单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-13	Single-cell spatial transcriptomics reveals pathogenic mechanism of renal fibrosis in imiquimod-induced lupus nephritis in mice 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102087 PMID:40641741	研究论文	利用单细胞空间转录组学技术揭示咪喹莫特诱导的小鼠狼疮性肾炎肾纤维化的致病机制	首次应用空间转录组学技术在小鼠狼疮性肾炎模型中揭示肾纤维化的细胞和分子病理学途径，并发现了一种促纤维化的巨噬细胞亚型Lyz2巨噬细胞	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	深入理解狼疮性肾炎肾纤维化的细胞和分子机制，为疾病评估和新治疗策略开发提供依据	咪喹莫特诱导的狼疮性肾炎小鼠模型	数字病理学	狼疮性肾炎	空间转录组学	NA	转录组数据	狼疮性肾炎和对照小鼠肾脏样本
2	2025-07-12	PerturbSeq.db: An Integrated Repository for Comprehensive Analysis of Single-cell Perturbation Data 2025-Sep-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169209 PMID:40381983	研究论文	介绍了一个名为PerturbSeq.db的综合数据库，用于整合和分析单细胞扰动数据	开发了一个统一的数据库和交互式界面，整合了多种来源的单细胞扰动数据，提高了数据的可访问性和可比性	未提及具体的技术或数据分析方法的局限性	解决单细胞扰动研究中的数据可访问性和整合问题	单细胞扰动数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	189个数据集，来自77项研究，包括165个scRNA-seq和24个scATAC-seq数据集，涵盖约50种不同的细胞系或组织
3	2025-07-12	Reference Vector-guided Evolutionary Algorithm for cluster analysis of single-cell transcriptomes 2025-Sep, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108873 PMID:40499345	研究论文	本文提出了一种基于参考向量引导的进化算法RVEA-CAST，用于单细胞转录组数据的聚类分析	将单细胞转录组数据聚类问题转化为多目标优化问题，并设计了三个问题感知的变异算子来优化聚类偏差、聚类紧凑性和Davies-Bouldin指数	仅评估了十个真实的scRNA-seq数据集，可能在其他数据集上的泛化性有待验证	从多目标优化的角度解决单细胞转录组数据聚类这一具有挑战性的任务	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	RVEA-CAST（基于参考向量引导的进化算法）	基因表达数据	十个真实的scRNA-seq数据集
4	2025-07-12	Single-cell analysis reveals distinct immune characteristics of hepatocellular carcinoma in HBV-positive vs. HBV-negative cases 2025-Sep, Molecular and clinical oncology IF:1.4Q4 DOI:10.3892/mco.2025.2871 PMID:40636452	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术比较了HBV阳性和HBV阴性肝细胞癌的免疫特征，揭示了HBV感染如何改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成和状态	首次在单细胞水平上揭示了HBV阳性和HBV阴性肝细胞癌免疫特征的差异，特别是发现了SLC4A10 CD8 T细胞和IFITM3巨噬细胞比例的增加	研究样本量未明确说明，且机制研究尚不深入	阐明HBV感染如何改变肝细胞癌肿瘤微环境的免疫特征	HBV阳性和HBV阴性肝细胞癌患者的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
5	2025-07-11	Comparison of single-cell long-read and short-read transcriptome sequencing via cDNA molecule matching: quality evaluation of the MAS-ISO-seq approach 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf089 PMID:40630932	研究论文	比较单细胞长读长和短读长转录组测序方法，评估MAS-ISO-seq方法的质量	通过cDNA分子匹配比较长读长和短读长测序方法，揭示了两种方法在转录本恢复和基因表达分析中的偏差	研究仅基于10x Genomics 3' cDNA样本，可能不适用于其他类型的样本或测序平台	评估长读长和短读长单细胞RNA测序方法的可比性及其在转录本恢复和基因表达分析中的偏差	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），长读长测序（Pacific Biosciences），短读长测序（Illumina）	NA	转录组数据	相同10x Genomics 3' cDNA样本的长读长和短读长测序数据
6	2025-07-09	Sirtuin 2 regulates NOD-like receptor protein 3/nuclear factor kappa B axis to promote cartilage repair in osteoarthritis 2025-Sep, Journal of cell communication and signaling IF:3.6Q3 DOI:10.1002/ccs3.70031 PMID:40620356	研究论文	本研究探讨了Sirtuin 2（SIRT2）如何通过调节NLRP3/NF-κB信号轴促进骨关节炎（OA）中的软骨修复	揭示了SIRT2通过去乙酰化NF-κB p65抑制NLRP3激活的新机制，为OA治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	阐明SIRT2在OA中调节NLRP3/NF-κB信号轴的作用机制	OA小鼠模型和软骨细胞培养物	分子生物学	骨关节炎	单细胞RNA测序、Western blotting、实时PCR、共免疫沉淀、染色质免疫沉淀	NA	基因表达数据、蛋白质数据	OA小鼠模型和体外培养的软骨细胞
7	2025-07-08	Decoding the crossroads of aging and cancer through single-cell analysis: Implications for precision oncology 2025-Sep-01, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35456 PMID:40268523	综述	本文探讨了单细胞分析在理解衰老与癌症之间复杂关系中的应用及其对精准肿瘤学的意义	整合单细胞技术与空间转录组学、分子探针和人工智能等先进工具，揭示衰老在肿瘤微环境中的异质性及其对治疗的影响	未提及具体实验数据或样本量的限制	阐明衰老如何影响癌症的发生、进展和治疗抵抗，并探索衰老相关通路在精准肿瘤学中的潜在应用	衰老与癌症的相互作用，特别是衰老细胞在肿瘤微环境中的角色	精准医学	癌症	单细胞分析、空间转录组学、分子探针、人工智能	NA	单细胞数据	NA
8	2025-07-07	Single-cell RNA sequencing identifies a unique ZEB2-Regulated Clec4d+ macrophage state contributing to early inflammatory injury in cardiac hypertrophy 2025-Sep-05, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177867 PMID:40543740	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，鉴定了一种独特的ZEB2调控的Clec4d+巨噬细胞状态，该状态在心脏肥大的早期炎症损伤中起重要作用	首次在心脏肥大模型中鉴定出Clec4d+巨噬细胞状态，并揭示ZEB2作为其炎症激活的关键调控因子	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究巨噬细胞介导的炎症在心脏肥大早期的作用机制	横向主动脉缩窄(TAC)诱导的心脏肥大小鼠模型中的巨噬细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ChIP-seq	NA	单细胞转录组数据	25,328个来自心脏组织的单细胞
9	2025-07-07	Tissue-origin transcriptomic interactions as indicators of inflammatory aging and aging gene discovery 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110534 PMID:40527241	研究论文	该研究提出了一种名为'genomap'的图像表示方法，通过空间编码转录组相互作用来揭示与衰老相关的相互作用模式变化，并构建了一个高精度的组织特异性炎症衰老时钟	创新性地将scRNA-seq数据转换为语义丰富的图像表示（genomap），并利用这种表示揭示衰老相关的相互作用模式变化，而非仅关注基因表达谱的变化	未明确提及具体样本量或实验验证的局限性	开发有效的方法从高维转录组数据中识别精确的免疫遗传衰老标志物	衰老过程中的基因-基因相互作用模式	生物信息学	衰老相关疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
10	2025-07-07	Integrative multi-omics and machine-learning approaches uncover a novel metabolic-related signature associated with cancer-associated fibroblasts in gastric cancer development 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110653 PMID:40543274	研究论文	本研究通过整合多组学和机器学习方法，揭示了胃癌发展中与癌症相关成纤维细胞相关的新型代谢特征	首次整合多种数据类型（微阵列、批量RNA-seq和单细胞RNA-seq）并结合机器学习策略，识别出与癌症相关成纤维细胞（CAF_6）相关的代谢特征，该特征与胃癌患者预后显著相关	研究主要基于公开数据集，缺乏独立的前瞻性队列验证	探索胃癌发展中癌症相关成纤维细胞的分子和功能异质性，并开发预后相关的代谢特征	胃癌组织和相关细胞类型（特别是癌症相关成纤维细胞）	数字病理学	胃癌	微阵列、批量RNA-seq、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	基因表达数据	使用GSE15459、GSE26253和GSE183904数据集，具体样本数量未明确说明
11	2025-07-07	Single-cell multi-omics analysis reveals the plasticity of isthmus stem cells in gastric carcinogenesis 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110662 PMID:40580616	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示胃峡部干细胞在胃癌发生中的可塑性	整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，识别了胃癌中的三种主要上皮成分，并揭示了胃峡部干细胞在胃癌中的三种不同状态	研究样本量有限，未涉及不同胃癌亚型的比较	探究胃癌发生过程中细胞组成和发育轨迹	胃癌患者的配对肿瘤和邻近组织样本	单细胞多组学	胃癌	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	胃癌患者的配对肿瘤和邻近组织样本（具体数量未提及）
12	2025-07-06	Single-cell sequencing reveals the expansion and diversity of T cell subsets in the bone marrow microenvironment of chronic myeloid leukemia 2025-Sep, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101626 PMID:40612663	研究论文	通过单细胞测序技术揭示了慢性髓性白血病（CML）患者骨髓微环境中T细胞亚群的扩增和多样性变化	首次在单细胞水平上系统解析了CML患者骨髓T细胞图谱，发现了CD8终末效应（TE）细胞的显著增加及CD4初始T细胞的减少	研究样本量未明确说明，且仅聚焦于T细胞亚群未涵盖其他免疫细胞类型	解析CML骨髓免疫微环境中T细胞亚群的动态变化	慢性髓性白血病患者的骨髓T细胞	单细胞组学	慢性髓性白血病	多层级单细胞测序（含T细胞受体测序）	NA	单细胞转录组数据	未明确（CML患者骨髓样本）
13	2025-07-05	Single-cell landscape of immunological responses in patients with juvenile idiopathic arthritis 2025-Sep, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101577 PMID:40605976	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究青少年特发性关节炎（JIA）患者免疫细胞的异质性及其功能变化	揭示了JIA患者中干扰素和急性炎症反应的紊乱，特别是在系统性JIA（sJIA）患者中更为显著，并识别了sJIA中独特的配体-受体对	样本量较小（14名JIA患者和4名健康个体），可能影响结果的普遍性	理解JIA患者免疫系统的细胞异质性及其功能变化	青少年特发性关节炎（JIA）患者和健康个体的外周血免疫细胞	生物医学研究	青少年特发性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	14名JIA患者和4名健康个体的外周血样本
14	2025-07-05	Blood and urine-based biomarkers in prostate cancer: Current advances, clinical applications, and future directions 2025-Sep, The journal of liquid biopsy DOI:10.1016/j.jlb.2025.100305 PMID:40606769	综述	本文全面概述了前列腺癌（PCa）当前和新兴的诊断、预后和预测生物标志物，强调了它们的临床应用和未来前景	介绍了新兴技术如机器学习和单细胞组学在生物标志物发现中的应用，以及人工智能驱动模型在预测复发和治疗反应中的潜力	尽管介绍了多种生物标志物，但部分新兴技术如单细胞RNA测序和空间转录组学在临床实践中的应用仍处于探索阶段	探索前列腺癌更准确的生物标志物，以提高早期检测、个性化治疗和监测的能力	前列腺癌（PCa）患者	数字病理学	前列腺癌	液体活检（ctDNA和CTCs）、单细胞RNA测序、空间转录组学	人工智能驱动模型（如复制压力特征RSS）	血液和尿液样本	NA
15	2025-07-02	Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis 2025-Sep-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825 PMID:40436260	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了局部消融免疫疗法和免疫检查点抑制剂对肿瘤浸润自然杀伤细胞的抗肿瘤效应	揭示了LAIT和ICI通过不同但互补的机制增强NK细胞介导的抗肿瘤反应，并支持组合免疫疗法策略的开发	研究主要基于小鼠乳腺癌模型，临床相关性需进一步验证	阐明局部消融免疫疗法和免疫检查点抑制剂对肿瘤微环境中NK细胞的调控机制	肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK cells）	免疫治疗	乳腺癌	scRNAseq	NA	基因表达数据	小鼠乳腺癌模型及TCGA数据库中的患者数据
16	2025-06-27	Progress and applications of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome technology in acute kidney injury research 2025-Sep-09, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102583 PMID:40568028	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组技术在急性肾损伤研究中的进展与应用	整合单细胞空间定位数据与分子组学，揭示细胞异质性、个性化治疗等研究方向	讨论了scRNA-seq与空间组学在AKI研究中的当前限制	探讨单细胞转录组分析和空间组学在急性肾损伤研究中的前沿应用	急性肾损伤（AKI）	生物医学研究	急性肾损伤	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
17	2025-06-17	Data-informed insights into sex differences in peripheral blood mononuclear cells from single-cell transcriptomics 2025-Sep, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101525 PMID:40520998	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
18	2025-06-17	Integrating spatial transcriptomics and single-cell RNA-sequencing reveals epithelial cell alterations in benign prostatic hyperplasia following finasteride treatment 2025-Sep, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101526 PMID:40520997	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
19	2025-06-13	Loss of Plxdc2 exacerbates microglia-mediated neuroinflammation and ischemic brain injury 2025-Sep, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115302 PMID:40345569	研究论文	本研究探讨了Plxdc2在调节小胶质细胞活化和缺血性脑损伤中的作用	首次揭示了Plxdc2在小胶质细胞稳态维持和缺血性脑损伤中的保护作用，并发现其通过调节NF-κB p65信号和脂质代谢发挥作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类患者中进行验证	探究Plxdc2在小胶质细胞功能和缺血性脑损伤中的作用	小胶质细胞和缺血性脑损伤	神经科学	缺血性脑卒中	scRNA-seq, 转录组分析, AAV和慢病毒载体技术	动物模型	基因表达数据	NA
20	2025-06-12	3D-printed advanced scaffold armed with exosomes derived from human skeletal stem cell identified by single-cell RNA sequencing enhances osteochondral regeneration 2025-Sep, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.04.028 PMID:40487240	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序鉴定了来自髌下脂肪垫的骨骼干细胞，并利用其外泌体结合3D打印技术开发了一种新型水凝胶支架，用于增强骨软骨缺损的再生	利用单细胞RNA测序鉴定具有高分化潜能的骨骼干细胞，开发了结合外泌体的3D打印水凝胶支架，显著促进骨软骨同步修复	研究仅在大鼠模型中进行，尚未进行临床试验	开发一种新型骨软骨再生策略	骨骼干细胞及其外泌体、骨软骨缺损	组织工程	骨软骨缺损	单细胞RNA测序(ScRNA-seq)、流式细胞术、3D打印技术	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	大鼠骨软骨缺损模型