单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 954 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-29 |
LncCE: Landscape of Cellularly-elevated lncRNAs in Single Cells Across Normal and Cancer Tissues
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf069
PMID:40833782
|
研究论文 | 开发了LncCE资源，系统探索正常和癌组织中单细胞水平细胞特异性高表达lncRNA | 首次在单细胞分辨率下系统构建跨正常和癌组织的细胞特异性高表达lncRNA图谱 | 基于已有单细胞RNA测序数据集的分析，未进行实验验证 | 构建lncRNA在单细胞水平的细胞特异性表达图谱 | 长链非编码RNA在正常和癌组织中的表达模式 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 181个单细胞RNA测序数据集，涵盖20个胎儿正常组织、59个成人正常组织、32种成人癌症类型和5种儿童癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-29 |
Neoplastic immune mimicry potentiates breast tumor progression
2025-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.17.633673
PMID:39896558
|
研究论文 | 本研究揭示了乳腺癌细胞通过表达白细胞表面受体蛋白进行免疫拟态，从而促进肿瘤进展的新机制 | 首次发现乳腺癌细胞能够表达典型白细胞表面受体蛋白，并将此细胞程序命名为“免疫拟态” | 需要在更多乳腺癌队列中验证其预后价值，并评估与远端转移、生存率和治疗反应的相关性 | 探究乳腺癌细胞免疫拟态现象及其在肿瘤进展中的作用 | 人类乳腺癌单细胞RNA-seq数据集、组织病理标本、乳腺癌细胞系、小鼠转基因和细胞系来源的乳腺肿瘤模型 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据、组织病理图像 | 公共人类乳腺癌单细胞RNA-seq数据集、乳腺癌细胞系、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-29 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Granzyme K+ CD8+ T Cells as a Target for Mitigating Plaque Instability Following Radiation
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.040632
PMID:40913272
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了颗粒酶K+ CD8+ T细胞在放疗后斑块不稳定性中的关键作用 | 首次发现颗粒酶K+ CD8+ T细胞亚群在放疗诱导的动脉粥样硬化病变进展中的致病功能，并确定GZMB作为放射性心血管损伤的介质 | 研究基于动物模型（兔和小鼠），结果需要在人体中进一步验证 | 探究放疗诱导斑块不稳定性的机制及影像学特征变化 | 兔颈动脉斑块模型和ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化病变 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，光学相干断层扫描-血管内超声双模成像，生物信息学分析，病理染色，流式细胞术，基因敲除，抗体清除 | NA | 单细胞转录组数据，影像数据 | 兔模型和小鼠模型（ApoE-/-小鼠在未照射、早期照射和晚期照射三个阶段） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-29 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Dynamic Cell Populations and Immune Infiltration in Moyamoya Disease
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.041168
PMID:40913267
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了烟雾病病理动脉中的细胞组成和免疫浸润动态 | 首次构建烟雾病浅表颞动脉的单细胞转录组图谱，发现自然杀伤T细胞在促进血管细胞增殖和迁移中的关键作用 | 样本量较小（2例患者和3例对照），仅使用浅表颞动脉样本 | 全面绘制烟雾病病理动脉的细胞组成和分子改变 | 烟雾病患者和健康对照者的浅表颞动脉样本 | 单细胞生物学 | 烟雾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5个样本（2例患者，3例对照），共26,371个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-29 |
Single-Cell Transcriptomics of Human Pericarotid Lymph Nodes Indicating Stability of Carotid Atherosclerotic Plaques
2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.039777
PMID:40932121
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析探索颈动脉周围淋巴结与动脉粥样硬化斑块稳定性之间的关系 | 首次在单细胞水平揭示颈动脉周围淋巴结与动脉粥样硬化斑块稳定性的关联，并发现淋巴结肿大可作为斑块不稳定的潜在生物标志物 | 样本仅来自严重颈动脉狭窄患者，结果可能不适用于早期或轻度病例 | 研究淋巴结功能与动脉粥样硬化的关系，特别关注斑块稳定性 | 106例接受颈动脉内膜切除术的严重颈内动脉狭窄患者及其颈动脉周围淋巴结 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序，T/B细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 106例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-29 |
Identification of shared pathogenetic mechanisms between endometriosis and RSA based on comprehensive bioinformatics analysis
2025-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03596-1
PMID:40705269
|
研究论文 | 通过生物信息学分析识别子宫内膜异位症和复发性流产之间的共享分子机制和关键基因 | 首次发现FXYD1作为连接子宫内膜异位症和复发性流产的关键枢纽基因，并通过单细胞RNA测序验证其在两种疾病中的表达模式 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证功能机制 | 探索子宫内膜异位症和复发性流产之间的共享分子机制 | 子宫内膜异位症和复发性流产患者样本 | 生物信息学 | 妇科疾病 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析 | ROC分析,WGCNA | 基因表达数据 | 来自GSE7305和GSE165004数据集 | NA | 单细胞RNA测序,基因表达谱分析 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-29 |
Identification of m5C-related genes and subclusters in recurrent pregnancy loss
2025-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03580-9
PMID:40751792
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学方法识别复发性流产中m5C相关基因并分析其与免疫细胞的关联 | 首次将复发性流产患者分为两个亚群并分析其免疫微环境差异，开发了高精度的诊断模型 | 样本量较小（48例子宫内膜组织样本），需要进一步实验验证 | 阐明m5C相关基因与复发性流产发病机制的关系 | 复发性流产患者的子宫内膜组织样本 | 生物信息学 | 复发性流产 | 机器学习，单细胞RNA测序，基因集富集分析 | 多种机器学习方法 | 基因表达数据 | 48例子宫内膜组织样本（24例RPL样本进一步分为两个亚群） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-10-28 |
EpiFoundation: A Foundation Model for Single-Cell ATAC-seq via Peak-to-Gene Alignment
2025-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636688
PMID:39975086
|
研究论文 | 本文提出了首个专门针对单细胞ATAC-seq数据的预训练基础模型EpiFoundation，通过峰值到基因对齐解决数据稀疏性问题 | 开发了创新的跨模态预训练方法，专门处理非零峰值集以提高信息密度，并利用基因表达信息监督预训练过程 | NA | 开发专门针对单细胞ATAC-seq数据的基础模型，解决高维稀疏数据的表示学习问题 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞表示学习 | 机器学习 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | 基础模型 | 表观基因组数据, 基因表达数据 | 超过100,000个单细胞，包含配对的scRNA-seq和scATAC-seq数据 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 9 | 2025-10-28 |
Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals unique transcription patterns, immune responses and early morphological alterations
2025-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.29.635571
PMID:39975088
|
研究论文 | 通过人源化小鼠模型研究HIV和结核分枝杆菌共感染的早期空间转录组特征 | 首次在HIV和结核分枝杆菌共感染模型中应用空间转录组技术揭示早期免疫细胞浸润模式和转录特征 | 研究仅观察感染后三周的早期变化，未涵盖疾病全程发展 | 理解HIV和结核分枝杆菌共感染早期免疫细胞浸润的表型和功能变化 | 人源化小鼠模型的肺组织 | 空间转录组学 | HIV和结核分枝杆菌共感染 | 空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | 人源化小鼠感染模型（单感染和共感染组） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2025-10-28 |
STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging
2025-Sep-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027
PMID:40532697
|
研究论文 | 开发了一种名为STAMP的新型单细胞分析方法，通过成像平台实现转录组和蛋白质组的多模态分析 | 通过成像而非测序进行单细胞分析，消除了测序成本，支持RNA、蛋白质和H&E的多模态分析，同时保留细胞结构和形态 | NA | 克服单细胞RNA测序在可扩展性、高成本和细胞破坏方面的限制 | 外周血单核细胞、细胞系和干细胞 | 数字病理学 | NA | 转录组成像、蛋白质组成像、多模态分析 | NA | 图像、转录组数据、蛋白质组数据 | 10,962,092个高质量细胞/细胞核和6,030,429,954个转录本 | NA | 单细胞RNA-seq、蛋白质组学、空间转录组学 | NA | 成像平台，支持多模态（RNA、蛋白质和H&E）分析 |
| 11 | 2025-10-26 |
TYK2 Promotes Immunosurveillance of Colorectal Cancer Liver Metastasis
2025-Sep-24, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4224
PMID:40991399
|
研究论文 | 本研究通过小鼠结直肠癌类器官移植模型发现TYK2通过树突状细胞依赖的机制控制结直肠癌肝转移的免疫监视 | 首次揭示TYK2通过树突状细胞依赖的MHC-I抗原交叉呈递机制调控结直肠癌肝转移免疫监视 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚不充分 | 探索结直肠癌肝转移免疫监视的调控机制 | 结直肠癌肝转移小鼠模型和免疫细胞亚群 | 癌症免疫学 | 结直肠癌肝转移 | 单细胞RNA测序，类器官移植模型 | NA | 基因表达数据，实验观察数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-10-26 |
PPARγ accelerates OSCC progression via Th17 polarization and CEBPA/IL-17C signaling
2025-Sep-16, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-025-06296-6
PMID:40954243
|
研究论文 | 本研究揭示了PPARγ通过调控Th17细胞分化和CEBPA/IL-17C信号通路促进口腔鳞状细胞癌进展的新机制 | 首次发现PPARγ/CEBPA/IL-17C/IL-17A信号轴在促进Th17分化及OSCC肿瘤相关炎症中的作用 | 研究主要基于4NQO诱导的OSCC模型，临床样本验证尚不充分 | 探索PPARγ在调节肿瘤微环境及影响OSCC进展中的作用 | 口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞、CD4+T细胞、小鼠肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 口腔鳞状细胞癌 | 免疫组织化学、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、细胞共培养、动物模型 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-26 |
Abatacept restores dysregulated transcriptomic and proteomic profile in disorders of CTLA-4 insufficiency
2025-Sep-16, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.08.027
PMID:40967277
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学方法系统评估阿巴西普治疗对LRBA缺陷和CTLA-4功能不全患者的免疫调节作用 | 首次采用纵向流式细胞术、靶向转录组学、单细胞转录组学和血浆蛋白质组学整合分析，揭示阿巴西普治疗对免疫系统的多维度调控机制 | 研究对象为罕见疾病患者，样本量有限；未明确说明具体样本数量 | 探究阿巴西普治疗对CTLA-4功能不全相关疾病的免疫调节机制 | LRBA缺陷和CTLA-4功能不全患者 | 免疫学 | 原发性免疫失调疾病 | 流式细胞术, 转录组学, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 流式细胞数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-24 |
Spatial dissimilarity analysis in single-cell transcriptomics
2025-Sep-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101141
PMID:40840441
|
研究论文 | 开发空间差异分析方法用于揭示单细胞和空间转录组数据中的复杂双变量关系 | 提出空间差异分析方法，能够检测选择性剪接和等位基因特异性表达，在神经元和肿瘤细胞分析中表现出优于现有工具的准确性和灵敏度 | NA | 开发新方法以更好地理解单细胞和空间转录组数据中的细胞异质性和基因表达动态 | 神经元、肿瘤细胞、正常人类细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞转录组测序、空间转录组学、全外显子组测序 | 空间差异分析方法 | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-22 |
Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.02.662808
PMID:40631124
|
研究论文 | 本研究通过条件性敲除Ptbp1基因评估其在视网膜神经发生和细胞命运决定中的作用 | 首次在发育过程中系统性评估Ptbp1在视网膜神经发生中的功能，挑战了Ptbp1作为神经发生主要抑制因子的传统观点 | 研究仅聚焦于视网膜发育，未评估其他神经系统区域；主要使用小鼠模型，物种特异性需进一步验证 | 评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用机制 | 小鼠视网膜祖细胞和Müller胶质细胞 | 发育神经生物学 | 神经系统发育疾病 | 条件性基因敲除, bulk RNA-Seq, 单细胞RNA测序, 免疫染色 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 剪接模式数据, 转录组数据 | 胚胎期E16和成熟期小鼠视网膜样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-10-22 |
CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116184
PMID:40886314
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了结核病中CD8+ T细胞的不同谱系，并发现CD226在效应T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键共刺激作用 | 首次发现CD226是区分结核病中效应性和耗竭性CD8+ T细胞谱系的最显著差异表达基因，并证明CD226对CD8+ T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞具有关键共刺激功能 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠模型，未在人类样本中验证 | 研究慢性结核分枝杆菌感染如何影响肺实质CD8+ T细胞的多样性及其识别感染巨噬细胞的机制 | C57BL/6J小鼠的肺实质CD8+ T细胞和结核分枝杆菌感染的巨噬细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 感染6周和41周的C57BL/6J小鼠细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-22 |
Phospholipid Scramblase 1 (PLSCR1) Regulates Interferon-Lambda Receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ Signaling in Influenza A Virus (IAV) Infection
2025-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624469
PMID:39605457
|
研究论文 | 本研究揭示了磷脂爬行酶1(PLSCR1)通过调控干扰素-λ受体1(IFN-λR1)和干扰素-λ信号通路在甲型流感病毒感染中的抗病毒机制 | 首次发现PLSCR1作为转录激活因子直接结合Ifn-λr1启动子，并在肺上皮细胞表面与IFN-λR1相互作用，其脂质爬行酶活性对抗流感功能非必需 | 仅使用有限动物模型研究组织水平作用机制 | 阐明PLSCR1在甲型流感病毒感染中的抗病毒机制 | 小鼠模型、气道上皮细胞 | 分子生物学 | 流感病毒感染 | 单细胞RNA测序、转录组分析 | NA | 基因表达数据、转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-22 |
OmicsTweezer: A distribution-independent cell deconvolution model for multi-omics Data
2025-Sep-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100950
PMID:40675159
|
研究论文 | 开发了一种分布无关的细胞反卷积模型OmicsTweezer，用于多组学数据分析 | 通过整合最优传输与深度学习技术，在共享潜在空间中对齐模拟和真实数据，有效缓解数据偏移和组学间分布差异 | NA | 开发能够克服批次效应和数据分布差异的细胞反卷积方法 | 批量组学数据中的细胞类型比例估计 | 机器学习 | 前列腺癌, 结肠癌 | 最优传输, 深度学习 | 深度学习模型 | 批量RNA-seq, 批量蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-22 |
Identifying spatially variable genes by projecting to morphologically relevant curves
2025-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.21.624653
PMID:39605709
|
研究论文 | 提出一种基于谱图理论的空间转录组数据分析方法，通过将空间坐标投影到形态学相关曲线上来识别空间可变基因 | 引入谱图理论构建反映组织形态的一维曲线坐标系，并开发广义加性模型直接建模基因计数，无需标准化处理 | 方法主要适用于隐含一维结构的组织区域，对复杂二维空间模式的适用性未充分验证 | 开发更有效的空间可变基因识别方法 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 广义加性模型(GAM) | 空间基因表达数据 | 多个实验数据集 | NA | 空间转录组学,Slide-seq,MERFISH | NA | NA |
| 20 | 2025-10-21 |
distQTL: Distribution Quantitative Trait Loci Identification by Population-Scale Single-Cell Data
2025-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.04.647121
PMID:40291679
|
研究论文 | 开发了一种基于Fréchet回归的分布数量性状位点识别方法distQTL，利用单细胞RNA测序数据分析遗传变异对基因表达分布的影响 | 首次将Fréchet回归应用于分布数量性状位点识别，使用完整的经验分布作为响应对象而非简单的汇总统计量 | NA | 识别分布数量性状位点，研究遗传变异如何影响基因表达分布 | 982名供体的外周血单个核细胞单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Fréchet回归 | 单细胞RNA测序数据 | 982名供体的外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |