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当前共找到 544 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-12-06 |
Identification of prognostic genes related to T cell proliferation in papillary thyroid cancer based on single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data
2025-Aug-02, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01826-5
PMID:40753315
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别与T细胞增殖相关的预后基因，以评估其在甲状腺乳头状癌中的预后价值和分子机制 | 结合单细胞和批量RNA测序数据，识别出KLRB1、TSHZ2和TRABD2A作为新的预后基因，并构建风险模型，为PTC的预后和治疗策略提供新见解 | 研究基于公共数据库数据，可能受样本异质性限制，且未进行实验验证 | 评估T细胞增殖相关基因在甲状腺乳头状癌中的预后价值和潜在分子机制 | 甲状腺乳头状癌患者 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Cox回归, 机器学习算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 142 | 2025-12-05 |
Direct oHSV Infection Induces DC Maturation and a Tumor Therapeutic Response
2025-Aug-19, Viruses
DOI:10.3390/v17081134
PMID:40872847
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研究论文 | 本文探讨了溶瘤性单纯疱疹病毒直接感染树突状细胞如何促进其成熟并增强抗肿瘤免疫反应 | 揭示了oHSV直接感染DC而非仅通过肿瘤细胞感染来激活抗肿瘤免疫的新机制，为癌症免疫治疗提供了新视角 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体中进行验证，且oHSV感染DC为流产性感染，其长期效果和安全性需进一步评估 | 探究溶瘤性单纯疱疹病毒通过直接感染树突状细胞增强抗肿瘤免疫治疗的机制 | 溶瘤性单纯疱疹病毒、树突状细胞、CT-2A胶质瘤细胞、T细胞 | 免疫治疗 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 143 | 2025-12-05 |
Identification of Novel Lactylation-Related Biomarkers for COPD Diagnosis Through Machine Learning and Experimental Validation
2025-Aug-18, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13082006
PMID:40868258
|
研究论文 | 本研究通过机器学习筛选和实验验证，鉴定出CBR1和PRDX1作为与乳酸化相关的慢性阻塞性肺疾病诊断生物标志物 | 首次将乳酸化修饰与COPD诊断生物标志物发现相结合，并采用多算法集成筛选与单细胞转录组学分析进行验证 | 研究主要基于公共数据集和体外CSE诱导模型，需要在更大临床队列和体内模型中进一步验证 | 鉴定COPD中临床相关的乳酸化相关生物标志物并探究其在疾病发病机制中的潜在作用 | 慢性阻塞性肺疾病患者基因表达数据、香烟烟雾提取物诱导的COPD细胞模型 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | 转录组学分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫荧光 | LASSO回归、支持向量机递归特征消除、加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 来自GSE21359和GSE76925数据集的COPD患者样本，以及GSE173896单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 144 | 2025-12-04 |
APOBEC3B Promotes SARS-CoV-2 Through Activation of PKR/eIF2⍺ and AMPD2 Dysregulation
2025-Aug-28, Viruses
DOI:10.3390/v17091176
PMID:41012606
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研究论文 | 本研究揭示了APOBEC3B通过激活PKR/eIF2α通路和调控AMPD2表达，在SARS-CoV-2感染中发挥促病毒作用 | 首次发现A3B在重症COVID-19患者中过表达，并通过整合应激反应和嘌呤代谢调控网络促进SARS-CoV-2感染 | 研究主要基于细胞模型和测序数据，缺乏体内实验验证；不同细胞系中A3B的作用机制存在差异 | 阐明APOBEC3B在SARS-CoV-2感染中的分子机制及其与COVID-19严重程度的关联 | 支气管肺泡灌洗液细胞、Caco-2细胞、A549-ACE2细胞、重症与轻症COVID-19患者样本 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、基因敲降、机器学习预测 | Transformer（Geneformer） | RNA测序数据、临床样本数据 | 未明确样本数量，包括重症与轻症COVID-19患者的BALF细胞及多种细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 145 | 2025-12-04 |
Enhanced M2 Polarization of Retinal Microglia in Streptozotocin-Induced Diabetic Mice upon Autoimmune Stimulation
2025-Aug-22, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13092049
PMID:41007615
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研究论文 | 本研究探讨了糖尿病环境对实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎（EAU）发展的影响以及眼内小胶质细胞的激活状态 | 首次在链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠模型中，结合单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病环境下小胶质细胞向抗炎M2表型极化的转变及其对EAU的抑制作用 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证，且糖尿病模型的特定诱导方式可能影响结果的普适性 | 探究糖尿病环境如何影响自身免疫性疾病EAU的发病机制及小胶质细胞的激活状态 | 野生型小鼠和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学、眼底镜检查、光学相干断层扫描（OCT） | NA | 基因表达数据、图像数据 | 未明确指定样本数量，但涉及野生型和糖尿病小鼠组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 146 | 2025-12-03 |
Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.10.669536
PMID:40832301
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人肺泡巨噬细胞后诱导的差异性炎症反应 | 首次在单细胞分辨率下比较不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人巨噬细胞后的转录组差异，揭示了菌株特异性和细胞异质性对免疫应答的影响 | 研究仅使用人肺泡巨噬细胞，未涉及其他免疫细胞类型；体外感染模型可能无法完全模拟体内感染环境 | 阐明Coxiella burnetii不同菌株与宿主巨噬细胞相互作用的分子机制，为Q热治疗提供新见解 | 人肺泡巨噬细胞感染不同毒力Coxiella burnetii菌株（NMI、G、NMII、Dugway） | 感染免疫学 | Q热 | RNA测序，单细胞RNA测序，细胞因子检测 | NA | 转录组数据，单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 147 | 2025-11-26 |
Integrated multi-omics analysis identifies lipid metabolism biomarkers in ONFH and reveals therapeutic potential of retinoic acid
2025-Aug-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13703-y
PMID:40841396
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研究论文 | 通过多组学分析识别股骨头坏死中脂质代谢生物标志物并揭示视黄酸的治疗潜力 | 首次整合多组学分析与机器学习技术识别ONFH脂质代谢生物标志物，并通过单细胞测序验证生物标志物与免疫细胞的关联 | 未明确说明样本量大小及数据来源的具体细节 | 识别股骨头坏死的潜在生物标志物并为疾病治疗提供参考 | 股骨头坏死相关基因和免疫细胞 | 生物信息学 | 股骨头坏死 | 多组学分析、机器学习、分子对接、单细胞测序 | 列线图模型、ROC曲线分析 | 基因组数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-11-24 |
SCAN-ACT: adoptive T cell therapy target discovery through single-cell transcriptomics
2025-Aug-14, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01514-9
PMID:40814001
|
研究论文 | 开发了一个名为SCAN-ACT的计算流程，通过单细胞转录组学和多组学数据发现和优先排序用于过继性T细胞疗法的靶点 | 首次开发了整合单细胞RNA测序和多组学数据的计算流程，能够同时提名CAR-T和TCR-T细胞治疗的靶点，包括单特异性靶点、双特异性靶点对和肽-MHC靶点 | NA | 加速实体瘤过继性T细胞疗法的靶点发现 | 软组织肉瘤和胶质母细胞瘤 | 生物信息学 | 软组织肉瘤,胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,多组学分析 | 计算分析流程 | 单细胞转录组数据,多组学数据 | 986,749个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,多组学 | NA | NA |
| 149 | 2025-11-19 |
The current landscape and emerging challenges of benchmarking single-cell methods
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf380
PMID:41045508
|
综述 | 本文系统评估了单细胞测序计算方法基准测试的研究现状与新兴挑战 | 提供了最全面的单细胞基准测试研究量化总结，涵盖282篇论文的系统分析 | 基于文献综述，缺乏原始实验数据验证 | 评估单细胞计算方法基准测试领域现状并识别关键挑战 | 单细胞测序计算方法基准测试研究 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 282篇研究论文（130篇纯基准测试论文+152篇方法开发论文） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2025-11-17 |
Epiblast-derived CX3CR1+ progenitors generate cardiovascular cells during cardiogenesis
2025-Aug, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00488-z
PMID:40551012
|
研究论文 | 本研究通过遗传谱系追踪揭示了胚胎CX3CR1+细胞作为多能性上胚层来源祖细胞群，在心脏发育过程中生成心肌细胞、内皮细胞和巨噬细胞 | 首次发现CX3CR1+细胞起源于E6.5上胚层细胞，并证实其通过新生分化和细胞融合双重机制生成心血管细胞 | 研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需验证 | 阐明CX3CR1+细胞在心脏发育过程中的起源和命运 | 小鼠胚胎和成年心脏中的CX3CR1+细胞及其谱系细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 遗传谱系追踪、单细胞RNA测序、胚胎干细胞分化 | NA | 基因表达数据、细胞谱系数据 | 小鼠胚胎发育不同阶段（E6.5-E9.5）及成年心脏组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 151 | 2025-11-06 |
STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf570
PMID:41171708
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研究论文 | 提出一种用于评估空间转录组学数据聚类性能的计算框架STEAM | 开发了首个专门针对空间转录组学数据的聚类评估算法和指标，通过机器学习分类预测方法评估聚类结果的一致性和可靠性 | NA | 解决空间转录组学数据缺乏真实标签导致的聚类验证难题 | 空间转录组学数据聚类结果 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | 机器学习分类和预测方法 | 空间转录组数据，空间蛋白质组数据 | 多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率、正常和病变组织 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 152 | 2025-11-03 |
TissueFormer: a neural network for labeling tissue from grouped single-cell RNA profiles
2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.17.670735
PMID:40894666
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研究论文 | 提出一种基于Transformer的神经网络TissueFormer，用于从单细胞RNA谱组中推断群体水平标签 | 首次将Transformer架构应用于分析单细胞RNA谱组，同时保留单细胞分辨率并利用细胞组成信号 | 仅在小鼠大脑空间转录组数据上验证，尚未在其他组织或疾病模型中测试 | 开发能够利用细胞组成信号预测群体水平表型的计算方法 | 小鼠大脑皮层区域的空间转录组数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | Transformer | 单细胞RNA表达谱，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 153 | 2025-11-03 |
Cancer stem cells: landscape, challenges and emerging therapeutic innovations
2025-Aug-05, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02360-2
PMID:40759634
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综述 | 本文综述了癌症干细胞（CSCs）的特性、挑战及新兴治疗策略 | 整合单细胞测序、空间转录组学和多组学数据揭示CSCs异质性与代谢可塑性，提出双代谢抑制、合成生物学干预等创新疗法 | 缺乏普遍可靠的CSCs生物标志物，难以在不影响正常干细胞的前提下靶向CSCs | 探讨癌症干细胞生物学特性及开发针对性治疗策略 | 癌症干细胞及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组学, 多组学整合, CRISPR筛选, AI驱动分析 | 3D类器官模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 154 | 2025-11-02 |
Hi-C3: a statistical inference-based model for reconstructing higher-order cell-cell communication networks
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf568
PMID:41159728
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研究论文 | 提出一种基于统计推断的模型Hi-C3，用于从单细胞RNA测序数据重建高阶细胞-细胞通讯网络 | 首次将网络扩散和流行病动力学原理应用于细胞通讯建模，能够同时推断传统的成对通讯和新的高阶通讯模式 | 模型主要基于配体-受体相互作用的假设，可能无法捕获其他类型的细胞通讯机制 | 开发能够揭示多细胞协调信号传导结构的计算框架 | 拟南芥和结直肠癌数据集中的细胞类型 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 统计推断模型, EM算法, PageRank算法 | 单细胞RNA测序数据 | 多个数据集（具体样本数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 155 | 2025-11-02 |
Single-cell multi-omics and machine learning for dissecting stemness in cancer
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf566
PMID:41159730
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综述 | 探讨单细胞多组学与机器学习在解析癌症干细胞特性中的应用 | 从静态标志物定义转向动态功能视角的癌症干细胞研究范式转变 | NA | 解析癌症干细胞特性并开发精准医疗策略 | 癌症干细胞(CSCs) | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序,轨迹推断,空间转录组学,CRISPR筛选 | 人工智能预测模型 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,单细胞多组学 | NA | NA |
| 156 | 2025-10-31 |
scDETECT: a novel statistical model accounting for cell type correlation in single-cell RNA-seq differential expression analysis
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf556
PMID:41139925
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研究论文 | 开发了一种考虑细胞类型相关性的单细胞RNA-seq差异表达分析新方法 | 首次在单细胞RNA-seq差异表达分析中通过贝叶斯层次模型考虑细胞类型相关性 | NA | 提高单细胞RNA-seq差异表达分析的准确性和统计功效 | 单细胞RNA-seq数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯层次模型 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 157 | 2025-10-31 |
scVGAMF: a novel imputation method for scRNA-seq data by integrating linear and non-linear features
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf562
PMID:41139927
|
研究论文 | 提出一种整合线性和非线性特征的单细胞RNA测序数据插补新方法scVGAMF | 首次将非负矩阵分解与变分图自编码器结合，同时捕捉scRNA-seq数据中的线性和非线性特征 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中dropout事件导致的缺失值问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解, 变分图自编码器, 全连接神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 158 | 2025-10-31 |
ChromoPattern: characterizing chromosomal rearrangement patterns of copy number alteration in heterogeneous tumor cell populations at single-cell resolution
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf563
PMID:41148222
|
研究论文 | 开发了ChromoPattern计算框架，用于在单细胞分辨率下量化肿瘤细胞群中与复杂拷贝数变异机制相关的染色体重排模式 | 首个能够在单细胞分辨率下系统量化四种不同染色体重排模式的计算框架，揭示了振荡模式在肿瘤异质性和进化中的关键作用 | 方法验证主要基于模拟数据和有限的实际样本，需要更广泛的临床应用验证 | 研究染色体不稳定性导致的拷贝数变异模式在肿瘤异质性和进化中的作用 | 肝癌细胞系和乳腺癌患者的单细胞DNA测序数据 | 计算生物学 | 癌症 | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | 计算框架 | 基因组测序数据, 转录组测序数据 | 肝癌细胞系和乳腺癌患者样本 | NA | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 159 | 2025-10-30 |
Integrated multi-omics analysis reveals diagnostic biomarkers and therapeutic targets for systemic lupus erythematosus
2025-Aug-15, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000042290
PMID:40826785
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研究论文 | 通过整合多组学分析鉴定系统性红斑狼疮的诊断生物标志物和治疗靶点 | 首次通过孟德尔随机化分析确定血浆蛋白与SLE的因果关系，并构建高精度诊断列线图模型 | 分子机制仍需进一步实验验证 | 探索系统性红斑狼疮的分子机制和潜在治疗策略 | 系统性红斑狼疮相关基因和蛋白质 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 全基因组关联研究, 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 分子对接模拟 | 列线图模型 | 基因组数据, 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 160 | 2025-10-28 |
Powerful and accurate case-control analysis of spatial molecular data
2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637149
PMID:39975274
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研究论文 | 提出一种结合深度学习和统计原理的空间分子数据分析方法VIMA，用于识别与疾病相关的空间特征 | 将变分自编码器与多重检验控制相结合，通过定义数据依赖的'微生态位'来发现传统方法难以识别的疾病相关空间结构 | NA | 开发更灵活精确的空间分子数据分析方法，识别与疾病相关的关键空间结构 | 空间分子数据中的组织斑块和微生态位 | 空间转录组学 | 类风湿关节炎,溃疡性结肠炎,痴呆 | 免疫荧光显微镜,CODEX,空间转录组学 | 变分自编码器 | 空间分子数据 | NA | NA | 空间转录组学,免疫荧光,CODEX | NA | NA |