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当前共找到 803 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-16 |
Crosstalk between the microbiota and intestinal dendritic cells in IBD
2025-Sep-30, Seminars in immunopathology
IF:7.9Q1
DOI:10.1007/s00281-025-01062-9
PMID:41028655
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综述 | 总结肠道中传统树突状细胞的功能、其在炎症性肠病中的作用以及微生物群对树突状细胞生物学的影响 | 结合单细胞测序技术的新进展，探讨了微生物群如何影响树突状细胞在炎症性肠病中的功能，并提出了研究树突状细胞- T细胞体内通讯的新方法 | 树突状细胞数量有限及其与其他骨髓细胞表型重叠的特性限制了研究；树突状细胞在炎症性肠病中的确切作用仍不明确 | 综述肠道传统树突状细胞的功能及其在炎症性肠病中的作用，并探讨微生物群对树突状细胞功能的影响 | 肠道传统树突状细胞、微生物群 | 机器学 | 炎症性肠病 | NA | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-05-16 |
Global transcriptome characterization of peripheral blood mononuclear cells in individuals with chronic HIV infection
2025-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111082
PMID:40639496
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研究论文 | 采用RNA-seq和单细胞测序技术探究慢性HIV感染者外周血单个核细胞的全局转录组特征及其免疫代谢差异 | 首次系统比较不同HIV感染状态组（免疫应答者、免疫无应答者、典型进展者和精英控制者）的免疫代谢谱差异，并发现在CD8+ T细胞亚群中存在的代谢通路变异 | 样本量较小（仅18例），且未对代谢通路差异进行深入的功能验证 | 探索不同HIV感染群体中是否存在独特的免疫代谢特征 | HIV感染者的外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | 艾滋病 | RNA-seq，单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 18例，包括4例免疫应答者、5例免疫无应答者、5例典型进展者和4例精英控制者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-05-16 |
Exploring the mechanism of action of trastuzumab-induced cardiomyocyte atrophy based on the FN1/PI3K/AKT-mediated mTOR-independent signaling pathway
2025-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111087
PMID:40683573
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序和生物信息学方法，探究曲妥珠单抗诱导心肌细胞萎缩及心脏毒性的潜在机制 | 发现免疫细胞来源的FN1通过细胞外基质激活心肌细胞中PI3K/AKT介导的mTOR非依赖性信号通路，导致过度自噬和心肌萎缩 | NA | 揭示曲妥珠单抗诱导心脏毒性的潜在靶点和信号通路 | HER-2阳性乳腺癌患者来源的心肌细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌、心血管疾病 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq）、RT-PCR、Western blot、透射电镜、免疫荧光 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-16 |
The role of APOBEC mutagenesis in the progression and therapeutic guidance of pancreatic cancer
2025-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111098
PMID:40812519
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研究论文 | 对APOBEC突变在胰腺癌进展和治疗指导中的作用进行全面分析 | 首次全面分析APOBEC突变在胰腺癌中的分布特征、微环境变化及临床意义，并开发基于APOBEC突变的机器学习模型预测预后，发现伊立替康作为APOBEC突变特征抑制剂的有效性 | 未能详细说明数据集的来源和样本量，以及机器学习模型的具体构建细节和验证队列信息 | 探究APOBEC突变在胰腺癌中的生物学特征和临床相关性，以及其作为预后和免疫治疗标志物的潜力 | 胰腺腺癌患者的数据，包括全外显子组测序、靶向二代测序、转录组分析、免疫图谱、免疫检查点阻断反应、患者生存和药物敏感性数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 全外显子组测序, 靶向二代测序, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 基因组数据, 转录组数据, 免疫数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-05-12 |
ArchVelo: Archetypal Velocity Modeling for Single-cell Multi-omic Trajectories
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.14.676182
PMID:41000980
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研究论文 | 介绍了ArchVelo，一种利用单细胞同时测定的染色质可及性（scATAC-seq）和转录组（scRNA-seq）数据来建模基因调控和推断细胞轨迹的新方法 | 将染色质可及性表示为基因调控程序的集合（原型），并建模其对转录的动态影响，与传统方法相比提高了推理准确性和基因级潜伏时间对齐能力 | NA | 从静态单细胞测量中推断动态细胞过程，建模基因调控并识别细胞轨迹 | 发育中的小鼠大脑、人类造血系统以及响应病毒感染的CD8 T细胞 | 机器学习 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | 原型模型（Archetypal Velocity Model） | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞ATAC测序， 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-05-12 |
Spatial Transcriptomic Analysis Reveals HDAC Inhibition Modulates Microglial Dynamics to Protect Against Ischemic Stroke in Mice
2025-09, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70035
PMID:40415727
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研究论文 | 通过空间转录组学分析，揭示组蛋白去乙酰化酶抑制剂调节小胶质细胞动力学，从而保护小鼠免受缺血性卒中损伤 | 首次利用空间转录组学和3D形态测量重建技术，在空间水平上揭示HDAC抑制剂调控小胶质细胞表型转化及其在卒中脑中的区域特异性保护机制 | 未提及 | 探索组蛋白去乙酰化酶抑制剂（HDACi）通过表观遗传调控小胶质细胞转录组和空间分布，促进缺血性卒中后神经修复的机制 | 小鼠卒中模型中的小胶质细胞及其在梗死周边区的空间分布 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学、3D形态测量重建 | NA | 图像、转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2026-05-10 |
Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles
2025-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791
PMID:40348058
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研究论文 | CTNNB1突变型子宫内膜癌中β-catenin蛋白差异定位导致不同的转录谱 | 首次揭示突变型β-catenin蛋白在子宫内膜癌中的不同亚细胞定位（细胞核 vs 膜/细胞质）与独特转录谱的关联，并发现TROP2作为潜在治疗靶点 | 未提及 | 研究具有CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样子宫内膜癌中，β-catenin蛋白核定位与非核定位对下游基因表达的影响 | CTNNB1突变型子宫内膜样子宫内膜癌肿瘤组织 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 | 10x Genomics | 空间转录组学 | NA | 基于蛋白定位选择感兴趣区域（ROIs）进行空间转录组分析 |
| 8 | 2026-05-09 |
A multimodal atlas of COVID-19 severity identifies hallmarks of dysregulated immunity
2025-Sep-21, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.09.19.25334095
PMID:41332837
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research paper | 利用多模式单细胞图谱研究COVID-19严重程度的免疫失调特征 | 首次在单细胞分辨率下整合多数据类型（单细胞RNA-seq、CITE-seq、TCR和BCR测序、病毒载量、中和试验、75种自身抗体、HLA基因型和1463种血清蛋白组学）并纳入托珠单抗治疗和康复期样本，提供对COVID-19严重程度免疫特征的最全面视图 | 未明确说明局限性（文中未提及） | 研究COVID-19严重程度相关的免疫失调标志物，包括托珠单抗治疗和康复期的影响 | 428名患者的2.5百万循环免疫细胞（840份PBMC样本），涵盖急性感染（5个WHO严重度等级）、托珠单抗治疗和康复期（感染后3个月） | machine learning | COVID-19 | 单细胞RNA-seq, CITE-seq, TCR测序, BCR测序, 血清蛋白质组学 | 线性建模 | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 病毒载量数据, 自身抗体数据, HLA基因型数据 | 428名患者，840份PBMC样本（2.5百万细胞） | NA | 单细胞RNA-seq, CITE-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-05-08 |
Clonal dynamics shaped by diverse drug-tolerant persister states in melanoma resistance
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.16.676608
PMID:41000875
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研究论文 | 开发了高分辨率谱系追踪平台MeRLin，揭示黑色素瘤治疗耐药过程中多种药物耐受持久性细胞的克隆动态和转录异质性 | 整合细胞条形码、单细胞转录组、RNA荧光原位杂交和计算分析的多模态平台，首次在患者来源黑色素瘤模型中追踪持久性细胞的克隆动态和空间组织，发现四种保守的持久性细胞状态 | 主要基于患者来源模型，需在临床样本中进一步验证；长期治疗过程中耐药机制的完整图景可能仍有限 | 解析黑色素瘤靶向治疗耐药过程中药物耐受持久性细胞的克隆动态和分子机制 | 患者来源的黑色素瘤模型中的耐药持久性细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组测序、RNA荧光原位杂交 | NA | 转录组数据、图像 | 患者来源黑色素瘤模型（具体数量未在摘要中明确） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序、10x Visium空间转录组学、条形码RNA-FISH |
| 10 | 2026-05-08 |
High-resolution spatial transcriptomics in fixed tissue using a cost-effective PCL-seq workflow
2025-09-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279906.124
PMID:40764053
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研究论文 | 提出一种利用光控DNA标记策略的空间转录组学方法PCL-seq，用于固定组织中的高分辨率空间转录组分析 | 首次开发基于光裂解和连接测序的空间索引方法，通过光控DNA标记实现特定区域的转录谱构建，具备亚细胞分辨率且兼容FFPE组织 | NA | 开发一种经济高效的空间转录组学工作流程，适用于固定组织且具有高分辨率 | 冷冻小鼠胚胎和FFPE小鼠胚胎组织切片 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胚胎组织切片（冷冻和FFPE） | NA | 空间转录组学 | PCL-seq | 光裂解和连接测序工作流程，使用光可裂解寡核苷酸和连接适配体，通过显微控制光照指定感兴趣区域 |
| 11 | 2026-05-08 |
Comprehensive identification of crucial biomarkers and therapeutic targets in cholestasis via integrated single-cell RNA and transcriptome sequencing analysis
2025-09, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10146-8
PMID:40523982
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和转录组测序分析，全面鉴定胆汁淤积症的关键生物标志物和治疗靶点 | 首次利用单细胞RNA测序结合转录组分析，全面鉴定出IL32、CRIP2、ANXA2和VWF作为胆汁淤积症的关键生物标志物和治疗靶点，并揭示了其在肝窦内皮细胞和门静脉周围区域的显著上调 | 未明确提及局限性 | 探究胆汁淤积症的细胞通讯网络和分子机制，识别关键的生物标志物和治疗靶点 | 胆汁淤积症患者和健康对照者的肝脏组织样本 | 机器学习 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序、转录组测序 | Lasso回归 | 测序数据 | 13名胆汁淤积性肝病患者和10名对照者的肝脏组织 | NA | 单细胞RNA测序、转录组测序 | NA | NA |
| 12 | 2026-05-08 |
Single-cell and bulk RNA sequencing reveals specific Trem2 positive B cell subtype niche after myocardial infarction in mice
2025-09, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10144-w
PMID:40523981
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研究论文 | 通过单细胞与批量RNA测序揭示小鼠心肌梗死后特异性Trem2阳性B细胞亚群及其潜在治疗靶点 | 首次鉴定出小鼠心肌梗死后具有调节性B细胞特征的B_Trem2亚群，并发现Apoe通过与Lrp1、Sdc4和Sdc3受体结合可能促进该亚群中Spp1的过表达，为心肌梗死提供新的治疗靶点 | NA | 表征小鼠心肌梗死后B细胞亚群，识别不良重构的潜在治疗靶点 | 小鼠心肌梗死后梗死区域的免疫细胞和B细胞亚群 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | GSE163129和GSE19322数据集中的小鼠样本 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-05-08 |
Elucidation of novel diagnostic biomarkers and therapeutic targets in colorectal carcinoma: an integrative approach leveraging multi-omics, computational biology, and single-cell sequencing technologies
2025-09, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10141-z
PMID:40560225
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研究论文 | 本文采用综合多组学方法研究结直肠癌的发病机制、诊断方法和潜在治疗靶点，整合了全球疾病负担数据库数据、转录组学、蛋白质组学和单细胞测序技术 | 创新性地整合多组学数据（转录组、蛋白质组）与单细胞测序技术系统阐明结直肠癌的流行病学特征和分子机制，揭示VEGFA、ICAM1和IL6R在癌症进展中的关键作用，并通过分子对接和动态模拟为靶向VEGFA药物开发提供理论基础 | 未来研究需要进一步验证这些发现并探索其临床应用的潜力 | 全面探究结直肠癌的发病机制、诊断方法和潜在治疗靶点 | 结直肠癌的分子机制和流行病学特征 | 计算生物学 | 结直肠癌 | NA | NA | 文本、组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-05-08 |
Exploration of shared diagnostic genes and mechanisms between crohn's disease and ischemic stroke by integrated comprehensive bioinformatics analysis and machine learning
2025-09, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10145-9
PMID:40588645
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研究论文 | 利用综合生物信息学分析和机器学习方法，探索克罗恩病与缺血性卒中之间的共享诊断基因和潜在机制 | 首次结合差异表达分析、加权基因共表达网络分析、机器学习算法及单细胞RNA测序等多种方法，系统鉴定出TLR2和TLR8作为CD-IS共病的核心诊断基因，并通过孟德尔随机化评估因果关联 | 共享基因的鉴定依赖于公共数据库，样本量有限；核心基因的生物学功能及诊断价值仍需进一步的实验验证 | 鉴定克罗恩病与缺血性卒中的共享诊断基因并探索其共病机制 | 克罗恩病和缺血性卒中的基因表达数据及相关样本 | 机器学习 | 克罗恩病, 缺血性卒中 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2026-05-06 |
Lymphatic dysfunction is linked to disease pathogenesis in Duchenne muscular dystrophy animal models
2025-Sep-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2505656122
PMID:40966282
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研究论文 | 本研究揭示了Duchenne肌营养不良动物模型中淋巴功能障碍与疾病发病机制的相关性 | 首次在DMD动物模型中证明淋巴系统功能失调与疾病进展相关，并发现抗肌萎缩蛋白在淋巴肌细胞中表达，且微抗肌萎缩蛋白基因治疗可改善炎症性淋巴管新生 | 未提及具体局限性 | 探究DMD动物骨骼肌中淋巴系统是否失调及其在疾病中的作用 | Duchenne肌营养不良小鼠模型、金毛犬模型以及小鼠和大鼠淋巴肌细胞（LMCs） | 数字病理学 | 肌营养不良症 | 单细胞RNA测序、微量淋巴造影术、磁共振淋巴管成像、基因表达谱分析、免疫荧光分析 | NA | 基因表达数据、影像数据 | 小鼠模型（D2.mdx）、金毛犬模型（GRMD）及体外细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序用于控制组LMCs的scRNA-seq |
| 16 | 2026-05-03 |
Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes
2025-Sep-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113269
PMID:40894860
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据和HMO浓度测量，揭示哺乳期乳腺细胞中母乳低聚糖的生物合成程序 | 首次通过单细胞转录组学与HMO浓度测量相结合的方法，鉴定出上皮细胞亚群中HMO合成基因的差异表达模式，并发现多个候选基因和可能调控HMO生物合成的转录因子 | 未明确说明局限性 | 探究哺乳期乳腺中母乳低聚糖的复杂生物合成通路 | 人类乳腺细胞（lactocytes）中的上皮细胞亚群 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2026-05-03 |
Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues
2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000961
PMID:40626838
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综述 | 本文综述了空间转录组学在组织中HIV研究中的应用，包括平台选择、质量控制和分析流程 | 提出了针对HIV感染组织空间转录组分析的工作流程，包括质量控制、合理性检查和生物信息学分析 | 未提及具体局限性，但指出靶向捕获中靶标数量增加会降低灵敏度 | 探讨空间转录组学在揭示组织中HIV持续存在机制中的潜力和方法 | HIV感染组织及微环境 | 数字病理学 | HIV/AIDS | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | NA | 基于poly-A的mRNA捕获和靶向RNA捕获 |
| 18 | 2026-05-03 |
scSpatialSIM: a simulator of spatial single-cell molecular data
2025-Sep, SoftwareX
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.softx.2025.102223
PMID:41908069
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研究论文 | 开发了scSpatialSIM软件包，用于模拟具有生物学真实性的空间单细胞分子数据，以支持空间统计方法的基准测试 | 无需参考数据集即可高效模拟单细胞空间模式，支持细胞聚类、共定位、组织分区和空洞等特征，并兼容分类与连续数据 | 仅模拟细胞聚类和共定位，无法模拟更广泛的组织水平子域 | 为空间单细胞分子数据分析提供灵活的模拟框架，推动空间统计方法的比较评估和新方法开发 | 空间单细胞分子数据 | 机器学习 | NA | 多重免疫荧光、空间转录组学 | NA | 图像、文本 | NA | 10x Genomics, Illumina | 空间转录组学 | 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Visium FFPE, Illumina NovaSeq 6000 |
| 19 | 2025-05-02 |
Spatial transcriptomics: Advances and challenges in peripheral nerve sheath tumor
2025-Sep-17, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf116
PMID:40305521
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2026-05-01 |
Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues
2025-Sep, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190
PMID:40311874
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研究论文 | 通过临床来源的人体组织评估空间转录组学技术的严格性和可重复性 | 首次系统性地评估了数字空间剖析技术在真实世界临床条件下的技术可重复性、数据归一化方法及检测灵敏度，并与单分子成像平台进行了性能比较 | 主要聚焦于数字空间剖析技术，对空间转录组学的其他方法覆盖有限；样本仅来自人体肾脏组织，可能无法代表其他组织类型 | 评估空间转录组学技术在临床研究中的实际性能，为将其整合到临床工作流程奠定基础 | 临床来源的人类肾脏组织及活检样本 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 临床来源的人类肾脏组织和活检样本（具体数量未述） | Nanostring, 单分子成像平台供应商 | 空间转录组学 | 数字空间剖析仪, 单分子成像仪 | 数字空间剖析技术（Digital Spatial Profiling），单分子成像平台（Single Molecular Imager） |