单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 541 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-05 |
Tissue-Resident Macrophage and Dendritic Cell Cooperation Drives Type I IFN Immunity to Enteroviruses in the Liver
2025-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.12.669977
PMID:40832243
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肝脏中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞通过I型干扰素免疫应答协作抵抗肠道病毒感染的机制 | 首次阐明库普弗细胞和树突状细胞亚群在驱动早期I型干扰素应答中的关键作用，并证明肝细胞依赖于免疫细胞产生的保护性干扰素信号 | 研究主要基于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证 | 解析I型和III型干扰素在保护肝脏免受肠道病毒感染中的相对贡献 | 肠道病毒感染的肝脏免疫应答机制 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 142 | 2025-10-05 |
STARComm Scalably Detects Emergent Modules of Spatial Cell-Cell Communication in Inflammation and Cancer
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.07.669133
PMID:40832247
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研究论文 | 开发了一种可扩展解释的计算方法STARComm，用于从空间转录组数据中检测细胞间通信模块 | 首次提出可扩展的多细胞通信交互模块检测方法，能够从2D和3D高plex空间转录组数据中发现空间共定位的受体-配体活性 | NA | 开发空间细胞间通信检测方法，用于炎症和癌症研究 | 人类组织中的细胞间通信网络 | 空间生物学 | 癌症, 慢性移植物抗宿主病 | 空间转录组学 | 计算方法 | 空间转录组数据 | 超过1400万个细胞，涵盖8种癌症类型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 143 | 2025-10-05 |
Longitudinal transcriptomic analysis of SIV-infected rhesus macaques reveals peripheral immune dynamics throughout untreated SIV infection and long-term antiretroviral therapy
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.08.669172
PMID:40832257
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序纵向分析SIV感染恒河猴的外周血单核细胞，揭示未经治疗的SIV感染和长期抗逆转录病毒治疗期间的免疫动态变化 | 首次在非人灵长类动物模型中应用纵向单细胞转录组学系统描绘从急性感染到长期抗病毒治疗的完整免疫动态图谱 | 研究基于非人灵长类动物模型，结果向人类HIV感染的转化需要进一步验证 | 全面了解长期感染和治疗过程中的免疫动态变化，为HIV治愈策略提供见解 | SIV感染的恒河猴外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，完整前病毒DNA检测(IPDA) | NA | 单细胞转录组数据 | SIV感染恒河猴的纵向样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 144 | 2025-10-05 |
BioLLM: A standardized framework for integrating and benchmarking single-cell foundation models
2025-Aug-08, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2025.101326
PMID:40843339
|
研究论文 | 介绍BioLLM框架，用于整合和评估单细胞基础模型 | 提出首个统一框架解决单细胞基础模型架构和编码标准异质性问题 | 未提及具体数据规模或实验设置的局限性 | 开发标准化框架以整合和评估单细胞基础模型 | 单细胞基础模型（scGPT、Geneformer、scFoundation、scBERT） | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序分析 | 大型语言模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 145 | 2025-10-05 |
Concurrent genetic and non-genetic resistance mechanisms to KRAS inhibition in CRC
2025-Aug-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.05.668666
PMID:40799551
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研究论文 | 本研究通过单细胞空间转录组学分析结直肠癌患者对KRAS抑制剂的耐药机制 | 首次揭示KRAS抑制剂耐药过程中遗传与非遗传机制共存，并发现TBK1作为消除早期炎症适应性阶段的新靶点 | 样本量有限，需要更大规模研究验证发现 | 探索结直肠癌对KRAS抑制剂耐药的急性反应机制 | 结直肠癌患者活检样本和人鼠类器官模型 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 靶向外显子测序,单细胞空间转录组学 | NA | 基因组测序数据,转录组数据 | 患者匹配的治疗前、治疗中和进展期活检样本 | NA | 单细胞空间转录组学,靶向外显子测序 | NA | NA |
| 146 | 2025-10-05 |
The tectum transversum(TTR) maintains patency of the developing coronal suture
2025-Aug-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7216722/v1
PMID:40799753
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示横梁软骨在维持冠状缝开放中的关键作用及其调控机制 | 首次证明横梁软骨通过作为BMP信号屏障维持冠状缝开放，为冠状缝早闭病因提供新机制解释 | 研究仅使用小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究横梁软骨在冠状缝发育过程中的功能作用 | 小鼠胚胎模型中的横梁软骨、冠状缝及相邻组织 | 发育生物学 | 颅缝早闭 | 空间转录组学、基因敲除 | NA | 基因表达数据、组织形态数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 147 | 2025-10-05 |
Epigenomic subtypes of late-onset Alzheimer's disease reveal distinct microglial signatures
2025-Aug-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7232080/v1
PMID:40799738
|
研究论文 | 本研究通过分析晚发性阿尔茨海默病患者的表观基因组数据，识别出两种不同的表观遗传亚型，并揭示了它们独特的神经胶质细胞特征 | 首次在晚发性阿尔茨海默病中识别出表观遗传亚型，并发现不同亚型具有独特的神经胶质细胞甲基化特征和功能状态 | 研究基于死后脑组织样本，可能无法完全反映活体疾病状态；样本量相对有限 | 识别晚发性阿尔茨海默病的表观遗传亚型并阐明其生物学机制 | 晚发性阿尔茨海默病患者死后脑组织样本 | 表观基因组学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组DNA甲基化分析，RNA-seq，单细胞RNA-seq | 无监督聚类 | 表观基因组数据，转录组数据 | 831例来自三个独立队列的死后脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 148 | 2025-10-05 |
Excitatory Synaptic Transmission Is Differentially Modulated by Opioid Receptors along the Claustrocingulate Pathway
2025-Aug, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0219-25.2025
PMID:40670155
|
研究论文 | 本研究探讨阿片受体对小鼠扣带回皮层中谷氨酸能信号传导的调节作用 | 首次揭示KOR、MOR和DOR阿片受体在claustrocingulate通路中对兴奋性突触传递的差异化调节机制 | 研究仅限于小鼠脑切片实验，未在活体动物中进行验证 | 探究阿片受体在claustrocingulate神经环路中对兴奋性突触传递的调节机制 | 小鼠前扣带回皮层和屏状核的神经环路 | 神经科学 | 疼痛感知与意识相关疾病 | 空间转录组学,脑切片电生理学,光遗传学,药理学方法 | NA | 电生理数据,转录组数据 | 雌雄小鼠脑切片样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 149 | 2025-10-05 |
Lung Single-Cell Transcriptomics Reveal Diverging Pathobiology and Opportunities for Precision Targeting in Scleroderma-Associated Versus Idiopathic Pulmonary Arterial Hypertension
2025-Aug, Circulation. Genomic and precision medicine
DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004936
PMID:40686216
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学比较硬皮病相关性与特发性肺动脉高压的肺组织基因表达差异 | 首次在单细胞水平揭示SSc-PAH与IPAH的分子病理差异，发现特异性细胞信号通路和潜在靶向治疗药物 | 样本量较小（每组4例），需要更大规模研究验证 | 探究不同亚型肺动脉高压的分子机制差异，为精准治疗提供依据 | 肺动脉高压患者的肺组织样本 | 单细胞转录组学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | Seurat分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | 4例SSc-PAH、4例IPAH、4例对照供体肺组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium Flex | 10x Genomics Chromium Flex单细胞测序平台 |
| 150 | 2025-10-05 |
IL-17 Stimulates Sensory Neurons and Sensitises Colonic Afferents to Noxious Stimuli in a PI3K Dependent Manner in Male Mice
2025-Aug, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.70191
PMID:40827457
|
研究论文 | 本研究揭示了IL-17通过PI3K信号通路直接激活感觉神经元并增强结肠传入神经对有害刺激的敏感性 | 首次通过生物信息学分析和实验验证相结合，发现IL-17通过PI3K依赖性机制直接激活DRG感觉神经元并增强结肠痛觉敏感性 | 研究主要在雄性小鼠中进行，性别差异的影响需要进一步验证 | 探索炎症性肠病中内脏疼痛的介质和机制 | 溃疡性结肠炎患者结肠活检样本、小鼠背根神经节神经元 | 生物医学研究 | 炎症性肠病/溃疡性结肠炎 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、钙成像、磁激活细胞分选 | NA | 基因表达数据、钙信号数据 | 溃疡性结肠炎患者结肠活检样本、小鼠背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 151 | 2025-10-05 |
Prediction of cell states and key transcription factors of the human cornea through integrated single-cell omics analyses
2025-Aug, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgaf235
PMID:40838019
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研究论文 | 通过整合单细胞组学数据构建人角膜细胞状态元图谱并开发细胞状态预测工具 | 整合四个已发表研究的单细胞RNA-seq数据构建人角膜细胞状态元图谱，开发机器学习工具cPredictor进行细胞状态注释，并首次整合染色质可及性数据识别关键转录因子 | 基于已发表数据的整合分析，可能受原始数据质量和注释一致性的限制 | 解决人角膜单细胞研究中细胞状态注释不一致的问题，建立可靠的角膜细胞状态参考图谱 | 人角膜组织细胞和多能干细胞来源的角膜类器官 | 单细胞组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序,染色质可及性分析,机器学习,免疫组织化学验证 | 机器学习流程 | 单细胞RNA-seq数据,染色质可及性数据 | 整合四个已发表研究的数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 152 | 2025-10-05 |
Spatial Domain-Based Approach to Analyze the Mechanism of Sparganii Rhizoma-Curcumae Rhizoma Pair in the Treatment of Colorectal Cancer
2025-Aug, Food science & nutrition
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/fsn3.70794
PMID:40842663
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研究论文 | 通过整合空间转录组学、单细胞RNA测序和网络药理学，分析中药三棱-莪术药对在结直肠癌治疗中的空间域特异性作用机制 | 建立了整合空间转录组学、单细胞RNA测序和网络药理学的综合分析框架，首次从空间域角度解析中药药对在肿瘤微环境中的调控机制 | 研究主要基于计算分析和预测，需要进一步的实验验证来确认机制 | 研究三棱-莪术药对在结直肠癌原发灶和肝转移灶中的治疗机制 | 结直肠癌肿瘤微环境中的空间域和细胞间相互作用 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 网络药理学 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 153 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing reveals the role of IL-33 + endothelial subsets in promoting early gastric cancer progression
2025-Aug, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70050
PMID:40860436
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示IL-33+内皮细胞亚群在促进早期胃癌进展中的作用 | 构建了包含184,426个高质量胃癌细胞的单细胞图谱，首次发现静脉-1内皮亚群通过IL-33促进血管生成和肿瘤生长的机制 | NA | 阐明早期胃癌的单细胞特征及肿瘤微环境组成，寻找预测标志物和治疗靶点 | 胃癌临床活检和手术样本中的细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 184,426个高质量胃癌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 154 | 2025-10-05 |
Neuromodulatory Signaling in Chronic Pain Patients: A Narrative Review
2025-Aug-27, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14171320
PMID:40940732
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综述 | 本叙述性综述综合分析了神经调节信号系统在慢性疼痛中的作用机制及治疗潜力 | 整合转录组分析、功能性神经影像和单细胞RNA测序等新技术发现患者特异性神经调节功能障碍模式，提出精准医疗干预点 | 叙述性综述缺乏系统性文献检索和定量分析，证据质量受原始研究限制 | 探讨神经调节信号通路在慢性疼痛病理生理机制中的作用及治疗靶点 | 慢性疼痛患者及相关的神经调节系统 | 神经科学 | 慢性疼痛 | 转录组分析，功能性神经影像，单细胞RNA测序 | NA | 临床观察数据，临床前研究数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 155 | 2025-10-05 |
Artificial Intelligence in Ocular Transcriptomics: Applications of Unsupervised and Supervised Learning
2025-Aug-26, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14171315
PMID:40940727
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综述 | 本文综述了2019-2025年间人工智能在眼科转录组学中的应用，重点介绍了无监督和监督学习方法在生物标志物发现、细胞类型分类及眼部疾病建模方面的进展 | 系统总结了AI在眼科转录组学中的最新应用，涵盖单细胞工作流程标准方法和深度学习框架在多组学整合中的潜力 | 存在可解释性和标准化方面的挑战 | 探讨人工智能在眼科转录组学数据分析中的应用 | 眼部组织转录组数据，包括视网膜、角膜、黄斑等 | 自然语言处理 | 年龄相关性黄斑变性 | 微阵列、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | PCA, t-SNE, UMAP, WGCNA, LASSO, SVM, 随机森林, 变分自编码器, 神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 156 | 2025-10-05 |
Current Role and Future Frontiers of Spatial Transcriptomics in Genitourinary Cancers
2025-Aug-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17172774
PMID:40940870
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综述 | 本文概述了空间转录组学技术在泌尿生殖系统癌症中的新兴作用和未来潜力 | 聚焦空间转录组学技术在泌尿生殖系统癌症中的独特应用，区别于传统转录组学仅关注基因表达水平 | NA | 探讨空间转录组学技术在泌尿生殖系统癌症研究中的当前作用和未来发展方向 | 泌尿生殖系统恶性肿瘤 | 空间转录组学 | 泌尿生殖系统癌症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 157 | 2025-10-05 |
A fibroblast-centric network drives cold fibrosis in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.25.668405
PMID:40909739
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了肺鳞癌肿瘤微环境中由癌症相关成纤维细胞驱动的冷纤维化网络 | 首次将非癌性纤维化中的热/冷纤维化概念应用于肺鳞癌，发现了由CAF自分泌生长因子环路维持的冷纤维化结构 | 样本量相对较小（16例患者），仅针对初治患者进行研究 | 探究慢性炎症相关癌症中纤维化基质的组织原则 | 肺鳞癌患者的肿瘤和癌旁正常组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 16例初治肺鳞癌患者的匹配肿瘤和癌旁组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 158 | 2025-10-05 |
Genomic Insights into Tumorigenesis in Newly Diagnosed Multiple Myeloma
2025-Aug-23, Diagnostics (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/diagnostics15172130
PMID:40941618
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析新诊断多发性骨髓瘤患者的遗传突变，揭示疾病进展的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序比较MGUS、SMM和新诊断MM各阶段的遗传突变特征，发现新的肿瘤发生相关基因 | 样本数量未明确说明，研究仅关注遗传突变而可能忽略其他分子机制 | 识别导致多发性骨髓瘤进展和肿瘤发生的遗传突变 | MGUS、SMM和新诊断多发性骨髓瘤患者样本 | 基因组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | 计算分析流程 | 基因组序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 159 | 2025-10-05 |
Dynamic Intercellular Networks in the CNS: Mechanisms of Crosstalk from Homeostasis to Neurodegeneration
2025-Aug-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26178155
PMID:40943076
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综述 | 本文综述了中枢神经系统中动态细胞间通讯网络在健康稳态到神经退行性疾病过程中的作用机制 | 通过整合单细胞和空间转录组学最新发现，系统比较了不同疾病背景下细胞间通讯网络的动态变化 | 作为综述文章，主要基于现有文献分析，缺乏原始实验数据验证 | 探讨中枢神经系统中细胞间通讯网络在健康稳态和疾病状态下的作用机制 | 神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞等中枢神经系统细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 160 | 2025-10-05 |
Plasma Proteomics Reveals Dysregulated Pathways Across the Spectrum LMNA Cardiomyopathy
2025-Aug, Circulation. Genomic and precision medicine
DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004924
PMID:40509996
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研究论文 | 通过血浆蛋白质组学分析揭示LMNA心肌病发展过程中的失调通路 | 首次在LMNA心肌病中鉴定出EDA2R、MYL4等新型蛋白标志物，并发现26个蛋白在心肌细胞中呈现一致性差异表达 | 样本量相对有限（LMNA组41例，肌小节组18例），需要更大规模研究验证 | 探索LMNA基因致病变异相关的蛋白质和生物学通路 | 遗传性扩张型心肌病患者（LMNA和肌小节变异）及表型阴性家族成员 | 蛋白质组学 | 心血管疾病 | 血浆蛋白质组学分析，单细胞测序 | 主成分分析 | 蛋白质表达数据，基因表达数据 | 114例（41例LMNA DCM，18例肌小节DCM，55例表型阴性个体） | OLINK | 血浆蛋白质组学 | OLINK平台 | 测量约3000种血浆蛋白质 |