单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-09-08	Nitrogen-Driven Orchestration of Lateral Root Development: Molecular Mechanisms and Systemic Integration 2025-Aug-21, Biology DOI:10.3390/biology14081099 PMID:40906392	综述	本文综述了氮素如何通过分子机制和系统整合调控植物侧根发育	整合了氮素感知、信号转导与侧根发育的分子网络，并强调了系统信号通路和碳氮平衡等新兴领域	NA	阐明氮素作为主要营养元素调控根系构型的分子机制与系统整合	植物侧根发育过程	植物分子生物学	NA	单细胞转录组学、先进成像技术	NA	NA	NA
142	2025-09-08	Integrative analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq to identify lactylation-related gene signatures in lung ischemia-reperfusion injury after lung transplantation 2025-Aug-19, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115361 PMID:40914702	研究论文	通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据识别肺移植后缺血再灌注损伤中与乳酸化修饰相关的基因特征	首次在肺移植缺血再灌注损伤中系统研究蛋白质乳酸化修饰作用，并整合多组学数据与机器学习方法发现新型生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型，需要进一步临床验证	探究蛋白质乳酸化修饰在肺移植缺血再灌注损伤中的分子机制并寻找治疗靶点	肺移植后发生缺血再灌注损伤的组织样本和小鼠模型	生物信息学	肺移植并发症	scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, LASSO, random forest, western blotting, RT-qPCR	机器学习算法（LASSO、随机森林）	转录组数据、单细胞数据、实验验证数据	两个公共数据集（GSE145989、GSE18995）和小鼠模型实验样本
143	2025-09-08	SMAD1/5-mediated recruitment of the histone demethylase KDM1A controls cell fate programs in embryonic stem cells 2025-Aug-12, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110591 PMID:40812426	研究论文	本研究揭示了SMAD1/5通过招募组蛋白去甲基化酶KDM1A调控胚胎干细胞命运程序的转录抑制机制	首次发现SMAD1/5通过招募KDM1A去除H3K4me1/2标记来抑制增强子活性，调控细胞特异性基因表达程序	研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型，人类细胞中的适用性尚未验证	阐明SMAD1/5在胚胎干细胞中的分子机制和功能	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	表观遗传学	NA	scRNA-seq, ChIP-seq	NA	基因组测序数据，单细胞转录组数据	Smad1/5双敲除和野生型小鼠胚胎干细胞
144	2025-09-08	The urokinase receptor/uPAR is a major effector of p53 gain-of-function mutations in gemcitabine-treated pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Aug-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110561 PMID:40759369	研究论文	本研究揭示p53功能获得性突变通过上调uPAR表达促进胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移的机制	首次发现TP53功能获得性突变直接调控PLAUR/uPAR表达，并阐明其在吉西他滨治疗后持续激活ERK信号通路和促进癌细胞侵袭的关键作用	主要基于细胞系实验和生物信息学分析，缺乏体内动物模型验证和临床前瞻性研究数据	探究胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移的分子机制	胰腺导管腺癌细胞系（PANC1、MIA PaCa-2）和TCGA数据库中的PDAC患者数据	肿瘤生物学	胰腺癌	scRNA-Seq、基因沉默、TCGA数据挖掘、信号通路分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、临床生存数据	两种PDAC细胞系和TCGA数据库中的PDAC患者样本
145	2025-09-08	Novel Insights into T-Cell Exhaustion and Cancer Biomarkers in PDAC Using ScRNA-Seq 2025-Aug-07, Biology DOI:10.3390/biology14081015 PMID:40906153	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示胰腺导管腺癌中T细胞耗竭和癌症生物标志物的新见解	识别出16个癌症和T细胞的新型标志物，为PDAC免疫景观研究提供新基础	需要进一步的临床研究来验证这些新型标志物作为潜在治疗靶点	研究PDAC中T细胞耗竭机制和癌症生物标志物	人类PDAC数据集中的癌细胞和T细胞	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, PPI分析, GEPIA2, TISCH2	NA	单细胞RNA测序数据	来自原发性肿瘤和邻近正常组织的人类PDAC公开数据集
146	2025-09-08	Mechanistic Study of NT5E in Reg3β-Induced Macrophage Polarization and Cooperation with Plasma Proteins in Myocarditis Injury and Repair 2025-Aug-07, Biology DOI:10.3390/biology14081017 PMID:40906170	研究论文	本研究探讨NT5E通过Reg3β调控巨噬细胞极化并与血浆蛋白协同影响心肌炎损伤修复的机制	首次整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和分子对接等多方法揭示NT5E在巨噬细胞极化及心肌炎免疫调控中的双重作用	研究主要基于分子和细胞水平实验，尚未进行动物模型或临床试验验证	阐明NT5E调控巨噬细胞极化及与血浆蛋白互作影响心肌炎发展的分子机制	巨噬细胞、血浆蛋白、免疫细胞类型及心肌炎相关病理过程	分子生物学与免疫学	心血管疾病	RNA测序、Western blotting、qPCR、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据、药物结合数据	涉及80种血浆蛋白及12种免疫细胞类型的分析
147	2025-09-08	Giardia-induced Type 2 mucosal immunity attenuates intestinal inflammation caused by co-infection or colitis in mice 2025-Aug, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02051-2 PMID:40629110	研究论文	本研究揭示贾第虫通过诱导2型黏膜免疫反应减轻小鼠肠道炎症	首次证明贾第虫通过STAT6依赖性机制促进IL-10产生型Th2细胞扩增，实现寄生虫持续感染与炎症保护的双重效果	研究局限于小鼠模型，人类临床适用性需进一步验证	探究贾第虫感染对肠道炎症的免疫调节机制	尼日利亚学龄儿童和小鼠模型	免疫学	肠道感染性疾病	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	尼日利亚儿童群体及小鼠实验模型
148	2025-09-08	Tracking clonal dynamics of CD8 T cells and immune dysregulation in progression of systemic lupus erythematosus with nephritis 2025-Aug, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01504-2 PMID:40744996	研究论文	通过单细胞测序技术研究系统性红斑狼疮肾炎进展中CD8 T细胞的克隆动态与免疫失调机制	首次整合单细胞RNA与T细胞受体测序揭示CD8效应T细胞克隆扩张是疾病恶化的关键驱动因素，并发现干扰素信号通路与细胞毒性T细胞功能障碍的关联	样本量较小（6名SLE患者），需外部数据集验证	探究系统性红斑狼疮疾病活动性波动的免疫机制并寻找潜在治疗靶点	系统性红斑狼疮患者及健康捐赠者的外周血单核细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 批量RNA测序	NA	单细胞转录组数据, TCR序列数据	6名SLE患者（19个样本）和32名健康捐赠者，外部验证含79对照/62患者（批量测序）和99对照/162患者（单细胞测序）
149	2025-09-07	Comprehensive in silico analyses of keratin heterodimerisation 2025-Aug-29, European journal of cell biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.ejcb.2025.151513 PMID:40912191	研究论文	本研究通过整合多种计算方法系统研究角蛋白异源二聚化机制	开发结合AlphaFold Multimer建模、界面质量评估和能量计算的高通量计算流程，首次系统揭示角蛋白异源二聚化结构原则	计算方法仍需实验数据进一步验证，部分二聚化机制尚未完全阐明	探究角蛋白异源二聚化的特异性配对偏好和分子基础	角蛋白异源二聚体及波形蛋白同源二聚体	计算生物学	NA	AlphaFold Multimer建模、VoroIF-GNN界面评估、相互作用能计算、空间转录组学分析	神经网络（GNN）	蛋白质结构数据、转录组数据	多种角蛋白对及波形蛋白参考体系
150	2025-09-07	Hair follicle epithelial stem cells contribute to interfollicular epidermis during homeostasis 2025-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.193496 PMID:40627455	研究论文	本研究揭示毛囊KROX20标记的干细胞群体在稳态下对表皮更新的贡献	首次发现毛囊Krox20谱系细胞迁移至表皮并参与其稳态维持	研究仅基于小鼠模型，人类中的适用性尚需验证	探究表皮稳态维持的细胞来源机制	小鼠毛囊和表皮细胞	细胞生物学	NA	谱系追踪、空间转录组学	NA	基因表达数据、显微图像	多种报告基因小鼠品系
151	2025-09-07	Bridging the gap of late-gestation nephrogenesis using a non-human primate model 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.18.670897 PMID:40894529	研究论文	利用非人灵长类模型研究晚期妊娠肾发生的分子机制	首次在恒河猴中发现妊娠晚期特有的分化肾单位祖细胞谱系，并揭示WNT和SEMA信号通路成分的组成性转变	样本量有限（n=9），且依赖公共数据库进行跨物种比较	探究灵长类晚期妊娠肾单位形成的分子基础	恒河猴和人类胎儿肾脏组织	发育生物学	肾脏疾病	scRNA-Seq, RNAScope™, 生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	9个恒河猴胎儿肾脏样本+8个人类公共数据集样本
152	2025-09-07	Single-cell spatial transcriptomics unravels the cellular landscape of abdominal aortic aneurysm 2025-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.190534 PMID:40857411	研究论文	本研究利用单细胞空间转录组技术解析腹主动脉瘤的细胞空间异质性，揭示GPNMB高表达巨噬细胞通过诱导平滑肌细胞表型转换促进疾病发展	首次应用超高分辨率空间转录组技术Seq-Scope揭示AAA中细胞类型的空间分布特征及细胞间相互作用	研究基于小鼠模型，人类AAA中的适用性需进一步验证	解析腹主动脉瘤的细胞空间组成和分子机制	Apoe-/-小鼠的血管组织	空间转录组学	心血管疾病	Seq-Scope空间转录组技术、scRNA-seq、免疫荧光染色	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	NA
153	2025-09-07	Cytoplasmic dynamics are overlooked in single nuclei RNA-seq but can be rescued by CytoRescue, a generative AI model to recover cytoplasm enriched gene 2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.15.670239 PMID:40894560	研究论文	提出一种名为CytoRescue的生成式AI模型，用于从单核RNA测序数据中恢复细胞质富集基因的表达信号	首次开发生成式AI模型解决snRNA-seq中细胞质信号缺失问题，采用raw-in-raw-out设计便于现有流程集成	模型性能依赖于训练数据的质量和代表性，在特定细胞类型或条件下的泛化能力需进一步验证	提升单核RNA测序技术对细胞质转录本的检测能力，实现更全面的转录组分析	单核RNA测序数据，特别是细胞质富集基因的表达信号	生物信息学	肺癌	单核RNA测序(snRNA-seq)	生成式AI模型	基因表达数据	NA
154	2025-09-07	Macrophages drive a fibrogenic gene program of periductal fibroblasts in pediatric primary sclerosing cholangitis 2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.14.670195 PMID:40894696	研究论文	本研究通过多组学方法揭示巨噬细胞通过驱动肝星状细胞的纤维化基因程序促进儿童原发性硬化性胆管炎的胆管周围纤维化	首次整合空间转录组、批量RNA测序和蛋白质组学技术，系统性解析胆管周围纤维化区域的细胞互作网络，并识别出17个巨噬细胞纤维化驱动基因和6个肝星状细胞效应基因	研究主要聚焦儿科患者群体，成年患者中的普适性仍需验证；空间互作机制的因果性需进一步功能实验证实	阐明原发性硬化性胆管炎胆管周围纤维化的细胞互作机制	儿童原发性硬化性胆管炎患者的肝组织样本和血浆样本	空间多组学	自身免疫性肝病	MERSCOPE空间转录组、bulk RNA-seq、SomaScan蛋白质组学、MR弹性成像	NA	空间转录组数据、RNA测序数据、蛋白质组数据、影像数据	包含不同纤维化阶段的PSC患者、自身免疫性肝炎患者及肝硬度异常患者的组织与血浆样本
155	2025-09-07	Spatial and multi-omic profiling reveals genes and pathways associated with cytotoxic lymphocyte infiltration in malignant rhabdoid tumor 2025-Aug-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7303174/v1 PMID:40894019	研究论文	本研究利用空间转录组学和多组学分析揭示恶性横纹肌样瘤中细胞毒性淋巴细胞浸润的相关基因和通路	首次结合空间转录组学与多组学分析MRT免疫细胞浸润，发现骨骼肌发育因子上调与CD8+T细胞浸润相关，并识别肿瘤相关巨噬细胞特异性基因	样本量有限且为观察性研究，需进一步验证机制	探究恶性横纹肌样瘤免疫细胞浸润的分子机制	恶性横纹肌样瘤（MRT）样本	数字病理学	儿科癌症	空间转录组学，多组学分析	NA	转录组数据，空间表达数据	未明确样本数量的MRT肿瘤样本
156	2025-09-07	Systematic characterization of cell type-specific master metabolic regulators in Alzheimer's disease 2025-Aug-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7207381/v1 PMID:40894034	研究论文	本研究开发了scFUMES算法，系统识别阿尔茨海默病中细胞类型特异性代谢主调控因子	开发了整合多组学数据的scFUMES算法，首次在单细胞水平揭示AD中神经元和小胶质细胞的代谢调控网络差异	NA	识别阿尔茨海默病中脑细胞类型特异性代谢主调控因子	人类大脑组织（中颞回和背外侧前额叶皮层）	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、相互作用组学、基因组学、转录组学、代谢组学	scFUMES算法	多组学数据	来自大型人脑生物样本库的样本
157	2025-09-07	Spatial transcriptomics reveals distinct cell type dynamics following opioid dependence in mice with the common human variant in the μ-opioid receptor, Oprm1 A118G 2025-Aug-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7199524/v1 PMID:40894067	研究论文	利用空间转录组学技术研究携带人类μ-阿片受体常见变异A118G的小鼠在阿片依赖后的细胞类型动态变化	首次结合空间转录组学揭示A118G变异通过胶质细胞（而非神经元）适应介导阿片依赖风险的新机制	NA	探究OPRM1基因A118G变异影响阿片依赖风险的分子机制	携带人类OPRM1 A118G变异的小鼠模型	空间转录组学	阿片使用障碍	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
158	2025-09-07	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	研究论文	研究发现TET2突变的克隆性造血可降低阿尔茨海默病风险，并通过小鼠模型揭示其通过外周髓系细胞浸润发挥保护作用的机制	首次发现TET2特异性突变（而非其他CH驱动因子）与AD风险降低47%相关，并证实突变髓系细胞通过增强吞噬和炎症反应渗透中枢神经系统	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类直接证据仍需进一步验证	探究克隆性造血与阿尔茨海默病的相互作用机制	小鼠AD模型、UK Biobank人群数据、人iPSC来源的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、iPSC技术、骨髓移植	NA	基因组数据、转录组数据、行为学数据	UK Biobank队列数据、小鼠模型实验
159	2025-09-06	The Pdgfd-Pdgfrb axis orchestrates tumor-nerve crosstalk in pancreatic cancer 2025-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672505 PMID:40909696	研究论文	本研究揭示了Pdgfd-Pdgfrb信号轴在胰腺癌中介导肿瘤-神经交互作用并促进神经周围侵袭的机制	首次发现Pdgfd信号通过协调癌细胞、神经元和胶质细胞的多方面相互作用促进神经侵袭，并证明该轴可作为治疗靶点	NA	探究胰腺导管腺癌中肿瘤-神经相互作用的分子机制及其对神经周围侵袭的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤细胞、神经及胶质细胞	肿瘤微环境研究	胰腺癌	全转录组测序、单细胞空间转录组学	NA	转录组数据、空间转录组数据	NA
160	2025-09-06	Multi-omics reveals changes in astrocyte fatty acid metabolism during early stages of Alzheimer's disease 2025-Aug-30, Neurochemistry international IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.neuint.2025.106049 PMID:40889558	研究论文	通过多组学分析揭示阿尔茨海默病早期星形胶质细胞脂肪酸代谢异常	首次结合转录组、蛋白质组和空间代谢组学动态追踪AD模型星形胶质细胞代谢变化，并验证人类早期AD样本的保守性	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证需进一步扩展	探究阿尔茨海默病早期星形胶质细胞的分子动态变化	APP/PS1转基因小鼠和野生型小鼠的星形胶质细胞，以及人类脑组织样本	多组学分析	阿尔茨海默病	转录组学、蛋白质组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质数据、代谢物空间分布数据	5个时间点（2/4/6/9/12月龄）的小鼠模型，人类早期AD与对照脑样本