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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-11-19 |
Tumor microenvironment delineates differential responders to trastuzumab emtansine in HER2-positive metastatic breast cancer patients previously treated with pyrotinib: an exploratory biomarker analysis of a phase II study (NJMU-BC02)
2025-09-29, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02409-2
PMID:41016944
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研究论文 | 探索T-DM1在既往接受吡咯替尼治疗的HER2阳性转移性乳腺癌患者中的疗效及肿瘤微环境生物标志物 | 首次通过单细胞RNA测序揭示癌细胞低细胞周期活性、活化巨噬细胞和CD8+ T细胞与T-DM1良好疗效相关 | 样本量较小(36例),为探索性生物标志物分析 | 评估T-DM1在既往接受吡咯替尼和/或曲妥珠单抗+帕妥珠单抗治疗失败的HER2阳性转移性乳腺癌患者中的疗效和安全性 | HER2阳性转移性乳腺癌患者 | 单细胞测序分析 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 36例HER2阳性转移性乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2025-10-05 |
Bone marrow B lymphopoiesis accelerates early cerebral amyloid pathology
2025-09-18, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02419-0
PMID:40962797
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研究论文 | 本研究揭示了骨髓B淋巴细胞生成通过IL-6信号通路加速早期脑淀粉样蛋白病理的机制 | 首次发现Aβ在AD患者颅骨骨髓中积累,并证实骨髓来源的年龄相关B细胞通过增强小胶质细胞反应性加剧AD神经病理 | 研究主要基于小鼠AD模型,人类样本验证有限 | 探究骨髓造血系统改变在阿尔茨海默病神经炎症和脑Aβ病理中的作用 | AD患者骨髓样本、5×FAD和APP/PS1小鼠模型、IL-6敲除小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 流式细胞术、细胞追踪分析、单细胞测序、体外小胶质细胞培养 | NA | 细胞计数数据、基因表达数据、行为学数据 | 两种经典AD小鼠模型(5×FAD和APP/PS1)及IL-6敲除小鼠 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 3 | 2025-09-06 |
Screening, Validation, and Machine Learning-Based Evaluation of Serum Protein Biomarkers for Esophageal Squamous Cell Carcinoma Based on Single-Cell Subtype-Specific Genes
2025-09-05, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.5c00475
PMID:40799020
|
研究论文 | 基于单细胞亚型特异性基因筛选、验证血清蛋白生物标志物,并利用机器学习构建食管鳞状细胞癌诊断模型 | 整合scRNA-seq、蛋白质组学和ELISA技术,利用成纤维细胞和上皮细胞的异质性相关基因开发诊断流程,并构建了交互式网络诊断工具 | 模型在验证集的AUC为0.767,性能有待进一步提升 | 开发食管鳞状细胞癌的早期诊断生物标志物和诊断模型 | 食管鳞状细胞癌患者、高级别上皮内瘤变病例和正常对照 | 数字病理学 | 食管癌 | scRNA-seq, 蛋白质组学, ELISA, 机器学习 | SVM | 蛋白质表达数据 | 344例ESCC患者、46例HGIN病例和390例正常对照 | NA | NA | NA | NA |
| 4 | 2026-05-12 |
ArchVelo: Archetypal Velocity Modeling for Single-cell Multi-omic Trajectories
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.14.676182
PMID:41000980
|
研究论文 | 介绍了ArchVelo,一种利用单细胞同时测定的染色质可及性(scATAC-seq)和转录组(scRNA-seq)数据来建模基因调控和推断细胞轨迹的新方法 | 将染色质可及性表示为基因调控程序的集合(原型),并建模其对转录的动态影响,与传统方法相比提高了推理准确性和基因级潜伏时间对齐能力 | NA | 从静态单细胞测量中推断动态细胞过程,建模基因调控并识别细胞轨迹 | 发育中的小鼠大脑、人类造血系统以及响应病毒感染的CD8 T细胞 | 机器学习 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | 原型模型(Archetypal Velocity Model) | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞ATAC测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-07-23 |
TRAF3IP2-AS1 Deficiency Induces Necroptosis to Promote Pancreatic Cancer Liver Metastasis
2025-09-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4784
PMID:40586914
|
研究论文 | 发现TRAF3IP2-AS1缺失通过诱导坏死性凋亡促进胰腺癌肝转移,并揭示了其分子机制及免疫抑制微环境形成 | 首次发现长链非编码RNA TRAF3IP2-AS1通过调控MLKL mRNA稳定性和RIPK3磷酸化来抑制坏死性凋亡,并揭示TGFβ1反馈环路在平衡坏死性凋亡中的作用 | 仅使用患者来源类器官模型和小鼠模型,未在更大样本队列中验证;机制研究主要集中于体外实验 | 探究TRAF3IP2-AS1在胰腺癌肝转移中的作用及分子机制 | 胰腺导管腺癌患者样本、患者来源类器官、TGFβ1条件性敲除小鼠模型 | 分子生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色、条件性基因敲除小鼠模型 | NA | 基因表达数据、组织图像 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序 |
| 6 | 2026-07-23 |
Tumor-Specific MHC-II Activates CD4+ and CD8+ T Cells in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma to Boost Immunotherapy Efficacy
2025-09-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4383
PMID:40540325
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和T细胞受体测序,揭示肿瘤特异性MHC-II通过激活CD4+和CD8+ T细胞增强头颈鳞癌免疫治疗效果 | 首次鉴定肿瘤特异性MHC-II作为头颈鳞癌新辅助免疫治疗的优越预测标志物,并阐明其通过诱导趋化因子CCL5招募T细胞、激活Th1免疫应答及依赖CD4+ T细胞抑制肿瘤生长的机制 | NA | 探究肿瘤特异性MHC-II在头颈鳞癌新辅助免疫治疗中的作用机制及其作为生物标志物的价值 | 头颈鳞癌患者肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 头颈鳞癌 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序 | NA | 基因表达数据, T细胞受体序列 | II期新辅助免疫治疗临床试验前的头颈鳞癌活检样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 7 | 2026-07-10 |
Paired single-cell and spatial transcriptional profiling reveals a central osteopontin macrophage response mediating tuberculous granuloma formation
2025-09-10, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01559-25
PMID:40772762
|
研究论文 | 通过配对单细胞和空间转录组测序揭示了骨桥蛋白巨噬细胞在结核肉芽肿形成中的核心作用 | 首次结合单细胞与空间转录组分析,绘制了人类结核肉芽肿的细胞转录层结构,并鉴定出SPP1/骨桥蛋白表达的巨噬细胞为关键调节细胞群 | 样本数量有限,且主要依赖于活检组织,可能无法完全代表肉芽肿的动态发展过程 | 解析结核肉芽肿的细胞组成、空间组织及分子调控机制 | 结核病患者活检组织中的肉芽肿 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序,空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 多名结核病患者活检标本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组测序 | NA | NA |
| 8 | 2026-07-10 |
Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection
2025-09-10, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01010-25
PMID:40815167
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研究论文 | 该论文结合全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序,解析呼吸道合胞病毒(RSV)感染中宿主依赖性因素及转录组景观 | 首次联合CRISPR筛选和单细胞测序,揭示RSV感染细胞与旁观者细胞的差异转录模式,并系统比较29个已发表筛选结果 | 未提供具体局限性说明 | 阐明RSV感染的宿主决定因素及宿主应答的细胞类型特异性转录特征 | RSV感染的宿主细胞及未感染旁观者细胞 | 机器学习 | 呼吸道合胞病毒感染 | CRISPR敲除筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 29个已发表筛选研究(覆盖17种病毒的交叉分析) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'测序平台 |
| 9 | 2026-07-10 |
AP2X-1 is a negative regulator of Toxoplasma gondii sexual commitment
2025-09-10, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00052-25
PMID:40823841
|
研究论文 | 本研究揭示了AP2X-1是弓形虫有性发育的关键负调控因子,通过调节HDAC3/MORC复合体功能抑制缓殖子分化和有性转化 | 首次发现AP2X-1作为负调控因子控制弓形虫有性发育,阐明其通过影响染色质可及性和HDAC3/MORC复合体功能的新机制 | 未明确AP2X-1与HDAC3/MORC复合体相互作用的分子细节,且体内实验仅局限于小鼠模型 | 探究弓形虫生命周期转换的调控机制,特别是有性发育的负调控因子 | 弓形虫AP2X-1基因及其在速殖子、缓殖子、裂殖子阶段的表达和功能 | 分子生物学 | 弓形虫病 | 单细胞测序, CUT&Tag, ATAC-seq, 基因敲除 | NA | 测序数据, 基因表达数据 | 弓形虫野生型及AP2X-1敲除株, 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-07-05 |
Single-cell dissection of the genotype-immunophenotype relationship in glioblastoma
2025-Sep-03, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awaf129
PMID:40215269
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究胶质母细胞瘤的基因型与免疫表型关系 | 利用基因工程小鼠模型在单细胞水平系统性地描绘了三种胶质母细胞瘤亚型(EGFRvIII、PDGFB和NF1驱动)的基因型-免疫表型关系 | 未明确提及局限性,但可能包括小鼠模型与人类肿瘤的差异以及样本量限制 | 揭示胶质母细胞瘤中驱动突变对肿瘤微环境免疫表型的影响,为人鼠整合分析平台提供基础 | 基因工程小鼠胶质母细胞瘤模型(EGFRvIII、PDGFB和NF1驱动突变) | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种基因工程小鼠模型,具体样本数未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2026-07-04 |
Current concepts in the pathogenesis and clinical management of lymphangioleiomyomatosis
2025-09-01, Current opinion in pulmonary medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/MCP.0000000000001185
PMID:40501369
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综述 | 综述了淋巴管平滑肌瘤病在发病机制和临床管理方面的最新进展,包括激素通路、免疫系统相互作用、mTOR信号抑制和肿瘤微环境等 | 整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和人工智能等新技术在该罕见病诊断和治疗开发中的应用潜力 | 未明确讨论当前研究的局限性,可能受限于罕见病的样本量小和研究数据有限 | 总结淋巴管平滑肌瘤病的发病机制和治疗管理的最新研究进展,为未来诊断和治疗策略提供方向 | 淋巴管平滑肌瘤病(LAM)及其相关细胞和分子机制 | 机器学习 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 人工智能 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 12 | 2026-07-04 |
Taming renal inflammation: signaling pathways and therapeutic advances in lupus nephritis
2025-09-01, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-025-04434-3
PMID:40890617
|
综述 | 本文综述了狼疮性肾炎的免疫发病机制、信号通路及治疗进展,强调了单细胞转录组学和多组学平台在个性化治疗中的应用 | 整合新兴的单细胞转录组学与多组学平台,重点介绍CD19靶向CAR-T细胞疗法在狼疮性肾炎中诱导无药缓解的突破性进展 | 未提供定量数据或荟萃分析结果,主要基于已有研究的定性总结 | 总结狼疮性肾炎的免疫病理机制及新兴治疗策略,推动精准医学应用 | 狼疮性肾炎患者的肾脏组织及免疫细胞 | 生物信息学, 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞转录组学, 多组学分析 | NA | 转录组数据, 信号通路数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学 | NA | NA |
| 13 | 2026-06-26 |
How Single-Cell Transcriptomics of Hydractinia Is Informing the Evolution of Cnidarian Sensory Systems
2025-09-26, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf090
PMID:40504553
|
综述 | 利用单细胞转录组学揭示水螅虫感觉系统的进化信息 | 通过构建更新的成年水螅虫群体单细胞转录组图谱,系统研究感觉细胞类型(如刺细胞和神经元)及其基因表达的进化 | 尚未明确说明研究的具体局限性 | 探究水螅虫感觉系统的细胞生物学和进化机制 | 两种水螅虫物种:H. symbiolongicarpus 和 H. echinata 的成年群体 | 自然语言处理 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-06-26 |
Shedding Light on Patterns of Unconventional Expression of Opsin Genes in Hydra vulgaris
2025-09-26, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf100
PMID:40581592
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研究论文 | 通过分析水螅单细胞RNA测序和染色质可及性数据,揭示了视蛋白基因在神经元和非神经元细胞类型中的非常规表达模式 | 首次系统描绘了刺胞动物水螅中视蛋白基因在非神经元细胞中的广泛表达及其与发育基因的共调控关系 | 基于已发表数据的再分析,可能受限于原始实验的覆盖度和分辨率 | 探究刺胞动物水螅中视蛋白基因的非神经元表达模式及其潜在功能 | 水螅(Hydra vulgaris)的多种细胞类型及其分化状态 | 计算机视觉 | NA | 单细胞RNA测序, 转座酶可及性染色质测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 已发表的水螅单细胞RNA测序和ATAC测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-06-26 |
Cancer-associated fibroblast-derived extracellular vesicles loaded with GLUT1 inhibitor synergize anti-PD-L1 to suppress tumor growth via degrading matrix stiffness and remodeling tumor microenvironment
2025-09-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113998
PMID:40609836
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研究论文 | 本研究首次利用癌症相关成纤维细胞来源的细胞外囊泡装载GLUT1抑制剂BAY-876,通过降解基质刚性和重塑肿瘤微环境,协同抗PD-L1治疗抑制肿瘤生长 | 首次将CAFs来源的细胞外囊泡作为药物载体靶向GLUT1高表达的CAFs和肿瘤细胞,实现肿瘤基质特异性治疗以增强免疫检查点抑制剂的疗效 | 未提供明确的局限性信息 | 开发一种靶向肿瘤微环境代谢的联合免疫疗法,通过抑制GLUT1改善基质刚性和免疫抑制状态 | 肺癌细胞系、癌症相关成纤维细胞、小鼠肺癌模型 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 公共数据库中的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-06-18 |
Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone
2025-09-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452
PMID:40118056
|
研究论文 | 通过整合六个已发表的小鼠脑室下区单细胞RNA测序数据集,分析不同神经干细胞标记物和分离方法对细胞状态选择性的影响 | 首次系统比较不同神经干细胞标记物(Gfap、Nestin、Sox2)和分离方法对特定神经干细胞亚群的选择性偏好,为优化细胞富集策略提供了框架 | 低基因表达细胞可能被错误分配到簇中,影响数据分析的准确性 | 评估现有神经干细胞标记物和分离方法对不同激活状态神经干细胞的选择性,提供最佳富集策略 | 成年小鼠脑室下区的神经干细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 六个已发表的公开数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2026-06-18 |
Computationally resolved neuroprogenitor cell biomarkers associate with human disorders
2025-09-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102606
PMID:40845852
|
研究论文 | 利用计算数字排序算法解析神经祖细胞生物标志物,并关联人类疾病 | 首次通过计算数字排序算法(DSA)从小鼠神经祖细胞中识别129个新基因,结合单细胞RNA-seq验证及人类疾病数据库分析,发现25个人类直系同源基因与遗传性神经系统疾病相关,并鉴定15个携带新发致病变异的新基因,揭示了神经祖细胞在脑发育与疾病中的分子基础 | 依赖计算模型与现有数据库,可能遗漏低表达或罕见细胞亚群标志物;小鼠与人类间的物种差异未完全克服 | 识别神经祖细胞特异性基因并探讨其与人类神经系统疾病的关联 | 小鼠海马齿状回神经干细胞与祖细胞(NPCs) | 机器学习 | 神经系统疾病 | RNA-seq,单细胞RNA-seq,数字排序算法(DSA) | 数字排序算法(DSA) | 基因表达数据,临床与人群数据库 | 小鼠神经祖细胞样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-06-18 |
Single-cell transcriptome and surfaceome profiling of the adult human retinal pigment epithelium
2025-09-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102611
PMID:40882639
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研究论文 | 利用CITE-seq技术对成人视网膜色素上皮细胞进行单细胞转录组和表面组分析,揭示其亚群多样性与空间分布特征 | 首次通过CITE-seq技术对成人RPE细胞进行单细胞转录组与表面蛋白联合分析,发现具有空间分布差异的RPE亚群,并证明培养过程中大部分亚群得以保留 | 未提及 | 探索成人视网膜色素上皮细胞的细胞异质性及亚群功能差异 | 成人视网膜色素上皮细胞 | 数字病理学 | 老年性黄斑变性 | CITE-seq | NA | 单细胞转录组数据、表面蛋白数据 | 成人RPE组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | CITE-seq(细胞索引转录组和表位测序) |
| 19 | 2026-06-18 |
Methyl-CpG-binding domain as a protein interaction partner in promoter regulation and neurodevelopment through evolutionary expanded entanglement
2025-09-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00749.2024
PMID:40712661
|
研究论文 | 甲基结合域(MBD)作为蛋白质相互作用基序,在启动子调控和神经发育中发挥进化保守作用,通过扩展的缠绕机制独立于DNA甲基化结合 | 揭示了MBD基序作为蛋白质-蛋白质相互作用关键模块的进化保守性,发现其非DNA结合功能在多种物种中独立丢失但维持相互作用残基,提出MBD在增强子和启动子调控中的未充分探索作用 | 主要基于计算分析和现有数据集,缺乏直接的体外或体内功能验证实验来确认MBD蛋白相互作用的具体机制 | 探究甲基结合域(MBD)在基因调控中的蛋白质相互作用功能及其进化保守性,特别是在神经发育中的作用 | MBD蛋白家族(包括MBD1-6、MECP2、BAZ2A/B、SETDB1/2)、NuRD复合物、启动子区域、脑发育相关基因 | 机器学习 | 智力残疾综合征 | ChIP-seq、单细胞RNA-seq、全组织转录组分析 | NA | ChIP-seq数据、单细胞RNA-seq数据、批量组织表达谱 | 超过1.15亿个单细胞(来自HepG2细胞系、人诱导多能干细胞及其衍生肝细胞)及数千批次组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq、ChIP-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA-seq平台用于>115 million细胞的表达谱分析 |
| 20 | 2026-06-18 |
Maternal-Fetal Interface Cell Dysfunction in Patients With Preeclampsia Revealed via Single-Cell RNA Sequencing
2025-09, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989)
DOI:10.1111/aji.70101
PMID:40924867
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示子痫前期患者母胎界面细胞功能障碍 | 首次通过单细胞测序解析子痫前期中绒毛细胞滋养层和T细胞的分化偏向性,发现VCT倾向于分化为SCT而非EVT,且T细胞分化偏向CD8+T细胞而非Treg细胞 | 样本量较小(PE组3例,NP组3例),且仅基于剖宫产组织样本,可能限制结果的普适性 | 探究子痫前期中胎盘和蜕膜组织细胞类型的异质性变化及其发病机制 | 子痫前期患者和正常妊娠女性的胎盘和蜕膜组织细胞 | 单细胞组学 | 子痫前期 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例子痫前期患者和3例正常妊娠女性,共32,279个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |