单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 544 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-10-24 |
Analysis of individual patient pathway coordination in a cross-species single-cell kidney atlas
2025-Aug, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02285-0
PMID:40775269
|
研究论文 | 本研究构建了跨物种单细胞肾脏图谱并开发了CellSpectra计算工具，用于分析个体患者细胞类型特异性通路基因表达协调变化 | 开发了能量化基因表达协调变化的CellSpectra计算工具，创建了包含140个样本、超过100万细胞的跨物种单细胞肾脏图谱 | NA | 推进单细胞方法在临床精准医学中的应用，解决个体患者细胞类型特异性分子变化识别难题 | 人类和啮齿类动物的肾脏细胞 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | CellSpectra计算工具 | 单细胞基因表达数据 | 140个样本，超过100万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 162 | 2025-10-22 |
CCL26 and CXCL12 Promote Release of Insulin-Sensitizing Adipose Tissue Macrophage sEVs from Subcutaneous Adipose Tissue in Obesity
2025-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.670151
PMID:40894782
|
研究论文 | 本研究揭示了皮下脂肪组织巨噬细胞通过释放小细胞外囊泡改善胰岛素敏感性的新机制 | 首次发现皮下脂肪组织巨噬细胞释放的sEVs具有改善胰岛素敏感性的功能，并阐明CCL26和CXCL12在此过程中的调控作用 | 研究主要聚焦于肥胖模型，具体分子机制仍需进一步验证 | 探究皮下脂肪组织在肥胖中对代谢功能障碍的保护机制 | 皮下脂肪组织巨噬细胞及其释放的小细胞外囊泡 | 细胞生物学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 163 | 2025-10-16 |
Comprehensive multi-omics analysis reveals the core role of glycerophospholipid metabolism in the influence of short-chain fatty acids on the development of sepsis
2025-Aug-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13322-7
PMID:40783504
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示短链脂肪酸通过甘油磷脂代谢途径影响脓毒症发展的核心机制 | 首次整合代谢组学、转录组学、单细胞测序和孟德尔随机化方法，系统阐明短链脂肪酸通过调节甘油磷脂代谢影响脓毒症发展的因果机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展 | 探究短链脂肪酸在脓毒症发展中的具体作用机制 | C57BL/6小鼠和人类转录组数据 | 多组学分析 | 脓毒症 | 非靶向代谢组学, 转录组学, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 | SVM-RFE, LASSO回归 | 代谢组数据, 转录组数据, 单细胞数据 | 60只C57BL/6小鼠，多个公共数据库数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 代谢组学 | NA | NA |
| 164 | 2025-10-11 |
Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase protects from experimental acute kidney injury
2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00138.2025
PMID:40602784
|
研究论文 | 本研究通过抑制甲基硫代腺苷磷酸化酶(MTAP)在小鼠急性肾损伤模型中展示保护作用 | 首次证明MTAP抑制在实验性急性肾损伤中的保护作用，并通过单细胞RNA测序在人类AKI活检中验证其表达特征 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅为观察性分析，缺乏临床干预验证 | 探索MTAP抑制对急性肾损伤的保护机制及治疗潜力 | 小鼠急性肾损伤模型和人类肾脏单细胞RNA测序数据 | 肾脏病学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序，转录组分析 | NA | 基因表达数据，组织病理学数据 | 小鼠实验模型和人类肾脏活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 165 | 2025-10-11 |
Kidney organoids demonstrate that PTH1R drives a cystogenic cAMP-pPKA-pCREB axis in developmental polycystic kidney disease
2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00056.2025
PMID:40602764
|
研究论文 | 本研究利用肾脏类器官模型揭示了PTH1R在发育性多囊肾病中驱动囊肿形成的cAMP-pPKA-pCREB信号轴 | 首次发现PTH1R作为G蛋白偶联受体在发育性多囊肾病中启动囊肿形成信号级联反应 | 研究主要基于体外类器官模型，缺乏体内验证 | 探索发育性多囊肾病的囊肿形成机制和潜在治疗靶点 | 人类诱导多能干细胞衍生的ARPKD类器官、等基因野生型类器官、人类ARPKD组织 | 发育生物学 | 多囊肾病 | 单细胞RNA测序、靶向机制研究 | 肾脏类器官模型 | 基因表达数据、组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 166 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics reveal oxidative phosphorylation and oxidative stress in the superior temporal plane of non-syndromic cleft lip and palate fetuses
2025-Aug-20, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123922
PMID:40845983
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析非综合征性唇腭裂胎儿颞上平面的氧化磷酸化和氧化应激变化 | 首次在NSCLP胎儿大脑中识别出氧化磷酸化和氧化应激异常增加，并发现特定抑制性神经元亚群InN6与此相关 | 样本量较小（仅3例NSCLP和3例正常胎儿），研究仅关注颞上平面区域 | 探究NSCLP胎儿大脑是否存在发育异常 | 非综合征性唇腭裂胎儿和正常胎儿的颞上平面组织 | 数字病理学 | 唇腭裂 | 单核RNA测序, RT-qPCR, 免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | 3个NSCLP胎儿和3个正常胎儿（孕17-23周） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单核RNA测序 |
| 167 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomic profiling reveals dysregulation of B-cell subset function in patients with chronic hepatitis B
2025-Aug, Hepatology international
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12072-025-10846-y
PMID:40489024
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了慢性乙型肝炎患者B细胞亚群功能的失调 | 首次在HBV感染不同阶段对B细胞亚群进行单细胞转录组分析，发现肝脏组织中富集的特异性B细胞亚群及其功能特征 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证发现 | 研究乙型肝炎病毒感染者不同阶段B细胞亚群的免疫学特征和临床意义 | 25名个体的肝脏和血液样本中的B细胞 | 单细胞转录组学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 46个肝脏和血液样本，包含23,967个B细胞（其中1,677个浆细胞），来自25名个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 168 | 2025-10-05 |
TGF-β-Enriched Exosomes from Acute Myeloid Leukemia Activate Smad2/3-MMP2 and ERK1/2 Signaling to Promote Leukemic Cell Proliferation, Migration, and Immune Modulation
2025-Aug-27, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47090690
PMID:41020812
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和外泌体转录组分析，揭示急性髓系白血病来源的TGF-β富集外泌体通过激活Smad2/3-MMP2和ERK1/2信号通路促进白血病进展 | 首次整合单细胞转录组与外泌体分析，发现AML外泌体通过TGF-β介导的信号通路同时增强白血病侵袭性和免疫微环境重塑的双重作用机制 | AML外泌体的精确功能特征仍未完全阐明，需要进一步研究验证 | 探究急性髓系白血病来源外泌体在肿瘤进展中的功能作用和分子机制 | 急性髓系白血病患者的骨髓穿刺样本和外泌体 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据, 外泌体转录组数据 | AML患者和健康捐赠者的骨髓穿刺样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 169 | 2025-10-05 |
Perturb-seq reveals distinct responses to pluripotency regulator dosages underlying the control of self-renewal and differentiation
2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.07.669196
PMID:41031011
|
研究论文 | 本研究通过Perturb-seq技术揭示了多能性调控因子剂量对自我更新和分化控制的独特响应模式 | 首次系统性地定量研究关键转录因子剂量梯度对hESC表型的影响，发现谱系特异性基因的非单调响应模式 | 研究仅限于hESC模型，未验证其他细胞类型；CRISPRi可能产生脱靶效应 | 研究转录因子表达水平梯度如何影响细胞表型 | 人类胚胎干细胞(hESCs) | 单细胞基因组学 | NA | CRISPR干扰(CRISPRi), 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 定量模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 170 | 2025-10-06 |
CX3CR1-TLR4 Axis as a Shared Neuroimmune Target in COVID-19 and Epilepsy: Integrative Transcriptomics and Gabapentin Repositioning
2025-Aug-31, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13092133
PMID:41007696
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组学分析发现COVID-19和癫痫存在共享的CX3CR1-TLR4-NF-κB炎症轴，并提出加巴喷丁作为潜在的双重作用免疫调节剂 | 首次揭示COVID-19和癫痫之间的共享免疫基因组机制，发现CX3CR1-TLR4轴作为共同神经免疫靶点，并提出加巴喷丁具有超越癫痫控制的免疫调节作用 | 研究基于公共数据库的转录组数据，需要进一步实验验证机制 | 探索COVID-19和癫痫的共享免疫炎症转录组特征，并识别潜在的药物重定位治疗方案 | COVID-19患者的外周血单核细胞和颞叶癫痫伴海马硬化患者的脑组织 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq、GO/KEGG富集分析、PPI网络分析、LINCS L1000数据库 | NA | 转录组数据 | 来自GSE149689和GSE256068公共数据库的样本数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 171 | 2025-10-06 |
Bulk and Single-Cell Transcriptomes Reveal Exhausted Signature in Prognosis of Hepatocellular Carcinoma
2025-Aug-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16091034
PMID:41009979
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中T细胞耗竭特征的预后价值 | 首次结合单细胞和批量转录组数据系统分析肝细胞癌中的T细胞耗竭特征，并构建了26基因预后标志物 | NA | 研究肝细胞癌中T细胞耗竭相关的转录特征及其预后意义 | 肝细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(RNA-seq) | LASSO回归分析, Cox回归分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 172 | 2025-10-06 |
Diagnosis of Periodontitis via Neutrophil Degranulation Signatures Identified by Integrated scRNA-Seq and Deep Learning
2025-Aug-26, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16091005
PMID:41009952
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和深度学习技术，识别了与牙周炎中性粒细胞脱颗粒相关的关键生物标志物，并建立了诊断模型 | 首次结合单细胞RNA测序、分层加权基因共表达网络分析和深度学习算法，识别牙周炎中致病性中性粒细胞亚群及其脱颗粒特征 | NA | 建立牙周炎的早期诊断和精准干预模型 | 人牙龈组织和中性粒细胞亚群 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分层加权基因共表达网络分析(hdWGCNA) | 卷积神经网络(CNN)、机器学习 | 基因表达数据、免疫细胞谱数据 | 多个队列的牙龈组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量转录组测序 | NA | NA |
| 173 | 2025-10-05 |
SmartImpute is a targeted imputation framework for single-cell transcriptome data
2025-Aug-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101122
PMID:40763742
|
研究论文 | 提出一种针对单细胞转录组数据的靶向插补框架SmartImpute | 采用改进的生成对抗插补网络(GAIN)与多任务判别器，专注于预定义标记基因，在填补缺失值的同时保留真实生物零值 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的生物学相关性和计算效率 | 头颈鳞状细胞癌、人骨髓和肺癌的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 头颈癌, 骨髓疾病, 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络(GAIN) | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 超过一百万细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 174 | 2025-10-05 |
DeCoST: unveiling cell type heterogeneity in spatial transcriptomics based on inter-domain alignment and Gaussian kernel conditional autoregressive
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf490
PMID:40991330
|
研究论文 | 提出一种基于跨域对齐和高斯核条件自回归的空间转录组学细胞类型解卷积新方法DeCoST | 整合高斯核条件自回归模型利用空间上下文信息，并采用域适应技术解决单细胞与空间转录组数据间的平台效应 | 未明确说明方法对特定组织类型或数据质量的依赖性 | 开发空间转录组数据解卷积方法以解析细胞类型异质性和空间组织 | 人类胰腺导管腺癌、小鼠嗅球和小鼠脑组织样本 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 高斯核条件自回归模型，域适应 | 空间转录组数据，单细胞数据 | 模拟数据集和真实案例研究（具体样本数未提供） | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 175 | 2025-10-05 |
Assessing tissue-specific gene expression of essential genes from human and mouse
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf487
PMID:40991328
|
研究论文 | 开发了一种名为scEssentials的统计方法，用于评估人类和小鼠必需基因在组织特异性中的表达模式 | 首次利用大规模单细胞RNA测序图谱系统研究必需基因在不同细胞类型中的表达稳健性和特异性 | 方法主要基于表达数据，未直接验证基因功能必需性 | 研究必需基因在组织特异性表达中的模式和特征 | 人类和小鼠的必需基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计框架 | 基因表达数据 | 超过60种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 176 | 2025-10-05 |
Spatial multi-omics reveals the potential involvement of SPP1+ fibroblasts in determining metabolic heterogeneity and promoting metastatic growth of colorectal cancer liver metastasis
2025-Aug-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.004
PMID:40340245
|
研究论文 | 本研究通过空间多组学技术揭示了结直肠癌肝转移中SPP1+成纤维细胞在代谢异质性和转移生长中的关键作用 | 首次在结直肠癌肝转移中识别出富含SPP1成纤维细胞的空间区域，该区域具有代谢重编程能力和免疫抑制特性 | 样本量相对有限（仅2例未治疗患者提供新鲜手术样本），需要更大规模研究验证 | 探究结直肠癌肝转移中关键微观区域及其在肿瘤进展中的作用机制 | 结直肠癌肝转移患者的手术样本和冷冻组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌肝转移 | 空间转录组学, 空间代谢组学, 单细胞RNA测序, 免疫荧光, RT-qPCR, 非靶向代谢组学 | NA | 空间转录组数据, 代谢组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 12个新鲜手术样本（来自2例患者）+ 92个冷冻组织样本（来自40例患者） | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 177 | 2025-10-05 |
Toll-Like Receptor 7 Promotes Periodontal Inflammation and Alveolar Bone Resorption Through the NF-κB Signaling Pathway
2025-Aug, Journal of periodontal research
IF:3.4Q1
DOI:10.1111/jre.13394
PMID:40007244
|
研究论文 | 本研究探讨Toll样受体7在牙周炎中的作用及其通过NF-κB信号通路促进牙周炎症和牙槽骨吸收的机制 | 首次揭示TLR7在牙周炎中的新作用，并阐明TLR7-NF-κB轴在疾病发病机制中的关键通路 | NA | 研究TLR7在牙周炎中的作用及其潜在机制 | 人牙龈组织、牙周炎小鼠模型、小鼠骨髓来源巨噬细胞 | 分子生物学 | 牙周炎 | 单细胞测序、基因敲低、信号通路抑制 | NA | 基因表达数据、组织样本、细胞实验数据 | 健康个体和牙周炎患者的牙龈样本、牙周炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 178 | 2025-10-05 |
scCOSMIX: A Mixed-Effects Framework for Differential Coexpression and Transcriptional Interactions Modeling in Single-Cell RNA-Seq
2025-Aug, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.70213
PMID:40772737
|
研究论文 | 提出一个混合效应框架scCOSMiX，用于单细胞RNA测序数据中的差异共表达和转录相互作用建模 | 首次在单细胞RNA-seq数据分析中考虑多主体层次设计，通过基于copula的方法处理来自同一个体的细胞间相关性 | 方法性能依赖于模拟分析验证，在真实数据中的应用仍需进一步验证 | 开发能够系统研究单细胞水平基因-基因相互作用的统计方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合效应模型，copula模型 | 基因表达数据 | 两个数据集GSE266919和GSE108989 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 液滴和板式单细胞RNA测序实验方案 |
| 179 | 2025-10-05 |
Spatial Transcriptomics Brings New Challenges and Opportunities for Trajectory Inference
2025-08, Annual review of biomedical data science
IF:7.0Q1
|
综述 | 探讨空间转录组学为轨迹推断带来的挑战与机遇 | 系统分析空间转录组数据中空间批次效应、测量粒度和切片偏差对轨迹推断的独特影响 | 作为综述文章，不包含原始实验数据或方法验证 | 评估空间转录组学背景下轨迹推断方法面临的挑战和解决方案 | 空间转录组数据和轨迹推断方法 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 180 | 2025-10-05 |
scHSC: enhancing single-cell RNA-seq clustering via hard sample contrastive learning
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf485
PMID:40977264
|
研究论文 | 提出一种通过困难样本对比学习增强单细胞RNA测序聚类性能的深度学习方法 | 采用困难样本挖掘和对比学习策略，同时整合基因表达和细胞间拓扑结构信息，通过自适应权重策略将对比学习与ZINB模型相结合 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和细胞类型注释效果 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习, ZINB模型 | 基因表达数据 | 18个单细胞RNA测序真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |