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当前共找到 813 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-28 |
RNA Sequencing at Single Vesicle Resolution via 3D Printed Embedded Droplet Arrays
2025-Sep-24, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.5c09959
PMID:40938793
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研究论文 | 本文开发了一种基于3D打印嵌入液滴阵列的平台，用于在单囊泡分辨率下进行RNA测序，以研究细胞外囊泡的RNA异质性 | 利用3D打印技术创建可控、均匀的皮升液滴阵列，首次实现了在单囊泡水平上对细胞外囊泡的poly(A) RNA进行测序 | 方法主要针对poly(A) RNA，可能无法全面覆盖所有RNA类型；平台操作复杂，需要优化打印条件 | 开发一种高分辨率平台，以研究细胞外囊泡中RNA cargo的异质性，为生物标志物发现和临床应用提供新工具 | 单个细胞外囊泡（EVs），特别是CD9、CD63和CD81阳性的EVs，以及THP-1细胞来源的免疫纯化EVs | 单细胞测序技术 | NA | RNA测序，PCR，cDNA合成 | NA | RNA序列数据 | 3689个独特条形码对应的单个EVs，每个EV至少有两个poly(A) RNA reads | NA | 单囊泡RNA测序 | 3D打印嵌入液滴阵列平台 | 基于3D打印技术，使用碳氢化合物支持材料和打印水溶液，生成可控、均匀的皮升液滴，用于单EVs的cDNA制备和测序 |
| 2 | 2026-03-25 |
Biomarkers of immune dysregulation and posttreatment inflammation in spinal muscular atrophy
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2506976122
PMID:40986347
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研究论文 | 本研究整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了脊髓性肌萎缩症（SMA）中的免疫失调特征及其与基因治疗反应的关系 | 首次整合bulk和单细胞RNA测序全面描绘SMA的免疫失调特征，识别出疾病进展的转录组生物标志物，并发现基因治疗后NF-κB相关炎症基因表达显著升高 | 样本量较小（SMA婴儿n=7用于bulk RNA-seq，n=4用于scRNA-seq），且研究对象年龄范围有限（<25个月） | 阐明脊髓性肌萎缩症（SMA）中的免疫失调特征及其对疾病进展和治疗反应的影响 | SMA婴儿（n=7用于bulk RNA-seq；n=4用于scRNA-seq）和年龄匹配的健康对照（n=4用于bulk RNA-seq；n=6用于scRNA-seq）的外周血样本 | 生物信息学 | 脊髓性肌萎缩症 | bulk RNA测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | SMA婴儿：bulk RNA-seq n=7，scRNA-seq n=4；健康对照：bulk RNA-seq n=4，scRNA-seq n=6 | NA | bulk RNA-seq，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-03-25 |
Human single-cell atlas analysis reveals heterogeneous endothelial signaling
2025-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.15.670370
PMID:40894541
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研究论文 | 本研究通过整合15个人体组织的超过300万个单细胞RNA测序数据，系统分析了内皮细胞在组织与血管类型中的异质性，并开发了计算流程探究微环境调控机制 | 首次在血管类型与组织微环境双重背景下系统研究内皮细胞异质性，开发了基于主题建模的细胞间通讯模式分析方法，揭示了代谢物与蛋白质介导的异质性调控机制 | 研究基于已发表的单细胞数据集，可能受原始实验设计差异影响；未通过功能实验验证所有计算预测的调控机制 | 系统探究人体内皮细胞在不同组织与血管类型中的异质性及其微环境调控机制 | 人体15种组织中的内皮细胞及其他组织驻留细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 主题建模 | 单细胞转录组数据 | 超过300万个单细胞（来自15个人体组织） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-03-25 |
Size-Modulated Mesoderm-Endoderm Divergence and Myocardial Cavitation in Micropatterned Cardioids
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.17.676874
PMID:41000917
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研究论文 | 本研究利用微图案化心脏类器官、CRISPR工程报告hiPSCs、深层组织成像和单细胞RNA测序，探索中胚层-内胚层协同发育，揭示了模式大小对细胞组成、类器官腔化、收缩功能和信号串扰的影响 | 整合微图案化心脏类器官与单细胞RNA测序技术，首次系统研究中胚层-内胚层协同发育，并发现模式尺寸调控心脏腔化形成 | 研究基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内胚胎发育的复杂性 | 探索中胚层-内胚层在心脏发育中的协同作用及信号机制 | 人类诱导多能干细胞衍生的心脏类器官 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, CRISPR基因编辑, 深层组织成像 | NA | 单细胞转录组数据, 成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-03-25 |
DAESC+: High-performance, integrated software for single-cell allele-specific expression data
2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.03.674100
PMID:40964337
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研究论文 | 本文介绍了DAESC+，一个用于单细胞等位基因特异性表达数据处理和分析的高性能集成软件包 | DAESC+结合了用户友好的预处理模块DAESC-P和基于GPU加速的可扩展分析模块DAESC-GPU，在准确性和速度上均优于现有方法 | 未明确提及具体局限性，但可能依赖于特定硬件（GPU）和数据类型 | 开发用于单细胞等位基因特异性表达分析的计算工具，以增强基因调控机制的研究 | 单细胞等位基因特异性表达数据，特别是来自OneK1K队列的CD4+ T细胞和B细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 超过一百万细胞（可扩展），具体应用涉及OneK1K队列的子集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-03-25 |
Mapping T cell dynamics to molecular profiles through behavior-guided transcriptomics
2025-09, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01126-4
PMID:39930061
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研究论文 | 本文介绍了一种名为行为引导转录组学（BGT）的扩展协议，用于整合T细胞活体成像数据与单细胞转录组学，以分析动态T细胞行为相关的基因程序 | BGT协议通过结合BEHAV3D活体成像平台和scRNA-seq，首次实现了T细胞动态行为与分子谱的时空关联分析，揭示了高效和无效T细胞的新生物标志物 | 该协议需要用户具备基本的细胞培养、成像和编程技能，且实验周期长达一个月，可能限制了其广泛适用性 | 旨在开发一种整合T细胞活体成像与单细胞转录组学的方法，以研究T细胞在肿瘤靶向过程中的行为与分子驱动因素 | 患者来源的肿瘤类器官（PDO）与工程化T细胞的共培养体系中的T细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），荧光激活细胞分选（FACS），活体成像 | NA | 图像，转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-03-25 |
SWIFT-seq enables comprehensive single-cell transcriptomic profiling of circulating tumor cells in multiple myeloma and its precursors
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-01006-0
PMID:40781193
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研究论文 | 本研究开发了一种名为SWIFT-seq的单细胞测序工作流程，用于对多发性骨髓瘤及其前体疾病患者的循环肿瘤细胞进行全面的单细胞转录组分析 | 开发了SWIFT-seq工作流程，首次实现了对少量循环肿瘤细胞的单细胞RNA测序和B细胞受体测序，并建立了基于测序的CTC计数策略和分类器以推断细胞遗传学异常 | 未明确提及具体的技术局限性，但暗示了传统骨髓活检存在技术限制和不确定性 | 开发非侵入性血液检测方法，用于多发性骨髓瘤的诊断、监测和预后评估，并揭示肿瘤扩散的生物学机制 | 多发性骨髓瘤患者及其前体疾病患者的循环肿瘤细胞和配对骨髓样本 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, B细胞受体测序 | 分类器, 循环动力学模型 | 单细胞转录组数据, B细胞受体序列数据 | 101名患者和健康供体的配对骨髓和循环肿瘤细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-03-24 |
Inflammatory, transcriptomic, and cell fate responses underlying the mammalian transmission of avian influenza viruses
2025-09-23, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00647-25
PMID:40778772
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研究论文 | 本研究通过分析雪貂鼻腔上皮对一组H1N1禽流感病毒感染的反应，揭示了与病毒空气传播表型相关的宿主应答特征 | 首次系统描述了禽流感病毒在哺乳动物呼吸道（鼻腔上皮）感染时，与空气传播能力相关的宿主转录组、炎症反应和细胞命运变化 | 研究主要基于雪貂模型，结果向人类外推需谨慎；未深入验证特定分子通路在传播中的因果机制 | 探究禽流感病毒在哺乳动物呼吸道传播的宿主决定因素 | H1N1禽流感病毒株及雪貂鼻腔上皮细胞 | NA | 禽流感 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 雪貂鼻腔上皮样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-03-24 |
Multi-Omics Validation of Myelin Water Fraction as a Myelin-Specific MRI Biomarker
2025-Sep-08, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.27.25334582
PMID:40950466
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据，验证了髓鞘水分数作为髓鞘特异性MRI生物标志物的生物学相关性 | 首次将BMC-mcDESPOT MRI方法与高通量血浆蛋白质组学和空间转录组学相结合，从分子层面验证了MWF的髓鞘特异性 | 研究样本仅限成人，未涵盖发育或衰老过程；区域分析限于主要白质和深部灰质区域 | 验证髓鞘水分数作为髓鞘特异性MRI生物标志物的生物学有效性 | 成人主要白质和深部灰质区域 | 神经影像学 | 神经系统疾病 | BMC-mcDESPOT MRI成像，高通量血浆蛋白质组学，空间转录组学 | 贝叶斯蒙特卡洛分析 | MRI图像，蛋白质组数据，基因表达数据 | NA | SomaLogic, Allen Institute | 血浆蛋白质组学，空间转录组学 | SomaScan 7k平台，Allen Human Brain Atlas | SomaScan 7k蛋白质组分析平台，Allen人脑图谱空间基因表达数据 |
| 10 | 2026-03-21 |
Gastric cancer adapts high lipid microenvironment via suppressing PPARG-FABP1 axis after arriving in the lymph node
2025-09, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2025.103759
PMID:40694956
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研究论文 | 本研究探讨了胃癌细胞在淋巴结转移过程中通过抑制PPARG-FABP1轴适应高脂微环境的机制 | 揭示了胃癌细胞在淋巴结转移中通过下调PPARγ-FABP1轴来适应高脂微环境并避免铁死亡的新机制 | NA | 研究胃癌细胞在淋巴结转移过程中的代谢适应，特别是脂质代谢重编程 | 胃癌细胞 | 肿瘤代谢 | 胃癌 | 非靶向脂质组学测序、肿瘤细胞流式分选、RNA测序、单细胞测序、透射电子显微镜、BODIPY 581/591染色、ChIP-qPCR | NA | 测序数据、显微镜图像、染色数据 | NA | NA | 单细胞测序、RNA测序、脂质组学 | NA | NA |
| 11 | 2026-03-21 |
Multi-Omics Integrated Analysis of the Protective Effect of Tertiary Lymphoid Structures and Associated Key Regulatory Genes in Human Gallbladder Cancer
2025-09, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.70037
PMID:40997892
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研究论文 | 本研究通过多组学整合分析探讨了三级淋巴结构（TLSs）在人类胆囊癌中的保护作用及其相关关键调控基因 | 首次在胆囊癌中系统评估TLS与预后的关联，并利用单细胞RNA测序、批量RNA测序和深度学习筛选出六个TLS相关候选基因，通过实验验证了CTSG和HSPB8在免疫调节中的作用 | 样本量相对较小（85例患者），且研究主要基于回顾性分析，需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探究TLS在胆囊癌中的预后价值及其相关基因的调控机制 | 胆囊癌患者组织样本及相关基因 | 数字病理学 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 深度学习 | 深度学习 | RNA测序数据 | 85例胆囊癌患者 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2026-03-20 |
Lymphatic dysfunction is linked to disease pathogenesis in Duchenne muscular dystrophy animal models
2025-Sep-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2505656122
PMID:40966282
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研究论文 | 本研究通过动物模型探究了杜氏肌营养不良症（DMD）中淋巴系统功能障碍与疾病发病机制之间的关联 | 首次在DMD动物模型中系统性地揭示了淋巴管结构和功能失调，并发现炎症性淋巴管生成与肌肉功能改善相关 | 研究主要基于动物模型（小鼠和大），尚未在DMD患者中得到直接验证 | 探究淋巴系统在DMD疾病进展中的作用，特别是淋巴功能失调与慢性炎症的关系 | DMD动物模型（mdx小鼠、GRMD犬）以及小鼠和大鼠的淋巴肌细胞 | 单细胞组学 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞RNA测序，显微淋巴管造影，磁共振淋巴管造影，免疫荧光分析 | NA | 基因表达数据，影像数据，蛋白质数据 | 使用mdx小鼠、GRMD犬模型以及对照动物的淋巴肌细胞和组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-03-22 |
Spatial Transcriptomics Reveals Differential Inflammatory Pathways in Discoid Lupus Erythematosus and Lichen Planus
2025-Sep, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.02.148
PMID:40113031
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2026-03-20 |
An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus
2025-Sep, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02022-0
PMID:40739059
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研究论文 | 本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，揭示了人类海马体的分子景观和细胞类型空间组织 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，构建了人类海马体的综合分子图谱，并利用NMF和标签转移方法整合数据，揭示了兴奋性和抑制性突触后特化的空间组织模式 | 研究仅基于十名成年神经典型捐赠者的样本，样本量相对较小，且可能未涵盖所有海马体亚区域或疾病状态 | 解析人类海马体中细胞类型的分子特征和空间组织，以理解其与认知和情绪功能的关联 | 人类海马体组织样本 | 空间转录组学 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | 非负矩阵分解, 标签转移 | 转录组数据 | 十名成年神经典型捐赠者的海马体样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2026-03-18 |
scTWAS: A powerful statistical framework for single-cell transcriptome-wide association studies
2025-Sep-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6531106/v1
PMID:41256005
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研究论文 | 本文提出了一种名为scTWAS的统计方法，用于利用单细胞数据进行细胞类型特异性的转录组范围关联研究 | scTWAS通过潜变量模型和基于矩的估计方法，解决了单细胞数据中的强噪声、技术变异和高稀疏性等独特挑战，从而在血液和脑组织中一致提高了跨细胞类型的基因调控表达预测 | NA | 开发一种统计框架，以在单细胞水平上进行细胞类型特异性的转录组范围关联研究，识别与复杂性状和疾病相关的基因 | 血液和脑组织中的细胞类型，包括免疫细胞类型、疾病相关小胶质细胞、炎症性小胶质细胞和星形胶质细胞亚型 | 自然语言处理 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 潜变量模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-03-18 |
Scalable nonparametric clustering with unified marker gene selection for single-cell RNA-seq data
2025-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.11.579839
PMID:38405697
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研究论文 | 本文提出了一种名为NCLUSION的非参数聚类方法，用于单细胞RNA测序数据分析，该方法能够同时进行聚类和标记基因选择 | 提出了一种基于无限混合模型的非参数聚类方法，利用贝叶斯稀疏先验在聚类过程中同步识别标记基因，避免了传统方法中事后差异表达分析带来的高假阳性率问题 | 未明确说明方法在特定细胞类型或复杂组织中的适用性限制，也未讨论对批次效应的处理能力 | 开发一种可扩展的单细胞RNA测序数据聚类方法，同时解决聚类参数依赖和标记基因识别假阳性率高的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无限混合模型，变分推断算法 | 基因表达数据 | 可达数百万细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-03-18 |
Integrative genomics elucidates the evolutionary, temporal, and developmental origins of a hydrocephalus risk gene
2025-Sep-02, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.09.01.25334358
PMID:40950474
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研究论文 | 本研究通过整合基因组学方法，探讨了与脑积水风险相关的基因MAEL的进化起源、时间表达模式和发育表达谱 | 首次在单细胞水平上系统描述了MAEL基因在新生儿人脑中的进化、时间和发育表达模式，并直接验证了其在脑积水组织中的表达降低 | 研究主要基于观察性数据，缺乏直接的因果机制验证；样本量相对有限，且依赖于现有数据库和手术获取的组织 | 阐明MAEL基因的进化起源及其在脑积水和发育中人脑中的表达特征，以理解其变异如何导致脑积水 | MAEL基因、新生儿人脑组织、脑积水患者的手术获取的脑皮质组织 | 基因组学 | 脑积水 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因映射分析 | NA | 基因序列数据、单细胞RNA测序数据 | 49个脑区域的scRNA-seq数据，加上手术获取的脑积水组织样本 | Allen Institute | 单细胞RNA-seq | Developing Human Brain Atlas | NA |
| 18 | 2026-03-17 |
Tryptophan metabolic dysregulation drives immune activation and cartilage degradation in osteoarthritis: Functional validation integrated with transcriptomic and single-cell RNA sequencing
2025-09-30, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152497
PMID:40907267
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研究论文 | 本研究系统探索了色氨酸代谢异常在骨关节炎发病机制中的潜在作用，整合转录组学和单细胞RNA测序数据 | 首次系统揭示色氨酸代谢失调驱动骨关节炎免疫激活和软骨降解的代谢机制，提出犬尿氨酸通路作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于体外细胞模型和测序数据，缺乏体内实验验证和临床样本的直接证据 | 阐明色氨酸代谢在骨关节炎发病中的作用机制 | 骨关节炎软骨组织、IL-1β刺激的软骨细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-03-17 |
Single-cell transcriptomic analysis of interactions of peritoneal mesenchymal stem cells with macrophages in prevention of peritoneal membrane injury
2025-09-25, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152491
PMID:40829206
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析探讨了腹膜间充质干细胞与巨噬细胞的相互作用在预防腹膜透析诱导的腹膜损伤中的作用 | 首次在腹膜损伤模型中应用单细胞RNA测序技术解析pMSCs通过调控巨噬细胞亚群发挥保护作用的分子机制 | 研究基于大鼠模型，结果向人类临床转化的有效性仍需验证；单细胞测序样本量有限 | 探究腹膜间充质干细胞（pMSCs）与巨噬细胞相互作用在预防腹膜透析诱导的腹膜膜损伤中的机制 | Sprague-Dawley大鼠的腹膜组织、腹膜间充质干细胞、巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 腹膜损伤 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据 | 大鼠模型（具体数量未明确说明） | Illumina | 单细胞RNA-seq | HiSeq X Ten | HiSeq X Ten平台进行单细胞RNA测序，使用Cell Ranger软件和Mouse_ref_Immgen数据集进行分析 |
| 20 | 2026-03-17 |
Rutaecarpine alleviates liver fibrosis by modulating the TRPV1/Connexin 43 axis: A study based on transcriptome data, single-cell sequencing data, and cell experiments
2025-09-25, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152506
PMID:40848544
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研究论文 | 本研究基于转录组数据、单细胞测序数据和细胞实验，探讨了吴茱萸碱通过调节TRPV1/Connexin 43轴缓解肝纤维化的潜在机制 | 结合转录组、单细胞测序和细胞实验，首次揭示了吴茱萸碱通过调控TRPV1/Cx43轴缓解肝纤维化的新机制 | 研究主要基于体外细胞模型和公开数据集，缺乏体内动物模型的验证 | 探索吴茱萸碱缓解肝纤维化的潜在分子机制 | 肝纤维化相关的分子通路（TRPV1/Cx43轴）及吴茱萸碱的药理作用 | 生物信息学与分子生物学 | 肝纤维化 | 转录组分析、单细胞测序、分子对接、细胞模型实验 | 逻辑回归模型、ROC曲线分析、分子对接模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据、体外细胞实验数据 | 基于公开数据集GSE84044，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |