科癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-29 |
Neoplastic immune mimicry potentiates breast tumor progression
2025-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.17.633673
PMID:39896558
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研究论文 | 本研究揭示了乳腺癌细胞通过表达白细胞表面受体蛋白进行免疫拟态，从而促进肿瘤进展的新机制 | 首次发现乳腺癌细胞能够表达典型白细胞表面受体蛋白，并将此细胞程序命名为“免疫拟态” | 需要在更多乳腺癌队列中验证其预后价值，并评估与远端转移、生存率和治疗反应的相关性 | 探究乳腺癌细胞免疫拟态现象及其在肿瘤进展中的作用 | 人类乳腺癌单细胞RNA-seq数据集、组织病理标本、乳腺癌细胞系、小鼠转基因和细胞系来源的乳腺肿瘤模型 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据、组织病理图像 | 公共人类乳腺癌单细胞RNA-seq数据集、乳腺癌细胞系、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-10-29 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Granzyme K+ CD8+ T Cells as a Target for Mitigating Plaque Instability Following Radiation
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.040632
PMID:40913272
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了颗粒酶K+ CD8+ T细胞在放疗后斑块不稳定性中的关键作用 | 首次发现颗粒酶K+ CD8+ T细胞亚群在放疗诱导的动脉粥样硬化病变进展中的致病功能，并确定GZMB作为放射性心血管损伤的介质 | 研究基于动物模型（兔和小鼠），结果需要在人体中进一步验证 | 探究放疗诱导斑块不稳定性的机制及影像学特征变化 | 兔颈动脉斑块模型和ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化病变 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，光学相干断层扫描-血管内超声双模成像，生物信息学分析，病理染色，流式细胞术，基因敲除，抗体清除 | NA | 单细胞转录组数据，影像数据 | 兔模型和小鼠模型（ApoE-/-小鼠在未照射、早期照射和晚期照射三个阶段） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-29 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Dynamic Cell Populations and Immune Infiltration in Moyamoya Disease
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.041168
PMID:40913267
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了烟雾病病理动脉中的细胞组成和免疫浸润动态 | 首次构建烟雾病浅表颞动脉的单细胞转录组图谱，发现自然杀伤T细胞在促进血管细胞增殖和迁移中的关键作用 | 样本量较小（2例患者和3例对照），仅使用浅表颞动脉样本 | 全面绘制烟雾病病理动脉的细胞组成和分子改变 | 烟雾病患者和健康对照者的浅表颞动脉样本 | 单细胞生物学 | 烟雾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5个样本（2例患者，3例对照），共26,371个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-10-29 |
Single-Cell Transcriptomics of Human Pericarotid Lymph Nodes Indicating Stability of Carotid Atherosclerotic Plaques
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.039777
PMID:40932121
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析探索颈动脉周围淋巴结与动脉粥样硬化斑块稳定性之间的关系 | 首次在单细胞水平揭示颈动脉周围淋巴结与动脉粥样硬化斑块稳定性的关联，并发现淋巴结肿大可作为斑块不稳定的潜在生物标志物 | 样本仅来自严重颈动脉狭窄患者，结果可能不适用于早期或轻度病例 | 研究淋巴结功能与动脉粥样硬化的关系，特别关注斑块稳定性 | 106例接受颈动脉内膜切除术的严重颈内动脉狭窄患者及其颈动脉周围淋巴结 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序，T/B细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 106例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-29 |
Identification of shared pathogenetic mechanisms between endometriosis and RSA based on comprehensive bioinformatics analysis
2025-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03596-1
PMID:40705269
|
研究论文 | 通过生物信息学分析识别子宫内膜异位症和复发性流产之间的共享分子机制和关键基因 | 首次发现FXYD1作为连接子宫内膜异位症和复发性流产的关键枢纽基因，并通过单细胞RNA测序验证其在两种疾病中的表达模式 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证功能机制 | 探索子宫内膜异位症和复发性流产之间的共享分子机制 | 子宫内膜异位症和复发性流产患者样本 | 生物信息学 | 妇科疾病 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析 | ROC分析,WGCNA | 基因表达数据 | 来自GSE7305和GSE165004数据集 | NA | 单细胞RNA测序,基因表达谱分析 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-29 |
Identification of m5C-related genes and subclusters in recurrent pregnancy loss
2025-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03580-9
PMID:40751792
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学方法识别复发性流产中m5C相关基因并分析其与免疫细胞的关联 | 首次将复发性流产患者分为两个亚群并分析其免疫微环境差异，开发了高精度的诊断模型 | 样本量较小（48例子宫内膜组织样本），需要进一步实验验证 | 阐明m5C相关基因与复发性流产发病机制的关系 | 复发性流产患者的子宫内膜组织样本 | 生物信息学 | 复发性流产 | 机器学习，单细胞RNA测序，基因集富集分析 | 多种机器学习方法 | 基因表达数据 | 48例子宫内膜组织样本（24例RPL样本进一步分为两个亚群） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-10-28 |
EpiFoundation: A Foundation Model for Single-Cell ATAC-seq via Peak-to-Gene Alignment
2025-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636688
PMID:39975086
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研究论文 | 本文提出了首个专门针对单细胞ATAC-seq数据的预训练基础模型EpiFoundation，通过峰值到基因对齐解决数据稀疏性问题 | 开发了创新的跨模态预训练方法，专门处理非零峰值集以提高信息密度，并利用基因表达信息监督预训练过程 | NA | 开发专门针对单细胞ATAC-seq数据的基础模型，解决高维稀疏数据的表示学习问题 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞表示学习 | 机器学习 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | 基础模型 | 表观基因组数据, 基因表达数据 | 超过100,000个单细胞，包含配对的scRNA-seq和scATAC-seq数据 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-28 |
Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals unique transcription patterns, immune responses and early morphological alterations
2025-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.29.635571
PMID:39975088
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研究论文 | 通过人源化小鼠模型研究HIV和结核分枝杆菌共感染的早期空间转录组特征 | 首次在HIV和结核分枝杆菌共感染模型中应用空间转录组技术揭示早期免疫细胞浸润模式和转录特征 | 研究仅观察感染后三周的早期变化，未涵盖疾病全程发展 | 理解HIV和结核分枝杆菌共感染早期免疫细胞浸润的表型和功能变化 | 人源化小鼠模型的肺组织 | 空间转录组学 | HIV和结核分枝杆菌共感染 | 空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | 人源化小鼠感染模型（单感染和共感染组） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |